3O3FA

T. maritima rnase h2 d107n in complex with nucleic acid substrate and magnesium ions
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEAGRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSKQLSPAKRERLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVNGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna-rna hybrid
molecule keywords Ribonuclease HII
publication title Crystal Structures of RNase H2 in Complex with Nucleic Acid Reveal the Mechanism of RNA-DNA Junction Recognition and Cleavage.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 82
structure length 222
sequence length 222
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o3fA00
1RBTA 1WN7A 3KLIA 4OKKA 3QNNA 4H8KA 1UAXA 5KGWA 4M42A 1SV5A 1EX4A 2ZD1A 4J2EA 4N5SA 3HPGA 3TAQA 1BIUA 4FJJA 2XHBA 1SL2A 1RBUA 3LDSA 3C94A 3CFRA 4KPYA 3LZIA 3AVMA 4E7LA 1IO2A 2QK9A 3OYMA 3MXIA 3VQPA 2VG5A 4CJWA 5CZ2A 3WNGA 2YNHA 4E89A 4O0IA 4JRQA 1NJXA 3O4NA 4M3RA 1T7PA 3QINA 4CJ5A 4CJRA 4DTPA 4KKOA 3HSTB 4OJRA 1S1VA 1A5WA 4B9NA 4O5BA 3HO1A 4BDYA 4FK4A 5HRNA 1KCFA 1RDBA 3SPZA 1T03A 4C8LA 1F21A 4C8NA 1XHZA 1HYVA 2RKIA 4AILC 1NOYA 3AA2A 3M8RA 2YV0X 4O0JA 4KB1A 3TWHA 4CJFA 1SKSA 3OYKA 1QSLA 2FBYA 1TVRA 3PY8A 3I8DA 3NDKA 3T1AA 3TAEA 2HMIA 2Z1IA 2G8IA 4QOZB 3O4QA 1VSHA 3ZSXA 2G8WA 1S1UA 4FZYA 1W0HA 3KK3A 2KZMA 3L3VA 2HHXA 3KD1E 4IBNA 4BE2A 3OYDA 5CYQA 3OS2A 4CIGA 3K59A 1ZBHA 1FKOA 1L3UA 4CJEA 3LAMA 1NKCA 3OJSA 2Y1IA 3K5MA 3P5JA 3S9HA 2P51A 4UQGA 3FFIA 3K5NA 2HHQA 4DTMA 1L5UA 4PA1A 4PWDA 1BCMA 3HYFA 3P1GA 1TAQA 3BDPA 3WNHA 4DSJA 4N76A 2HB5A 4KO0A 5FROA 2QKKA 3RWUA 3T19A 3AO2A 2DFEA 3QERA 1WSFA 3SUQA 1RILA 3QLHA 2E6LA 3KLFA 4OLAA 4FZXC 4FLXA 2Z1GA 3UIQA 4DTOA 4B08A 4F3OA 4ZHRA 2IAJA 3K2PA 1Z25A 3TAPA 1T8EA 3ASMA 2IGIA 4W5NA 4XIUA 4AHUA 4EP4A 4Z4FA 4FLWA 5SWMA 2D0CA 3IS9A 4LSLA 4E3SA 3C6UA 3SQ2A 1QSSA 4I9LA 3HPOA 4FJMA 4E7HA 5J2QA 4HUFA 4PQUA 4R5PA 2X74A 3VQEA 4JLHA 3VQ7A 5HLFA 4KTQA 4N41A 4KHSA 4CHQA 2YNIA 5C24A 4CF2A 1JLCA 2Y1JA 4LD0A 3JYTA 3SQ4A 4W5RA 2A1SA 4B8AB 3OYIA 3LP3A 3DRPA 4LH4A 5E41A 1KTQA 1VSIA 5KI6A 1RBSA 4Q5VA 2OPSA 4F8RA 3RMCA 1KLMA 1WAJA 2DFFA 3HP6A 1FK9A 1I3AA 4AHRA 4DQSA 3QETA 1RDDA 4E0DA 1CXUA 3MAQA 1NK9A 1RCHA 3NF9A 3ZSYA 2DY4A 1C1CA 3IAYA 1JXBA 4YFUA 3OS0A 1HQEA 3PV8A 3AO1A 2BDPA 4M3WA 3V4IA 3D0PA 1D5AA 4ZTFA 3OYGA 3DLBA 4OGCA 2NUBA 2BANA 3O3GA 4CK3A 1N6QA 4CEEA 1ZYQA 4K8ZA 3BGRA 4DSFA 5FRMA 4DSKA 4B9VA 2R7YA 3SQ1A 5SZTA 4HHTA 4AHVA 4M3ZA 2WOMA 4FLZA 1XHXA 4BACA 4KHUA 1D9DA 1TGOA 4GMJB 1XI1A 1BIZA 2RF2A 4ID1A 3OYJA 4DU1A 4DSIA 4BE0A 3NF6A 4BDZA 3RRHA 3ITHA 2X6SA 1U48A 4FJHA 4QCLA 4B9TA 3ZSVA 1JLEA 1WAFA 3AVLA 4CEAA 3DMJA 1TL3A 4CHYA 4Z4IA 3AVJA 2ZQBA 3NE6A 1EKEA 3QESA 4FJNA 3ALYA 3KTQA 1RDAA 3U3GA 3KLEA 3KKSA 1TL1A 1WNSA 2FBVA 3L2VA 3KD5E 3DLEA 1A5XA 2Z1JA 3V1RA 3V1QA 4BDPA 1HYSA 4CF9A 1JLAA 4Z4CA 2E4LA 1Z26A 4KV8A 1SKRA 2HVIA 3ZT2A 5HROA 4J2BA 4ZTJA 4CFAA 4CFBA 4HCBA 3I0SA 1J54A 2DTUA 1IH7A 1NK5A 1CZBA 4E1MA 4KRFA 1FXXA 1YTAA 4KI6A 3MEGA 1C6VA 3L8BA 3ZCMA 3KIOA 3EY1A 1BISA 3LP2A 4CF0A 2P5OA 4CHPA 1C0TA 1D9FA 4IKFA 1WLJA 4JRPA 4B3OA 4IG0A 1D8YA 4B9LA 5J1EA 3NHGA 2XRIA 1TV6A 3ZSQA 4BE1A 3QEPA 3NGYA 4KTWA 5KRSA 3LAKA 3LP1A 1QSYA 1RNHA 1ZBIA 4CFDA 3HP9A 1CLQA 4DS4A 1C0UA 1B9DA 3O3HA 2XY5A 1HPZA 3ZSZA 3HM9A 2VG6A 3DI6A 2HW3A 2XY8A 1SL0A 4DFPA 3F73A 1TK0A 4NYFA 1Q8IA 1J53A 3PX0A 1WSIA 3QIPA 1JLFA 4CERA 2D0BA 3AA5X 2AJQA 2ETJA 2Z1HA 1TKDA 3LANA 1B9FA 2ATQA 1NKBA 2G8FA 4CHZA 4E7IA 3VQ8A 1RT1A 2YHAA 1LAVA 4Y1DA 4B8CA 3THVA 1SKWA 4CEDA 1U04A 4RW6A 3NH2A 3LALA 1BI4A 3TARA 3LPTA 3L2QA 3AVCA 3AO4A 1BHLA 3DLKA 3OVNA 5CYMA 3KLGA 2HHUA 4NYNA 1C0MA 2IOCA 3PX4A 1RDCA 3SUOA 3DOLA 4F4KA 5KGXA 1IKWA 2ZE2A 1NK7A 2KFZA 4IDKA 2WONA 1K6YA 5K14A 3OYCA 2IDOA 3I0RA 3PO4A 3SV3A 3QEWA 1IKVA 4DQQA 3HVTA 1QTMA 3M8PA 1UA1A 1G15A 2XO7A 3L2UA 5D3GA 3AA4A 1RT2A 3HXMA 1JLQA 4CEZA 4FLVA 2FBXA 3DM2A 1LV5A 1BI4B 2PYLA 2OZSA 4DTNA 3AVBA 3CFOA 3PUFA 3SYZA 4TSXA 3DLHA 2BGGA 2OPQA 4ELVA 4KAZA 1S1XA 3L2RA 5C25A 4OPKA 4OVLA 2G8VA 1IKYA 1BQNA 3O3FA 4DTSA 2HHWA 2P1JA 3V6DA 4FJ9A 3G10A 1KLNA 1NK0A 1TKXA 1JL2A 1J5OA 4NCGA 4OGEA 4EP5A 4F2SA 1IKXA 3KJVA 4BWMA 3AO3A 2HNYA 4FZZA 4DS5A 4FW2A 4DQIA 4FJKA 1ZBLA 4H4OA 4CJLA 3QO9A 5I3UA 3AA3A 1ASVA 4DFKA 2YKMA 5T7BA 1UWBA 2EHGA 3ZT4A 1GOBA 3V9UA 4CGGA 3NGIA 2DFHA 4DFMA 5FRNA 3SQ0A 2O4IA 4RW8A 1RT4A 3SJJA 4FJLA 3KLHA 4CF1A 1KVBA 1S9EA 2YKNA 1R0AA 2QKBA 4F3TA 4M3YA 3CG7A 3V9SA 1Q9XA 1U49A 4FW1A 3RRGA 2FBTA 3TAMA 4M3TA 1FKPA 3ZT3A 1RT7A 4FM0A 3F9KA 4GVMA 3OYNA 1NKEA 4EZ9A 2VWJA 2X78A 3TI0A 5HRRA 4OKJA 3VQBA 1HYZA 4J2DA 1N5YA 1U45A 4NCBA 4KHQA 1T05A 1UA0A 3LPUA 4CJVA 2X6NA 5CY4A 4FK0A 4E7KA 1RTDA 3ISNC 2HHSA 2OPPA 4CJ4A 4DU4A 4FK2A 4CJSA 2I5JA 3K57A 1HMVA 1RT3A 3SI6A 4FLUA 3S3NA 4N56A 2ITGA 4DSLA 4KI4A 4N47A 4AHSA 3ZT1A 1I39A 4CEOA 4I2PA 5KTQA 3K5LA 4DLGA 1ZBUA 1BQMA 1EXQA 2JLEA 4CECA 3M8QA 3NH0A 4CGJA 4PY5A 3A2FA 1J9AA 4E19A 4DTJA 4CJQA 1L3SA 4KHYA 2E6MA 4CCHA 2GUIA 1KRPA 3CYMA 5I42A 4Y1CA 3EZ5A 3G0ZA 1U47A 1NJWA 4HCCA 1DTTA 1JXEA 4BWJA 3QNOA 3QEIA 4KHWA 5JS2A 1KSPA 1HJRA 3HJFA 4O55A 3OYHA 2P5GA 3NCIA 3AVGA 4HVJA 4CJTA 3VQAA 1DTQA 4CE9A 4KREA 5C42A 3VQDA 4O44A 3OJUA 1ASUA 5KRTA 3K58A 1NK4A 4CGIA 3E01A 4FM2A 3SPYA 4G1QA 1LWCA 4B9UA 5HBMA 2B5JA 4FLYA 4CJKA 3PX6A 3CFPA 1RBRA 1NJYA 2G8KA 4I9QA 3U3YA 4FYDA 1KFDA 4FJIA 1VRTA 3V9ZA 1ZBFA 3CM6A 5JS1A 1TK8A 3IG1A 4Z4GA 2OYQA 3RR7A 1BL3A 1S9GA 1L3VA 3DRRA 1S1TA 1ASWA 1QHTA 3H08A 3MEDA 5DK5A 4DQRA 4L8RB 4Q0BA 2RN2A 3WNEA 2HVHA 4KTZA 4FJ7A 4JS4A 2B6AA 1YTUA 2B4JA 3AV9A 2KQ2A 3VN5A 4HTUA 4DU3A 4OKEA 4J2AA 2PY5A 2F8TA 1GOCA 4RW7A 1S5JA 2YNGA 1JL1A 4M45A 2W42A 1W9HA 5FDLA 4KB0A 4EZ6A 4CFCA 3VQQA 2G8UA 4KHNA 4C8OA 2YHBA 2HHVA 2RPIA 4W5QA 2VG7A 1A5VA 3DLRA 3DOKA 4W5TA 2G8HA 1VSDA 4WE1A 2KW4A 3TR8A 1SL1A 3EYZA 1BGXT 1HNVA 3AVFA 3QEXA 4M3UA 1RT6A 3KK1A 1O1WA 4FJ8A 1RBVA 3B6OA 4CHNA 3MXMA 4K8XA 2F8SA 3MECA 3P83D 4IFVA 4CGDA 5J2NA 1X9WA 4CESA 1TK5A 4H4MA 4FM1A 2GBZA 2IC3A 1JLBA 1VRUA 2HNDA 1Y97A 2LSNA 3AO5A 3DRSA 3NBPA 3QIOA 5DMRA 1S1WA 3VQCA 3LZJA 2O4GA 3ULDA 4C8MA 1NOZA 3OS1A 3SNNA 3RMBA 2HHTA 1JKHA 3ZSWA 3NH1A 3RMDA 3TABA 3WNFA 3LWMA 1MU2A 3V9WA 4DSEA 3VA3A 4DTRA 1RT5A 4AH9A 4DF8A 2D0AA 4B9SA 4F2RA 2KZZA 4GW6A 2HNZA 3DLGA 3S3OA 4LY7A 3KK2A 2OPRA 4RW4A 4AHTA 3VQ4A 4CEFA 3TAFA 1NK8A 3HVRA 4ELUA 3JSMA 4M41A 1CZ9A 4CIFA 4CEQA 3SUNA 1HNIA 3D45A 5EU7A 3NGZA 3OYEA 3NF8A 3AVAA 4I7FA 1REVA 3AVNA 3VQ6A 4FJXA 3MXJA 4MQ3A 1WSJA 3CQ8A 1KVCA 1X9SA 4OLBA 3OYBA 4CIEA 3MEEA 3C95A 4ELTA 1HQUA 3K5OA 4FVMA 4FLTA 1CXQA 1IG9A 1ITGA 1TAUA 4ID5A 5HRSA 4HUGA 1Q9YA 2PYJA 4Z4EA 2EX3A 2FC0A 1EETA 1VSMA 4IG3A 3M8SA 3KKRA 3SV4A 3DYAA 2XY6A 1KFSA 1KVAA 3ZSRA 1LAWA 4Z4HA 1U4BA 1NK6A 3LP0A 3U6FA 2XY7A 3CM5A 4LSNA 4CJ3A 4QAGA 1LWFA 1YVUA 2VWKA 3HK2A 2A1RA 4CK2A 3V81A 3AVIA 3AVKA 4HUEA 3SCXA 1SUQA 3IRXA 4RG8A 3QEVA 4DWIA 1HRHA 5J2PA 1RTHA 1RTJA 3C6TA 2JGUA 4FXDA 1DLOA 2QXFA 4AHCA 3RTVA 1VK0A 4RW9A 4CK1A 4DTUA 4FJGA 3OYAA 3SZ2A 4DTXA 1VSLA 4DFJA 4IFYA 4FJ5A 1UOCA 1TKTA 3OY9A 4B9MA 2OA8A 1JLGA 3L2WA 4DF4A 1QE1A 4ICLA 1XWLA 3OYLA 3T3FA 4NCAA 1VSEA 1S6PA 4YNQA 5J2MA 3AVHA 1XC9A 1WSEA 3V1OA 1BCOA 3VQ5A 4OPJA 4JS5A 1NJZA 1RTIA 3B6PA 1LWEA 2KFNA 3VQ9A 3RR8A 1LW0A 3V9XA 1VSFA 1VSKA 4DG1A 2GV9A 4CJUA 1LW2A 4Z0UA 4DMNA 4C8KA 2BE2A 4W5OA 2IS3A 1B92A 1VSJA 3ZT0A 4CGHA 4CJPA 1C1AA 4MFBA 4CHOA 3LWLA 2OZMA 4KFBA 4PUOA 4DLEA 4E7JA 1X9MA 4M3XA 1GOAA 3L3UA 3ZSOA 2KTQA 1QQCA 3NAEA 2YNFA 4DQPA 1X1PA 1EP4A 1YT3A 2D5RA 3S3MA 1WSHA 3HT3A 4CEBA 3PO5A 3OYFA 2F96A 4LH5A 3HL8A 2PZSA 1WSGA 4CF8A 3SUPA 3RMAA 5HP1A 3TANA 3TAGA 1C1BA 4FCYA 3NFAA 3VA0A 1TKZA 2Q3SA 4O4GA 3NF7A 5CZ1A 4I2QA 4E1NA 4CGFA 5HRPA 1L3TA 3HPHA 1QS4A 1S6QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OKKA 3QNNA 4H8KA 5KGWA 3BF3A 3H6EA 1SL2A 2WTUA 4KPYA 3H45C 4E7LA 3VQPA 2VG5A 5E26A 2VWBA 5CZ2A 3WNGA 2AA4A 4E89A 5EX5A 3O4NA 3LDOA 5M1NA 2QM1A 4I6MA 4OJRA 1A5WA 3HO1A 5HRNA 1KCFA 4C8LA 3AA2A 3M8RA 5TKYA 4BR9A 3T1AA 3QFUA 3O4QA 4I6MB 4E1JA 3OYDA 1Q18A 3K59A 4FSVA 1ZBHA 3J7AP 3MX2A 4CJEA 3LAMA 3PSIA 2GX9A 4UQGA 2HHQA 3SBGA 3NVMA 3AAQA 1WSFA 3QLHA 4WQ5C 1W97L 4OLAA 3FZMA 1VQPN 4ILJA 4ZHRA 2IAJA 3K2PA 4FLWA 3ZLJA 2D0CA 3CI5A 3IS9A 1VQ6N 3C6UA 3HPOA 4QS8A 5J2QA 4HUFA 4PQUA 3T7ZA 4N41A 4JLHA 4KHSA 3FZFA 1YF5L 1IJJA 3O08A 2VYPA 4BRFA 2Y1JA 3LP3A 1OVYA 4PKGA 3DRPA 1KTQA 5KI6A 2OPSA 1KLMA 2DFFA 4AHRA 4IOXA 4DV2K 3NF9A 3IAYA 4DV6K 3D0PA 1D5AA 3C65A 3DLBA 1HJOA 2E2QA 5LJWA 3BGRA 3CETA 5LMUK 4B9VA 2R7YA 3SQ1A 3KHYA 5SZTA 4AHVA 4XH1A 1NWKA 4BACA 1TGOA 4QS7A 2A40A 1XI1A 4ID1A 3OYJA 1S3XA 3NF6A 5ADXH 5JMVA 3DMJA 1TL3A 4CHYA 4Z4IA 2ZQBA 1EKEA 3QESA 2W40A 5LL6Z 3ALYA 5AQVA 3KTQA 2W41A 5BN9A 3KKSA 1JCEA 1TL1A 5C2DA 3DLEA 1A5XA 2Z1JA 1HYSA 4BDPA 5EXWA 1JLAA 3WXMB 4FL9A 2ZGZA 3CD6N 3I0SA 3OBWA 4KRFA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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