4CI6A

Mechanisms of crippling actin-dependent phagocytosis by yopo
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNSPAMHVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAAASTSLEKSYELPDGQVIAIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETVYNSIMKCDVDIRKDLYANTVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKTKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPGIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase/structural protein
molecule keywords ACTIN
publication title Yersinia Effector Yopo Uses Actin as Bait to Phosphorylate Proteins that Regulate Actin Polymerization.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia enterocolitica
total genus 114
structure length 358
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ci6A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ci6A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4ci6A03
2ITMA 1P8ZA 2FF3B 1NGCA 1U6ZA 3QFUA 3H6EA 1YVNA 4BROA 1JCEA 2ZWHA 1NGFA 3O1WA 4CBXA 4F9OA 2D0PA 4BRDA 3L0QA 5AQRA 4BR4A 5AQKA 4JD2B 4CZIA 1C0FA 5AQJA 4H0YB 1BA1A 2YCHA 3G25A 2VYPA 3VENA 2GTDA 3VERA 2DPNA 4CZMA 3EO3A 2VWBA 2I7NA 1NWKA 4BREA 2QWOA 1E4FT 2P9KA 1NM1A 2D1KA 5AFUH 4BC3A 1J6ZA 4WQ5A 4FWRA 4BRKA 1NGAA 2ZGZA 3ATVA 2ASPA 4BQLA 4FWSA 4B1UB 4BRAA 2QWRA 3H1VX 1X9JA 2AA4A 1NLVA 3MK6A 3QICA 2P9NA 2D4WA 3BF3A 3DJCA 4QS7A 4H5VA 5AQQA 4FPAA 3SLCA 3LDOA 3LDLA 3MMVA 4GNIA 4MLHA 3U9DA 4CZFA 3W3DA 4IJAA 3H46O 4H03B 1XUPO 2FSNA 4BRHA 5AZIA 3CERA 3VGMA 5AQOA 1NGIA 1U2VA 3HTVA 3JXUA 3VGKA 3WQTA 5BN8A 4BRQA 4BC5A 2P9NB 2P9PA 2P9IB 4BRCA 1DKGD 4FWKA 5AQLA 5BN9A 3IUCA 3WXLA 3CJ1A 1T44A 3I33A 5KPZA 2Q31A 4FO0A 5AQSA 3VEWA 3AARA 1RGIA 2YJFA 3TPQA 3VF2A 2IVPA 3D2FA 3GE1A 5AZIB 2V51B 3UKRA 2CGLA 3FGUA 1U2VB 2IVOA 4EAHD 4B1XB 4CBUA 3KVGA 5ADXA 1V4SA 2CH5A 2BTFA 4Y0WA 3HSCA 1MDUB 5AZJA 4PKIA 4BR0A 4ISEA 1GLFO 3M1FA 2ZF5O 1YXQA 4M7XA 3CJ7A 4BVOA 2H3GX 5LY3A 3D2FB 3U9ZA 3ZETA 1GLAG 2E2OA 3OHRA 3UKRB 3ZX3A 5AQXA 5JICA 2CH6A 2EWSA 3AAPA 3GG4A 3D2EA 2E88A 3BUZB 5FPEA 4Z94A 1GLBG 1MWMA 4BG9A 4BR2A 1ATRA 1JCGA 5BRDA 5AQWA 1BG3A 3BF1A 3DAWA 3MN7A 3CETA 3MN6A 1OKJA 1Q18A 4BVPA 4LC9B 5CE3A 2E2PA 4M63C 2FXUA 1QZ6A 3A5OC 4NO7A 5AQFA 3ZETB 5BRHA 2V7ZA 3VF4A 4BRPA 2NRHA 1C0GA 1DGKN 5BRFA 3QMLA 3ATUA 1HJOA 1BUPA 1QQMA 1LOTB 3D2EB 3H1QA 3H3NO 4A2AA 2QWMA 1SQKA 1XC3A 4IXCA 4K43A 3ZX0A 3C7NA 3LL3A 1MWKA 3MN5A 5AFUA 1GLDG 4RTFD 3GBTA 2F9TA 4EIAA 1IG8A 4H0VB 4H5TA 3LDNA 3ENOA 3J8AA 3D7EO 4BRMA 4XH1A 2QWLA 3A5MC 4FOIA 3VOVA 2YJEA 4JNEA 3SMPA 4MLEA 4EHUA 4CD3A 3CJCA 5JLFA 1GLJO 3CQYA 5AQVA 3C7NB 1NGGA 2CGJA 3O4WA 2ASMA 1SZ2A 4M7YA 2E1ZA 4WQ5C 3R8EA 1BO5O 1T6CA 4H0TB 4CI6A 5JMVA 4BR5A 1NMDA 5KPTA 2WUSA 4PL8A 1ZC6A 5EY4A 3QBWA 4L3QA 5EXWA 3UB5A 2P9IA 4EFHA 1NGJA 3ENHA 2A5XA 2E1YA 2Q1NA 5FPNA 3QDKA 1E4GT 3A0IX 3H45C 3GDQA 3VESA 4RWTA 4BRLA 5B8HA 3GL1A 4FWPA 1HKBA 1BWFO 1GLCG 1QQNA 3FZFA 3FZKA 4YDUA 4YDUC 1T6DA 4BR9A 1NGHA 1QQOA 2A3ZA 1MA9B 1KAXA 1Y64A 2QWPA 4H0XB 4RCHA 1BOTO 2FF6A 1HLUA 4XEIA 4B9QA 3QB0A 1S3XA 4PL7A 5I9EB 4FL9A 3WXKA 3CQXA 3O5BA 1S22A 2ASOA 3M3ZA 4IJNA 4BRNA 4FWMA 4XH4A 4CZEA 3SJHA 1ESVA 2Q97A 2AP1A 4IWVA 1HKCA 2W41A 3QFPA 2Q0RA 2VCPA 3VEZA 4WQ4C 4WQ4A 2YHWA 3O8MA 4BC4A 2QXLA 4H5WA 2GELA 2Q0UA 3AY9A 2QWQA 3UKUA 5EX5A 4GY2B 4AM7A 4MO4A 3FLCO 3U8XA 3EL2A 4FWNA 3BEXA 4AM6A 3FZHA 4H5NA 3O1BA 1QZ5A 4CZKA 4BRIA 2KHOA 5E84A 3EN9A 1HUXA 3EKSA 4A2BA 5BR9A 4C23A 1X3MA 3HM8A 3ID8A 3UKUB 4XH5A 4CBWA 3M6GA 3R9PA 3VGLA 1ZXOA 1BU6O 3CJAA 2GWKA 3R6MA 5F1XA 4A61A 4A62A 2YHYA 4DCHA 3VEYA 3H3OB 3L4IA 3LM2A 4O5FA 3WQUA 2IIRA 1CZAN 2BUPA 2IVNA 2E20A 2NZTA 5F2RA 2Q36A 3WT0A 3S41A 1D4XA 4BGBA 2A6AA 2ZGYA 4ISGA 2GEMA 3O6WA 3C0BA 4IZ9A 1EQYA 2QW9A 2OANA 4PKHA 5BPMA 1TUUA 2NLXA 1RFQA 1DEJA 5AQPA 4I6MA 2CGKA 2QWNA 4CJ7A 4CZHA 1RDWX 3IDHA 3DXMA 2V7YA 1GLEG 4IO8A 3ZEUA 3CHWA 4HTLA 4B1ZA 3P4IA 2V52B 5AQZA 4PKGA 1HPMA 3FZMA 5LJVA 1G99A 5AR0A 1ATNA 1HKGA 2FSJA 3FZLA 3KZBA 5AQUA 3GOIA 4BR7A 5JLHA 3F9MA 4I6MB 3CJBA 5AQGA 4DB3A 2F9WA 2P9LB 4CZGA 3AAQA 2QM1A 4H5RA 5LJWA 1YUWA 5TKYA 3DXMB 3ULEB 3ZEUB 4CD1A 2P9UA 2A41A 4K25A 3W0LA 3LM9A 3L6QA 4O8KA 2FSKA 3IFRA 3SK3A 5FPMA 1Z6RA 5KQ8A 4FWLA 4BRFA 3FR0A 1KAZA 2P9UB 2YI1A 3O08A 5AQHA 1QHAA 1KXPA 2W40A 5AQTA 5BREA 2D0OA 4HWIA 1KAYA 3O80A 4BGAA 1ATSA 3MN9A 2E2QA 5AQMA 3MCPA 4B1VA 1SAZA 4CZJA 2P9SA 1YAGA 2P9KB 4EHTA 2E2NA 4H0PA 5BPLA 1BA0A 2PBDA 4WYBA 1IJJA 3UE5A 3LDPA 1R59O 1BDGA 4FWOA 1WUAA 3A5NC 1NGDA 2YHXA 3WEEA 3QBXA 2HOEA 1WOQA 3JS6A 2E8AA 1NGEA 3A5LC 2PAVA 5EVZA 2I7PA 5E26A 3IMXA 2A42A 2J4RA 4DQ8A 5BPNA 2P9SB 3VEXA 4JN4A 1NGBA 1K8KA 3DXKA 4BQZA 1TYQA 3HBTA 5KPRA 4JHDA 3U4LA 4CZLA 4DHYA 1GLLO 3A8YA 4FSVA 4FOEA 4FWQA 3WEEB 4KBOA 2GWJA 3FE1A 5AQIA 3HZ6A 3EKUA 3LDQA 4BC2A 4B1WB 3MDQA 2P9PB 2HF4A 1K8KB 4H0OA 4MO5A 3RSEA 3DXKB 2Q2RA 1X3NA 4B1YB 3CJ9A 1TYQB 2FLOA 2HF3A 3WXJA 2A40A 4JHDB 5F0XA 3HI0A 1HX1A 3DWLA 1ZBSA 5AQYA 3ZX2A 4K42A 3VETA 3WXIA 5AQNA 5ADXH 3WUHA 4QS9A 3VEVA 4QS8A 3I8BA 5KQDA 3B8AX 4JAXA 1JCFA 4E1JA 3FFKB 3VPZA 5AZJB 1H1VA 4ISFA 1V4TA 3SMSA 4BG8A 1TUYA 4NB4A 3RSEB 2P9LA 4BRGA 3CIPA 1NBWA 2UYTA 3BP8A 2GUPA 3VEOA 4FPBA 5ELZA 2HMPA 1LCUA 4JD2A 4K41A 3ULEA 4J8FA 5FPDA 3TU5A 1Z05A 1XQSC 3EZWA 5EOYA 3VF6A 3KHYA 3CI5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGCA 3AO2A 1U6ZA 2YNHA 4CGJA 3KLHA 4DS4A 5GIPA 1BIUA 4F9OA 3AVHA 2D0PA 3HOTA 4BR4A 2O8DA 2X74A 1C0FA 3THYB 3L2QA 4CGFA 2GTDA 3VERA 2KZMA 2X6SA 4A5BA 1NWKA 2P9KA 2D1KA 4C8KA 5H1SQ 1YITN 1J6ZA 5HBMA 3P1GA 4WQ5A 4ELTA 1VQ6N 1NGAA 2ZGZA 3ATVA 3T69A 2QWRA 1SL2A 1X9JA 2AA4A 3VA3A 4W5RA 4QS7A 2IAJA 5AQQA 4CJEA 1OH8A 3LDLA 2EX3A 1F21A 3ZSZA 1UWBA 4H03B 1XUPO 3MCAB 4DR7K 5AZIA 1O13A 3CERA 3G4SN 2DTUA 2XRIA 1U2VA 3VGKA 1Q7YO 3DRPA 3KJVA 4BRQA 4FZXC 1C0TA 3LP1A 4NLCA 2HNZA 2ITGA 2P9NB 2P9IB 1WBDA 3OYAA 4OO1J 1DKGD 2YKMA 4Z4CA 1TKDA 3CJ1A 3I33A 4A57A 3QLHA 5AQSA 1WSFA 2D0AA 4DTRA 1Q82O 3D2FA 3LPUA 2V51B 2CGLA 2IVOA 5J2QA 4CK3A 1RTJA 4B3MK 4IG3A 3KVGA 1CZ9A 2CH5A 4Y0WA 1M90O 4JI8K 3Q7CA 3F2KA 1FJGK 4BR0A 3K5LA 2ZF5O 3CJ7A 1TAQA 4DQSA 3PO5A 4DU1A 4F4KA 4KTQA 1GLAG 2E2OA 2HSTA 1HNVA 3TARA 4CJQA 1VQMN 2CH6A 2EWSA 2OCEA 3AAPA 1U04A 4AHUA 3KTQA 1MWMA 4CIEA 1Q9XA 2HVIA 5MLCQ 3CETA 1OKJA 4FJKA 2O8BA 5GINA 4JKCA 3MAQA 5AQFA 1LV5A 3ZETB 5BRHA 2V7ZA 3PY8A 1DGKN 1LWCA 4C1NK 5J1EA 1C1BA 3T1HK 3RMAA 1N33K 1QQMA 3I55N 4KHYA 4LH4A 4A2AA 1CLQA 1XC3A 4K43A 3LL3A 1MWKA 3E9OA 4JI4K 4RTFD 4FLVA 1TGOA 1IG8A 4CJ3A 3CFOA 3B6OA 4H5TA 3C6AA 1XWLA 4FJ9A 3ENOA 3D7EO 4FOIA 3HPGA 1WN7A 4JNEA 3SMPA 4EHUA 4HTUA 3OYHA 3CJCA 4IFYA 1D8YA 1S1VA 3CQYA 1YT3A 4CEBA 2CGJA 4DLEA 3NBPA 2ASMA 2IC3A 3KLFA 3SV3A 2E1ZA 4H0TB 5JMVA 1XMQK 2UXCK 3NAEA 5SWMA 3UIQA 1ZC6A 4CVNE 2Z1GA 4EFHA 3ENHA 2YKNA 2HB5A 4BECA 4BRLA 1BWFO 4AHCA 1EETA 3CCJN 1QSLA 1Y64A 4RCHA 2FF6A 4XEIA 4B9QA 4FLXA 3NH2A 4KH6A 1S3XA 2HBMA 4PL7A 4CW7B 5I9EB 1CXUA 3THWA 4FL9A 4CJTA 2JLEA 3M3ZA 5KRSA 4XH4A 2Y1JA 3SJHA 2ZJQL 3D6RA 4KAZA 4ILGB 3SV4A 2O8EA 1HKCA 4DTXA 4W5NA 1JKHA 3OYCA 1YJWN 2F4VK 1TAUA 3ULDA 3VEZA 4WQ4A 2VWJA 3VN5A 2NNWA 2GELA 4FZZA 3QEIA 1HQEA 3MX2A 3TABA 3UKUA 1RT2A 4GY2B 4AM7A 3PUFA 3SNNA 3U8XA 4DG1A 4AM6A 1UOCA 4CFCA 4DTJA 1KLNA 2PFUA 4CZKA 3MEDA 3OY9A 1EKEA 3AO4A 5BR9A 4K8ZA 3CPEA 4JKDA 4C8LA 3DOKA 2HHVA 3LZJA 3T1AA 2I5JA 1EP4A 1EWQA 2B6AA 3CJAA 3HYFA 4BDYA 4A61A 5J2MA 4DCHA 3AVMA 4O5FA 2HW3A 4LH5A 2BUPA 4CJLA 3OVNA 4E7KA 4KB1A 3CCUN 1A5VA 3WT0A 1SKRA 4BGBA 1DTTA 3QEWA 3O6WA 3AA4A 1K73O 4M3WA 4I6MA 1BCMA 4DV6K 4LF7K 3L2UA 3BY5A 1GLEG 4DFKA 4DKWA 5AQZA 4PKGA 3J7YP 3KK3A 4ZTFA 1VSDA 1Z26A 3FZMA 2HHTA 1RDUA 1G99A 5AR0A 5HP1A 1JLQA 3NHGA 2ETJA 1HKGA 4IDHA 3SCXA 4NCBA 4B3SK 3GOIA 4BR7A 1NK7A 1VSMA 2OPSA 3OYDA 1UA0A 2QM1A 3RWUA 1SKWA 2E6LA 3DXMB 3ULEB 3ZEUB 1NJIO 4K25A 3K5OA 2D0CA 3SQ2A 3PX0A 1RDAA 4B3OA 3L2VA 3ZT1A 4O8KA 3BZKA 3KLEA 2NRZA 1TV6A 5C0YA 2VWKA 4O4GA 5KQ8A 5FRMA 4BRFA 2O8DB 1JXEA 3O08A 2P9UB 3WNHA 1LAVA 2W40A 4LD0A 2W00A 4HWIA 3THXB 4FCYA 1SAZA 3VQ8A 4EZ9A 2P9KB 1W0HA 5GADP 4LFBK 1EWRA 1VQ5N 2PBDA 4ILHA 5DM7L 4WYBA 2RE2A 3E9LA 3VTIA 2HBJA 3A5NC 1OH5A 4FW1A 3ISNC 3O9RA 1RT6A 1NGEA 2PAVA 4AQYK 5EVZA 2I7PA 5E26A 3RMBA 2P9SB 2Z1HA 1NGBA 3OYMA 3DXKA 4BQZA 4KPYA 4JHDA 1KCFA 2VG6A 5IT9O 3K9KA 3M8RA 3FE1A 3HZ6A 4OGEA 1RT1A 3QNNA 3L2WA 3J7AP 4B1WB 4DSKA 2HF4A 3VQPA 4PWDA 3CPWM 3CC4N 3CJ9A 1TYQB 2ZQBA 1KC8O 2HHHK 1HX1A 1S6QA 3DWLA 4DR1K 3KD1E 1WSEA 2GV9A 4K42A 3WXIA 4J2BA 1JJ2M 1N32K 5HRSA 4FLUA 4E1JA 3FFKB 1V4TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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