4M63C

Crystal structure of a filament-like actin trimer bound to the bacterial effector vopl
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
369
structure length
361
Chain Sequence
AALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCAAAIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Actin-binding protein
molecule keywords T3SS2 effector VopL nucleation of actin polymerization
publication title The Bacterial Effector VopL Organizes Actin into Filament-like Structures.
pubmed doi rcsb
source organism Vibrio parahaemolyticus
total genus 102
structure length 361
sequence length 369
chains with identical sequence D, E
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2013-08-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4m63C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4m63C02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4m63C03
1BWFO 5AQPA 4PKIA 4CZEA 5AQVA 3KVGA 3QBXA 4FWSA 1GLFO 4M7XA 3AARA 3VEXA 3WQTA 1KAZA 4EHUA 3QDKA 3HBTA 4H0VB 3MDQA 3FZFA 3FE1A 1NGHA 3L6QA 3LL3A 2P9IB 4FWQA 4A62A 3MMVA 4EFHA 4BG9A 4NB4A 3LDQA 4H03B 2QXLA 2J4RA 4FOEA 5FPMA 3UB5A 3VEWA 4CZIA 4CZHA 5JLHA 2CGLA 5AQZA 2QWPA 3BEXA 4PKGA 3EN9A 5AQIA 4I6MB 2ITMA 3ENHA 1JCEA 5KPRA 4A61A 3HSCA 3MN5A 2A41A 2HF3A 1NGBA 2D1KA 1HKGA 5AQUA 4B1ZA 3SK3A 1OKJA 2ZGYA 1YAGA 3SMSA 3D2EA 4DQ8A 2YJFA 4BRFA 3MN9A 3CJCA 1K8KA 2QWMA 4JHDB 5ADXH 5BREA 3O6WA 4FPAA 4K25A 3HTVA 3DWLA 4M7YA 1BA1A 3MN7A 1MWKA 4HWIA 1RGIA 3O8MA 1TYQB 3I8BA 3OHRA 4C23A 4JN4A 4WQ5A 2V7ZA 1NGDA 5B8HA 3GOIA 2H3GX 2GEMA 4H5TA 4FWKA 5AZIA 4BRAA 4B1VA 5KQ8A 4BGBA 1NBWA 3A5LC 3IUCA 1GLBG 1X9JA 3LDNA 3VGMA 3RSEB 1ESVA 2CGJA 2YCHA 3FR0A 2W40A 2QWOA 3DXMB 5FPDA 1Q18A 4DHYA 4BRGA 2CH5A 2P9PA 4H0PA 3UKUB 3MK6A 1U6ZA 3JS6A 2P9KA 3CERA 2W41A 5FPEA 3IMXA 4CI6A 5AQYA 5CE3A 5BRFA 5AQGA 3HZ6A 3WUHA 1NWKA 3GL1A 3VOVA 3U4LA 4WYBA 3QB0A 4IWVA 1TUUA 3H1VX 1HKCA 4H0TB 3VEVA 1HX1A 1Z6RA 3QFPA 2E88A 3SJHA 4BRCA 2HMPA 5JMVA 4IJAA 1BG3A 4K41A 1CZAN 3C7NB 4EIAA 3BP8A 2KHOA 4FWOA 4H5RA 5AQHA 3EZWA 3LDOA 4MLHA 4CZKA 4K42A 2E2OA 4ISFA 4BRDA 2Q97A 2HOEA 4CBXA 2Q31A 2P9IA 2FSJA 3WXLA 2A5XA 3GDQA 1X3MA 3CHWA 2EWSA 1DGKN 2P9LB 2IVOA 2I7PA 3VEOA 1BUPA 2QWLA 4JD2B 2FF3B 3ULEB 3EO3A 1R59O 2UYTA 5AQXA 3R8EA 4CBWA 4XH5A 4JNEA 4I6MA 1GLEG 3M3ZA 3VGLA 4PL8A 4CZFA 2PBDA 5AQJA 3AY9A 1NGAA 4QS8A 4FWLA 5AQOA 1QZ6A 2QM1A 5AQTA 3ZX3A 3AAQA 3MCPA 4BR5A 5E26A 5EXWA 2FF6A 4FSVA 3ZX0A 1GLCG 2GTDA 4JHDA 3H6EA 5AFUH 3D2FB 1MWMA 2F9TA 4B1UB 1GLDG 5ADXA 1S22A 2P9NB 2D0OA 3A5NC 1TYQA 3WT0A 2D0PA 2YJEA 5F1XA 3HM8A 4XH1A 4ISEA 2IVPA 3H3OB 3O80A 4PL7A 1JCFA 5F0XA 3FZMA 4CZMA 1Y64A 3A5OC 1GLAG 5KQDA 1NGFA 4H0OA 1QHAA 3RSEA 4CJ7A 1BDGA 5LJWA 3G25A 3UKRB 3VEZA 3BF1A 3GG4A 3DXMA 5AQLA 2VCPA 2ASPA 4EAHD 2ZGZA 2ASMA 3IFRA 1BU6O 3UKUA 4RCHA 1HKBA 4H5VA 3VF6A 4BRQA 1E4FT 3O08A 4MLEA 5AQKA 3L4IA 1H1VA 3EL2A 3U8XA 3VPZA 4JAXA 3ZX2A 5EY4A 4WQ5C 3U9ZA 5AQRA 1KXPA 2V7YA 3EKSA 2ASOA 3C7NA 1DEJA 4LC9B 3GE1A 1E4GT 4FWPA 5BRHA 2F9WA 4AM7A 3DJCA 4BR0A 4PKHA 5TKYA 2GWJA 2Q0RA 2YHWA 2A3ZA 3WEEB 3M6GA 1NM1A 2P9LA 4BRPA 4ISGA 3FGUA 1V4SA 4JD2A 3ULEA 4H0YB 2FSNA 2FSKA 2Q36A 4XEIA 4BQZA 4BG8A 2P9UB 2E20A 1MA9B 4J8FA 5BN8A 3SLCA 4H0XB 1YUWA 1QQNA 3M1FA 3TU5A 2VYPA 2GELA 1G99A 1KAXA 1HUXA 4A2BA 3JXUA 3CI5A 4BC3A 2NRHA 3CJ7A 3D2FA 4IZ9A 3CJ1A 2A40A 4BR2A 3R9PA 3FZKA 4XH4A 1NGEA 5AFUA 2P9NA 4B1WB 3IDHA 2IIRA 2A6AA 1ZBSA 4NO7A 3AAPA 2YHXA 5BN9A 2E1ZA 2IVNA 4O5FA 1ATSA 5AQNA 3WXIA 1NLVA 4RTFD 5E84A 4BRMA 5EOYA 4QS7A 1GLLO 3ZETB 1X3NA 4YDUC 3UKRA 3VF4A 2P9SB 4FO0A 3VGKA 4B1XB 2AP1A 4YDUA 4WQ4C 1ZC6A 2CGKA 4MO5A 4WQ4A 3WXKA 4H5NA 1GLJO 4DB3A 3TPQA 1IG8A 4FWMA 4K43A 4FWRA 2YHYA 5KPZA 3CQXA 4BRKA 4M63C 4BR9A 1WUAA 1BOTO 2HF4A 2V51B 3R6MA 1ZXOA 5AQSA 2QWQA 1YXQA 5LY3A 3QICA 2QW9A 2NLXA 3DXKB 4BVOA 3KHYA 2NZTA 3VETA 1U2VB 3P4IA 4RWTA 3A8YA 4IXCA 1RDWX 3MN6A 1XUPO 3U9DA 1NGGA 2E2QA 1NMDA 3ATUA 4BRNA 2D4WA 4BRLA 3ENOA 2ZF5O 1T44A 4BGAA 3WEEA 3KZBA 3UE5A 4CZGA 3FLCO 3LDPA 4GY2B 2E8AA 1C0GA 5BPMA 4BREA 3FFKB 1KAYA 5AZJB 1V4TA 4CD1A 3ZEUB 4O8KA 1NGIA 3QFUA 2P9UA 4CZLA 1MDUB 1EQYA 5JICA 1P8ZA 2AA4A 1QQOA 5AZIB 5I9EB 4H5WA 2A42A 5AQQA 3CJBA 1ATRA 1C0FA 4QS9A 2FLOA 3LDLA 3CETA 1SAZA 4BC2A 2CH6A 5KPTA 3VENA 1TUYA 4FOIA 5EVZA 2YI1A 3I33A 2QWNA 4BQLA 3CQYA 4HTLA 4IO8A 1T6DA 4CBUA 1SZ2A 5BRDA 3GBTA 3BUZB 3QBWA 5BPLA 5AQMA 4FL9A 4E1JA 3H46O 3W3DA 4L3QA 4EHTA 2V52B 3S41A 1HLUA 2FXUA 1HJOA 4CD3A 3A0IX 4BROA 2WUSA 3ZETA 4GNIA 1NGJA 2P9SA 1HPMA 2PAVA 1JCGA 2Q0UA 4BRHA 4F9OA 4BR7A 3QMLA 4IJNA 1DKGD 1ATNA 4A2AA 3D2EB 2OANA 2BTFA 2GUPA 3VESA 4B9QA 1K8KB 3D7EO 3VEYA 1YVNA 3CIPA 1WOQA 1T6CA 3EKUA 1LCUA 3C0BA 2I7NA 3CJ9A 3W0LA 3F9MA 4AM6A 5LJVA 1S3XA 3DAWA 1SQKA 3ATVA 3O5BA 4Z94A 4DCHA 1QZ5A 1J6ZA 4BC5A 3FZLA 5ELZA 3LM9A 1BO5O 3B8AX 1RFQA 3H3NO 4FPBA 1Z05A 3HI0A 4FWNA 3VF2A 3DXKA 5AQWA 3SMPA 3LM2A 3H45C 3H1QA 4MO4A 5BR9A 1U2VA 3WXJA 4B1YB 4BC4A 2E1YA 5AQFA 3BF3A 2P9PB 2QWRA 2DPNA 2P9KB 3O4WA 3A5MC 2BUPA 2VWBA 5EX5A 4BRIA 1XC3A 5F2RA 3CJAA 1BA0A 4KBOA 1IJJA 5AR0A 1XQSC 4BR4A 3ID8A 1D4XA 4BVPA 3VERA 2GWKA 5AZJA 2ZWHA 1NGCA 4Y0WA 3ZEUA 3O1BA 3WQUA 5JLFA 3J8AA 1LOTB 2Q1NA 3FZHA 1QQMA 2E2NA 3O1WA 5FPNA 5BPNA 4CZJA 2Q2RA 3L0QA 2E2PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BWFO 3CYMA 5AQPA 4CIGA 4NCGA 3ZCMA 4CZEA 5AQVA 3QBXA 4B3MK 4DV0K 4M7XA 2KTQA 5JENA 3SUQA 4KHPK 3L6QA 5CZ1A 4X66K 3L2VA 1N6QA 1JJ2M 4CFCA 3AVMA 3LL3A 4FJ7A 2P9IB 4FWQA 3AVAA 3LDQA 4H03B 3RRGA 3AO2A 2GV9A 2KFNA 3U3GA 3OJSA 3G10A 4DV4K 4BECA 1ITGA 3VEWA 5JLHA 1YTUA 4ZHRA 2HB5A 3M8PA 4PKGA 2OZSA 4M3XA 5AQIA 3ENHA 2HHSA 1XI1A 1CLQA 2G8IA 1HKGA 1KVAA 3O3HA 5I3UA 2ZGYA 3PY8A 1EX4A 3CJCA 1K8KA 3CPEA 2P1JA 1IBMK 4HCCA 4FZZA 4BACA 3ZT2A 3L3UA 1OVQA 3HYFA 3O8MA 3J80O 4NXNK 1J53A 4JN4A 3TR8A 4OO1J 3ZYYX 5B8HA 3GOIA 2H3GX 4DSJA 4H5TA 3SNNA 1VSHA 3VTIA 5KQ8A 5HL7L 3K59A 4LF5K 1NBWA 3IUCA 3LDNA 4CESA 4CGFA 4KI4A 4M41A 2QWOA 2DFFA 1W7AA 5FPDA 4ELVA 3PO5A 2CH5A 2P9PA 2E4LA 1TGOA 3JS6A 4DSLA 3O3FA 3CERA 5FPEA 5CE3A 2YNHA 3HZ6A 1RBTA 3L8BA 3GL1A 4YFUA 1D5AA 4WYBA 1NK7A 1C6VA 3EYZA 4H0TB 1ILYA 4B3OA 4MDAA 3QFPA 2XY6A 4E7JA 3VQBA 4I2PA 2YNIA 4IJAA 1T8EA 4CEEA 1VAZA 2IDOA 4K41A 3O4NA 1X9MA 4FWOA 1A5XA 2KHOA 1ZBHA 5J2MA 1L3TA 1YHQN 1YTAA 1XC9A 3P1GA 4PUOA 3IKMA 3C95A 2E2OA 4WFNL 2Q31A 2FSJA 4DMNA 5GINA 5M1KA 1X3MA 1QTMA 3OS0A 2YV0X 4A5AA 2IVOA 5M1NA 4KI6A 1LWCA 2OPSA 4DSFA 4DQIA 1VK0A 3LAMA 1C1CA 2F4VK 3J7AP 4CJFA 4KTZA 3VGLA 3OYCA 5AQJA 3AY9A 4FWLA 5AQOA 1QZ6A 2QM1A 3DLGA 5AQTA 3THWA 4BR5A 2DY4A 2ITGA 1N34K 4C8NA 3M8RA 1GLCG 3K5LA 4FK2A 2BGGA 1JL2A 4WE1A 2O4GA 3D2FB 1NJIO 3TAGA 5ADXA 3LANA 3A5NC 2P9NB 2D0PA 2YJEA 4KB1A 3DLHA 5HRRA 4ISEA 5F0XA 3O80A 1C1BA 1JCFA 1JKHA 3QLHA 3A5OC 5LJWA 1M1KO 1WBBA 4F4KA 4BDZA 4DSEA 4K8ZA 1LAVA 4DR4K 3UKRB 3BF1A 2O4IA 4F3TA 1B9DA 2ZGZA 4FVMA 3IFRA 1SKRA 3HP6A 4F8RA 4NYNA 4O8UA 1S5JA 4HVJA 1RCHA 4H5VA 3VF6A 1OVYA 3E01A 3F5TA 4JI5K 3O08A 4MLEA 3L4IA 3CFOA 3U8XA 4DV3K 4JAXA 2OPQA 1ZBLA 3SCXA 4N41A 3P83D 4BE7B 4J2EA 3DJCA 1S1XA 1FXXA 4BEBA 2AJQA 5TKYA 1N33K 3NF9A 3WEEB 1NM1A 2P9LA 5DMRA 3PIOL 4ISGA 1X1PA 1V4SA 4H0YB 3CCQN 3OW2M 4KHQA 4BG8A 4FJ8A 1MA9B 5BN8A 5M1FA 1KC8O 3T1HK 3V9XA 2HHIA 2ATQA 3CCMN 3KK3A 1QQNA 1TK0A 4K8XA 3TABA 1U49A 3JXUA 1W97L 1VSJA 2BE2A 4BC3A 1U45A 1W9HA 4O55A 2Z1HA 3AAPA 4W5QA 5C24A 3TWHA 4IEIA 4RTFD 3NAEA 4CJSA 2P5OA 4QS7A 4LF7K 4H4OA 1Y97A 5HOOA 4KREA 4YDUA 3T1YK 1Z26A 3G4SN 4ILHA 4MO5A 4WQ4A 2O8CB 4K43A 3VQ5A 4FWRA 1RTIA 1CZBA 1RILA 4CK3A 3VQEA 4BRKA 4PWDA 1SUQA 4DG1A 5SWMA 4DR2K 3CXCM 2KKZA 2V51B 2X6SA 3R6MA 2KZZA 2QTDA 3S9HA 1ZXOA 5T7BA 4K0KK 4PQUA 3EE8A 5LY3A 4W5OA 4TSXA 2KW4A 2NLXA 2NZTA 4Z4HA 1U2VB 3P4IA 4E7LA 4FJJA 4FM0A 4ZTJA 4IXCA 4UY8O 1U47A 3OYEA 1JLGA 4M42A 1QSYA 1KVBA 1FKOA 4BRLA 3KJVA 1SS6A 4AH9A 4BGAA 3VQQA 3T19A 4CZGA 1YF5L 3NF8A 4GY2B 2GUIA 4OGCA 3ID6A 4FJMA 3FFKB 3AVBA 2DFEA 1V4TA 4DTJA 4CF8A 3QFUA 2ZM6K 2WTUA 3ZT1A 4FJ9A 3KLFA 1P8ZA 1IG9A 5I9EB 4A57A 2QKBA 1DTTA 4B8CA 3SUPA 3TANA 4H4MA 4BC2A 1XWLA 1HRHA 3QIPA 1BISA 4CF2A 3KTQA 3DM2A 4BQLA 2A1SA 1TL3A 4HTLA 5C2FA 4KHYA 1L3UA 1HPZA 5HBMA 1RT7A 3QBWA 4I9LA 1REVA 3G71N 1HLUA 4JI3K 3A0IX 1GOCA 1OH7A 4BWMA 4AQYK 4DS4A 3HK2A 1T7PA 3LAKA 2HHTA 1WLJA 2RPIA 1NJWA 3HPOA 3VEYA 4B9SA 1YVNA 3C0BA 3OYMA 3IG1A 3EY1A 1VSMA 4LH5A 1S3XA 3DAWA 1SQKA 3PSFA 1J5OA 4B3RK 4DCHA 1NOYA 1TK5A 1QZ5A 1J6ZA 4BC5A 4WFBL 4YY3K 4B9MA 2ETJA 3C94A 3KKRA 3HI0A 3OYBA 3H45C 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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