The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OX9 K; 3JAM O; 4LF7 K; 1XNR K; 3J81 O; 5A2Q O; 2UUC K; 2UXC K; 4NXM K; 4CVN E; 2E5L K; 3T1H K; 1IBK K; 4DV0 K; 4NXN K; 2F4V K; 3J7Y P; 4JI8 K; 4DV5 K; 4DR1 K; 4X66 K; 4LF6 K; 1XMO K; 5FLX O; 1N36 K; 4DR5 K; 4KHP K; 4DV7 K; 2VQE K; 4LF9 K; 1IBM K; 4B3R K; 4JV5 K; 2VQF K; 4DR3 K; 1HNX K; 2ZM6 K; 4DV6 K; 1J5E K; 4YY3 K; 4JI7 K; 1XMQ K; 4DV1 K; 4X65 K; 4LFB K; 5LMU K; 1I94 K; 2HHH K; 1N32 K; 3T1Y K; 4JI0 K; 4AQY K; 3J7A P; 4JYA K; 4DV3 K; 5IT9 O; 4DR2 K; 4JI4 K; 1HR0 K; 4JI3 K; 1HNZ K; 1HNW K; 5LMN K; 2UXB K; 1IBL K; 3J80 O; 4DUZ K; 1FJG K; 4LF4 K; 4V19 S; 1N34 K; 2UU9 K; 4DR4 K; 5IWA K; 2UUA K; 1N33 K; 4B3T K; 4DUY K; 4DV2 K; 3OTO K; 4GKK K; 4LFC K; 4CW7 B; 4YHH K; 4DV4 K; 4LFA K; 4X64 K; 4JI5 K; 4JI6 K; 4JI1 K; 4B3S K; 5BR8 K; 4X62 K; 4K0K K; 4LF8 K; 4DR6 K; 5AJ3 K; 4B3M K; 4JI2 K; 4DR7 K; 1XNQ K; 5LL6 Z; 2UXD K; 2UUB K; 4LF5 K; 4GKJ K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3MMV A; 5SWM A; 5D3G A; 3U4L A; 1XHZ A; 3CCM N; 3ZLJ A; 4DS4 A; 4RW8 A; 4NXM K; 2BDP A; 2VG7 A; 4E89 A; 1LW2 A; 4FLZ A; 1GLC G; 2YNG A; 1YJ9 N; 4Z94 A; 4DQP A; 4FXD A; 2FBV A; 1OVY A; 4OKK A; 3J7Y P; 3MX5 A; 3O9U A; 3WXJ A; 4LH4 A; 1Z26 A; 1TK8 A; 4DTU A; 3R8E A; 3D7E O; 4M7X A; 2XY6 A; 4FVM A; 1M90 O; 1LV5 A; 2NRT A; 1RIL A; 1IBM K; 1A5V A; 3NE6 A; 3RR8 A; 3NVM A; 5B8H A; 1TK0 A; 3BZC A; 3O8M A; 3T7Z A; 3LZI A; 1KCF A; 3HPH A; 4Z4I A; 2QWP A; 2P9P B; 1RTH A; 1XMQ K; 1KAZ A; 1KVB A; 3J8A A; 2EHG A; 3F9K A; 4CBU A; 4FK2 A; 3V1O A; 3QDK A; 2HOE A; 1VQK N; 3F2K A; 3RRG A; 3ZT2 A; 1FW6 A; 1NOZ A; 4FOI A; 4CI6 A; 3AVH A; 4M3Y A; 4MDA A; 4OKJ A; 4BDP A; 2P9I B; 4FJI A; 3VQ6 A; 2WON A; 3VEX A; 1RDA A; 4CEC A; 1NGH A; 3NF8 A; 4PL8 A; 5HLF A; 3K9K A; 1VSL A; 3WQU A; 1MU2 A; 3HSC A; 4B1X B; 4BRC A; 4BY9 C; 3CJA A; 2P9N A; 1ZBH A; 2KZZ A; 5M1Q A; 4J2E A; 1NG9 A; 3AAP A; 1IKV A; 4RW7 A; 4M3U A; 4Z0U A; 1GOA A; 1TGO A; 3L4Q A; 3WXM B; 4JKB A; 2VG5 A; 4CFD A; 3IDH A; 4E7J A; 3LP2 A; 3DLR A; 4CZI A; 1RDB A; 1QHT A; 3V9W A; 1QS4 A; 3EE8 A; 4HTU A; 3PIO L; 1UA1 A; 4K0K K; 2ZF5 O; 4CER A; 5AQK A; 3CD6 N; 4KFB A; 4F9O A; 2HB5 A; 5AQO A; 1D4X A; 5EY4 A; 5JLH A; 3MXM A; 2KZM A; 3OS0 A; 2Z1J A; 3SPY A; 4Y0W A; 1NKC A; 2Z1I A; 2HHQ A; 4R79 A; 5FRN A; 1TKX A; 5EOY A; 3TAQ A; 3LP1 A; 3VQD A; 4IOA L; 4GV3 A; 4DFM A; 1IBK K; 2O8C B; 3SQ2 A; 3MEE A; 4MO4 A; 1VQ6 N; 2W6K A; 4FWQ A; 3SBG A; 3L2U A; 4DTO A; 2CH5 A; 3ZET B; 4BRK A; 4DQI A; 2YX6 A; 3AVB A; 3BEX A; 1SL2 A; 4J8F A; 2E2N A; 3EEQ A; 3CFO A; 3AVI A; 3ZSX A; 1RTJ A; 2E6M A; 2IVP A; 4A2B A; 4FM0 A; 1NK8 A; 4DB3 A; 4JV5 K; 1S9G A; 5F0X A; 3O08 A; 5JLF A; 1KAX A; 2KHO A; 3K5M A; 4FO0 A; 4DWI A; 4NCG A; 3OYD A; 3CF5 L; 4W5Q A; 4LFB K; 5LMU K; 5JMV A; 5JS1 A; 5SZT A; 3ISN C; 5HL7 L; 4IKF A; 3DYA A; 2AA4 A; 5E26 A; 4DV3 K; 1EWR A; 2OPR A; 3LP3 A; 4YOV A; 2E1Y A; 3C95 A; 4YFU A; 3AO3 A; 4IFY A; 2D0O A; 1U2V B; 3VQC A; 1HNZ K; 2UXB K; 3CJ9 A; 1NGG A; 4DFJ A; 4FJ5 A; 4ISE A; 2CH6 A; 1NJX A; 1QZ6 A; 4CF0 A; 1OVQ A; 1NGE A; 3CER A; 1EKE A; 4H4M A; 1EWQ A; 4ICL A; 4BE0 A; 3WQT A; 4RW4 A; 3V81 A; 3NF6 A; 3SQ0 A; 2VCP A; 3TAE A; 4CK3 A; 3L2Q A; 4B9T A; 2KLA A; 1WBD A; 4CJW A; 3RTV A; 3D2F A; 2P9L A; 1REV A; 4I2P A; 4ILH A; 4XH1 A; 3OYJ A; 3LWL A; 5BR8 K; 1N5Y A; 2NRR A; 1HQU A; 4LF8 K; 2VYP A; 3QO9 A; 4CES A; 1BWF O; 4BRE A; 1WB9 A; 1GLL O; 3DXK A; 5LL6 Z; 5H1S Q; 2HHS A; 3LAL A; 3H1V X; 1KQS M; 3EE9 A; 3KVG A; 4LF7 K; 4H5W A; 2W41 A; 4ID5 A; 2VG6 A; 3K58 A; 2O8B B; 2QWM A; 5AZJ A; 3EN9 A; 1NJW A; 4A59 A; 4YDU A; 3SNN A; 3GBT A; 1CZ9 A; 4G9Z A; 3ULE A; 3E9O A; 4CJP A; 3G0Z A; 3D2E A; 3QEI A; 1C1A A; 2JLE A; 1BIZ A; 2F7T A; 2Q97 A; 4CJF A; 1IJJ A; 1S1T A; 4CZH A; 4BR0 A; 4KB1 A; 4BRH A; 1ILY A; 2XRI A; 4BR5 A; 3NAE A; 4B9Q A; 4W5R A; 4DR5 K; 3O80 A; 4GVE A; 3PSI A; 4B1V A; 1YUW A; 3V9U A; 4LF9 K; 1LCU A; 4KHW A; 1YF5 L; 1VSK A; 2QA4 N; 3KIO A; 3CCR N; 3T19 A; 1NGJ A; 3TTD A; 4ISG A; 5M1N A; 2I7N A; 3KTQ A; 3AAR A; 4WFA L; 1NMN A; 1L3U A; 1T05 A; 2YKN A; 2JWK A; 1LAV A; 2Q0R A; 2ZD1 A; 3HVR A; 2GWJ A; 1XQS C; 1WSH A; 4JEP A; 4K41 A; 2WTU A; 2P5G A; 4M3W A; 4MQ3 A; 2G8I A; 4BGA A; 1FKO A; 2FF6 A; 1NNE A; 1JCF A; 2V52 B; 1RTI A; 1Y97 A; 4CK2 A; 4B8C A; 1WUA A; 3TU5 A; 4W5N A; 3S41 A; 5AQX A; 2QKK A; 3CCL N; 3CIP A; 4CJV A; 2E8A A; 3EKU A; 3RSE A; 1IKW A; 4JKC A; 5KPR A; 3OYK A; 1IO2 A; 1WBB A; 3C7N A; 5AZI B; 2RKI A; 1RFQ A; 4DV4 K; 3BZK A; 3QNO A; 3LDO A; 4CGG A; 3KK2 A; 1CZB A; 2ZGZ A; 4KHN A; 5BN8 A; 4O44 A; 4RG8 A; 3VQP A; 4AF1 A; 3O3G A; 3UB5 A; 4EFH A; 4C23 A; 4Y1C A; 4IO9 L; 4BWM A; 1SAZ A; 3TTC A; 4M63 C; 4AHT A; 1XNQ K; 3FFK B; 3SJJ A; 1P8Z A; 1WSE A; 1BI4 A; 2GBZ A; 4HTL A; 3E9P A; 2YJF A; 1C0M A; 1Q9X A; 1KFD A; 4K43 A; 3D6R A; 4WCE L; 4F4K A; 2FSN A; 4H0T B; 1U47 A; 5I3U A; 1DKG D; 3O9S A; 2YNF A; 4DSE A; 4C8L A; 4R5P A; 4E19 A; 3PX6 A; 1KRP A; 4CGI A; 4FJL A; 4FJ8 A; 4JI8 K; 2P9S A; 1X9S A; 5BR9 A; 2NRZ A; 3WXL A; 4DQS A; 4EAH D; 3CCU N; 2OPQ A; 2AJQ A; 1QQO A; 1JCG A; 4BRO A; 1TKD A; 2ZJR L; 3DOK A; 4YOT A; 3R3L A; 1J9A A; 3CC7 N; 3B6P A; 1Q81 O; 2P9P A; 2X6S A; 1GLD G; 3D0P A; 1UOC A; 1UWB A; 4CBW A; 3SBT A; 3EKS A; 2A1R A; 4H5T A; 4LSN A; 3K9J A; 4LSL A; 5AQZ A; 4E1N A; 1JL2 A; 4Z4E A; 5BRH A; 4KH6 A; 5JVG L; 2G8H A; 3H08 A; 4DG1 A; 3JYT A; 5AQG A; 1ZYQ A; 1VSI A; 3P38 A; 4CHQ A; 3HI0 A; 4Y1D A; 1K8A O; 1NOY A; 5AQN A; 2OTJ N; 3HO1 A; 3ZT1 A; 2E1Z A; 3BDP A; 3DXM B; 4K8X A; 1CZA N; 4DFK A; 4HVJ A; 1SS6 A; 2G8K A; 4KPY A; 1QZ5 A; 2P9U A; 2OTL N; 4JD2 B; 4KH5 A; 2B4J A; 1XWL A; 2XY5 A; 1BCM A; 1RT4 A; 5AQF A; 2D0C A; 5KPT A; 1EXQ A; 3OY9 A; 3MN7 A; 1YIT N; 1T44 A; 2QXF A; 4UY8 O; 4YHH K; 4LFA K; 4W5T A; 4IG0 A; 3WUH A; 5AQR A; 2QI2 A; 4RWT A; 1WAJ A; 3O9Q A; 3NDK A; 1WAF A; 5CHI A; 4MFB A; 1VQ4 N; 2E2O A; 4DU3 A; 4X62 K; 3CQY A; 4B1Z A; 3QB0 A; 4JLH A; 5AJ3 K; 4N41 A; 3ATU A; 1NJY A; 1YVU A; 3O1B A; 1YXQ A; 1OH8 A; 3VES A; 1HX1 A; 4E7K A; 3THV A; 3WNE A; 3QES A; 4FJN A; 3U8X A; 3S3O A; 1G15 A; 1JLG A; 1JKH A; 2E5L K; 4FJ7 A; 3BUZ B; 3B8A X; 4MO5 A; 3RMC A; 2KFZ A; 4RTF D; 5KRS A; 1HYS A; 3CJB A; 3C6A A; 5E84 A; 1JL1 A; 4BR9 A; 1EET A; 3WEE B; 5GAD P; 2FC0 A; 2EWS A; 3VA3 A; 3A5M C; 3P5J A; 3K59 A; 1K6Y A; 2WBN A; 3GL1 A; 1RDW X; 1M1K O; 1JXB A; 1A5W A; 4CHZ A; 4DQ8 A; 4FCY A; 3VGM A; 4CJU A; 3UIQ A; 1RGI A; 3MK6 A; 4GY2 B; 1VQ9 N; 2F8T A; 4JI7 K; 1DLO A; 4JRQ A; 4DTN A; 4X65 K; 4KI6 A; 1T8E A; 3CC2 N; 4Q5V A; 2O8E B; 3VEW A; 2FXU A; 3UKU A; 4H0V B; 1C0T A; 1L3T A; 3NMU A; 4YOW A; 3VEO A; 5HRS A; 5CR4 A; 4CJQ A; 4B9V A; 4IXC A; 1GOC A; 3MAQ A; 3QBX A; 4KAZ A; 3KKS A; 4IFV A; 4B9S A; 3TAN A; 1NKE A; 2RF2 A; 5EU7 A; 2W40 A; 2O8D B; 1TL3 A; 1EX4 A; 1JLC A; 1HNV A; 4O5F A; 3AO2 A; 3ZX0 A; 1BGX T; 4U7B A; 3LDN A; 1TL1 A; 1KFS A; 1X9J A; 4FWM A; 1QQC A; 4CJK A; 4GKK K; 1LW0 A; 3HPG A; 4KH4 A; 4FW1 A; 3M8R A; 2XY7 A; 2HF4 A; 3HOT A; 4JK8 A; 2OZS A; 2D0A A; 2Q0U A; 3PLA A; 3CCV N; 3PO4 A; 3DJC A; 1BUP A; 3SMS A; 4B9L A; 5AQP A; 5GAE P; 4QS9 A; 1ZBF A; 4FLX A; 4A5A A; 4B3M K; 4E7I A; 3NGI A; 1RDC A; 1ZBU A; 2Q1N A; 3IRX A; 1VQM N; 3ATV A; 2D4W A; 1VSM A; 4ZTJ A; 4GKJ K; 1WOQ A; 2YHY A; 3VF6 A; 3QET A; 3CHW A; 3GOI A; 4M7Y A; 3DLL L; 3HVT A; 3LWM A; 3A5L C; 1L5U A; 3KWI A; 2QM1 A; 4QOZ B; 1YVN A; 3SQ4 A; 3K2P A; 1KLM A; 2HMI A; 4FSV A; 2HBM A; 1JLA A; 4M3T A; 2OCE A; 1RBU A; 3TAB A; 3ZSV A; 2IGI A; 4B1Y B; 3I56 N; 3F5T A; 1VRT A; 2IVN A; 4DSL A; 4DV7 K; 1EP4 A; 2DFE A; 3FE1 A; 4DU4 A; 4BC5 A; 2FBY A; 4CD1 A; 1HNX K; 4WFN L; 5ADX A; 4DTP A; 1U45 A; 1BU6 O; 3DAW A; 3QEP A; 1SZ2 A; 2F9T A; 5K14 A; 5FPN A; 1VSD A; 1DTQ A; 3N4Q A; 3OJU A; 4ELT A; 3U9D A; 1DT9 A; 2EX3 A; 4WQ5 A; 4DCH A; 3NHG A; 4FL9 A; 2PAV A; 2HHT A; 2E6L A; 4B9U A; 5HBM A; 1BIS A; 5AQT A; 2YHX A; 4FLV A; 4M45 A; 4EZ6 A; 4FJK A; 3DWL A; 1C1C A; 1Y64 A; 3I0R A; 4NCA A; 2UU9 K; 3L3U A; 1K8K B; 1YT3 A; 3HL8 A; 3VF2 A; 3DRP A; 1QHA A; 4LFC K; 3OA9 A; 5AQH A; 1YHQ N; 3TSU A; 1RT6 A; 5EX5 A; 2ATQ A; 4LH5 A; 1HLU A; 4JI1 K; 4FM2 A; 4Z4C A; 3AA5 X; 5JS2 A; 4CIG A; 5J2N A; 3KK1 A; 3O9T A; 1KSP A; 4MDB A; 4CEQ A; 4H5N A; 3C6H A; 2CGK A; 3VQA A; 3BF1 A; 3LPT A; 2WUS A; 1EQY A; 3H45 C; 4W5O A; 4DR7 K; 4H8K A; 1BA0 A; 5JVH L; 3V9S A; 2P1J A; 4BR7 A; 3L4I A; 4NCB A; 5DM7 L; 3SQ1 A; 4FWP A; 5I42 A; 1YAG A; 4HHT A; 5FPM A; 1JLQ A; 2UUC K; 4EHU A; 2RPI A; 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2F96 A; 4M3X A; 4YOU A; 4AH9 A; 4BWJ A; 4DKW A; 4DTM A; 3OYA A; 1XUP O; 3VEV A; 2W42 A; 3BY5 A; 4QAG A; 3F9M A; 4PL7 A; 3RVC A; 1ATR A; 2HNY A; 4LD0 A; 1VAZ A; 3LDS A; 3QLH A; 5CE3 A; 2A1S A; 4K8Z A; 1R59 O; 2H3G X; 3QIC A; 5HRP A; 1KC8 O; 1V4T A; 3AVN A; 2YHA A; 1W9H A; 1FK9 A; 4XH4 A; 4NXN K; 2Q31 A; 1QE1 A; 3BP8 A; 4KHU A; 4XIU A; 1X9W A; 1HYV A; 4KTW A; 3I8D A; 4TSX A; 3IUC A; 3R6M A; 5C2D A; 4O4G A; 2Q3S A; 4JHD A; 3NF9 A; 1XMO K; 1C1B A; 1RDU A; 3AAQ A; 4K42 A; 2P5O A; 3SMP A; 4CFB A; 3DRR A; 3VET A; 1J54 A; 3SJH A; 2P9K B; 4IDK A; 4WYB A; 1GLE G; 3DLB A; 3MN6 A; 1D9F A; 4DSK A; 4DFP A; 2E2P A; 5BRD A; 4N47 A; 4CZE A; 3FLC O; 1I39 A; 4I2Q A; 1WSJ A; 1U4B A; 2KKZ A; 2OZM A; 4CJ5 A; 3AO5 A; 3SUO A; 2O4I A; 4DSI A; 3PY8 A; 1ASU A; 4J2B A; 1NK0 A; 3CET A; 4FM1 A; 1WLJ A; 4ILG B; 4CEO A; 3OS2 A; 4XH5 A; 3L2R A; 3JSM A; 4O5B A; 3QBW A; 4CEF A; 1HNW K; 1NJZ A; 3W3D A; 3HM9 A; 5LMN K; 1JCE A; 1NWK A; 3EY1 A; 1W2B M; 3TSQ A; 3LL3 A; 1SKW A; 2GUI A; 3PX0 A; 1FJG K; 5DM6 L; 2GTD A; 4IJN A; 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