4BY9C

The structure of the box cd enzyme reveals regulation of rrna methylation
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords SSR26
publication title The Structure of the Box C/D Enzyme Reveals Regulation of RNA Methylation.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 133
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence F, I, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 4by9C03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4by9C01
2NNWA 3SIUB 3SIVB 2OZBB 3NVMA 1NT2B 3PLAA 5GINA 3T7ZA 5GIOA 3GQUA 3NVIA 3ICXA 4BY9C 3NMUA 3ID6A 5GIPA 3NVKA 3GQXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2EHGA 4IW2A 4F5SA 4CI6A 3MN9A 3R1XA 1C0TA 4BR7A 1J78A 1J6ZA 1N5YA 2HHHK 3N4QA 3T69A 4IWVA 1MA9B 1M90O 2XRIA 4ICLA 4NAWB 3HM8A 3H1VX 5AQFA 3VGKA 5KRTA 1KC8O 1X9WA 2E6LA 4DQ8A 4LD0A 4BQLA 4CEOA 3CQ8A 3C65A 1D9FA 2VYPA 1TKDA 1BM0A 3G9KD 3HOSA 1X1PA 1QSYA 4IKFA 3V9ZA 4B9VA 1GLEG 1RDWX 2A1SA 3SQJA 1CZBA 4ISFA 3VQPA 3QEVA 2P9IB 2HVIA 3FZKA 3VEWA 4BRGA 2AJEA 3VQ9A 1IV0A 4B8CA 3ZSWA 1SL1A 3F9MA 3B6OA 1MUSA 1N8RO 2QKKA 4PL8A 5HL7L 1ZYQA 4BR2A 4K0KK 1ZBIA 4GKKK 4FLUA 1Q8IA 4IFYA 2O8EB 4DTSA 4DMNA 4IEIA 3CJ7A 1HKGA 1CZAN 4KI6A 4E7HA 3C94A 3FWBC 2QWMA 2YNFA 3CX9A 1VQ6N 3KHYA 2BXGA 2IS3A 4QS9A 4LFAK 1W9HA 3H3AA 3AA4A 2IDOA 3R9PA 3MN6A 4FWKA 1TYQA 1QS4A 2ZGYA 4QS8A 1RT2A 1NK6A 4J2BA 2QM6A 3RWUA 2RHKA 3DAWA 5H1SQ 3CJ9A 4DQPA 1NGCA 2Z1JA 2P9UB 2EX3A 1CLQA 1IG9A 2O4IA 3LDOA 4DB3A 3SCXA 2BANA 3ZETB 5BPMA 3BZCA 1Q82O 1IJJA 2ZGZA 2D0BA 3OYIA 3SI6A 2P9PB 3DLHA 1ASUA 5ELZA 3WEEB 3V9XA 1S3XA 1TKZA 3I33A 4E89A 4CEQA 3HBTA 4IO9L 2P5OA 3WQTA 1HPMA 4S1YA 4DS5A 3OY9A 3P1GA 4ELTA 2FBTA 4DV7K 1JLQA 2JLEA 1BG3A 1REVA 3ITHA 1R59O 3C6UA 4FW2A 3V1OA 3AVKA 2E0YA 4Y0WA 4JAXA 4PO0A 4AHRA 1Q9XA 3L2RA 4CEZA 2GV9A 1HX1A 4CF9A 4WA6B 5GAEP 2VUFA 4DU4A 2UUCK 3C7NB 3C95A 4HCBA 3GA9L 3KJLA 3BEXA 1E4GT 4O8UA 4O8KA 3WUHA 1VQKN 4CD3A 4CFDA 1I94K 2JUHA 1AO6A 3EKUA 3FZHA 4DFMA 3A0IX 4CF2A 5C0YA 3D2EA 1NK7A 2OZSA 1N33K 2AP1A 4V19S 5J2MA 4IO8A 3C0BA 2V51B 3VETA 3QICA 2FSNA 3SYZA 5BR9A 2R7YA 1KSPA 3SUPA 3DLBA 5T7BA 1BCOA 1VQ4N 3LP1A 3VEVA 2KFNA 3TTFA 3D6RA 3O9RA 5KRSA 1UA0A 4E0DA 1VFIA 4FO0A 3VESA 1HK2A 3RMDA 5EXWA 4BWMA 3P31A 5C2FA 3H45C 4O5BA 2UYTA 5AQUA 1K8AO 4U7BA 3NF8A 2QXFA 2YX6A 3D2FB 4FWLA 3LZIA 2FXUA 3ZYYX 5AQVA 2O8FA 5CZ1A 1YJNN 2P9KB 5AR0A 3KWGA 4A61A 4J2AA 3G10A 1LWEA 2GEMA 5K14A 2G8UA 1S6PA 1XMOK 1YJ9N 2YNGA 4GG2A 1WOQA 4LB9A 3FWCC 1QVFM 3O4QA 1FJGK 3V81A 3TTDA 2YCHA 1U49A 1NGEA 4FM2A 4H0TB 4F8RA 5AZJB 3R6MA 5TKYA 1VSMA 4JI2K 3BF3A 2LQIA 4BRNA 2NRWA 1NGJA 4IW1A 2DFEA 3VEXA 5FRMA 4DQQA 3WXJA 3AVGA 1RDCA 1H9ZA 3CM6A 3SV3A 4HGMB 3ZT2A 4LB2A 1MUHA 1L5UA 4WQ5A 1TUUA 3ASMA 2ITMA 3OS2A 3HOTA 1L3VA 4FJXA 1GLAG 4KB1A 4J8FA 3VENA 2Q0UA 3CCUN 3AAPA 5LJWA 2I7PA 1LWFA 2D4WA 5IWAK 1VSEA 1D8YA 3PIPL 4BRFA 1GLFO 1YJWN 3UKUB 4E99A 1Z6RA 4IG0A 4B3TK 5LJVA 4M3UA 2GWKA 4RW7A 3G25A 3IG1A 1WLJA 1C1BA 1E78A 3A8YA 4WQ4A 4CGIA 4CK3A 3I8BA 5F0XA 1EQYA 2IAJA 3I0SA 4BRAA 1QE1A 1S9GA 3V9WA 1HNZK 5HP1A 2YJFA 1NGBA 5F1XA 2XVWA 2RPIA 2VCPA 3CC7N 1MM8A 2FC0A 5JLHA 3NGYA 2FF3B 3NE6A 1IO2A 3SQ2A 3DRRA 4N76A 3LANA 4I9QA 3O8MA 3HT3A 5CY4A 4JI5K 1IBLK 3CM5A 3LM9A 2EWSA 4M70B 1KVAA 3VQDA 3FNMA 4JKHA 2NRTA 1SQKA 2YKMA 1TK8A 3OJSA 1NMDA 4XIUA 4BC5A 1VSHA 4YY3K 3THWA 1KAYA 2NRVA 1VQ8N 2OZMA 1KLNA 3IDHA 4E19A 3ENBA 4ZBKA 2D0CA 3CJ1A 4F5TA 2OTJN 1JXBA 1XUPO 4KV8A 1RBRA 4CZGA 4JRQA 3KKRA 3EEQA 2QMCA 1BO5O 3EE8A 4AHSA 3OTOK 2XO7A 1KCFA 1VQMN 5AZIA 2XY8A 1IH7A 3L3UA 3SJJA 4BE1A 1U4BA 4GY2B 1EETA 4NCGA 5JICA 1TV6A 4DWIA 1LAWA 1VQ7N 1MWMA 1IKWA 4BVOA 4C1NK 3U9ZA 4EP4A 5CHIA 3AVFA 1HK4A 1BA1A 1VQ9N 3AGRA 4BR0A 5FDLA 3AGKA 4GDXA 2NQOA 2P9LA 3P38A 4CBWA 2EFCA 3QBWA 1NJXA 3CCQN 2UUAK 1S1XA 3WT0A 3KLFA 3AVJA 3TAQA 4JI7K 3LDLA 3H1QA 5HROA 3VA3A 2QK9A 3BY5A 3ID6A 4FJKA 2HBKA 3NBPA 1LOTB 3RSEA 1HK3A 4FJHA 3OYMA 3VTHA 4GNIA 3B9MA 2I5JA 2DY4A 5IJ5A 4FWOA 3MXIA 5GIOA 1BIZA 4ZBRA 4JKDA 5GHKA 3DXKA 4BE2A 4KPYA 1T7PA 3C6AA 3GOIA 4K71A 5C24A 1KW2A 1KAZA 3DI6A 3CF5L 2BXAA 1LW0A 2A40A 2E6MA 3IMXA 3OYFA 4TQ0A 1OVQA 4X65K 1B9FA 1Q9YA 4BRIA 1GLCG 4DF4A 3OA9A 3NVIA 5FPEA 4FLTA 4GV9A 4IOCL 5I42A 1B92A 4W5RA 4CGFA 1RNHA 1F21A 3RR7A 3NDKA 4DV3K 2BXFA 1HMVA 2ZF5O 4M42A 3MN5A 1KRPA 1QTMA 4KH5A 1H1VA 3A73A 4YOVA 3PIOL 3KIKA 4Z4CA 3IAYA 4PKIA 3WXMB 2BXEA 4KHPK 3GQUA 4L8RB 1T6CA 4ILHA 2Q3SA 2IIRA 5AQLA 4E1MA 1GLLO 1WN7A 5CYMA 3V03A 4OLAA 3QNNA 3NAEA 3D0PA 3CCEN 4O55A 3SQ4A 3RTVA 1EKEA 2OT3A 2OYQA 1EX4A 3K9KA 3BPJA 3B6PA 3HJFA 4ZTJA 5GINA 1IKVA 2NUBA 3OBYA 2JWKA 3ZSOA 3OS0A 4XH4A 2A42A 4JKGB 4K8XA 4Q0BA 2YDFA 3GG4A 3RMAA 3FFIA 3U6FA 4FJCB 2J4RA 3QESA 4O0IA 4GVMA 5HRRA 2O8CB 2LXSA 1YT3A 4JK4A 1NGHA 1UOCA 3ATUA 1JNBA 1RT5A 3CJBA 4CJTA 2KTQA 4WCEL 3NHGA 1BGXT 5AQQA 3K5MA 5AFUH 4BACA 4I9LA 2F9WA 1BU6O 3O4WA 3CCLN 4WQ4C 3AARA 5JS2A 3O9UA 4BRLA 4B3RK 4IEEA 2K0NA 4FOIA 1MWKA 1RDBA 4OTTA 2NLXA 2B4JA 3UIVA 3J7YP 3LL3A 4DHXB 4C8MA 3ZT4A 4D7XA 3HRGA 1BQNA 4WFNL 4M63C 5BREA 3JYTA 3HM9A 3ZSYA 2BDPA 1JXEA 4BWJA 2I7NA 2PYJA 1DT9A 3QETA 5KQDA 2P9SA 3S9HA 1NKBA 1OH5A 1FKPA 2E2OA 4FM1A 3O3GA 3O4NA 4CJKA 4ID5A 4FOEA 3TSQA 4ZHRA 3ZEUA 2E2QA 2P9NB 4Z0UA 3ZSQA 1BDGA 3E1YA 3FGUA 5FUOA 1XC3A 5AQPA 2ATQA 3THXA 5IIHA 4CHZA 1HKBA 3SV4A 1MIYA 3CQYA 2BXCA 2CKXA 4M3ZA 4B3SK 4YFUA 1ASWA 1EWQA 3WQUA 1VSFA 2BXLA 3M8SA 4KB0A 2EFEA 1RBVA 1W97L 4ID1A 3J8AA 4B1YB 4BRPA 3RMBA 4FM0A 5HOZA 5M1QA 3ZSVA 1TK0A 4MO4A 4IOAL 3K9JA 4CHPA 3EZ5A 2FBXA 4L3QA 2RN2A 1E7BA 1VRUA 5JVGL 3TAGA 3THVA 3ULEA 3VPZA 3SPYA 5AQWA 3CCSN 1RT1A 2KKZA 4AHUA 3LWLA 4DHYA 3RRGA 2RKIA 4H0VB 3LP0A 4FJ9A 3AV9A 3MHSB 4XEIA 4CJVA 1NJYA 3H6EA 4JD2B 3AVBA 3DLEA 5M1FA 1WNSA 5IJFA 2YJEA 3L2QA 1SB0A 2IVOA 4NXNK 4YOXA 3A5LC 2CGJA 1TF0A 4DR1K 5C10A 4CHNA 3C6TA 4EFHA 5AQXA 3L6QA 4IDKA 4YOWA 3ZX2A 2HNDA 1UORA 2FSJA 4JKEA 2A1RA 4KKOA 3V1RA 1SL0A 3TSPA 4IG3A 1BL3A 1C1CA 3AO4A 1BHLA 3DOKA 1OVYA 1JLFA 4K25A 4YOUA 1VQLN 4MLEA 5KPZA 5ID9A 1JCGA 4UQGA 1GOBA 4BVPA 1VSDA 3V4IA 4FWPA 3ICXA 5FPMA 2HNYA 4WFBL 5MLCQ 1TYQB 1W0HA 4OJRA 1ITGA 4LFBK 1VAZA 5C12A 1QSLA 2Z1IA 1S72N 2XVQA 4DKWA 4GKJK 2HVHA 3LU8A 5IIUA 1RBUA 3TSUA 3QDKA 3O9TA 3MMVA 4FWRA 2IOCA 1E3MA 4CJ4A 4E7IA 1VK0A 4M3TA 3ENOA 4ISEA 3F5TA 3WNHA 1WSFA 4IFVA 4LF9K 2QEXN 5KQ8A 2VWJA 4F2SA 5J2QA 2ROHA 1XQSC 2IC3A 3E01A 4JS5A 3SIVB 5HOOA 1NMNA 3AVNA 3AVLA 4CVNE 2Z1HA 2DFFA 4K41A 3SZ2A 3SQ1A 3VN5A 4G01A 1NGAA 4O0JA 4LH4A 4J2VA 5C25A 4CIFA 1K6YA 2HW3A 2HHTA 2CH6A 3L2WA 3SBGA 3A5MC 1J5OA 3OJUA 4DLGA 3MCAB 1U2VA 4BRKA 4I9OA 1D5AA 5BPLA 3E66A 4IJNA 4BREA 3CI5A 3HVTA 2WC9A 4CFBA 1DKGD 3HI0A 4JYAK 3OW2M 3MX2A 4FZYA 4JHDA 2P9IA 2XY5A 1FK9A 4M3XA 3D2EB 3GE1A 3RRHA 2E88A 3I55N 1BQMA 1SKSA 1C0FA 1DGKN 3JS6A 3TANA 4W5TA 4Z94A 4MBEC 1QHTA 4JLHA 1L3TA 4YOTA 3QEPA 4JK7A 2O4GA 2LQHA 5AQZA 3AO2A 3EO3A 3VQ4A 3T1AA 1DTTA 5HLFA 2HF3A 3QEXA 1UAXA 4CZIA 1J9AA 3IRXA 3IUCA 4LUFA 3P4IA 2AJQA 1WSJA 3TI0A 1NGIA 4DM0A 1C0MA 3WHSA 4FSVA 2WBNA 3EZWA 3TAFA 1HJOA 5AQOA 5GIPA 3K5LA 3MCPA 2O8FB 4TSXA 3CJCA 5FPNA 4E3SA 3K2PA 4FJLA 2G8KA 4DR3K 4N47A 3AA3A 4YOYA 2E8AA 2PAVA 4JKCA 1EWRA 4CZMA 3O08A 2G8WA 3QO9A 4IBNA 3JRYA 3LZJA 3K58A 3LAKA 3VQAA 3QMLA 4BGAA 2HMPA 3TWHA 1S6QA 1U47A 3U3GA 4GVEA 2X78A 1WAJA 1GOAA 2Q97A 5SWMA 2PY5A 4FVUA 5GAHP 4ELVA 1VQPN 1Q7YO 4BR4A 1VHXA 4CEEA 4DQRA 3QNOA 3DXMB 3JQZA 4LSLA 2HOEA 3IS9A 3SNNA 1KVBA 4KH6A 4EIAA 3VQ6A 1QQMA 5C42A 4CJRA 3KZBA 1KXPA 4MLHA 3D45A 4C1NI 1JLAA 1KDXA 4BRDA 1LNSA 2RF2A 3G71N 3TABA 4GV3A 1NJWA 1KTQA 2NRZA 3M1FA 3L4IA 4PUOA 5HBMA 3PUFA 3LALA 3OBWA 4OPAA 2KW4A 1JLEA 4Z4FA 1TGOA 4WFAL 3O9SA 5I9EB 1T8EA 4DV4K 3AO1A 3VEOA 1JLCA 4FWSA 1LAVA 3BF1A 3LPTA 1HA2A 3O3HA 1ZBFA 5C2DA 3O9QA 3BP8A 4I7FA 1DTQA 1BJ5A 4FJ7A 2ASOA 3NGIA 3G0ZA 2FF6A 2XW0A 4HCCA 4LF8K 3AA5X 2KZMA 4Z4HA 4FK5B 4NCBA 2WOMA 2NZTA 4JS4A 1RTJA 1RTIA 4M7XA 1N34K 3D7EO 3T19A 3GL1A 3F9KA 4QS7A 3AO3A 4U67L 5B8HA 1ZBHA 4CZLA 3DM2A 4J2DA 3ZCMA 4DSEA 3HYFA 3KLHA 3CFOA 3KLIA 3KKSA 3QBXA 4ILJA 1Z25A 1XI1A 4FW1A 4RTFD 2ZJQL 4DF8A 1JLGA 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2P9PA 4ILHA 5BRDA 2IIRA 5AQLA 1HLUA 2P9LB 4CD1A 2BXNA 3WEEA 1GLLO 4BC4A 4R79A 3NMUA 1C0GA 3V03A 4A57A 3ENHA 1QHAA 2NRHA 1E7FA 5AFUA 1Q86O
chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NNW A;  3SIU B;  3SIV B;  2OZB B;  3NVM A;  1NT2 B;  3PLA A;  5GIN A;  3T7Z A;  5GIO A;  3GQU A;  3NVI A;  3ICX A;  4BY9 C;  3NMU A;  3ID6 A;  5GIP A;  3NVK A;  3GQX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2EHG A;  4IW2 A;  4F5S A;  4CI6 A;  3MN9 A;  3R1X A;  1C0T A;  4BR7 A;  1J78 A;  1J6Z A;  1N5Y A;  2HHH K;  3N4Q A;  3T69 A;  4IWV A;  1MA9 B;  1M90 O;  2XRI A;  4ICL A;  4NAW B;  3HM8 A;  3H1V X;  5AQF A;  3VGK A;  5KRT A;  1KC8 O;  1X9W A;  2E6L A;  4DQ8 A;  4LD0 A;  4BQL A;  4CEO A;  3CQ8 A;  3C65 A;  1D9F A;  2VYP A;  1TKD A;  1BM0 A;  3G9K D;  3HOS A;  1X1P A;  1QSY A;  4IKF A;  3V9Z A;  4B9V A;  1GLE G;  1RDW X;  2A1S A;  3SQJ A;  1CZB A;  4ISF A;  3VQP A;  3QEV A;  2P9I B;  2HVI A;  3FZK A;  3VEW A;  4BRG A;  2AJE A;  3VQ9 A;  1IV0 A;  4B8C A;  3ZSW A;  1SL1 A;  3F9M A;  3B6O A;  1MUS A;  1N8R O;  2QKK A;  4PL8 A;  5HL7 L;  1ZYQ A;  4BR2 A;  4K0K K;  1ZBI A;  4GKK K;  4FLU A;  1Q8I A;  4IFY A;  2O8E B;  4DTS A;  4DMN A;  4IEI A;  3CJ7 A;  1HKG A;  1CZA N;  4KI6 A;  4E7H A;  3C94 A;  3FWB C;  2QWM A;  2YNF A;  3CX9 A;  1VQ6 N;  3KHY A;  2BXG A;  2IS3 A;  4QS9 A;  4LFA K;  1W9H A;  3H3A A;  3AA4 A;  2IDO A;  3R9P A;  3MN6 A;  4FWK A;  1TYQ A;  1QS4 A;  2ZGY A;  4QS8 A;  1RT2 A;  1NK6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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