The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
26
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DUZ K; 4DV5 K; 4DR2 K; 2UUC K; 5BR8 K; 4GKK K; 4X65 K; 4B3T K; 2UXD K; 4YHH K; 1XMO K; 4DR7 K; 2HHH K; 1HNX K; 4X62 K; 4X64 K; 4DR3 K; 4YY3 K; 4LFA K; 4LFB K; 4JI0 K; 1XNQ K; 4GKJ K; 2E5L K; 3J81 O; 3JAM O; 1XMQ K; 2VQF K; 1N32 K; 4X66 K; 4DV7 K; 3J80 O; 4DV6 K; 1HNW K; 4B3R K; 1IBK K; 3J7A P; 4CVN E; 4LF5 K; 2F4V K; 1J5E K; 1N33 K; 4JI6 K; 4DR1 K; 2UU9 K; 5LMU K; 2VQE K; 4LF6 K; 2UUA K; 2ZM6 K; 5LL6 Z; 4LF4 K; 1N36 K; 4AQY K; 4CW7 B; 5LMN K; 4JI7 K; 4DUY K; 4DV4 K; 1HNZ K; 4OX9 K; 4LF9 K; 4DR5 K; 4K0K K; 1HR0 K; 4B3M K; 1I94 K; 1N34 K; 4DV1 K; 2UXC K; 3T1Y K; 4NXN K; 4LFC K; 5A2Q O; 4JI2 K; 4DV2 K; 4KHP K; 5IWA K; 1IBL K; 3J7Y P; 4DV3 K; 1IBM K; 5FLX O; 4DV0 K; 5IT9 O; 4DR6 K; 2UXB K; 4DR4 K; 4JI3 K; 3T1H K; 4NXM K; 4V19 S; 1XNR K; 4B3S K; 2UUB K; 4JV5 K; 5AJ3 K; 3OTO K; 4JYA K; 4JI8 K; 4LF8 K; 1FJG K; 4JI1 K; 4JI4 K; 4JI5 K; 4LF7 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YNI A; 2CH6 A; 4FW2 A; 1U2V A; 1VSD A; 4GKK K; 2JGU A; 3C6H A; 1YHQ N; 3QEW A; 1SV5 A; 4FJG A; 1VSH A; 3RTV A; 1KFS A; 3E9L A; 2FSN A; 2O8D A; 4IZ9 A; 4F3O A; 1ZYQ A; 4DR3 K; 1HPZ A; 4ID1 A; 1L3S A; 3VMF B; 4DTN A; 3TAG A; 4DS5 A; 2D0C A; 1XNQ K; 4BRH A; 4YDU C; 4CEQ A; 4YOU A; 3VN5 A; 1ASV A; 2QM1 A; 3QIN A; 5GIP A; 1NKE A; 4HWI A; 3VQ5 A; 4FOE A; 3ENB A; 1C1C A; 3NVM A; 3K5L A; 2RHK A; 1J6Z A; 5I9E B; 3BP8 A; 2ZJQ L; 3AVH A; 2QK9 A; 1J5E K; 1NJY A; 2VWK A; 2E2Q A; 4PL7 A; 3OY9 A; 4R5P A; 2DPN A; 5KQ8 A; 1ATS A; 3FZM A; 3CFO A; 3RMB A; 5AQU A; 1RBS A; 4Q0B A; 1NGF A; 2FF6 A; 3C7N A; 4B3O A; 3KK2 A; 4YOY A; 3OYJ A; 3DRR A; 1VSM A; 1TL3 A; 3I0R A; 3LM9 A; 5BRH A; 3HBT A; 2QWR A; 1YUW A; 1WSH A; 4HTL A; 1D9D A; 3LPT A; 3O6W A; 3PX0 A; 5GAD P; 3V1R A; 4CCH A; 1TKX A; 4KTZ A; 4FJJ A; 2KKZ A; 4KPY A; 3L2W A; 4CJE A; 4HTU A; 4DB3 A; 1WAF A; 4L3Q A; 2P51 A; 3TR8 A; 1YJW N; 3ZCM A; 2Z1J A; 4JD2 A; 3C0B A; 3ZT4 A; 1Y64 A; 4WE1 A; 5AQZ A; 4FWN A; 3PIO L; 3M8Q A; 1O1W A; 1W97 L; 3JXU A; 3OYG A; 3O8M A; 4GV9 A; 1H1V A; 3HO1 A; 4BRK A; 5TKW A; 4DTM A; 4EFH A; 3LAM A; 1D8Y A; 3G4S N; 3ZSZ A; 2XY5 A; 2KLA A; 1NGB A; 3CPE A; 4J8F A; 3TPQ A; 4X65 K; 4DSK A; 5AZI B; 3QET A; 1VQ7 N; 2QKK A; 2G8I A; 4YHH K; 2Q97 A; 3D2E A; 4B1Y B; 4A57 A; 1NJW A; 5HRS A; 3B6O A; 1Z05 A; 4A5A A; 3WEE A; 3SQ0 A; 1LCU A; 2ZJP L; 2P9L A; 1XWL A; 4IXC A; 2WFB A; 3K5O A; 1LWF A; 4KHU A; 1DGK N; 3V9U A; 1C6V A; 3OYE A; 5KGW A; 4B1U B; 2HST A; 4NCA A; 4FW1 A; 2QWN A; 3EZW A; 4BG8 A; 3WXJ A; 1EQY A; 2EHG A; 1RT1 A; 1S1U A; 5DM6 L; 1GLC G; 5CE3 A; 2KW4 A; 4BRG A; 3L6Q A; 1HJR A; 4CJU A; 1KAX A; 3RSE B; 5C25 A; 4N56 A; 2XO7 A; 2E20 A; 3V4I A; 5HL7 L; 4PUO A; 4MLE A; 3CF5 L; 4B1Z A; 1QE1 A; 4DCH A; 1S1X A; 1N33 K; 1FKP A; 3DLE A; 4CJ5 A; 3TAF A; 3ZT3 A; 2CH5 A; 5CZ1 A; 3ZSR A; 4DTS A; 2DFE A; 3CJA A; 3U6F A; 1UAX A; 1K73 O; 4M7X A; 5KPR A; 1NWK A; 4PA1 A; 1VSF A; 3T69 A; 3VQ9 A; 3SNN A; 3ZSO A; 2OAN A; 2O8C A; 3D2F B; 4K0K K; 4G1Q A; 4DG1 A; 3G6E N; 4BRN A; 3THX A; 4HUF A; 3KWG A; 4HVJ A; 4JRQ A; 4FJ5 A; 3OW2 M; 4O5F A; 4CE9 A; 5F1X A; 4O44 A; 4KTW A; 3EKS A; 4KHP K; 1RTI A; 3DWL A; 3HP6 A; 2XY8 A; 1RT5 A; 2OPR A; 3VF2 A; 5KQD A; 3AVF A; 4MO5 A; 5C12 A; 3J7Y P; 4DV3 K; 1JCG A; 4AM7 A; 4OPK A; 1BOT O; 3D0P A; 1SKS A; 1DEJ A; 1S1T A; 4V19 S; 4F2R A; 1CXQ A; 1W2B M; 1HUX A; 3TWH A; 5C2D A; 1NGA A; 5HRN A; 1O13 A; 1NNE A; 3NF7 A; 5FPE A; 5J2Q A; 1NJI O; 3IFR A; 4FJ9 A; 1NOZ A; 1OVY A; 3IDH A; 4I9Q A; 4B3T K; 3HYF A; 2OA8 A; 3ZT0 A; 3KJV A; 1C1B A; 2EWS A; 1T6C A; 3O4W A; 2D4W A; 5KRT A; 4M3R A; 4AHC A; 1DLO A; 3K0S A; 4EZ6 A; 2NUB A; 4LC9 B; 5J2N A; 3VQA A; 2P9L B; 3VQ6 A; 4E1N A; 3JSM A; 3C6A A; 4H4M A; 4QS8 A; 1K9M O; 4JLH A; 5HRP A; 4OO1 J; 1JLA A; 3QEP A; 1JLE A; 2ASO A; 3CC4 N; 3IAY A; 1RNH A; 4JHD A; 3UKR A; 4O0J A; 3MWT A; 4CFC A; 3HT3 A; 1KSP A; 1KCF A; 4H0X B; 3D45 A; 4KHW A; 3ZEU A; 5I3U A; 4DR1 K; 4CGD A; 1BCO A; 3HM9 A; 1ATN A; 5CR4 A; 2ZM6 K; 4QOZ B; 4WQ5 C; 4LF4 K; 3SV4 A; 4U7B A; 1Q86 O; 4KH6 A; 4IWV A; 4OPJ A; 4JAX A; 4KHQ A; 4Q5V A; 1HQU A; 3P38 A; 2W6K A; 3C65 A; 1Q81 O; 3DLK A; 1KD1 O; 4WCE L; 1RTJ A; 3O3G A; 1U6Z A; 1Q9X A; 4JS5 A; 4E0D A; 2D0P A; 1HR0 K; 1BA0 A; 5AQM A; 4GY2 B; 1N34 K; 3N4Q A; 3R8E A; 4XH1 A; 4LFC K; 4IDK A; 3ULE A; 4EHT A; 2P9U A; 3F2K A; 3N4P A; 4BRQ A; 1KRP A; 1WSF A; 3CQY A; 3PUF A; 3OJU A; 3QER A; 4FJN A; 1JLF A; 5FLX O; 2HF4 A; 5JS1 A; 3CYM A; 3DMJ A; 1MA9 B; 2X78 A; 1BGX T; 3F5T A; 2V7Y A; 3QBX A; 3M8P A; 1QZ6 A; 1JCE A; 2P9S A; 1ZXO A; 2ZGY A; 3CFP A; 4OVL A; 4FL9 A; 3NH2 A; 3TAR A; 3VQB A; 3UE5 A; 4B1W B; 4IFV A; 4CZM A; 3PIP L; 5HOO A; 4CIF A; 2GV9 A; 2YHW A; 1UWB A; 4FLY A; 1L3V A; 1X1P A; 2RN2 A; 4BR0 A; 3PO5 A; 4FZY A; 3QIP A; 5M1P A; 2AJQ A; 1E4F T; 1K8K B; 4GKJ K; 5C15 A; 4ILH A; 1HKC A; 3AAR A; 4DQP A; 1Q8I A; 1TKZ A; 3CCL N; 1GOC A; 2FSK A; 3TSP A; 1SS6 A; 1NOY A; 3THW B; 4BR2 A; 3VOV A; 3OBW A; 2HOE A; 4O55 A; 3DXK B; 4YOR A; 4BR5 A; 1RDB A; 2YX6 A; 3BY5 A; 3LP2 A; 4CF2 A; 3SAF A; 4IOC L; 4C8K A; 4B9V A; 5CHI A; 3HP9 A; 3ENH A; 4IKF A; 3P1G A; 3WQT A; 1T3V A; 5JVG L; 3SAG A; 4B1V A; 4FWR A; 5GAE P; 3UKR B; 3OS2 A; 1HKG A; 2UYT A; 3O1W A; 1N8R O; 1EX4 A; 2UUA K; 2RF2 A; 1N36 K; 4AQY K; 1BU6 O; 3KD1 E; 3LDS A; 4CZH A; 2FXU A; 4CEB A; 1WN7 A; 4CJT A; 5EX5 A; 2NRX A; 4IJN A; 3QB0 A; 4H0T B; 5AQW A; 3SUP A; 3VET A; 1L5U A; 1U47 A; 4QAG A; 1S6Q A; 3CJB A; 4FPA A; 3MX2 A; 1XQS C; 3NBP A; 1IO2 A; 3ZET A; 4M7Y A; 3VA3 A; 3QO9 A; 1SL2 A; 2NNW A; 3CCJ N; 2P5G A; 3O3F A; 4AHV A; 3KZB A; 4BDY A; 2YHA A; 5JLF A; 3MX5 A; 3C94 A; 3S3O A; 1ASU A; 4BRO A; 4FJK A; 5AQN A; 4Z4I A; 4FO0 A; 2ZJR L; 2YV0 X; 1VHX A; 3AAQ A; 2P9S B; 4JI5 K; 4RW8 A; 2UUC K; 1VK0 A; 4CHN A; 2YNF A; 3ALY A; 3RVC A; 4DR7 K; 3WXM B; 3LWL A; 4PL8 A; 2XHB A; 4X64 K; 3ZX0 A; 2Q1N A; 4BE1 A; 2XY7 A; 3SQ4 A; 2YHX A; 1JLG A; 1TYQ A; 4W5Q A; 4OPH A; 1TK0 A; 3PSI A; 2E5L K; 2QWL A; 3VEZ A; 2BH1 A; 2IDO A; 4CEO A; 3QNO A; 3OYB A; 3G71 N; 3T3F A; 4BGB A; 1L3T A; 4RW9 A; 4C1N I; 3J80 O; 3HTV A; 1C0T A; 1RT2 A; 2ZF5 O; 1YJ9 N; 3OYK A; 5K14 A; 1W7A A; 4FJ7 A; 4CF0 A; 3HST B; 4EZ9 A; 4FWQ A; 1TAU A; 1RDA A; 4J2A A; 1LV5 A; 3QLH A; 1GLE G; 2DY4 A; 3ZYY X; 5LJV A; 1BDG A; 4CHY A; 4JKC A; 3FR0 A; 4DMN A; 3QDK A; 3CHW A; 2GWK A; 3EE8 A; 1S9E A; 1NKB A; 4DV4 K; 1HLU A; 4KRE A; 4CD1 A; 1BA1 A; 4FXD A; 3AA2 A; 4LF9 K; 1GLJ O; 3MXJ A; 1SL1 A; 4ILG B; 1BWF O; 3KK1 A; 4E7J A; 1WSG A; 3BZC A; 4LY7 A; 4JRP A; 1HNV A; 4DQS A; 1LAW A; 3NH0 A; 1R0A A; 3HOT A; 4FJX A; 1SL0 A; 4NXN K; 3PLA A; 1X9S A; 3CET A; 4DTO A; 3CJ1 A; 1RFQ A; 3NMU A; 1KFD A; 2CGJ A; 4RWT A; 3MMV A; 1C0G A; 4MLH A; 3HM8 A; 3M6G A; 1J9A A; 3T7Z A; 4H0Y B; 2ASM A; 5AQO A; 3L0Q A; 2HNY A; 4N5S A; 3DLG A; 3VGL A; 3ISN C; 3NGY A; 4DR4 K; 4K43 A; 2VG7 A; 3KIO A; 2A42 A; 5AJ3 K; 2H3G X; 3QFU A; 4CJS A; 1FJG K; 2QI2 A; 1RDD A; 4BR9 A; 3NF6 A; 3VF6 A; 3ZSX A; 4DSE A; 4JI4 K; 1KC8 O; 2G8K A; 1HYS A; 4CJ7 A; 4DTU A; 3R9P A; 4DV5 K; 4M42 A; 4M41 A; 1VQ6 N; 2HW3 A; 3CCM N; 1ZBS A; 5AQJ A; 5M1N A; 4CJP A; 4FOI A; 2I7P A; 3I8B A; 4DU3 A; 4F4K A; 4Z4G A; 4AH9 A; 4PY5 A; 3NDK A; 2ZE2 A; 4H0O A; 3S3N A; 5JLH A; 1TYQ B; 4KRF A; 3S3M A; 2P9I A; 2KFZ A; 5FRO A; 1CLQ A; 3K5M A; 3KHY A; 3DLB A; 3T1A A; 3FFI A; 4DTJ A; 1G99 A; 1VQL N; 3SV3 A; 4TSX A; 3TAE A; 3S41 A; 2I7N A; 4LF5 K; 3O9Q A; 4FPB A; 5AQH A; 1EWQ A; 2E1Y A; 1IJJ A; 4J2D A; 3F9K A; 4LF6 K; 1VSL A; 4E1J A; 1Q7Y O; 3OYA A; 1GLD G; 3VQ7 A; 4Z94 A; 4KB0 A; 2FF3 B; 2HHT A; 5M1Q A; 3SUN A; 4CBX A; 1JJ2 M; 4ISF A; 3DRP A; 3M8R A; 3K9K A; 3WNF A; 1NLV A; 3SQ1 A; 1MDU B; 3ZT2 A; 3T1Y K; 4O5B A; 1J53 A; 1UA1 A; 1D5A A; 3AVN A; 3VTH A; 4Z4H A; 5MLC Q; 3A5M C; 3HXM A; 2Z1H A; 1EKE A; 3G0Z A; 5AQS A; 3WNE A; 2R7Y A; 4DV0 K; 4DR6 K; 1NBW A; 3H46 O; 1TVR A; 3SMP A; 3H08 A; 3VEX A; 2A40 A; 2KHO A; 2OPS A; 3HPG A; 1T8E A; 3MN7 A; 2YHY A; 4FM0 A; 5FDL A; 4CZK A; 5JMV A; 4AHR A; 4JI1 K; 4MQ3 A; 4CZJ A; 4B9L A; 4LF7 K; 3H1Q A; 3BUZ B; 2FSJ A; 2Z1I A; 1VSI A; 5F2R A; 5AFU H; 1U48 A; 3C6T A; 3MAQ A; 4GMJ B; 3ZSQ A; 1TL1 A; 1HRH A; 4M3W A; 1XMO K; 3AAP A; 3A2F A; 4GVM A; 3OJS A; 1NJX A; 5EY4 A; 1S1V A; 3HK2 A; 2HBK A; 4E3S A; 1J5O A; 2RPI A; 1IG8 A; 4B1X B; 3T19 A; 4YOW A; 4ICL A; 4H8K A; 3KLG A; 1U04 A; 4IG3 A; 3ZSV A; 4BG9 A; 4IO9 L; 2P9K A; 1TKD A; 3MEG A; 4W5R A; 1U2V B; 3E66 A; 3AVL A; 1IKW A; 2O8D B; 1KAY A; 4NLB A; 1RGI A; 1CZB A; 4JKD A; 3R3L A; 2XRI A; 1BO5 O; 3AY9 A; 2KZZ A; 2NRR A; 1HPM A; 3VES A; 1NKC A; 3QNN A; 1NMN A; 4E19 A; 1S3X A; 1VQ9 N; 5BRE A; 5FRM A; 2E1Z A; 2YJF A; 4OX9 K; 4DQ8 A; 5D3G A; 1SKW A; 4FJH A; 3UKU A; 4CJK A; 2VGM A; 4RG8 A; 1VQO N; 3P4I A; 1BI4 A; 1GLF O; 4KBO A; 4IDH A; 3U4L A; 4CIE A; 1Q82 O; 1QS4 A; 5J1E A; 4YOV A; 2O8F A; 1NGI A; 2HVI A; 4FLV A; 3GDQ A; 3PO4 A; 4RW4 A; 1I3A A; 5KRS A; 3AO3 A; 3M5R A; 5EXW A; 2DTU A; 2Q31 A; 2NZT A; 4H4O A; 3C7N B; 1NGD A; 5F0X A; 3EE9 A; 3MEE A; 3OS1 A; 4YDU A; 4NXM K; 2A41 A; 1ZBU A; 4BRP A; 3RMC A; 4G9Z A; 1UOC A; 4JV5 K; 3W3D A; 3LM2 A; 3M8S A; 3RRH A; 3TI0 A; 4O0I A; 5BRD A; 4QS9 A; 3V1O A; 2FBX A; 3OYF A; 1RDU A; 4F2S A; 1ZBF A; 3LAN A; 3DRS A; 4C23 A; 2ZWH A; 4XH5 A; 3RMD A; 1P90 A; 4H03 B; 5BR9 A; 4FJI A; 4X62 K; 1VQ4 N; 4O4G A; 4GV3 A; 1BQM A; 2GUP A; 2W40 A; 1JKH A; 2DFF A; 2NRH A; 3U3Y A; 3PX4 A; 4JD2 B; 3UB5 A; 4LFA K; 3HJF A; 1SUQ A; 2JWL A; 4JI0 K; 4HCB A; 3IUC A; 3KLH A; 4BC2 A; 3KLF A; 1S5J A; 4BRD A; 1XMQ K; 3WUH A; 1N32 K; 3CFR A; 4LH5 A; 3DXM A; 3V6D A; 1ZBI A; 2E8A A; 1YVN A; 2WON A; 1KQS M; 5AQL A; 4BDP A; 2P9K B; 4RW6 A; 3CM6 A; 3CCQ N; 2O4G A; 1HMV A; 1FXX A; 2RE2 A; 3SJH A; 3D2E B; 3MXI A; 3LL3 A; 1VQ8 N; 2VGN A; 1S9G A; 1TK5 A; 2HHX A; 1QVG M; 4B8A B; 3KKR A; 5J2M A; 1KTQ A; 3QIO A; 4ISE A; 1CZ9 A; 3TAM A; 3VEY A; 3WEE B; 3EO3 A; 4CHO A; 2VQE K; 5LMU K; 5C0Y A; 2A3Z A; 3OYC A; 1BQN A; 4OJR A; 3MXM A; 2BAN A; 1QQN A; 2KQ2 A; 4BC5 A; 4CED A; 2G8F A; 1NG9 A; 1VQ5 N; 1RTD A; 3K58 A; 4H5R A; 2F7T A; 2YCH A; 3EKU A; 3MEC A; 2D0B A; 4IG0 A; 4I6M A; 4BRI A; 3VF4 A; 2Q3S A; 2QW9 A; 3SMS A; 1T05 A; 3TSU A; 3VQD A; 5M1O A; 4N41 A; 3CC2 N; 2ITM A; 5FRN A; 2OTL N; 4JI2 K; 1YAG A; 3TSQ A; 3S9H A; 1M1K O; 2BE2 A; 3W0L A; 1B9F A; 2NRZ A; 3TAN A; 1R59 O; 5GIO A; 3RMA A; 5HRR A; 4BC3 A; 4M3Z A; 1LOT B; 4XEI A; 4FWM A; 2BTF A; 4B9N A; 2A6A A; 3U9Z A; 1LWE A; 1QHA A; 2P9P A; 4CZF A; 5BRF A; 2F9T A; 2O8C B; 1IKX A; 1LWC A; 4LD0 A; 5BPM A; 5ADX A; 5SWM A; 3SPY A; 3AVK A; 1KAZ A; 3THX B; 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