The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
4'-O-Substitutions Determine Selectivity of Aminoglycoside Antibiotics
pubmed doi rcsb |
| total genus |
29
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI3 K; 4KHP K; 4LF4 K; 1IBL K; 4DV6 K; 4JI1 K; 4DV3 K; 4JI7 K; 4DR1 K; 5A2Q O; 4JI0 K; 4GKK K; 1HNX K; 4B3T K; 2F4V K; 5IT9 O; 4DUZ K; 2E5L K; 2UU9 K; 5BR8 K; 2HHH K; 3JAM O; 2VQF K; 5IWA K; 4X66 K; 4LFA K; 3J7Y P; 4JI4 K; 2UUC K; 4K0K K; 1N33 K; 4LF8 K; 4CVN E; 4JI5 K; 4LF5 K; 4X65 K; 2VQE K; 4YY3 K; 1XMO K; 3OTO K; 1HR0 K; 4DR4 K; 4DV0 K; 1IBK K; 4B3S K; 1XNQ K; 4LFB K; 5LMN K; 4DR5 K; 4AQY K; 4JI2 K; 1J5E K; 5LMU K; 4DR2 K; 1I94 K; 1HNZ K; 4LF6 K; 1N32 K; 4DV7 K; 2UXD K; 4X64 K; 3T1H K; 4DR6 K; 2UUB K; 4LF9 K; 4NXM K; 4JV5 K; 4X62 K; 1N36 K; 5FLX O; 4DV2 K; 4DR7 K; 4DV1 K; 4JI6 K; 4NXN K; 4YHH K; 4DV5 K; 2UXB K; 4B3M K; 3T1Y K; 4DV4 K; 3J81 O; 2UXC K; 4DR3 K; 2ZM6 K; 2UUA K; 4GKJ K; 4LF7 K; 4JI8 K; 4V19 S; 4B3R K; 1N34 K; 1XNR K; 1XMQ K; 1IBM K; 4OX9 K; 5AJ3 K; 1HNW K; 4DUY K; 5LL6 Z; 4LFC K; 3J7A P; 4CW7 B; 1FJG K; 4JYA K; 3J80 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DSJ A; 3KVG A; 2VWK A; 3O9U A; 3C7N A; 3NCI A; 1NK7 A; 4FOE A; 4CIE A; 1YTU A; 1JXB A; 1JLB A; 1YJN N; 1BGX T; 3C95 A; 3K0S A; 4DR1 K; 3ZCM A; 3MX2 A; 5KRS A; 1TAU A; 5JS1 A; 5I9E B; 4CJK A; 1KC8 O; 1NGE A; 5AQG A; 2G8F A; 3V9S A; 4B8A B; 1QQO A; 3ULE A; 3CME N; 5JVH L; 1VRT A; 5FDL A; 2ZJR L; 1TKZ A; 3C7N B; 3HPO A; 4Z4E A; 2IOC A; 4M7X A; 4ELU A; 2AP1 A; 4LFA K; 2G8I A; 1S6Q A; 3VEO A; 1GOA A; 2W6L A; 4FJM A; 3O3F A; 1FKP A; 3WNE A; 2P9N B; 1XWL A; 4O8K A; 4HCC A; 3KIO A; 4KHS A; 3ULE B; 3VET A; 3RMD A; 4N41 A; 5BRF A; 1XNQ K; 2W40 A; 2WUS A; 3IDH A; 3J8A A; 3SMS A; 1BIZ A; 5KQD A; 1X1P A; 4H0V B; 1Z05 A; 1ZBI A; 3K58 A; 3EO3 A; 4OPK A; 4ID5 A; 4RCH A; 4FL9 A; 1C0F A; 1BI4 A; 1BDG A; 3V1O A; 4ZTJ A; 3DXM A; 3TTF A; 3TSU A; 1NKB A; 2O4I A; 1VRU A; 4KTZ A; 1X9S A; 4JKB A; 4DR7 K; 4YNQ A; 2QM1 A; 1RBU A; 3VGL A; 2VG6 A; 3J81 O; 3ZEU A; 4IWV A; 4NO7 A; 2ZM6 K; 2EWS A; 3CPE A; 1HNW K; 1KAX A; 3TTC A; 4CJP A; 4JKE A; 2G8K A; 3H45 C; 3O9R A; 4CHP A; 1BQM A; 4BVO A; 4E7I A; 3AAQ A; 1OH5 A; 4PL8 A; 1NGF A; 1VSD A; 1D9F A; 4FLV A; 3HSC A; 4NCB A; 4CJU A; 3S41 A; 5LJV A; 4FJ9 A; 4IOX A; 3LM2 A; 3CMA N; 4FM1 A; 5TKY A; 3R3L A; 3VQA A; 3O3G A; 1EX4 A; 1QZ6 A; 4J2E A; 1MWK A; 3KLH A; 1SAZ A; 1X9M A; 3DLH A; 2HND A; 1OKJ A; 1JL1 A; 5I3U A; 4GV3 A; 1SUQ A; 1Y97 A; 4IEI A; 2HHH K; 4DB3 A; 2VWJ A; 3THY B; 4KI6 A; 1NK9 A; 4NYF A; 3ID8 A; 4E7J A; 3TAM A; 2FBY A; 4BDY A; 4KHU A; 3OYC A; 3QEI A; 3V1Q A; 1KSP A; 4AHC A; 4CZF A; 3SJJ A; 2OAN A; 4NLB A; 3CFP A; 4LF8 K; 2Q0U A; 4O0J A; 2P9L A; 4U7B A; 3G0Z A; 3VF4 A; 4DR4 K; 3KLG A; 4HTU A; 3B8A X; 1S9E A; 4AQY K; 1DT9 A; 3WQU A; 4CHY A; 1LW2 A; 3AA5 X; 3SQ1 A; 3KKS A; 2NRW A; 2P9L B; 3ENB A; 1IG8 A; 5AQI A; 2UUB K; 2NZT A; 3DXK A; 1RDW X; 3EKS A; 2RHK A; 4PUO A; 3EKU A; 1ZBH A; 3VQP A; 4DV2 K; 5AQZ A; 4M3U A; 3NF8 A; 5EY4 A; 1WN7 A; 2HVH A; 4DQR A; 4Y0W A; 2QWM A; 4CK3 A; 5CR4 A; 1REV A; 1CXQ A; 2HHX A; 4DR3 K; 1KFS A; 4B8C A; 3DXK B; 1GLC G; 2PAV A; 4B9M A; 4AIL C; 1H1V A; 1QTM A; 1EO1 A; 1Q82 O; 3BF3 A; 3LM9 A; 4B1V A; 5KPR A; 4H5W A; 2GBZ A; 2P9S A; 3LDL A; 1W7A A; 3A5O C; 4B1W B; 4C1N K; 3TAP A; 1ATR A; 3DJC A; 3L0Q A; 4IO9 L; 2OZS A; 4DLE A; 4F2S A; 4OLA A; 2V7Z A; 3NF7 A; 3PSF A; 3EEQ A; 2E1Y A; 3S3O A; 4M45 A; 4EFH A; 4B3O A; 4JI0 K; 4OGE A; 4KV8 A; 4EIA A; 1K73 O; 4DFK A; 2P9S B; 5F2R A; 3QET A; 5F0X A; 3ITH A; 4BG9 A; 4CJV A; 3FE1 A; 4BR4 A; 2FC0 A; 2DFH A; 2WON A; 3SI6 A; 2B4J A; 4OPJ A; 3ZSY A; 3J7Y P; 4KI4 A; 3AA2 A; 3SAF A; 4W5R A; 1WNS A; 4I9Q A; 4N76 A; 4JS4 A; 3L3U A; 3F5T A; 3IS9 A; 3MWP A; 3CI5 A; 3EY1 A; 4CHN A; 4BE0 A; 4B9U A; 1T44 A; 1NLV A; 3MEE A; 2FF3 B; 5KGX A; 3R8E A; 1A5W A; 3K5M A; 1L5U A; 5FPN A; 3OYK A; 1Q81 O; 5FRO A; 4BRD A; 3GL1 A; 1TUU A; 3BGR A; 2YNI A; 3OYE A; 4KHW A; 1NGH A; 4CJQ A; 3CCQ N; 4CZH A; 2Z1I A; 1YIJ N; 2RE2 A; 2BTF A; 4CK2 A; 4CHQ A; 4JKF A; 4HWI A; 4JKA A; 5D3G A; 4CIF A; 1VQ5 N; 2BDP A; 4CJ7 A; 1VSJ A; 4YDU C; 4LD0 A; 3ZSQ A; 3QEW A; 1YHQ N; 5KGW A; 4OJR A; 2HBM A; 3KWI A; 2HHQ A; 3SUN A; 4J2A A; 3NVM A; 5I42 A; 3O08 A; 3PUF A; 5H1S Q; 1TYQ B; 2FSJ A; 3RWU A; 1FK9 A; 3K5L A; 2KZM A; 2FSN A; 5AQH A; 4YDU A; 4WQ4 C; 2PYJ A; 2OZM A; 3Q7C A; 2E2O A; 3OY9 A; 4DUY K; 5LL6 Z; 4CF8 A; 4WFA L; 3MDQ A; 3VQQ A; 3QNN A; 4Z4F A; 3GOI A; 5HRS A; 5AQX A; 3H08 A; 3TAF A; 3P38 A; 3RVC A; 3F73 A; 3TAN A; 3BY5 A; 4MO4 A; 4LF4 K; 1LV5 A; 4ZHR A; 1S3X A; 4WQ4 A; 4Y1D A; 3U6F A; 3S9H A; 1WSI A; 1QQM A; 2ZGZ A; 5JIC A; 3NBP A; 4IEE A; 5EOY A; 4B08 A; 2IIR A; 4IOC L; 1BO5 O; 3MX5 A; 3K5O A; 2A42 A; 5KRT A; 5BR8 K; 4KRE A; 2KHO A; 3SYZ A; 5HLF A; 4R79 A; 5AZI A; 4IFV A; 3PSI A; 4W5T A; 1QS4 A; 2PBD A; 4PWD A; 3FLC O; 1HPZ A; 4FWP A; 3AGR A; 4BGB A; 3DAW A; 1RBS A; 1VQ9 N; 2VQE K; 1RT4 A; 1HR0 K; 4QOZ B; 5KI6 A; 1L3V A; 4W5Q A; 4CF9 A; 2QKK A; 1KAZ A; 1ZBL A; 4DTS A; 4B9N A; 3UKR B; 2NRR A; 4E1N A; 1RBR A; 3LDS A; 1KFD A; 3D0P A; 4KB0 A; 3D2F A; 4KHN A; 3S3N A; 2YJE A; 5M1N A; 1HKB A; 3TAR A; 4BY9 C; 1OH6 A; 5AQP A; 4CJW A; 4NXM K; 1VSE A; 3MXJ A; 4BQZ A; 4A61 A; 2F8T A; 1N36 K; 3M3Z A; 1NOY A; 1CLQ A; 2HBJ A; 3NH1 A; 3AA3 A; 3KD1 E; 1LW0 A; 3O4N A; 4KBO A; 2UXB K; 4B9V A; 3KLF A; 3D2F B; 1C1B A; 1HMV A; 3T1A A; 3DLE A; 4M3W A; 5HP1 A; 3HPH A; 1RT7 A; 4BRK A; 4JI8 K; 1XMQ K; 1SS6 A; 4DF8 A; 5CYM A; 3VQ4 A; 4CK1 A; 2KW4 A; 4FW1 A; 4BDP A; 4RW9 A; 3THX A; 3CJ9 A; 1QHT A; 4YOV A; 5DK5 A; 4FYD A; 4DU1 A; 3LPU A; 2KFZ A; 4GMJ B; 3L4I A; 1B9F A; 4B9Q A; 2YNF A; 2IAJ A; 3M1F A; 3THX B; 3AVI A; 3ZT4 A; 3SJH A; 1GLB G; 1HYZ A; 2EHG A; 2WTU A; 4MLE A; 5ELZ A; 3PX0 A; 1LWC A; 3THW B; 3ZSV A; 2D4W A; 3LPT A; 3ZSZ A; 3MN5 A; 3CER A; 2VYP A; 3HM9 A; 3MAQ A; 5J2M A; 1NG9 A; 4CVN E; 3HBT A; 4YY3 K; 3KLE A; 4HHT A; 3ZET B; 1LAV A; 1L3T A; 1N8R O; 1ASU A; 2YX6 A; 4C8M A; 1RT5 A; 4CEF A; 1ASW A; 4CGI A; 3AVF A; 3HM8 A; 5KPZ A; 4CJE A; 3HXM A; 3NE6 A; 5LMU K; 4C8L A; 2JWK A; 4MLH A; 3UB5 A; 2OCE A; 1U6Z A; 4Q5V A; 1D9D A; 3VMF B; 4JRP A; 1NJI O; 2O4G A; 2D1K A; 3WXM B; 1T6C A; 3M5R A; 4PL7 A; 3CIP A; 1MWM A; 2P9K B; 3T69 A; 2NLX A; 1YUW A; 4H5T A; 4CFD A; 1EWQ A; 1YXQ A; 1O1W A; 4BVP A; 4FJX A; 3PO5 A; 1WSJ A; 4FW2 A; 3CC2 N; 2ZD1 A; 2H3G X; 5ADX H; 3AA4 A; 3FFK B; 2A1R A; 2GUP A; 4CJ3 A; 1BHL A; 4JK9 A; 2UXC K; 4H03 B; 2VGN A; 2YNH A; 3QIN A; 4A5B A; 4F9O A; 4YFU A; 1HPM A; 3SMP A; 5AFU A; 4RG8 A; 3PV8 A; 4NCA A; 3TSQ A; 2XY6 A; 3OYI A; 1MU2 A; 2BUP A; 3M6G A; 1BUP A; 4Z94 A; 1JLF A; 3J7A P; 1FJG K; 2A3Z A; 4BGA A; 4DV6 K; 1KLM A; 4GVM A; 3V9Z A; 1ITG A; 2Q31 A; 3VN5 A; 1D4X A; 3VTH A; 2HBL A; 1KCF A; 2FSK A; 4M42 A; 1RTH A; 4I2P A; 1VSF A; 1BU6 O; 1TL3 A; 2VGM A; 2Q3S A; 3K9J A; 3QLH A; 3AAR A; 3DRR A; 2RKI A; 4CF2 A; 3E66 A; 5HRR A; 4CZM A; 4B9L A; 3O6W A; 3RR8 A; 4ZTF A; 4JI4 K; 3U9D A; 3HJF A; 4K0K K; 2WOM A; 4FPB A; 4M63 C; 4B9S A; 4CGJ A; 3NAE A; 2P9N A; 4HUG A; 4FWS A; 1T8E A; 2YCH A; 3JXU A; 2GEM A; 2A1S A; 2V7Y A; 4JKD A; 3QO9 A; 5HRP A; 1N5Y A; 4PKG A; 4BRA A; 3BF1 A; 3FFI A; 1WAF A; 4EHU A; 1GLE G; 1HJO A; 4BRQ A; 1I94 K; 1KVB A; 4DV7 K; 3H1V X; 1RFQ A; 2X74 A; 3L4Q A; 2P5O A; 1UWB A; 2D0A A; 3ASM A; 3IAY A; 2D5R A; 1Q8I A; 4FXD A; 4LF9 K; 4XH1 A; 1TK0 A; 4FVM A; 4JNE A; 3A0I X; 1RIL A; 2YV0 X; 1DEJ A; 2QWP A; 1ILY A; 1VAZ A; 4E3S A; 2EX3 A; 3DMJ A; 3I8D A; 2BE2 A; 3RTV A; 2JLE A; 1TK5 A; 1Z6R A; 4DV5 K; 4PHT X; 4ID1 A; 3VGM A; 1BA0 A; 4EHT A; 4DV4 K; 1IO2 A; 1JXE A; 4DTN A; 5J2P A; 3P5J A; 3TSP A; 2UUA K; 4JHD B; 1T03 A; 1VQ4 N; 1T05 A; 3I0S A; 1N34 K; 4M3Z A; 5C42 A; 5AJ3 K; 4BR0 A; 2W42 A; 1J9A A; 1KQS M; 4RTF D; 2ZGY A; 2D0P A; 2OPP A; 1UA1 A; 3CD6 N; 3TU5 A; 3KZB A; 2G8W A; 4M3R A; 1TAQ A; 4CJT A; 1D5A A; 1JCF A; 3U4L A; 3CCL N; 5AQV A; 3HOS A; 4GKK K; 2F4V K; 3MWT A; 1HRH A; 4M41 A; 4Z4H A; 3ZSX A; 3CCS N; 1VQ6 N; 2FBT A; 2O8E B; 3ZT1 A; 3K57 A; 1IV0 A; 4F3T A; 3KWG A; 4O4G A; 2OPR A; 4FJI A; 3AO4 A; 3AVJ A; 5AQO A; 3THY A; 4CED A; 4CEB A; 3NF9 A; 1EKE A; 2DTU A; 2HMP A; 3N4Q A; 3CFO A; 4DFM A; 3GE1 A; 4GW6 A; 4A2A A; 3V9X A; 2O8D A; 2HVI A; 4M3T A; 4QS8 A; 2E88 A; 1TGO A; 2P9I A; 4B3S K; 2AJQ A; 4N5S A; 3DM2 A; 4E7L A; 3O4Q A; 4FK4 A; 5FPM A; 2D0B A; 3QFU A; 3M8Q A; 1J54 A; 3OHR A; 3QB0 A; 1M1K O; 4I6M B; 1L3S A; 4KTQ A; 3ZLJ A; 1KAY A; 1NM1 A; 1WSF A; 4ILH A; 3NGZ A; 4MQ3 A; 4NB4 A; 2O8D B; 1K6Y A; 4KO0 A; 4CGH A; 4UQG A; 2IVP A; 3G25 A; 2P9I B; 1LCU A; 1IKY A; 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4FLW A; 2HNZ A; 3AVC A; 3S3M A; 3A5L C; 1KXP A; 5DM7 L; 1VQ8 N; 1ATN A; 2YHY A; 1JLA A; 1KTQ A; 4IDK A; 2I7N A; 4JD2 B; 1NGD A; 5J1E A; 1W0H A; 3C65 A; 4FOI A; 3VA3 A; 1DKG D; 1U04 A; 2A5X A; 3LWM A; 4Q0B A; 4CIG A; 1LWE A; 5EU7 A; 4B3M K; 3ENH A; 4H5N A; 5C12 A; 1ZBS A; 5HRO A; 1HJR A; 3ENO A; 3RRH A; 1HYS A; 3VQ8 A; 1TYQ A; 4DSI A; 1EQY A; 1P8Z A; 4CEO A; 2QW9 A; 4N56 A; 3DWL A; 4B1U B; 4B3R K; 3J7Z O; 5EXW A; 2E1Z A; 3VTI A; 1ASV A; 3CQY A; 5C10 A; 1XQS C; 2YI1 A; 3AY9 A; 3O8M A; 3HL8 A; 1HYV A; 2YKM A; 3OA9 A; 4FO0 A; 4DHY A; 1TKX A; 3VEV A; 3U9Z A; 2YHB A; 5F1X A; 3J80 O; 4B9T A; 2F9T A; 2ZJP L; 2CGL A; 4CFA A; 1R59 O; 4KHP K; 2PFU A; 2VCP A; 3TR8 A; 3EL2 A; 4G9Z A; 3KK2 A; 3WNH A; 4QCL A; 4PKH A; 1IKW A; 3NHG A; 1HNI A; 4GY2 B; 3TAE A; 4GVE A; 3OYF A; 3ALY A; 2Q2R A; 2P51 A; 4CEA A; 3FZM A; 1NJZ A; 1VK0 A; 4DS5 A; 4BRG A; 2YHX A; 4WF9 L; 3JAM O; 2VQF K; 1M90 O; 2PZS A; 4H0P A; 4DQS A; 2HOE A; 5AQM A; 3C0B A; 3SUP A; 1VSH A; 4WQ5 C; 3NH2 A; 4R5P A; 3OS2 A; 3CCJ N; 2R7Y A; 4WFN L; 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