The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
214
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structure length |
207
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Chain Sequence |
GAMDHVEFGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEIALYQPSSGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDVTDLFATQPGLTSAVIDALPRNMVITCQGSDDIRKLLESQGRKDIKLIDIALSKTDSRKYENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEKEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLNTSVLRAVLPRDMVFRTSPRVVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| molecule keywords |
RNA (5'-R(*(GTP)P*GP*GP*C)-3')
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| publication title |
Structures of Arenaviral Nucleoproteins with Triphosphate dsRNA Reveal a Unique Mechanism of Immune Suppression.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Lassa virus
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| total genus |
58
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| structure length |
207
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| sequence length |
214
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4GV6 A; 3Q7B A; 3MWP A; 3Q7C A; 3R3L A; 4GV9 A; 4GV3 A; 4FVU A; 3MX5 A; 4GVE A; 3MWT A; 4G9Z A; 3MX2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HVH A; 3HXM A; 1U47 A; 3LDO A; 2I7P A; 2RE2 A; 1UAX A; 1X9M A; 4JLH A; 4I6M A; 1FXX A; 1ITG A; 4I2P A; 4FO0 A; 4WFA L; 2Z1G A; 4B9M A; 1WOQ A; 1RDC A; 1TKX A; 2XY5 A; 4MO4 A; 3T19 A; 1BWF O; 1JXB A; 1VRU A; 1P90 A; 4ILJ A; 1IG8 A; 1FKO A; 5E26 A; 5TKY A; 4JV5 K; 4CJR A; 4DTJ A; 4CBU A; 4YDU A; 1T7P A; 2DY4 A; 3HST B; 2D0C A; 4LFB K; 4KI4 A; 4K42 A; 4CK1 A; 2E6L A; 3MED A; 3CCM N; 5KQ8 A; 2YJF A; 3OYK A; 1ATN A; 4C8N A; 3TR8 A; 2YCH A; 4DF8 A; 4KHP K; 1HQU A; 4CEQ A; 3SMP A; 4O4G A; 1KFD A; 2GUP A; 2FF6 A; 1SL1 A; 4R5P A; 5AQU A; 2XY8 A; 2NNW A; 1N8R O; 1E4G T; 2YHB A; 1TKZ A; 5KI6 A; 5C15 A; 4CIG A; 4FWR A; 3MX5 A; 4H0P A; 1KRP A; 2A1S A; 1FJG K; 1NBW A; 5GAG P; 3B8A X; 2W6K A; 5C12 A; 4JI7 K; 5FPM A; 3KD5 E; 3E01 A; 1NOZ A; 3FZF A; 2FSJ A; 1EET A; 4CZG A; 5HRS A; 4BG9 A; 3F9M A; 3HP6 A; 3OYH A; 4CZH A; 5HL7 L; 4DSE A; 2W40 A; 2V52 B; 3V9U A; 1BU6 O; 4BWM A; 3MN7 A; 3U3G A; 4FJL A; 4CBX A; 3J7A P; 1EO1 A; 3ZYY X; 3HTV A; 2VG6 A; 3QB0 A; 4CJP A; 3ULD A; 3CQ8 A; 2AP1 A; 2QWL A; 2P9K B; 4F2R A; 3K5N A; 1T44 A; 2AA4 A; 4DR6 K; 5EVZ A; 1NM1 A; 5LJW A; 4DTM A; 1YHQ N; 5AQQ A; 1NJZ A; 4E0D A; 3CPE A; 4XEI A; 4QAG A; 1QQO A; 2HMP A; 1VSF A; 1RNH A; 4A5A A; 3DLE A; 1D5A A; 1IV0 A; 2VCP A; 4CED A; 4XH4 A; 2YJE A; 5AQX A; 4KH6 A; 5AQN A; 1NGI A; 5M1Q A; 1C1B A; 4V19 S; 1TYQ A; 3QNN A; 1RT5 A; 3KLI A; 3A5N C; 1XMO K; 3QEW A; 1D9D A; 5GAE P; 1YIT N; 3NCI A; 4EZ9 A; 1QHA A; 3MWT A; 3OS0 A; 1OVQ A; 3VEO A; 1G15 A; 3MN9 A; 3KLH A; 1OH5 A; 2IDO A; 4PY5 A; 3J7Y P; 4O44 A; 1Z26 A; 2VGN A; 1IKY A; 1EKE A; 4YHH K; 3CCQ N; 3QIO A; 2YHW A; 3SJH A; 2O8E B; 4YOY A; 3K9J A; 1HR0 K; 3K58 A; 2ZJP L; 4CZL A; 4UY8 O; 2ZD1 A; 4CJW A; 5KGX A; 2KQ2 A; 5KGW A; 3K5O A; 2Z1H A; 2HVI A; 1IO2 A; 3LP2 A; 3KTQ A; 4CHZ A; 3HOS A; 4HUE A; 4NLB A; 2G8U A; 4EP4 A; 1TUY A; 2B4J A; 4CEO A; 1RDU A; 3SI6 A; 4B3O A; 4B9L A; 1DLO A; 3SBG A; 1NMD A; 3OBW A; 3TAN A; 3CG7 A; 4BRP A; 1X3M A; 3CJ1 A; 1W2B M; 1E3M A; 1WSE A; 4CFC A; 4CJU A; 3VTH A; 4W5T A; 3HRG A; 3WXK A; 4GMJ B; 4BC3 A; 5M1F A; 1YTA A; 3MEC A; 3IRX A; 3P83 D; 4LF8 K; 2D0O A; 1ATR A; 3CJB A; 4E7H A; 4NXM K; 4JRQ A; 4B1Y B; 5C2D A; 3VQ7 A; 3P38 A; 4FWM A; 3ZSW A; 3NBP A; 3B6P A; 5KRT A; 3ZX2 A; 3OYG A; 2BDP A; 4CJ7 A; 3KJV A; 4AHV A; 3HYF A; 1FK9 A; 1NKB A; 1LWF A; 4U67 L; 4JRP A; 2DFF A; 3G6E N; 2FBT A; 4A5B A; 4M3U A; 4UQG A; 1XNR K; 4DMN A; 4DTO A; 1X9S A; 2OPP A; 4CHN A; 3L4Q A; 5GIO A; 2D0B A; 2HND A; 3ZT3 A; 3OYM A; 2DPN A; 1DTQ A; 2Q97 A; 3DLG A; 5CZ1 A; 1U2V A; 4LD0 A; 2E2O A; 3EEQ A; 4AM7 A; 3G10 A; 3FZK A; 1L3V A; 4MLH A; 4BRF A; 3KLE A; 3EZ5 A; 1MU2 A; 1P8Z A; 2VWK A; 4BY9 C; 1DEJ A; 4M45 A; 3D6R A; 3CM6 A; 1N33 K; 4RW4 A; 3NVK A; 2WC9 A; 4FZX C; 1RIL A; 3O9R A; 3CPW M; 4HTL A; 4PKI A; 1QQC A; 1GLB G; 3PSI A; 5BPL A; 1EWR A; 4Z0U A; 3MXJ A; 2E2N A; 4DQP A; 3ZX3 A; 3K2P A; 2QWM A; 2RPI A; 3L3U A; 1IKW A; 3AVF A; 2NRZ A; 4CF9 A; 4BVO A; 2HW3 A; 1S72 N; 4DTX A; 3QML A; 4PL8 A; 3AGK A; 3RR8 A; 3J7Z O; 2E2P A; 2F9T A; 2CGK A; 2HOE A; 4KPY A; 4XIU A; 1S9E A; 4PKG A; 3WEE B; 3N4P A; 1U45 A; 3E9P A; 1WBD A; 2VG7 A; 1YJN N; 5AZJ A; 3LDN A; 5A2Q O; 4CGD A; 3AVH A; 3OHR A; 2Y1I A; 4H5V A; 3M5R A; 3D0P A; 4DTP A; 1J5E K; 2DTU A; 2PBD A; 1NK6 A; 2HHX A; 4CI6 A; 1NJY A; 4JAX A; 3LDS A; 4E89 A; 4JI2 K; 1M90 O; 5JS1 A; 4LF9 K; 3BF1 A; 3T1A A; 4M3R A; 4BRO A; 4ISE A; 1S22 A; 1S1X A; 4IJN A; 2IGI A; 1RT1 A; 1KVA A; 2VQF K; 4BQZ A; 3T3F A; 5ADX H; 2WON A; 3M8Q A; 3C7N A; 2GX9 A; 4DTN A; 2G8I A; 4DV1 K; 1XUP O; 1NGF A; 1Q7Y O; 2QXF A; 2V51 B; 5HRN A; 2PYL A; 4E7J A; 4QS8 A; 3MEG A; 3G25 A; 3TSP A; 4BRK A; 3THX A; 3R8E A; 2OCE A; 3F9K A; 4GKK K; 4M3Y A; 1O13 A; 4H5W A; 3SNN A; 3C6U A; 4QOZ B; 1BO5 O; 5FPE A; 5JLF A; 1EWQ A; 1N34 K; 4DU4 A; 4NYN A; 1S3X A; 2PY5 A; 2A1R A; 1NOY A; 3OJU A; 1C1A A; 1HPM A; 4KTQ A; 5EX5 A; 1VQL N; 3OYN A; 2OA8 A; 3THW B; 3A5O C; 3M8R A; 4WFN L; 4CJS A; 1NGB A; 4IZ9 A; 1UA1 A; 4KTW A; 1J54 A; 3QET A; 4E3S A; 2KW4 A; 3PX0 A; 3V9Z A; 2FBY A; 3SAF A; 4CJF A; 4Z4H A; 2H3G X; 2F8S A; 3ATU A; 4J8F A; 4F3O A; 1YT3 A; 1BHL A; 4NCA A; 3BP8 A; 4JKG B; 3DRR A; 5SZT A; 4JKF A; 4DU3 A; 3TTF A; 4B08 A; 3I8D A; 1C1C A; 3HT3 A; 3TAE A; 2P9L A; 2WOM A; 3CFO A; 3VOV A; 4CF0 A; 3SV3 A; 4JK8 A; 3D2F A; 4C8K A; 2A5X A; 2E4L A; 4DV4 K; 5AJ3 K; 2CH5 A; 4L3Q A; 2G8K A; 2F7T A; 1REV A; 2KLA A; 3SZ2 A; 3E1Y A; 3CME N; 3H3O B; 3DLR A; 4IG0 A; 1NJW A; 2HHW A; 2Q3S A; 2O4I A; 3CM5 A; 4FWL A; 3UKR B; 5I9E B; 3N4Q A; 5BN8 A; 3NDK A; 5AQK A; 1BIS A; 4O8K A; 4CEA A; 1GLF O; 4CGG A; 2NUB A; 3OYL A; 4FM1 A; 1RT3 A; 3TTC A; 3VGL A; 3HVR A; 3E9O A; 3MDQ A; 3FZL A; 3BDP A; 5FRN A; 4RWT A; 1JLC A; 5LMN K; 2KKZ A; 3DXM A; 4DB3 A; 4H4M A; 3SMS A; 3OYB A; 4GVE A; 2HBK A; 4E7I A; 1VQM N; 4AM6 A; 2ASP A; 4F8R A; 1KCF A; 5AQW A; 1KAY A; 2UXD K; 1IG9 A; 1F21 A; 1BI4 B; 4BR4 A; 2ITM A; 4FJM A; 5C25 A; 4Q5V A; 3AVL A; 4OJR A; 3ATV A; 4N76 A; 4WQ5 A; 2XY6 A; 1BA0 A; 2PZS A; 4H5T A; 3VEY A; 4FJ5 A; 2P9P B; 3QEX A; 1WSI A; 3OY9 A; 4LF7 K; 2E8A A; 3QFP A; 4I9Q A; 3GE1 A; 1K8K A; 3W0L A; 4XH1 A; 4FJI A; 4FM2 A; 4CEE A; 3QEP A; 4BRG A; 1NMN A; 3LWM A; 3O4Q A; 1B9F A; 5HRO A; 4LH4 A; 4MDB A; 1CXQ A; 5JVG L; 4W5O A; 3O3H A; 1B9D A; 4DV3 K; 4JKA A; 3EL2 A; 3ULE B; 3D7E O; 2YKN A; 1JJ2 M; 3OYI A; 4EFH A; 4DQI A; 3KZB A; 3VF4 A; 3MMV A; 2D5R A; 1M1K O; 1DKG D; 2Q0R A; 1RDB A; 1J6Z A; 4HCC A; 3AVI A; 1LW2 A; 1B92 A; 4O5F A; 4M3Z A; 3DLH A; 1KAZ A; 1O1W A; 1VSL A; 5F2R A; 4CD3 A; 4J2D A; 1HQE A; 4K41 A; 3WNE A; 3AO5 A; 4EHU A; 1ZBU A; 5LY3 A; 3ENH A; 4CHO A; 4L8R B; 2IIR A; 4PHT X; 3L2U A; 4RW8 A; 4H0O A; 4RW6 A; 1VAZ A; 3NF8 A; 5FDL A; 1QVG M; 1S5J A; 3HM9 A; 4KB1 A; 3ID6 A; 3C94 A; 4H0Y B; 1L5U A; 2QEX N; 3SJJ A; 5JS2 A; 1N36 K; 5AZI B; 4DLE A; 3AO1 A; 4KFB A; 3T1Y K; 2FBV A; 3SQ2 A; 3V9S A; 1VHX A; 1NKC A; 3CCE N; 4BR5 A; 5DM7 L; 4JK7 A; 4AHU A; 1RDA A; 4C8L A; 2GUI A; 2QKK A; 4HUG A; 4BG8 A; 4K8Z A; 4I2Q A; 3G4S N; 1YAG A; 3HPG A; 1WUA A; 1VSM A; 4FLT A; 3GG4 A; 1I94 K; 4PA1 A; 2OZM A; 1WAJ A; 3VQ8 A; 3CJ9 A; 1VQ6 N; 2RF2 A; 4GV3 A; 4BRA A; 1NK8 A; 1VQP N; 4I6M B; 3LPU A; 5FPD A; 3J80 O; 3NGY A; 3LZI A; 1J9A A; 1GLJ O; 4R79 A; 3PY8 A; 3AVK A; 1U4B A; 4K43 A; 4CJ3 A; 1OH8 A; 1RTH A; 1VSE A; 1KC8 O; 3MN5 A; 2FF3 B; 1IBK K; 2E5L K; 3SLC A; 4OGC A; 5KRS A; 2HHV A; 1TL3 A; 2UUB K; 4IOX A; 4IOA L; 3D2E B; 1C0U A; 4JI3 K; 2W42 A; 4FCY A; 3OA9 A; 1D9F A; 4F4K A; 3SBT A; 1S1V A; 3A5M C; 3ZET A; 3NH2 A; 1NU0 A; 3H45 C; 1HYV A; 4DQR A; 1NG9 A; 3SQ1 A; 4JKB A; 4JI1 K; 3CHW A; 5B8H A; 1JCF A; 3KWI A; 4BE2 A; 3P1G A; 4OX9 K; 3FZM A; 4B3M K; 2G8W A; 4BQL A; 1ZBS A; 3RR7 A; 3H1Q A; 4FZY A; 3A5L C; 4I7F A; 1VQN N; 2P9N A; 4GY2 B; 2OAN A; 3O9T A; 4KKO A; 4YOV A; 3TI0 A; 1TAU A; 3TWH A; 4DU1 A; 1KLN A; 3VQQ A; 3CCU N; 1JLE A; 1Z25 A; 4OPK A; 2E20 A; 1C0T A; 3Q7C A; 2EHG A; 3LP0 A; 3S3M A; 1YVU A; 3CQX A; 2QTD A; 4A59 A; 5AQR A; 1TKT A; 3ALY A; 1GOB A; 4FVM A; 4CK3 A; 3A2F A; 1RDW X; 2P9I B; 3IUC A; 1Q8I A; 3VEN A; 4X65 K; 2QXL A; 2OTJ N; 1HNX K; 4CJT A; 4OLB A; 3ZX0 A; 5SWM A; 4N56 A; 3VPZ A; 1OH6 A; 2QWN A; 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1LWC A; 1U6Z A; 2QK9 A; 1ESV A; 1XNQ K; 3ZEU B; 4E1J A; 5AQZ A; 3D45 A; 1YF5 L; 2O8E A; 3V81 A; 4M3T A; 3HP9 A; 1U2V B; 3EE9 A; 1X3N A; 3TAB A; 4FK4 A; 2BH1 A; 1HYS A; 3CQY A; 3CIP A; 5EOY A; 4CJQ A; 2YX6 A; 4F3T A; 4IOC L; 3M8P A; 1GLC G; 4CF1 A; 3V6D A; 1S9G A; 3NGI A; 4BE1 A; 1X9J A; 1NK9 A; 1HMV A; 3HBT A; 1NGJ A; 3O80 A; 1NWK A; 3VTI A; 2QKB A; 2FXU A; 4MDA A; 5BR9 A; 2WBN A; 5AQS A; 1KD1 O; 1QZ6 A; 3RRG A; 2OZS A; 4FW1 A; 2HHS A; 4EAH D; 3TAF A; 3KD1 E; 4NCB A; 4BRC A; 3L4I A; 4J2B A; 3V1Q A; 3R9P A; 1W7A A; 2YHY A; 3KLF A; 4FWO A; 3CYM A; 3LDQ A; 3B6O A; 4PUO A; 1SQK A; 1VSJ A; 3FZH A; 5KPZ A; 1RGI A; 1RTJ A; 2UYT A; 1BG3 A; 2E1Z A; 2Z1I A; 3F5T A; 4KHN A; 1N5Y A; 3LAM A; 3CC4 N; 5AQT A; 5CYM A; 4ZTF A; 1BDG A; 1HNV A; 4BR2 A; 4AF1 A; 1LCU A; 3FR0 A; 3WNH A; 1BCO A; 3BGR A; 3QIC A; 1SKR A; 3QFU A; 4DR7 K; 1R0A A; 2O8F B; 2XHB A; 2A6A A; 2FC0 A; 4HTU A; 4O0J A; 4BC2 A; 1TKD A; 3CCV N; 4H0T B; 3SYZ A; 5AQG A; 1WLJ A; 2NLX A; 3AVG A; 2NRW A; 4GV9 A; 4AHS A; 3NF7 A; 5GIP A; 4DFK A; 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