4AM6A

C-terminal domain of actin-related protein arp8 from s. cerevisiae
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
623
structure length
623
Chain Sequence
EIDLNDPTATIVIHPGSNSIKIGFPKDDHPVVVPNCVAVPKKWLDLENSEHVENVCLQREQSEEFNNIKSEMEKNFRERMRYYKRKVPGNAHEQVVSFNENSKPEIISEKNDPSPIEWIFDDSKLYYGSDALRCVDEKFVIRKPFRGGSFNVKSPYYKSLAELISDVTKLLEHALNSETLNVKPTKFNQYKVVLVIPDIFKKSHVETFIRVLLTELQFQAVAIIQESLATCYGAGISTSTCVVNIGAAETRIACVDEGTVLEHSAITLDYGGDDITRLFALFLLQSDFPLQDWKIDSKHGWLLAERLKKNFTTFQDADVAVQLYNFMNRSPNQPTEKYEFKLFDEVMLAPLALFFPQIFKLIRTSSHKNSSLEFQLPESRDLFTNELNDWNSLSQFESKEGNLYCDLNDDLKILNRILDAHNIIDQLQDKPENYGNTLKENFAPLEKAIVQSIANASITADVTRMNSFYSNILIVGGSSKIPALDFILTDRINIWRPSLLSSASFPQFYKKLTKEIKDLEGHYVNAPDKTEDENKQILQAQIKEKIVEELEEQHQNIEHQNGNEHIFPVSIIPPPRDMNPALIIWKGASVLAQIKLVEELFITNSDWDVHGSRILQYKCIFTY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Nuclear protein
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8
publication title Interactions between the Nucleosome Histone Core and Arp8 in the Ino80 Chromatin Remodeling Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 186
structure length 623
sequence length 623
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am6A01
3.30.420.580 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am6A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4am6A02
4JHDA 5AQNA 3VEZA 3QDKA 2AA4A 1NGEA 5AFUA 1QQOA 3CJ1A 1C0GA 2E2OA 4DB3A 2YHWA 3QFPA 4B1VA 3L4IA 5AQWA 1BG3A 1T6CA 3ZETB 3O6WA 4BRQA 2NRHA 2YCHA 4BC5A 4ISFA 4MO5A 1SZ2A 4FPBA 5KQDA 3A5NC 1DEJA 1YAGA 4BRHA 4BR5A 5AQYA 1T44A 3VGKA 2P9IB 3S41A 3HSCA 3C7NB 5FPMA 5BREA 3FZHA 4WYBA 4BREA 4IJNA 2ZGZA 3A5OC 4BGAA 3ATVA 1H1VA 5AQRA 3L6QA 5LJWA 3H1VX 5AQPA 3DXMA 4YDUA 4BRCA 4C23A 3WEEB 4JD2B 4FWNA 3ZX0A 5AZJB 2ASPA 2E2PA 2P9PA 1GLDG 2IVNA 2DPNA 4H5TA 3EL2A 2Q36A 3M1FA 3MN5A 5F1XA 1YXQA 2E8AA 3WEEA 2D4WA 2HF4A 3VGMA 5AZJA 1HX1A 3CIPA 3RSEB 1WOQA 2FXUA 3F9MA 4B1ZA 2J4RA 4PL7A 4XH4A 3VPZA 2OANA 1Y64A 5BN8A 2IIRA 2WUSA 3R9PA 2QWQA 4FWPA 1Z6RA 2FF6A 3ZEUB 1D4XA 3O5BA 4BRLA 3GOIA 2ZWHA 3VENA 4EFHA 3VOVA 2I7NA 4NO7A 4PKHA 1NM1A 3U9DA 1CZAN 3O1WA 4BR2A 3O80A 5F0XA 3UKUA 1P8ZA 2A3ZA 2HOEA 4FOEA 1XUPO 2ITMA 4FO0A 3B8AX 1BU6O 5EVZA 3WUHA 4B1YB 1HJOA 4JNEA 5AQZA 4B9QA 3C0BA 2H3GX 4B1XB 2E2QA 1E4FT 4HWIA 3FGUA 4M63C 1JCEA 1X9JA 1V4SA 3FLCO 2P9NB 4KBOA 2CGJA 3DWLA 3QBWA 4BC4A 4FWKA 3EKSA 5BPMA 3GL1A 1DGKN 5LY3A 3WXIA 3DAWA 5BRFA 4CZGA 1X3MA 3A8YA 4PL8A 5E84A 3IFRA 2EWSA 1SQKA 2PAVA 4BRMA 1J6ZA 3IDHA 4FWRA 4MLEA 2Q2RA 4EAHD 3FZLA 1GLCG 4QS8A 5FPNA 1T6DA 3WXJA 4DCHA 4FSVA 4Y0WA 2P9LB 3HM8A 1K8KB 4PKGA 3BP8A 4BVOA 4MLHA 5AQGA 4CI6A 3VESA 1MWMA 3H1QA 2ASOA 4BC2A 3WQTA 3M6GA 4F9OA 4BR0A 3CHWA 2NLXA 2VWBA 3CQYA 5ELZA 1NBWA 4IZ9A 3MN6A 5JLHA 3AAQA 3FE1A 3QB0A 4FWOA 4WQ5C 4B1WB 3QBXA 3IUCA 4BG8A 3VF6A 1QQNA 3I33A 3CETA 3HBTA 3OHRA 2A41A 3A5MC 3LM9A 4BVPA 3GE1A 2NZTA 3LDPA 3M3ZA 5E26A 3ZX2A 3CQXA 1KXPA 1V4TA 4FWLA 4BRIA 3GBTA 3W0LA 3BF1A 4BGBA 1RFQA 3ZETA 3VGLA 5AQOA 5AQVA 2W40A 1TYQB 4A61A 5ADXA 3EZWA 1NMDA 2QWMA 4O8KA 3ULEB 1C0FA 3O4WA 3QICA 1GLEG 1NGGA 2E20A 4I6MB 1BWFO 3CJBA 2QWOA 3WQUA 2P9IA 3FR0A 5JMVA 3H3OB 3C7NA 4H0OA 4L3QA 4O5FA 3SK3A 5AQHA 3BUZB 5BN9A 2A40A 2F9TA 2FSKA 1LCUA 3MDQA 3MK6A 3DJCA 2YI1A 3H45C 3SJHA 4JD2A 2F9WA 4M7YA 2VCPA 1S3XA 4FWQA 1S22A 2BUPA 5EXWA 2QXLA 3I8BA 4EHTA 2QWRA 1NGJA 3EN9A 4YDUC 3BF3A 3RSEA 1WUAA 3U4LA 1ATNA 1MWKA 1HKBA 3JS6A 4CZLA 1HLUA 5KQ8A 4PKIA 5AZIB 3ZEUA 4QS7A 5AQIA 3MN9A 4CZMA 3DXKB 4CZKA 5BRHA 3EKUA 2V7ZA 2PBDA 2P9UB 4FOIA 1ZBSA 3SMPA 3HTVA 2ZGYA 1KAYA 3W3DA 2V52B 4K43A 4FWMA 3D2EB 1IJJA 3FFKB 1YVNA 2P9UA 1Q18A 1NGCA 1QZ6A 4GNIA 4WQ4C 3VEYA 4BRPA 4Z94A 1KAXA 1ESVA 3MMVA 5EY4A 3AAPA 5AQFA 2I7PA 3TU5A 4XH5A 2P9NA 4E1JA 1R59O 2D0PA 3UE5A 4BRGA 2YHXA 2A42A 3L0QA 4DHYA 2P9SB 5EX5A 4FWSA 1ZC6A 1U2VB 3VEVA 4K41A 2W41A 3H6EA 2QW9A 3TPQA 1XQSC 4K42A 4NB4A 2QWLA 4A2BA 4BG9A 1NGAA 3BEXA 4CJ7A 3HI0A 3IMXA 5AFUH 1MDUB 4DQ8A 4BQZA 5AQJA 1NWKA 1G99A 4A2AA 1DKGD 4BROA 4CBWA 3VEOA 1QZ5A 1BDGA 1NLVA 4BQLA 4IWVA 2P9LA 2GTDA 1K8KA 2FSJA 5I9EB 4BRAA 3LL3A 3CJ7A 2P9KB 4EIAA 3VEWA 3R8EA 2YJEA 4K25A 4H0XB 4WQ5A 4A62A 5BPNA 3ATUA 3A5LC 4RTFD 2E88A 3D2FB 5AQLA 3GDQA 3UKRB 1GLAG 4ISEA 1RGIA 4CD3A 2GWJA 4CBUA 3O08A 1TUUA 4IO8A 2CH5A 4AM6A 4JHDB 3QMLA 5F2RA 3A0IX 3H46O 3O1BA 4RCHA 4CBXA 2CGLA 2Q1NA 4LC9B 4H5VA 4RWTA 4ISGA 5AQUA 2HMPA 3ID8A 1HKCA 1RDWX 1BOTO 5KPTA 3J8AA 2IVPA 5FPDA 2KHOA 4H0TB 4CZFA 5BPLA 1TYQA 3R6MA 3ULEA 3VEXA 1BUPA 4B1UB 5EOYA 3VETA 4FL9A 1SAZA 1HPMA 4CZHA 5AQTA 1NGBA 4GY2B 4I6MA 5B8HA 2YJFA 1GLBG 4BR7A 4XH1A 1XC3A 2D1KA 5CE3A 1IG8A 5AR0A 1KAZA 4BRFA 2VYPA 3KVGA 4H03B 3DXMB 2UYTA 1NGIA 4HTLA 3VERA 5JLFA 2QM1A 2D0OA 1HKGA 3ZX3A 2P9PB 2GUPA 1X3NA 2E2NA 3ENHA 3CERA 3WXKA 4CZEA 2QWNA 2Q0RA 5JICA 3SMSA 4BR9A 3MCPA 3WT0A 4H5NA 3H3NO 3JXUA 4H0PA 4QS9A 2FF3B 5AQKA 3LDOA 2V7YA 1LOTB 5BRDA 1NGFA 1ZXOA 5FPEA 4BC3A 2Q0UA 4BRKA 5AZIA 1E4GT 5KPZA 3UKUB 2ASMA 5AQMA 1BO5O 1EQYA 3DXKA 4BRNA 2AP1A 3CJCA 2FSNA 2GEMA 4WQ4A 3UB5A 3LDQA 2GWKA 2A5XA 1HUXA 3U9ZA 5BR9A 3D2EA 1ATRA 1BA1A 1QQMA 1QHAA 4BR4A 4IJAA 3VF4A 3QFUA 4BRDA 2GELA 3CJAA 3MN7A 3AARA 4JN4A 4EHUA 4AM7A 4J8FA 3EO3A 3LM2A 2YHYA 2E1YA 2CGKA 3HZ6A 3ENOA 3WXLA 3AY9A 3GG4A 2P9SA 3LDLA 3D7EO 1U2VA 4H5RA 5AQSA 3KHYA 1ATSA 2Q31A 3U8XA 3VF2A 2CH6A 1MA9B 2A6AA 1Z05A 3CJ9A 3FZFA 3LDNA 5TKYA 5AQQA 4CD1A 4JAXA 5AQXA 1JCFA 2IVOA 3FZKA 3P4IA 2V51B 1TUYA 4XEIA 3FZMA 4CZIA 5ADXH 1YUWA 2HF3A 2E1ZA 1NGHA 4H0VB 4IXCA 4FPAA 3O8MA 4MO4A 1U6ZA 5LJVA 1NGDA 3KZBA 1GLJO 2ZF5O 2P9KA 2FLOA 4CZJA 3SLCA 1GLFO 4M7XA 1GLLO 4H0YB 3D2FA 2QWPA 3G25A 5KPRA 3UKRA 1BA0A 2BTFA 1OKJA 4H5WA 3CI5A 2Q97A 1JCGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JHDA 1JLEA 5AQNA 4YOWA 3QDKA 3L2RA 3DLHA 2AA4A 1HNZK 4FCYA 1S6QA 4PQUA 4KKOA 1RT5A 3QERA 3L4IA 4OKEA 1T6CA 3BZCA 4CJFA 3DLKA 3KK1A 1C0TA 3QETA 2OPSA 3RMAA 1RT4A 4BC5A 4FPBA 1J9AA 1KQSM 5KQDA 4JV5K 4YOYA 1WN7A 1RDUA 1YAGA 1LWCA 4DTJA 3V1QA 5AQYA 1FJGK 1EP4A 4K0KK 3VQCA 1ZBHA 3AVJA 3VGKA 2P9IB 4DV4K 3HSCA 5BREA 4KHNA 3ULDA 4W5OA 2UUAK 1H1VA 5AQRA 4B3SK 3H1VX 5AQPA 4BRCA 3WEEB 4J2BA 3ZX0A 2P51A 4H5TA 4YHHK 3EL2A 3MN5A 2XY5A 2D4WA 4CK1A 1HJRA 3CIPA 2UU9K 4GV3A 4B1ZA 2J4RA 4KTWA 4BACA 3VPZA 4B3OA 3QEXA 4C8LA 3TARA 1YITN 2QWQA 3NBPA 5HRRA 1D4XA 4M45A 4BRLA 3GOIA 3VENA 4EFHA 2QEXN 1NMNA 2W00A 2I7NA 4NO7A 1NK9A 3U9DA 1JLAA 4YFUA 4BR2A 3UKUA 1P8ZA 2HOEA 4V19S 5J1EA 3OYBA 4FO0A 1BU6O 4NCAA 4DS5A 3NAEA 4F3TA 5HBMA 4OPAA 2O8FB 1WSEA 4BEBA 3THYB 3TAMA 1V4SA 2E4LA 1WBDA 4CFCA 3SQ2A 2PZSA 2NRVA 3KKSA 4BC4A 1CXUA 1BHLA 4Z0UA 2OPPA 3RWUA 3DAWA 4LF6K 4DSJA 5MLCQ 4KHSA 4IG0A 3A8YA 1S5JA 4LFAK 2R7YA 3IFRA 2EWSA 3SBTA 1W2BM 1RT6A 3IDHA 4H4OA 3HOSA 2NRTA 4DV7K 3SPYA 3EZ5A 1FKPA 2WC9A 4K8XA 3PX4A 2LSNA 3L3VA 3SJJA 4KHWA 3BP8A 4BVOA 5TKWA 2ASOA 4F9OA 4BR0A 3MEGA 3CHWA 1W0HA 1FXXA 4KTZA 1X9MA 1VSKA 4A5AA 5ELZA 4DTOA 3NH0A 1WSJA 3CMEN 4WQ5C 3P39A 4CEFA 4DMNA 3VQDA 1KFDA 2BE2A 4NXMK 3VF6A 1NJIO 3U3YA 5CZ2A 2YNFA 3CCLN 3IS9A 2C1IA 3NHGA 3LDPA 3HRGA 3M3ZA 2AJQA 1V4TA 4FWLA 3HSTB 3GBTA 3BF1A 1K8AO 4DQRA 5KI6A 4BWMA 5AQVA 2D5RA 2W40A 4A61A 1L3UA 3EZWA 1NK8A 5HRPA 3QICA 4K8ZA 1GLEG 3RRGA 4FJHA 4H8KA 4HVJA 1C0MA 1VSDA 4JI7K 2RKIA 1BWFO 2XRIA 4KREA 1YHQN 3C7NA 4L3QA 2FBYA 3SK3A 2FSKA 2OPQA 1LCUA 3MDQA 1S1TA 4B8CA 1K6YA 4M41A 5M1QA 2JGUA 4FWQA 4DUYK 2XY6A 3HP9A 1EWQA 4FZZA 3VQQA 2QXLA 1REVA 4EHTA 5C25A 2QWRA 4I9LA 4JRPA 3EN9A 4YDUC 3RSEA 3CCMN 3SI6A 3VMFB 3U4LA 1MWKA 4F4KA 3NCIA 1ZBLA 3JS6A 4CZLA 1UOCA 2IOCA 3PO4A 4J2AA 4QS7A 3CCJN 3MN9A 4AILC 4JKAA 3TAEA 4JKCA 3DXKB 3P5JA 4LFBK 2PBDA 2P9UB 3B6PA 4FOIA 2KLAA 4CIFA 3HTVA 3KK3A 1Q8IA 4JKGB 1VQNN 1JXBA 3KLGA 3MEEA 2YKNA 1YTUA 4ID1A 1TK8A 4AHUA 4WQ4C 3VEYA 3OBWA 3EY1A 2EX3A 2VG6A 2D0AA 1NNEA 1NKEA 3THXB 3E9LA 2P9NA 2XY7A 3B6OA 4FM2A 3L0QA 4YNQA 4RW9A 4E7JA 5EX5A 4U67L 3AVAA 3Q7CA 2OYQA 1U2VB 1C1CA 3I55N 2W41A 3T1AA 1OH7A 1OH8A 3NMUA 1RTJA 4K42A 1NGAA 1OH5A 1W9HA 1Q82O 3QLHA 3SPZA 3OYAA 3SBGA 4CEQA 4CBWA 2YNIA 1SV5A 4IWVA 3DOKA 4E1NA 3LDSA 1K8KA 4WCEL 3CD6N 3K0SA 4E7LA 4DR1K 4RTFD 5AQLA 2QKKA 4LF9K 3MCAB 4ISEA 1Q81O 1QTMA 1EWRA 3O08A 4IO8A 3TAPA 3LWMA 2PFUA 4YOVA 3O1BA 4CERA 4FM0A 2F8SA 1ZYQA 3G71N 4LC9B 3WNHA 5JS1A 4JI1K 2Z1JA 3ID8A 1RDWX 4Z4IA 5FPDA 4IFEA 3O4QA 2DTUA 3OYHA 1BUPA 5KRTA 1SAZA 4GKJK 4I6MA 4B9UA 2FBVA 4B08A 4BE7B 2D1KA 1ASWA 1KAZA 3CFOA 2VYPA 3KVGA 3DXMB 1NJXA 3S3OA 4DFMA 3KTQA 1YVUA 3ZSWA 1HKGA 4B3MK 1TK0A 4BY9C 4AHRA 1X3NA 1S1VA 3WXKA 1C1AA 2Q0RA 2F96A 5A2QO 1Q7YO 3MCPA 4J2DA 4H5NA 2V7YA 1ZXOA 4Z4EA 1VQ5N 3CCSN 2HMIA 3CMAN 5AZIA 1E4GT 3OJSA 3BDPA 3HOTA 1BO5O 4E72A 3VTIA 2G8VA 3CJCA 2GEMA 1NKCA 2HNDA 3U9ZA 4EP5A 3V9SA 3TWHA 1BA1A 1QQMA 1QHAA 3L4QA 3VF4A 2HNYA 1KC8O 2EHGA 4BRDA 3CF5L 1Y97A 3AVKA 5BR8K 1XHZA 1RT1A 4JN4A 2O8BB 3AVLA 1MU2A 2VWJA 3HZ6A 1LW2A 3SZ2A 1U49A 3AY9A 3AVIA 3RTVA 4OGEA 3D7EO 4A57A 2Y1JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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