3RSEA

Structural and biochemical characterization of two binding sites for nucleation promoting factor wasp-vca on arp2/3 complex
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
414
structure length
396
Chain Sequence
AGRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin-related protein 3
publication title Structural and biochemical characterization of two binding sites for nucleation-promoting factor WASp-VCA on Arp2/3 complex.
pubmed doi rcsb
source organism Bos taurus
total genus 121
structure length 396
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3rseA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3rseA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3rseA03
1NMDA 2CH6A 4Y0WA 2Q31A 4RWTA 4PL7A 4MLEA 5F0XA 4BRQA 2I7PA 3HBTA 3AAQA 5KPZA 2HOEA 4BR2A 4AM7A 4RCHA 5EX5A 1KAXA 3WT0A 4H0YB 4B1UB 2D0OA 2PBDA 2Q0RA 3LDNA 4O8KA 4EIAA 5BRDA 1NLVA 3A5MC 2FLOA 3WQTA 2CGKA 1HKGA 2WUSA 1LOTB 5EY4A 3FZFA 3UKUA 2IVOA 2A5XA 4FWMA 5KPTA 3AARA 1P8ZA 5AQUA 4IO8A 2VWBA 2A3ZA 3FR0A 3HTVA 5AZJA 3LL3A 5AQMA 5EVZA 2E1YA 2HF4A 2P9PA 1HLUA 4IXCA 2F9WA 4MO4A 3BUZB 1NWKA 3ZX0A 4J8FA 3VEXA 4CZGA 4B9QA 2CGLA 3W3DA 2IVNA 4K25A 2HF3A 2YHWA 1KAZA 2GTDA 2ZGYA 1ESVA 4BRFA 3MN9A 1ATSA 3RSEB 5BPLA 4NB4A 5FPEA 3SJHA 2HMPA 4BROA 3VF6A 2ZF5O 2NZTA 4K42A 3F9MA 2D1KA 4FSVA 5AFUH 4CBUA 5KQDA 5AQHA 3C0BA 3GOIA 2GWKA 4FL9A 1NGIA 2P9LA 5BRFA 4FOEA 5JMVA 2YCHA 3WEEB 3WUHA 1Z05A 1YXQA 1G99A 4JD2B 4CZMA 4BRMA 4BRHA 4WQ4A 1JCGA 1R59O 2OANA 2P9IB 3L0QA 4YDUA 5BPNA 4ISEA 2GELA 1YVNA 3FE1A 2J4RA 1GLBG 4ISFA 5E26A 2AP1A 5AQYA 3FLCO 1MWKA 4EFHA 4WQ5A 3ATVA 2E8AA 1HJOA 4B1XB 4BR0A 4DB3A 2FXUA 5LY3A 1KAYA 1GLLO 3JXUA 4IWVA 4BC3A 1NGCA 5F1XA 3QMLA 3CERA 3FGUA 3WXLA 5KPRA 1ATRA 2QWQA 1BA0A 3QB0A 3DJCA 1HKBA 3CI5A 3L6QA 2P9PB 3H45C 1DKGD 1WOQA 3EN9A 3KZBA 3ZX3A 1BG3A 1LCUA 3TU5A 5BN9A 5AQNA 2VCPA 1RGIA 4B1VA 3GDQA 3A8YA 3ZEUB 3LDPA 3DAWA 3R9PA 2BTFA 2ASOA 1X9JA 4BR4A 1KXPA 3CQXA 2P9SA 3VPZA 4MO5A 3VEOA 3KVGA 3FZLA 4BRIA 2E20A 2P9UB 3WEEA 2P9LB 5BR9A 3DXMB 5FPMA 1OKJA 1D4XA 3LDLA 4JD2A 2A41A 1BO5O 1GLJO 3O6WA 5BPMA 5AQRA 3IMXA 2E1ZA 3QFPA 2P9IA 4BC4A 5AFUA 3KHYA 3SK3A 4CZIA 4BRNA 1NGGA 3QFUA 3HM8A 1U6ZA 4JN4A 1MDUB 3H3NO 1BUPA 1XC3A 3A5LC 1ATNA 5AQQA 1IJJA 1K8KB 4IJAA 3W0LA 4DQ8A 3WQUA 1YUWA 4FWQA 1HX1A 1BA1A 4CZFA 1SZ2A 2V7YA 3SMSA 4JAXA 1GLCG 3GE1A 4E1JA 4BRLA 1GLEG 4CI6A 3VEZA 5AR0A 4CD3A 3S41A 4CZHA 5ADXA 5AQWA 3MN5A 5AQGA 3CIPA 2QWNA 3A5OC 5AQPA 1TUUA 1NGFA 4BRPA 4H5NA 1BDGA 4FWOA 3VENA 4K43A 1C0FA 4IZ9A 3C7NB 4XH5A 3ZEUA 4FPBA 3BP8A 1MA9B 1NGEA 1WUAA 4FOIA 4FO0A 2DPNA 5LJVA 3LDOA 3WXIA 3WXKA 3O1BA 1GLAG 2P9SB 3LM2A 2P9UA 2ASMA 3O5BA 4HTLA 3DXMA 4H0PA 4FWRA 2E2QA 3U8XA 3D7EO 2QM1A 2IIRA 3M6GA 2QXLA 5AQTA 4BQLA 3O1WA 2YI1A 5BRHA 2FF3B 4H0OA 3O80A 4ISGA 4A62A 3CJCA 1E4FT 4JNEA 4CZEA 4EHUA 1NGDA 3FZMA 2ZGZA 3ID8A 2CGJA 3ATUA 2V51B 3J8AA 4A2BA 1K8KA 4B1YB 2V7ZA 2YJEA 3BF1A 2E88A 2A40A 3UB5A 4CBWA 1ZXOA 2QW9A 1HPMA 4WQ4C 1SQKA 5AQSA 3TPQA 3VOVA 1ZBSA 4YDUC 4FWLA 2I7NA 3O4WA 1XQSC 3CJ1A 1X3MA 3I8BA 2E2OA 3HZ6A 4XEIA 5AQOA 5E84A 2Q0UA 3FZKA 2E2NA 3CJBA 4L3QA 1NM1A 3H46O 2GWJA 3A5NC 3I33A 4CJ7A 5FPDA 3MN7A 4BRDA 3D2EB 4MLHA 2FSJA 3JS6A 1V4SA 1E4GT 4WQ5C 1Y64A 1ZC6A 3O08A 4XH4A 5AQZA 1GLFO 3C7NA 1QQMA 4CZLA 1NBWA 3D2FB 3VERA 4DCHA 1HUXA 3BEXA 4FWSA 3EL2A 1NGBA 4CD1A 1J6ZA 3DWLA 4BRGA 3VESA 4PKHA 3ZETB 3CHWA 1BOTO 4H5TA 5AQVA 3GBTA 3H6EA 4BG9A 1QQOA 4BRCA 2BUPA 4H03B 2UYTA 4KBOA 4BR9A 3H3OB 3CJAA 3VETA 3MK6A 1QZ6A 3DXKB 3SLCA 4CBXA 2KHOA 2D4WA 2YHYA 2ASPA 4C23A 3VGLA 4DHYA 5AQXA 4QS9A 2Q97A 1QZ5A 2Q36A 4BREA 1U2VA 4LC9B 5BN8A 3R6MA 4IJNA 2NLXA 3EKSA 1CZAN 4GY2B 3R8EA 3ULEA 3ZX2A 3GL1A 4H5VA 3IDHA 5EXWA 3EKUA 3VEYA 1V4TA 4PKIA 3B8AX 2V52B 2H3GX 5AQLA 3U9DA 4QS7A 2GUPA 4A61A 4FWNA 3H1QA 1XUPO 4CZKA 3UKRA 5KQ8A 3FZHA 1T6CA 3VF4A 3QBWA 3P4IA 4BQZA 4BR7A 2QWMA 3D2EA 4NO7A 4BC2A 1MWMA 5CE3A 3QDKA 1NGAA 4FWPA 4I6MB 4FWKA 2GEMA 3LDQA 3CJ9A 3D2FA 1NGHA 1TYQB 1BWFO 1JCEA 3MN6A 1Q18A 1C0GA 2PAVA 5FPNA 2W41A 4M7XA 2QWOA 2A42A 2A6AA 5AQIA 2YHXA 3QICA 4GNIA 3VGKA 1S3XA 3ZETA 1HKCA 3U4LA 2P9KB 3VEWA 4HWIA 4PKGA 2F9TA 1NGJA 4K41A 2QWRA 4H0VB 5AZIA 1T44A 2EWSA 3DXKA 3WXJA 4F9OA 1RFQA 4RTFD 3QBXA 4BVOA 3VGMA 2IVPA 3EO3A 4AM6A 4FPAA 1QHAA 5TKYA 3A0IX 1SAZA 4JHDB 1U2VB 2QWPA 1X3NA 2D0PA 2VYPA 3M3ZA 3MMVA 3ULEB 1S22A 2FSKA 3AAPA 3CQYA 2FSNA 2P9NB 3HI0A 1BU6O 1GLDG 4H0TB 3HSCA 4PL8A 3VEVA 2ZWHA 3UE5A 3IUCA 3EZWA 4BGBA 2AA4A 2Q2RA 5AQKA 5LJWA 3M1FA 3UKRB 4M7YA 3MCPA 5ELZA 5BREA 4CZJA 3MDQA 4B1WB 3CETA 5F2RA 2YJFA 2FF6A 4O5FA 5AQJA 4EHTA 3SMPA 1JCFA 5JLFA 1DEJA 2Q1NA 4I6MA 3CJ7A 4WYBA 1TYQA 4BR5A 5ADXH 3AY9A 3G25A 1RDWX 4BRAA 2QWLA 3ENHA 4BRKA 4EAHD 4H5RA 3U9ZA 3UKUB 3IFRA 3H1VX 2P9KA 1YAGA 5AZJB 2W40A 4BG8A 2NRHA 5JICA 5JLHA 3BF3A 4B1ZA 3GG4A 5AZIB 4BGAA 1DGKN 1TUYA 1T6DA 3VF2A 3OHRA 3ENOA 1EQYA 2CH5A 4XH1A 3LM9A 4BC5A 5I9EB 4A2AA 4H0XB 4JHDA 3RSEA 5EOYA 5AQFA 3L4IA 2P9NA 4M63C 4H5WA 4QS8A 1Z6RA 2ITMA 4Z94A 1H1VA 1IG8A 2E2PA 3FFKB 1QQNA 4BVPA 3O8MA 5B8HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2I5JA 4Y0WA 2Q31A 4PL7A 2W00A 1EWQA 2G8WA 4I2QA 5KPZA 3THWB 1VSEA 4CJVA 1W0HA 2X78A 4JI5K 4BR2A 3D45A 4RCHA 4DTPA 1NK5A 3N4QA 1KAXA 4B1UB 2FBYA 2UXDK 1NLVA 4DR4K 3CM5A 4LY7A 3MXJA 2CGKA 4EP4A 1LOTB 5MLCQ 5EY4A 3FZFA 3UKUA 2IVOA 4KB0A 4DQSA 4JI0K 5AQUA 4IO8A 3FR0A 5AZJA 2ZM6K 4EP5A 1UAXA 4FCYA 2YX6A 4KH4A 1HLUA 3LANA 4MO4A 3BUZB 3EEQA 4CZGA 1KTQA 3W3DA 2IVNA 1JLGA 1HNVA 1KRPA 1A5XA 3KK3A 2GTDA 4PUOA 4NCBA 1U04A 1RT5A 3DRRA 4CF9A 2QA4N 3SJHA 2HMPA 1LAWA 2ZF5O 2E6LA 4LF9K 2YNFA 4WFNL 2Y1IA 1TKZA 4DQPA 4N56A 5JMVA 3ITHA 1OH6A 2YCHA 3WEEB 3SQ4A 1Z05A 3TARA 4JD2B 3HO1A 4BRMA 1J53A 5C10A 1WB9A 4I9LA 1WSIA 3QEPA 2O4GA 4FVMA 1S6PA 4LFAK 2QEXN 4ISEA 4CEOA 4DTXA 2GELA 1YT3A 1IKYA 3ENBA 3LP1A 1SKSA 1GLBG 3O3GA 1C1BA 1NKEA 2OPPA 4EFHA 3AVBA 4WQ5A 4EZ9A 3ATVA 1BIUA 4DB3A 2FXUA 2XY7A 4Z4GA 1GLLO 3JXUA 1ITGA 4BC3A 3K57A 1Q82O 1FW6A 4JS4A 1NGCA 2PYLA 5F1XA 3QMLA 2QWQA 4FZXC 4E7LA 4M41A 4FJGA 3CI5A 4OPKA 4A5AA 3ULDA 4CVNE 3TAQA 3H45C 3VQEA 3UIQA 3EN9A 3KZBA 3OYDA 2G8HA 3VQAA 2IDOA 3HPOA 2WC9A 2QI2A 3GDQA 2F8TA 1UOCA 3BZKA 2ASOA 4H4OA 2Q3SA 1X9SA 1X9JA 2P9SA 3FFIA 1BGXT 4MO5A 3ZSWA 3J80O 4RW9A 1RTDA 4DFKA 3NAEA 1BISA 5BR9A 5SZTA 1OKJA 3NDKA 4B9TA 5BPMA 1BO5O 4C8LA 5HL7L 3QFPA 2F96A 4CHQA 5M1FA 1G15A 3QFUA 1ZYQA 4KH5A 3HM8A 3G0ZA 3H3NO 1BUPA 3I0RA 4DU1A 4CEQA 3SUQA 1R0AA 1P90A 4BECA 3W0LA 1YUWA 3NE6A 3ID6A 4FWQA 1BA1A 2X74A 4ZTJA 2V7YA 3NBPA 1JXBA 3SMSA 3KLHA 3GE1A 4Q5VA 1GLEG 3CCEN 4U67L 2VQEK 2QKKA 5AR0A 4CD3A 5ADXA 1S1TA 4WCEL 5AQGA 3NCIA 1TK5A 5AQPA 1BQNA 1NG9A 4BRPA 2IS3A 2YKMA 4GW6A 1W9HA 4FJ8A 4DMNA 1W7AA 4IZ9A 4DF4A 3BP8A 1NGEA 2FC0A 2RF2A 4CJFA 3THVA 3TTCA 1K6YA 3OYFA 1UWBA 3K5OA 3S5TA 3K5MA 4K8XA 4NXMK 4E7JA 1RDDA 2P9SB 3A2FA 1EWRA 2DY4A 3LM2A 3CMEN 4CGJA 4GVMA 4FWRA 2E2QA 5AJ3K 1N8RO 5J2PA 3D7EO 2IIRA 3M6GA 2QXLA 5AQTA 4OLBA 3O1WA 4CEEA 3TAGA 2WOMA 3OYAA 4CEFA 3AVLA 3L3UA 4CZEA 1SV5A 1QSLA 3ID8A 5CZ2A 2CGJA 1HQUA 2V51B 4JKAA 1K8KA 4A2BA 4B1YB 4IO9L 3SPYA 4WQ4C 3OVNA 4M45A 4JI8K 4I7FA 4FWLA 2I7NA 4DQQA 3K5NA 1X3MA 1VQPN 3CJBA 1ASVA 1YITN 3DLRA 4JYAK 2FSJA 1V4SA 3KLIA 1J54A 1GLFO 2P51A 5AQZA 2O8CA 1NBWA 4CFAA 4A59A 2UXCK 2Z1IA 4JKEA 1NGBA 1LV5A 3DWLA 4BRGA 3SI6A 3VESA 4PKHA 4CGIA 4H5TA 5AQVA 1EX4A 1RT1A 3AV9A 3P39A 4BRCA 5DK5A 4KHNA 3DXKB 3G4SN 3NGYA 4CBXA 2XO7A 4E0DA 4BDPA 4B3MK 4I9QA 4LH5A 4QS9A 4K8ZA 4BREA 3CM6A 4DFPA 3R6MA 4K0KK 3EKSA 1CZAN 1RDCA 4FJNA 4XJXA 3R8EA 3E9LA 1RTJA 2DFEA 2KKZA 3IDHA 3MX5A 3TTFA 3VEYA 1YJWN 4JV5K 4W5RA 3HVRA 3ZSVA 1JJ2M 3I0SA 5CYQA 3T19A 5GAHP 3HOSA 4W5TA 4FWNA 4C8NA 1T8EA 3FZHA 4IBNA 1NU0A 3VF4A 5KI6A 2A1RA 1D5AA 3P4IA 5GADP 3SAHA 4BEBA 4BR7A 4W5QA 4FLTA 2O8FA 3BDPA 3QDKA 1NGAA 4FWPA 4I6MB 3O4QA 4KHSA 1KFDA 3CC4N 4DTRA 1I94K 1JLFA 1NGHA 2YNHA 1TYQB 3MN6A 1TK0A 2W41A 4NCGA 2QWOA 2P5OA 2A42A 2A6AA 2YNGA 5GAGP 1YJ9N 4K41A 1NGJA 3TAPA 3R1XA 3L2UA 2YV0X 1RFQA 4RTFD 3VQ6A 4CFBA 5J1EA 4YNQA 4BVOA 2NRWA 4MDAA 4AM6A 1L3TA 4G9ZA 1SL1A 3DOKA 1QHAA 1WAFA 5TKYA 3A0IX 3LPTA 4YOYA 1YTAA 4J2EA 3OS1A 3VN5A 3OYGA 4DV5K 1VAZA 4QCLA 4W5NA 3HI0A 2UU9K 1BI4B 1GOAA 3O9TA 1BU6O 1NMNA 4DV6K 1I3AA 3ZLJA 4CCHA 1YTUA 1KC8O 2O8DA 1D9FA 3M1FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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