The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S Ribosomal RNA
|
| publication title |
Crystal Structure of a Bioactive Pactamycin Analog Bound to the 30S Ribosomal Subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
26
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-05-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UUB K; 4K0K K; 2UU9 K; 4DV5 K; 4LF9 K; 4LFA K; 2UUA K; 4X62 K; 1N36 K; 4DR5 K; 4LF6 K; 1N33 K; 4JI5 K; 5LMU K; 2UXD K; 5A2Q O; 4B3M K; 4OX9 K; 4DR3 K; 4CW7 B; 4DUY K; 4DR7 K; 4JI7 K; 5BR8 K; 4DV1 K; 1IBK K; 3OTO K; 4NXN K; 4YHH K; 2UXC K; 1N32 K; 4JYA K; 3J80 O; 1J5E K; 4GKJ K; 4DV2 K; 5FLX O; 1N34 K; 4YY3 K; 1HR0 K; 4CVN E; 4DV0 K; 1I94 K; 4NXM K; 2ZM6 K; 3T1H K; 4LF8 K; 1FJG K; 4X66 K; 4JI8 K; 5AJ3 K; 2E5L K; 4LFB K; 2UUC K; 4B3R K; 4JI0 K; 4DV7 K; 1HNX K; 4LF4 K; 4JI2 K; 1XNQ K; 3JAM O; 2HHH K; 4LF5 K; 1HNZ K; 4B3S K; 3J81 O; 1XMQ K; 4X64 K; 3T1Y K; 4AQY K; 1XNR K; 4X65 K; 4JI1 K; 4DUZ K; 4DV6 K; 4LFC K; 3J7Y P; 4JV5 K; 4JI3 K; 4DV3 K; 4DV4 K; 2VQF K; 4DR1 K; 5LL6 Z; 4JI6 K; 2UXB K; 5LMN K; 4DR4 K; 4GKK K; 4DR6 K; 5IWA K; 1IBM K; 4DR2 K; 3J7A P; 2F4V K; 1IBL K; 4V19 S; 5IT9 O; 1XMO K; 4KHP K; 2VQE K; 1HNW K; 4JI4 K; 4LF7 K; 4B3T K; #chains in the Genus database with same CATH topology 5FPN A; 4KKO A; 2E88 A; 1RTH A; 1GLE G; 3DMJ A; 4FJG A; 3EEQ A; 2E2P A; 4A2A A; 5TKW A; 3ZSR A; 3KLE A; 4FJN A; 2AJQ A; 3VER A; 5AQK A; 4DS4 A; 2YJF A; 1OH8 A; 2GTD A; 2NNW A; 1HJO A; 4JK9 A; 3RR8 A; 4FJM A; 1DTT A; 2HND A; 2A1R A; 2YNI A; 1HYZ A; 4ELT A; 3BY5 A; 3THV A; 4N76 A; 1KCF A; 2FF6 A; 3V6D A; 5AQP A; 4N47 A; 1QVF M; 3ZX2 A; 2XRI A; 1HKG A; 2BUP A; 3CD6 N; 3TSP A; 4MO4 A; 4CJL A; 3OYJ A; 2QWL A; 3QNN A; 4JYA K; 3F9M A; 5H1S Q; 4B1Z A; 1FKP A; 3AVJ A; 4DHY A; 3RMC A; 4B1W B; 2VG6 A; 4E1N A; 1M90 O; 1QE1 A; 1WNS A; 2OA8 A; 2VWB A; 5M1Q A; 4CEF A; 3KLH A; 4H0T B; 1S1W A; 3HYF A; 2HST A; 1RBV A; 4MDB A; 4CF1 A; 3LWL A; 3L0Q A; 5HP1 A; 4RW4 A; 3DOL A; 4ZHR A; 4NYF A; 5AQO A; 3LP0 A; 5ELZ A; 3DM2 A; 2YKM A; 2BTF A; 4NCG A; 2QWP A; 1NNE A; 3V1Q A; 1RDU A; 2YKN A; 3MDQ A; 3O9T A; 2XY5 A; 3J81 O; 4FLV A; 1BIZ A; 1XUP O; 2ZGY A; 1UWB A; 3CPW M; 2QK9 A; 3PSF A; 4DTX A; 4FLU A; 4B9M A; 3HP6 A; 3BZC A; 3D2E A; 3ZT2 A; 3KLG A; 4WE1 A; 4H5V A; 2ASM A; 3ZSY A; 2QXL A; 4FVM A; 1MDU B; 1YXQ A; 3EE9 A; 2R7Y A; 2DFE A; 4NCA A; 2F9T A; 4JRP A; 4IFY A; 4JKD A; 1XC3 A; 5AQG A; 2RE2 A; 3VQ9 A; 1UAX A; 2W40 A; 4B9N A; 4PL7 A; 3AVA A; 3QDK A; 3CCM N; 3PX4 A; 3S3O A; 5E26 A; 1VSD A; 1TK5 A; 2YV0 X; 3PSI A; 4CHZ A; 1TKZ A; 1RDC A; 1DGK N; 4DU1 A; 1EXQ A; 4I6M B; 3RRG A; 3JSM A; 3EYZ A; 1J6Z A; 2IVO A; 1BWF O; 3UKR A; 2RKI A; 3ZEU A; 5BRE A; 4B1V A; 1QSL A; 3KTQ A; 1L3S A; 1L3V A; 4DMN A; 1U48 A; 1HJR A; 1N36 K; 2HF4 A; 3L4I A; 4H5W A; 3S3N A; 3MWP A; 3AA5 X; 2W6K A; 1S1U A; 3A5O C; 3T3F A; 5C0Y A; 3LPU A; 2GV9 A; 3OVN A; 1JL2 A; 2FC0 A; 1RBR A; 4O0J A; 4B1X B; 2P9K B; 3KK2 A; 4DR7 K; 4K8Z A; 2EWS A; 1XHX A; 1RT6 A; 1EKE A; 4JNE A; 1ZBU A; 3WXL A; 1SL0 A; 2HHW A; 2YNF A; 4JK7 A; 1HX1 A; 2E2O A; 1NBW A; 1BQM A; 3ASM A; 5AQJ A; 4CZI A; 4CVN E; 3WUH A; 4FWR A; 5B8H A; 1FJG K; 4X66 K; 3AVN A; 4DQQ A; 4HHT A; 4IG0 A; 3VEO A; 4KHS A; 5HRN A; 3NH0 A; 1OH7 A; 2DY4 A; 4Y1D A; 4A61 A; 3VTH A; 3LZJ A; 1JCG A; 1K8K B; 3CFO A; 4RWT A; 3SK3 A; 4W5N A; 3EZ5 A; 3LM2 A; 4DU4 A; 4AH9 A; 3TAN A; 1JLE A; 2FBX A; 3M6G A; 1YVN A; 2GX9 A; 3EZW A; 3C95 A; 3DLH A; 1GOA A; 4Q5V A; 3VF4 A; 3ZT1 A; 1WN7 A; 3LDO A; 2YI1 A; 3A8Y A; 2VGM A; 2KZM A; 4Z4F A; 3BF3 A; 2HHU A; 1WSJ A; 2JLE A; 1KAY A; 1JKH A; 4DQP A; 4QAG A; 3VQP A; 2O4I A; 3LPT A; 4YOY A; 1N5Y A; 4DU3 A; 4DKW A; 2ZGZ A; 1HRH A; 1N6Q A; 3J8A A; 2E1Y A; 4BG9 A; 3F73 A; 3P39 A; 4BRI A; 2F8T A; 3U6F A; 2Q2R A; 3OYL A; 5KGW A; 4CHO A; 4FJJ A; 3LAM A; 4H4M A; 3U4L A; 4DQ8 A; 4BDZ A; 1C1C A; 3THW B; 3C7N A; 1IJJ A; 4LF9 K; 2GWK A; 2EHG A; 3DLL L; 2UUA K; 2P1J A; 2G8I A; 3AVG A; 2O8B A; 3TR8 A; 3DRS A; 3U3G A; 1O13 A; 3CJA A; 1KRP A; 1C0M A; 3U9Z A; 4CZF A; 2V51 B; 3LP3 A; 3KWI A; 4ICL A; 5KRS A; 4AHV A; 3TAQ A; 2HMI A; 4CJE A; 4C8N A; 3ID8 A; 3OW2 M; 2KW4 A; 3SCX A; 3WQT A; 3I8B A; 3KHY A; 5SWM A; 2G8K A; 3GL1 A; 1LWF A; 3UE5 A; 2B5J A; 2HVH A; 3LL3 A; 5GIP A; 3T1A A; 3NGZ A; 4B1Y B; 3VQC A; 4FYD A; 1YHQ N; 3WXM B; 1S6P A; 3VF2 A; 5CE3 A; 5AQI A; 4GKJ K; 1FKO A; 1C0U A; 3RMB A; 4YY3 K; 4KHQ A; 1KFS A; 3NDK A; 1L5U A; 2QWM A; 3CYM A; 4LC9 B; 3FZM A; 5KGX A; 3NGY A; 2Z1H A; 1Q9Y A; 3CET A; 1H1V A; 3C6U A; 4CEC A; 3U8X A; 3O3H A; 3H08 A; 1T8E A; 3SV3 A; 3QER A; 5J2M A; 3LDL A; 3T1Y K; 3NBP A; 1VQO N; 1LOT B; 3HOT A; 4JD2 A; 1TK0 A; 2NLX A; 3DLE A; 5F0X A; 4KFB A; 3EKU A; 4PQU A; 3R6M A; 3ID6 A; 3KK3 A; 1OH6 A; 2WC9 A; 1NGJ A; 1K9M O; 5JIC A; 1HLU A; 2Q31 A; 5CYM A; 4PUO A; 5BPM A; 1WSF A; 4OKK A; 4EZ6 A; 4WQ5 A; 4FWL A; 2I7N A; 3C65 A; 2ZF5 O; 2OPQ A; 4MDA A; 4Z4H A; 4H5N A; 2B6A A; 5EVZ A; 4Z0U A; 5KRT A; 2VQE K; 4JI4 K; 1U49 A; 1LWC A; 3MEE A; 1YAG A; 3EO3 A; 3VGK A; 2E8A A; 3VA3 A; 4M42 A; 4IXC A; 3LAL A; 4R79 A; 1EWR A; 1EET A; 1TGO A; 3HM8 A; 1U2V A; 4CD1 A; 4PL8 A; 5HL7 L; 1HKB A; 3OJS A; 3VOV A; 2D4W A; 1X9S A; 4BRH A; 3H46 O; 5A2Q O; 2G8H A; 4KH6 A; 2WON A; 2HBL A; 4ISE A; 4FK4 A; 1HQE A; 5KQD A; 5BRH A; 3LM9 A; 5JVH L; 1X3N A; 5FRM A; 2E6L A; 3ZT0 A; 4B8A B; 3SQ1 A; 1Q81 O; 3OS2 A; 4FPB A; 2GUI A; 3AO3 A; 4DV2 K; 1EO1 A; 4IZ9 A; 3KK1 A; 3K59 A; 3TAF A; 3UKU A; 1GOC A; 4OPK A; 4DFK A; 1U4B A; 4LFB K; 2YNH A; 4I7F A; 4OPJ A; 4CJK A; 3SV4 A; 1RT5 A; 1VRU A; 1ZC6 A; 2GEL A; 5BRF A; 5AQL A; 3CF5 L; 1VQK N; 4KHN A; 3SYZ A; 2BH1 A; 3MED A; 4IO8 A; 1WBB A; 1Q9X A; 1NMN A; 2ZWH A; 2G8F A; 1BG3 A; 3SZ2 A; 3IG1 A; 3DLG A; 4DTS A; 3SBG A; 3L2R A; 4CK1 A; 4FO0 A; 1R0A A; 1JXB A; 1T3V A; 3IDH A; 3NGI A; 4BRC A; 4XH5 A; 4BR0 A; 3HM9 A; 1Y97 A; 1J5O A; 4O5F A; 3O3G A; 1IO2 A; 5EY4 A; 5AQM A; 3OA9 A; 3TI0 A; 2OPP A; 4JN4 A; 4DTR A; 3FGU A; 1TAU A; 3VF6 A; 2UXB K; 4CJU A; 1IG9 A; 3CJB A; 1RT2 A; 3KKR A; 1GLB G; 1VQM N; 5EXW A; 4YOU A; 2YHX A; 2QWN A; 3ZX3 A; 3I55 N; 4N5S A; 4V19 S; 3K5N A; 2FXU A; 1RBU A; 4CGI A; 4WFB L; 2HMP A; 1HNW K; 1J53 A; 1IKX A; 3SAG A; 1UA1 A; 2E4L A; 1VQP N; 3O9S A; 1DLO A; 4CJF A; 1WAJ A; 4F2R A; 4CGF A; 1SQK A; 3G0Z A; 4MO5 A; 3THX B; 4BC2 A; 1NGA A; 3MX5 A; 4LSN A; 2P5G A; 1B92 A; 1VSF A; 1JLC A; 1VSJ A; 3ZYY X; 2D1K A; 1N33 K; 4CED A; 3EKS A; 4BRM A; 4W5T A; 3L4Q A; 1VQ4 N; 4BC3 A; 4JI7 K; 2CGJ A; 3HSC A; 3F9K A; 5GAH P; 5DM6 L; 2QEX N; 1B9F A; 4H5T A; 3OTO K; 3CC2 N; 2HHX A; 1ZBS A; 4YHH K; 3TWH A; 1U04 A; 1NJI O; 3VQQ A; 1J5E K; 3WNF A; 2O8D B; 4JKF A; 2P9L B; 5K14 A; 3C6T A; 2ZJR L; 3CMA N; 1Z05 A; 3PV8 A; 3OHR A; 4H0V B; 4CF8 A; 3OYF A; 4RW9 A; 1SZ2 A; 4DTM A; 3CC7 N; 4N41 A; 1E4F T; 2P9P A; 3V9S A; 1QQN A; 2HOE A; 1NK0 A; 1TK8 A; 1KVC A; 1HUX A; 2P5O A; 4FLZ A; 3AGR A; 2ZD1 A; 3AVB A; 4JKG A; 3UIQ A; 4JI1 K; 4YDU A; 4J2E A; 2IIR A; 4XEI A; 3J7Y P; 3M8R A; 4FJI A; 3MK6 A; 1BOT O; 4GMJ B; 3KLI A; 4FWO A; 3U9D A; 4FVU A; 2AP1 A; 1B9D A; 3VQD A; 3S41 A; 3H45 C; 5AZI A; 4PY5 A; 3ZET B; 4LH5 A; 1YIJ N; 2KFZ A; 1OKJ A; 2HW3 A; 1A5W A; 1F21 A; 5ADX H; 3G71 N; 1IBL K; 4Z4C A; 3HO1 A; 1NGF A; 3TTC A; 4KTQ A; 3SMS A; 1W7A A; 1OH5 A; 2OZS A; 4E7L A; 4B3T K; 4KB0 A; 2Q3S A; 1VSI A; 3IKM A; 1XHZ A; 3VQE A; 1DEJ A; 3K58 A; 4BR4 A; 2G8V A; 4IOX A; 4BWJ A; 4XH4 A; 3NAE A; 4AIL C; 1T7P A; 3SUP A; 1W97 L; 1CZA N; 3B6P A; 3WXJ A; 5KQ8 A; 5CY4 A; 1SL2 A; 1A5X A; 4CZG A; 1HQU A; 1WSI A; 4KHY A; 1VQL N; 3L2U A; 3AVI A; 1T05 A; 1VQ6 N; 3E66 A; 2ITG A; 3ZSX A; 4FJ7 A; 2NZT A; 2NRZ A; 1DTQ A; 4E89 A; 4I9L A; 3V81 A; 3LDS A; 4CJ4 A; 4QCL A; 3H3N O; 4F9O A; 3V9Z A; 1GOB A; 4EHU A; 1K73 O; 4YOW A; 3THY A; 4OKE A; 3V1O A; 4CEE A; 3CJ7 A; 1X1P A; 3QFP A; 2FBT A; 2VWK A; 3VQ7 A; 3IUC A; 1LAV A; 5C24 A; 2GUP A; 3HPH A; 1I94 K; 3K9J A; 4JAX A; 2GBZ A; 1KVB A; 3QEI A; 1OVQ A; 4CZJ A; 3DRR A; 1GLL O; 4B9V A; 4CI6 A; 4FLY A; 1OVY A; 2WFB A; 3P38 A; 4C23 A; 3AGK A; 2HBM A; 4ZTF A; 4PHT X; 4KRF A; 4DSF A; 2YX6 A; 4LF5 K; 3WNG A; 4B3S K; 3OJU A; 2X6N A; 1VQ7 N; 5E84 A; 3W3D A; 3O80 A; 4DFJ A; 1WOQ A; 4B8C A; 1Q82 O; 2XY7 A; 3ISN C; 2FBV A; 3O1B A; 4IEI A; 1WBD A; 4DV3 K; 4ILJ A; 3G4S N; 3WEE A; 4BRE A; 5LL6 Z; 4RG8 A; 4BR7 A; 2ETJ A; 3MXI A; 3SPZ A; 1Q86 O; 4HCB A; 2O8C A; 4HTL A; 2P9I A; 3L3V A; 2F4V K; 4ILH A; 4KHW A; 4JK8 A; 5JVG L; 5C2D A; 1NK4 A; 1ZBI A; 2QWQ A; 2KLA A; 4YNQ A; 2KKZ A; 3AVL A; 4J2D A; 5KPT A; 5D3G A; 1KFD A; 2G8U A; 3CI5 A; 4HVJ A; 3HXM A; 4BC5 A; 1ILY A; 1ATS A; 3L3U A; 1D4X A; 3FZH A; 3VEV A; 1TYQ B; 2HBK A; 3DYA A; 1NKC A; 1NKB A; 1P8Z A; 4F3O A; 3M8S A; 1JLF A; 1FK9 A; 2UYT A; 5LMU K; 3QEV A; 2UXD K; 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4O8U A; 1Z25 A; 4BR5 A; 4JI5 K; 2FSN A; 2DFH A; 5AZJ A; 2QI2 A; 4CFD A; 3HK2 A; 1QZ5 A; 3D6R A; 1HMV A; 4I2Q A; 4M7Y A; 4AHS A; 4BRA A; 5AQW A; 3VQ6 A; 2D0B A; 1JJ2 M; 2VYP A; 5BPN A; 3CCJ N; 3DOK A; 4DS5 A; 1P90 A; 4J2B A; 3QBW A; 1WSE A; 3QML A; 1RT3 A; 4CEA A; 4K43 A; 4DQS A; 4IWV A; 4IFV A; 1S9E A; 3ZT4 A; 5FPM A; 1WLJ A; 3RSE A; 3TSQ A; 2W41 A; 4OJR A; 4FOE A; 4JI0 K; 4CJV A; 5C15 A; 3CXC M; 3AAP A; 3G6E N; 5JLH A; 3ULE A; 1EWQ A; 2HHH K; 3NFA A; 2PYJ A; 4DTO A; 1RTJ A; 5M1K A; 2QA4 N; 3SNN A; 3HPG A; 4DLE A; 1VQ5 N; 1XNR K; 1CZ9 A; 2FSK A; 2E20 A; 1REV A; 4W5O A; 4O5B A; 3NVK A; 1CXQ A; 4GV6 A; 1BUP A; 4CFC A; 1NK5 A; 2YNG A; 3D2E B; 4JI6 K; 1Q8I A; 1TUY A; 3OBY A; 2FBY A; 1S22 A; 1BI4 A; 3J7Z O; 3P4I A; 3SAH A; 4FLW A; 3RR7 A; 3RMD A; 2ATQ A; 4BR2 A; 3C6A A; 1VAZ A; 3IS9 A; 3H3O B; 4QS7 A; 4B3O A; 2IS3 A; 4FJX A; 2JGU A; 1YIT N; 1Z26 A; 3QLH A; 3BUZ B; 2OYQ A; 3FZK A; 2G8W A; 4DSL A; 3Q7C A; 5C25 A; 3QNO A; 5MLC Q; 1FW6 A; 3V4I A; 4M63 C; 1NWK A; 1WAF A; 1TKT A; 2ZQB A; 4FM1 A; 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