4CBWA

Crystal structure of plasmodium berghei actin i with d-loop from muscle actin
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
372
structure length
367
Chain Sequence
EVQALVIDNGSGNVKAGVAGDDAPRSVFPSIVGRPRHGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRAAPEEHPVLLTEAPLNPKGNRERMTQIMFESFNVPAMYVAIQAVLSLYSSGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTEYLMKILHERGYGFSTSAEKEIVRDIKEKLCYIALNFDEEMKTSEQSSDIEKSYELPDGNIITVGNERFRCPEALFQPSFLGKEAAGIHTTTFNSIKKCDVDIRKDLYGNIVLSGGTTMYEGIGERLTRDITTLAPSTMKIKVVAPPERKYSVWIGGSILSSLSTFQQMWITKEEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Motor protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE, ACTIN
publication title Structural Differences Explain Diverse Functions of Plasmodium Actins.
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium berghei
total genus 108
structure length 367
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cbwA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cbwA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4cbwA03
1X3NA 4WQ5C 4BC5A 1NM1A 3LDPA 4DB3A 1D4XA 1BUPA 2AA4A 2E1YA 2QWPA 3LDLA 4CD1A 1YAGA 3JXUA 2A41A 2GUPA 3VEXA 4BRKA 2GEMA 1QQNA 2P9LA 5AFUH 4K41A 4WQ4A 4A2AA 3G25A 3FZLA 4O8KA 3CJ1A 3RSEA 4Z94A 1QZ6A 3I33A 3LDOA 4I6MB 5F2RA 1Y64A 1GLAG 3J8AA 3LM2A 3MN6A 3FZFA 1KXPA 4BR2A 3D2EA 4CZIA 1IJJA 5AQLA 4HTLA 4IJAA 5ELZA 3C7NB 2PAVA 2NLXA 1S3XA 4O5FA 5B8HA 2NRHA 5AQRA 2CGJA 2A40A 5EX5A 1HKGA 1QQMA 4FOIA 3A5MC 5ADXH 2VYPA 2Q2RA 5BREA 4IZ9A 4ISFA 3UKRB 4XH5A 5TKYA 3O08A 5KPTA 4KBOA 2J4RA 3AAQA 5BN8A 5AQUA 4H0OA 2FF3B 2QM1A 3IDHA 4BRPA 1G99A 3CI5A 3VF4A 1GLEG 1LCUA 1S22A 2DPNA 3D7EO 2P9IB 4DHYA 1QZ5A 4H5VA 4ISEA 5KPZA 1JCEA 4CZHA 5LJVA 5BRHA 4K25A 3DJCA 1X3MA 4BRFA 3TPQA 5BRFA 2A6AA 4M7YA 3BUZB 3GOIA 1HLUA 5AQVA 1NMDA 2V51B 2A5XA 2E2OA 4BQZA 3L4IA 3U4LA 4JNEA 2FSKA 2GWJA 2P9PA 5LY3A 4BRGA 3HSCA 5JICA 3UKUA 3KZBA 3L0QA 1ATSA 5EY4A 1E4FT 3MK6A 4BR4A 3ZX2A 1U2VB 4CJ7A 3O5BA 4BRNA 3FR0A 2P9KB 3H6EA 3OHRA 5I9EB 5AQTA 4BRMA 1NGJA 4EAHD 4FWOA 3JS6A 2P9UB 2CH5A 1Z6RA 1GLLO 4Y0WA 5AQIA 4JHDA 3HM8A 1SQKA 4A62A 2FLOA 1BDGA 3O8MA 2D4WA 5E26A 1GLFO 4IO8A 3MDQA 4DQ8A 1GLBG 4IXCA 5AQXA 1T6DA 3ENOA 3QBWA 5LJWA 3VGKA 2H3GX 1GLDG 4FPAA 1NGEA 3VERA 2QWLA 3EL2A 3UE5A 5AQSA 4B1WB 2A3ZA 1NGFA 5AR0A 3VEZA 3DXKB 5AQFA 4H5TA 2V52B 4BG8A 3R8EA 4BG9A 1JCFA 1HKCA 4BROA 1RDWX 3WEEA 1BWFO 1DGKN 3S41A 4EIAA 4PKGA 3BF3A 3H1VX 4WQ4C 4BRQA 4BGBA 5BPMA 3O6WA 3QBXA 3EZWA 4RWTA 2A42A 4LC9B 1ZBSA 2P9LB 2I7PA 3GE1A 4CI6A 3CERA 4MLHA 1SZ2A 5AQQA 1GLJO 3GL1A 1T44A 2NZTA 2E20A 3CJ9A 3CQXA 3O1WA 4MLEA 3AAPA 3ATVA 4H0PA 5AQHA 4B1VA 4GNIA 2HMPA 2QW9A 4CBWA 3KHYA 3M1FA 3HZ6A 3SMPA 4A61A 1TUUA 3H3NO 3O4WA 4BQLA 3ULEA 4K43A 5AFUA 2Q0RA 3VETA 2HF3A 3CIPA 3FFKB 1MA9B 4H5WA 1DKGD 2V7YA 4CZFA 3M6GA 3SK3A 2HOEA 3VGMA 4WQ5A 5CE3A 3TU5A 1U6ZA 2QWOA 4BR5A 3GBTA 2GTDA 1K8KA 3A5OC 1R59O 1V4SA 2QWQA 3A5NC 5AQKA 5JLHA 3R6MA 1HJOA 2ASOA 1KAZA 4FWMA 3SJHA 2OANA 1BU6O 4YDUC 4CZKA 3CQYA 3CJAA 3QDKA 4B9QA 3VEWA 3AY9A 2YHWA 4MO4A 2E8AA 4QS9A 3LM9A 3CJBA 5ADXA 1LOTB 3H3OB 4BR0A 5EXWA 3MN9A 5FPMA 3IMXA 4BREA 2ZF5O 5BRDA 2P9SA 1QHAA 3W0LA 1YUWA 3ZETA 4FWRA 4FWNA 3VEYA 2VWBA 4H03B 4H0TB 2P9PB 2YJEA 4BR9A 5FPDA 3I8BA 1QQOA 4M7XA 1NGGA 3UKUB 3R9PA 3LDQA 3ID8A 4J8FA 4QS7A 3FZHA 5AZIA 4BRAA 5FPNA 2ITMA 2D0OA 4PKHA 2P9NA 2VCPA 4C23A 2QWNA 4CZGA 3M3ZA 4H5NA 1EQYA 3SMSA 3CETA 3FZKA 3A5LC 4CD3A 3DAWA 3MMVA 2IVNA 5AQGA 4BC4A 3QFUA 1TYQA 3BP8A 1XUPO 4JHDB 3ENHA 2F9WA 3P4IA 4GY2B 2AP1A 2YHYA 4BRIA 1NLVA 1RFQA 3H46O 5AQYA 1X9JA 4H0XB 2BTFA 1CZAN 2D0PA 2WUSA 5AQNA 5KQ8A 3D2FB 2YCHA 3DXMA 1TUYA 1MDUB 3B8AX 2Q36A 4XEIA 2E2PA 4FWKA 4JAXA 3WEEB 2FSNA 3FLCO 2KHOA 3VEVA 3WQUA 3IUCA 3MN7A 3WXJA 4CBXA 4EFHA 5FPEA 3L6QA 1MWKA 4BRLA 4WYBA 4PL8A 1WUAA 2ZGYA 5AZJA 4FOEA 4A2BA 3LDNA 4EHUA 2Q1NA 5AQPA 1DEJA 4B1YB 4XH4A 4BVPA 2GELA 2YJFA 5AQMA 5BPNA 5KQDA 3VEOA 4JD2A 3U9DA 4PKIA 3SLCA 3RSEB 4FWQA 1RGIA 2IIRA 5AQOA 3QB0A 3D2EB 2PBDA 3A8YA 4M63C 4FPBA 1BG3A 3ULEB 1NGIA 4NO7A 4MO5A 1NGAA 1ESVA 3ZEUA 5F1XA 5E84A 1C0GA 1SAZA 2YI1A 1Q18A 4L3QA 1NBWA 4BVOA 1BA1A 2E2NA 1BO5O 3O1BA 1K8KB 4AM6A 5JLFA 4IJNA 2IVOA 4IWVA 1HUXA 4B1UB 1T6CA 2W40A 4ISGA 3WXLA 3FGUA 2Q31A 4BRCA 4H5RA 4I6MA 3VOVA 1NGCA 4PL7A 3WT0A 2UYTA 3MN5A 1BA0A 2I7NA 2HF4A 2P9SB 3C7NA 5KPRA 3KVGA 3ZETB 4BRHA 2BUPA 2V7ZA 5F0XA 4E1JA 2EWSA 4NB4A 4RTFD 4CBUA 1HX1A 2Q97A 3H1QA 5AQZA 3VESA 1J6ZA 3GDQA 3O80A 1YXQA 4K42A 3VF2A 1JCGA 5AZIB 2GWKA 3GG4A 3C0BA 3HTVA 2P9NB 4XH1A 3VPZA 3UKRA 3HI0A 2CGKA 3A0IX 1C0FA 3WUHA 1V4TA 4CZLA 1BOTO 3UB5A 5EOYA 4H0YB 1HPMA 1KAYA 2W41A 3WXKA 3W3DA 2QXLA 2E1ZA 4BR7A 3BF1A 4F9OA 1ATRA 3FZMA 4CZMA 1TYQB 2YHXA 1XC3A 2P9IA 3BEXA 1GLCG 3QMLA 4B1XB 1YVNA 4YDUA 1H1VA 3ATUA 5BR9A 3VGLA 4H0VB 3VENA 2IVPA 1E4GT 4FL9A 3IFRA 1NGDA 3HBTA 3ZX3A 2QWMA 4FSVA 2ZWHA 3VF6A 2ASMA 3EN9A 4RCHA 4BC3A 4CZJA 1XQSC 4B1ZA 1ZXOA 2Q0UA 3F9MA 3DXMB 3MCPA 1HKBA 2QWRA 3QICA 4BRDA 5AQWA 3AARA 1NGBA 3U9ZA 1KAXA 3CHWA 4FWLA 1OKJA 5BN9A 3U8XA 2F9TA 1MWMA 1U2VA 3WQTA 1WOQA 4AM7A 4CZEA 4DCHA 2CH6A 3FE1A 3LL3A 2ASPA 2CGLA 2P9KA 1P8ZA 2FSJA 3DWLA 4FWSA 4BC2A 5JMVA 5AZJB 4EHTA 4FWPA 3CJ7A 2D1KA 1Z05A 1ZC6A 2P9UA 3QFPA 3CJCA 4JN4A 5EVZA 3H45C 1NGHA 1IG8A 3EO3A 4HWIA 1ATNA 4JD2B 3ZX0A 3D2FA 4FO0A 2FXUA 3EKSA 2E2QA 4BGAA 5AQJA 2E88A 3DXKA 1NWKA 2FF6A 4QS8A 3WXIA 3ZEUB 3EKUA 2ZGZA 5BPLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QO9A 1C0MA 2ATQA 1FJGK 1C1CA 1BUPA 2E1YA 3O9QA 5DM6L 2QWPA 1XNQK 1N8RO 1K8AO 1GOAA 2KFZA 4CJVA 4K41A 3RMAA 3CJ1A 3RSEA 4Z94A 5F2RA 1Y64A 1I39A 4FZXC 1KXPA 4BR2A 1DT9A 4CZIA 4HTLA 3C7NB 3DRRA 4YOYA 2O8BB 1HPZA 3QNNA 2ZE2A 2A40A 3NE6A 1FKPA 5EX5A 2UUAK 1QQMA 3RMBA 1L3VA 5ADXH 5FROA 5BREA 3UKRB 4DV6K 5BN8A 4H0OA 4UY8O 2QM1A 2E4LA 3E9LA 4BRPA 4BECA 3CI5A 1S22A 2BANA 2HNDA 2DPNA 5FDLA 1YJNN 1TKDA 1W7AA 3D7EO 3KWGA 3NVKA 5LJVA 4K25A 3FFIA 4CHZA 2YKNA 1NNEA 3DJCA 4RW7A 1HJRA 1NMNA 2OPPA 3SAHA 4WF9L 5BRFA 3G6EN 3BUZB 3GOIA 3CCJN 3THXA 1OH7A 2A5XA 2IS3A 4BQZA 1TK0A 3O4NA 2P9PA 2GWJA 4BRGA 1TVRA 4JRPA 3L4QA 3UKUA 3KZBA 1RDAA 4Z0UA 3CCEN 1E4FT 3MK6A 3L2WA 4Z4EA 4C8LA 1U2VB 5FRNA 5JENA 3FR0A 4CIGA 3DLEA 4HTUA 1SKSA 3CF5L 2CH5A 4LH5A 1S1XA 3NGIA 1GLLO 3HPOA 1XI1A 3LPTA 4C8NA 4HCCA 2FBTA 4A62A 2FLOA 3O8MA 2D4WA 5GIOA 4IO8A 1NG9A 1JLEA 1T05A 3B6OA 1NJIO 3DLKA 3S3OA 3ENOA 4O0JA 1N36K 2O8CB 2QWLA 3EL2A 3UE5A 3OYCA 1D5AA 3J7AP 4DSJA 3DLGA 4FJXA 1U47A 2BE2A 4H5TA 4BG8A 2Z1IA 3NH1A 3OJUA 1VQKN 3WEEA 2YNGA 4DQPA 3KKRA 5DM7L 4PKGA 3BF3A 3ZSWA 2B4JA 3THYA 4KHQA 3ID6A 3CYGA 4CEQA 3T19A 4NLCA 1XNRK 3ZT0A 3QBXA 4FW1A 2HHUA 1ZBSA 2P9LB 3QLHA 2KZZA 4FZYA 4CI6A 4Z4CA 3CERA 3CFRA 2R7YA 4U7BA 5CZ1A 4JI4K 1T44A 2E20A 3TR8A 1RT1A 4H0PA 4O55A 2XY5A 2IDOA 2HMPA 3VQDA 3RR7A 3M1FA 4OPKA 1EO1A 3HZ6A 4Z4FA 1VSKA 4A61A 2YHBA 4CF1A 3MWPA 4BQLA 3PIOL 1OH6A 3G4SN 2HF3A 2PZSA 4JKAA 4H5WA 4RW4A 3M6GA 3E9OA 2KKZA 4DQQA 3SAFA 5GINA 4ZTJA 3TU5A 1U6ZA 1LV5A 2OTLN 1R59O 2GBZA 3ZLJA 1LW2A 3KTQA 1BU6O 4DU1A 3VA0A 1GOCA 3CJAA 4NYNA 4GVMA 1HMVA 2E8AA 4QS9A 4DV7K 4BR0A 1RTDA 5EXWA 1G15A 3MN9A 3L8BA 3IMXA 1R0AA 3LP2A 1NOYA 2ZF5O 4DS5A 4E1NA 1QHAA 3W0LA 4FWRA 4FWNA 1NK0A 4FJMA 1IKXA 4CFCA 4ID1A 2VWBA 2HW3A 4H03B 2YJEA 1U49A 4M3WA 1YVUA 1NGGA 3FZHA 4BRAA 4DF4A 4O8UA 5KI6A 1VQ6N 2IGIA 3PLAA 3RRGA 5GAGP 3TAEA 3CETA 4WFNL 4JKDA 4OKEA 1FXXA 3DAWA 4CD3A 5C2DA 4E7KA 2HHHK 5AQGA 1ZBLA 1KVAA 1A5XA 3BP8A 5TKWA 1EKEA 3VN5A 4BACA 3P4IA 1NK5A 3CCUN 2BTFA 4FW2A 3TAPA 1CZAN 4CEZA 3NH2A 2WUSA 5AQNA 5KQ8A 1VQMN 3QINA 5C15A 3KWIA 4A5AA 4W5QA 1KSPA 3CMEN 1KFSA 2KHOA 2KZMA 3WQUA 3IUCA 3R1XA 2VWKA 2DY4A 1BCOA 5HP1A 2G8HA 2D5RA 4DTJA 4LFAK 5JVGL 4WYBA 2QKKA 4PL8A 1WUAA 5AZJA 3MXMA 3L2RA 3K9JA 4A2BA 4B9SA 4AHVA 4ILHA 4OGCA 4PHTX 1QHTA 5CHIA 4LSNA 4I9QA 1Q82O 4I2PA 5AQMA 4LF6K 1S9GA 3AGRA 1D9FA 2HHTA 3P31A 2RKIA 5KGWA 3U9DA 3KK1A 3OW2M 4LD0A 1W2BM 2XO7A 3THVA 3CCMN 2EX3A 3AO2A 3D2EB 1HNXK 3A8YA 4FPBA 1BG3A 3OYHA 4FJGA 1NGIA 4NO7A 3BZCA 3QNOA 4C8MA 5E84A 4AH9A 2YNHA 3ENBA 4CF2A 4JV5K 4L3QA 3TTFA 4E7HA 1RDDA 2E2NA 3ITHA 3PO4A 4KHPK 4B08A 2HHQA 5JLFA 3U3YA 4IJNA 4OX9K 1RCHA 2NRXA 1HUXA 3ALYA 4GKJK 3SBTA 3FGUA 4DR1K 2Q31A 4ZHRA 4BY9C 4BRCA 4I6MA 2A1SA 3VQ5A 1NGCA 4DR5K 1YF5L 3I0SA 3MN5A 1BA0A 1J54A 2P9SB 5J2MA 1JL2A 3M8PA 4HUGA 3KVGA 3TABA 3AA2A 2V7ZA 4I2QA 2ZQBA 4RTFD 1Z26A 1IKWA 4LH4A 5AQZA 1J6ZA 1JLBA 3GDQA 1YXQA 1XHZA 3VF2A 1JCGA 3CG7A 1RDBA 3C0BA 3SPZA 3OTOK 3KD1E 1JLGA 1C0FA 4M3XA 1J5OA 1KAYA 3BF1A 2FC0A 4F9OA 1ATRA 1TKZA 1TYQB 2P9IA 3BEXA 4Q0BA 1GLCG 3QMLA 1YVNA 4J2DA 1H1VA 2VQEK 1WBDA 3ZX3A 1A5WA 3IFRA 4DMNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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