4HHTA

T. maritima rnase h2 g21s in complex with nucleic acid substrate and calcium ions
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
229
structure length
220
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEASRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSRLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVDGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKSVVFRKER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease HII
publication title RNase H2 roles in genome integrity revealed by unlinking its activities.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 75
structure length 220
sequence length 229
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hhtA00
2EHGA 4DS5A 1Z25A 1HRHA 1REVA 4CJ3A 3VQ7A 4K8XA 3V4IA 2DTUA 5FROA 1VSHA 1U49A 1LW2A 1S1VA 3DLRA 3M8RA 3KD1E 3CG7A 3O3FA 3OY9A 1ZYQA 2HVHA 2F96A 4KHUA 3HVTA 3ZT4A 4M3UA 3BGRA 3AO1A 1FKOA 4E7HA 3VN5A 3RMCA 4FZYA 3C94A 5EU7A 1I39A 3VQ9A 3VQBA 3K57A 3RMBA 1QSLA 1NK7A 3OVNA 4H4OA 4F4KA 1ZBFA 1CZBA 4B8AB 4FK2A 2JLEA 4OKEA 4LD0A 1R0AA 1NJWA 3O3GA 1SKWA 2G8VA 4FJ8A 4AHSA 2F8SA 1GOCA 1BHLA 4I2PA 3SI6A 2KTQA 3NH2A 2HB5A 2RN2A 3ZSXA 3AV9A 4Y1DA 1RDCA 3PV8A 2X78A 1SL0A 5DMRA 1TAUA 4PA1A 3HK2A 2D0AA 5JS2A 1T05A 1D5AA 3TAPA 2Y1IA 3OYLA 3JSMA 1KVCA 4C8MA 2JGUA 1RBRA 4DTSA 3S3NA 1RILA 4CK2A 3SQ1A 4N56A 4CJWA 1RTJA 4CGIA 3HM9A 4KHQA 3C95A 4IDKA 3OYCA 3MXIA 3MXMA 1CZ9A 5J2NA 1EXQA 3AA3A 1BISA 3LAMA 3L2WA 1F21A 4CHNA 1RT1A 1D9FA 2QK9A 5KRTA 3L3VA 1KCFA 4BWMA 3T19A 4E1MA 4BE0A 2WOMA 3RRGA 3NBPA 1Q8IA 4E1NA 1HNVA 4CJEA 4DU1A 3RWUA 4B9SA 4CEAA 3T1AA 2HHXA 2D0CA 4CEZA 1WSJA 4CJLA 3FFIA 4OLAA 3HJFA 4OPJA 2HHTA 4O0JA 4W5TA 3OYJA 2HNDA 3B6OA 4DF8A 1QTMA 4NCAA 2B4JA 3K58A 5FRMA 3D45A 3AVBA 4Z4CA 4KTZA 1ITGA 1J5OA 3NGZA 3THVA 2FC0A 1T7PA 3SYZA 3LWLA 3ZCMA 5CY4A 4DLEA 3AVAA 2Z1GA 2X6NA 4CGJA 3C6UA 3V1OA 3PO4A 4F2SA 2IS3A 1U45A 4ELVA 1NOYA 4AHCA 1L5UA 4Z4IA 4FJ5A 4DTRA 1VSMA 3G10A 4DSKA 3AO3A 5KI6A 3ZSRA 2X74A 4AHVA 3KLFA 3TAEA 3MEDA 4E7JA 1S9GA 3CM6A 3DI6A 3IS9A 4CF8A 4DQRA 4B9UA 3ZSZA 3QINA 1VSFA 3OJSA 4WE1A 4B9MA 3P5JA 2O4IA 3MEGA 4J2EA 3RTVA 3SQ0A 3V9UA 4KKOA 1O1WA 4KHWA 3KLEA 5KRSA 1FK9A 2YNIA 2RF2A 3L2QA 1TK0A 3NF8A 4CHZA 3HP6A 1SKRA 3V9SA 1LAWA 3LP1A 5KGWA 4KV8A 3AVHA 4CJTA 5I42A 4RW7A 3VQDA 3EYZA 3NCIA 4OKKA 4CF9A 3V1RA 4DQSA 1IG9A 1RBVA 2FBXA 1IO2A 1UA1A 1VRUA 4DWIA 1TKTA 4RW6A 4E7KA 1YTUA 2G8IA 4QAGA 3QEXA 4Q5VA 3OYFA 3NDKA 4KTQA 3K2PA 1Z26A 2ZD1A 4M3TA 1IH7A 3B6PA 3ULDA 1A5XA 1KLNA 4DQIA 2KZMA 1JLGA 3LP0A 4FCYA 2ITGA 3E01A 4BDZA 2YNFA 1BIUA 1WN7A 3PY8A 1TKXA 4CEOA 3SQ2A 5SZTA 3ZSYA 5DK5A 5J2PA 1X9MA 4M3ZA 4CF0A 4F3TA 3LPTA 1TKDA 2DY4A 4OLBA 3CYMA 1U48A 2YNHA 4KTWA 4MFBA 1TL1A 1TVRA 4DTNA 2G8HA 3I0RA 4FLUA 1GOAA 4E19A 1CXQA 3CM5A 4OPKA 3NE6A 3F73A 3G0ZA 4CJQA 2F8TA 2HHUA 4CJPA 4ICLA 2BANA 1B92A 4CHOA 3VQ5A 2OPRA 3KIOA 3RR8A 4EZ6A 4FJKA 2HHQA 4KHYA 4KO0A 3T3FA 4PY5A 1NK0A 1NKCA 2PYLA 1HYSA 1HMVA 3L2VA 3SPYA 2QXFA 2YNGA 1Q9XA 4IG0A 1KLMA 2E6MA 2VG7A 3KK1A 1IKVA 2WONA 4FLWA 1S1UA 4HTUA 1QHTA 2IGIA 3VQCA 3KK2A 4C8NA 4AHRA 1J53A 4B9TA 4CK3A 3S3OA 1T8EA 5KGXA 3K5NA 4IKFA 2HVIA 1JKHA 3QNNA 4FZZA 3SCXA 4E7IA 5HLFA 1DTQA 1I3AA 1TV6A 2G8KA 4ELTA 3UIQA 1UA0A 4CJKA 4C8LA 2HNZA 5C24A 3C6TA 1ASWA 1WLJA 4DFMA 1ZBLA 2PYJA 1X9SA 4KHSA 2O4GA 3NGIA 1TGOA 4F8RA 4BDYA 1B9DA 4CGFA 1EX4A 3LWMA 4DTMA 3I0SA 3VQ4A 3U3GA 3LZIA 3V9XA 1W0HA 4Y1CA 4ZTFA 4DU4A 2OPQA 1BI4B 4KHNA 3KLGA 1X9WA 3U3YA 1KVBA 2FBYA 3JYTA 2VWKA 3MAQA 4F3OA 1X1PA 4CIFA 4W5NA 3O3HA 2IOCA 2YV0X 1NKBA 4O44A 4FJMA 1G15A 3DLEA 1BCMA 1T03A 3RR7A 2P5OA 1EP4A 1RNHA 4TSXA 2XY7A 4ZTJA 4HCCA 2P51A 3AA5X 1BI4A 1U04A 4M3RA 2IAJA 3VQEA 1N6QA 3MEEA 4CIGA 1TL3A 4IG3A 2G8FA 1JLQA 2G8UA 2KFNA 4H8KA 2OA8A 1RT7A 3SUPA 4NCGA 4KRFA 1LWEA 3SV3A 3AA2A 4AH9A 1YVUA 1NK5A 4JS4A 4HUEA 4DSJA 3ALYA 2W42A 3DRPA 1RT3A 3ZSVA 2HHWA 3AVIA 4OGCA 1JLCA 5FRNA 4OVLA 4AHUA 4BE1A 4CJ5A 4E7LA 3DLHA 2R7YA 4FVMA 4FM2A 4IBNA 1B9FA 1YT3A 3KKRA 5HRRA 4B08A 1RT4A 4M3XA 4Q0BA 1WAFA 3P1GA 4CHYA 3D0PA 3OYBA 5HRNA 3RMDA 1QSSA 4NCBA 5JS1A 1RCHA 4MQ3A 2GV9A 4CGDA 1XHZA 3HPGA 1IKWA 3LP3A 4CF1A 4DG1A 4W5QA 3SZ2A 4CFDA 1HYZA 3TAQA 3ZSOA 4CJVA 4CFBA 5J1EA 1NK9A 2HW3A 3S9HA 4EZ9A 1WAJA 4FJHA 4Z4EA 4DTOA 4FJJA 2YHAA 4KREA 1EKEA 1VSDA 1KRPA 1S1XA 3LALA 4KFBA 3AVCA 5HP1A 4LSNA 3NHGA 3RRHA 3V6DA 1FKPA 1HQUA 5FDLA 1Y97A 1S6PA 3DRSA 4C8KA 4AHTA 2KW4A 3LP2A 3HPOA 4DTUA 2B6AA 4E0DA 2OZSA 3HL8A 2AJQA 1IKYA 3WNEA 1RTIA 5KTQA 2GBZA 2OPPA 4G1QA 2XO7A 1NJZA 2P5GA 4LSLA 3ZT0A 4J2AA 1EETA 4CIEA 3AO4A 4AILC 4KB0A 4FJXA 2ZE2A 3ISNC 4ID5A 3DRRA 4FLXA 1BQMA 1TK8A 1BIZA 4XIUA 3K59A 4GMJB 3LAKA 4EP5A 4DSLA 1NJXA 1C0MA 4JRQA 5I3UA 3OYNA 4BWJA 4N47A 2DFHA 3HYFA 4CECA 1D9DA 1QQCA 2VG6A 3BDPA 4B9VA 4B9LA 1KTQA 4LY7A 4DQQA 5J2MA 4E3SA 3OS0A 3IAYA 4DQPA 4FLYA 3QIPA 1UAXA 5C42A 3ASMA 3CFOA 3SUOA 3TARA 4K8ZA 4CGGA 3QEIA 1L3VA 4M45A 4FJNA 4L8RB 1RT5A 3OYEA 4GVMA 3VA3A 4DFJA 4DSIA 2XY6A 4PQUA 3TWHA 2ETJA 1L3SA 4DMNA 3I8DA 3CFRA 3AVNA 2OPSA 5CZ1A 3TI0A 1L3UA 4FW1A 4CJSA 1WSGA 4OKJA 4CERA 1JLFA 3KJVA 3TAMA 4NYFA 3NAEA 1C0TA 1S1WA 4IFVA 4FLVA 1K6YA 3QO9A 1NK8A 1QE1A 2G8WA 2HHVA 3K5OA 3QNOA 2Z1IA 3QERA 2DFFA 2YKMA 4FLTA 1S1TA 5D3GA 2A1RA 2YKNA 3NF6A 1HJRA 1UWBA 3NFAA 1S6QA 2KQ2A 1A5WA 1QSYA 1WSFA 4QCLA 4CE9A 4FLZA 5CYQA 3AVGA 4DFKA 3OYAA 1KFSA 2ZQBA 3MECA 4BE2A 3LPUA 4PUOA 1YTAA 3DM2A 4Z4HA 5T7BA 2XHBA 4FYDA 2FBVA 3DYAA 1C1AA 4M3WA 1TKZA 3KLIA 1ZBIA 3TANA 4DLGA 3VQ8A 3RMAA 1RBTA 4RW8A 3OYIA 1LAVA 4CESA 1BL3A 1IKXA 4FW2A 2FBTA 2BDPA 4CK1A 3L8BA 2OZMA 3VQ6A 4CJRA 1WNSA 1RDDA 1TK5A 1SL1A 4LH5A 2I5JA 4CEBA 4BDPA 3VQQA 1BGXT 4FJ7A 1VSJA 3QESA 2X6SA 2XRIA 1ZBUA 3L3UA 3M8PA 4YNQA 4KAZA 4KB1A 4OJRA 3AVJA 1RDAA 4JS5A 1CLQA 4O55A 4N5SA 1A5VA 1HQEA 1ASUA 1VSKA 4J2DA 2ATQA 2BGGA 3PX6A 1JL1A 3ZSWA 2Z1JA 4DTPA 3CQ8A 1RTHA 1BCOA 1J54A 2A1SA 4JLHA 4CHPA 3TAGA 3TABA 3NGYA 3S3MA 4CEQA 3AVFA 3H08A 1U47A 3ZT3A 3EZ5A 2Q3SA 4FJLA 3PUFA 2VWJA 4DTJA 4HVJA 3KLHA 3SUNA 1WSEA 3M8QA 1HYVA 3LDSA 4DFPA 2PZSA 3K5MA 3HT3A 4FJIA 1KVAA 3IG1A 4O0IA 3OYGA 1RBSA 2Z1HA 4CJ4A 2IDOA 2XY5A 1JLEA 2D0BA 4DS4A 3AO5A 2RPIA 4I7FA 4RG8A 3AO2A 2RKIA 3AVLA 3U6FA 4FJGA 1ZBHA 4B3OA 4EP4A 3HSTB 4C8OA 3QEVA 3V9ZA 3WNGA 1FXXA 3WNHA 5HROA 3QEPA 4PWDA 4CEEA 1NJYA 1JXBA 4RW4A 2BE2A 1KFDA 2E6LA 4CFAA 3KKSA 4GW6A 3TAFA 1NK6A 1W9HA 4UQGA 1JXEA 3PO5A 3M8SA 4ZHRA 3NF7A 4ELUA 3ITHA 2P1JA 4CHQA 3HVRA 3O4NA 2QKBA 3NF9A 3AA4A 4HCBA 2HMIA 4N41A 4JRPA 1HNIA 2E4LA 2HNYA 1UOCA 4LH4A 4CF2A 3L2RA 3SJJA 3OYDA 3DOLA 4B8CA 4CJUA 4I2QA 4FK0A 4Z4GA 3PX4A 2EX3A 5K14A 4DTXA 4FZXC 4I9QA 3OS1A 3ZT2A 4CFCA 4M41A 4FM0A 3HO1A 5HRPA 1BQNA 4CEDA 1C0UA 3DOKA 1U4BA 1SL2A 1C1CA 3NH1A 3SQ4A 3KK3A 3WNFA 4H4MA 2D5RA 2Y1JA 1NK4A 4M42A 2KZZA 1VSIA 2QKKA 3OS2A 4HHTA 4I9LA 3OYKA 4FJ9A 3IRXA 4DSEA 1Q9YA 3F9KA 1RBUA 4NYNA 4ID1A 3KTQA 4QOZB 1C1BA 4B9NA 5HBMA 4CEFA 4O5BA 5HRSA 5C25A 2NUBA 1VSLA 2OYQA 5J2QA 3DLKA 1J9AA 4Z4FA 1NKEA 4IFYA 3P83D 4OGEA 2PY5A 3OYMA 4Z0UA 4F2RA 1JL2A 1C6VA 4RW9A 1VSEA 3OYHA 1LV5A 2DFEA 3VQPA 5SWMA 2HHSA 1RT2A 2KFZA 5E41A 1DLOA 3EY1A 3V9WA 1LWFA 1LW0A 1VK0A 3V1QA 4HUGA 1N5YA 2IC3A 3O4QA 1XC9A 1SKSA 1RT6A 1QS4A 3HP9A 3QEWA 1NOZA 3DLGA 4O4GA 3QIOA 3V81A 1TAQA 3HXMA 1RTDA 3AVKA 2GUIA 4FXDA 2YHBA 2LSNA 1SV5A 4N76A 1ASVA 3PX0A 3CFPA 1WSHA 3KD5E 3OJUA 3QLHA 1XHXA 1D8YA 4KPYA 1JLAA 4DF4A 1WSIA 1VRTA 4BACA 3K5LA 4FM1A 3L2UA 3DLBA 3HPHA 4YFUA 4CGHA 3A2FA 4DU3A 4FK4A 1SUQA 4M3YA 4DSFA 3NH0A 1L3TA 4CCHA 3SUQA 1DTTA 1LWCA 3VA0A 3ZSQA 4KI4A 1XWLA 1RDBA 1JLBA 3ZT1A 5CYMA 4W5RA 3LZJA 3QETA 4W5OA 1S9EA 4R5PA 5CZ2A 3VQAA 3TR8A 3LANA 3SV4A 1MU2A 2VG5A 1KSPA 1CXUA 1XI1A 1GOBA 3AVMA 3DMJA 3MXJA 3SPZA 3SNNA 4HUFA 4KI6A 4CJFA 1HPZA 4E89A 2B5JA 2XY8A 1S5JA 4J2BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2EHGA 3PSIA 1HRHA 4CJ3A 2DTUA 1U49A 4WQ4C 3KD1E 3OY9A 4KHUA 3ZT4A 4M3UA 1FKOA 2P9IA 5GIPA 3RMCA 3C94A 3K57A 4O8KA 3WXLA 1CZBA 4FPBA 2JLEA 5AQMA 2E20A 4FK2A 4I2PA 3LDPA 4MO5A 3DWLA 1RDCA 3H45C 2A40A 3PV8A 4FO0A 4U67L 5JS2A 1T05A 2Y1IA 4C23A 1KVCA 2JGUA 1RILA 2GTDA 3D7EO 1RTJA 2ASOA 5LY3A 4K25A 4Z94A 4FOEA 4B1YB 3FZLA 4IDKA 2CH6A 1CZ9A 4DV0K 4JKGB 1BISA 4CHNA 4MLEA 5KRTA 4GKJK 1KCFA 1NGIA 4BWMA 3NBPA 3VEOA 1YAGA 1M1KO 4CEAA 2D0CA 3FFIA 3HJFA 5CHIA 4A57A 4W5TA 2Q0RA 2HNDA 1QTMA 3T69A 3AVBA 4Z4CA 1HPMA 2FC0A 1T7PA 4DLEA 5CY4A 2Z1GA 3Q7CA 2X6NA 4DV1K 3AAQA 3C6UA 2IS3A 3RSEA 4FJ5A 1VQ6N 3G10A 2P9PB 3VPZA 5GINA 1EWQA 2X74A 1GLJO 3KLFA 1MDUB 2E1YA 3TAEA 3ENOA 5AQHA 4E7JA 3CM6A 5AQQA 4LC9B 3MEGA 1QHAA 3SQ0A 3GDQA 4KHWA 2YNIA 2RF2A 5F0XA 4CHZA 5AQPA 1LAWA 3UKUB 4CJTA 4RW7A 5C12A 4OKKA 4JK8A 4DQSA 4K42A 1C0FA 3HBTA 3L0QA 3O08A 4BRDA 3OYFA 3G71N 3NDKA 3K2PA 4BRIA 2HHHK 1KLNA 4DQIA 4FCYA 3A5MC 4WYBA 2ITGA 3E01A 3CPWM 4IZ9A 3PY8A 4DV7K 3SQ2A 5SZTA 4BRKA 3F5TA 2Q31A 3LPTA 2DY4A 2YNHA 4MFBA 1TVRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2EHG A;  3PSI A;  1HRH A;  4CJ3 A;  2DTU A;  1U49 A;  4WQ4 C;  3KD1 E;  3OY9 A;  4KHU A;  3ZT4 A;  4M3U A;  1FKO A;  2P9I A;  5GIP A;  3RMC A;  3C94 A;  3K57 A;  4O8K A;  3WXL A;  1CZB A;  4FPB A;  2JLE A;  5AQM A;  2E20 A;  4FK2 A;  4I2P A;  3LDP A;  4MO5 A;  3DWL A;  1RDC A;  3H45 C;  2A40 A;  3PV8 A;  4FO0 A;  4U67 L;  5JS2 A;  1T05 A;  2Y1I A;  4C23 A;  1KVC A;  2JGU A;  1RIL A;  2GTD A;  3D7E O;  1RTJ A;  2ASO A;  5LY3 A;  4K25 A;  4Z94 A;  4FOE A;  4B1Y B;  3FZL A;  4IDK A;  2CH6 A;  1CZ9 A;  4DV0 K;  4JKG B;  1BIS A;  4CHN A;  4MLE A;  5KRT A;  4GKJ K;  1KCF A;  1NGI A;  4BWM A;  3NBP A;  3VEO A;  1YAG A;  1M1K O;  4CEA A;  2D0C A;  3FFI A;  3HJF A;  5CHI A;  4A57 A;  4W5T A;  2Q0R A;  2HND A;  1QTM A;  3T69 A;  3AVB A;  4Z4C A;  1HPM A;  2FC0 A;  1T7P A;  4DLE A;  5CY4 A;  2Z1G A;  3Q7C A;  2X6N A;  4DV1 K;  3AAQ A;  3C6U A;  2IS3 A;  3RSE A;  4FJ5 A;  1VQ6 N;  3G10 A;  2P9P B;  3VPZ A;  5GIN A;  1EWQ A;  2X74 A;  1GLJ O;  3KLF A;  1MDU B;  2E1Y A;  3TAE A;  3ENO A;  5AQH A;  4E7J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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