4AM7A

Adp-bound c-terminal domain of actin-related protein arp8 from s. cerevisiae
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
623
structure length
623
Chain Sequence
EIDLNDPTATIVIHPGSNSIKIGFPKDDHPVVVPNCVAVPKKWLDLENSEHVENVCLQREQSEEFNNIKSEMEKNFRERMRYYKRKVPGNAHEQVVSFNENSKPEIISEKNDPSPIEWIFDDSKLYYGSDALRCVDEKFVIRKPFRGGSFNVKSPYYKSLAELISDVTKLLEHALNSETLNVKPTKFNQYKVVLVIPDIFKKSHVETFIRVLLTELQFQAVAIIQESLATCYGAGISTSTCVVNIGAAETRIACVDEGTVLEHSAITLDYGGDDITRLFALFLLQSDFPLQDWKIDSKHGWLLAERLKKNFTTFQDADVAVQLYNFMNRSPNQPTEKYEFKLFDEVMLAPLALFFPQIFKLIRTSSHKNSSLEFQLPESRDLFTNELNDWNSLSQFESKEGNLYCDLNDDLKILNRILDAHNIIDQLQDKPENYGNTLKENFAPLEKAIVQSIANASITADVTRMNSFYSNILIVGGSSKIPALDFILTDRINIWRPSLLSSASFPQFYKKLTKEIKDLEGHYVNAPDKTEDENKQILQAQIKEKIVEELEEQHQNIEHQNGNEHIFPVSIIPPPRDMNPALIIWKGASVLAQIKLVEELFITNSDWDVHGSRILQYKCIFTY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Nuclear protein
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8
publication title Interactions between the Nucleosome Histone Core and Arp8 in the Ino80 Chromatin Remodeling Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 185
structure length 623
sequence length 623
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am7A01
3.30.420.580 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am7A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4am7A02
3MN9A 1GLAG 3HI0A 4ISGA 3FGUA 1V4SA 5BR9A 2ZWHA 4BQZA 3A5NC 3HBTA 3MK6A 3UKRB 2P9SB 3FFKB 3QB0A 2UYTA 3CIPA 3KVGA 3OHRA 3O08A 3CERA 3JS6A 4FOIA 4BRFA 2GWKA 3MN7A 1YUWA 1MWKA 3EKUA 4XH5A 5BN9A 4BRAA 5JLHA 4JNEA 3ENOA 2Q2RA 1NGEA 1E4FT 4YDUC 4NO7A 4C23A 4AM6A 2QWNA 2VCPA 1HPMA 5AQPA 4BGAA 4JHDA 1JCFA 4H03B 3EL2A 3LDLA 3LL3A 2F9TA 5AZJA 4CBUA 1GLJO 4BRNA 2P9LA 2E88A 2E2QA 4K43A 2D0OA 2FLOA 3AAQA 1HLUA 2FSNA 4FWOA 2YJFA 3WQUA 4PKIA 2Q1NA 5FPMA 3O6WA 5KPTA 2P9KA 3BP8A 4ISEA 4H5VA 3CJ9A 3VEXA 1NGDA 1EQYA 4ISFA 3C7NA 5AFUH 4K42A 2NZTA 4BG8A 3WEEA 5AQXA 4B1VA 4A62A 4EAHD 3L6QA 4IXCA 2WUSA 1NLVA 3I8BA 3IDHA 3WXKA 4BVOA 4B9QA 1NGCA 4BR7A 1XUPO 4O5FA 3O1WA 1NGJA 1NGBA 3HSCA 4HWIA 3EKSA 3VF4A 1QQNA 4K41A 2YI1A 3SMPA 4CZKA 3J8AA 2A40A 2W41A 4B1YB 5BRHA 3DXMA 1HKBA 4BG9A 4H0OA 1GLDG 4M7XA 2OANA 3U9ZA 4BR5A 5BRDA 2NLXA 2QXLA 3H1QA 4RWTA 1TYQA 4Y0WA 5E26A 1BUPA 1HKGA 3D2EA 1BA1A 4JHDB 2DPNA 4CD3A 4FWSA 1T44A 3WUHA 4FWQA 4H0VB 2NRHA 3FR0A 3GDQA 4B1UB 4BR2A 4XH1A 2E1ZA 1T6DA 2YCHA 4F9OA 5FPDA 4BRLA 3QDKA 2P9LB 4H5WA 1QHAA 4RTFD 4CBWA 4Z94A 4FPAA 3WXJA 3G25A 5AQIA 4O8KA 4J8FA 2P9KB 3QBWA 1C0FA 3A5MC 1ATNA 3A5LC 3VEWA 3C7NB 1X3MA 2A6AA 4PKHA 2HF4A 1ZC6A 4FWRA 3UB5A 3WEEB 5JLFA 4WQ4A 3I33A 3B8AX 3TU5A 5AQHA 4CZGA 2PBDA 3O1BA 4PL7A 3A8YA 3JXUA 2ZF5O 2W40A 4JAXA 1BO5O 4FL9A 4PKGA 2YHWA 4EHTA 4BRDA 1NGGA 4DCHA 3QFPA 2P9PA 5AQGA 4BC3A 2CGLA 2FF6A 3MN5A 5AQWA 5I9EB 3U4LA 1ESVA 4IO8A 5ADXA 4BRQA 3M3ZA 4WYBA 4CZEA 3DXMB 3QFUA 3AY9A 1RGIA 2I7PA 1ZXOA 3HZ6A 5JICA 4NB4A 1TYQB 2IVPA 2AP1A 2CGJA 5AQOA 3VEOA 3ATUA 4GNIA 4BRPA 3D2EB 4CZMA 5B8HA 4FWNA 4CJ7A 5AQUA 3MCPA 1YAGA 5TKYA 3VETA 4CZJA 2ZGZA 4BVPA 2GEMA 2QWPA 3O80A 2VYPA 2Q36A 3VF2A 5BREA 4IJNA 1ATRA 1GLFO 3H1VX 1RFQA 2GELA 2QW9A 3S41A 4A2BA 4CI6A 1QZ6A 3SLCA 3O8MA 3H45C 5AQNA 3ZX3A 4JD2A 5KQ8A 3O4WA 3IFRA 3UKUA 2GUPA 2E20A 5EOYA 4BQLA 3QICA 3LM9A 3D2FA 2GWJA 5AZIA 5BRFA 2P9IA 3CQYA 5LJWA 4AM7A 4BRGA 3BUZB 4BR9A 4IWVA 4A2AA 2YHXA 2P9PB 2FF3B 1BA0A 4LC9B 2E2NA 5AQKA 2PAVA 4IZ9A 3SMSA 1SAZA 4CBXA 2E8AA 1ATSA 3AAPA 5JMVA 1IJJA 1QZ5A 5BPNA 4L3QA 5F1XA 5AQFA 4CD1A 1MA9B 4FSVA 1KAXA 3FLCO 4BR4A 5AQZA 5E84A 3L4IA 4FWKA 1LCUA 4H5TA 1DKGD 1ZBSA 3D7EO 2IVOA 4BREA 4YDUA 3GG4A 4BRIA 3HTVA 4MO5A 1KAZA 3VGLA 2GTDA 4FOEA 2IIRA 1HX1A 1HUXA 4JD2B 4JN4A 4IJAA 4XEIA 4A61A 2QWLA 4H0XB 3UKUB 2F9WA 1DEJA 5AQLA 5LJVA 3GBTA 5AZIB 3D2FB 1E4GT 2P9IB 3ZETA 1NM1A 4BR0A 3DWLA 4CZLA 5BPMA 5BPLA 1JCEA 5EVZA 1T6CA 2KHOA 3ZX0A 1BDGA 2HMPA 3MMVA 2P9NA 4HTLA 3M6GA 3SK3A 2H3GX 1MDUB 1G99A 1BG3A 3P4IA 4EIAA 5AFUA 3ATVA 4XH4A 3DAWA 3QMLA 4BROA 1Y64A 3BF3A 1NGIA 1JCGA 3SJHA 3VEYA 4DHYA 2A42A 4H0YB 1NGFA 4E1JA 3CJ1A 1TUYA 4B1XB 3RSEA 2BUPA 3ZEUA 5EXWA 1BWFO 3WT0A 3H6EA 1K8KA 1GLLO 4BRCA 1V4TA 1BOTO 3ID8A 3R6MA 2AA4A 2QM1A 3LDNA 5EX5A 3VENA 1U6ZA 2E1YA 1IG8A 2D4WA 1NMDA 3M1FA 4FWMA 1OKJA 5CE3A 3EN9A 3WXLA 4QS9A 3C0BA 2HF3A 1S22A 4QS8A 1SZ2A 3IMXA 3CETA 2A41A 3VGKA 3VF6A 1GLBG 3DJCA 3ZETB 1WUAA 2J4RA 2YJEA 5F2RA 3CHWA 2P9UA 3EO3A 4K25A 1RDWX 4BC2A 2ITMA 1TUUA 1X9JA 3F9MA 4FWLA 1QQMA 3H3OB 2P9NB 1DGKN 3DXKA 5KPZA 3VPZA 3LDQA 2Q0UA 3IUCA 2QWMA 3CI5A 2CGKA 1U2VA 3MDQA 1KXPA 4FWPA 2ASMA 4GY2B 2V51B 2CH5A 3ZX2A 4M7YA 5EY4A 4DQ8A 2A3ZA 3RSEB 1SQKA 3ZEUB 1Z6RA 4BGBA 4I6MA 3BEXA 3GL1A 1K8KB 5BN8A 1CZAN 1P8ZA 5AQVA 4FPBA 4WQ5C 5AQTA 4QS7A 5LY3A 3FZFA 2ASOA 4EFHA 4KBOA 5AQJA 2D1KA 4DB3A 2V52B 3FZLA 5AQMA 2D0PA 1YVNA 2I7NA 3HM8A 3O5BA 5FPEA 4RCHA 3ULEA 4BRHA 4CZFA 4WQ4C 3H3NO 3U9DA 1NBWA 2V7YA 3FZHA 1XQSC 3H46O 5ADXH 5FPNA 2Q31A 1Z05A 2VWBA 4PL8A 3R8EA 2P9UB 1D4XA 4BC4A 2E2OA 1KAYA 3A5OC 3LDPA 3UE5A 1BU6O 2QWQA 4M63C 3ENHA 1GLCG 3VGMA 3WXIA 1R59O 4BRKA 3U8XA 5AQRA 3DXKB 1YXQA 4H5RA 4MLEA 5KPRA 2CH6A 3FZKA 3LM2A 1U2VB 2FXUA 5ELZA 2BTFA 2FSKA 2QWOA 1NWKA 4H0TB 3UKRA 1J6ZA 3GE1A 2P9SA 4CZHA 2HOEA 1HKCA 5AQSA 3CJ7A 1MWMA 2YHYA 3VOVA 1C0GA 4B1WB 5F0XA 5AZJB 1HJOA 2ZGYA 3KZBA 4I6MB 3FE1A 1XC3A 1NGAA 3KHYA 2V7ZA 4WQ5A 1NGHA 3TPQA 2Q97A 3VERA 5AQYA 2IVNA 3CJAA 5AR0A 2Q0RA 1S3XA 1X3NA 3AARA 3GOIA 3W0LA 1GLEG 3QBXA 3VEZA 4H0PA 4H5NA 3R9PA 3VEVA 3CJCA 1QQOA 3CJBA 3VESA 3EZWA 4FO0A 4CZIA 1Q18A 2E2PA 4BRMA 3ULEB 3W3DA 5AQQA 2QWRA 4EHUA 3FZMA 4MLHA 4MO4A 5KQDA 4B1ZA 3CQXA 3MN6A 1WOQA 3A0IX 3BF1A 1H1VA 3LDOA 2ASPA 4BC5A 3WQTA 2FSJA 2A5XA 3L0QA 2EWSA 1LOTB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HI0A 3V4IA 4FJLA 3FGUA 1Q7YO 1YTUA 3VQ8A 2W6KA 5HRSA 3CIPA 3OHRA 2RE2A 1QTMA 3JS6A 3ZSYA 3RMAA 3SQ4A 4XH5A 4LFBK 4BRAA 4WCEL 1NGEA 4CJFA 4C23A 2VCPA 1OH8A 1KRPA 4O0IA 4H03B 3N4PA 1VSIA 1WLJA 1C0UA 3LL3A 3ASMA 2PZSA 4E1NA 4FWOA 4AH9A 3ZSVA 1N32K 4YOXA 4KI6A 4ISEA 1RILA 2HBMA 1TGOA 3T7ZA 3ZSZA 4KKOA 2NZTA 3CFOA 4JI3K 1D5AA 4Z4EA 4KHPK 1BGXT 5CYMA 2Z1HA 2WUSA 4IXCA 4CHZA 5HOOA 2Z1IA 1OH7A 1QSLA 2DTUA 2RF2A 3O1WA 1WAFA 4HWIA 3KIOA 1EX4A 5A2QO 2F4VK 2W41A 3NAEA 1HKBA 4M7XA 2OANA 3ZSRA 5BRDA 3LPTA 4KPYA 2QXLA 3H1QA 4NXMK 1KC8O 3THXB 4MDAA 1TYQA 4Y0WA 4FM1A 1TL3A 4G1QA 1BA1A 4FJ7A 4CD3A 4BY9C 3FR0A 4B9UA 1T6DA 3HT3A 2YCHA 4F9OA 5FPDA 4BRLA 3QDKA 4RTFD 4AHUA 4FPAA 4CE9A 2X6SA 3V1RA 1M1KO 4O8KA 3A5MC 1RT4A 1VSHA 1C0TA 4JK7A 2A6AA 1YJ9N 2HNDA 4FWRA 1Z26A 4MQ3A 4IG3A 3UB5A 3WEEB 5JLFA 1RBVA 1VSDA 3HM9A 3P83D 5IT9O 4FM2A 4W5NA 5FLXO 3JXUA 2RKIA 4JAXA 4OLAA 3V1QA 3EE8A 4CCHA 4Z4IA 4PKGA 2YHWA 1NGGA 2VG5A 4CJSA 3QFPA 1BQMA 4ILGB 5AQGA 4FW1A 3TAFA 3U4LA 4BRQA 1WSEA 3M3ZA 3DXMB 3AY9A 1QVFM 5CY4A 2VWJA 4IFVA 3NCIA 1OVQA 3SAHA 4J2AA 4W5QA 3VEOA 1W9HA 3JYTA 1NJYA 3D2EB 1Q9XA 3L2UA 4DV6K 1JLGA 3O80A 2QKKA 2Q36A 5BREA 4JKCA 3THXA 4F2RA 4GKJK 1QSSA 4A2BA 2VGMA 3SJJA 4YY3K 3ZX3A 3DLBA 1T3VA 4RW8A 4FVUA 4X66K 3HO1A 5M1FA 3AA5X 3QICA 4CEAA 3D2FA 3L2QA 3LWLA 2B4JA 3V9ZA 1YHQN 3C65A 3F2KA 1TAUA 2YHXA 4J2BA 2YKMA 2HHVA 3MCAB 1BA0A 3CC2N 2XY8A 2PAVA 1LAWA 5KTQA 1JLBA 4M3ZA 1J9AA 4DV3K 3R1XA 3DRRA 2XRIA 3QNNA 2ATQA 4PQUA 5AQFA 4CD1A 4YOUA 3WNHA 5AJ3K 3T1AA 3RRGA 1ZBSA 3OYBA 1RDUA 4A5AA 4UQGA 2IVOA 2HNZA 4KB0A 4CJPA 2DFEA 3GG4A 3L8BA 1KAZA 1RBTA 3VGLA 1QQCA 4KH5A 4JYAK 2F8TA 4DR7K 4JN4A 1HUXA 3CCUN 2D5RA 4JKHA 4RW9A 3HOSA 4H0XB 4JKBA 3VTIA 3AV9A 4LF5K 2ZD1A 3T69A 1EXQA 4DV4K 3OYLA 1W0HA 3HPOA 3AVFA 5AZIB 1I3AA 3J7YP 1LWCA 1VQNN 3MECA 4O4GA 3HSTB 3ZETA 5FROA 4OJRA 5TKWA 3DWLA 1XMOK 4BDPA 4DF4A 3KK3A 1IBLK 1NU0A 4DR1K 1B9FA 4CFCA 3MMVA 3M6GA 1MDUB 4EP5A 2ZJPL 4EIAA 4C8LA 3ATVA 3DAWA 1Y64A 1I39A 4CF9A 5JS1A 5HL7L 4PUOA 2YV0X 3O9SA 3CJ1A 3RSEA 2BUPA 3EZ5A 3WT0A 4O5BA 1RBUA 1C6VA 3QNOA 3G0ZA 1ILYA 1V4TA 1BHLA 3ID8A 4LF6K 2QM1A 3DRPA 5M1PA 3VENA 1U6ZA 2E1YA 1IG8A 2P5GA 5CE3A 4FWMA 4CFAA 1HMVA 3O4NA 3C0BA 3AVCA 4QS8A 1VSJA 4FXDA 4N56A 2A41A 4CIFA 4E7KA 4YOTA 4FVMA 3VF6A 3DJCA 4GV9A 5F2RA 4W5TA 1X9JA 1RT6A 4V19S 3NF6A 5SZTA 1QQMA 5C42A 2P9NB 2QXFA 1S1WA 4ID5A 1WAJA 2OPQA 3ZSOA 3MDQA 4GY2B 2XY7A 3IRXA 1YF5L 4M7YA 1QVGM 2A3ZA 1X9SA 1S1VA 4FW2A 2G8HA 1NJZA 2VGNA 3V9WA 3OYIA 1BISA 3DMJA 5M1KA 1IBMK 4FPBA 4WQ5C 3B6OA 4QS7A 5AQTA 5LY3A 4UY8O 3K5OA 3AGRA 4R5PA 5LMUK 1X9WA 2D1KA 4JLHA 4I7FA 4KV8A 3AO1A 4DS5A 1SKRA 4EZ6A 3V9XA 2I7NA 3NDKA 2O8EA 3ULEA 4CZFA 5E41A 1NBWA 4DV7K 1BI4A 1VSMA 3M5RA 1XQSC 5ADXH 1W97L 2G8WA 3KLIA 1RTHA 2P9UB 4NLCA 2GBZA 1D4XA 3MXIA 3M8PA 3LDPA 1O13A 1Q81O 2G8VA 3ULDA 1R59O 4BRKA 1E3MA 5AQRA 2KTQA 3QESA 4I9LA 1N36K 3FZKA 2O8DB 5ELZA 3OA9A 2FSKA 2QWOA 1NWKA 3IS9A 1J6ZA 2IDOA 2BH1A 2HOEA 1TL1A 1BCMA 4FK4A 2O8CB 4DTNA 3HXMA 4M3TA 1NGAA 4IDKA 2Q97A 4WF9L 3T1YK 3F9KA 1JLQA 2IVNA 1XHXA 3DYAA 3W0LA 3NGIA 4CEOA 3E9LA 4DR4K 4H5NA 1NK5A 3AVAA 3HK2A 1VQ8N 4CZIA 1Q18A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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