3NVKA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIRLVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase/rna
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 107
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence F
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvkA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvkA01
1NT2B 5GIPA 2OZBB 3SIUB 3NVKA 3ID6A 3PLAA 3T7ZA 3NMUA 3SIVB 3GQUA 3NVMA 5GINA 3NVIA 5GIOA 2NNWA 3ICXA 4BY9C 3GQXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PX6A 1QSYA 4IOXA 5E84A 1N6QA 4HVJA 2OZBB 1JLEA 2ETJA 2QWLA 2XW1A 1VK0A 1KTQA 2PYLA 4FJHA 4DM0A 1FKPA 4FLZA 4JI1K 4LC9B 3ENHA 4MO4A 4PO0A 3D2FA 4B1ZA 1TXUA 1QQOA 4Y1DA 3ZSVA 4CJSA 5ID9A 4JRQA 3AV9A 2Q0UA 2UU9K 4KHPK 2VWJA 2YCHA 3L6QA 3RMCA 1IH7A 1XWLA 1XI1A 3D2FB 4C1NI 4HGMB 2QWQA 4PA1A 5KTQA 3UKUA 4L9QA 3NHGA 1E7BA 4F5TA 3SAFA 1QE1A 3IDHA 3IS9A 1U6ZA 4GV6A 1MDUB 2E88A 3QBWA 2NRHA 3GA9L 4JKDA 3CETA 3PV8A 3G71N 3O3FA 1HK5A 3EE9A 4CIFA 3HPHA 3QERA 3UKUB 1WSGA 2V7YA 3J7YP 1Q9XA 5EX5A 3L2VA 1WN7A 4NCGA 4FWOA 4CD3A 4A2BA 1D8YA 4J2EA 1EWQA 4JKFA 2XSIA 3CX9A 1NBWA 1MA9A 4B9NA 3I0SA 2EWSA 1NK4A 1HK1A 5AQIA 2ZD1A 3ZSZA 3E9LA 2I2ZA 4GMJB 4DR7K 1JCGA 3LP0A 1KFDA 3CJAA 5AQWA 1MA9B 1NK9A 1KXPD 4MFBA 3RRHA 2VDBA 3GG4A 3WXLA 3HOTA 3AVHA 3HSCA 2W6KA 2BXFA 4PHTX 3UIVA 1S72N 2LOQA 4AHCA 3H1QA 2BTFA 4DFJA 4JEPA 1VSFA 5AQMA 2P5OA 4AHUA 4Z4FA 3MAQA 2QKBA 3D45A 3AO5A 4BR7A 3T7ZA 4W5TA 1BQMA 4BC2A 3WHQA 5LMNK 1L5UA 1VQ4N 2KHOA 4CZLA 2XW0A 4IG3A 1TAQA 3U4LA 5LMUK 4DFKA 3DXKA 1UA1A 1NK6A 3TAEA 1BKEA 2NQOA 1UOCA 3MEGA 1TK5A 3SV4A 3SYZA 1HK4A 2G8HA 4O8KA 2QMCA 3DXKB 2UUCK 3NDKA 4E3SA 3QIPA 2CGJA 4M3YA 3O3HA 4B1XB 3VETA 1GOBA 1Q9YA 4G04A 4B9QA 4H03B 4JI6K 3BGRA 1QVFM 2KFZA 2PYJA 2E6MA 2J4RA 4WCEL 1TF0A 1NJXA 3CCUN 4B1YB 4CK2A 3SJHA 4N0FD 3MHHB 1NK8A 3VQ5A 3QEWA 3SAHA 2XVQA 1KVAA 1JNBA 4LF5K 3SBTA 4IFVA 1J5EK 3DLHA 2FF6A 4H4OA 4IOAL 1TV6A 3O1BA 4FPAA 1ATRA 3E9PA 1BWFO 1ASUA 3TTFA 3GQXA 3VOVA 4BRLA 3IG1A 4OKJA 4BQLA 1B9DA 1NGGA 3C6HA 4IDHA 5FDLA 1KQSM 4OLBA 3TU5A 3TANA 3NGIA 3UIQA 4NB4A 4FJLA 1ZBHA 3CCJN 1LWCA 1DT9A 3LZJA 2OA8A 1Z25A 5AR0A 4DKWA 1T05A 4FJNA 1RDBA 2XHBA 2ZF5O 2O4IA 3TABA 1TKTA 3OYHA 3QNOA 4YDUC 4JK7A 3WXMB 2HHTA 4LH4A 4A2AA 4YDUA 4JK8A 4R5PA 2IAJA 2QEXN 2DBWA 3Q7BA 1OH6A 4IJNA 1BUPA 2O8FA 2WTUA 4B9LA 2F8SA 3MX5A 4CEAA 3KD1E 3HM9A 2X74A 4JKAA 4FK4A 5AQFA 4CFBA 4BRCA 4DV7K 3ZSOA 3ISNC 5JLHA 5HRRA 1X3NA 4OGEA 4ELUA 2DY4A 4A5AA 2BXLA 2O8FB 3ASMA 3RMAA 2R7YA 3QDKA 1RCHA 5IT9O 1BI4A 4CHZA 1ZBFA 3BEXA 1JKHA 1YJ9N 1SKRA 2IS3A 2OPSA 4F2RA 3OBWA 2G8VA 3DXMB 4A5BA 2OYQA 1KLNA 4C23A 1OKJA 3WQTA 4CZEA 1NJWA 4GDXA 4ZBRA 1BI4B 4IEEA 3QLHA 4OO1J 3DWLA 3LWLA 4KHQA 4RG8A 4CIEA 4O0IA 1BA0A 5GADP 1MWMA 1VQ9N 3S3OA 1SZ2A 1CXUA 3RWUA 2VCPA 3V08A 1XC3A 2X6SA 2AA4A 3PY8A 1BDGA 3BZKA 3OYLA 4GDKB 4LF4K 5F1XA 3HYFA 3L4QA 1DEJA 4WFAL 4CHQA 1C0UA 1A5XA 4I6MA 2HBMA 2Q0RA 2ZGYA 5HP1A 2YI1A 4ZBQA 3HP9A 4IEIA 1KDXA 1GLJO 5AZJA 4K8ZA 3L0QA 4I6MB 4M3WA 2OTJN 1H1VA 2F8TA 3U9ZA 1EETA 4CFCA 5AZJB 1HPMA 3VN5A 4CECA 3PUFA 3A8YA 1IJGA 1K9MO 4UQGA 3ECPA 2ZE2A 3J7ZO 3QO9A 3NF7A 1IBKK 2IVNA 2G8FA 1S3XA 1ZBSA 3TAPA 3FZLA 4H0YB 1DKGD 1NGCA 5DM7L 1C1BA 4NYNA 3NH1A 1JL2A 1S1VA 3HRGA 4CVNE 3AO2A 1GNJA 1Q82O 1RILA 3LDOA 4NAWB 1IG8A 3B6OA 4H5TA 3G10A 3A5OC 4DF8A 5KRTA 3M8QA 3QBXA 3DAWA 3AY9A 3W3DA 4WE1A 4CESA 4ICLA 4BDZA 1ASVA 5IWAK 4FZYA 2E2OA 3EZ5A 3VTIA 4CJPA 2F96A 4DQPA 1ZBIA 3O1WA 4IKFA 2LXSA 4FPBA 4FZXC 4F3TA 1NU0A 4B9MA 3MN6A 2V7ZA 2D0AA 4M41A 5C0YA 2OTLN 5HOOA 3TI0A 2O8CA 3SLCA 1J5OA 4YORA 5HROA 5AQXA 2UUAK 1ILYA 2DFHA 3RSEB 3QNNA 4BRHA 5I42A 1IKXA 2O8CB 5JLFA 1TL3A 4L9KA 2PAVA 3R8EA 4PKIA 5D3GA 2OZMA 3A2FA 3WUHA 2QXLA 5KGXA 4WYBA 3TTDA 1OH7A 1XMOK 5A2QO 2VWKA 4H5WA 3MXJA 4ZTFA 3CM5A 1L3TA 1WSJA 1TKXA 4IFYA 5GINA 3LP3A 5HRPA 3OJSA 2Q3SA 1E3MA 3MWPA 1I3AA 2ZJRL 3CCEN 4JI3K 3P1GA 1KSPA 3WXKA 3L2QA 2HHWA 3AA2A 3THWA 2QK9A 3DYAA 3IFRA 1HPZA 4B9TA 2Y1IA 3B9MA 2AP1A 2QA4N 2X6NA 4EP5A 1IKWA 3CHWA 3L3VA 5BR9A 4Z4GA 2E20A 3THWB 3NMUA 1BA1A 4GV3A 3VERA 1X9WA 3SQJA 4DLEA 4JI7K 1T03A 1Y97A 2QW9A 3SJJA 4LH5A 3THXA 3G9KD 1S22A 1N33K 4EHUA 4D7XA 2CGKA 2PZSA 2P9PA 4CGJA 3LWMA 4FOEA 4JHDA 3NF9A 5JVGL 3THXB 4FXDA 4CJKA 2Q36A 3VQ8A 2PBDA 2NLXA 2P9PB 1S9GA 1GLCG 3LM2A 4JHDB 4LFBK 3RVCA 3VPZA 4KV8A 5E26A 1DTQA 5CZ2A 3EN9A 3ZETA 2CGLA 4DU3A 3T1HK 3O9TA 2IVOA 4FLXA 1Z6RA 3LALA 3KLFA 4BRGA 3ZX0A 3TARA 1O9XA 1R0AA 3ZETB 2O8EA 4N47A 4FLWA 3ID6A 2LQHA 3AAQA 5EY4A 1M90O 3FWCC 4DQ8A 1FJGK 2P9LA 4JKEA 3CYMA 1BIUA 4CJ7A 3KD5E 4CZMA 2XY8A 3CCQN 4OLAA 1A5VA 2O8EB 2W42A 3S3NA 1I39A 3VA0A 2QM1A 2OZSA 2O4GA 1NT2B 2P9LB 3ZX2A 3PO5A 1ZBLA 2V51B 1NK0A 2BXBA 4O0JA 2OPQA 3O4WA 3VQ6A 3BUZB 2BXQA 1T7PA 1NK5A 3ZT1A 4C8LA 4PUOA 1BIZA 4BRIA 3V9UA 1T6CA 3BDPA 3CCSN 1GLBG 4WQ4C 4DSJA 4KI4A 2Y1JA 4WQ4A 1HR0K 4J2BA 1S5JA 3KWIA 1VFIA 4BR0A 3CIPA 1KAXA 3GL1A 3J81O 4FJGA 1J7EA 5TKYA 5BRDA 1YITN 1ATSA 1RTDA 3HBTA 2KW4A 3MN7A 5J1EA 4DV3K 3KLGA 2G8UA 3H1VX 1GOCA 3VEOA 1CZAN 3OVNA 5IIXA 2BXCA 3DOLA 2NRTA 1FXXA 5D7GA 5CZ1A 4OTUA 2AJQA 3QFPA 2XVWA 1S1XA 5MLCQ 5EOYA 2BXIA 2P9KA 4BRPA 5AQUA 3OYGA 3RMBA 3CC7N 4JI2K 2UXCK 3BPJA 3FZHA 1EKEA 3L8BA 4DTNA 3K2PA 5HLFA 4OKKA 4HCBA 3ZSWA 2P9KB 4CJ4A 2UXDK 3FGUA 4GVEA 4JKHA 4DTOA 2NZTA 3BP8A 3AVMA 3ATUA 5J2NA 3LAKA 3SI6A 1WUAA 4DCHA 1C0GA 4ILHA 1TL1A 3I55N 3SMPA 1TKDA 4IWVA 3MEDA 3NBPA 1E7HA 2GUIA 4J2AA 5AQPA 4BREA 3OYJA 4DF4A 1TUUA 5FRMA 3CJ9A 1C0MA 4K71A 4B9VA 1ATNA 4C8MA 1ZBUA 4XEIA 1HYVA 1NGEA 1P8ZA 2OPRA 1LNSA 3B9LA 3P4IA 4DR1K 1T6DA 4OTTA 2BUPA 1NKBA 3HP6A 1YVUA 3VQPA 3U3YA 2WBNA 3CPWM 3QESA 2K0NA 4BG8A 4LUFA 5M1QA 1XNRK 2QXFA 1W2BM 1WBBA 1MIVA 3VQBA 4FJCB 1MU2A 4BGAA 3WNHA 3ZSQA 4BRMA 4F5VA 5C42A 5CYMA 4HTUA 1YVNA 4DQIA 1LOTA 4GY2B 1HA2A 3VQ9A 5LL6Z 5AQKA 3F9KA 4YOUA 2FF3B 4ILGB 3H45C 3GE1A 3THVA 1MUHA 1VHXA 1MIYA 4JK9A 1LOTB 3K59A 2P9NA 4QS8A 5T7BA 5BR8K 2B5JA 4BR5A 1UAXA 3V1QA 4OPAA 4ZC6A 4DMNA 4JLHA 2P9NB 4BR9A 3PSFA 4CEQA 1S1TA 5TKWA 5M1OA 4KB1A 3FZFA 3T3FA 5J2MA 1KVCA 1JLGA 3LAMA 1BGXT 4Z4EA 1IJJA 3C6UA 2Z8KA 3AA3A 4IFEA 2OPPA 1TGOA 4F3OA 3FFIA 4C8NA 1RTIA 3S41A 1BJ5A 3O9SA 5BN8A 3HOSA 4TQ1A 1HKCA 4O44A 5B5TA 3QFUA 4CEFA 3CCLN 4H5VA 1J78A 3DM2A 1SV5A 4OT2A 1BG3A 2A41A 5LJWA 4LFCK 1B92A 3ULDA 4FYDA 4JI0K 4RW8A 2YV0X 3CJCA 3QIOA 1HX1A 4ISEA 4DTPA 1IG9A 3SBGA 2O8BA 3OYIA 5J2PA 2ZQBA 4FWRA 3O4QA 2YNGA 4K43A 5GHKA 3V6DA 3V81A 4X65K 4NCBA 2VQEK 4MLEA 2O8BB 1BCMA 3THYA 4FJ9A 1Q18A 2O8DA 4CIGA 2RPIA 2XY5A 4CJQA 1LWFA 2ZWHA 2W40A 4QAGA 4J8FA 2VGMA 3THYB 3LU6A 5AQJA 4KHSA 4R79A 3KK1A 4B9UA 2O8DB 4FJIA 3TAGA 1HK2A 2DYMA 5FLXO 4LA0A 1BO5O 1VQKN 3N4QA 3OYDA 2PFUA 2ZM6K 4DV6K 2HHUA 1ZXOA 3SUOA 1NGJA 4OGCA 1NGHA 1T44A 1VQON 4FJ7A 4FO0A 3EZWA 4W5NA 4K41A 4BC3A 4W5OA 2F9WA 3VENA 4BDPA 5BPKA 3O9QA 4ID5A 2XRIA 3C65A 4FK0A 1CZBA 5SWMA 4DTJA 2Z8IA 1Z05A 3ZT0A 2RHKA 3ZEUA 4FZZA 2Q2RA 3AVIA 3P31A 3V09A 3MCPA 4JKBA 4FVMA 1BHLA 1I94K 1SAZA 1CXQA 3OBYA 5M1FA 3ZEUB 4O8UA 4BRFA 2PY5A 4CJVA 1VAZA 3TSQA 3I33A 3DLKA 1D5AA 1H5WA 4IW1A 4DSIA 4KTZA 4G1QA 3LDLA 5F2RA 4DR5K 4WQ5C 4LF9K 3AGKA 4IG0A 4BRDA 4WQ5A 4M3XA 4O4GA 2P51A 3N4PA 2D0BA 3LM9A 3JS6A 2QWPA 3FWBC 3AA5X 3KZBA 2F7TA 1GLAG 3M3ZA 4KB0A 5JS1A 2QWMA 1Q8IA 2QI2A 4M3RA 2WUSA 5KQDA 2NNWA 3KK7A 4CF8A 4CHOA 2GWKA 1WSIA 2X78A 4NLBA 4Y0WA 2NRZA 2BX8A 1W0HA 4PL8A 4CJ5A 1U45A 3CC4N 1YXQA 3FR0A 4CEBA 3HM8A 4B3TK 3M99C 1BCOA 1N34K 1NOYA 4RCHA 4AM6A 2HF3A 3CM6A 2FLOA 4KFBA 5GIOA 4CBWA 1C6VA 1R59O 3TWHA 4L8RB 4PKHA 2P9IA 2P9SA 5KQ8A 2HBJA 2YHBA 1OH5A 1BISA 2KQ2A 5CR4A 1S9EA 4G01A 1YJWN 2BXDA 1VSIA 1TK0A 2P9IB 2P9SB 2HSTA 4HHTA 1HNWK 4DSFA 3VF6A 4DV1K 3E9OA 2GX9A 5KI6A 5JICA 4C8OA 4M70B 3R3LA 1JLBA 5ID7A 1GNIA 3K57A 4DU1A 3U8XA 4N56A 4FM2A 3D2EA 3M8SA 1EQYA 3Q7CA 4JS4A 1IO2A 1GLLO 4GKJK 1QVGM 4JV5K 3AVNA 3VEZA 4ZTJA 3VQQA 4KAZA 3A73A 5EU7A 4BE1A 2HHXA 3VEYA 2EFHA 3F5TA 3D2EB 4RW7A 4AHRA 3LPUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NT2 B;  5GIP A;  2OZB B;  3SIU B;  3NVK A;  3ID6 A;  3PLA A;  3T7Z A;  3NMU A;  3SIV B;  3GQU A;  3NVM A;  5GIN A;  3NVI A;  5GIO A;  2NNW A;  3ICX A;  4BY9 C;  3GQX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3PX6 A;  1QSY A;  4IOX A;  5E84 A;  1N6Q A;  4HVJ A;  2OZB B;  1JLE A;  2ETJ A;  2QWL A;  2XW1 A;  1VK0 A;  1KTQ A;  2PYL A;  4FJH A;  4DM0 A;  1FKP A;  4FLZ A;  4JI1 K;  4LC9 B;  3ENH A;  4MO4 A;  4PO0 A;  3D2F A;  4B1Z A;  1TXU A;  1QQO A;  4Y1D A;  3ZSV A;  4CJS A;  5ID9 A;  4JRQ A;  3AV9 A;  2Q0U A;  2UU9 K;  4KHP K;  2VWJ A;  2YCH A;  3L6Q A;  3RMC A;  1IH7 A;  1XWL A;  1XI1 A;  3D2F B;  4C1N I;  4HGM B;  2QWQ A;  4PA1 A;  5KTQ A;  3UKU A;  4L9Q A;  3NHG A;  1E7B A;  4F5T A;  3SAF A;  1QE1 A;  3IDH A;  3IS9 A;  1U6Z A;  4GV6 A;  1MDU B;  2E88 A;  3QBW A;  2NRH A;  3GA9 L;  4JKD A;  3CET A;  3PV8 A;  3G71 N;  3O3F A;  1HK5 A;  3EE9 A;  4CIF A;  3HPH A;  3QER A;  3UKU B;  1WSG A;  2V7Y A;  3J7Y P;  1Q9X A;  5EX5 A;  3L2V A;  1WN7 A;  4NCG A;  4FWO A;  4CD3 A;  4A2B A;  1D8Y A;  4J2E A;  1EWQ A;  4JKF A;  2XSI A;  3CX9 A;  1NBW A;  1MA9 A;  4B9N A;  3I0S A;  2EWS A;  1NK4 A;  1HK1 A;  5AQI A;  2ZD1 A;  3ZSZ A;  3E9L A;  2I2Z A;  4GMJ B;  4DR7 K;  1JCG A;  3LP0 A;  1KFD A;  3CJA A;  5AQW A; 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 1ATR A;  3E9P A;  1BWF O;  1ASU A;  3TTF A;  3GQX A;  3VOV A;  4BRL A;  3IG1 A;  4OKJ A;  4BQL A;  1B9D A;  1NGG A;  3C6H A;  4IDH A;  5FDL A;  1KQS M;  4OLB A;  3TU5 A;  3TAN A;  3NGI A;  3UIQ A;  4NB4 A;  4FJL A;  1ZBH A;  3CCJ N;  1LWC A;  1DT9 A;  3LZJ A;  2OA8 A;  1Z25 A;  5AR0 A;  4DKW A;  1T05 A;  4FJN A;  1RDB A;  2XHB A;  2ZF5 O;  2O4I A;  3TAB A;  1TKT A;  3OYH A;  3QNO A;  4YDU C;  4JK7 A;  3WXM B;  2HHT A;  4LH4 A;  4A2A A;  4YDU A;  4JK8 A;  4R5P A;  2IAJ A;  2QEX N;  2DBW A;  3Q7B A;  1OH6 A;  4IJN A;  1BUP A;  2O8F A;  2WTU A;  4B9L A;  2F8S A;  3MX5 A;  4CEA A;  3KD1 E;  3HM9 A;  2X74 A;  4JKA A;  4FK4 A;  5AQF A;  4CFB A;  4BRC A;  4DV7 K;  3ZSO A;  3ISN C;  5JLH A;  5HRR A;  1X3N A;  4OGE A;  4ELU A;  2DY4 A;  4A5A A;  2BXL A;  2O8F B;  3ASM A;  3RMA A;  2R7Y A;  3QDK A;  1RCH A;  5IT9 O;  1BI4 A;  4CHZ A;  1ZBF A;  3BEX A;  1JKH A;  1YJ9 N;  1SKR A;  2IS3 A;  2OPS A;  4F2R A;  3OBW A;  2G8V A;  3DXM B;  4A5B A;  2OYQ A;  1KLN A;  4C23 A;  1OKJ A;  3WQT A;  4CZE A;  1NJW A; 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