3PLAA

Crystal structure of a catalytically active substrate-bound box c/d rnp from sulfolobus solfataricus
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords Pre mRNA splicing protein
publication title Structural basis for site-specific ribose methylation by box C/D RNA protein complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 134
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3plaA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3plaA01
5GIPA 5GIOA 5GINA 3NVKA 3SIUB 3NVIA 1NT2B 3NVMA 3SIVB 3ICXA 3GQXA 2OZBB 2NNWA 3PLAA 3NMUA 3ID6A 3T7ZA 4BY9C 3GQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NCGA 4FZZA 3S9HA 3DWLA 1NJXA 2OANA 3MECA 2BDPA 3QICA 4G01A 1TUUA 3CJ1A 1FJGK 4OPJA 4E7LA 3ULEA 3O08A 3MMVA 5C2FA 5I3UA 1GNIA 2QEXN 2DG5A 2V36A 3NHGA 2GUIA 4J2VA 4A57A 4DTXA 2BXOA 2D0PA 4OR0A 4H0VB 3CCVN 5SZTA 3CCQN 2ITGA 4YOTA 3FE1A 4N41A 5KRTA 1ZYQA 1L3UA 1P90A 2ZM6K 3I56N 3OBWA 1MA9B 1T6CA 5F0XA 2PY5A 3ENBA 4NCBA 4DWIA 3CIPA 2BXDA 3VESA 2XO7A 4GG2A 4I2QA 5DQFA 1TYQB 3A0IX 3WEEA 2E6LA 3TR8A 2W41A 4CFBA 5IJ5A 3FLCO 4WQ5A 2XHBA 3U8XA 2O4IA 2E1YA 4OPKA 3R1XA 3MN5A 2W42A 3BEXA 4IOXA 2NQOA 4L9KA 2BGGA 4G9ZA 4CF9A 4X64K 3NF7A 3HT3A 4B3OA 1IG9A 2UXCK 4CJ5A 2G8KA 4Z4CA 3O5BA 3ZETB 4Z0UA 2YNFA 4OTUA 3VENA 1NJZA 2B5JA 1Q9XA 4OPAA 3WXKA 4LD0A 4BRGA 1T05A 2EFCA 1S1VA 3ITHA 1K6YA 4KH4A 4FVMA 1VSHA 3W3DA 3HSCA 3AVMA 5AQSA 4E7HA 4U7BA 1LW2A 1SKSA 3OYJA 4CGGA 1HQUA 4CEBA 2QXLA 2XVUA 3VTIA 4KKOA 2X78A 3PY8A 2O8DA 4YOUA 5FPDA 3CI5A 2LQIA 2VG6A 2HHXA 2QTDA 2KBZA 5HRPA 4JV5K 4FLZA 3ZT3A 1VQMN 4NXNK 4YORA 4DSJA 3KLGA 4G1QA 4CZIA 2YHAA 3DRSA 4OO1J 4DR6K 3TTFA 4AM6A 4RWTA 2NRZA 4KH5A 1LW0A 2HF3A 5JS2A 5AJ3K 2D4WA 3E66A 1IBLK 3K5OA 2D0BA 2QXFA 5FPNA 5AZJA 1TF0A 3OYMA 3TI0A 3KTQA 2OA8A 4MO4A 3D7EO 1RGIA 5K14A 1E7IA 5BPLA 1YIJN 4CJFA 3SZ2A 1CXQA 4LFAK 4TQ1A 1UA0A 4CEQA 2F9WA 2HOEA 1RDAA 4W5NA 4JKAA 5CHIA 2Z1GA 3THXB 4JI8K 4FXDA 3KIKA 3EE8A 3P38A 4DV5K 1GOAA 3VQ8A 2NZTA 1NK7A 2HHWA 1HA2A 1N36K 1RDUA 3AA4A 2QM6A 2Z8JA 4BY9C 1IG8A 2V7YA 1P8ZA 1H1VA 4J2BA 4FJCB 4MDBA 5GINA 1CZAN 4F5SA 3U3GA 3OTOK 2LXSA 4CJSA 3TPQA 3I55N 3DLRA 1KCFA 4IZ9A 4Z4GA 3MN9A 1Q82O 1K73O 2QWQA 3KD5E 1DKGD 4CZEA 2P9UA 4BRPA 3MCAB 2BXQA 1WLJA 3FFIA 1ZBUA 3HK2A 5GAHP 1BWFO 4BRAA 4ZTFA 1HK1A 3KK2A 1HNVA 1DGKN 4C8MA 4YOYA 1A5VA 1U2VB 3LP3A 1EQYA 1GLJO 1V4SA 4OGEA 1KVBA 1T7PA 3MK6A 4FO0A 2ZWHA 1MWMA 4R79A 4O0IA 4N5SA 4OPHA 5AQYA 4OX9K 4WCEL 3VMFB 5LJVA 3H3AA 3C6AA 4UQGA 3PIOL 1Q81O 4AHSA 3HXMA 4CEAA 3M8SA 1VQ7N 4PWDA 4CJKA 1Y97A 3DAWA 2HMIA 1DT9A 3QETA 1BA0A 3OW2M 1RCHA 1J7EA 3ATVA 1HK4A 5LL6Z 4GMJB 3SJHA 2BXIA 5B8HA 3VOVA 4Z4IA 4JNEA 4IW2A 2O8FA 3AO1A 4OKKA 1HR0K 1GLCG 4BRMA 2P1JA 3S3MA 5CZ2A 4NAWB 4NYNA 2B4JA 3KIOA 3OYEA 4KAZA 1ZXOA 1O9XA 3CJCA 2BXNA 4EAHD 1BISA 4QCLA 4B1YB 1JCEA 2E2OA 4KI6A 3DOKA 3EKUA 4JKGB 3V9SA 5HRNA 3J7AP 1TV6A 3V03A 2OPQA 1L5UA 3KVGA 1TGOA 4Z94A 3JAMO 2OTLN 1T44A 3DLBA 4Z4EA 4H0XB 5B5TA 1RFQA 3ZT4A 2QWOA 5C12A 4CJ7A 4DTUA 3M99C 4CIEA 3DRRA 4LB2A 1FOUA 5AQRA 4JKFA 4F5VA 3G71N 4I6MB 3DLEA 1E78A 4PKIA 3T1AA 4DUZK 2PAVA 4BC2A 4CEOA 1YJ9N 3GG4A 3LALA 4HWIA 3K5MA 1E7FA 2ZJPL 4B3RK 1VQ5N 3LP0A 3P39A 4MLHA 1W0HA 4U67L 1C0UA 1VFIA 3BY5A 4FLXA 1U45A 1TK8A 5LMNK 3VQDA 2KW4A 4FWRA 1U48A 3KLHA 3OS0A 3SBGA 2UUAK 4WFAL 3QO9A 2ATQA 1KTQA 2VQFK 2FBXA 4JK8A 3EY1A 2OZSA 3U3YA 2VWBA 1NGJA 2OPRA 4IDHA 1BI4B 4KTQA 1J5EK 5FPEA 4IOCL 3AO4A 4AILC 3KZBA 3K59A 3ZX0A 1Y64A 2A3ZA 3QFPA 2V52B 3QINA 4CJRA 2YCHA 3THYB 2HHUA 3PX6A 2A42A 3SUNA 3H46O 3VGKA 4KHWA 3C6UA 3C7NA 5AFUA 2A1SA 1OH7A 4J8FA 3MWTA 3VGMA 4CEZA 3WXLA 1NJWA 1WOQA 4EP4A 3DXKA 1VK0A 2EFHA 3D6RA 3CF5L 3P5JA 4BR4A 1UWBA 3FWCC 3NE6A 1SUQA 5TKYA 4CJWA 5C25A 4JI5K 5HL7L 4FK4A 2YJEA 3SMSA 3H6EA 3CCUN 4A61A 1QVGM 2BXMA 2E5LK 1RT7A 3AVBA 3G6EN 2XY6A 1XMQK 2E2PA 1I94K 1Z25A 1QSYA 1BOTO 4BWJA 1G15A 2Q2RA 3SIUB 2GUTA 3ASMA 3AVIA 4GDKB 5HBMA 4KFBA 4IEIA 3AVGA 4OLBA 1JXEA 4B1UB 5AQXA 2O8EA 2BTFA 2P9KB 4B1WB 2ASOA 4HGMB 4FWSA 4ZBQA 1DTTA 3SI6A 2Q1NA 3L0QA 4H0OA 1SKRA 2K0NA 1RT1A 3T1YK 1XMOK 4MFBA 3EL2A 4DQIA 4B3SK 3LDQA 1K8KB 4B9MA 4YNQA 3KLIA 1KAYA 4MQ3A 4Q0BA 3AO5A 3AVNA 3PSFA 4JI3K 3EE9A 4WQ4A 2ZJQL 4HUGA 4DSFA 3PIPL 4EZ9A 2DYOA 5BR8K 1C0TA 2P9NB 3KHYA 3TARA 1KRPA 3LP1A 1LAVA 4FOIA 1YT3A 1VQNN 4DV1K 1BA1A 2Q97A 3OYIA 1C1AA 3HPOA 1ATNA 4PL7A 1E7CA 1S1XA 4F4KA 4LY7A 4C1NI 3SIVB 3ZT0A 4FK2A 4IKFA 2HB5A 2E88A 4MDAA 3WNFA 2HVHA 2XSIA 3WQTA 1Q7YO 3WT0A 4BROA 2ETJA 3MEEA 4DQPA 4LF9K 2JLEA 4G03A 1BU6O 3FNMA 2E0YA 4HTUA 1O13A 2IOCA 3HVTA 2VG5A 1VQ4N 1HJOA 3SQJA 3O6WA 3OS2A 3FZMA 4W5TA 1VRTA 3E9PA 3OYBA 4LUHA 1ZBFA 3Q7BA 1IBMK 3OYKA 3RMBA 2FSJA 5FRNA 3AA2A 5FUOA 2NLXA 1HK5A 4CJ3A 4IFVA 2ASMA 1UA1A 3G9KD 3MDQA 4O44A 3HP9A 2UU9K 4WQ4C 4BRCA 2DYMA 3A5NC 4M7XA 1EX4A 4LC9B 3LWLA 3NVMA 1DTQA 3CYMA 4K25A 2QMCA 2ZD1A 4BQLA 1RT2A 5HOOA 3LDLA 1KAZA 1BCOA 1HNIA 4FZYA 4O8KA 1Q9YA 3SBTA 4DLGA 4PY5A 1C0MA 3I0SA 1S6QA 3VQQA 3V9WA 3LPUA 4XH4A 4CHNA 1E7EA 2ZQBA 2Q0RA 4F2SA 4FJXA 1Q86O 3N4PA 5KRSA 4OTTA 2AA4A 5HP1A 2BXCA 5C15A 1L3VA 1ESVA 3DRPA 1BG3A 3NF8A 4FJLA 1NGBA 4N0UD 1NKEA 3M6GA 2CH6A 3ZEUB 2LQHA 3LDSA 4DTJA 1BQMA 4IXCA 4FL9A 3HTVA 1NGFA 1FXXA 5AQQA 4A59A 1JLAA 4NYFA 4CECA 5E26A 4CJTA 4ILHA 4KBOA 4YHHK 4Y1DA 3VEVA 5C42A 1BCMA 1D9FA 4BR5A 1S1WA 1SS6A 3AVCA 1VSFA 3VF2A 1EO1A 1BO5O 3FZFA 4LSLA 4H5WA 4LF4K 2GUPA 3SPYA 1CLQA 2WUSA 3SV3A 1HMVA 3PX0A 3HO1A 3HPHA 2KWFA 3CPWM 5C0YA 1GLAG 3L8BA 5BR9A 3LDPA 3LU8A 4O8UA 1IV0A 3EKSA 4CBXA 4J2AA 4J2EA 3RSEA 4CJ4A 2XW1A 2UXDK 5ELZA 3UKRA 4TQ0A 3GOIA 1XNQK 1JCGA 1HQEA 2RPIA 4LFCK 4CIGA 4WA6B 5IWAK 4DCHA 1RTIA 1U49A 4PUOA 3I33A 3AVFA 1MIYA 5C24A 1WSFA 1IKWA 1BKEA 4JD2B 1QQOA 3RMCA 1RBRA 5AQNA 4JS4A 2GV9A 2IVOA 4LB9A 4X62K 5JLHA 4JK7A 1E7GA 4E1JA 1WAJA 2XW0A 4IBNA 3KJLA 1EETA 5M1NA 3L4QA 3VQPA 1RBTA 1QHTA 5HRRA 3VN5A 2NNWA 2WC9A 3QLHA 3MAQA 2P5GA 1WN7A 4FZXC 4K71A 4L9QA 2G8IA 3VQ5A 3AA5X 1VSMA 5AQHA 3SUPA 3L2RA 4IW1A 4W5OA 3TDLA 5KGXA 3ULEB 3RVCA 3IS9A 1N34K 4BACA 1QQMA 2D0CA 4XH1A 3M1FA 2P9LA 3LZJA 2AP1A 1HKBA 4BDPA 2VGMA 4KHUA 5JLFA 4GV6A 4DF4A 1N5YA 4C8NA 1NM1A 3CJAA 4CHQA 3VTHA 3VEYA 1KFSA 3VQIA 1NGIA 4C31B 1OH6A 3IUCA 5AQWA 2E8AA 3VA3A 1TXUA 4A62A 3KK1A 4PQUA 3ID6A 3RTVA 1TAQA 3HVRA 5AQZA 4CZKA 3T1HK 4J2DA 3J7YP 2X74A 4ZUXV 1SB0A 3EYZA 3FGUA 2FXUA 3FZKA 3W1SA 3DXMB 3K9KA 5KPZA 4CK3A 5AQKA 1J78A 1ASVA 1HK3A 3QEWA 4GKJK 4NO7A 2YV0X 4FLVA 4FJGA 3TAQA 5LJWA 3V9UA 3V9XA 3ALYA 1A5WA 5KPTA 4ICLA 3IDHA 4OJRA 3T3FA 3QEPA 3DI6A 5H1SQ 4GNIA 1J54A 4FJKA 1TL1A 2OPSA 1S6PA 1W9HA 1WBDA 1A5XA 1QZ6A 3IAYA 2B6AA 1D4XA 4JEPA 5DM7L 3VQ9A 1Z26A 1IBKK 3KLFA 3K5LA 4E3SA 3SJJA 4FJ8A 4E89A 2G8FA 1YXQA 1H5WA 3MHSB 3NGYA 1YI2N 4ZC6A 1TYQA 4CGDA 3C94A 2YKNA 3F5TA 1C1CA 1S9GA 5IIUA 1GLLO 1TK0A 5KQDA 3FFKB 3H3NO 4YOWA 5KI6A 2VG7A 4GKKK 1YJWN 4DM0A 3AARA 1NK6A 4BR7A 2JWLA 4E7JA 3ATUA 2XVVA 2YI1A 3I8DA 1ITGA 4FYDA 3LM2A 1JCFA 3GA9L 3CQXA 1MDUB 3DOLA 4CHYA 3CC4N 3T19A 3BZCA 3TSQA 4JI2K 1NLVA 3ZT2A 5IIHA 3KJVA 1IO2A 3EO3A 3OYFA 4X66K 3GL1A 3VQBA 1H9ZA 1D8YA 4XH5A 2HW3A 5GIPA 4FWQA 4FWNA 4K2CA 2DBUA 4I9LA 4AHTA 1REVA 4ZBKA 3O3GA 1JLFA 4B9UA 1N8RO 3LPTA 2D1KA 5M1OA 3SQ0A 4K8ZA 4DV7K 5AQTA 1KD1O 3UIVA 2QKKA 2ITMA 1VSDA 2GTDA 4CESA 4DFPA 2QHBA 5ID7A 3NH2A 1IKVA 2X6NA 3TANA 1CZ9A 5JMVA 3THVA 2QK9A 3OHRA 2VWKA 3ZSQA 3A75A 1KVAA 3PSIA 1LOTA 1FKPA 4GV9A 3V1OA 3NFAA 4Y1CA 5FDLA 1NNEA 1TKZA 2KFNA 3TWHA 1X1PA 1NK4A 1NGEA 2KZMA 2A5XA 2G8WA 4E19A 1HNZK 4FJ7A 1YAGA 2OZMA 5DMRA 3B9LA 4BRLA 2DBXA 3AVLA 1O1WA 2XVQA 4NLCA 1S22A 4ID1A 4B9QA 2YHWA 3L2QA 1HYVA 1VSJA 4DU4A 4CJPA 4I7FA 1KAXA 3NH0A 2HNZA 3SMPA 4IG0A 4KREA 1TAUA 1OVYA 2BH1A 3TTCA 3QNNA 1YTAA 4B8CA 2R7YA 2Y1IA 4LF5K 1ZBSA 3L2WA 4XEIA 4CI6A 3EEQA 1B92A 2NRRA 4CFAA 1ILYA 3RR7A 2PZSA 3WNEA 4E0DA 5AQFA 3CPEA 4DHYA 3VEXA 1E4FT 3PO5A 3NVIA 3VQCA 2G8HA 3MCPA 4CZGA 2O8FB 1HRHA 2E2NA 4IO8A 1EKEA 3IMXA 5GAEP 2OZBB 1U2VA 3J80O 2BXHA 4AHUA 4KI4A 2ASPA 4GDXA 3BZKA 1HUXA 3PLAA 4X65K 4PA1A 4CGFA 3RR8A 4CEFA 2V7ZA 2HHVA 2Z1JA 2BUPA 3AGKA 5EOYA 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3U9DA 5GAGP 4LUHA 3Q7BA 4BRDA 3ID8A 1NMDA 3O9RA 4BR0A 3TU5A 4BGAA 1YITN 3NMUA 2H3GX 2FSJA 1N5UA 5F1XA 1VQLN 5FUOA 3H3OB 2NLXA 4M7YA 4H03B
chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5GIP A;  5GIO A;  5GIN A;  3NVK A;  3SIU B;  3NVI A;  1NT2 B;  3NVM A;  3SIV B;  3ICX A;  3GQX A;  2OZB B;  2NNW A;  3PLA A;  3NMU A;  3ID6 A;  3T7Z A;  4BY9 C;  3GQU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NCG A;  4FZZ A;  3S9H A;  3DWL A;  1NJX A;  2OAN A;  3MEC A;  2BDP A;  3QIC A;  4G01 A;  1TUU A;  3CJ1 A;  1FJG K;  4OPJ A;  4E7L A;  3ULE A;  3O08 A;  3MMV A;  5C2F A;  5I3U A;  1GNI A;  2QEX N;  2DG5 A;  2V36 A;  3NHG A;  2GUI A;  4J2V A;  4A57 A;  4DTX A;  2BXO A;  2D0P A;  4OR0 A;  4H0V B;  3CCV N;  5SZT A;  3CCQ N;  2ITG A;  4YOT A;  3FE1 A;  4N41 A;  5KRT A;  1ZYQ A;  1L3U A;  1P90 A;  2ZM6 K;  3I56 N;  3OBW A;  1MA9 B;  1T6C A;  5F0X A;  2PY5 A;  3ENB A;  4NCB A;  4DWI A;  3CIP A;  2BXD A;  3VES A;  2XO7 A;  4GG2 A;  4I2Q A;  5DQF A;  1TYQ B;  3A0I X;  3WEE A;  2E6L A;  3TR8 A;  2W41 A;  4CFB A;  5IJ5 A;  3FLC O;  4WQ5 A;  2XHB A;  3U8X A;  2O4I A;  2E1Y A;  4OPK A;  3R1X A;  3MN5 A;  2W42 A;  3BEX A;  4IOX A;  2NQO A;  4L9K A;  2BGG A;  4G9Z A;  4CF9 A;  4X64 K;  3NF7 A;  3HT3 A;  4B3O A;  1IG9 A;  2UXC K;  4CJ5 A;  2G8K A;  4Z4C A;  3O5B A;  3ZET B;  4Z0U A;  2YNF A;  4OTU A;  3VEN A;  1NJZ A;  2B5J A;  1Q9X A;  4OPA A;  3WXK A;  4LD0 A;  4BRG A;  1T05 A;  2EFC A;  1S1V A;  3ITH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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