4K42 | Genus

Total Genus 112

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	112
sequence length	370
structure length	360
Chain Sequence	TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Contractile protein
molecule keywords	Actin, alpha skeletal muscle
publication title	Structural and biochemical studies of actin in complex with synthetic macrolide tail analogues. pubmed doi rcsb
total genus	112
structure length	360
sequence length	370
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date	2013-04-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00022	Actin	Actin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.40	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Nucleotidyltransferase; domain 5	4k42A01
3.30.420.40	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Nucleotidyltransferase; domain 5	4k42A02
3.90.640.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Actin; Chain A, domain 4	Actin; Chain A, domain 4	4k42A03

3H3NO 1DKGD 1YXQA 3VENA 2WUSA 3GE1A 4BC4A 4QS7A 5I9EB 5BN9A 3U4LA 3VF6A 3O1WA 1NGJA 1K8KA 3GBTA 4FWLA 3ZETA 3A5NC 4K41A 4BVPA 3UKRB 1G99A 4Y0WA 4B1XB 5JMVA 3WQTA 5JLHA 3VEXA 4CI6A 5AQYA 5E84A 1ATRA 3VEOA 3O6WA 3VF2A 2QW9A 5AQZA 2D1KA 1IJJA 1KAYA 4BVOA 2F9TA 4B1YB 1V4SA 2PBDA 3MN5A 3WT0A 4B1UB 3WEEA 3QDKA 5EXWA 2A41A 3C7NA 1TYQA 5EOYA 3CQYA 1LOTB 3MN6A 4H0XB 5AQMA 3HI0A 4BR5A 4FL9A 4DB3A 2V7ZA 4BGBA 3IUCA 3QFUA 1NGGA 2QWMA 2GELA 2E2OA 3AAQA 2I7PA 5AQVA 1JCEA 5BPLA 4IZ9A 4NO7A 3D7EO 2P9LA 4BRFA 4H5VA 5EVZA 3ZEUA 3TU5A 3WXJA 3MN9A 1RFQA 1S22A 4HWIA 5AQFA 2F9WA 5AQJA 3BUZB 2HMPA 3LDOA 4IJNA 4BRQA 4PL7A 4BRMA 2CGJA 5AQKA 4WYBA 2EWSA 3GG4A 2P9UA 4IJAA 3SJHA 2W40A 4H0TB 1HUXA 1K8KB 3ZETB 2Q0RA 3QMLA 2E8AA 4BG8A 3U9ZA 3ULEA 4IO8A 1BWFO 1GLAG 1QQMA 1YAGA 3LM9A 2D4WA 1J6ZA 4AM6A 3AARA 4AM7A 1E4FT 3A5OC 4ISGA 2H3GX 3J8AA 4L3QA 3FFKB 4HTLA 1QZ5A 2NRHA 1IG8A 5EX5A 3R8EA 1NGFA 4JHDB 1NLVA 1NGCA 1JCFA 3KZBA 1GLEG 4EHTA 4NB4A 3LM2A 4JD2A 3WEEB 3GDQA 4QS8A 4FSVA 4H5WA 2A6AA 2AP1A 3ZX3A 4YDUA 3C7NB 3EKSA 3L0QA 4J8FA 5LY3A 1NWKA 4XH4A 1P8ZA 4CBWA 3O1BA 5JLFA 4IXCA 4BR2A 2D0PA 2PAVA 1Y64A 4K43A 3EL2A 1T44A 3QB0A 1QQOA 2GTDA 3G25A 3DAWA 2FSJA 4K42A 1T6CA 4YDUC 3EZWA 2E2PA 2P9IB 3ZEUB 4BROA 1NGEA 2YJFA 4B9QA 1KAXA 4EHUA 4BR4A 5BRDA 4O8KA 2E20A 3BF3A 1NM1A 3VF4A 3VESA 2CGKA 4WQ4C 5AQQA 2ASMA 3B8AX 4FWSA 4BG9A 2NLXA 5BPNA 4PKGA 1SZ2A 2GUPA 3WXIA 1BA1A 2E1YA 2E2NA 2HOEA 3D2FA 2ZF5O 1GLJO 1BU6O 5ELZA 5AQHA 2AA4A 3FZMA 5AQUA 4MO5A 3FE1A 1RDWX 3BEXA 3FLCO 2FF6A 4BR0A 1U6ZA 3A5LC 2VWBA 3SK3A 4M7XA 5EY4A 3KVGA 4CZJA 4BREA 4JD2B 1GLLO 2DPNA 2P9KA 4JAXA 2QWLA 3VOVA 1V4TA 3CQXA 3HBTA 3FZKA 1NGAA 2Q2RA 3UKUA 2A3ZA 3BF1A 4DHYA 3CJBA 4IWVA 3QBWA 2Q0UA 1H1VA 2E1ZA 3W0LA 3DXKA 2FF3B 3DXMB 4XH1A 3M3ZA 5KPRA 5FPEA 1BG3A 4RCHA 4RWTA 3O08A 2W41A 4F9OA 4GNIA 3QFPA 5AR0A 3OHRA 5LJWA 1ZBSA 2V51B 4XH5A 4CZEA 1NGBA 2P9SB 1ATSA 1NGDA 3ENHA 2ZGZA 3VGMA 4BRNA 5FPDA 1X3MA 1HKGA 4WQ5A 1Q18A 2J4RA 2YHYA 2P9NA 5FPMA 2ITMA 3R9PA 5KPZA 3WXLA 3FZFA 3ENOA 4BRDA 4BRPA 3ZX0A 4FO0A 2GWKA 3H45C 4CJ7A 5AQOA 5ADXH 2P9PA 3D2FB 3LL3A 3FZLA 5AFUH 3QBXA 4FWPA 4FWMA 1Z6RA 1YVNA 3A0IX 3H6EA 4M63C 4CD3A 2A40A 5AQXA 4H0OA 3GL1A 4XEIA 2V52B 4DQ8A 3M6GA 2Q1NA 1WOQA 3S41A 2E88A 4CZGA 2ASOA 2HF4A 5AQLA 1EQYA 3CJCA 3CJ9A 3EO3A 4I6MA 5JICA 3UB5A 3QICA 2Q36A 3LDQA 2QWNA 3UKUB 4EFHA 4FWOA 4B1WB 4ISFA 4RTFD 1QQNA 3W3DA 3DXKB 2V7YA 3H3OB 4LC9B 4PL8A 1TYQB 4FWQA 4H0PA 3VEWA 1KAZA 4ISEA 3CHWA 3A8YA 3RSEA 4BQZA 1DGKN 4BRCA 1SQKA 5BREA 3F9MA 4FOEA 5F1XA 4FWKA 2P9LB 3L6QA 1ZC6A 1HKCA 1JCGA 4EAHD 3BP8A 2P9NB 3DWLA 2GEMA 1ATNA 3MK6A 3FGUA 1GLFO 1HJOA 4PKIA 2YHWA 5E26A 4A2BA 5B8HA 5AFUA 3U8XA 4DCHA 4CZMA 2HF3A 5KQDA 1NGIA 2P9UB 2CGLA 5AQIA 5AQRA 1XUPO 1ESVA 5F2RA 1BO5O 3CJ7A 2FSKA 2QXLA 1DEJA 2GWJA 3M1FA 4FWRA 3ULEB 5BR9A 4FOIA 3SLCA 2CH6A 4QS9A 2A42A 4BR9A 2QWPA 1XC3A 5LJVA 1GLBG 4I6MB 3WUHA 2ZWHA 3CETA 4FPBA 4H5RA 1HLUA 2FXUA 4BR7A 2ZGYA 5BN8A 5KPTA 5AZIA 3MMVA 2BTFA 4CZKA 5BPMA 3RSEB 2E2QA 2YCHA 3AAPA 3IMXA 1T6DA 4BC5A 4CZFA 4MLHA 2NZTA 3CI5A 1C0FA 3TPQA 4JN4A 1CZAN 2KHOA 3MCPA 4GY2B 4MO4A 4CZIA 5KQ8A 2D0OA 1QHAA 2YHXA 1RGIA 2Q97A 5AQTA 3ATUA 5AZJA 4FWNA 2IVNA 4H5NA 4JHDA 2IVPA 3O8MA 1SAZA 2YJEA 4PKHA 5AQSA 3MDQA 4C23A 1Z05A 4BRLA 4B1ZA 1TUUA 3JS6A 3VETA 4A61A 3D2EA 3VEVA 4BGAA 2UYTA 3O80A 4H0YB 3WXKA 3SMSA 3GOIA 4CBUA 1S3XA 4WQ5C 4H03B 4K25A 3H46O 4CZLA 3FR0A 2QWOA 4FPAA 4B1VA 1U2VA 1YUWA 3FZHA 3CERA 1MDUB 2P9IA 1HPMA 2FLOA 1TUYA 1MWMA 5AQWA 1GLCG 3SMPA 4BC2A 4BRHA 1NMDA 3HSCA 5AQPA 3H1QA 1KXPA 3I8BA 4BRIA 2BUPA 2QM1A 2P9KB 3VEZA 1GLDG 3AY9A 5AZIB 3VGKA 1QZ6A 1NGHA 3H1VX 3KHYA 2QWRA 1WUAA 1C0GA 3LDLA 3C0BA 4BRKA 2VCPA 1BDGA 1BUPA 1X9JA 3IDHA 1D4XA 3VERA 1BOTO 3EKUA 5F0XA 3A5MC 3R6MA 2IIRA 2IVOA 3CIPA 3UKRA 3L4IA 5AZJB 4BRGA 4A2AA 2ASPA 1NBWA 4O5FA 2OANA 3EN9A 4MLEA 2FSNA 1MA9B 3HTVA 4CZHA 5ADXA 2QWQA 2A5XA 3D2EB 3IFRA 3JXUA 3VEYA 1HX1A 1HKBA 2CH5A 2P9PB 5TKYA 1MWKA 2YI1A 2Q31A 4M7YA 4BQLA 3DXMA 3WQUA 5FPNA 3HM8A 4BC3A 4WQ4A 3I33A 1LCUA 3HZ6A 4A62A 4CBXA 4EIAA 1U2VB 5BRFA 4Z94A 3O4WA 3O5BA 3LDPA 5AQNA 3ATVA 5AQGA 1X3NA 3CJ1A 1OKJA 5BRHA 3VPZA 4JNEA 3U9DA 4CD1A 3VGLA 2P9SA 3CJAA 3DJCA 1E4GT 3UE5A 4BRAA 2VYPA 3ID8A 3P4IA 4KBOA 1R59O 4E1JA 3MN7A 4H0VB 4H5TA 1XQSC 3ZX2A 1ZXOA 3LDNA 1BA0A 5CE3A 2I7NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3H3NO 5GADP 2BGGA 1ZBUA 4DSEA 3T3FA 3U4LA 2XY7A 1QVGM 3ZSRA 2ZJRL 3GBTA 1OVYA 4FWLA 3E9LA 3ZETA 3A5NC 4CVNE 4BVPA 4CGIA 4Y0WA 4I7FA 4B1XB 1SKSA 1KSPA 1XC9A 3WQTA 2HBMA 1HNVA 1BIUA 4CI6A 3PV8A 1UA1A 5C24A 1P90A 3VEOA 2PFUA 3O6WA 2XY6A 4KHWA 2QI2A 3ENBA 4NCAA 5CHIA 1V4SA 3AVIA 3DOKA 2PBDA 4NXMK 4YOUA 4ELTA 3WEEA 4H8KA 3I56N 1NJXA 1W9HA 3NE6A 5EXWA 4JKCA 5EOYA 4BR5A 5FRNA 3PLAA 3SBTA 4MDAA 1T05A 2OYQA 4JI4K 3CC7N 2V7ZA 1QHTA 3T7ZA 3HPOA 2QWMA 2OZSA 1YITN 4M42A 2I7PA 1JCEA 3U3GA 4WFAL 3TABA 1J53A 4KI6A 4J2AA 3MECA 5HRNA 4BY9C 2OPRA 2YKNA 3MN9A 4BDPA 1VQ8N 1RFQA 1KQSM 1VQ6N 2F9WA 3L3UA 2HBJA 2CGJA 5AQKA 4BRMA 2F8TA 4OLBA 3OS0A 1CXQA 4HCCA 1BIZA 3AVLA 5J2NA 5GINA 2ZJQL 2W40A 3TTCA 3RRHA 3DLHA 1HYZA 3NBPA 4M3WA 2QKBA 4B08A 3PSIA 1D8YA 3QMLA 4BG8A 3U9ZA 5SWMA 4DV3K 3LM9A 4Y1DA 4CIEA 2O8DB 3A5OC 3J8AA 4JEPA 4RW4A 4PWDA 3KLEA 3CQ8A 4JHDB 3SJJA 1NGCA 1JCFA 3LALA 2QA4N 2HVIA 4AHSA 1VQKN 4FK0A 4I9QA 4LF4K 4U67L 1K73O 4Q5VA 3C7NB 4J8FA 5LY3A 1P8ZA 4CBWA 3O1BA 4C1NK 4IXCA 3H08A 3RMBA 3EL2A 1ZYQA 1WSGA 1WN7A 3DAWA 2FSJA 1T6CA 3HL8A 2E2PA 2VWJA 4FXDA 3ZEUB 1RDUA 3AVFA 2YJFA 4B9QA 4EHUA 4BR4A 5BRDA 3BF3A 3VTIA 4E7HA 3VESA 3KKSA 2ASMA 3B8AX 3ASMA 1JKHA 4PKGA 2G8KA 3NH2A 2GUPA 1BA1A 4CW7B 1TKZA 4CESA 1BISA 4IOCL 1L3TA 2E2NA 2HOEA 4IDHA 4KHYA 5AQHA 5ELZA 4E7LA 2Y1JA 1HQEA 4CHPA 2FF6A 4DR4K 2JLEA 4HUFA 3A5LC 2VWBA 2KFZA 1BI4B 4M7XA 3CCSN 4BREA 4CJWA 4BE0A 4AH9A 4C8MA 3IS9A 2GX9A 4DV2K 1GOAA 5LMUK 1Q9YA 3HBTA 3AVJA 1NGAA 3AO1A 3UKUA 3BF1A 3G4SN 1H1VA 2HHSA 4KI4A 4DTRA 4BDYA 5KPRA 3VA3A 5FPEA 4Y1CA 3RWUA 2VG5A 4CHYA 1RTDA 3VQ7A 4K8XA 2G8IA 4CEBA 3T19A 1RBUA 4BE1A 4B3SK 5LJWA 3AVKA 4N41A 4CZEA 3G6EN 1NGBA 3CM5A 3O9SA 4KB1A 2AJQA 2ZGZA 3CCJN 1HKGA 1J54A 2P9NA 2XRIA 2KLAA 4DSFA 3DLEA 3NF9A 3OTOK 4FO0A 3TAFA 4FLVA 1QSSA 3RVCA 1L3SA 3FZLA 4HCBA 2OZMA 2KFNA 1Z6RA 1ZBIA 5AQXA 4H0OA 4FJGA 3AVHA 3AA3A 2B5JA 2V52B 1WSEA 4Z4GA 4ELVA 4EP5A 3SAFA 4CZGA 1JLEA 4FM2A 5AQLA 3UIQA 1N33K 1W0HA 4CJEA 1FJGK 2QWNA 2F7TA 4FLTA 4CECA 4FWOA 2HNDA 1NK9A 5IT9O 4ISFA 4DQQA 3THXB 5CZ1A 2BDPA 2FBVA 3L4QA 4CEOA 4BWJA 4ISEA 1RBSA 3AA5X 5AJ3K 3L2UA 4BQZA 3G10A 4AILC 1C1AA 2HB5A 5CZ2A 1VSHA 1X1PA 1NMNA 3L6QA 1ZC6A 3L2WA 1JCGA 1ASWA 3CC4N 4DR7K 4FJMA 3MK6A 1VSJA 1Q86O 1HJOA 5E26A 2YHWA 4IKFA 3QEPA 4A2BA 3KK2A 2X6SA 4J2BA 1OH7A 4B3RK 2IAJA 3CYMA 4CIFA 2P9UB 1NU0A 3KLGA 4G9ZA 5E41A 3HVTA 3NDKA 1EWQA 3CPEA 3SBGA 3CJ7A 4FW1A 1LW0A 4DV5K 3NGIA 4FOIA 3VQ4A 3SLCA 4CGDA 4FJJA 3LZJA 4IFEA 4LF8K 4LD0A 5LJVA 4I6MB 4CE9A 4N76A 2W42A 1UWBA 1VQNN 1YI2N 3KLIA 3CFPA 2VQFK 3EYZA 1KVBA 4Z4HA 4JI3K 4IEEA 4CZKA 3RSEB 3I0SA 3IMXA 1T6DA 4BC5A 2PZSA 3TPQA 3TAPA 3OYKA 2Z1HA 3NMUA 4MO4A 4CZIA 1BCMA 4FJXA 4F2RA 3ID6A 3SZ2A 4NYNA 3WNEA 3CYGA 2FC0A 3P5JA 4ID1A 4H5NA 4CK2A 4DTOA 4JHDA 2IVPA 2LSNA 2NRXA 1WNSA 1SAZA 1NOYA 4FM0A 3L2RA 1T3VA 4XIUA 1K8AO 4YNQA 4B1ZA 1TUUA 3I55N 1U45A 3HYFA 3VEVA 3QETA 2YKMA 1QQCA 3SMSA 4DWIA 2X6NA 4CBUA 1NOZA 2IC3A 4K25A 4O0JA 4FPAA 3IKMA 3PUFA 2OPSA 3FZHA 3QEIA 2JWKA 1TUYA 2P5OA 4RW6A 4BRHA 3PIPL 1CZ9A 3NH0A 1KXPA 3G0ZA 2QM1A 4PY5A 5AZIB 2KTQA 2YNFA 3SPYA 2OPPA 3CFOA 3KHYA 4BRKA 3VN5A 3IDHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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