The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
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| publication title |
Structures of Trnas with an Expanded Anticodon Loop in the Decoding Center of the 30S Ribosomal Subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
25
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5AJ3 K; 4LF7 K; 2HHH K; 4GKK K; 4DR6 K; 2ZM6 K; 4DUZ K; 4JI2 K; 4LF9 K; 3T1Y K; 4LF4 K; 4JI7 K; 4DV3 K; 1XMO K; 3JAM O; 5IWA K; 1XMQ K; 4X62 K; 4X66 K; 4DV6 K; 1HNX K; 4LF5 K; 4KHP K; 4OX9 K; 5LMU K; 1IBK K; 4DR7 K; 1N36 K; 4V19 S; 3T1H K; 4B3T K; 3J81 O; 1IBL K; 2UXD K; 2VQF K; 4NXM K; 1XNQ K; 4JI8 K; 1HNZ K; 1N34 K; 4JI0 K; 4LFB K; 4JI5 K; 1HNW K; 3J7Y P; 4K0K K; 4DR4 K; 4X65 K; 4JI6 K; 4DR3 K; 5A2Q O; 4AQY K; 4LFC K; 2UU9 K; 4DV7 K; 4NXN K; 4CVN E; 4YY3 K; 3J80 O; 4DR1 K; 4DR5 K; 4DUY K; 4DR2 K; 5LMN K; 4B3R K; 5IT9 O; 4DV1 K; 4LF6 K; 4DV5 K; 2UXC K; 3J7A P; 4LF8 K; 1XNR K; 1I94 K; 4LFA K; 4YHH K; 4DV0 K; 4CW7 B; 2F4V K; 4JI4 K; 4B3M K; 1HR0 K; 2UUA K; 2UUB K; 3OTO K; 5BR8 K; 4GKJ K; 2UUC K; 2UXB K; 4DV4 K; 1J5E K; 1N32 K; 4JI1 K; 4JI3 K; 1N33 K; 1FJG K; 4DV2 K; 2VQE K; 2E5L K; 4JV5 K; 4JYA K; 5FLX O; 1IBM K; 4X64 K; 4B3S K; 5LL6 Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HKG A; 4DF8 A; 1RT7 A; 1KXP A; 3H1V X; 4K8X A; 2ZM6 K; 3FZF A; 5JS2 A; 2WON A; 1NG9 A; 2HND A; 4J2E A; 3R3L A; 1E3M A; 5AQH A; 2F96 A; 3AO3 A; 5IWA K; 3OYM A; 4M3T A; 4ICL A; 1XMQ K; 1NBW A; 4IWV A; 4CZG A; 5AFU H; 4CIG A; 4DS5 A; 2P9N B; 1Y97 A; 4BRH A; 1NKE A; 3OYJ A; 2GTD A; 4M7Y A; 1DGK N; 3LP3 A; 4QCL A; 2Z1G A; 2HST A; 3T19 A; 1HJR A; 1QE1 A; 1CXU A; 4JD2 B; 1RT1 A; 3VEY A; 4CZM A; 1P8Z A; 4H4M A; 2A40 A; 4I9L A; 3GBT A; 5HRN A; 4YOU A; 3THV A; 4A5B A; 3OYG A; 3OYI A; 4K0K K; 1QSS A; 1E4F T; 2XRI A; 2OCE A; 4PKG A; 3EKU A; 1KLN A; 4Z4G A; 1QZ6 A; 3LAL A; 4LFC K; 2P9P B; 1U45 A; 3VOV A; 4DSK A; 4FW2 A; 4CFC A; 4KBO A; 4BDP A; 3CF5 L; 3K58 A; 5MLC Q; 3K5N A; 1Q7Y O; 1YJ9 N; 1T3V A; 2P9N A; 1ASV A; 3JYT A; 4KHU A; 4FK4 A; 4F3T A; 4F2S A; 1KAZ A; 4DV0 K; 4CGD A; 4CW7 B; 4WF9 L; 3QML A; 1QQC A; 1S22 A; 4DF4 A; 3VQ8 A; 4BC3 A; 1YF5 L; 3L2W A; 3AVA A; 3WEE B; 5I9E B; 4GVE A; 4L3Q A; 4IO9 L; 3TTF A; 1C6V A; 1SUQ A; 4N5S A; 3N4Q A; 4KHQ A; 4CIF A; 3SQ1 A; 4BWJ A; 1BQN A; 4I2P A; 2P9P A; 3I55 N; 3NGY A; 4H5W A; 4DV2 K; 3LZJ A; 4CFB A; 3WNE A; 4RG8 A; 4O0I A; 3OYC A; 3DOL A; 2BAN A; 3TU5 A; 4M3X A; 4MQ3 A; 4DSL A; 2O8D B; 4DR6 K; 1WBB A; 4NCA A; 2HF3 A; 1BDG A; 1TL1 A; 3OY9 A; 3E9P A; 2HW3 A; 3T1Y K; 4KRF A; 2Y1J A; 4DV3 K; 2XY5 A; 3WEE A; 4EHU A; 4JN4 A; 2D0A A; 4X66 K; 4B9Q A; 4B1Y B; 1RDB A; 4B1W B; 4CF8 A; 1NK0 A; 1N8R O; 3MEG A; 4V19 S; 2QI2 A; 4OGC A; 1S1U A; 3ZT1 A; 1EET A; 4F9O A; 4CK3 A; 3O6W A; 3JSM A; 3VF2 A; 1ESV A; 4JI0 K; 2X74 A; 5M1P A; 4JHD B; 3O9R A; 4CD3 A; 3HVT A; 3NF6 A; 1HNW K; 4M3U A; 3KHY A; 3CCE N; 4BRG A; 1L3V A; 3OYF A; 3AO2 A; 3QO9 A; 3ZSY A; 4XEI A; 4ELV A; 5JS1 A; 3I8B A; 1NGE A; 2ZE2 A; 3QEW A; 1GOC A; 3E1Y A; 3G10 A; 4YY3 K; 3K2P A; 4KB1 A; 3V9S A; 4U7B A; 3UKR A; 4O4G A; 4DU1 A; 1DEJ A; 2VGM A; 2XY6 A; 1Y64 A; 3RR8 A; 4C23 A; 1JXE A; 3CM5 A; 4GV9 A; 4ZHR A; 1SL2 A; 4Z4F A; 1I39 A; 4RTF D; 4CZJ A; 3KTQ A; 1RTD A; 5KQ8 A; 3H3N O; 1IKX A; 5EOY A; 2F4V K; 2PY5 A; 1YTA A; 1QQO A; 2P51 A; 4PKH A; 3VQP A; 1IH7 A; 1HPZ A; 3RTV A; 1SS6 A; 4DLG A; 3I33 A; 4H4O A; 4MDA A; 3G0Z A; 5AQM A; 4FW1 A; 4DQS A; 4ILH A; 4CJP A; 3V9U A; 1UA0 A; 1C0M A; 4B9L A; 4DTR A; 1OVQ A; 4DG1 A; 1XC9 A; 1N32 K; 3N4P A; 4B9U A; 2J4R A; 5KI6 A; 2HNY A; 3F9M A; 4MDB A; 4CJW A; 4JAX A; 4BRP A; 2KTQ A; 1CXQ A; 3E01 A; 2NRR A; 1GLL O; 3OBY A; 1X9S A; 3NVK A; 3TWH A; 1TK8 A; 2O8B B; 3HJF A; 2Z1I A; 1HYS A; 5AQV A; 4LF9 K; 1TKX A; 2BH1 A; 4IEI A; 5AQW A; 4CGJ A; 4FZZ A; 5J1E A; 4F3O A; 2KKZ A; 5BRF A; 4Z4E A; 5HRR A; 3O4Q A; 1HNX K; 4DTP A; 1VAZ A; 4KHP K; 3QEP A; 4RW6 A; 1NJZ A; 3RRG A; 1OH6 A; 3V1R A; 3TPQ A; 2ZWH A; 1T6C A; 4A61 A; 4AHS A; 3AO1 A; 1NLV A; 2D0O A; 5DMR A; 2LSN A; 3CCM N; 4B8C A; 4BDZ A; 3ZSQ A; 2DY4 A; 3AVG A; 3I0R A; 4W5R A; 4MFB A; 1EO1 A; 4BRD A; 2FC0 A; 2X6N A; 2EHG A; 2QKB A; 5EVZ A; 3EY1 A; 1T6D A; 1XWL A; 3KIO A; 3C6T A; 1E4G T; 3J80 O; 1HJO A; 1IJJ A; 4LC9 B; 3AA5 X; 1YJN N; 4FJG A; 2E2Q A; 3MDQ A; 4B1Z A; 3OYK A; 3ZT0 A; 3IRX A; 3SI6 A; 4CCH A; 2I7P A; 2KLA A; 1IKW A; 4WQ5 C; 3AAQ A; 3NDK A; 4M42 A; 3M8R A; 3QEV A; 4WQ4 A; 3IFR A; 1UA1 A; 2FBV A; 4K42 A; 4CGI A; 3KZB A; 3OW2 M; 2VCP A; 4XH1 A; 3CCV N; 3QIC A; 5E26 A; 4Q0B A; 3VN5 A; 1C1A A; 3DXK B; 1VQ6 N; 1RBV A; 2V52 B; 4CGF A; 3VQC A; 1NGI A; 1WNS A; 1ASU A; 4M3W A; 1YIJ N; 1S9E A; 4JV5 K; 3DRP A; 4BRM A; 4FJK A; 1J6Z A; 4YFU A; 3DRS A; 5AQS A; 1NK5 A; 4C1N I; 4AM6 A; 3ZSO A; 1GLC G; 4OLB A; 5BPN A; 4UY8 O; 3OYN A; 2FBX A; 2DFE A; 1VSI A; 3MAQ A; 3V9X A; 2YKN A; 3DM2 A; 4FOI A; 1KLM A; 4OKE A; 3HOT A; 4AIL C; 2OPQ A; 4M45 A; 3BF1 A; 1TUY A; 1BUP A; 3EZ5 A; 5LMU K; 2O8E A; 3U3G A; 1IG8 A; 3THW B; 3DXK A; 2Q1N A; 4H5R A; 3A0I X; 5J2M A; 4O8K A; 3HSC A; 4JLH A; 2HBK A; 4H5V A; 4FJ7 A; 1QHT A; 3QIP A; 5I42 A; 2JWK A; 3GE1 A; 4DTN A; 4DU3 A; 4EZ9 A; 5CE3 A; 4Y0W A; 1Q9Y A; 2ATQ A; 4FJN A; 4FYD A; 4FLX A; 3SAH A; 5KRS A; 4JI6 K; 1RTJ A; 2G8U A; 4YNQ A; 3WNH A; 5I3U A; 4FWQ A; 4CED A; 1O13 A; 4CZK A; 2YI1 A; 3PX4 A; 4BRC A; 3ID8 A; 3QBX A; 4YOW A; 1EXQ A; 3VQA A; 1B92 A; 4LF8 K; 3THW A; 4BC2 A; 1NGD A; 1V4T A; 4HHT A; 4LFA K; 3MEC A; 4JI4 K; 1SKW A; 3U9D A; 3CPW M; 3CYM A; 5AQX A; 3DYA A; 5LY3 A; 1S72 N; 2QM1 A; 4DQ8 A; 2IVO A; 2UXB K; 1BIU A; 3J8A A; 1N5Y A; 3WUH A; 1YAG A; 4QS8 A; 1NK4 A; 4BY9 C; 4B1V A; 5KGW A; 3VGM A; 5GAH P; 3CD6 N; 1LCU A; 1R0A A; 4F8R A; 3D0P A; 3O9T A; 5DM6 L; 4H5N A; 4BVO A; 3LDQ A; 2FBT A; 4CHN A; 4FM1 A; 3J7Z O; 1JCG A; 1TAQ A; 4JKC A; 4FPB A; 4RW9 A; 4PHT X; 5HRS A; 1S9G A; 4X64 K; 3LZI A; 4ISG A; 3TI0 A; 1K8A O; 2ZJP L; 4M7X A; 4CF0 A; 2E4L A; 3IDH A; 4KH5 A; 2A5X A; 2FSJ A; 5TKW A; 3MN7 A; 1Z25 A; 4IOX A; 5FRN A; 3ENB A; 3NH2 A; 3DLH A; 1NKC A; 4CZH A; 1XMO K; 2RPI A; 3NAE A; 4ISE A; 3P31 A; 3ZT3 A; 3LWL A; 2HVI A; 3ZET B; 3SZ2 A; 3FZM A; 3NE6 A; 4DFJ A; 4PQU A; 2ASM A; 1RNH A; 2E2N A; 3MMV A; 1JLQ A; 2QEX N; 2O4G A; 5T7B A; 4DR7 K; 5TKY A; 3VEX A; 1N36 K; 3AVL A; 3HPG A; 3IG1 A; 4BE1 A; 2OYQ A; 4FWL A; 4H0X B; 3BY5 A; 1L5U A; 5KTQ A; 5F1X A; 5HBM A; 4JI8 K; 4B9V A; 4HCB A; 3J7Y P; 5DK5 A; 4N56 A; 3WQT A; 5HP1 A; 1MA9 B; 1RDC A; 4MLH A; 4QS7 A; 5AQK A; 3ASM A; 4AM7 A; 3CFP A; 4C8O A; 1C0U A; 1GLA G; 4BC5 A; 3B8A X; 4IFE A; 3ZET A; 3HPO A; 1MWM A; 1ZYQ A; 4N41 A; 5KPZ A; 3NCI A; 2XY7 A; 3CJ1 A; 3NGI A; 4JKG B; 4DV5 K; 3GOI A; 3RMA A; 4BRK A; 2UXC K; 3VQ7 A; 2Z1J A; 1RT3 A; 1HQE A; 1KSP A; 2FF3 B; 1OH5 A; 1NGA A; 1MWK A; 3OYD A; 2UUB K; 1YIT N; 4NYN A; 1FW6 A; 4HWI A; 5E41 A; 4YOV A; 3F73 A; 1M90 O; 5AZJ A; 1SV5 A; 3HOS A; 4CEB A; 3SCX A; 3EL2 A; 5FPD A; 3MN6 A; 1TYQ B; 1Q9X A; 4ELT A; 3RMC A; 3AVH A; 3CJ9 A; 3AVB A; 4A2A A; 1TUU A; 4DTX A; 3BDP A; 5FLX O; 3CME N; 3V81 A; 2D5R A; 2B5J A; 4JKG A; 4CJK A; 5LL6 Z; 3QNO A; 1I3A A; 2HNZ A; 4GMJ B; 4ILJ A; 4DUZ K; 2YJF A; 3SV4 A; 1YJW N; 1WAJ A; 3O4W A; 3W3D A; 3ZT2 A; 1JLE A; 4NYF A; 5E84 A; 1NMD A; 1BI4 A; 4ID5 A; 3SUN A; 1W7A A; 4N76 A; 3CJA A; 4CK2 A; 3DLL L; 1J9A A; 3QB0 A; 1IO2 A; 1TYQ A; 1ZBL A; 1JXB A; 3LM9 A; 5AQG A; 4JKA A; 4AHR A; 3HO1 A; 4W5Q A; 2NRW A; 4IJN A; 4FWR A; 4FLT A; 4C8K A; 4FJM A; 4LH5 A; 5BR9 A; 1W9H A; 4IKF A; 3CPE A; 1HNZ K; 1A5V A; 2HBM A; 3QER A; 2IOC A; 2CH5 A; 2E6L A; 3UB5 A; 2HB5 A; 2NUB A; 2A6A A; 2JWL A; 2QWQ A; 3HK2 A; 4FPA A; 3C7N A; 4Z4H A; 1NK9 A; 3P1G A; 2HMP A; 3C6H A; 2OZM A; 3C6A A; 1W0H A; 3D6R A; 4FJJ A; 5CZ2 A; 1J53 A; 4O44 A; 4CD1 A; 1NK6 A; 2P1J A; 4CVN E; 4YDU C; 4WCE L; 4E1N A; 2ZF5 O; 4Z94 A; 2IAJ A; 2BTF A; 3LAK A; 1OH7 A; 2IC3 A; 3ENH A; 3OYH A; 3BEX A; 1LWC A; 4BGA A; 1RBT A; 3NMU A; 4CZL A; 3P38 A; 1P90 A; 2HOE A; 1G15 A; 3ZT4 A; 4DTO A; 2FF6 A; 1ITG A; 3WNF A; 3PIP L; 1L3S A; 4WYB A; 3P4I A; 1KFD A; 3SMP A; 1VSK A; 3O9U A; 1HX1 A; 3OVN A; 3D45 A; 2E2P A; 3WQU A; 4DV4 K; 4OVL A; 4IBN A; 1BQM A; 3CCU N; 3THY A; 2ITG A; 4BVP A; 4NO7 A; 5AQN A; 1ZC6 A; 4JI3 K; 3SQ2 A; 4WQ5 A; 3MCA B; 1SKR A; 1N33 K; 2YHY A; 2YNF A; 3FLC O; 4R5P A; 1A5W A; 3WXI A; 1ZBH A; 1K9M O; 4JRP A; 4ZTJ A; 3CER A; 3CHW A; 4H5T A; 4GKK K; 4GY2 B; 3LP0 A; 1EP4 A; 2AA4 A; 3E9O A; 4O5B A; 1QHA A; 1D9D A; 1Q8I A; 2YHB A; 1KC8 O; 1GLJ O; 3H46 O; 3KLF A; 4IZ9 A; 1BG3 A; 3VGL A; 2P9L B; 1YUW A; 1TL3 A; 4DQI A; 2PFU A; 5B8H A; 2KZM A; 3BP8 A; 4CEA A; 3KLE A; 2I5J A; 1JCF A; 1XHZ A; 4AHC A; 3CFO A; 4HTL A; 1KVC A; 3VES A; 3JS6 A; 4EAH D; 3AVI A; 4KKO A; 4FWK A; 4H03 B; 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4KB0 A; 3SLC A; 5HOO A; 3DLG A; 1X9M A; 3KLI A; 1S1X A; 3PY8 A; 5EX5 A; 4CEO A; 5AR0 A; 3TAG A; 4B08 A; 3VPZ A; 4JEP A; 4AQY K; 4BR2 A; 3TAM A; 2UU9 K; 5C12 A; 1TGO A; 3KWG A; 3TAR A; 3HRG A; 2PAV A; 2QWM A; 3VTI A; 1JKH A; 2XY8 A; 4AH9 A; 1YT3 A; 2A41 A; 3DAW A; 3ATU A; 4GVM A; 2PYL A; 1YVN A; 3M6G A; 2KW4 A; 3FZL A; 1HNV A; 3JXU A; 3O80 A; 1A5X A; 2WUS A; 4CEF A; 4CJS A; 2Y1I A; 3FFI A; 3VER A; 2A1S A; 5BR8 K; 1DTT A; 3AVF A; 3LDS A; 4GKJ K; 3DLR A; 3MX2 A; 1WSI A; 4IG0 A; 1TKT A; 3CM6 A; 3LPT A; 4FK2 A; 2HHU A; 2VG6 A; 5LJV A; 3OYA A; 3RR7 A; 1BGX T; 3KJV A; 1J5O A; 2O4I A; 3T1A A; 4C8M A; 1XI1 A; 3AA4 A; 2ZJQ L; 3WXK A; 3D2E A; 3O1W A; 4JRQ A; 4JYA K; 4B9S A; 3OYB A; 4DSJ A; 5HL7 L; 1U2V A; 2GEM A; 2A3Z A; 1U6Z A; 3QLH A; 4G9Z A; 4H0P A; 4UQG A; 2GX9 A; 4JNE A; 5AZI B; 4W5O A; 2IDO A; 4OKJ A; 4WFB L; 5GAD P; 4CHP A; 5EU7 A; 4DKW A; 3SAG A; 3MEE A; 2QWR A; 4FVU A; 3EE8 A; 4DU4 A; 2O8E B; 1DKG D; 3FGU A; 5HLF A; 1VQ4 N; 4HCC A; 3EYZ A; 3MED A; 4KI6 A; 1SAZ A; 3ZEU A; 5AQP A; 2KQ2 A; 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