4B1VA

Structure of the phactr1 rpel-n domain bound to g-actin
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
370
structure length
352
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRSYVGDEAQSLTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
total genus 133
structure length 352
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1vA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1vA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1vA03
3SMPA 3CJ1A 5AZIA 2YHYA 3EL2A 5LJVA 2P9NA 1HPMA 3CQYA 4BRDA 4HTLA 3CJAA 4CBXA 1KAYA 3UKRB 2P9PA 3CQXA 3KZBA 5AQHA 3VERA 5FPDA 2YCHA 2D0OA 4IWVA 3UE5A 1V4TA 4ISGA 3SJHA 4EFHA 4BC4A 4BROA 2GELA 1NGBA 3A0IX 4BRNA 5TKYA 4BQLA 4CI6A 2QWPA 5BPNA 3M3ZA 3VENA 4BRFA 2HOEA 3VESA 3LDOA 2D4WA 4BG9A 3QBWA 1BDGA 5AQXA 4YDUC 5AQPA 1NGFA 4M7YA 5AZJB 5EOYA 1ATSA 1SZ2A 2CH5A 4DB3A 1JCGA 4WQ4C 5EVZA 3ATVA 1TYQB 4Z94A 2GTDA 4CZKA 4NO7A 2Q2RA 4IJAA 5AZIB 2P9LA 1NGHA 3VEZA 4BRGA 3HTVA 1RDWX 2P9NB 3WQTA 3QMLA 2E1YA 3CETA 3MN5A 3DXMA 1HKGA 2FSNA 2P9UB 2P9PB 5E26A 1BG3A 1U2VA 2E2NA 2NLXA 4H5VA 4IJNA 3EO3A 1MA9B 4AM6A 3LL3A 4MO4A 1ZC6A 4JHDA 3WQUA 4K43A 3HZ6A 2QWLA 1GLFO 3H45C 2I7NA 3WXJA 3O5BA 3ZX3A 4DCHA 2FSJA 2VWBA 3QFUA 3VGKA 5KPRA 4B1ZA 4JAXA 4A61A 2PBDA 4EHUA 4M7XA 4BRPA 1WUAA 3D2FA 5AQJA 3D2EA 3VEXA 4H0VB 3FLCO 1X3MA 4PL8A 1BUPA 1MWKA 3KVGA 5BN8A 1U6ZA 5BRFA 3GBTA 4H0PA 1T6DA 2P9LB 2V7YA 3O08A 1G99A 2YJEA 4FPBA 4FO0A 3MN7A 1NWKA 2ZGZA 4JN4A 1YAGA 3DXMB 2A5XA 3FZLA 1Z6RA 3GG4A 2WUSA 1U2VB 1YUWA 3LDLA 4BC3A 2QW9A 2OANA 1NGJA 5AQOA 4JHDB 4FWLA 4BGBA 3AAQA 4IXCA 5KQDA 5AQTA 4RWTA 4CD3A 3I33A 4BQZA 1BO5O 4HWIA 3ULEA 1E4FT 1ESVA 4ISEA 5F1XA 1NGIA 3CJ7A 4H5WA 4GNIA 3FZKA 3WT0A 4BRCA 4BREA 5LY3A 3MK6A 1ZXOA 5JLHA 3D2FB 3O4WA 1KAXA 2H3GX 4K25A 3D2EB 1SQKA 5BPMA 4BVOA 3A5MC 4PKGA 1IG8A 2CGJA 2E2QA 3I8BA 1J6ZA 3W0LA 4CJ7A 3MCPA 3QDKA 1GLBG 3ENOA 4H5NA 3CHWA 2W41A 3M1FA 2QWQA 5F0XA 4E1JA 1KAZA 4FWPA 5JLFA 2GWJA 3CI5A 4B1XB 3EKSA 3SLCA 4CZLA 3MN6A 4MLEA 4FWRA 4BR5A 3AAPA 2AA4A 3RSEA 3SK3A 4PKIA 1C0FA 1BA0A 1TUYA 4JD2A 4K41A 4B9QA 4QS7A 3IDHA 1QZ6A 3LDQA 3QBXA 5AR0A 3R6MA 3ULEB 1BU6O 4PKHA 2QM1A 5ADXH 2PAVA 2E88A 4B1VA 2AP1A 5AQSA 4H5RA 5AQZA 1LOTB 3D7EO 4L3QA 3L6QA 3ZEUA 3S41A 4FL9A 2DPNA 4B1UB 4BR7A 3GE1A 1ATNA 3FZMA 4H0XB 1XUPO 3VF2A 2FLOA 1D4XA 3EZWA 5FPEA 4MLHA 4ISFA 4CZJA 5KPZA 1HKCA 2KHOA 4XH1A 2QXLA 4A2BA 3BEXA 4FOIA 5CE3A 4EHTA 3L4IA 5B8HA 5JMVA 4LC9B 2D0PA 3RSEB 3VEOA 1NLVA 2YJFA 1NBWA 1V4SA 5BPLA 4BR2A 4CZGA 4JD2B 3LDPA 3G25A 1XC3A 3HI0A 4M63C 2NZTA 3CERA 2E1ZA 3ENHA 3H46O 2P9SA 1Q18A 3VGMA 4DQ8A 1YXQA 2ASOA 5AQYA 3DJCA 2VCPA 5EY4A 2D1KA 4BRAA 3LM2A 4WQ5C 3ZEUB 2QWRA 2Q1NA 5BRDA 2HMPA 1MDUB 3H3OB 3WEEA 2FF3B 3UB5A 4CZHA 3GOIA 2Q36A 5AQKA 3MMVA 3ZX0A 1XQSC 2CGKA 4FWSA 2A42A 4YDUA 3ID8A 3VEWA 2A6AA 5BREA 4IO8A 2E2OA 4J8FA 3DAWA 2E20A 4B1YB 3H1VX 4WQ4A 2ZGYA 2UYTA 3WXIA 5AQVA 5AQRA 3QICA 5AQIA 2GWKA 1NGAA 5AQQA 2CGLA 5AQUA 2QWMA 2P9SB 4XH4A 5KPTA 3TPQA 2I7PA 3FR0A 4WYBA 4QS8A 4FWOA 1X3NA 1NGCA 4MO5A 5I9EB 1Z05A 3GDQA 3A8YA 2ASPA 3UKRA 3EKUA 3LDNA 2QWOA 2BUPA 3FGUA 4BC2A 3HSCA 3O80A 2ITMA 3WXLA 3WEEB 3GL1A 1CZAN 1YVNA 3DXKA 2E8AA 2ASMA 3TU5A 5BN9A 2YI1A 3F9MA 3H1QA 4I6MA 3QB0A 4XH5A 2F9TA 2IVNA 5AQWA 5BRHA 2VYPA 3J8AA 2P9IA 5AQLA 1WOQA 1MWMA 5AFUH 4F9OA 4GY2B 4FWNA 5AZJA 1GLEG 3R9PA 1E4GT 3IMXA 2CH6A 1JCFA 4EIAA 3IUCA 3U4LA 4A2AA 1TYQA 4QS9A 3JS6A 3IFRA 4B1WB 5AQNA 3B8AX 4CBUA 3HM8A 3WXKA 5AQGA 4CZEA 2ZWHA 4K42A 5BR9A 1ATRA 3H6EA 1NM1A 2NRHA 4FWMA 2P9UA 3W3DA 4IZ9A 3OHRA 1SAZA 3BP8A 4NB4A 1T44A 4H0OA 2EWSA 2V52B 5ADXA 1X9JA 1BA1A 1GLDG 2A3ZA 5F2RA 1EQYA 1HLUA 3CJCA 3DXKB 1R59O 3WUHA 4BR0A 2Q0UA 3FZHA 5JICA 3L0QA 2FSKA 4I6MB 1DGKN 1RFQA 1DEJA 2YHWA 4BC5A 3KHYA 4H0YB 2A40A 4FPAA 3EN9A 5ELZA 5FPNA 1TUUA 4A62A 4RCHA 1GLLO 2HF3A 5FPMA 2P9IB 2GEMA 2QWNA 2BTFA 4BRHA 5AQMA 3CJ9A 3VOVA 3O6WA 3BF3A 3VF4A 1C0GA 1HX1A 2V51B 2Q31A 5LJWA 1QZ5A 4JNEA 1QQMA 3AY9A 4EAHD 3A5OC 1QHAA 3H3NO 1HJOA 4BRLA 4CZIA 5AQFA 4Y0WA 4BVPA 3U9ZA 4C23A 2F9WA 1GLAG 1LCUA 2FF6A 1NGEA 4FSVA 1T6CA 4O8KA 2GUPA 3A5NC 2E2PA 4CZMA 1NMDA 3VETA 3ZETA 4BG8A 4CBWA 3UKUA 4PL7A 3BF1A 2V7ZA 3C0BA 2ZF5O 1H1VA 4BR4A 1BWFO 5EXWA 3ATUA 4FWKA 3O8MA 3P4IA 4BRMA 3U8XA 4BRKA 2IVOA 1BOTO 2IIRA 2W40A 4BR9A 4FWQA 1GLJO 1K8KA 1OKJA 1JCEA 3O1BA 4AM7A 2IVPA 3A5LC 2P9KA 3VEVA 3AARA 2FXUA 3C7NA 3CJBA 1NGGA 3LM9A 1GLCG 4H0TB 4FOEA 1HUXA 3VGLA 3FZFA 3MN9A 2HF4A 4H03B 3U9DA 1RGIA 2Q97A 4H5TA 4RTFD 3HBTA 4BRQA 3SMSA 3CIPA 3ZETB 3UKUB 3M6GA 4DHYA 3FFKB 4WQ5A 3R8EA 1HKBA 3VEYA 1KXPA 2Q0RA 3QFPA 3VF6A 4CD1A 2YHXA 4CZFA 4BRIA 1NGDA 1S3XA 1IJJA 3VPZA 3FE1A 4XEIA 5E84A 1DKGD 5KQ8A 3JXUA 2J4RA 3BUZB 1QQOA 3MDQA 2A41A 3ZX2A 1K8KB 1ZBSA 4BGAA 1Y64A 1P8ZA 2P9KB 3O1WA 1QQNA 4KBOA 5EX5A 3C7NB 1S22A 4O5FA 5AFUA 3DWLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZT0A 1HR0K 2YHYA 2Y1IA 1JXBA 4CEBA 2P9NA 4HUEA 4HVJA 1U48A 1C1BA 2KW4A 3S3MA 4JI1K 3UKRB 1TK5A 1BISA 3J7ZO 5AQHA 3PO5A 5CHIA 2D0OA 4IWVA 4KAZA 3ZSQA 4ISGA 3SJHA 1XMQK 3HOTA 3ZCMA 2QK9A 2FBVA 4OKKA 4FLVA 4DF4A 3SUOA 2GV9A 3O3GA 4EZ9A 2HBKA 2HOEA 1JLQA 2D4WA 3V1RA 3DI6A 2Z1GA 4YDUC 1K73O 4FJNA 1KVCA 2FBTA 4CIEA 5EOYA 3L2VA 1C0TA 1TYQB 2GTDA 4JK9A 1BI4B 4BRGA 4CJTA 3O4NA 1Q86O 2E1YA 4FZXC 4BECA 3CETA 3CM5A 5E26A 1BG3A 1SS6A 4H5VA 3MECA 5KGWA 3RR8A 3EO3A 2ATQA 3LL3A 5IWAK 5J2QA 5GAEP 3BZCA 4KI6A 3ZT2A 1RT2A 1FK9A 4YORA 2HSTA 1GLFO 2I7NA 3ENBA 3WXJA 4DCHA 1W7AA 3OYLA 4CEQA 4B3OA 3VGKA 3DYAA 3S3NA 2IDOA 4JAXA 2UU9K 4E1MA 4BRPA 1U4BA 1QTMA 2R7YA 3KLEA 2O8BB 3D2EA 3FLCO 3PLAA 1X3MA 1VQ8N 4PL8A 1BUPA 5M1NA 1OH6A 4CGFA 2YKMA 2XY7A 1HYZA 3THYA 4AF1A 2A5XA 4BWJA 3E1YA 1FJGK 3GG4A 4CFBA 2WUSA 1YUWA 1IBKK 3CC4N 5HRPA 2I5JA 1NGJA 5AQOA 1L3SA 4E89A 3SUQA 3HJFA 4DTRA 5KQDA 5AQTA 1VQ6N 4RWTA 4CD3A 4BE1A 2BDPA 3ULEA 1ESVA 4ISEA 2EX3A 3MAQA 5F1XA 4N76A 2D0AA 1BCOA 3MK6A 3SV3A 3TAGA 1X9WA 5HBMA 2VG6A 4AHTA 1T3VA 1TK0A 1UOCA 1SQKA 4JI7K 3DOKA 1TL3A 4Q5VA 1S1UA 3MCPA 3ENOA 1WSGA 3M1FA 3QNNA 4N56A 2OZSA 4E1JA 3P39A 3I56N 3O3HA 4MDAA 3VMFB 4BR5A 1VRUA 3OA9A 1L3UA 3HXMA 2G8UA 3SAGA 3CD6N 4FLTA 3SK3A 4ELTA 4JI5K 4GMJB 4OVLA 1YT3A 1NJYA 1TUYA 4DV6K 3PX6A 4QS7A 4MQ3A 1NNEA 4H8KA 1NOYA 1BU6O 1REVA 3AA3A 4PKHA 1VQ4N 1D9FA 5CY4A 2AP1A 3F5TA 3NVMA 4H5RA 1LWCA 3D7EO 2NNWA 4L3QA 3L6QA 1TGOA 4JKCA 5K14A 4NXNK 4H0XB 1ATNA 1I39A 2GBZA 3VF2A 2OTLN 3QO9A 4CJ5A 4DTUA 4DFMA 3LP3A 2NUBA 5M1KA 3K9JA 4NCGA 1VQLN 1HKCA 3K57A 4M3WA 3NGYA 3QEXA 4FOIA 1IKYA 5CE3A 3D6RA 3LAKA 4EHTA 3IRXA 5B8HA 3QEPA 3RSEB 1NLVA 3E9LA 4RW4A 2YJFA 4G9ZA 3L4QA 3LDPA 4LH4A 4ELVA 3G25A 4ILHA 1IH7A 2E6MA 2O4IA 1J53A 4E7KA 1RBUA 2NZTA 3H46O 3ASMA 1Q18A 4F2RA 4BRAA 4UY8O 1FKPA 3LM2A 2OYQA 4JKGA 2XO7A 2Q1NA 1LAVA 3H08A 5BRDA 1K8AO 1RBSA 2O8EB 3WEEA 3NF7A 3UB5A 2Q36A 3AO5A 4FWSA 5JVGL 4IG0A 4YDUA 4DSFA 3VEWA 3S5TA 3U6FA 1VQ5N 1FKOA 4HCCA 1WAJA 3WXIA 3P5JA 2NRRA 1YIJN 1N36K 1N32K 3OYEA 2GWKA 2O8FA 4JYAK 2CGLA 4XH4A 4WCEL 1QSYA 2YNFA 3TPQA 4O0IA 4DQRA 4FWOA 1X3NA 5AJ3K 1NGCA 5I9EB 1Z05A 3A8YA 3SUPA 3LDNA 2BUPA 3FGUA 4DQSA 2HNDA 2IC3A 1YVNA 2KZZA 5BN9A 4CJFA 4I6MA 4LY7A 4XH5A 4B9UA 1T05A 2VYPA 3MEEA 2X6SA 2P9IA 2OZMA 3WNFA 3KKSA 2F7TA 4EP4A 4CJ4A 5AZJA 3R9PA 3CCJN 3CMAN 4OLBA 3HRGA 3JS6A 1KD1O 5KRSA 1JLGA 4B9NA 3WNEA 3K9KA 2JWLA 3DRPA 3VQ6A 5BR9A 4M3ZA 4CJLA 4IZ9A 4CIGA 1LWFA 4PHTX 1SAZA 3BP8A 4NB4A 4DR5K 3OTOK 3CCLN 3DXKB 1R59O 3WUHA 4JKEA 2Q0UA 3CC2N 5JICA 3L0QA 2FSKA 1CZBA 3P83D 5FPNA 1TUUA 1GLLO 2HF3A 5FPMA 4JI8K 2QWNA 4A59A 3IKMA 5AQMA 3VOVA 3VF4A 1YHQN 1NK0A 4I9QA 1QE1A 4KTWA 1W2BM 4FW1A 2Z1HA 3SZ2A 1T8EA 5J2MA 3AY9A 4C8MA 4EAHD 1D8YA 1EWQA 2B5JA 3H3NO 1HJOA 4B8AB 3LP2A 4NXMK 4L8RB 3DLGA 1DTTA 1GOCA 3AVIA 4B9TA 2UXBK 3VQAA 2HHSA 1U47A 2FF6A 1NGEA 4CVNE 3LDSA 1NOZA 1IBMK 2GUPA 3KTQA 3K5MA 4DSEA 1WSIA 2UUCK 5C2DA 1NMDA 1JLEA 3VETA 4PY5A 1ZBIA 4PL7A 3HPGA 3BF1A 1QS4A 1H1VA 3HVTA 3ZSZA 4WFBL 3K2PA 1KVBA 1XMOK 1RDCA 3DLRA 1BOTO 2VQFK 4LF9K 3AVLA 4BR9A 3CC7N 1OKJA 2YX6A 3A5LC 3OS2A 4IG3A 4IDKA 4LD0A 2UUBK 2AJQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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