3TWHA

Selenium derivatized rna/dna hybrid in complex with rnase h catalytic domain d132n mutant
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Novel complex MAD phasing and RNase H structural insights using selenium oligonucleotides.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 41
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-09-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3twhA00
2NUBA 1ZYQA 1GOAA 1SV5A 1KVBA 3DYAA 3QLHA 3OVNA 4E7KA 3VQ8A 1HNVA 3VQQA 4FZXC 4CJLA 3L2RA 4F2RA 4DTOA 4J2EA 3VQ6A 4FJJA 4I9QA 4RW4A 2F8TA 3TANA 4DWIA 3TR8A 1U49A 2OA8A 1B9DA 1J9AA 3TAMA 1NK5A 4DSLA 4OLAA 4KHNA 2A1RA 2D0AA 1QTMA 3MEDA 2XY7A 4Q5VA 4KREA 1JLGA 3D0PA 3AO5A 1L5UA 4JLHA 1ZBUA 4NCAA 4BDZA 2DY4A 3H08A 4KHUA 4EZ9A 2OPRA 1VSFA 2WONA 2X74A 2Z1HA 3HP9A 1RDBA 1TK5A 1KVAA 4CFAA 4DLEA 3QINA 3ZSWA 5K14A 2YNGA 1C1AA 1TKTA 3KKRA 4DQQA 4FM1A 1MU2A 4H4OA 3ZCMA 3OYGA 1D8YA 4AHRA 4CEDA 3KTQA 4FM0A 5CY4A 1GOCA 4M41A 1NKEA 1GOBA 1C1CA 2P1JA 3HYFA 1BIUA 1Z26A 3LALA 3CFPA 3C94A 1NJZA 1REVA 1RTJA 1RT7A 3OYIA 4W5RA 4Z0UA 3EZ5A 4HUGA 3MECA 5HRSA 2ATQA 1D9DA 1BGXT 3L2VA 4KTWA 4H4MA 2Q3SA 5KGWA 3RWUA 2F8SA 4B8AB 1RBVA 1G15A 1TKZA 1WAFA 1S1WA 4C8MA 4DS4A 1JLQA 2HHTA 1ZBLA 4OKEA 5E41A 4J2AA 1S5JA 2IDOA 3OYNA 5HLFA 3HPHA 3SUOA 1EP4A 3RR8A 4KRFA 3KLIA 3K5NA 2QKBA 4DSIA 3VQDA 3SV4A 3SUNA 4KI6A 3HSTB 3ITHA 1S9EA 4FZZA 4BE2A 4I2PA 4G1QA 4EZ6A 3AVFA 4CGFA 2X6SA 2HVIA 3AVMA 2VG7A 5J2MA 3UIQA 3LPTA 2G8HA 3OYBA 1VSMA 2RPIA 3DLGA 3VQPA 3OS2A 3V1RA 2G8IA 4O4GA 4FJLA 1QSLA 4JRPA 3ISNC 3CQ8A 1J5OA 5EU7A 2Y1JA 2IOCA 2YKNA 2Z1GA 5HRNA 1KFSA 4FLUA 3LPUA 4KTZA 1CLQA 4JS4A 1QE1A 1WSJA 4CEOA 3DOLA 2HW3A 2GBZA 3U3GA 4O0JA 4DSFA 1LW0A 1X1PA 5FRNA 3WNHA 1ZBHA 1YVUA 1NK4A 2AJQA 3M8PA 4CK3A 1T7PA 5FRMA 2HMIA 2D0CA 3VA0A 1RTHA 3HVTA 3LAMA 3OS0A 1VRTA 3V9SA 4OGCA 4B9UA 3AVHA 1LV5A 4IFVA 2EX3A 1RT1A 3M8RA 1S6PA 2E4LA 1BCMA 1BL3A 3MEGA 3ZT0A 5C24A 1VRUA 3VQAA 4RG8A 4AILC 1RT2A 4DFPA 5I42A 3SNNA 3KK2A 5C42A 2ZE2A 4CJVA 3OYMA 4CGIA 3SUQA 3NHGA 4K8ZA 2BANA 2FBYA 4F2SA 2HHXA 4BWMA 1VK0A 3QERA 4KB0A 1F21A 1QQCA 2QXFA 2GUIA 4NCBA 5CZ2A 4NYFA 3MAQA 3SI6A 1L3UA 3L2WA 4KTQA 1B9FA 4LSNA 3DRRA 1KTQA 3TAQA 3IG1A 2VG5A 4BDPA 1J54A 4CFCA 2GV9A 4KV8A 3VQCA 1SL1A 4DSJA 2HNYA 1FKOA 3ZSXA 3KLHA 2Y1IA 4E7IA 1RT4A 1LAWA 2YNFA 4FCYA 2G8UA 3RRHA 1HYZA 2HB5A 4JRQA 4FJKA 1WSGA 4O44A 4CGDA 5J2PA 4FJMA 4AH9A 4B9LA 3LP3A 1U04A 1D5AA 4B3OA 1JXEA 4H8KA 4N5SA 1BCOA 4CGGA 3VA3A 1RBRA 1BQMA 4CJTA 1O1WA 2VWJA 4M3WA 3SUPA 4DF8A 1C1BA 2YNIA 1SKSA 3PO4A 5FDLA 3QEVA 4FK0A 2IC3A 4CJ3A 5KTQA 4IG3A 2KW4A 3O4QA 3V9ZA 1S9GA 4PWDA 2FBTA 3AVBA 2RF2A 3C6TA 2FC0A 5CYQA 3DLEA 4DTJA 2B6AA 1XC9A 1ASWA 3V6DA 3KD1E 1HPZA 1RNHA 2DTUA 1QHTA 1RDCA 4FLXA 4E7HA 4FJIA 1UAXA 3OYLA 2YHAA 4CHOA 2OZSA 4B9NA 1W9HA 4CEZA 1A5WA 4ID1A 3ZT4A 3VQ4A 2YV0X 3AVGA 3OYCA 4HUEA 3SZ2A 4N56A 3RRGA 4FJ9A 3T1AA 3LWMA 4JS5A 2KZMA 4Z4HA 4LY7A 2X6NA 3ZSZA 3KLGA 2F96A 3AA5X 3DRPA 4CIEA 4CJWA 1NK9A 3DM2A 3VQ7A 4CK1A 3QEIA 4BWJA 3F9KA 1DLOA 2HHWA 3K59A 2HNZA 3PY8A 3QNNA 2Z1IA 3L8BA 1EKEA 3ALYA 3QIOA 3AO4A 3OYFA 3WNGA 3SV3A 3V9UA 4FJNA 4Z4GA 3ZSOA 4W5OA 4B9TA 2DFFA 4CJQA 1Z25A 1CZBA 3AO1A 3ZSRA 1A5VA 2WOMA 2ZD1A 5CYMA 3V4IA 2O4IA 4DTUA 5JS2A 4FYDA 3KKSA 2ITGA 2R7YA 1SKRA 4B9VA 3NBPA 4CEEA 3QIPA 3V9WA 2PYLA 1HRHA 4AHVA 4YFUA 4B9MA 4F8RA 4ELUA 1BIZA 3P83D 3AVAA 3T3FA 1HQUA 1NK8A 4N41A 4DU1A 4CK2A 4C8NA 2HHUA 3LWLA 4FJ7A 4OKKA 3E01A 4KHQA 1VSJA 3A2FA 1TL3A 5CZ1A 3RMDA 4I2QA 3OY9A 3ZT2A 4WE1A 3HT3A 3TAPA 1YT3A 1JLBA 1RTIA 1L3SA 2G8WA 4C8KA 4CHYA 3DRSA 4KI4A 1ZBFA 4CGJA 1VSHA 1IH7A 3G0ZA 1K6YA 4CEFA 1SKWA 3DLBA 2KQ2A 4FJXA 3B6OA 4KHSA 1KLMA 2BE2A 5SWMA 3NF9A 3K5MA 4DQRA 3EY1A 4FW1A 1WSHA 4DG1A 1Q8IA 3ZSYA 3SPYA 4GW6A 3TI0A 4FLZA 3AVJA 4O55A 4CIFA 3TARA 4CEBA 3LANA 3HVRA 1WSEA 3B6PA 3TABA 4I9LA 3AO3A 4CHPA 1RT6A 3T19A 1LW2A 1XWLA 2OZMA 4CEQA 4DS5A 3NDKA 1JL2A 4EP4A 3PV8A 1RDDA 1WLJA 3SPZA 1S1UA 3ZT3A 4R5PA 5KRTA 3QETA 4TSXA 3DOKA 1WNSA 5D3GA 4L8RB 4NYNA 3QEWA 1JLFA 1U4BA 4BE1A 3V81A 4Z4EA 2XY6A 5KRSA 3RTVA 3QNOA 2A1SA 4M3TA 2PZSA 3VQ5A 5HRRA 5KGXA 3V9XA 4M3XA 1L3TA 3AO2A 4ZTJA 4OPJA 4CJKA 4IKFA 4DU3A 1TK0A 4CJSA 3I0RA 4CFDA 2KFNA 1WSIA 4FLWA 3I8DA 4DTPA 1U48A 1EXQA 3LAKA 4DMNA 4KHWA 4FK4A 4HCCA 2VG6A 3NH0A 3NGIA 2ZQBA 4RW8A 5C25A 2VWKA 4DU4A 2Z1JA 1FXXA 1KCFA 3L3UA 4PA1A 1BI4B 4CJUA 1Q9YA 4DFMA 4FZYA 5J1EA 1BQNA 3HO1A 4E89A 4E7JA 3PX4A 2QK9A 1NOYA 1UOCA 1VSDA 3TAGA 3M8QA 4KO0A 1NK0A 3L2UA 3OYHA 4N47A 3VQBA 1NK7A 3G10A 4LD0A 4O5BA 4M42A 1S1VA 4FM2A 3RMBA 3CFOA 1NJYA 4CF2A 4FJHA 4B9SA 4XIUA 1LWEA 1RCHA 3AA4A 4FJGA 3OJUA 1NOZA 1NJWA 4CECA 4PQUA 2RN2A 1Y97A 4YNQA 5JS1A 3KK1A 1B92A 1BI4A 3AVCA 3S3MA 4DTRA 1TKDA 4E1NA 3M8SA 3C6UA 2OPQA 3CM5A 3CM6A 3DI6A 4GMJB 4W5QA 3S3OA 2XRIA 3AA3A 4Y1CA 4OVLA 1ASVA 3F73A 1T05A 3L2QA 1X9MA 2FBXA 4Q0BA 4DSEA 1NKBA 4FVMA 3OYAA 1RBSA 1VSEA 3MXIA 1VSIA 3DLHA 2OPSA 1JL1A 4DTMA 1N5YA 3NGZA 1JKHA 3L3VA 1WN7A 2DFEA 5HROA 3WNEA 3HPOA 4BACA 1KRPA 1T8EA 4OKJA 2XO7A 5SZTA 3VN5A 1IKVA 3RR7A 4IDKA 3OS1A 3MXMA 2IAJA 4KKOA 2E6LA 2YHBA 1U47A 2XY8A 1QSYA 4KHYA 1YTUA 3QO9A 4M3UA 2YNHA 3K5LA 3TWHA 3SQ0A 1XI1A 3PX6A 1FK9A 3O4NA 4LH5A 1UA1A 3OYJA 3AA2A 1RT5A 3RMCA 3LP0A 2E6MA 2FBVA 4M3ZA 2XHBA 4Y1DA 1TGOA 3JSMA 3K5OA 2P5OA 4MFBA 1KVCA 1C6VA 4DSKA 1ZBIA 3O3FA 2IS3A 4LSLA 1HYSA 4J2BA 5J2QA 1UWBA 4M3RA 4O0IA 4DFJA 3HJFA 4CJPA 2O4GA 4CJEA 1TKXA 1HYVA 2PY5A 2PYJA 3NE6A 1CZ9A 2I5JA 1NKCA 1SL0A 3BGRA 3SYZA 3K58A 1KFDA 1QS4A 3ZSVA 1SUQA 4DFKA 3SQ2A 2G8VA 1R0AA 2X78A 4CFBA 1CXUA 1CXQA 1LWCA 3HL8A 5DMRA 4AHCA 4CJRA 4CHQA 1TAUA 4QOZB 4KFBA 1IG9A 1KLNA 1DTQA 3S3NA 4OPKA 3SJJA 2EHGA 3ASMA 4I7FA 1L3VA 4EP5A 2BGGA 4HHTA 4N76A 4MQ3A 3FFIA 1A5XA 1TV6A 1RBUA 1X9WA 4B8CA 1IKXA 4CESA 4HVJA 4FW2A 1X9SA 2YKMA 1RILA 3NFAA 3QEXA 3IAYA 4HTUA 3CYMA 4CEAA 4DQIA 1QSSA 3U3YA 3PO5A 4Z4FA 4QCLA 1T03A 2P51A 4RW7A 1RT3A 3D45A 2B4JA 2JLEA 1BISA 3TAFA 1UA0A 3KJVA 4FXDA 3OYEA 4KB1A 4OGEA 4Z4IA 2XY5A 1NJXA 4E7LA 4BE0A 1N6QA 4CF9A 1ASUA 1LAVA 5HP1A 2QKKA 2OPPA 3KK3A 1JLAA 3NF6A 2B5JA 4Z4CA 3K57A 5I3UA 2DFHA 4FLVA 2KFZA 1KSPA 1IKYA 4C8LA 2HNDA 3ULDA 3AVNA 4BDYA 4CHZA 4FLYA 4DQSA 3HM9A 1C0MA 3QEPA 1HNIA 2HVHA 1HJRA 3AV9A 4IG0A 3HP6A 4DLGA 3BDPA 1I39A 2JGUA 3NGYA 3NF7A 1RDAA 4CHNA 3SCXA 3OJSA 4RW6A 3IRXA 3O3GA 1J53A 1ITGA 1JLCA 3LZJA 1U45A 3ZSQA 3NH1A 1Q9XA 2KTQA 4W5NA 3VQEA 3AVLA 3CG7A 4ID5A 1TL1A 4E19A 4M3YA 1RBTA 1IKWA 4NCGA 4E1MA 3NCIA 5J2NA 1W0HA 2W42A 3RMAA 3HK2A 1DTTA 1VSKA 5KI6A 4OLBA 2ETJA 4W5TA 4FK2A 4CE9A 1S1TA 3HPGA 3AVKA 3MXJA 3DLKA 4K8XA 3U6FA 3JYTA 3IS9A 4DQPA 1BHLA 4CIGA 4CJ4A 4E0DA 4FJ5A 1HMVA 4PUOA 3PUFA 3V1QA 3KLFA 4CJFA 3CFRA 4B08A 4CF8A 4CGHA 2D5RA 2LSNA 1TAQA 4HCBA 4J2DA 2P5GA 3THVA 4GVMA 1C0UA 2RKIA 1TK8A 1C0TA 2G8KA 3C95A 4QAGA 3I0SA 1XHZA 4CERA 4ICLA 4AHTA 4FJ8A 3ZT1A 1SL2A 4ELVA 4ELTA 1LWFA 3TAEA 1S1XA 4DF4A 4F4KA 1WSFA 4CJ5A 3PX0A 1IO2A 3AVIA 4HUFA 4FLTA 1I3AA 3KIOA 3V1OA 4ZTFA 3O3HA 5FROA 3OYDA 3LZIA 4LH4A 1JXBA 4KAZA 5HRPA 2IGIA 1VSLA 4KPYA 2D0BA 1NK6A 4CCHA 4M45A 2HHVA 1YTAA 3NF8A 5DK5A 1JLEA 4ZHRA 4F3OA 1FKPA 3LP2A 2OYQA 1EETA 3LP1A 3OYKA 4E3SA 3KLEA 3WNFA 1XHXA 2HHSA 4RW9A 5HBMA 2KZZA 1HQEA 4DTSA 4UQGA 5T7BA 4C8OA 3K2PA 3KD5E 1S6QA 3P1GA 3QESA 2HHQA 3P5JA 2G8FA 1TVRA 4CF1A 3MEEA 3LDSA 3HXMA 3NAEA 4AHUA 4OJRA 3DMJA 1WAJA 4IFYA 4AHSA 3NH2A 3SQ1A 2BDPA 3VQ9A 4CF0A 3SQ4A 3EYZA 1RTDA 1EX4A 3DLRA 4PY5A 4F3TA 3S9HA 4DTXA 4IBNA 1D9FA 4DTNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZYQA 1GOAA 1SV5A 3MCAB 3QLHA 3OVNA 3VQ8A 4B3MK 5BRDA 4J2EA 1DGKN 4GV6A 1NGBA 2OA8A 1QQMA 2QA4N 3CJ7A 4DSLA 4OLAA 4NCAA 1VQ4N 3GBTA 3KHYA 4EZ9A 4I6MA 1GLAG 4BR0A 4DLEA 1VQMN 3I56N 4A2AA 3VGKA 1C1AA 5KPZA 3ZCMA 4JK7A 3TPQA 4M41A 3UB5A 5TKWA 3HYFA 3SMSA 1Z26A 2UU9K 4CZFA 4HUGA 3UKUA 1D9DA 3L2VA 1WAFA 2P9NA 5AZJB 2YHXA 5HLFA 3HPHA 3SUOA 3KLIA 3K5NA 4DSIA 4KREA 3SV4A 4X64K 5J2MA 2G8HA 3OYBA 1VSMA 2RPIA 1GLDG 3DLGA 3VQPA 1NGCA 2QTDA 3GG4A 5EU7A 2Z1GA 3CCLN 1CLQA 3DOLA 2HW3A 3U3GA 3C65A 5FRNA 1ZBHA 3CQXA 1T7PA 5FRMA 4AM7A 4OPHA 3SAFA 1VRTA 4OGCA 1LV5A 2EX3A 3THXB 1BA0A 4JI1K 1VQ8N 2O8CB 2FF6A 2D1KA 2W6KA 5C24A 4DFPA 5AFUA 4CGIA 3NHGA 3MX2A 4K8ZA 2BANA 1VK0A 4A62A 4KB0A 1GLBG 4MDAA 2GUIA 2QWPA 4NYFA 3MAQA 4B1VA 4OPAA 3VENA 5ADXH 3IG1A 2KLAA 1MWMA 1YUWA 2GV9A 4KV8A 3ZETA 2UYTA 2HNYA 2Y1IA 1LAWA 4FCYA 5CE3A 1WSGA 4O44A 3VA3A 4CJTA 4B3SK 1XNRK 3QMLA 4FK0A 4CJ3A 4LF9K 2KW4A 3V9ZA 3DLEA 4CZLA 4DTJA 3KD1E 5KPTA 3VETA 1RNHA 3WXJA 4CZGA 4E7HA 1BU6O 1I94K 1W9HA 4CEZA 4ID1A 4GY2B 5AZIA 2YV0X 3AVGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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