3NMUA

Crystal structure of substrate-bound halfmer box c/d rnp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 117
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nmuA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nmuA01
2OZBB 1NT2B 3ICXA 3ID6A 3NVMA 5GIOA 3T7ZA 3NMUA 3GQXA 2NNWA 3GQUA 5GINA 3NVKA 3SIVB 3NVIA 5GIPA 3PLAA 4BY9C 3SIUB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KPTA 3IDHA 2Q1NA 3V03A 4GV6A 4JKEA 3EL2A 1J5OA 3F5TA 5AQUA 4JD2A 1LWFA 5BN8A 5B8HA 3MMVA 1QQNA 1S9EA 3WXJA 3A5MC 1KFDA 2DFFA 4CESA 4LB2A 4CIEA 3D2EB 1VSIA 1VQON 4O8UA 4LY7A 4O55A 4LC9B 4JLHA 2D5RA 1ATRA 3HVRA 4FK4A 1QQMA 1HK2A 3DM2A 4H0YB 4JI2K 1NOYA 3VN5A 4RTFD 4BRKA 4M3WA 3T1HK 1KD1O 2ZF5O 5HRPA 1X9WA 3PX0A 3QEWA 3C7NA 4DS5A 4JEPA 4AILC 1NGDA 3VEVA 3R1XA 1J78A 3VENA 2DG5A 3P5JA 3L2RA 3S3MA 3ITHA 2JLEA 2GUIA 2LQHA 3CM5A 3I0SA 3BEXA 3RRGA 3M6GA 1CZBA 2QWOA 4OT2A 1YUWA 5J2NA 4DSEA 3HBTA 3PUFA 4XH4A 3V9ZA 2P9UB 4WQ4C 1WB9A 4F2RA 4FK5B 3AVKA 2HVIA 4BDYA 5D3GA 3KZBA 1SL2A 4W5RA 4E19A 4Y0WA 3MHSB 1BL3A 4B3MK 3Q7CA 1GNJA 1GLEG 3CCLN 2F8SA 3LANA 1HLUA 3EYZA 1NKEA 3ENBA 2BXGA 4JAXA 4QCLA 1QSSA 3U3GA 2GWKA 1WAJA 4CK1A 4CFAA 5FROA 1RT3A 5KTQA 3V1QA 5GHKA 3HM8A 5AQNA 3B8AX 1GNIA 1IO2A 3VQ5A 1W9HA 2ASPA 3OYGA 3R9PA 3RMBA 1NKCA 1JLBA 2BXFA 4NLBA 3LDNA 3LWLA 2CGJA 3H45C 1H1VA 4X64K 3KJLA 4FW2A 1Z25A 1VHXA 4CJTA 2P9KA 4HUEA 4OLBA 2UYTA 4KFBA 3O9SA 4PHTX 4DTXA 3MCAB 1BISA 4N5SA 3CCRN 4KH5A 4RW9A 1DTTA 3F9MA 4JHDB 1J7EA 4KB0A 3DLBA 4I9QA 2YNFA 5HRNA 1JJ2M 5AFUH 1QE1A 4DTUA 3CC4N 2FSJA 5GINA 3O4WA 3KLIA 3VEZA 1BU6O 3L2UA 3E01A 2ZGZA 1HNZK 3HXMA 4BE1A 3DAWA 3VTIA 1NJXA 1JKHA 3GL1A 5HROA 3TI0A 5LY3A 4DSFA 1BQMA 3P39A 3RMAA 1VQLN 2ATQA 3IUCA 4DV5K 3NFAA 3VERA 3B9MA 2GV9A 5AQVA 1T6DA 3NH2A 2YKNA 3NF9A 4JI7K 3BZKA 4IDHA 4GNIA 3GQUA 2I5JA 4FWMA 3RMDA 3LAMA 5KQDA 3DYAA 3MX2A 3UKUB 3TSUA 1E7GA 1W97L 2KZZA 1BOTO 3OTOK 3H37A 2X74A 1X3MA 3AO4A 3UE5A 2Q0RA 5HL7L 3HM9A 3DMJA 2NRXA 4OGCA 1X9MA 4BR4A 1IBLK 2O8CA 2OPSA 5GAHP 4BVOA 3BGRA 3S9HA 2XRIA 4K43A 4ILJA 1HNIA 3SPZA 4KI6A 2A1SA 1NGFA 3A8YA 1XUPO 2DPNA 3ZCMA 4DTNA 1KW2A 4CEQA 5E84A 1WSIA 3NGIA 3WHSA 4HTLA 4WFBL 3SJHA 4R79A 1HJOA 1HRHA 3LZJA 2KZMA 3SIUB 3EE8A 4EIAA 4B9QA 3JXUA 4FWOA 1E4FT 2WUSA 4U7BA 5IIHA 1HPMA 2EFCA 4OGEA 4Z69A 4BRFA 1FJGK 4OX9K 3F73A 3LU7A 2JWLA 1RBTA 5HRRA 1RILA 3LAKA 3VEXA 1RT5A 1VSDA 1IJJA 1D5AA 4WQ4A 5IJFA 2YHXA 2QMCA 1WAFA 3ATUA 1VQPN 4CGHA 4CZLA 1J54A 3NH0A 1N33K 2VQFK 5BRFA 4JD2B 1IKYA 2HBKA 4O8KA 4I6MA 2HF4A 1QS4A 3KK7A 3SJJA 2D0PA 3AVJA 5IFOA 1QHTA 4IO8A 4NAWB 2OZMA 3THYA 1MM8A 4NB4A 1U47A 3MN6A 4CECA 3IG1A 3N4QA 4JKGB 4ISGA 1GLCG 4PL8A 4CW7B 3SV4A 1MU2A 1QHAA 4Z4FA 1NK0A 3OBWA 5IIUA 1NK8A 3BP8A 2OT3A 1G15A 5EU7A 4CJ4A 3P4IA 4S1YA 1N6QA 2YHAA 2BX8A 3OS2A 4KAZA 1Z6RA 1AO6A 4B08A 4YFUA 2YHBA 1KSPA 3N4PA 2P9SB 3AVLA 1IG9A 4DTMA 4WYBA 3MECA 4M3RA 2BH1A 2XO7A 1S1UA 4HTUA 4CJVA 4OO1J 3FZKA 3V9XA 4DQIA 1HK1A 3VQ9A 1Q8IA 3PX4A 3ENHA 2BXQA 4MQ3A 3VQAA 5CYQA 4DFMA 5BRDA 1HUXA 3FZFA 1UOCA 4O4GA 1TUYA 5F0XA 3WUHA 2G8IA 3PLAA 1N32K 2HHTA 2O4IA 1UAXA 4PWDA 2I7PA 2GEMA 3QEVA 2FBYA 3SUNA 3RR8A 3CCUN 4Z9OA 4FJ9A 4N76A 4LF6K 4AM6A 3V1OA 3QETA 2YX6A 4B9LA 2P9KB 1MWMA 3RSEA 1A5WA 5AQGA 1XNQK 2HHSA 1HYZA 5HP1A 2YHYA 4Z4CA 3ATVA 3TU5A 3M3ZA 3LDQA 4DFKA 4FJNA 2A3ZA 4KPYA 4XEIA 2A1RA 4H03B 4C1NK 4B1VA 3M1FA 3U3YA 5AR0A 2B5JA 1BIUA 4BR7A 2HMIA 4B3RK 4DR1K 4MFBA 1VSMA 3K0SA 3UB5A 3DLRA 3HTVA 2F4VK 4N56A 4PKHA 3VA0A 1YT3A 4DR2K 5AJ3K 3ZETA 2ZJQL 5BPKA 3L6QA 3VQDA 5DMRA 4YOXA 4FSVA 2CKXA 3V9UA 3CFPA 1SKWA 1E7IA 3ZLJA 3G9KD 1C1CA 4CHZA 3NF8A 5C25A 4HWIA 2FF3B 3CPEA 4IBNA 3L2VA 1MA9A 1S3XA 3VF4A 1K6YA 1U2VA 4BC5A 4C8MA 2ASMA 4AHUA 1NGBA 3FE1A 1HKBA 3JS6A 4FZYA 2XVQA 2E0XA 2RN2A 1RDCA 3C95A 3KLHA 4LB9A 1XC9A 1TK0A 2O8CB 3GDQA 3V6DA 2ZE2A 2QWRA 3M99C 5AZJA 3SQ1A 3OY9A 2Y1JA 4A5BA 2ZWHA 3V4IA 4CK3A 4CGDA 1HKGA 2X78A 5M1QA 1NGHA 1HKCA 3TSPA 2E6MA 2NRWA 2I30A 1H5WA 4RW8A 2WOMA 4DQSA 2BXNA 4BACA 2FBXA 1RT4A 2VWKA 1KAXA 3O3HA 2P9UA 3IKMA 3L4IA 1J5EK 4LFAK 3RRHA 4OKJA 2G8VA 1ZYQA 1TYQA 4ICLA 3C94A 1C0TA 1LAVA 4GY2B 4CEEA 1FW6A 3DWLA 3ENOA 4EHUA 3CG7A 3FNMA 4IXCA 3W0LA 4ZBKA 3MN7A 2KFNA 4FJJA 2P51A 2HBMA 3HPOA 1YJNN 1ILYA 1NGIA 4I6MB 3O9TA 4PQUA 4O0JA 4JI6K 3DRRA 1S1WA 1Q81O 3OJUA 2NQOA 1N5UA 1KXPD 5HLFA 3THYB 1T7PA 4B9UA 1C1BA 1P8ZA 1SV5A 5AQSA 4HCBA 2CGKA 3CJ7A 4KTZA 1NK9A 1WNSA 1RFQA 4KTWA 4B1UB 4H0VB 3T1AA 3SIVB 3WHRA 1FK9A 4DU3A 4YNQA 5ADXA 2O8DB 2A40A 4JKAA 1JLFA 5ID7A 4FLXA 3R3LA 2QM6A 3A2FA 3F9KA 2QW9A 3EZWA 3A5OC 4FLWA 3ISNC 3CCMN 3SQ0A 4DV0K 4CVNE 5J2PA 5JVHL 3TAGA 4QAGA 1BA1A 2NRHA 2ZD1A 3VQ6A 3EKSA 4WQ5A 2E4LA 1E7HA 3C6UA 3CD6N 1RDDA 4OJRA 4M3XA 1U49A 4JRPA 2UXBK 3LDSA 4CEAA 2HHUA 4DTSA 5SWMA 3I8DA 2V7YA 4FVMA 1M90O 1DKGD 3P31A 3CCSN 5IIXA 1XQSC 4BR2A 3PSIA 4G01A 3MEDA 3HPHA 3K9JA 4QS7A 3CQ8A 4M3ZA 1ASUA 1BIZA 4FIPB 2IS3A 4TQ0A 1HA2A 1NG9A 5JMVA 4IFYA 1KFSA 2NUBA 3L4QA 4H5NA 1KC8O 3TTDA 1VQ6N 1LCUA 4G1QA 5M1KA 2Q31A 2RHKA 1BO5O 4B1YB 4CF9A 2DBWA 3HI0A 3UKUA 5BR8K 4OKKA 3CJ1A 1BHLA 1ASVA 2YJFA 2QHBA 4ILHA 3VQ8A 3NH1A 1EX4A 1S22A 4ELUA 3P1GA 3G0ZA 3J80O 4DCHA 4PUOA 1LOTA 1BUPA 3DI6A 4CEOA 5C0YA 3KIKA 2W40A 4JI3K 5EOYA 3RSEB 4X66K 2A5XA 4F9OA 5D7GA 2OA8A 2XY8A 4CI6A 5JS1A 2BANA 5IT9O 4DSKA 4EMXA 3L2QA 3L8BA 3V81A 3UIQA 2JWKA 4JS4A 2PYLA 3I33A 3NVMA 4EP5A 1BKEA 1JL2A 4PL7A 4DV1K 2O8FA 4OVLA 4YOVA 4XIUA 5C42A 3VA3A 3DRPA 4CF0A 1RBUA 1UA1A 3ZETB 3C0BA 3K2PA 3T69A 1LW0A 5C15A 1R59O 1P90A 4E3SA 2NRTA 2CH5A 2BXEA 4E1JA 4KHUA 2BTFA 5EVZA 1U4BA 4CZFA 4FJGA 3KWIA 1Q7YO 1G99A 3SMSA 4FM0A 3VGKA 5M1FA 1MA9B 3CCVN 5DM7L 1U2VB 2DTUA 5AZIA 4G9ZA 4A61A 4ZCGA 4IOAL 3I8BA 3A5NC 4JKGA 3LP0A 2Q97A 4F5TA 4H5RA 4WF9L 3QB0A 2HHVA 2F8TA 3E9OA 1TGOA 3K5NA 4Z94A 1A5VA 4A57A 5AZJB 2GELA 1RT7A 2Z8IA 4J2EA 3U8XA 2WTUA 1C0MA 1IJGA 4DQ8A 2DY4A 1SL0A 3WXMB 2HB5A 1IKWA 2UUBK 4K8ZA 2HSTA 5AQMA 3AVGA 4AHRA 4QOZB 1QVGM 2P9LA 3D7EO 1BDGA 2CH6A 4B8CA 4BY9C 1REVA 3E1YA 4DTJA 5AQOA 2P9SA 1HYSA 3VOVA 1EXQA 4D7XA 5M1PA 3TARA 1MIWA 4CD3A 1WSFA 1TYQB 3J7YP 5J2QA 2QWLA 1T3VA 4FWKA 2V52B 4BRGA 4NCAA 2BXLA 4CHYA 4E7LA 3KD1E 4JKFA 3SNNA 1N8RO 4N47A 3MDQA 1XWLA 1J53A 1VK0A 2QWMA 1BA0A 3O1WA 3CCQN 1ZBFA 3KD5E 3ZSXA 4IOXA 4CZHA 4L8RB 2PBDA 4ID5A 4CJFA 1U04A 4H8KA 4JKDA 3O9RA 2KLAA 1VQ8N 5BPNA 1IV0A 4BG9A 1SAZA 2E2QA 1JLEA 4KO0A 3VQ7A 4CK2A 4CJKA 3R6MA 1TL1A 2NNWA 3QNOA 3UKRA 3SI6A 1GLAG 3SMPA 1NT2B 4F4KA 3OYFA 3SAFA 3AARA 2KWFA 4Y1DA 4J2BA 1V4SA 3HPGA 3CFRA 1FKPA 4O5FA 2BXBA 2VG7A 1E7FA 4CF8A 2RF2A 5CZ1A 3AAPA 1Y64A 3WNEA 4KH4A 3QFUA 4F3TA 1B9DA 1X9SA 4CJ7A 3ALYA 4BGBA 3KK1A 3GE1A 1ESVA 1OH7A 3RR7A 1Q18A 4E7HA 3CERA 5BR9A 3CCEN 1KTQA 3LM9A 4OPKA 3MXMA 2B6AA 3BUZB 4HGKA 4FLYA 4I2QA 4W5TA 3DLGA 4BRMA 2PZSA 5JICA 1SB0A 5I3UA 4M42A 1VQ4N 1NGGA 4LSLA 1F21A 5CHIA 1I94K 3OYAA 3PIPL 3MEEA 4FYDA 2WFBA 2W42A 4LFBK 5AQIA 3GG4A 4BREA 3QINA 4DKWA 2VGNA 5KRSA 1TF0A 2WC9A 2DYMA 2XW0A 1HMVA 3FFIA 4GKJK 4WCEL 3M8SA 3RMCA 3OJSA 3GOIA 4I2PA 1GOBA 3AGRA 1LOTB 5ADXH 1Q9XA 1D8YA 4YORA 3D45A 2ZM6K 2Z1GA 2E2PA 4AF1A 4TQ1A 4CE9A 4NYFA 5FDLA 4M3TA 1KVAA 2VG5A 4M3YA 4I9OA 4M41A 4CF1A 4RWTA 4KHYA 4LF8K 5E41A 2H3GX 3MHHB 4CHOA 4U67L 5JLFA 4BRQA 1N34K 4JK4A 4LA0A 3L0QA 4BRIA 3NE6A 3ZSQA 4K25A 4Z0UA 4F5VA 3ZSWA 3VF6A 4CERA 3DLKA 4BRDA 1MWKA 4O5BA 2O8FB 2HBLA 1VSLA 3OYKA 2VCPA 3PV8A 5BRHA 1GLLO 5F2RA 2EHGA 4F5SA 4B3OA 2ITMA 4C8LA 3CCJN 4YOUA 1WBBA 4IWVA 2HNZA 2VGMA 2E20A 3ZSZA 4FLVA 5A2QO 3NF6A 4YHHK 5SZTA 1KQSM 4CGFA 3DLHA 1RGIA 1BGXT 2FC0A 2DYOA 4BRAA 4FJIA 1EWQA 1IG8A 3AO3A 4KH6A 1NJYA 4PO0A 4I7FA 2HHQA 1ZC6A 1TVRA 3PX6A 5C10A 5AZIB 1E7CA 1VSJA 2HOEA 2BXAA 2YV0X 3QICA 3OBYA 5DBYA 2O8DA 1Q9YA 4Z4IA 4B9VA 4JYAK 1JCFA 1ASWA 1ITGA 3OYEA 4IW2A 3K57A 2HNYA 4FLTA 4ZHRA 3AVAA 1WUAA 4CZGA 3VQIA 1NGEA 1NOZA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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1K8KA 4BRNA 3ENOA 4CBWA 4EHUA 2QI2A 2OTJN 4IXCA 1LNSA 3FNMA 4BVPA 1EO1A 2KBZA 2GX9A 3W0LA 4F5UA 2JUHA 4ZBKA 4FOEA 3MN7A 4L9QA 2HBMA 4EHTA
chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OZB B;  1NT2 B;  3ICX A;  3ID6 A;  3NVM A;  5GIO A;  3T7Z A;  3NMU A;  3GQX A;  2NNW A;  3GQU A;  5GIN A;  3NVK A;  3SIV B;  3NVI A;  5GIP A;  3PLA A;  4BY9 C;  3SIU B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KPT A;  3IDH A;  2Q1N A;  3V03 A;  4GV6 A;  4JKE A;  3EL2 A;  1J5O A;  3F5T A;  5AQU A;  4JD2 A;  1LWF A;  5BN8 A;  5B8H A;  3MMV A;  1QQN A;  1S9E A;  3WXJ A;  3A5M C;  1KFD A;  2DFF A;  4CES A;  4LB2 A;  4CIE A;  3D2E B;  1VSI A;  1VQO N;  4O8U A;  4LY7 A;  4O55 A;  4LC9 B;  4JLH A;  2D5R A;  1ATR A;  3HVR A;  4FK4 A;  1QQM A;  1HK2 A;  3DM2 A;  4H0Y B;  4JI2 K;  1NOY A;  3VN5 A;  4RTF D;  4BRK A;  4M3W A;  3T1H K;  1KD1 O;  2ZF5 O;  5HRP A;  1X9W A;  3PX0 A;  3QEW A;  3C7N A;  4DS5 A;  4JEP A;  4AIL C;  1NGD A;  3VEV A;  3R1X A;  1J78 A;  3VEN A;  2DG5 A;  3P5J A;  3L2R A;  3S3M A;  3ITH A;  2JLE A;  2GUI A;  2LQH A;  3CM5 A;  3I0S A;  3BEX A;  3RRG A;  3M6G A;  1CZB A;  2QWO A;  4OT2 A;  1YUW A;  5J2N A;  4DSE A;  3HBT A;  3PUF A;  4XH4 A;  3V9Z A;  2P9U B;  4WQ4 C;  1WB9 A;  4F2R A;  4FK5 B;  3AVK A;  2HVI A;  4BDY A;  5D3G A;  3KZB A;  1SL2 A;  4W5R A;  4E19 A;  4Y0W A;  3MHS B;  1BL3 A;  4B3M K;  3Q7C A;  1GNJ A;  1GLE G;  3CCL N;  2F8S A;  3LAN A;  1HLU A;  3EYZ A;  1NKE A;  3ENB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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