4B1ZA

Structure of the phactr1 rpel domain bound to g-actin
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
369
structure length
335
Chain Sequence
ALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 112
structure length 335
sequence length 369
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1zA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1zA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1zA03
2F9TA 3CJ7A 4PL8A 3BF3A 3VGMA 2VCPA 4FOIA 5AQTA 4C23A 5AFUH 4BR9A 5AQUA 3AAPA 4IJNA 3I8BA 5BN9A 2ITMA 1QZ5A 2QWLA 2CGKA 5E84A 5AQHA 1SZ2A 1BUPA 2E2NA 2P9IB 3S41A 5AQKA 4BVOA 2OANA 4QS9A 2UYTA 5AQMA 3GE1A 4H0XB 2IVNA 5AZJB 1BA1A 3D7EO 2FF3B 1YUWA 2YI1A 4WYBA 3MN9A 3M6GA 4B1YB 3M1FA 3VPZA 4H5VA 3VEYA 3GDQA 4BC5A 4HWIA 4CJ7A 4I6MB 3SMSA 3ZETB 3CJ9A 3MMVA 4JN4A 4BRLA 1BWFO 3GG4A 4BQZA 4PL7A 2Q36A 3O1WA 4FOEA 4A61A 2P9KB 1SQKA 2P9IA 1KAZA 3L4IA 1HLUA 1YXQA 3FZMA 1NGHA 1U2VA 2A42A 1NGFA 2YJEA 4DQ8A 2Q1NA 5BPNA 3QMLA 4RTFD 5AQJA 3WEEB 1C0FA 4K43A 1GLEG 3LDNA 3WXKA 4BG8A 1V4TA 3AY9A 1NWKA 1BU6O 3OHRA 2GELA 2V51B 5LJWA 1BO5O 1NBWA 4LC9B 2ZWHA 3BF1A 3VOVA 3A5LC 3DXKB 4BC3A 4I6MA 3ZETA 1TYQB 4B1VA 5KPTA 1E4FT 4BGAA 3UKUB 1LCUA 5AZIA 2E2OA 4O8KA 1HPMA 4L3QA 1XQSC 2DPNA 3D2EA 1K8KB 2A40A 3QB0A 1WUAA 1IJJA 5E26A 4E1JA 3MK6A 3WXJA 1IG8A 1NMDA 4BR4A 1V4SA 4A2AA 4BG9A 3O1BA 5AQXA 5AQPA 2YCHA 4FO0A 1D4XA 2IVPA 3H1VX 4CZIA 2E1ZA 4BRHA 3FGUA 4ISFA 2BTFA 4BR0A 4JHDB 4BR7A 4NB4A 1Z6RA 3QDKA 3VEWA 2I7PA 4FWMA 2I7NA 2D0PA 1HJOA 3H1QA 4KBOA 3MDQA 3IMXA 3HTVA 4YDUC 3LDLA 3QBXA 4MO4A 2P9NB 4A62A 3SMPA 3KVGA 5AQVA 1NGAA 5BN8A 1T6CA 1GLCG 3L0QA 3ATUA 2CGJA 2P9LB 3D2FB 2FSKA 4CZFA 5LJVA 3ULEA 4CZHA 3FLCO 3P4IA 1QQOA 3EO3A 1Z05A 2BUPA 3CHWA 3VGLA 5AQRA 4H5NA 3QBWA 5FPMA 4H0OA 2Q31A 3VEVA 3SK3A 3VEXA 2QWMA 3LDOA 3H6EA 2GWKA 2P9NA 1P8ZA 4GY2B 2P9UA 2P9LA 1XUPO 3D2FA 1NM1A 4HTLA 5EY4A 3M3ZA 2YJFA 3ZX2A 3CJ1A 5AR0A 1HX1A 3C7NA 3ZEUB 3HZ6A 4FPBA 2QWOA 3MN7A 4H0TB 5F1XA 3R6MA 2AA4A 3WXLA 3U8XA 4AM7A 1NGCA 5LY3A 3LM9A 4AM6A 4K25A 4CZKA 2E2QA 1BA0A 1T6DA 3F9MA 1HKGA 1X3MA 3IFRA 3U9DA 2GWJA 4CD1A 5KPRA 5AQGA 1NGIA 3CJAA 3CQYA 2GEMA 3BUZB 2IVOA 5EVZA 1X9JA 1KAXA 3BEXA 3GBTA 2V52B 4WQ4C 2FSNA 4JD2B 4IZ9A 4FWQA 1MWMA 1Y64A 2J4RA 4MO5A 4DB3A 1DEJA 4BRNA 1DKGD 1ESVA 4BRPA 2IIRA 4XH5A 4H0PA 3A8YA 3H46O 4RWTA 3CERA 4A2BA 4BRQA 3C0BA 5AZJA 4BRCA 5EOYA 3JS6A 3CIPA 3DWLA 5FPDA 3TPQA 3A5MC 5AQSA 5JMVA 4JD2A 3L6QA 5BREA 4FWOA 2ZGZA 4H5WA 4CI6A 4IWVA 4IJAA 2A6AA 2ZF5O 4QS8A 2FF6A 2P9KA 4GNIA 3G25A 2E8AA 1JCEA 1X3NA 2GTDA 3R8EA 4BRIA 1HKBA 2D4WA 5CE3A 3A5NC 2KHOA 2EWSA 4PKIA 2P9SB 4O5FA 1E4GT 4XEIA 3U9ZA 4CZEA 3VF4A 3FZLA 3W3DA 2A41A 3WEEA 3QFUA 5F0XA 2NZTA 3MCPA 3GOIA 5AQQA 5AQFA 4CD3A 3DJCA 4IO8A 4FWNA 1ZXOA 3DXKA 4J8FA 4NO7A 1TYQA 1BG3A 5EXWA 3UKUA 1K8KA 3VENA 3VESA 4BC2A 1YVNA 4EFHA 2W41A 3O6WA 4WQ5C 4CBUA 3RSEB 3ENHA 5ADXA 3LDQA 3O5BA 3KHYA 2P9PB 1MA9B 2HMPA 5BRDA 2HF4A 1NGBA 4JHDA 1RGIA 4CZLA 5FPEA 2ZGYA 1MDUB 5JLFA 4BQLA 3HM8A 3MN6A 4EHUA 1OKJA 2HOEA 3IDHA 3HSCA 5BPMA 2QM1A 4H0VB 4BRKA 1TUYA 1SAZA 3DXMB 3VGKA 4BGBA 4YDUA 3EN9A 3DAWA 3LM2A 3O08A 4FWRA 4ISGA 4PKGA 1G99A 2GUPA 3CJBA 4QS7A 1JCGA 3VF2A 3WT0A 3ZX0A 3EKSA 4MLHA 2CH6A 5AQNA 4B1ZA 2A3ZA 2CGLA 3AAQA 2NLXA 3I33A 5BPLA 4DCHA 1QZ6A 1GLLO 1QQNA 1EQYA 3LDPA 3VERA 3DXMA 1NGGA 4EAHD 1NGJA 2PBDA 2W40A 3B8AX 5BRHA 2FSJA 3VETA 4K42A 2YHWA 4XH4A 1R59O 3ZEUA 3VEZA 3ID8A 4Z94A 3A0IX 1GLAG 1GLDG 1S22A 1S3XA 3IUCA 4XH1A 4CBXA 5AQZA 2ASOA 1U2VB 4H03B 3CETA 5I9EB 3FZFA 1GLBG 2VYPA 1YAGA 1ATSA 5AQWA 1NLVA 3EL2A 2QWNA 1QQMA 4JNEA 2ASPA 5AQYA 3WXIA 3WQTA 3KZBA 2CH5A 5KQDA 3WUHA 1TUUA 2YHXA 4M7YA 4B1UB 4BC4A 3HI0A 4B1XB 4FWPA 3WQUA 3SLCA 5AZIB 4H0YB 5AFUA 4IXCA 4BR2A 1H1VA 1MWKA 5KPZA 3D2EB 3FR0A 3W0LA 2V7ZA 3AARA 5FPNA 3U4LA 4RCHA 2D0OA 1WOQA 1T44A 4WQ4A 3UB5A 5ELZA 4BROA 5ADXH 3O4WA 4FSVA 4B1WB 2Q2RA 2WUSA 1HUXA 4DHYA 3EKUA 4H5TA 4JAXA 2E2PA 3J8AA 3VEOA 4BRAA 5AQOA 4EIAA 3FFKB 1GLJO 4K41A 3O80A 2QXLA 2H3GX 3GL1A 3SJHA 5EX5A 2ASMA 4FPAA 3ENOA 2Q97A 3O8MA 1BDGA 3UE5A 2F9WA 1RFQA 4PKHA 4FWLA 4H5RA 4BRDA 1GLFO 3BP8A 2E88A 4BRGA 2Q0UA 2QWQA 2FLOA 5BRFA 1XC3A 2PAVA 1BOTO 3CI5A 4CZJA 2A5XA 2HF3A 2QWRA 3CJCA 3H3NO 2FXUA 3R9PA 4EHTA 3MN5A 1U6ZA 1NGDA 2P9SA 3ULEB 5JICA 5F2RA 1Q18A 4MLEA 1KXPA 4FWKA 1KAYA 1NGEA 3A5OC 3FZKA 3JXUA 1LOTB 3UKRB 3QICA 1ATNA 3HBTA 3FE1A 2NRHA 4CZGA 3QFPA 2V7YA 3H45C 1ZC6A 1RDWX 2P9UB 2YHYA 3RSEA 4BRFA 5TKYA 4BVPA 2Q0RA 1J6ZA 4F9OA 1JCFA 3TU5A 1ATRA 2E1YA 3ATVA 3H3OB 3VF6A 4WQ5A 2P9PA 1CZAN 2VWBA 3C7NB 4BREA 4CBWA 2QWPA 4CZMA 3CQXA 3UKRA 4M7XA 5AQLA 4FL9A 1HKCA 4Y0WA 1C0GA 4M63C 3LL3A 4FWSA 5KQ8A 1ZBSA 2AP1A 2E20A 4BRMA 4BR5A 1QHAA 5JLHA 5BR9A 3EZWA 2D1KA 3FZHA 1DGKN 3ZX3A 4ISEA 5AQIA 4B9QA 5B8HA 2QW9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CJ7A 3AGRA 3ISNC 4OX9K 4IFVA 5AFUH 1BCMA 4JKFA 4E7JA 3S3MA 4KHSA 1EKEA 2CGKA 2JWLA 3CM6A 1SZ2A 4AHCA 1KFDA 1DLOA 4QS9A 2P1JA 1I3AA 4H0XB 4DR1K 2FF3B 4DUYK 4N41A 3K5LA 3SYZA 4IG3A 3VEYA 3ID6A 3DLBA 3ZETB 3CJ9A 3MMVA 4BRLA 1I39A 4PUOA 3VMFB 4DLGA 1T05A 1RT3A 4EP5A 5C42A 3HOTA 4CJUA 2P9IA 3L4IA 1YXQA 3ALYA 3OY9A 2A42A 1REVA 1NGFA 5M1NA 2OZSA 5BPNA 2A1RA 1Z25A 4RTFD 1KRPA 2X78A 2R7YA 1Q8IA 3VQEA 1NWKA 3MXMA 2EX3A 1T03A 4PWDA 2OPPA 3VQDA 4I6MA 4B1VA 1Q81O 1LCUA 1S1TA 1HQUA 2FBTA 1HPMA 1UA1A 3HSTB 1WUAA 2JGUA 3M8SA 3CCMN 2RN2A 3WXJA 4DWIA 4A2AA 3V4IA 3O1BA 4A57A 3TI0A 1XHXA 1Y97A 4FO0A 5HOOA 3PSIA 4HCBA 2IVPA 3H1VX 3THWB 3AO1A 4CZIA 1KSPA 1YHQN 4BR0A 2NRXA 4DF4A 1SKRA 2I7PA 4DTUA 2AJQA 2I7NA 4DF8A 1Q9YA 1UOCA 1A5XA 3MDQA 3LP2A 2XO7A 5T7BA 3OVNA 2HHHK 4FYDA 3KVGA 1NGAA 1HJRA 3L0QA 5BN8A 1J54A 4YOXA 2FSKA 1LW0A 5LJVA 2KW4A 3C65A 5C15A 1QQOA 3CXCM 1TK0A 1NK0A 1Z05A 1KVCA 3VGLA 3VA3A 1U4BA 4OKJA 4H5NA 4CGHA 4B9TA 4H0OA 1VRTA 3AO3A 4Z4IA 3H6EA 3OBYA 3EZ5A 1SUQA 1ASUA 2RF2A 2P9UA 3B6PA 2OPRA 4CJSA 1NJZA 3L2VA 1XNQK 3NH0A 4CESA 3DLLL 5KRTA 2HNZA 4ELVA 3HPHA 5AR0A 2XY6A 3SCXA 3V9SA 3C7NA 4FZYA 4FPBA 2QWOA 4H0TB 3L2RA 5F1XA 3U8XA 3DLHA 5HRRA 4KHQA 3LM9A 4F4KA 2E2QA 3P83D 4GV3A 1BGXT 3RRGA 1X3MA 3SQ1A 4CD1A 4KHYA 3R1XA 4FLYA 3BUZB 1O13A 4GVMA 4N56A 1A5VA 4MO5A 3OYCA 3RMCA 4BRNA 1DKGD 3CC7N 4K8XA 1U49A 4BRPA 3ZSZA 2QKKA 4XH5A 1S1XA 4H0PA 5AJ3K 3VQ4A 5HP1A 3AVBA 3NF9A 1JLFA 4B3TK 2O8EB 1UA0A 4CJWA 4BRCA 1I94K 2KFZA 1IKXA 2VG7A 1LWEA 3S9HA 5SWMA 4E7KA 5JMVA 4JD2A 2X6NA 4FVMA 1VAZA 3SBGA 4TSXA 3QEWA 4CI6A 5CZ1A 3O4QA 4GNIA 4OLAA 2E8AA 2ETJA 2GTDA 4CJPA 1BI4A 4FW1A 2D4WA 1CLQA 5CE3A 4Q0BA 1S6PA 1TKDA 4PKIA 5BRFA 3QO9A 1E4GT 3U9ZA 3NHGA 2IC3A 1VSDA 1NOZA 1VSIA 3GOIA 4CJVA 4IO8A 5M1PA 1ZXOA 1TYQA 4RG8A 5A2QO 5JS2A 3WNEA 4FM1A 3VESA 1YVNA 4JYAK 4BDZA 1RT7A 3O6WA 1ILYA 1S1WA 4WQ5C 4M3TA 3RSEB 3ENHA 3QINA 3DYAA 2NRRA 3LPTA 1FJGK 4KAZA 3LZIA 4CF2A 1DTQA 4LF7K 1XNRK 2P5GA 5FPEA 4ILJA 4DQRA 1N32K 1WSGA 2NNWA 3CPEA 1MDUB 3CC4N 3O9TA 3DLEA 3HP6A 3MN6A 4CJQA 4LH5A 5KRSA 4DKWA 2HHUA 1TUYA 1IH7A 1VSKA 3ZSWA 4BGBA 1T3VA 3EN9A 3DAWA 4YDUA 4CHZA 1G99A 2E5LK 5GADP 5C2DA 2GUPA 2XY8A 1J53A 1JCGA 3HL8A 3VF2A 4E1MA 3HO1A 4DTMA 2A3ZA 4CEBA 3EYZA 1S9GA 3I33A 1RBRA 3VTIA 1QZ6A 1GLLO 4B9LA 3TAEA 1RDDA 5M1FA 1NGJA 4B3OA 4XH4A 3KLGA 1R59O 3V6DA 4H4MA 1NK7A 2Z1GA 3VEZA 1EX4A 1GLDG 1S22A 3MECA 1KQSM 5AQZA 4L8RB 4H03B 5I9EB 3FZFA 1GLBG 2VYPA 1YAGA 5JENA 3VQQA 1NLVA 2NRVA 4RW8A 4JNEA 2ASPA 3WXIA 4OJRA 3L2UA 2CH5A 5KQDA 4FJKA 1TUUA 1K73O 4M7YA 4BC4A 3LAKA 1ZBLA 1VK0A 1TAUA 4ICLA 4DV7K 4Z4FA 5AFUA 3MX5A 4CEZA 4CIEA 2HHQA 4X66K 3FR0A 3K5OA 3W0LA 2V7ZA 3NH1A 1VQ7N 3WNFA 3T1HK 4B3RK 1WOQA 4WQ4A 4BE7B 4Z4HA 5I3UA 4FJJA 3O4WA 2IDOA 4E19A 3I0SA 3VN5A 2F7TA 1VQ8N 3P39A 5AQOA 1D9DA 4BY9C 5CHIA 4DSEA 3CYGA 2D5RA 3LP0A 3MXJA 3AV9A 5HLFA 4AHTA 2GV9A 3LDSA 3AVAA 5HBMA 5FLXO 2F9WA 3VQAA 1RFQA 4GKKK 4BRGA 2FLOA 5DM6L 4OKKA 1CZ9A 2QI2A 1BOTO 3L3UA 1NMNA 3H3NO 4KHNA 2FXUA 2QA4N 4DR6K 2O8FB 4ID1A 1D9FA 4JKDA 4DV0K 2P9SA 3ULEB 3ZSQA 1M1KO 1VRUA 2YNGA 2ZQBA 3UKRB 3FE1A 4JS4A 1C0MA 3QFPA 4PY5A 1VSFA 3E9PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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