The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
Expanded use of sense codons is regulated by modified cytidines in tRNA.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
29
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF6 K; 4AQY K; 4JI4 K; 2HHH K; 4JYA K; 2VQF K; 4JI1 K; 4NXM K; 5LL6 Z; 5LMU K; 1J5E K; 4DUZ K; 2F4V K; 2UUB K; 4JI8 K; 2UUC K; 2VQE K; 4DV0 K; 4X66 K; 1FJG K; 1IBM K; 4DUY K; 4B3T K; 2ZM6 K; 4CW7 B; 4DR6 K; 5A2Q O; 1IBL K; 1N33 K; 4LF9 K; 4DV1 K; 2UU9 K; 4JV5 K; 4LF4 K; 4JI3 K; 3T1H K; 4YHH K; 4V19 S; 1HNW K; 4DV2 K; 3T1Y K; 4B3R K; 1IBK K; 4DR3 K; 5BR8 K; 2UUA K; 4GKK K; 4DR4 K; 4DR5 K; 5LMN K; 4X65 K; 1N32 K; 4YY3 K; 5AJ3 K; 2UXB K; 1N36 K; 4DV5 K; 1HR0 K; 4B3S K; 3OTO K; 1I94 K; 4LF7 K; 4JI6 K; 4JI7 K; 5IT9 O; 4DV7 K; 2UXC K; 1XNQ K; 4B3M K; 4LF5 K; 4LFA K; 4CVN E; 2UXD K; 1N34 K; 4X62 K; 4GKJ K; 5IWA K; 1HNX K; 4NXN K; 4DR2 K; 4JI2 K; 3J7Y P; 4K0K K; 3J7A P; 5FLX O; 2E5L K; 3JAM O; 4DV3 K; 4DR7 K; 4LFB K; 1XMQ K; 4X64 K; 1HNZ K; 4LFC K; 4DR1 K; 4DV6 K; 4JI5 K; 4OX9 K; 4LF8 K; 3J80 O; 1XNR K; 3J81 O; 4JI0 K; 4DV4 K; 4KHP K; 1XMO K; #chains in the Genus database with same CATH topology 5BRF A; 1T8E A; 2QWN A; 4DQS A; 2Q3S A; 4JI4 K; 3LP0 A; 1QQN A; 1X9M A; 3ZT4 A; 3GE1 A; 3H3N O; 1QSS A; 4J2E A; 4KO0 A; 2G8K A; 1I3A A; 3M1F A; 3O3F A; 1GLD G; 1SL2 A; 3QEP A; 3GG4 A; 4FJH A; 1JLE A; 1JCG A; 3VF4 A; 3SAG A; 3MWP A; 3OBY A; 5C0Y A; 2GUI A; 2PFU A; 3AY9 A; 1HPM A; 4DFM A; 2Y1I A; 3DRR A; 4JNE A; 1NJI O; 3EKU A; 4OLA A; 2ZM6 K; 3IS9 A; 4K8Z A; 5AQW A; 2NRV A; 4U67 L; 3AVN A; 5HBM A; 3GL1 A; 3TAB A; 4HWI A; 4WFA L; 4CBU A; 3CQX A; 5C15 A; 3VES A; 1FKO A; 4B1U B; 1TV6 A; 3U8X A; 4IEI A; 3ZCM A; 4JD2 A; 4H5N A; 3NF7 A; 3ID8 A; 1EQY A; 4Z4F A; 2E2O A; 2X74 A; 4OGC A; 3WXK A; 4JK8 A; 1CZB A; 2ZGZ A; 4R79 A; 3QLH A; 1O13 A; 2Q2R A; 3THY B; 3SPY A; 1J5O A; 3G4S N; 3J7Z O; 1K6Y A; 4FWO A; 4C8L A; 3RMB A; 2FC0 A; 3BEX A; 3UKR A; 3ZEU A; 4KPY A; 3FGU A; 4CHZ A; 5AZJ A; 1QVG M; 1N34 K; 2D0B A; 3KJV A; 3KLI A; 2P9U A; 2IVN A; 2UYT A; 1NMD A; 1WAJ A; 3T19 A; 1RT2 A; 3CJC A; 1VSK A; 3RR8 A; 1RNH A; 4K0K K; 3M5R A; 3V1Q A; 3L3V A; 4QCL A; 2HMI A; 3BF3 A; 2QXF A; 1J53 A; 3QB0 A; 4B1X B; 4ISF A; 4BVO A; 3U3Y A; 4E3S A; 1NGJ A; 4QS7 A; 2KW4 A; 4RWT A; 1SZ2 A; 3K59 A; 1L5U A; 2G8W A; 1U04 A; 1TVR A; 4CEC A; 4M3U A; 1U2V A; 3RWU A; 3S41 A; 1KTQ A; 1Q9X A; 1NGH A; 4DSL A; 3H46 O; 1R0A A; 3EZ5 A; 4M7Y A; 1WSG A; 1MU2 A; 4FJI A; 4F9O A; 2I5J A; 1NGG A; 4H4O A; 2GTD A; 3CJ1 A; 3QET A; 3PX4 A; 3ZT1 A; 3WQU A; 4HCC A; 5HL7 L; 3LAM A; 4IOA L; 5F2R A; 4I7F A; 4B08 A; 4KRF A; 4DR6 K; 3CM5 A; 4BG8 A; 3AGR A; 3OJU A; 2RN2 A; 3QNO A; 3KWG A; 3V81 A; 3P1G A; 1B9D A; 5M1K A; 4AHT A; 3U9Z A; 3VEY A; 4CK3 A; 5I42 A; 4E7K A; 3WXM B; 4RCH A; 4MDB A; 3R1X A; 4GVM A; 5FPN A; 2B4J A; 5C2F A; 3MX2 A; 1BA1 A; 2KLA A; 3MMV A; 3SAH A; 1I39 A; 2I7P A; 5AR0 A; 5FRO A; 2P9N B; 5BN8 A; 3G6E N; 2F8T A; 4F8R A; 5AQQ A; 2E1Z A; 3QML A; 3E01 A; 2A42 A; 2IGI A; 4NLB A; 3L3U A; 1RT7 A; 5DK5 A; 5HP1 A; 3N4Q A; 2UXC K; 2UXD K; 3TWH A; 2D1K A; 4BRC A; 4CCH A; 4FZY A; 1RBU A; 1S3X A; 1TK0 A; 4E7J A; 4I6M B; 4AHV A; 4NXN K; 3S3M A; 5JVG L; 2VYP A; 4JAX A; 3SQ2 A; 4XEI A; 1K8A O; 4A5A A; 1X9S A; 4BWJ A; 3L4Q A; 4KHS A; 1BIZ A; 4N47 A; 2KKZ A; 3DRP A; 4LF8 K; 3TAQ A; 1VSH A; 2B5J A; 3BGR A; 4XH5 A; 5GAG P; 3PUF A; 5KGW A; 1RTD A; 4FJ9 A; 4CIG A; 1RDB A; 1V4T A; 3TTD A; 3C6A A; 2O4G A; 3SV3 A; 3WT0 A; 3FLC O; 4BC5 A; 1VSM A; 2P51 A; 1E4F T; 2VQF K; 1C0F A; 3EKS A; 5LMU K; 1KRP A; 3KD5 E; 4MO5 A; 1EP4 A; 5CR4 A; 1QQO A; 3M8R A; 2VWK A; 2EX3 A; 3H08 A; 2HNY A; 5AQP A; 4EP4 A; 3HVT A; 4O0J A; 2HHW A; 3G25 A; 4JKG B; 3VQ9 A; 2VCP A; 4AHC A; 2OZS A; 3OYA A; 1NU0 A; 4EP5 A; 2JGU A; 3C95 A; 3WNH A; 1IBL K; 4IFE A; 1ZXO A; 4CIF A; 3D7E O; 3RMA A; 3ZX0 A; 4FJN A; 1IH7 A; 5AQL A; 1DTQ A; 5CYQ A; 4N41 A; 5EOY A; 3SBG A; 4JS5 A; 3V9U A; 2Y1J A; 1GOB A; 3ENO A; 1GLB G; 2ZGY A; 1XC3 A; 3O08 A; 5J2P A; 3QEW A; 1HMV A; 1IJJ A; 2O8F B; 1QQM A; 3CER A; 4WQ5 A; 3LPU A; 4CGI A; 4JKF A; 1LOT B; 3QBW A; 3ZSQ A; 4CZH A; 3QNN A; 1D9F A; 4ICL A; 3RRG A; 4DFK A; 4I6M A; 4LF7 K; 4NCB A; 5MLC Q; 3ULE A; 1DGK N; 4BRN A; 4LFA K; 3M8Q A; 4W5T A; 3VQA A; 4CES A; 2A1S A; 4I9Q A; 4BR2 A; 2XHB A; 4G9Z A; 1WBD A; 2O8D B; 2F9W A; 4BGA A; 2P9K B; 4CZE A; 1KCF A; 1W0H A; 5FRM A; 5FLX O; 1RIL A; 4WF9 L; 3KLH A; 3OW2 M; 1S9G A; 3CYM A; 1D4X A; 3O9Q A; 1HUX A; 1CZ9 A; 5KQ8 A; 3VF2 A; 4FO0 A; 3THX A; 1P8Z A; 5EY4 A; 3IAY A; 1EKE A; 5E41 A; 4BDY A; 2YJE A; 1XNR K; 3ENH A; 4NO7 A; 4O44 A; 4BGB A; 3D2F B; 5ELZ A; 2XO7 A; 4OPH A; 3CCE N; 1XMO K; 4XH1 A; 1NM1 A; 1K8K A; 2YHW A; 1U4B A; 2W40 A; 3HBT A; 3ZET B; 3THW B; 1WSJ A; 3G0Z A; 1NKB A; 1XHX A; 2V51 B; 2A5X A; 3EE8 A; 4OPK A; 1RFQ A; 2ZWH A; 1KXP A; 4CEB A; 3NFA A; 4BQZ A; 4BR9 A; 3PSI A; 4M41 A; 1VQL N; 1RDA A; 3CM6 A; 4AHR A; 4BAC A; 4B1V A; 1NK0 A; 1EWQ A; 4FSV A; 1P90 A; 3CCL N; 4NYN A; 1LCU A; 1LWE A; 2Q0R A; 2EHG A; 4FJL A; 1YI2 N; 1YF5 L; 4CFC A; 1N33 K; 1GLC G; 4GVE A; 2HOE A; 4F3T A; 3CD6 N; 3CCQ N; 2UU9 K; 1YT3 A; 4Z94 A; 3AO3 A; 1J54 A; 4GW6 A; 4GY2 B; 1BI4 A; 4FPB A; 4B1W B; 3M6G A; 1NJW A; 3BP8 A; 2YHX A; 3JYT A; 4FWS A; 4FWL A; 1YAG A; 4ZHR A; 5GAD P; 4BRF A; 1MWK A; 3SCX A; 5JS2 A; 4DSJ A; 4X65 K; 3KLG A; 1ILY A; 4BRA A; 4IFY A; 1D5A A; 4N56 A; 4DV5 K; 5K14 A; 5AQX A; 1KVA A; 2JWK A; 2G8F A; 4BRH A; 2PYL A; 4JI7 K; 4M7X A; 1BIS A; 2RPI A; 3UKU A; 2D4W A; 3MX5 A; 4NYF A; 4FPA A; 1YVN A; 3FFK B; 3K5N A; 4F2S A; 1A5V A; 2YV0 X; 4LD0 A; 4IG0 A; 3L2V A; 3V4I A; 3CQ8 A; 2HBL A; 4M3W A; 4C8O A; 4FJJ A; 4DTX A; 3PIO L; 5AQZ A; 3TI0 A; 1VSI A; 1ZBF A; 4RW7 A; 1BDG A; 1HNZ K; 4JKC A; 4MO4 A; 3NVM A; 1NKC A; 3LDS A; 2LSN A; 1N5Y A; 3HXM A; 1TGO A; 1C0G A; 4YOW A; 3HPG A; 2QK9 A; 3TSP A; 3V9S A; 4B9T A; 3AAQ A; 2W6K A; 1ZC6 A; 1QHA A; 4YFU A; 1NGF A; 1KSP A; 2F4V K; 4HUF A; 2UUB K; 4YOU A; 5M1N A; 4FK2 A; 3WEE A; 1HJR A; 3SK3 A; 4X66 K; 1ZBH A; 4IOX A; 2O4I A; 3I0S A; 3I0R A; 1WSI A; 4OKK A; 4QS9 A; 4IDH A; 4H0T B; 5M1P A; 1OH6 A; 1RT3 A; 4FM0 A; 2HHT A; 2OA8 A; 1IV0 A; 2QTD A; 4FK4 A; 2VGN A; 3PX6 A; 1W7A A; 3ZLJ A; 4BRG A; 2E20 A; 1TKX A; 3L2R A; 3HO1 A; 2FSK A; 2BUP A; 4WCE L; 1C0M A; 3LDL A; 2IIR A; 1SKR A; 1K9M O; 1TKT A; 5BPM A; 3D2E A; 3TTC A; 4HTU A; 1DLO A; 1IKY A; 3O80 A; 2E6L A; 3HPH A; 1ZBS A; 3VQ8 A; 3QEI A; 4YOY A; 3RMD A; 4MDA A; 1I94 K; 2IOC A; 4H5W A; 4IJA A; 1YXQ A; 1QHT A; 5FPD A; 3AVC A; 4W5Q A; 2DFE A; 5C10 A; 3DMJ A; 3MN9 A; 4A57 A; 3O5B A; 2OCE A; 2KTQ A; 4IEE A; 4Q0B A; 3QIO A; 3K5M A; 5AQK A; 5J2M A; 4B9L A; 3BZK A; 2HVI A; 4OGE A; 5E84 A; 4E7I A; 3QIP A; 3RMC A; 1YTA A; 1BQM A; 2A6A A; 4KHW A; 1QE1 A; 4JI5 K; 1HQU A; 5JLH A; 4CEA A; 2D0O A; 2YX6 A; 2FBY A; 5AQH A; 2FBX A; 3NDK A; 1Q81 O; 3ID6 A; 3QO9 A; 2HVH A; 2QXL A; 1LW2 A; 4BRM A; 4FLY A; 1WN7 A; 3EE9 A; 1NGD A; 4FM1 A; 3CC7 N; 3KKR A; 3ZEU B; 3UKR B; 4JYA K; 3MWT A; 3HP9 A; 2FLO A; 4O5F A; 3DYA A; 4BVP A; 1RDD A; 2WTU A; 1KAZ A; 2P9U B; 1MA9 B; 1RBV A; 3KLF A; 5AQF A; 4E19 A; 1U48 A; 3DXK A; 1KC8 O; 3IDH A; 3QEV A; 3VQ5 A; 3OYC A; 3CJ7 A; 1IKV A; 4DQ8 A; 4WQ4 A; 4A5B A; 2FBT A; 3SMP A; 5A2Q O; 4MFB A; 3HZ6 A; 1KQS M; 1HYS A; 1WUA A; 2B6A A; 4FZZ A; 1X1P A; 4GNI A; 1H1V A; 5KI6 A; 2RKI A; 4JI3 K; 3C94 A; 4G1Q A; 1T6D A; 1U2V B; 3VGM A; 1HKG A; 3R9P A; 1XC9 A; 4FCY A; 2XY5 A; 3NGY A; 1UOC A; 2KFZ A; 1LWC A; 1BIU A; 1ESV A; 3VEN A; 1N32 K; 3IRX A; 2E2P A; 4L8R B; 5AQO A; 1N36 K; 1L3T A; 1Z05 A; 3DJC A; 4BRP A; 2RHK A; 5JMV A; 2HHU A; 1HYZ A; 2YNH A; 3EYZ A; 4KKO A; 4FLX A; 2WON A; 1L3U A; 4Z4I A; 2HND A; 2ATQ A; 3C65 A; 2VWJ A; 1A5X A; 3HOT A; 5C24 A; 5TKY A; 4QS8 A; 3TR8 A; 4H0Y B; 1GOC A; 4I9L A; 4FJ8 A; 2BAN A; 3IUC A; 1QQC A; 4CEZ A; 3CCS N; 1CXQ A; 4FLZ A; 4DSE A; 5AQS A; 3A0I X; 3DI6 A; 5B8H A; 1NK4 A; 2KQ2 A; 3J81 O; 4MLH A; 4O55 A; 5ADX H; 4JI0 K; 3QBX A; 3CF5 L; 4DV4 K; 5AFU H; 5GIO A; 1NWK A; 2DY4 A; 5FDL A; 4H0P A; 4AQY K; 1YJ9 N; 3G71 N; 5J2N A; 4FW1 A; 3AVF A; 3A2F A; 3M8S A; 3S9H A; 4E7H A; 1NKE A; 4WYB A; 3FFI A; 5SZT A; 1BCM A; 1LAW A; 5J1E A; 2UUC K; 5AQI A; 1NJX A; 3VET A; 2HW3 A; 1FW6 A; 4CI6 A; 3HP6 A; 4DUY K; 4FWN A; 1KLM A; 4HUG A; 2FF3 B; 3LDP A; 5JVH L; 1IG9 A; 3DM2 A; 3LWM A; 2GWJ A; 4MQ3 A; 2QM1 A; 4CGF A; 2FSN A; 3ZSO A; 3DOL A; 4FL9 A; 1KD1 O; 3G10 A; 2VG6 A; 1IKX A; 1SL0 A; 3LP3 A; 3DLG A; 5CHI A; 1E3M A; 4B3R K; 3ASM A; 2HBJ A; 4Z4H A; 2HBK A; 1OH7 A; 2KFN A; 2CGL A; 2E4L A; 3QFU A; 4B9Q A; 3T1A A; 3HT3 A; 3LP1 A; 4ELT A; 4OPJ A; 4PKH A; 2QEX N; 4KRE A; 3TSQ A; 3HPO A; 3WXL A; 1ASU A; 4JKH A; 1EXQ A; 4KTQ A; 1BA0 A; 3VTH A; 1NGB A; 3LAN A; 2D5R A; 4CF8 A; 1D9D A; 3OS0 A; 3THV A; 1HKB A; 4ID1 A; 3ZSX A; 3UB5 A; 2O8C A; 3T3F A; 4CFB A; 5BR9 A; 1T7P A; 4KH5 A; 4B8C A; 3O4W A; 3VQE A; 4DG1 A; 4HHT A; 2IVO A; 3SUQ A; 3KD1 E; 2ZJQ L; 5H1S Q; 4DSF A; 1F21 A; 4M45 A; 3KK1 A; 3HM9 A; 4FOE A; 3PIP L; 4CD3 A; 4NCA A; 3ULD A; 4DV3 K; 4DTR A; 4OPA A; 4LFB K; 1GLJ O; 3OYG A; 2KZZ A; 4DSI A; 3KKS A; 1KLN A; 4EZ6 A; 2QWR A; 4CK1 A; 3VQ7 A; 4GMJ B; 3OYK A; 1KVC A; 3J80 O; 4DU4 A; 4MLE A; 4CFA A; 1BG3 A; 1VQ9 N; 4RW8 A; 4H8K A; 2E2N A; 5M1Q A; 2AJQ A; 1EWR A; 3ZX3 A; 1YHQ N; 4M3Z A; 1J6Z A; 3ULE B; 1YIJ N; 1NLV A; 3DLB A; 5C42 A; 3CPW M; 4FWR A; 3WNE A; 4DF4 A; 3VPZ A; 1S72 N; 5KPR A; 3AVM A; 3SI6 A; 4DUZ K; 3VEO A; 4FJG A; 2FF6 A; 2W41 A; 4KI4 A; 3ZSR A; 4FXD A; 1HNI A; 3SUO A; 1TL1 A; 3IFR A; 2E1Y A; 4DV0 K; 4H4M A; 2OPS A; 4DTS A; 1GLF O; 3CJB A; 4LY7 A; 4FVU A; 2GV9 A; 4DTJ A; 1KAY A; 2HHX A; 1G15 A; 4FW2 A; 3OYI A; 3KLE A; 4WE1 A; 4JRQ A; 3THX B; 3DLK A; 4IFV A; 4DV1 K; 4LF4 K; 3AO2 A; 2FSJ A; 3BUZ B; 3IG1 A; 2WC9 A; 3B8A X; 1X9W A; 3WXI A; 2YCH A; 1K8K B; 4K42 A; 4V19 S; 3CQY A; 2V7Z A; 4OKE A; 4ILJ A; 1KFD A; 1LAV A; 4CJW A; 1WLJ A; 4BC2 A; 2NRZ A; 3F9K A; 3HVR A; 2QWO A; 3VEX A; 1HRH A; 2UXB K; 4B9M A; 3CI5 A; 3WNF A; 2H3G X; 3FZM A; 2GEL A; 2KZM A; 1VK0 A; 4BQL A; 2ZQB A; 5GIP A; 4JI6 K; 3P83 D; 5IT9 O; 3LM9 A; 3L0Q A; 3S3O A; 3DXM A; 5FPE A; 4GKJ K; 4KV8 A; 1VQO N; 4WQ5 C; 4HUE A; 5AZI A; 3I8B A; 3LDO A; 4FWK A; 2XY7 A; 3QER A; 3HRG A; 1BI4 B; 3SJH A; 4IG3 A; 3AO1 A; 1ITG A; 4DHY A; 4ISE A; 3VEZ A; 1N6Q A; 1S1X A; 3CCM N; 2O8E A; 1Q82 O; 4FJX A; 4OX9 K; 1BHL A; 4BDP A; 3O1W A; 2HHQ A; 3RR7 A; 4F2R A; 3O9R A; 2G8U A; 2PBD A; 3MEE A; 3OYJ A; 2EWS A; 4M3Y A; 4UQG A; 4LF6 K; 2ASM A; 1VQ7 N; 3B6P A; 1XHZ A; 4IDK A; 4LSL A; 5TKW A; 4PKI A; 3UKU B; 4CJ3 A; 1SKW A; 4BE2 A; 2A1R A; 3AA5 X; 1JXB A; 1ZBL A; 1S1V A; 3U3G A; 1VHX A; 3WUH A; 4ILG B; 4RW6 A; 2NRT A; 5JLF A; 1Q18 A; 1T6C A; 3VQP A; 5C2D A; 4DLG A; 4JKE A; 4BRO A; 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