The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
55
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sequence length |
213
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structure length |
205
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Chain Sequence |
AMDHVEFGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEIALYQPSSGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDVTDLFATQPGLTSAVIDALPRNMVITCQGSDDIRKLLESQGRKDIKLIDIALSKTDSRKYENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLNTSVLRAVLPRDMVFRTSTPRVVL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein/rna
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| molecule keywords |
RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*C)-3')
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| publication title |
Structures of Arenaviral Nucleoproteins with Triphosphate dsRNA Reveal a Unique Mechanism of Immune Suppression.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Lassa virus
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| total genus |
55
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| structure length |
205
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| sequence length |
213
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MWP A; 3MX5 A; 3MX2 A; 3MWT A; 3Q7B A; 4GV3 A; 3Q7C A; 4GVE A; 4GV9 A; 4GV6 A; 4G9Z A; 4FVU A; 3R3L A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5EXW A; 1TAQ A; 4K43 A; 1U45 A; 5GIP A; 1NGJ A; 2KFZ A; 2EX3 A; 2P9I B; 4F2R A; 5HRN A; 1N34 K; 2YHX A; 5CYQ A; 4X65 K; 4HWI A; 1BG3 A; 3AVG A; 3R6M A; 2ASM A; 5BPN A; 5EX5 A; 5AQQ A; 2O8B A; 4OPA A; 1NMN A; 5BRD A; 3SLC A; 4B1X B; 2E2P A; 3OYA A; 3HP6 A; 4KHU A; 4CGI A; 2B5J A; 4FLX A; 1BCO A; 4CFA A; 3DXK B; 2KFN A; 4KHS A; 1QZ5 A; 5KRT A; 1D9D A; 5KQD A; 4RW9 A; 4PHT X; 5KQ8 A; 1B9D A; 3NF6 A; 3NVK A; 4FJH A; 1IH7 A; 4JI8 K; 4JHD B; 3PX6 A; 1REV A; 2OYQ A; 5DM6 L; 1JL2 A; 3VQQ A; 5LJV A; 1RTJ A; 3ID6 A; 3VQ7 A; 2Z1I A; 4PL8 A; 5EY4 A; 4BWJ A; 3SAH A; 5AQF A; 2OCE A; 3CCJ N; 1KC8 O; 1VQP N; 1VQN N; 4WE1 A; 4CJV A; 1HNV A; 4BR5 A; 1M1K O; 1ZBI A; 4QOZ B; 1XHX A; 3G4S N; 1HPM A; 4DFK A; 2OPR A; 1BQN A; 4FWP A; 1J9A A; 4CJP A; 3LDS A; 5ELZ A; 4Y1D A; 1Q8I A; 1RTI A; 3EZW A; 3QEP A; 4LFC K; 2VGN A; 4HUG A; 3BZC A; 4BRM A; 3LM2 A; 4IDK A; 3QET A; 3EE9 A; 1X9S A; 4DKW A; 3S9H A; 2NLX A; 3VEW A; 1ZBU A; 4O0J A; 3KHY A; 3M6G A; 3U8X A; 1TYQ A; 4OPJ A; 3S3O A; 1NK9 A; 2PAV A; 5AZI A; 3N4Q A; 3ZX2 A; 1XHZ A; 3WXJ A; 1JLE A; 3MXM A; 2OPQ A; 4IOC L; 3ZCM A; 3AO3 A; 3NH2 A; 2HMP A; 5MLC Q; 1RT6 A; 4RG8 A; 3MCP A; 4I6M B; 4AHT A; 1GOB A; 1UOC A; 1DTQ A; 1UAX A; 4JK7 A; 4HVJ A; 5HRP A; 3VEO A; 5KGW A; 3JS6 A; 2GV9 A; 3JXU A; 3F5T A; 3OTO K; 3DXM A; 5M1K A; 1QQN A; 1Z05 A; 3KKS A; 3TR8 A; 4J8F A; 2GTD A; 3VPZ A; 3P38 A; 3RMD A; 2CGL A; 4DU3 A; 3OYD A; 4CZL A; 5KPR A; 5C24 A; 3OY9 A; 5DMR A; 1SKW A; 2UU9 K; 3CCL N; 1R59 O; 4C8O A; 3T69 A; 3WNH A; 1VSJ A; 4NYN A; 4EP5 A; 3T3F A; 3DLB A; 4GNI A; 1X3N A; 3DOK A; 4CEF A; 3CQ8 A; 2I7N A; 4E7L A; 1I3A A; 3IAY A; 3RTV A; 3KVG A; 1QQM A; 2KZM A; 1Z6R A; 1HKC A; 3MN5 A; 2P9I A; 1KQS M; 4CW7 B; 4OX9 K; 4A5A A; 1C0U A; 3SQ0 A; 2NRX A; 3FZK A; 4BR7 A; 1C0T A; 1SAZ A; 3LAL A; 4Q0B A; 3J7Z O; 2W6K A; 2PZS A; 4XH5 A; 3NGI A; 4YNQ A; 3ATV A; 4EP4 A; 4TSX A; 1LWF A; 2KZZ A; 4M45 A; 3SMP A; 1JLB A; 3E9L A; 1QZ6 A; 1KAX A; 3TAM A; 4DTP A; 3BZK A; 3LDN A; 4HUE A; 2QTD A; 1VRU A; 4O44 A; 2Y1J A; 2HHS A; 2UXC K; 4ILG B; 1DEJ A; 3KLH A; 4CZI A; 1LWC A; 3CJB A; 3FLC O; 4JHD A; 5JIC A; 1RT5 A; 4C8N A; 4BG8 A; 4RW6 A; 4JKC A; 3ZT4 A; 2GUP A; 3HPG A; 1NK5 A; 1H1V A; 1Z26 A; 3AVH A; 4CEO A; 3LP3 A; 4FW2 A; 4HCC A; 2QM1 A; 4OKK A; 1VSK A; 1HNW K; 1VQK N; 1RT1 A; 4CJT A; 4DR4 K; 3HI0 A; 2FF6 A; 3THW B; 4FWO A; 3MMV A; 1HMV A; 4KTZ A; 3P83 D; 1BQM A; 4ID5 A; 4OLB A; 5TKW A; 4CK1 A; 2ZJQ L; 5LL6 Z; 4CHP A; 4CZH A; 3OVN A; 4WYB A; 3OYC A; 4CER A; 3FFI A; 4FJK A; 3S41 A; 5JVG L; 2X78 A; 1U4B A; 1NJW A; 1ZBH A; 3PLA A; 1QSS A; 1L3V A; 2EHG A; 2AA4 A; 3L2V A; 3P31 A; 2BAN A; 2PYL A; 1HKB A; 3TTD A; 3PUF A; 1RDA A; 4QS8 A; 4I6M A; 4KHN A; 4DU4 A; 3HOS A; 4FK2 A; 1GOA A; 2E8A A; 4CFB A; 4JS4 A; 4L8R B; 3EN9 A; 2Q1N A; 4IWV A; 3U3Y A; 5FPN A; 3FZM A; 5HRR A; 2Z1H A; 4CJL A; 3V9Z A; 2BE2 A; 3TPQ A; 3WNF A; 1OVQ A; 4F3O A; 1VRT A; 2ZJR L; 5F1X A; 4J2B A; 4DR2 K; 4CJ5 A; 4JV5 K; 5AQP A; 4NCB A; 1TGO A; 1W0H A; 4JNE A; 3L3V A; 3OYE A; 4KBO A; 3P5J A; 2P5G A; 4EZ9 A; 4F4K A; 3PO4 A; 1NK8 A; 4E1M A; 3B8A X; 1NJI O; 4LY7 A; 2XY6 A; 3OYH A; 4CF8 A; 4LSN A; 1S22 A; 5ADX A; 1SL0 A; 4QS7 A; 4BE0 A; 2A3Z A; 2ITG A; 4W5T A; 3UIQ A; 2O8D B; 4XEI A; 4DQS A; 4DFP A; 3OS0 A; 1T3V A; 1YJ9 N; 4DU1 A; 3THY B; 1NGD A; 2IC3 A; 1HKG A; 4CGG A; 1ASV A; 2R7Y A; 3HOT A; 1KSP A; 1TUY A; 4FSV A; 5IT9 O; 3MWT A; 4CHQ A; 1Q9X A; 1LCU A; 3GG4 A; 3ENH A; 1XUP O; 3QDK A; 3OS1 A; 4OGE A; 3GOI A; 5TKY A; 2O8E B; 4IFY A; 2FBX A; 1YJN N; 3O3F A; 4IO9 L; 2E6M A; 1W97 L; 1JXB A; 1T6C A; 3VEY A; 4EFH A; 4CZM A; 1BWF O; 3ZSY A; 1I94 K; 1KTQ A; 1KVB A; 2ETJ A; 3AVC A; 3LP2 A; 3C95 A; 4NXM K; 3VQ5 A; 4DSI A; 4H0O A; 1YTA A; 4NO7 A; 3M1F A; 4IZ9 A; 3CC7 N; 1IO2 A; 5C15 A; 1A5W A; 2QWR A; 4FJ5 A; 3CJ9 A; 3FGU A; 4R79 A; 3TAF A; 4O5F A; 4DF8 A; 3SNN A; 4DR6 K; 2YNG A; 5FPD A; 3OHR A; 2HND A; 4CFC A; 4IOA L; 2P9U B; 3THW A; 4FJJ A; 2QI2 A; 2QKK A; 1VK0 A; 3SCX A; 3CYM A; 5C42 A; 3O1W A; 1HYV A; 1K8K B; 3K58 A; 4DQR A; 3CM5 A; 3ZSO A; 3KK1 A; 1TKD A; 1KVC A; 5CYM A; 5C25 A; 5AZJ B; 3QIC A; 1ITG A; 4HTL A; 2CGJ A; 4KTW A; 5AQM A; 3SI6 A; 4CK3 A; 3AVF A; 5KTQ A; 3FZF A; 1N36 K; 4BRP A; 4Z4C A; 5AR0 A; 1VQ7 N; 4CEZ A; 3CFR A; 4BRC A; 3OBY A; 3IFR A; 4AF1 A; 4HHT A; 3C6A A; 4MO4 A; 1NNE A; 2NRR A; 2OAN A; 5E84 A; 1GLC G; 3ZX0 A; 4LFB K; 4MO5 A; 4YOU A; 2P1J A; 4AHV A; 3CC2 N; 2D0P A; 4DV2 K; 4GV6 A; 2GUI A; 3PX0 A; 1HYS A; 1S6Q A; 5E41 A; 4JKH A; 2OPP A; 4DTM A; 4JI7 K; 2ZGZ A; 4WFA L; 1SKR A; 5CZ1 A; 3QLH A; 4CBW A; 4I9L A; 5E26 A; 4FZX C; 2Z1J A; 4CGD A; 2E5L K; 2Q2R A; 3JYT A; 1X9W A; 1C0G A; 4LC9 B; 4CJ7 A; 2AP1 A; 3M8P A; 4FLW A; 5LJW A; 4J2D A; 3MEC A; 2AJQ A; 1HYZ A; 1WSG A; 1P8Z A; 3EE8 A; 4B3R K; 3PO5 A; 2WOM A; 4PWD A; 5AQY A; 2WC9 A; 2GX9 A; 3L3U A; 2PFU A; 2O8D A; 4YOR A; 2Q0U A; 4LF4 K; 3THY A; 3EYZ A; 3S3N A; 4KO0 A; 5AQU A; 3VQ9 A; 3EKU A; 1EKE A; 3AVK A; 1G99 A; 3SQ4 A; 3U3G A; 1Q82 O; 3SUO A; 3QBX A; 4OJR A; 3SPZ A; 3VQA A; 3CCQ N; 3NH1 A; 4DSK A; 2O8E A; 5C0Y A; 1KLN A; 5KGX A; 4FZY A; 1BGX T; 1UA0 A; 3L0Q A; 4LSL A; 1S3X A; 1IG9 A; 3OA9 A; 1BOT O; 4BE1 A; 2F9T A; 2YJF A; 3I8D A; 1NLV A; 2GWJ A; 3F9M A; 3CJ7 A; 1GLA G; 3AO2 A; 1SL1 A; 3TSP A; 1IJJ A; 1P90 A; 3L8B A; 3RMB A; 1KRP A; 3LDP A; 5CZ2 A; 4LF6 K; 2QWN A; 3KIO A; 1WUA A; 1IKX A; 3MX2 A; 1RTH A; 1RT2 A; 3RR7 A; 1QE1 A; 4BQZ A; 4IDH A; 2P9U A; 1EP4 A; 4PQU A; 5AJ3 K; 4JN4 A; 4LF5 K; 3HTV A; 2ZE2 A; 4H0X B; 1NGH A; 1RDW X; 1K8K A; 4FJ7 A; 3KLE A; 1NJY A; 1VSE A; 2FC0 A; 2F9W A; 3QFU A; 5AFU A; 5AZJ A; 2P51 A; 4RWT A; 4CEC A; 2KKZ A; 2IOC A; 3ZSX A; 3SBT A; 2Q97 A; 5J1E A; 1NK6 A; 4BRL A; 2YNI A; 3UB5 A; 3HBT A; 2LSN A; 3ITH A; 4FWK A; 3T1Y K; 4DTX A; 1LW2 A; 3TAB A; 4DSJ A; 3CM6 A; 3P39 A; 2F8T A; 4NLB A; 3TI0 A; 4LH4 A; 4JAX A; 3AVA A; 3HM9 A; 3CFP A; 1YXQ A; 4RW4 A; 4KH5 A; 3RSE B; 1D9F A; 4JKA A; 3H46 O; 1OVY A; 4BC2 A; 2E2Q A; 4R5P A; 3L4Q A; 1GLL O; 4H5W A; 4YOT A; 2QKB A; 5HRO A; 1JLG A; 4B9L A; 2D1K A; 3EKS A; 1N8R O; 3WXI A; 3VA0 A; 3SQ1 A; 4L3Q A; 2IVN A; 3NGY A; 1MWK A; 2FBV A; 2QWP A; 1X9J A; 5HL7 L; 1E3M A; 3HK2 A; 5M1P A; 4CZF A; 3CC4 N; 4BRK A; 3N4P A; 4DLE A; 4UY8 O; 1RDU A; 2HNZ A; 1QQC A; 4H0P A; 4ELU A; 2VCP A; 4FOE A; 4FO0 A; 4IEE A; 3A5O C; 4E1N A; 4H5N A; 2NRT A; 4PKG A; 1NOZ A; 4BDY A; 3D6R A; 4ZTF A; 1VHX A; 5GAH P; 3VET A; 4DQQ A; 4JI6 K; 3J81 O; 4AHU A; 1TKX A; 2O8C B; 2DFE A; 1LW0 A; 4CEQ A; 4C8M A; 1BI4 B; 4FJI A; 2FSK A; 2ATQ A; 4B1Z A; 3FE1 A; 2VWB A; 4QAG A; 3CCV N; 1TAU A; 3CD6 N; 4FLZ A; 1EET A; 3TTF A; 4KB1 A; 1ATS A; 4WCE L; 4FLV A; 4IBN A; 2XRI A; 5I42 A; 3WQT A; 1D8Y A; 3AY9 A; 3EO3 A; 2B6A A; 3U9D A; 3CPE A; 5FPM A; 3ZT3 A; 1G15 A; 1XQS C; 3AO1 A; 4DS4 A; 2HB5 A; 4B9T A; 3QFP A; 3TAQ A; 3TAE A; 5M1O A; 3K5N A; 3AVL A; 2F8S A; 3AVM A; 3R9P A; 3CCU N; 3DLH A; 1KLM A; 4CHN A; 4YOW A; 3RWU A; 3PIP L; 3OBW A; 1ZYQ A; 2OTL N; 2CGK A; 2B4J A; 4M7Y A; 3G6E N; 4DSE A; 1BIZ A; 4BC3 A; 2P9L B; 1S9G A; 1S6P A; 1NKB A; 4FW1 A; 3LZI A; 3CCS N; 4JI1 K; 4DUZ K; 2PBD A; 5AQK A; 4E3S A; 5J2Q A; 4I9Q A; 3THX B; 2NNW A; 3WT0 A; 1EWR A; 1RCH A; 3ENB A; 3RSE A; 2JLE A; 4BGA A; 3VQP A; 2BDP A; 4BRA A; 2UUC K; 3MWP A; 1SV5 A; 1SZ2 A; 3VTH A; 4BR2 A; 4CZG A; 1FW6 A; 4GW6 A; 3C6U A; 1FK9 A; 3LP0 A; 1M90 O; 3LWL A; 2A6A A; 3NDK A; 1QQO A; 4CGJ A; 4B8A B; 3KWI A; 4H5T A; 4OKJ A; 1JLC A; 1SUQ A; 5B8H A; 3ENO A; 2YKN A; 3VF4 A; 1L5U A; 3DRP A; 4IKF A; 4DTS A; 2HBL A; 2E2O A; 3OYF A; 1Z25 A; 4IJA A; 3MXJ A; 4Y0W A; 4CBU A; 1A5V A; 1C6V A; 1WBD A; 1LV5 A; 2V52 B; 3IG1 A; 3VTI A; 3RR8 A; 1NGA A; 4FM2 A; 3MN7 A; 2O8C A; 2Z1G A; 1CZ9 A; 3H45 C; 4M41 A; 2YNF A; 3F73 A; 1BI4 A; 4M3Z A; 2ITM A; 5GAD P; 4B9S A; 4KFB A; 3PY8 A; 2HVI A; 1VSI A; 1MU2 A; 4A2B A; 1TKZ A; 4B1Y B; 3HO1 A; 3O4Q A; 2A1S A; 1OH8 A; 4KHQ A; 4DCH A; 4HUF A; 3CI5 A; 2G8F A; 4A61 A; 4X62 K; 3QB0 A; 3DI6 A; 3QIP A; 3UKR B; 1J53 A; 4JEP A; 5AQS A; 2HHH K; 1NGI A; 1GLF O; 3AV9 A; 3DXK A; 4PKH A; 3CME N; 5FRM A; 3TWH A; 2FSN A; 2IS3 A; 1RDC A; 5AQG A; 3TTC A; 4Q5V A; 4CHY A; 3WUH A; 2HST A; 4BRN A; 4LH5 A; 3SK3 A; 1VSM A; 4FLY A; 3V1R A; 4IFV A; 4O8K A; 2P9L A; 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1BO5 O; 4DF4 A; 5AQH A; 4K8X A; 4FJL A; 2OA8 A; 3AO5 A; 2BGG A; 3RVC A; 2V51 B; 4GV9 A; 3NVM A; 3NE6 A; 1QS4 A; 5LMN K; 3O9R A; 3D0P A; 3H08 A; 2D4W A; 1RBS A; 2HF4 A; 4K41 A; 3ALY A; 3H1Q A; 3TAP A; 3HL8 A; 3AA2 A; 3H3O B; 4AQY K; 5GIN A; 4ISF A; 3CQY A; 2E2N A; 3C6T A; 4CF1 A; 4FWR A; 5JS2 A; 1HQU A; 1HUX A; 3D2F B; 4B9M A; 1NBW A; 4XH4 A; 2VWK A; 4B1U B; 1K8A O; 4O4G A; 3WXK A; 2YI1 A; 1LAW A; 1QHT A; 1IV0 A; 2J4R A; 3UKU A; 1S1V A; 1FXX A; 1VSH A; 1S5J A; 2GEL A; 3BGR A; 2XHB A; 3WEE B; 3CJC A; 4CJR A; 3SBG A; 1KFD A; 4FVM A; 3THV A; 4CF2 A; 4WFB L; 3OYG A; 3HPH A; 2YKM A; 4ID1 A; 2OTJ N; 1OH5 A; 5C12 A; 2CH6 A; 4CJU A; 3IRX A; 3K9J A; 1BU6 O; 4BRD A; 4IXC A; 1QSY A; 3RRG A; 3G25 A; 2Q3S A; 4GV3 A; 2E1Z A; 2FF3 B; 3CIP A; 3O08 A; 1YTU A; 4CED A; 3LAN A; 4H4O A; 4DR5 K; 3HST B; 4YOY A; 2OPS A; 2A40 A; 3RRH A; 4N76 A; 4BR4 A; 4BGB A; 1IBK K; 4KAZ A; 1EX4 A; 3T1A A; 4G1Q A; 4E19 A; 4MFB A; 2QWM A; 2NRH A; 3KLI A; 1GLJ O; 3VF2 A; 1KXP A; 4RCH A; 1BA1 A; 1C0F A; 4BRO A; 2HHW A; 1BCM A; 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