The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
Expanded use of sense codons is regulated by modified cytidines in tRNA.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4X66 K; 4DR7 K; 4DR4 K; 3J81 O; 4DV0 K; 4X65 K; 4CW7 B; 1XNR K; 1I94 K; 4LF4 K; 4JI8 K; 1N32 K; 4DR2 K; 1IBK K; 4B3S K; 2UU9 K; 5AJ3 K; 4LF7 K; 3T1H K; 4DV2 K; 4KHP K; 4JI1 K; 4DR3 K; 4GKJ K; 4B3M K; 1FJG K; 1N34 K; 5FLX O; 4DV7 K; 4JI7 K; 4LF5 K; 1N33 K; 2UXC K; 3J7Y P; 4JI3 K; 4NXN K; 4DR5 K; 4OX9 K; 1HNW K; 1XMQ K; 3OTO K; 3J7A P; 4LFC K; 1HNZ K; 4YHH K; 5A2Q O; 1N36 K; 4DR6 K; 4B3T K; 1XNQ K; 4DV6 K; 4JI5 K; 1IBL K; 2VQE K; 1HR0 K; 4B3R K; 1HNX K; 5IT9 O; 4V19 S; 4JI2 K; 4DUY K; 4NXM K; 2UXD K; 3JAM O; 1IBM K; 2F4V K; 2E5L K; 4DR1 K; 5BR8 K; 4AQY K; 4DV4 K; 4LFA K; 4X62 K; 4DV3 K; 5LMN K; 3J80 O; 2VQF K; 1XMO K; 2UUC K; 4JV5 K; 4CVN E; 3T1Y K; 2UXB K; 4K0K K; 5LMU K; 4LF9 K; 4DV1 K; 4JYA K; 2ZM6 K; 4DV5 K; 4JI6 K; 2UUB K; 2HHH K; 4JI4 K; 4LF8 K; 5IWA K; 4JI0 K; 4YY3 K; 1J5E K; 4LFB K; 4GKK K; 4DUZ K; 2UUA K; 5LL6 Z; 4LF6 K; 4X64 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CH6 A; 3O3H A; 2KZZ A; 3SYZ A; 2PFU A; 1NBW A; 4E0D A; 5HOO A; 4CEB A; 1G15 A; 4IG0 A; 3KIO A; 4DV0 K; 4BRC A; 4DCH A; 4CW7 B; 3LP1 A; 3P5J A; 1RDA A; 4MFB A; 4LF4 K; 1MWK A; 3WEE B; 2D1K A; 4KB1 A; 3FGU A; 3VQ9 A; 4YOW A; 3T1H K; 5KRT A; 3KVG A; 4ICL A; 1NGA A; 1V4S A; 1XWL A; 2YNI A; 3U3Y A; 3LWM A; 1Y97 A; 1KQS M; 1QSL A; 3G71 N; 1ZBH A; 4PL7 A; 3HBT A; 3ZCM A; 4OPK A; 3M3Z A; 3UE5 A; 4BWM A; 1IG9 A; 3TAM A; 3BEX A; 1T03 A; 1UAX A; 2ZJR L; 1BIS A; 1VQP N; 3SQ4 A; 4CJQ A; 1BL3 A; 4I6M A; 4O55 A; 5KGX A; 2E6M A; 1JXB A; 1VSF A; 1NKB A; 5K14 A; 3KD1 E; 4F8R A; 4DQS A; 1QSS A; 4B3R K; 1QHT A; 1VRT A; 1I3A A; 1T3V A; 3D6R A; 4OKE A; 4FLZ A; 3S3M A; 3W3D A; 4NYF A; 5GAD P; 4V19 S; 4JKH A; 4KFB A; 4DMN A; 3JAM O; 4FM2 A; 3E1Y A; 2JWL A; 1NJI O; 3A2F A; 5AQT A; 4M3X A; 4JS5 A; 1U2V A; 4YOU A; 2QA4 N; 1FW6 A; 3ZSZ A; 2B6A A; 4ELT A; 4PWD A; 2HMP A; 1NGD A; 4KV8 A; 1RTD A; 2RKI A; 4CEZ A; 3ZEU B; 3E9P A; 4A2A A; 3CCV N; 3LM9 A; 3AVL A; 1NJX A; 5CHI A; 1QSY A; 5KPZ A; 2NLX A; 4PL8 A; 4CZE A; 4DV1 K; 4MLH A; 1B9F A; 3OYG A; 2HHH K; 3AAR A; 5HP1 A; 3TAF A; 5J2Q A; 4KKO A; 1NKE A; 4BWJ A; 4CEQ A; 4JI0 K; 1XI1 A; 3TR8 A; 4MO5 A; 4LH4 A; 1VSK A; 3O3F A; 5AZI A; 1SKS A; 2AJQ A; 1HYZ A; 3N4Q A; 3L2Q A; 3TAE A; 1OH6 A; 3OYH A; 2GX9 A; 4I2P A; 5J2P A; 4OGC A; 4MQ3 A; 3EE8 A; 4BRF A; 2A42 A; 3LAM A; 3EKS A; 3HT3 A; 4CZF A; 1U04 A; 3ASM A; 1NJZ A; 1Q9Y A; 2P51 A; 4H0O A; 1NGF A; 2IVO A; 4G1Q A; 2CGL A; 1I94 K; 3RTV A; 3AVH A; 2AA4 A; 1ZBU A; 3MED A; 3WNH A; 3THW A; 1EXQ A; 3L2R A; 1C1A A; 3RMA A; 1FJG K; 2Q0R A; 4UY8 O; 4FCY A; 3GE1 A; 1N34 K; 3OS2 A; 2J4R A; 1HKC A; 1EX4 A; 4KO0 A; 3VEY A; 1GLF O; 1NGI A; 5HL7 L; 3QEW A; 2DTU A; 4LF5 K; 1RT1 A; 4B1V A; 3LP2 A; 3ZYY X; 3J7Y P; 3QEP A; 3OYA A; 4NXN K; 1BDG A; 4MDB A; 1VQM N; 2GUI A; 3LDN A; 4WF9 L; 3O08 A; 3OW2 M; 4CHY A; 4KH6 A; 4DR6 K; 3AVB A; 4FLY A; 4FW2 A; 3OYE A; 4CED A; 2RPI A; 3CJA A; 1GLA G; 3QO9 A; 1SKR A; 2O8B A; 3SPY A; 1XQS C; 3EO3 A; 4ILJ A; 1NGH A; 3HPH A; 5AQZ A; 3WNF A; 1L3U A; 4GV3 A; 2VWK A; 4OKK A; 3O9Q A; 3CIP A; 3NCI A; 4WE1 A; 1VAZ A; 3WEE A; 4IG3 A; 1QQN A; 1LWE A; 3NAE A; 2D0O A; 1K73 O; 1ZC6 A; 1WSF A; 1BQN A; 2NRZ A; 4FJ7 A; 4DTR A; 4CJL A; 3MMV A; 2LSN A; 3KLI A; 3JYT A; 4LF8 K; 1IKY A; 1BI4 B; 2P9N A; 3BDP A; 3U6F A; 3K2P A; 3AY9 A; 3R9P A; 4W5N A; 5AQS A; 4CHP A; 3HVR A; 1LWC A; 3OYD A; 1MU2 A; 2UUA K; 4K8Z A; 5EY4 A; 4W5O A; 1REV A; 4FO0 A; 1VQ7 N; 4C8O A; 1YT3 A; 2FSN A; 2ZD1 A; 1CZ9 A; 3I33 A; 2HST A; 4AHC A; 3I0R A; 1BCM A; 4M3R A; 3VQC A; 1NK7 A; 1RDB A; 3EZW A; 3R3L A; 3VGM A; 1C0U A; 4IWV A; 3Q7C A; 4FWN A; 1QS4 A; 1RDD A; 3CJ7 A; 2QXF A; 3ZEU A; 3TU5 A; 3RMD A; 4DFP A; 4RCH A; 4DFJ A; 3ISN C; 3KKR A; 4DG1 A; 5AQL A; 3PIP L; 1RTJ A; 4CFB A; 3IG1 A; 1KFD A; 4CF8 A; 2Z1H A; 3VET A; 3ZT2 A; 3BZC A; 3HM9 A; 4FLU A; 4CE9 A; 4OLA A; 1XMQ K; 3EEQ A; 2WOM A; 1MA9 B; 5JS2 A; 3M1F A; 3MAQ A; 5ELZ A; 3SAG A; 4B3T K; 4AM6 A; 3SQ1 A; 2Q2R A; 3AGK A; 2FSK A; 2HVI A; 4O5F A; 3WXL A; 5GAH P; 3VQE A; 3HYF A; 4DUY K; 3DI6 A; 3SI6 A; 2HHS A; 4CEA A; 4FW1 A; 3P1G A; 4BR4 A; 4BR0 A; 5BR8 K; 4CER A; 4H0V B; 2YNF A; 1C6V A; 5AQF A; 4RG8 A; 4EP5 A; 1KC8 O; 3IMX A; 5C2D A; 3CPE A; 4B1Z A; 4JKF A; 4BQL A; 3ZT3 A; 4M3Z A; 2P9S A; 2ZE2 A; 4CIE A; 3I55 N; 1BA1 A; 2YNG A; 3CYM A; 4CF2 A; 5EVZ A; 2HBJ A; 4L8R B; 1QQM A; 2V52 B; 2XY5 A; 4FJK A; 3JXU A; 2RHK A; 4CI6 A; 1YHQ N; 3ZSQ A; 1K9M O; 1HYS A; 1N8R O; 4GKK K; 2X78 A; 1GOB A; 4Z4I A; 2NRT A; 1N5Y A; 5AQI A; 2IS3 A; 4JKD A; 4CZG A; 4QS8 A; 2E20 A; 3RR8 A; 4DR4 K; 1A5W A; 4FK0 A; 3J81 O; 1Q82 O; 3LDP A; 2RF2 A; 4A61 A; 1P8Z A; 4M3Y A; 2E1Y A; 5FPE A; 5JLH A; 5FPD A; 1QZ5 A; 4DLG A; 4FLT A; 2WBN A; 2DFH A; 1VHX A; 4PA1 A; 2KFN A; 1GLB G; 1WNS A; 3VA3 A; 5KQD A; 4CGI A; 3MWT A; 4IXC A; 2UXC K; 1YVU A; 4J2B A; 4E3S A; 1QHA A; 2NRW A; 3WQT A; 1KRP A; 1XC3 A; 3AVA A; 4JNE A; 3CHW A; 1X9J A; 2E88 A; 3AGR A; 3E01 A; 1RFQ A; 3HOS A; 4H03 B; 5E84 A; 4KTZ A; 2HB5 A; 1KAX A; 4H0T B; 3SBT A; 4F2R A; 4GY2 B; 1NGC A; 1HNX K; 3KWG A; 3M5R A; 5BPL A; 4B9U A; 3IRX A; 4C8M A; 4BRM A; 3ID8 A; 2BTF A; 1S9E A; 4YOV A; 4WQ4 A; 4K41 A; 3AA3 A; 3DOK A; 3WNG A; 3BP8 A; 1G99 A; 4BRQ A; 3VQ5 A; 1BU6 O; 1X9M A; 4CHN A; 4KI6 A; 4KHU A; 4DHY A; 2QK9 A; 2QKB A; 1JCE A; 2P9L B; 3CJ1 A; 4H4O A; 1ASV A; 2KLA A; 3ZET A; 4FPA A; 2IDO A; 1C1C A; 3OVN A; 2ZJQ L; 3EYZ A; 5JS1 A; 4CJ7 A; 2D0B A; 3SJH A; 1SZ2 A; 5IWA K; 2Y1J A; 3OJU A; 5C25 A; 1E3M A; 4FJN A; 1XC9 A; 3PUF A; 3SMP A; 3CJ9 A; 3C6A A; 4BDY A; 4GMJ B; 3HST B; 4CZH A; 1NGE A; 1L5U A; 3O6W A; 1Z26 A; 1DLO A; 4X66 K; 3EE9 A; 3VMF B; 2F9W A; 1ATR A; 3L4I A; 3KK2 A; 3TWH A; 1IO2 A; 5ADX H; 1LCU A; 4O44 A; 3ZX2 A; 4QAG A; 4B1Y B; 3FZF A; 3M6G A; 4WYB A; 4O0J A; 2P1J A; 2QWM A; 5HRP A; 4Z4C A; 2HHX A; 4LF7 K; 4YOX A; 2CGJ A; 4DU1 A; 3H6E A; 3H1V X; 3ITH A; 3VQQ A; 1Z6R A; 1S1U A; 4IFY A; 1S3X A; 1M90 O; 3AVG A; 3V1Q A; 4DV7 K; 4DF8 A; 3LM2 A; 3L3V A; 1YJW N; 3EZ5 A; 3WXM B; 4BDP A; 3OBY A; 3KJV A; 3IKM A; 1U2V B; 4FWK A; 4DTX A; 4FSV A; 2HBM A; 3O5B A; 3RMB A; 2YHX A; 2O4G A; 5BR9 A; 3CCE N; 2Z1I A; 3HPO A; 4E1J A; 3MX2 A; 4CD1 A; 4JI2 K; 4GV9 A; 5KGW A; 3WXJ A; 3ZSO A; 3ZT1 A; 1JLG A; 3SAF A; 2BGG A; 3F9M A; 2EX3 A; 3CJC A; 5DK5 A; 2QW9 A; 1S5J A; 3IDH A; 3QFP A; 1E4F T; 4B1U B; 4CEO A; 1CXU A; 3ALY A; 4CF0 A; 2UUC K; 4J8F A; 3MK6 A; 3I56 N; 4R79 A; 3CFP A; 2UUB K; 3T19 A; 1VSM A; 5SWM A; 3VQ7 A; 4NCA A; 5C0Y A; 2BUP A; 2IIR A; 2FBV A; 3AVK A; 4YY3 K; 4YOY A; 1B92 A; 2YNH A; 3V9S A; 2I5J A; 1YI2 N; 3PV8 A; 3CPW M; 3AA2 A; 4PKI A; 4ISF A; 1L3S A; 3VEN A; 4A57 A; 1RT3 A; 4H0Y B; 3A8Y A; 3PSI A; 5SZT A; 1YTU A; 4DSE A; 5HLF A; 4DSK A; 2OTJ N; 1WSH A; 1A5V A; 1OVQ A; 4IBN A; 4O8K A; 3PO4 A; 4CGJ A; 4CF9 A; 2F7T A; 4BDZ A; 1KSP A; 3I8D A; 2VG5 A; 5AJ3 K; 2E2P A; 1WBD A; 2NZT A; 3LDO A; 3CME N; 1NLV A; 1S72 N; 5CYM A; 4YOT A; 4JI1 K; 3DAW A; 3TAQ A; 3PLA A; 4H0P A; 1KFS A; 1VQN N; 1JXE A; 1NU0 A; 1X9W A; 1EWR A; 1N33 K; 3TI0 A; 4OGE A; 5JMV A; 4DU3 A; 1KVA A; 1WUA A; 2G8I A; 1D9D A; 4DSJ A; 4BRO A; 4JK7 A; 4CZL A; 3VN5 A; 4M3U A; 3MX5 A; 1CZA N; 4XH4 A; 2O8C A; 1F21 A; 3QB0 A; 2A5X A; 4Y1C A; 4U67 L; 3CC4 N; 4HCC A; 4IEE A; 1NK6 A; 3V9X A; 3IUC A; 2XY6 A; 3HTV A; 4NXM K; 3OYK A; 4C8L A; 2NRX A; 3TAR A; 1IBM K; 1J5O A; 1YAG A; 4A2B A; 1KVB A; 2HNY A; 4DSI A; 3VPZ A; 5J2N A; 2P9N B; 4K25 A; 1TVR A; 3DRP A; 1NK0 A; 4JKE A; 4XH1 A; 4FLX A; 3A5M C; 3DLK A; 2O8D A; 1HJR A; 2YV0 X; 2ZQB A; 4FJH A; 3U9Z A; 3IFR A; 1JCG A; 1X3N A; 3G10 A; 1ZBL A; 3T1Y K; 5ADX A; 1D8Y A; 2PYL A; 2B4J A; 3L2U A; 1FKO A; 4CFD A; 1ASU A; 4HCB A; 2FC0 A; 2HHU A; 3K59 A; 2HND A; 1WSJ A; 4F3T A; 5AZJ B; 3ZX3 A; 4CJK A; 2ITG A; 3R1X A; 4IO8 A; 4BRK A; 1WB9 A; 4OO1 J; 1LOT B; 1RCH A; 1Z05 A; 5AQN A; 4FPB A; 3SK3 A; 3LP3 A; 4X64 K; 1LW2 A; 3MDQ A; 4Q5V A; 4PUO A; 2Q31 A; 2HHT A; 4EHT A; 4WQ4 C; 3W0L A; 4N41 A; 4KTW A; 4FJL A; 1HKG A; 2BE2 A; 4CJ3 A; 4X65 K; 1BG3 A; 2HOE A; 5C24 A; 3OJS A; 1R0A A; 4JHD A; 1KAY A; 3A5N C; 5AQM A; 4FWM A; 3VOV A; 4NCB A; 3MEC A; 5GAG P; 3G25 A; 1J6Z A; 2I7N A; 5AQX A; 1X9S A; 1HYV A; 5JVG L; 1W9H A; 3O9S A; 3NFA A; 5FLX O; 4FLV A; 2WC9 A; 2PZS A; 3HVT A; 3RWU A; 4IJN A; 4CJV A; 4WFN L; 1GLE G; 1HNW K; 3CCJ N; 3WNE A; 4KI4 A; 3MXJ A; 3TAB A; 2ASO A; 4XEI A; 2Q3S A; 4H4M A; 3NF7 A; 4B3O A; 3GOI A; 3LDL A; 4HUE A; 4PQU A; 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1W0H A; 1JLC A; 1W7A A; 2A3Z A; 5AZJ A; 4ISE A; 3CCU N; 3QML A; 4ZTJ A; 1N36 K; 1JL1 A; 1YXQ A; 4FJ5 A; 3CQX A; 1QQO A; 4EFH A; 3QBW A; 4CFA A; 5AQH A; 3GG4 A; 3VQ6 A; 2KTQ A; 5GIO A; 1Q18 A; 2P9I A; 1RBV A; 4H0X B; 1SL2 A; 5AQR A; 3ZET B; 2P5O A; 2KQ2 A; 1YJN N; 4A62 A; 4Z94 A; 2P9U A; 4DQR A; 2OPR A; 3D0P A; 3ZSW A; 4BGB A; 2O8F B; 4BG8 A; 4DTU A; 1DTT A; 2G8H A; 2O4I A; 1Q86 O; 2GWK A; 3O1W A; 2D5R A; 1HQE A; 1Z25 A; 1VQ8 N; 3OY9 A; 3NMU A; 3L6Q A; 1BWF O; 1FXX A; 1HRH A; 3J80 O; 4CJS A; 3VEW A; 1XMO K; 4FJ8 A; 3L0Q A; 1NKC A; 1K6Y A; 1WAJ A; 4JYA K; 4JI6 K; 1JCF A; 4HUF A; 3DXM B; 3DM2 A; 3MCA B; 1I39 A; 3THV A; 4AH9 A; 3D45 A; 5JLF A; 3TTF A; 3AVF A; 1VSI A; 2QI2 A; 4F2S A; 3QBX A; 3GBT A; 1BOT O; 4Y1D A; 4PKH A; 4YDU A; 1VSL A; 3AVI A; 3SUO A; 1NK4 A; 1GLD G; 5B8H A; 4DS5 A; 2WUS A; 4QOZ B; 3AO4 A; 3AVC A; 3VF6 A; 1UOC A; 3CM5 A; 1S22 A; 3P38 A; 3MN5 A; 4DQI A; 3QFU A; 1N32 K; 1EET A; 1SS6 A; 4M63 C; 4B3S K; 2YHB A; 3K5O A; 4B9S A; 1FK9 A; 4JK8 A; 1HJO A; 4CHQ A; 4BQZ A; 2A1S A; 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