4B1UB

Structure of the phactr1 rpel domain and rpel motif directed assemblies with g-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
371
structure length
349
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
total genus 118
structure length 349
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1uB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1uB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1uB03
3W0LA 1NGFA 1RDWX 2E2OA 4FPAA 4CBUA 5TKYA 2AP1A 2NZTA 3KVGA 5AQRA 4DB3A 2Q2RA 1G99A 2UYTA 3I33A 3C0BA 3VEYA 4BR0A 2A6AA 4FWMA 4H5RA 4LC9B 5AQOA 2FF3B 1GLAG 5AQSA 4I6MA 4FWPA 4CZJA 1T44A 1U2VB 4H5VA 1YXQA 4H0YB 4QS7A 4NO7A 4QS8A 3VESA 3WUHA 1DKGD 4IO8A 5FPMA 4CZKA 3QBXA 3WXKA 3O8MA 3DXMA 4WQ5C 5AZJA 5AQJA 2P9KB 4JHDB 3ZX0A 1Z05A 1GLFO 2A3ZA 4EAHD 1V4TA 5EX5A 3KHYA 1IJJA 3GE1A 3O08A 2YJFA 2FSNA 2P9PB 4BR9A 3BP8A 2QWMA 2W41A 3IMXA 1NLVA 3KZBA 3ZEUA 1EQYA 5BPNA 2E2QA 2ZGZA 1MA9B 2QWNA 1V4SA 3A5LC 5AQHA 3IFRA 1NM1A 1BA1A 3M3ZA 3MN6A 2A41A 2QWLA 4H0XB 3ENHA 2W40A 4B1VA 3CJCA 2P9UB 4WQ5A 5AQZA 4M63C 4JD2B 3VERA 1T6DA 3D2EA 4BC3A 3JS6A 2IVPA 4K41A 3DWLA 5BN8A 2P9SA 2FLOA 3QB0A 2QXLA 3U8XA 3P4IA 2HF4A 4IWVA 5F2RA 2BUPA 5AQVA 3L4IA 3H3NO 5AQWA 4BRDA 2GUPA 4FPBA 2A5XA 3R9PA 5B8HA 2P9LA 3MDQA 4DQ8A 3FFKB 3HBTA 3R8EA 1U6ZA 4A2AA 2YCHA 4BGAA 5CE3A 1K8KA 4EIAA 5AQPA 4B1ZA 3L0QA 3A5MC 4BR2A 4FL9A 3D2FB 5EVZA 3WXLA 2CH5A 5JMVA 2D0OA 3O80A 3QMLA 1HUXA 2QWPA 2IVNA 3ULEA 2VYPA 1TUYA 2A40A 3UKRA 5BR9A 1DGKN 3DXKB 4FO0A 2E8AA 5FPDA 1BO5O 3EZWA 2FSJA 4PKGA 1HJOA 1J6ZA 1NWKA 4RTFD 3WQUA 3J8AA 4GNIA 4BREA 2CGKA 5EY4A 2HMPA 3LDQA 2PBDA 5ELZA 3LM9A 4A61A 3IUCA 1BU6O 4PKHA 3EKUA 5FPEA 3CIPA 4L3QA 4BRGA 2GWJA 3O6WA 4FWNA 4BC4A 2F9TA 4CZMA 1XUPO 4BR5A 2GEMA 4K43A 4NB4A 3UKUB 1HPMA 1X3MA 2VWBA 4GY2B 5E26A 3I8BA 3H46O 3U9ZA 2I7PA 5BREA 4BRQA 3FZFA 3QICA 4A2BA 3AY9A 4YDUC 1C0FA 5KPRA 3LDOA 5F0XA 4RWTA 2HOEA 4PKIA 1C0GA 1XQSC 1R59O 1WUAA 1H1VA 4I6MB 5BRFA 2DPNA 1HKBA 5AFUH 4ISFA 3CERA 3R6MA 4IJNA 3M1FA 2V7YA 1ATNA 2E1ZA 2ZWHA 1YUWA 3WEEA 3WT0A 5BRDA 2I7NA 4PL7A 3DXMB 1QQOA 2Q0UA 3ATVA 3EL2A 3CETA 4BC2A 1RGIA 3H3OB 4FSVA 2ASPA 4CZFA 4K42A 1NGGA 3LM2A 1HKCA 5AR0A 4BRIA 4YDUA 3C7NA 4JNEA 5ADXA 4BRFA 5BPLA 3SJHA 3ZEUB 2P9IA 4H0TB 3RSEA 4H5TA 1QZ6A 4BRKA 1GLCG 3SK3A 3O1BA 3UB5A 4BG9A 3A5NC 3MK6A 1JCGA 3B8AX 5JICA 1WOQA 3FGUA 2YJEA 4BRMA 4WYBA 1Z6RA 3DJCA 1E4FT 2CGJA 4B1XB 3D2EB 2J4RA 3HTVA 1ZXOA 4H5NA 2QW9A 5JLFA 2P9SB 2PAVA 5AQNA 3MCPA 4EHUA 4WQ4C 5AQXA 2E2PA 4MLEA 2GELA 1ZC6A 1LCUA 1GLLO 1GLDG 3VEVA 4BRAA 3U4LA 1BWFO 4Y0WA 2P9LB 2NRHA 5FPNA 1Q18A 1RFQA 4BR7A 5AQKA 1BG3A 3AAPA 1CZAN 4AM7A 3VEWA 2D1KA 1K8KB 3MMVA 1NBWA 2YHYA 3U9DA 1MWMA 2P9PA 1MWKA 3WXJA 3QFPA 4JN4A 2D4WA 3VENA 3VGKA 2QWRA 3CQXA 3GOIA 2A42A 4QS9A 4WQ4A 4CBWA 3ULEB 4CZEA 4B1UB 2Q36A 3ENOA 1YVNA 3UKRB 2Q31A 2CH6A 1S22A 4IJAA 3VETA 2VCPA 3HM8A 5AZIA 4XH5A 4IZ9A 3VPZA 4DHYA 1OKJA 4MLHA 3S41A 5JLHA 2HF3A 3VEOA 4FOEA 4BVOA 5E84A 4FWKA 4BRNA 4XEIA 3VGLA 3WXIA 4C23A 1X3NA 3MN5A 4K25A 1NGHA 3O5BA 1MDUB 3FZKA 2P9NA 3VGMA 3VF2A 1TUUA 1JCEA 3MN9A 3ID8A 1HLUA 4IXCA 2H3GX 5AQUA 3AARA 1S3XA 3VOVA 4B1YB 5AQQA 2V7ZA 3FR0A 2D0PA 3GG4A 4CBXA 4BRCA 3CQYA 4CZLA 2V51B 3O1WA 4AM6A 5AQLA 4RCHA 3TPQA 2GTDA 4CZIA 3WEEB 2Q1NA 4MO5A 1QZ5A 3VF4A 1TYQA 4KBOA 2QM1A 3VEZA 4A62A 3GL1A 2QWOA 3CJBA 1ESVA 2YI1A 3DXKA 5AQMA 1HX1A 2GWKA 2WUSA 2OANA 3C7NB 1ATRA 3QBWA 3CJ7A 3EN9A 5AZJB 2P9IB 5KQ8A 3LDNA 1D4XA 3RSEB 3SMPA 1KAXA 1KAZA 3SLCA 4CD3A 3EO3A 3EKSA 1T6CA 2ITMA 2E1YA 3ZETA 3BUZB 3CJ9A 1XC3A 3FZLA 4PL8A 1BUPA 2FXUA 2Q97A 3VEXA 4ISGA 2YHXA 4XH1A 3ATUA 4BQLA 4H0PA 1BA0A 3UE5A 1DEJA 2ASMA 3QFUA 4F9OA 5BRHA 1NGDA 5EXWA 5LY3A 4CZGA 3O4WA 1GLBG 2EWSA 5LJWA 4BGBA 1GLJO 4M7XA 3HZ6A 2E2NA 2Q0RA 1U2VA 4FWSA 3H1QA 2ZGYA 3CJ1A 4BR4A 1BOTO 1QHAA 4MO4A 5AQFA 4BC5A 3FZHA 1NGJA 1X9JA 3MN7A 4FOIA 1ZBSA 3F9MA 4CZHA 3LDLA 2P9KA 5ADXH 4JHDA 3LDPA 3A5OC 3JXUA 4DCHA 1NGIA 3ZX2A 3A8YA 5AZIB 1E4GT 4H03B 3HI0A 2FSKA 2FF6A 3IDHA 3FLCO 3G25A 3BF1A 2E20A 4HTLA 2CGLA 4XH4A 3FZMA 3W3DA 2V52B 2IIRA 2P9NB 3A0IX 4M7YA 4BROA 3GBTA 3OHRA 2P9UA 1KAYA 5BPMA 1LOTB 3LL3A 3TU5A 1KXPA 4JD2A 1NGAA 4EFHA 4H5WA 5AQGA 2AA4A 4FWOA 5I9EB 4BQZA 4BRHA 5BN9A 1Y64A 2KHOA 3H6EA 1QQNA 1SZ2A 4CJ7A 2F9WA 1SAZA 4EHTA 3AAQA 1BDGA 3VF6A 5KQDA 1SQKA 1JCFA 3M6GA 4O5FA 5AQTA 4B1WB 4J8FA 1TYQB 3HSCA 5AFUA 3FE1A 3L6QA 1ATSA 4CI6A 3BEXA 5F1XA 3BF3A 2NLXA 2ZF5O 3D2FA 1YAGA 3D7EO 3CHWA 3SMSA 4B9QA 1HKGA 5KPZA 4FWRA 4O8KA 5AQIA 4H0OA 4FWQA 4ISEA 1QQMA 2YHWA 1NGBA 2QWQA 3CJAA 2BTFA 4FWLA 4BVPA 4H0VB 2IVOA 3H45C 3CI5A 4BG8A 3H1VX 4CD1A 4HWIA 3ZETB 1GLEG 5LJVA 4JAXA 4E1JA 4Z94A 3WQTA 2ASOA 3ZX3A 1P8ZA 3GDQA 3DAWA 4BRLA 5KPTA 1NGEA 3QDKA 5EOYA 2E88A 4BRPA 1NGCA 5AQYA 3UKUA 1NMDA 1IG8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3E66A 1RDWX 2XRIA 2NRZA 3SUOA 4AHTA 1Y97A 3IG1A 3TARA 1BISA 2Q2RA 1JLFA 3VEYA 3I33A 4FJ7A 1JKHA 3AO2A 4BR0A 4FWMA 4LC9B 4EZ9A 1GLAG 1SUQA 4N56A 1TKDA 5T7BA 1NK7A 3NE6A 1LW0A 4IO8A 3QBXA 3WXKA 3SUQA 3DXMA 3O3GA 2P9KB 4JHDB 1Z05A 1GLFO 2A3ZA 3DMJA 4KB1A 4O0IA 3NGIA 3GE1A 4AQYK 4AHRA 3F73A 3AVBA 5M1NA 1HNIA 2QWMA 1GOCA 4EP5A 1SL2A 4CE9A 4XIUA 1NLVA 1S5JA 3ZEUA 4CJKA 5BPNA 3UIQA 1N6QA 5A2QO 3A5LC 3TSPA 1NM1A 3M3ZA 3KWGA 1YTUA 3E9LA 3VQCA 1DTTA 2W40A 2P9UB 4WQ5A 4JD2B 2ZJRL 1T6DA 4DR2K 3FFIA 4PWDA 4Y1DA 3DWLA 4ZHRA 5BN8A 4E72A 2HHWA 1NMNA 2GX9A 1JXEA 2HBLA 3U8XA 3KKRA 1RTJA 1TK5A 4IWVA 3RRHA 2HVIA 2BUPA 4XJXA 3H3NO 1S1VA 5AQWA 3KD5E 4FPBA 1WAFA 4KHUA 2BGGA 2P9LA 3SPYA 2HSTA 3T19A 4C8LA 5C0YA 2E5LK 1NK5A 3AVAA 4ILHA 3MCAB 1K8KA 5AQPA 1SV5A 4A57A 4B1ZA 3CFOA 5HLFA 1U4BA 4M42A 5EVZA 2UXDK 4FJJA 5JMVA 2D0OA 4JKCA 5M1OA 4LSLA 4BWMA 1E3MA 4M3XA 3O80A 3VQ7A 4IDKA 5HROA 3AA3A 5HL7L 1YJ9N 1YITN 3MXJA 1UA1A 2E8AA 4WFBL 2YNGA 4RTFD 4BECA 3SAHA 3OTOK 1RT2A 4CF9A 2HMPA 5ELZA 3HM9A 3LM9A 4FJ5A 3K2PA 5CZ2A 3SQ0A 2HMIA 2YHAA 1Z25A 2Q3SA 4FWNA 4LFBK 1XUPO 3PX4A 4OGEA 1VSKA 4PUOA 4GY2B 3C95A 2OCEA 3H46O 1QVGM 3AY9A 1VQ8N 3LDOA 4JYAK 4PKIA 1R59O 4DFPA 3L4QA 4OPAA 3EYZA 3J80O 5GAGP 1HYVA 1YUWA 3WEEA 3WT0A 3OYKA 3TANA 2PFUA 3BZKA 1XMOK 3HP9A 4PL7A 2Q0UA 4JRPA 4EZ6A 1RGIA 4R79A 1B92A 3QEXA 3IS9A 4CZFA 1NGGA 4DFMA 1VQ6N 4DTJA 4DR6K 3C7NA 2VWJA 2IDOA 1XNQK 3RSEA 4H5TA 3SK3A 5HBMA 3QLHA 3T1AA 3B8AX 4CJ5A 4CHYA 3FGUA 3LALA 4CEEA 1NG9A 1Z6RA 1XHXA 4B1XB 1IG9A 3J7YP 2HBKA 5JLFA 4CGJA 4KV8A 3G10A 3V4IA 4KH6A 5AQXA 2XY6A 3OYEA 3OJUA 4C8NA 4DU1A 3AGRA 4BRAA 5I42A 1BIZA 4R5PA 2UXBK 4CK3A 2IAJA 5FPNA 5AQKA 1BG3A 3G6EN 3CG7A 4IOCL 4Z0UA 1NBWA 2OZSA 2YHYA 2O8DA 3WXJA 1K8AO 4F4KA 2QWRA 4CGHA 2A42A 1GOBA 3QINA 1NOZA 3DRSA 4QS9A 4WQ4A 4CBWA 2Q36A 3G4SN 2CH6A 1RT1A 2ZJPL 1VSDA 2VCPA 3VPZA 4DHYA 1OKJA 4MLHA 2HF3A 3BGRA 3KWIA 1NK6A 4FWKA 2UUBK 3WXIA 4E89A 4FW1A 4FM1A 2DFHA 1X3NA 4KHPK 1BL3A 2O4GA 3L2UA 1JLAA 3MN9A 3DOLA 3JAMO 2H3GX 3AVFA 3AARA 2O8FB 4DV6K 1S3XA 4LH5A 4RW9A 4B1YB 4DQRA 1C1AA 2V7ZA 3GG4A 5M1KA 4BRCA 1WSJA 5KGXA 3RR7A 1SL0A 1EWQA 2V51B 4LFAK 3I0SA 4RCHA 4J2BA 3TPQA 2GTDA 4RW8A 5KRTA 5CHIA 1BIUA 3VQQA 3VTHA 1HYZA 2QM1A 4TSXA 3U3GA 1WNSA 4JI8K 4IOXA 2QWOA 1S6QA 1VSIA 1TKZA 4FXDA 3PX0A 1RT6A 4OX9K 3QESA 1KD1O 3TTCA 2KTQA 3SJJA 1KAXA 4DFJA 3OYBA 1QSYA 4A5BA 3SLCA 4OPJA 2BANA 1OVQA 3ZETA 4M3TA 3BUZB 3RMDA 3VN5A 1BUPA 3VEXA 4ISGA 4XH1A 1QSLA 2KLAA 1BA0A 2BH1A 1RTDA 4CJTA 3JSMA 1VRUA 2ZJQL 4F9OA 5BRHA 4DLGA 3NF8A 5DK5A 1HYSA 3U3YA 2OTJN 1VQNN 3MEDA 3ZT0A 1RBTA 2OPRA 3LAMA 4CEBA 1GLBG 4FJHA 2Q0RA 1U2VA 4DMNA 1VSLA 3SQ1A 2ZGYA 2LSNA 1QHTA 4FM2A 1KVAA 4M3UA 1VSFA 3D45A 1HNZK 2GV9A 3MN7A 4ILJA 3R3LA 4CZHA 1KSPA 4CFBA 1KQSM 3LDPA 3VQPA 4JK8A 2WC9A 3JXUA 2D0AA 4LF6K 2FSKA 2FF6A 3FLCO 2E20A 4XH4A 3CD6N 3W3DA 1KRPA 4AHUA 2IIRA 4DTPA 4IG3A 4BROA 4Z4CA 1RT3A 3OS1A 3AVLA 2OZMA 4RW4A 2Z1GA 4FK2A 4B08A 4KKOA 3SAFA 4BQZA 1HMVA 1L3TA 3V1QA 3HJFA 1DLOA 4I2QA 1RTHA 2A1RA 1HJRA 4EHTA 3HYFA 1K73O 1S1XA 5GADP 1JCFA 2XO7A 4J8FA 1TYQB 1M1KO 2VG7A 3HSCA 3DLKA 4CFCA 4ID5A 3L6QA 3ULDA 3BEXA 5F1XA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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