3ULDA

High resolution structure of dna/rna hybrid in complex with rnase h catalytic domain d132n mutant
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords Ribonuclease H
publication title RNA/DNA hybrid in complex with RNase H catalytic domain mutant D132N
rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 40
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-11-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3uldA00
3ITHA 4DFPA 2KFNA 4CEQA 1U04A 1VSEA 4HTUA 3H08A 4KI4A 1HJRA 2JLEA 2D0BA 3MEEA 3V9SA 4PWDA 3LAMA 4CJFA 4E1NA 3SPYA 4FLZA 1NKCA 4KB0A 4L8RB 1C0TA 1L3SA 1LW0A 1GOBA 1A5VA 1VRTA 4FVMA 5HBMA 4CK2A 3MXMA 4CECA 4DMNA 4F2SA 1MU2A 4JS4A 1KLNA 3KD1E 3ULDA 1BCOA 4KHYA 1B9DA 4KFBA 4FK4A 1SUQA 4PUOA 3VQ4A 3TANA 1UA0A 3OYNA 4QCLA 3VA3A 1RBRA 2Z1IA 4E1MA 2D0AA 1RT7A 4IG0A 5CZ1A 3VQ9A 4FLXA 3AVIA 3L8BA 4KAZA 4FJ5A 4N5SA 3EY1A 1LWFA 3L2RA 1HPZA 1BHLA 5KTQA 3AVKA 1QS4A 2HHTA 3HXMA 3QIOA 2IAJA 4R5PA 1XC9A 5FRMA 4GMJB 4CGJA 5FROA 4KTZA 4FJ9A 4OKEA 1J54A 4M45A 5KGWA 3ISNC 1RCHA 2XHBA 3AVLA 3AVAA 3SQ1A 1RTIA 3CM6A 1NK7A 3L2WA 3AO1A 1EXQA 3NF6A 4CJLA 1LW2A 1VSIA 3AO2A 3KIOA 3LAKA 5HRRA 3VQPA 3VQCA 4CHYA 5HRSA 4FZYA 4J2DA 2RF2A 4FM1A 4C8LA 4M3TA 1BIUA 3OYFA 4AHSA 4CIGA 4CEBA 1QQCA 3O3FA 3OYCA 3ZSXA 4DTUA 3PV8A 4PQUA 2FBVA 3NF8A 3O4QA 4KI6A 3I0SA 3U3YA 1RT6A 4O0JA 3WNGA 4CFAA 4CF8A 4C8OA 1CXQA 3QO9A 1X9SA 4M42A 3DRRA 4FCYA 1IKWA 4N56A 1HRHA 1YTAA 5FRNA 3IAYA 2ITGA 4DS4A 3QEPA 1LAWA 2RKIA 1Q9XA 3MXJA 2G8FA 3KD5E 1VSFA 3OJSA 2P5OA 4IBNA 4C8NA 1WSJA 4OKJA 4HVJA 4CK3A 4NYFA 2X74A 1NK9A 4NCBA 1HYSA 1C1AA 1HNVA 3TABA 2A1SA 4DTRA 4KHNA 3SNNA 1IH7A 3A2FA 1IO2A 3PO5A 1D8YA 4W5NA 1KVCA 1HYVA 4DTJA 1XWLA 3AO5A 3E01A 1W0HA 3DLEA 3U3GA 1S1XA 4CHOA 4DF8A 1U49A 3AO3A 1A5WA 2FBTA 2GV9A 1EX4A 3DI6A 4JS5A 3DLBA 4Z4IA 4DU1A 1RBVA 1BGXT 2ZE2A 2ATQA 1TKDA 3PY8A 1RT3A 3K59A 4DQRA 4I9QA 2HHUA 4DQSA 1JLFA 1JXEA 2IGIA 1KSPA 2HB5A 3DOKA 1X9WA 1UWBA 4JRQA 2Z1GA 4ID1A 4KB1A 1TV6A 1KFDA 3HL8A 1FKOA 4B8AB 1FK9A 3NHGA 3LZJA 4BE0A 1TKZA 1JLEA 1QHTA 2FBYA 3DRSA 4AHCA 1I3AA 3VQ5A 5HRPA 5J2MA 4F4KA 3SPZA 3S9HA 3TARA 4F8RA 5HROA 2I5JA 4O5BA 2GUIA 3VQ8A 4OPJA 5K14A 4AHTA 4CIFA 4E3SA 4K8ZA 3MAQA 3AA3A 4HHTA 3AVNA 3SV4A 1KRPA 1I39A 4OLBA 2XY6A 2RPIA 4CGDA 1RT5A 4CHNA 3KKSA 3RTVA 3NGYA 4J2AA 3NGIA 4J2BA 3ZSWA 4DLGA 3U6FA 1B9FA 3K2PA 4RG8A 4KTWA 1C1CA 3IRXA 4M3ZA 4B8CA 1NK8A 2DFEA 2HNYA 2NUBA 2F8TA 2RN2A 4GW6A 3LWMA 2HHXA 1RT4A 3SZ2A 3HJFA 1WLJA 3ALYA 2IDOA 1RDAA 1RT1A 3OYBA 1L3TA 1KFSA 1C0MA 1WNSA 4BE1A 1S6PA 1NK0A 3AVBA 2P5GA 1U48A 4KTQA 1VSHA 3NCIA 4OVLA 4Q5VA 4IFYA 1SKSA 3CM5A 3I8DA 1RBSA 3QIPA 4CHQA 4JRPA 4DLEA 3I0RA 2KZMA 3ZSQA 3RMCA 3NF7A 3HVRA 1REVA 3G0ZA 1S1WA 2YV0X 1CLQA 4ZTFA 3OYEA 2YKNA 4FYDA 1BQMA 1TAQA 4B9VA 4KKOA 4IKFA 4BDPA 4B08A 4YNQA 3V9XA 1WSEA 3BGRA 4H4MA 1FKPA 1SL2A 3V81A 3AVMA 3KKRA 3RR8A 4O4GA 3AVHA 2OPSA 2OPQA 2XRIA 1VSJA 4E7JA 4W5QA 4DF4A 3TAEA 3PX6A 2QKKA 3KTQA 1NKBA 4ELTA 4DG1A 4B3OA 4Z4CA 3NH2A 2KZZA 1RBTA 4ICLA 4FLWA 2YHAA 3OS1A 3THVA 2FBXA 4B9NA 2B5JA 1LWCA 4TSXA 4B9MA 4M3RA 3K5NA 2IC3A 1S9EA 1TGOA 5FDLA 1U45A 4FJMA 4OKKA 1VSKA 5HP1A 4EZ9A 3CFOA 4LD0A 3D45A 4HUFA 1QSSA 4EP5A 2XY5A 3SJJA 3RMAA 3AA5X 4FJIA 2IOCA 1W9HA 3OYDA 3HPOA 2OZMA 1UA1A 4O55A 2E6LA 5SWMA 5E41A 3AVCA 2VG7A 4KHUA 3AVGA 4Z4GA 1ZBLA 1LAVA 4K8XA 4DSEA 4J2EA 2WONA 2YNIA 3QNNA 1IG9A 1D9DA 3LANA 1TK8A 2XY8A 3HPGA 3V9ZA 2Z1HA 4Y1CA 3SQ4A 4CIEA 3C95A 2HNZA 3JYTA 4RW6A 3T3FA 4DQIA 1S1VA 4Y1DA 4G1QA 4ZTJA 1ZBUA 2HW3A 4FM0A 1RDDA 3F9KA 4W5RA 2ZQBA 1ASWA 1NOZA 3K5MA 1XHZA 1KLMA 4C8KA 4DQPA 2KFZA 3ZT1A 1KVBA 4DTXA 4RW7A 1JL1A 4M3XA 3TAPA 3T1AA 4N76A 2DY4A 3M8QA 4FM2A 3QINA 1WN7A 5KRSA 1TK0A 2WOMA 2PYLA 4KHQA 3P1GA 3VQQA 1U4BA 5J2QA 3TR8A 4DS5A 4N47A 4W5OA 1HQEA 1ZBHA 1J9AA 1YT3A 1VSDA 3OYLA 4DQQA 3FFIA 1S1UA 4E7IA 3LWLA 2X6NA 2HHQA 3P5JA 2Y1JA 1S6QA 4LH5A 2A1RA 1UAXA 4CJ3A 4CJPA 3KK3A 3CFPA 4M3WA 3DMJA 2HNDA 4IDKA 3MEGA 3HSTB 4E89A 5KRTA 3K58A 4AH9A 1TVRA 4FLYA 3QEVA 3B6PA 1L3VA 4KO0A 3LP2A 2OZSA 1U47A 1NK5A 3VQEA 4CEEA 4CGFA 4CEFA 3SCXA 2YKMA 1BCMA 1ITGA 4CJQA 3AA2A 1KVAA 3HPHA 4KHSA 2Q3SA 4FJKA 4F3OA 2P51A 3O3HA 3QEWA 2YNFA 1ZBFA 4O0IA 1C0UA 3M8RA 1N6QA 3RWUA 3SV3A 3LZIA 3QESA 3S3NA 3VQAA 3RRGA 1F21A 1RBUA 3K57A 4ELUA 4Z4EA 2P1JA 3F73A 4OJRA 4AILC 1T05A 4DSFA 1Y97A 1LWEA 3PX4A 3HYFA 4W5TA 1K6YA 3NFAA 1XHXA 1RNHA 4IFVA 3OYAA 3MXIA 3CYMA 3AVJA 3SUQA 1NJWA 2Z1JA 3QNOA 4DFKA 1LV5A 5D3GA 3AA4A 4CEZA 5SZTA 3OYJA 3DRPA 5I3UA 1RDCA 3DLKA 4FJ8A 4CJVA 4I9LA 1RILA 3O3GA 3SI6A 3JSMA 3CFRA 3NE6A 3AV9A 4LH4A 2W42A 2D5RA 3QEXA 3PUFA 4FJJA 4CF2A 4I7FA 3VQDA 4FLTA 1L3UA 4DTNA 2GBZA 3V6DA 4CF9A 2VWJA 5C42A 1XI1A 2E4LA 4H8KA 2DFHA 1YTUA 3NGZA 4F2RA 1IKXA 2AJQA 2BDPA 3OYIA 4DSIA 2PYJA 4FW1A 1EKEA 1RDBA 4BWMA 4B9TA 3AO4A 1FXXA 4CFCA 4DWIA 4RW8A 1WAFA 3TWHA 2ETJA 2Y1IA 4DSKA 1RTDA 4C8MA 3SUNA 3LP3A 3VQ7A 1VK0A 4E7LA 1RTJA 4FJGA 4Q0BA 4XIUA 2R7YA 4QAGA 1T7PA 1TAUA 5DK5A 3ZCMA 4CJKA 1TKXA 3L3VA 1T8EA 1BI4B 3VQ6A 3NF9A 4RW9A 4M3UA 3DLRA 4CJ5A 4KRFA 1ASVA 4ZHRA 2B4JA 3TAGA 3HM9A 4KHWA 4CF0A 1J5OA 2G8WA 3PX0A 3S3OA 4B9LA 3OVNA 2QXFA 4YFUA 2QK9A 1HYZA 1S1TA 3L2VA 2BGGA 2DTUA 2ZD1A 3HVTA 1B92A 1TK5A 1RTHA 4H4OA 5T7BA 1VSMA 3V1OA 3CQ8A 4BWJA 1QSYA 4FJLA 2G8HA 3WNHA 1X1PA 3HT3A 4CFDA 1WSIA 3ZSVA 1BI4A 3VN5A 2BANA 5C24A 3HP9A 2PZSA 1DTTA 3LPTA 1NJYA 1BQNA 1SV5A 3ZSYA 2XO7A 3HO1A 2O4IA 2HVIA 3TAMA 3KLEA 4I2QA 5KI6A 1WSHA 1JLGA 3LPUA 2XY7A 3HK2A 3SUPA 2YHBA 3AVFA 3RMDA 4HCBA 4CGIA 3NH1A 4QOZB 2YNHA 3EZ5A 3V9WA 1T03A 3ZSRA 4FLVA 3SYZA 4M3YA 1JLAA 1S5JA 1ZYQA 2FC0A 5EU7A 1QSLA 5JS1A 4CK1A 1A5XA 4BACA 3ZSOA 3NBPA 1TKTA 3IG1A 4IG3A 1BISA 3RR7A 1KCFA 3M8SA 1L5UA 4F3TA 1VRUA 2X6SA 4CJEA 4FK2A 2IS3A 3DOLA 3ZT2A 3WNEA 3L3UA 3M8PA 3DYAA 4OGCA 4KPYA 1D5AA 5CYQA 3KK2A 4B9UA 5JS2A 1SL1A 4CE9A 4RW4A 1Q9YA 2YNGA 4CJSA 4E7HA 4CJUA 2G8IA 3ZT3A 1JXBA 1TL3A 2VG5A 3OYGA 4Z0UA 3ZSZA 1Z25A 2OA8A 3HP6A 4MQ3A 4CESA 4DU3A 2VG6A 1BL3A 4OLAA 3SUOA 3UIQA 3ZT0A 5CY4A 1DTQA 1CXUA 2EX3A 4Z4HA 5DMRA 2EHGA 4DFMA 4FJXA 3LALA 4N41A 2E6MA 4CHPA 3L2UA 4DTPA 1KTQA 1DLOA 1WSFA 2OPPA 4DTOA 3TAQA 2HHVA 4CJ4A 4JLHA 1GOCA 1JLCA 3K5LA 3KLIA 1UOCA 1NKEA 3C6UA 3MEDA 1BIZA 4FLUA 1SKRA 2G8KA 2JGUA 3KLHA 2F8SA 3QERA 2HHWA 3CG7A 4NCGA 4LY7A 4DTSA 1SL0A 4HUGA 3OYHA 3DM2A 3NAEA 1YVUA 3ASMA 3EYZA 1HMVA 4LSNA 2O4GA 1EP4A 1C6VA 5I42A 4Z4FA 1QE1A 4HUEA 3T19A 3DLHA 3V4IA 1JL2A 4EP4A 1WAJA 1C1BA 1VSLA 4DTMA 3LDSA 2QKBA 3K5OA 4CF1A 1D9FA 4FZXC 3SQ2A 1QTMA 1JKHA 3D0PA 2OYQA 4DSJA 1WSGA 4HCCA 3SQ0A 3MECA 3C94A 4BDYA 4FZZA 3KLGA 4FK0A 4LSLA 4DU4A 4FJ7A 3QLHA 1GOAA 3KK1A 1ZBIA 4FXDA 4KREA 1JLQA 3P83D 4O44A 1NK4A 1O1WA 1IKYA 5J2PA 1N5YA 1RT2A 2KW4A 4BDZA 4CJRA 1NK6A 2DFFA 4AHVA 3V1QA 4CFBA 3OS0A 5HLFA 1Q8IA 3KJVA 2HMIA 4ELVA 4PY5A 3B6OA 1CZBA 3WNFA 2HVHA 4M41A 1NOYA 4BE2A 4I2PA 3BDPA 3O4NA 3LP0A 2LSNA 3V1RA 1Z26A 4CERA 3KLFA 4CGHA 3NDKA 1CZ9A 3VA0A 2F96A 4PA1A 4WE1A 3VQBA 4GVMA 3TAFA 4E0DA 2X78A 4CJWA 1NJZA 4CEOA 2G8UA 3IS9A 3OS2A 1NJXA 5J2NA 2PY5A 1ASUA 4CEDA 4FJNA 2VWKA 4NYNA 5C25A 5CZ2A 2OPRA 4UQGA 1X9MA 4DSLA 3OJUA 4FJHA 4CHZA 2HHSA 4AHRA 1TL1A 1JLBA 2KQ2A 3DLGA 3PO4A 4ID5A 3TI0A 3RMBA 1G15A 5KGXA 1HQUA 3OYKA 4CCHA 4NCAA 1S9GA 1EETA 3OY9A 4CGGA 4CJTA 3V9UA 4FW2A 3RRHA 3QETA 4B9SA 3OYMA 4MFBA 4DFJA 4OPKA 3G10A 1IKVA 2B6AA 2BE2A 3LP1A 4AHUA 3QEIA 4EZ6A 3L2QA 4E19A 1J53A 5J1EA 1HNIA 4E7KA 4KV8A 5HRNA 5CYMA 3S3MA 1R0AA 4CEAA 1SKWA 2KTQA 2D0CA 3NH0A 3C6TA 2G8VA 4OGEA 3ZT4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ITHA 4DFPA 4JI3K 4KI4A 4PKIA 1HJRA 2D0BA 3SPYA 3ULEB 4FLZA 1NKCA 4CD1A 5AQSA 4WFBL 3FE1A 1MU2A 4JS4A 2Q36A 3KD1E 1BCOA 1X3NA 4FK4A 1K8KB 3OYNA 2Z1IA 3O1WA 4IG0A 5CZ1A 3VQ9A 3L8BA 1NGIA 3EY1A 1HPZA 3Q7BA 1QS4A 4DCHA 4RTFD 1YJNN 4M45A 2QI2A 5E26A 3ISNC 3AVLA 5FPDA 1RTIA 3CM6A 1LW2A 1VSIA 3AO2A 2D0PA 1QQOA 4IOCL 2RF2A 4C8LA 1BIUA 3OYFA 2Q31A 4DTUA 5AQZA 3ZSXA 4PQUA 3VMFB 4MLEA 4EIAA 3U3YA 4F9OA 4CF8A 2HBMA 1HNZK 1K9MO 1X3MA 3VTIA 1X9SA 4M42A 3DRRA 4FCYA 1IKWA 4C23A 1HRHA 3L4QA 4N56A 5CHIA 5FRNA 1LAWA 3MXJA 2G8FA 1VSFA 3OJSA 2P9UA 2NRWA 2ZGZA 4OKJA 1QZ6A 1C1AA 1XUPO 1HNVA 4ISGA 4DTRA 3A0IX 4DR2K 4LF7K 4JHDB 3H1QA 5AR0A 4ELTA 1S1XA 1SZ2A 3CERA 2WBNA 3AO3A 3DLBA 4H0OA 2UXBK 4DU1A 1TKDA 1RT3A 3NMUA 1TYQA 1S72N 4CZGA 4WQ5A 3VPZA 3I8BA 1UWBA 4KB1A 2Z1GA 1KFDA 2KLAA 3LZJA 2E2QA 3PSFA 2FBYA 4M7XA 5J2MA 3THWB 4O5BA 5K14A 4CIFA 4E3SA 2D0OA 3MAQA 2XY6A 4CGDA 4K0KK 3KKSA 1VQ5N 3NGYA 3NGIA 3ZSWA 3U6FA 2PAVA 3K2PA 3O9QA 4OX9K 4M3ZA 1NK8A 2HNYA 3LWMA 3T69A 2HHXA 3SZ2A 4K42A 1IBLK 2H3GX 1RDAA 3OYBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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