The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
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| publication title |
Structures of tRNAs with an expanded anticodon loop in the decoding center of the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
25
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IWA K; 4OX9 K; 4DR4 K; 4NXM K; 2ZM6 K; 4JI0 K; 4LFA K; 4LFB K; 4CW7 B; 1IBM K; 2HHH K; 4DR3 K; 4K0K K; 4JI2 K; 1IBK K; 1N34 K; 1IBL K; 3JAM O; 2UXD K; 4GKK K; 3J80 O; 1HNW K; 4DUZ K; 4DR2 K; 1N33 K; 4NXN K; 1HNX K; 4LF4 K; 4CVN E; 3T1H K; 4B3R K; 4B3M K; 1J5E K; 3T1Y K; 5BR8 K; 4DUY K; 4X65 K; 4V19 S; 4JI7 K; 4X66 K; 4DV0 K; 5IT9 O; 5LMN K; 4DR5 K; 4DR1 K; 4JI8 K; 4LFC K; 1N36 K; 4GKJ K; 3OTO K; 4DV1 K; 4B3S K; 4JYA K; 1N32 K; 4LF9 K; 3J81 O; 4YHH K; 3J7A P; 2UUB K; 1XNQ K; 2E5L K; 1XMO K; 4KHP K; 4B3T K; 4DV2 K; 4JI4 K; 2UUA K; 5A2Q O; 4LF8 K; 1HR0 K; 2UXB K; 2UXC K; 4LF6 K; 5FLX O; 1HNZ K; 1I94 K; 4AQY K; 3J7Y P; 4DV3 K; 4DR6 K; 1XNR K; 2F4V K; 4JI5 K; 4JI1 K; 4X64 K; 5LL6 Z; 1XMQ K; 2UUC K; 4DV6 K; 2VQE K; 5LMU K; 4X62 K; 4JV5 K; 4LF5 K; 4JI6 K; 4DV4 K; 4DR7 K; 4LF7 K; 2UU9 K; 4JI3 K; 4DV5 K; 4DV7 K; 1FJG K; 5AJ3 K; 4YY3 K; 2VQF K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4QS8 A; 4IEI A; 5EY4 A; 5FRN A; 1RFQ A; 1EXQ A; 3FZL A; 1V4T A; 3CD6 N; 1NK5 A; 1RBT A; 3ASM A; 2W41 A; 2XY5 A; 2X6N A; 4AM7 A; 4CEB A; 3G6E N; 1TL3 A; 1IBK K; 4O8U A; 4ELU A; 4CBU A; 4GV9 A; 1J54 A; 3QDK A; 1V4S A; 4QS7 A; 4B1X B; 3WXM B; 2A5X A; 3NMU A; 3K9J A; 1O13 A; 1TL1 A; 1TUU A; 4O5F A; 4CJT A; 3SBG A; 4WQ5 C; 4QS9 A; 2O4G A; 1YTA A; 4B3R K; 4KHW A; 3MEC A; 1VSK A; 1SV5 A; 3NFA A; 1RT7 A; 4JKG A; 4DMN A; 1RT5 A; 3T1A A; 2B5J A; 4DG1 A; 4L8R B; 3BZK A; 3AO1 A; 5C24 A; 4B8A B; 4DR1 K; 1VQP N; 4W5T A; 3BZC A; 5DMR A; 3OYK A; 1NKE A; 1GOB A; 1S5J A; 5BRH A; 4JEP A; 3SQ1 A; 5TKW A; 4JD2 A; 3J81 O; 1T8E A; 4YHH K; 4HCC A; 1XMO K; 3O3H A; 2B6A A; 1ZBU A; 2PYL A; 1REV A; 2LSN A; 4KHN A; 4PA1 A; 1UA1 A; 1SKS A; 3GG4 A; 1D9F A; 4DQI A; 1BHL A; 1QQO A; 4AHV A; 3CM6 A; 2AP1 A; 3F73 A; 1FKO A; 3ZSR A; 2OPP A; 3DXM B; 1RTH A; 4JI1 K; 5BPL A; 4CIG A; 1Q8I A; 3O9U A; 1TAQ A; 3A5N C; 3AVN A; 3DLK A; 2OPS A; 1GLD G; 1QZ5 A; 3T7Z A; 1BOT O; 2NZT A; 4IO9 L; 1I39 A; 3MX5 A; 4DFJ A; 3L2W A; 2Y1I A; 3AO5 A; 4E7H A; 5AQU A; 1FJG K; 3BGR A; 5BR9 A; 3U4L A; 3CM5 A; 2F8S A; 5AQQ A; 2HBJ A; 2DFE A; 5CYQ A; 4CJQ A; 4M3X A; 3PX4 A; 3O8M A; 4CJ5 A; 1YTU A; 1XWL A; 3CYM A; 3HYF A; 3SUO A; 3ENH A; 1RT6 A; 4E0D A; 2P9U A; 3I56 N; 2BDP A; 1BI4 B; 3QFU A; 3O9T A; 1NK4 A; 1YAG A; 5BPN A; 2FLO A; 4M7X A; 3CI5 A; 1QQC A; 3H1V X; 2X78 A; 4FWR A; 2E2Q A; 1VSD A; 2F9W A; 3JS6 A; 3HM8 A; 3O1B A; 3CFR A; 3THV A; 1FKP A; 4Z4I A; 3GOI A; 2G8V A; 2NRH A; 4YOX A; 3MCA B; 2A41 A; 4CJV A; 3OBW A; 3L6Q A; 3GE1 A; 1S72 N; 3CJ9 A; 1KFS A; 3VQ6 A; 4CEC A; 3DI6 A; 4BR7 A; 1SUQ A; 2YNF A; 4NCG A; 1KLM A; 4FVM A; 3CJB A; 3B6O A; 4A59 A; 3P5J A; 2JWL A; 4FLY A; 3NHG A; 1KCF A; 3KIO A; 1Y97 A; 5KPR A; 4LF8 K; 3NH1 A; 3I8B A; 1P8Z A; 4H4M A; 3EN9 A; 3LAK A; 3FZF A; 3C6T A; 1Q9X A; 4AF1 A; 2IOC A; 3NDK A; 1NGD A; 4AQY K; 1HQE A; 3TWH A; 4FWL A; 3O1W A; 2OZS A; 5AQH A; 3MXM A; 1HPM A; 2UYT A; 4JK9 A; 1VK0 A; 2PAV A; 5FPM A; 1NGE A; 1TK8 A; 1JLB A; 3RR8 A; 2XY6 A; 4DV4 K; 1NNE A; 3DLH A; 4OPA A; 3M8R A; 1NKC A; 4XEI A; 1NGA A; 3VQQ A; 4FW1 A; 4IDK A; 4FJ7 A; 1EET A; 3AVL A; 3VES A; 4CZI A; 1S1W A; 3SMP A; 3CC2 N; 1FW6 A; 1L5U A; 4B9T A; 3CER A; 4CGI A; 3OYJ A; 1TKZ A; 4DWI A; 4H5N A; 3CCU N; 4LFB K; 3TAQ A; 1ZYQ A; 2G8F A; 5I3U A; 2PY5 A; 4K0K K; 3UKU B; 5EXW A; 3B8A X; 4GKK K; 1SL1 A; 3CQY A; 2QK9 A; 4CJ4 A; 3VQ4 A; 4CHP A; 1LWE A; 3ZSY A; 2WOM A; 3VQB A; 2KW4 A; 4RCH A; 3BY5 A; 4M3T A; 3WEE B; 1TKT A; 3CCE N; 5KRS A; 4H0X B; 1OVY A; 5C0Y A; 2HHX A; 3DMJ A; 3TTF A; 4B1Y B; 3VA3 A; 3EL2 A; 3TAG A; 4E7L A; 3PIO L; 1YHQ N; 2A40 A; 3T3F A; 1C0G A; 4E19 A; 3D45 A; 2Q3S A; 4Q5V A; 1SAZ A; 4DV0 K; 3DM2 A; 5CYM A; 5FPD A; 4BC5 A; 5CZ1 A; 1MWM A; 1K6Y A; 5JVG L; 1VHX A; 2A3Z A; 3SAG A; 3CFO A; 3CCV N; 3S3M A; 1QVF M; 4JYA K; 3PSI A; 4O0I A; 4EIA A; 3FFI A; 4BQL A; 1L3S A; 1JXE A; 5TKY A; 3MXI A; 5ADX H; 1BU6 O; 4QAG A; 3QFP A; 4J2B A; 4BR2 A; 3HST B; 3RRG A; 2HBK A; 4BRK A; 3SAF A; 5SWM A; 4AHC A; 4A2B A; 1W7A A; 3ZSW A; 3I55 N; 4CK3 A; 1HX1 A; 1WLJ A; 3KK2 A; 2F4V K; 3CHW A; 2E8A A; 1B9D A; 3EY1 A; 3RMC A; 2YJF A; 1JLQ A; 3HVR A; 1O1W A; 4C8M A; 1W97 L; 1VQ6 N; 2I7N A; 3KHY A; 1T6C A; 4BRI A; 3NGY A; 3VEN A; 2VQE K; 3EKS A; 4CHZ A; 1JLA A; 1CXU A; 1NU0 A; 3SMS A; 3O9S A; 1C1B A; 1EWQ A; 3AVM A; 2P9P A; 4A61 A; 4ELV A; 2Q36 A; 3OYG A; 4HHT A; 1ATS A; 2UU9 K; 3WUH A; 1E4G T; 3WNG A; 1T05 A; 4DV7 K; 4FJM A; 4I9L A; 4C8O A; 4FPB A; 4CF2 A; 1DGK N; 3K9K A; 5AQN A; 3H3N O; 1BCO A; 2DFH A; 2IVP A; 3AGK A; 4B1W B; 4CZL A; 3A8Y A; 4DTJ A; 4NCA A; 4BE1 A; 1X3N A; 3DOK A; 1VQL N; 5LJV A; 4M63 C; 5HRS A; 2ZJR L; 2X74 A; 1N34 K; 3I0S A; 4JHD B; 1DTT A; 2P9I B; 3G10 A; 5E41 A; 4K43 A; 5D3G A; 2YKM A; 3VQP A; 3D2E B; 2HB5 A; 3O3G A; 3VEV A; 1WNS A; 1JCE A; 4FLV A; 3AO2 A; 2HND A; 2DFF A; 2RE2 A; 3FE1 A; 3A5M C; 3H1Q A; 3OVN A; 3IG1 A; 1SL2 A; 4JI7 K; 1EX4 A; 3VQ9 A; 1Z05 A; 4E1N A; 1DTQ A; 4BC2 A; 1Z6R A; 4RW9 A; 1GLA G; 3VQ5 A; 4M3W A; 3L8B A; 1OKJ A; 2VG5 A; 4BRL A; 3RVC A; 4BY9 C; 1P90 A; 2ZGZ A; 3V9U A; 3R8E A; 5AQI A; 1E3M A; 3KK3 A; 5C2D A; 4KB0 A; 4EZ9 A; 3L4I A; 1LWC A; 3HM9 A; 3C0B A; 2G8I A; 5HOO A; 4C8L A; 4C8K A; 4JAX A; 2WC9 A; 3FZH A; 4CES A; 3NBP A; 3MMV A; 1I94 K; 1GLL O; 3KWG A; 1VRT A; 3EO3 A; 4NLB A; 4YDU A; 4BVP A; 5JVH L; 2GWK A; 2YHA A; 2YCH A; 3ZSQ A; 1BO5 O; 4M42 A; 3L2V A; 1IKY A; 3O5B A; 1VQ4 N; 1OH6 A; 2UUC K; 4H5V A; 2DPN A; 4H5W A; 4JN4 A; 3HVT A; 2OZM A; 5BN9 A; 3D2F B; 3PO4 A; 3V9S A; 4CCH A; 1C0U A; 4FLX A; 4JI6 K; 2CGL A; 4NO7 A; 2KZZ A; 1J5O A; 3EKU A; 2QWO A; 3VQE A; 3C94 A; 4BDY A; 3TAB A; 5H1S Q; 4BVO A; 1H1V A; 3F9K A; 3HBT A; 4J8F A; 1OH5 A; 1RBU A; 3K5O A; 4WYB A; 4CD3 A; 4KHY A; 2O8F A; 5KGX A; 3CJ1 A; 4FJH A; 2XY8 A; 1L3V A; 1TKD A; 2GX9 A; 1KFD A; 1ZBF A; 2P9L A; 4H0P A; 2QW9 A; 1KAZ A; 3JAM O; 3ENB A; 3M6G A; 5FRM A; 1QZ6 A; 1A5V A; 2HNY A; 4PL7 A; 3LM9 A; 4IFE A; 3V81 A; 1K73 O; 4Z94 A; 3QML A; 4K8Z A; 4NLC A; 3UE5 A; 3HK2 A; 2F8T A; 3M1F A; 1RT1 A; 3S3O A; 3M8S A; 3ZSX A; 5MLC Q; 2E1Y A; 1TYQ A; 5KI6 A; 3IAY A; 4CJW A; 2KQ2 A; 1RT3 A; 4V19 S; 2IGI A; 3HOT A; 5HRN A; 2IIR A; 1S9G A; 2Q2R A; 1QE1 A; 4W5N A; 5AQV A; 1VSI A; 4DR5 K; 4Y0W A; 3DJC A; 3AV9 A; 4KO0 A; 5ADX A; 4JI8 K; 4RG8 A; 4E1M A; 3JXU A; 3TTC A; 4MLE A; 3SBT A; 3R3L A; 1LAW A; 1Z25 A; 4B3S K; 4W5R A; 3O3F A; 3VMF B; 3H46 O; 4KTQ A; 4JKD A; 1S1U A; 4FYD A; 4CEE A; 4KHP K; 5T7B A; 1NMD A; 4KV8 A; 5FDL A; 4DLG A; 4M3R A; 4CHN A; 2UXC K; 4GNI A; 1NOZ A; 3TAM A; 4CEO A; 1VSF A; 3VA0 A; 4IG3 A; 3QIO A; 3VGK A; 4O5B A; 2P9N A; 3IS9 A; 5JIC A; 4JKF A; 2HMP A; 4FCY A; 3AVA A; 4DS5 A; 4E7J A; 4CFC A; 4DV6 K; 4YDU C; 1F21 A; 4JKH A; 1XHZ A; 3BF1 A; 2HW3 A; 4KRF A; 4TSX A; 3DXK B; 4YOY A; 1NJY A; 5KPT A; 3L4Q A; 4B08 A; 5KRT A; 3WQU A; 3G71 N; 3QB0 A; 3M8Q A; 4B1U B; 1QQN A; 3ZT0 A; 1CZ9 A; 4DQP A; 1RGI A; 3CME N; 2BH1 A; 4KHQ A; 5ELZ A; 4IEE A; 1EO1 A; 1XHX A; 3ALY A; 1K8K A; 3KK7 A; 3WNH A; 3OYN A; 4WE1 A; 3DLG A; 4FWO A; 4DSF A; 3DRR A; 3THX B; 3DLR A; 2V7Z A; 1SKR A; 5AQF A; 4DR2 K; 3TI0 A; 3LZI A; 1D5A A; 4A2A A; 1J6Z A; 4LH5 A; 5C2F A; 3VN5 A; 2WON A; 4Z4C A; 1BGX T; 4N41 A; 5C12 A; 1D9D A; 3T1Y K; 4PKI A; 4UQG A; 5IT9 O; 3LZJ A; 4OGE A; 4NYF A; 3HXM A; 2PZS A; 5GAG P; 4H5T A; 1GLE G; 4KH5 A; 4LC9 B; 3DOL A; 3LDQ A; 3THW A; 1T7P A; 3ZX3 A; 1U47 A; 3WT0 A; 5GIO A; 5J2P A; 4B1V A; 4J2A A; 3S9H A; 5BRE A; 3T19 A; 1U48 A; 4O4G A; 4B9Q A; 1XNQ K; 4KKO A; 4CFD A; 3WNF A; 1X9S A; 4EFH A; 2OTL N; 3C95 A; 5KPZ A; 4DTX A; 4DTM A; 3NF8 A; 3UKR B; 3TPQ A; 1C0M A; 4M45 A; 4FWP A; 4LF6 K; 2E6M A; 4QOZ B; 2WFB A; 4BRE A; 1HNZ K; 2QKK A; 3L0Q A; 3ZET B; 3UB5 A; 3G0Z A; 5F0X A; 3CFP A; 4HUF A; 1ZBI A; 4WFA L; 3DRP A; 1HKB A; 4JI5 K; 2BAN A; 4KH6 A; 3ZCM A; 1S22 A; 5HBM A; 1LOT B; 1S1V A; 4CEF A; 4X62 K; 4BRF A; 1VSH A; 5M1F A; 2Q97 A; 3PY8 A; 2YHY A; 4F9O A; 1EP4 A; 4CF9 A; 3SQ2 A; 2EHG A; 4OPJ A; 2YX6 A; 2RHK A; 3O9Q A; 3L3U A; 4FJ5 A; 4BR5 A; 2HOE A; 1WAJ A; 4CHQ A; 2PYJ A; 1U4B A; 4DSK A; 1FXX A; 2ZQB A; 3THY B; 4KFB A; 3K5M A; 4BRP A; 1KVB A; 3KLH A; 1WSJ A; 4Z4H A; 4CJK A; 4PWD A; 2E2P A; 1HNW K; 4DUZ K; 1MWK A; 3FGU A; 4JK7 A; 1RT4 A; 3CC4 N; 5AQX A; 4BRC A; 2O8D B; 1S3X A; 1CXQ A; 4GVE A; 1L3T A; 2O8C A; 1N6Q A; 5AZJ A; 1J9A A; 1TGO A; 2GEM A; 1BQN A; 2Q31 A; 3ZT4 A; 3A5L C; 4I7F A; 1TK5 A; 3J7Z O; 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1JJ2 M; 1HLU A; 2YJE A; 3WNE A; 1HYZ A; 5M1P A; 2O8B A; 3TSQ A; 2NRW A; 4M3Y A; 3OS1 A; 1DT9 A; 2P9L B; 4LF4 K; 3OBY A; 3TAR A; 1QS4 A; 3VQC A; 4UY8 O; 2ETJ A; 3TR8 A; 5BR8 K; 1E4F T; 5BRD A; 1RT2 A; 2HNZ A; 1NMN A; 3EYZ A; 3HT3 A; 1BCM A; 4BC3 A; 2OTJ N; 1TUY A; 2ASP A; 5AZI A; 4E89 A; 1KQS M; 3RR7 A; 4ID1 A; 2KHO A; 1LW2 A; 2IAJ A; 4JS4 A; 3CQX A; 3P38 A; 3C6H A; 3HZ6 A; 3IDH A; 1IG9 A; 1IG8 A; 5A2Q O; 4W5Q A; 1SQK A; 3RSE B; 2UXB K; 4WFB L; 3ZX0 A; 3ITH A; 3CQ8 A; 1WSE A; 3ZLJ A; 4I2P A; 1HJR A; 3CCM N; 5F1X A; 2HHQ A; 4BR4 A; 4DHY A; 3B6P A; 3KTQ A; 4DTO A; 1LCU A; 4FM1 A; 4BWJ A; 4GY2 B; 3CJC A; 5AQR A; 2ZWH A; 3E1Y A; 5AQW A; 2NRR A; 1J53 A; 1VSM A; 4PL8 A; 2XRI A; 4CIE A; 1LAV A; 2P9N B; 2XHB A; 5DM7 L; 2OPR A; 3LDP A; 1IKW A; 5K14 A; 3S41 A; 4WF9 L; 4DQS A; 1KAY A; 4NXM K; 4DTR A; 1U2V A; 2ZM6 K; 4M7Y A; 1K9M O; 1GLJ O; 4DTU A; 2D1K A; 4IOX A; 1HKG A; 4K41 A; 1QSL A; 5B8H A; 4O8K A; 4OPH A; 4RTF D; 2FC0 A; 5KQ8 A; 1VQN N; 1HYS A; 3E9P A; 2X6S A; 3IUC A; 3MCP A; 2QTD A; 3QEI A; 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