4MQ3A

The 1.1 angstrom structure of catalytic core domain of fiv integrase
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
MGIWQMDCTHFDGKIILVGIHVESGYIWAQIISQETADCTVKAVLQLLSAHNVTELQTDNGPNFKNQKMEGVLNYMGVKHKFGIPGNPQSQALVENVNHTLKVWIQKFLPETTSLDNALSLAVHSLNKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords Integrase
publication title Identification of phe187 as a crucial dimerization determinant facilitates crystallization of a monomeric retroviral integrase core domain.
pubmed doi rcsb
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-09-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4mq3A00
1X9SA 1WAFA 5CZ2A 3L2UA 1BCOA 1KTQA 3TAGA 2R7YA 2GUIA 3P5JA 3TI0A 2XRIA 3THVA 5JS1A 1FKPA 4FJ7A 2VWKA 2HHWA 1RBUA 1VSJA 2EHGA 4FXDA 1K6YA 1Q8IA 3QNNA 1RTJA 4ID1A 3LWLA 3E01A 4C8KA 3V6DA 3TWHA 3OS2A 3SYZA 4DU1A 3M8SA 2G8VA 5FRNA 2WOMA 4BE1A 2G8WA 4CFCA 3AVCA 2ZD1A 4HUEA 4CE9A 4CJLA 5HRPA 4M3UA 3S3OA 4NYNA 3P1GA 1QTMA 3L3VA 1RDBA 3RWUA 1L3TA 3DMJA 1VSIA 4ICLA 1QHTA 4CEQA 1HMVA 1MU2A 3ALYA 3DLBA 2KFNA 4DTJA 3ZT4A 4DLGA 1UWBA 3EYZA 1JLFA 2D0AA 1YTAA 4M3ZA 4M3TA 4CGJA 1W0HA 5C25A 3OYCA 3KD1E 1LW0A 1A5XA 1FKOA 3DRSA 3F9KA 1J54A 4OPJA 4BDZA 4FLZA 3V81A 2XY7A 4DSIA 4NCGA 4CK1A 3IS9A 2F8TA 2HHVA 2OA8A 3V1OA 3OYLA 1TAUA 3LALA 2ZQBA 3MXMA 5HRSA 3QIOA 1I39A 3TAQA 1U47A 3A2FA 4E7KA 4I9QA 4I7FA 5J2QA 4FLTA 1GOAA 4G1QA 3NDKA 4DTSA 5SWMA 3V4IA 3LAKA 1LAWA 1GOCA 2P5OA 3I8DA 1RT5A 4OJRA 1KVAA 3AVGA 3NF9A 4FM1A 4ELVA 3O4QA 5HP1A 1RBVA 1ZYQA 1QSYA 3RR7A 4FLWA 4M3XA 2E4LA 2X74A 3KLFA 1HYSA 4IFVA 1ASWA 3PO4A 4FJ5A 5E41A 1RBTA 4CEOA 1JL2A 1SL1A 4CESA 3L8BA 4FJNA 4FCYA 3HYFA 4DSKA 1S6QA 4ZHRA 2IGIA 4KHUA 1TK5A 1WLJA 3ITHA 4HTUA 5I42A 4C8LA 3NCIA 4CGDA 2YKNA 4E3SA 2P5GA 3KK3A 3AVHA 4CJPA 3T3FA 1ASUA 4CJKA 1KFDA 3DYAA 1HYVA 1J5OA 5J2MA 5KGXA 4OKJA 5CY4A 4CJ5A 1QS4A 4O44A 2FBTA 4KKOA 5KGWA 2OZSA 2Y1IA 1VSHA 4O4GA 4QOZB 4CF8A 1BI4B 4KHNA 4BE2A 3NF7A 3B6OA 3AVNA 1ZBFA 3NF8A 4LSLA 4Z4IA 3OYJA 5C42A 1SKSA 1WSGA 4TSXA 3U6FA 1BHLA 4B9UA 1C0UA 4CEAA 5K14A 3AVBA 4DFKA 4CERA 4KAZA 4KHQA 1TAQA 3JSMA 1WSFA 1RDDA 4FLVA 1JLEA 3C6TA 3ZT3A 3TAEA 4C8OA 1TKTA 1CXQA 5J2NA 4Z4FA 3CQ8A 3WNFA 1YTUA 4F2SA 3AA5X 3U3YA 2A1SA 4RG8A 2B6AA 2YNIA 1XHXA 2DFEA 2P51A 1FXXA 1Q9XA 3QEXA 3MXIA 1B92A 1RDAA 3SV4A 1NK5A 4OGCA 2O4IA 3NE6A 2HHTA 3HXMA 3KLEA 3TAPA 3AVLA 2NUBA 2HVIA 3VN5A 3VQ7A 4H4MA 4HUGA 4Z0UA 1ZBLA 3ZSWA 3SCXA 4IG3A 2F8SA 4DS5A 4CJUA 4CJ3A 3MAQA 4FJHA 4CFAA 4CF9A 3C94A 2PYLA 1TK8A 3K58A 3AVIA 1WN7A 1WNSA 1Z25A 4N5SA 2IC3A 1RT6A 2PZSA 4JS5A 3VQ8A 4W5QA 1G15A 1Y97A 3NH0A 2XO7A 4M3YA 3RMCA 4ID5A 4HUFA 4FJKA 1JKHA 2X6NA 4CIEA 1S5JA 4F8RA 4DTRA 4E7IA 3WNGA 3SPZA 4KHYA 1F21A 3DLRA 3C95A 2G8UA 4M41A 3K5LA 1S1VA 3V9XA 2HHXA 3DLKA 4Z4CA 4N47A 4W5OA 1X9MA 1D9DA 1JLGA 2Z1HA 4DFJA 3PO5A 2QK9A 2FBVA 3O3GA 1RTDA 3IAYA 1TKXA 3DRRA 4OGEA 4YNQA 3NHGA 3KLHA 3NAEA 4DTOA 2E6LA 3HP6A 3LPTA 4LY7A 4E0DA 2VG5A 2OPSA 1VRUA 4DF4A 3AVJA 1RT4A 4GVMA 3LZJA 4FZXC 4KV8A 4HCCA 3KKRA 4FJXA 3OYAA 4B8CA 4DFMA 1XC9A 1SL0A 3HPHA 4NCAA 1JXBA 4CJWA 1NOZA 2D0CA 1C1CA 3NBPA 3SQ4A 2G8KA 4BACA 4ELUA 1L3VA 1BCMA 2KTQA 1EETA 2ETJA 4DQQA 3SJJA 4E19A 2HNZA 3AA3A 4N56A 1JLCA 1WAJA 4FLYA 4PQUA 1BQMA 4B9TA 5HRNA 4E7JA 2E6MA 4DTPA 1DTTA 4FZZA 3CM5A 4M3RA 1KRPA 1IKYA 4FJGA 4QAGA 2O4GA 4OVLA 1KCFA 1HJRA 5D3GA 2HVHA 2DFFA 2IDOA 3MXJA 3ZT0A 4CF2A 1RNHA 1WSIA 4QCLA 3PX4A 3ZSYA 1NK9A 1J53A 1KVCA 3HM9A 4I2QA 3ZSZA 3M8QA 4B9SA 3AVAA 3KIOA 3O4NA 4CHQA 4B9MA 3KLGA 4FK0A 4FJMA 2KZMA 1R0AA 4KB1A 2B4JA 3K5NA 4N41A 1LAVA 1ITGA 3VQ4A 4Z4EA 4KHWA 1IKVA 3M8RA 1IG9A 1LWEA 3SQ1A 2G8HA 2X78A 1EP4A 1Z26A 3CYMA 3D45A 1YVUA 2I5JA 1NK7A 2OZMA 4KTWA 2AJQA 4FM0A 3VQPA 1S9EA 3CFPA 4CJEA 3HP9A 3OY9A 4JLHA 3I0RA 4FM2A 3HL8A 1Q9YA 1NK8A 4CHNA 1XI1A 1TKZA 3QETA 5DK5A 5DMRA 2ITGA 3ZT2A 4O0JA 4H8KA 3TAMA 4FJLA 1BQNA 1HQEA 1LWFA 4Y1CA 4E7HA 3LANA 3K2PA 1SKWA 1HNIA 1L5UA 4DTUA 4FYDA 1WSEA 3DLEA 3WNEA 3AVFA 2QXFA 1NJWA 4DQPA 3M8PA 3AO5A 4KO0A 1NKCA 2HMIA 1ZBHA 3OJSA 1REVA 2KZZA 1UA1A 3O3HA 3SZ2A 5HRRA 2BDPA 3HPGA 4OKKA 3OS0A 3V9ZA 3S3MA 4ZTFA 1N5YA 1RT2A 5HBMA 5C24A 1TKDA 2PY5A 4CGHA 1B9FA 1JLBA 3U3GA 4DTMA 3TANA 3S9HA 1FK9A 1D5AA 1XWLA 4EZ9A 3SV3A 4PUOA 2IOCA 3P83D 4FZYA 3SI6A 3NF6A 4DSFA 3NH1A 3KD5E 4IFYA 4CK3A 4FJJA 3QO9A 2X6SA 1RT7A 2VG6A 1T7PA 2YNFA 3QEVA 2EX3A 3L3UA 2YHBA 2IAJA 3PUFA 3L2RA 5J1EA 3SUPA 3SUOA 2BANA 4FLUA 3SNNA 3AO2A 3CM6A 5T7BA 4CHPA 3NH2A 4C8NA 3OYDA 4DQRA 3T19A 4KHSA 3TARA 4F4KA 2HHQA 3AVMA 1BL3A 1CXUA 2JLEA 4IG0A 3G0ZA 5CYMA 3VQEA 2LSNA 3LP1A 4FJIA 3ULDA 1U49A 3VQAA 5CZ1A 4KI4A 2GV9A 4M45A 3RMBA 3QNOA 4OLAA 3JYTA 3UIQA 3VA3A 4PY5A 5KI6A 4IBNA 2B5JA 4O5BA 4K8XA 4MQ3A 1WSHA 3VQ5A 3DM2A 3ZSQA 1NK4A 4B9NA 4CJFA 3NGIA 1IO2A 4N76A 4CIGA 3V9UA 3QEWA 2PYJA 1SKRA 2OPPA 4RW4A 1TL1A 4NYFA 3PV8A 2FBXA 5KRSA 2XY5A 4CK2A 4IDKA 3ZSOA 1BIZA 4HHTA 3HSTB 2A1RA 1NJYA 1TK0A 2F96A 2VG7A 1C6VA 1EKEA 4CEFA 1JL1A 4XIUA 3HPOA 1RILA 4O0IA 3C6UA 3DI6A 4CHOA 3NGZA 4DSJA 1VSEA 4CJQA 4CEZA 1CLQA 4OPKA 1NJXA 2RKIA 2FBYA 1XHZA 4KREA 5KTQA 3V9WA 3L2WA 3VA0A 3S3NA 1I3AA 2D0BA 3MEDA 4W5RA 4E1NA 3DRPA 3MEGA 3KTQA 4Z4GA 4FK2A 1SV5A 1VSDA 4FW2A 4OLBA 4KRFA 1C1AA 3LPUA 3DLHA 1GOBA 4UQGA 3AO4A 4RW9A 4CFDA 4DTNA 3RRGA 4YFUA 4J2EA 4B9LA 1VSMA 3CFOA 2BGGA 4KFBA 4EP4A 1C0TA 2Z1GA 3BDPA 1T8EA 4DG1A 1BISA 1KVBA 3HO1A 5KRTA 3OYMA 3EY1A 4B9VA 4CJVA 3NFAA 4HVJA 3RMDA 4DQIA 3D0PA 1HYZA 3AVKA 3MECA 2VWJA 3F73A 4EP5A 3L2QA 3QESA 1C1BA 1ZBUA 1TV6A 4ZTJA 3CG7A 1RT1A 1U04A 4FJ8A 2XY8A 4M3WA 3RTVA 1UAXA 4DS4A 2XHBA 4BWJA 5EU7A 1X1PA 3CFRA 5I3UA 4CEEA 1RTHA 4DF8A 4J2DA 4KB0A 4CFBA 1S9GA 1LWCA 2HW3A 1RDCA 1NK0A 4CIFA 3HJFA 3PX6A 2OPQA 4CHZA 1NJZA 1HNVA 3LP2A 1QQCA 3OYHA 3OYEA 1VSKA 4C8MA 3OYBA 1JLAA 1T03A 3DOKA 1SUQA 3KK1A 1UA0A 4FW1A 2OPRA 3V9SA 2Y1JA 4O55A 4J2AA 3VQ9A 3KJVA 4IKFA 2XY6A 1NKBA 2QKKA 5SZTA 3OYGA 4DQSA 4CJSA 3SPYA 1S1XA 3HT3A 3SUNA 3AA4A 1CZBA 4DTXA 1N6QA 3HVTA 1KLMA 3LDSA 2HHSA 3OYNA 4DWIA 1BIUA 4DFPA 3QINA 3ZSRA 3RR8A 1B9DA 2IS3A 4FLXA 3ZSXA 3AO3A 4WE1A 2OYQA 3VQDA 2KW4A 3ZCMA 4CF1A 4KPYA 3KK2A 1BGXT 1ZBIA 3ZT1A 2JGUA 4DSLA 3IRXA 4PWDA 4CGFA 4DLEA 3WNHA 3RMAA 2HNYA 3PX0A 3V1QA 1HQUA 1RBSA 1DTQA 3ASMA 3VQBA 2RN2A 4R5PA 4CGIA 3LAMA 2DTUA 4BDPA 1BI4A 3T1AA 5HLFA 1NKEA 5JS2A 3AV9A 5FRMA 2DFHA 4DU4A 3FFIA 4PA1A 4K8ZA 4NCBA 4DSEA 1O1WA 1QE1A 1VSFA 1S1TA 3KLIA 4MFBA 2YNGA 2WONA 3V1RA 4AHSA 4JRQA 1NOYA 1WSJA 4AHRA 1KLNA 4CJ4A 1IKWA 3QIPA 4AHVA 4Q0BA 4FVMA 2YNHA 4AHTA 4RW6A 3B6PA 4GW6A 1KSPA 1ASVA 2YV0X 1D9FA 4ELTA 2HHUA 4E7LA 1S6PA 4I9LA 4CJTA 4OKEA 4BWMA 1CZ9A 1TL3A 3TR8A 1YT3A 4F2RA 5FROA 5HROA 3PY8A 3HVRA 3QEIA 1HPZA 1T05A 4W5TA 1KFSA 2DY4A 3H08A 5CYQA 1IH7A 2Q3SA 3K59A 3BGRA 3DOLA 1A5WA 4J2BA 3OYKA 4DU3A 3OVNA 3VQCA 1EX4A 3QEPA 4M42A 2FC0A 1LW2A 1DLOA 3I0SA 4B8AB 3SQ0A 1SL2A 4L8RB 2G8IA 5J2PA 4AHCA 5FDLA 1TVRA 1JXEA 2D5RA 4CGGA 3LWMA 3K57A 2QKBA 4B3OA 3VQQA 4DMNA 4I2PA 3SUQA 3LP3A 4CJRA 4CHYA 4CCHA 2P1JA 4KI6A 3K5MA 1VSLA 4KTZA 4Y1DA 1QSSA 4CEDA 1RCHA 2HNDA 3ZSVA 4B08A 4E1MA 3AA2A 2G8FA 3OS1A 4JS4A 1S1UA 2ZE2A 3HK2A 3TAFA 3MEEA 1NK6A 4H4OA 4CEBA 3K5OA 2Z1JA 4FJ9A 4BDYA 4LSNA 1QSLA 1L3SA 1RT3A 1L3UA 3EZ5A 1U45A 4JRPA 1A5VA 4EZ6A 2HB5A 2RF2A 1J9AA 3KKSA 1TGOA 2KFZA 2KQ2A 1HRHA 3DLGA 1EXQA 2ATQA 4LH4A 4RW8A 4AH9A 3VQ6A 3QERA 3SQ2A 3IG1A 2YHAA 4LH5A 1D8YA 3QLHA 4E89A 2GBZA 4Q5VA 3OYFA 2W42A 1IKXA 3L2VA 3LP0A 4Z4HA 1VRTA 4F3OA 4RW7A 1JLQA 4LD0A 4AHUA 3G10A 1U4BA 3ISNC 4CF0A 2YKMA 1RTIA 3OJUA 4AILC 3TABA 4F3TA 1X9WA 4BE0A 3OYIA 1U48A 4GMJB 3NGYA 4CECA 1VK0A 2Z1IA 1LV5A 1UOCA 4W5NA 3O3FA 1RBRA 2RPIA 3LZIA 4KTQA 1C0MA 2BE2A 1W9HA 3AO1A 3RRHA 4HCBA 4FK4A 1S1WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQ4N 2P9UA 3WT0A 5CZ2A 5M1KA 2E8AA 3TAGA 3JXUA 2GUIA 3P5JA 4JHDB 2VWKA 1K6YA 1Q8IA 4JV5K 3TWHA 5FRNA 3M8SA 2WOMA 2GWKA 2NRWA 4KBOA 4BREA 3AVCA 3VEVA 2E2PA 3ZLJA 1C0FA 4AQYK 3R9PA 3GDQA 4NYNA 4B1XB 4M3UA 3ALYA 3DLBA 4DTJA 4DLGA 2VWBA 1UWBA 3JS6A 3K0SA 3EZWA 2E2QA 3AGRA 4M3ZA 4CGJA 3BZCA 3OYCA 3J7ZO 2ASMA 1Z05A 2XY7A 3IS9A 5FPNA 3V1OA 3D2FA 3OYLA 1TAUA 3LALA 1Z6RA 3Q7CA 2QI2A 3F2KA 1I39A 3TAQA 4K0KK 2O8EA 4G1QA 1QVGM 3V4IA 1LAWA 1GOCA 3MWTA 2QWLA 4FM1A 4CZLA 4M3XA 1NJIO 1RBTA 3CETA 4CEOA 3SMSA 1SL1A 3L8BA 4ZHRA 4DCHA 4FL9A 3NMUA 1WLJA 3SAGA 1QQMA 2VCPA 2HF4A 2P5GA 3KK3A 3WUHA 3T3FA 1ASUA 4JI4K 1KFDA 1HYVA 1J5OA 3NVKA 1T44A 1SZ2A 4M7YA 4CJ5A 1QS4A 4YDUA 4O44A 2ZGYA 3E9LA 5KGWA 3BZKA 5C12A 3NF8A 1XQSC 1YJNN 4Z4IA 1BHLA 1YF5L 4CEAA 4YY3K 4KHQA 5AR0A 3LDOA 3D6RA 4FLVA 4YOVA 3C6TA 3TAEA 1TKTA 2WTUA 5J2NA 3MX5A 3CQ8A 3WNFA 2DPNA 3U3YA 2A1SA 2CH6A 1XHXA 3FFKB 2DFEA 4MO4A 3QEXA 1NK5A 3SV4A 3F5TA 1U2VB 2HHTA 3KLEA 3TAPA 2NUBA 1BG3A 3EEQA 3TSUA 2HVIA 3M6GA 3ZEUA 4Z94A 4XEIA 4EFHA 4H4MA 4Z0UA 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 1NGI A;  2Q0R A;  3VOV A;  1HQU A;  1RBS A;  2YHY A;  4CGI A;  2F9T A;  3EKS A;  3FFI A;  3VEY A;  4PA1 A;  4K8Z A;  1S1T A;  1NOY A;  4JRQ A;  1WSJ A;  2P9K B;  3P4I A;  1N32 K;  1Q81 O;  1KSP A;  4ELT A;  2QM1 A;  4BWM A;  1GLA G;  2HBM A;  3CJ1 A;  5FRO A;  1HPZ A;  2DY4 A;  1OH6 A;  3N4Q A;  1NMN A;  3OVN A;  3E66 A;  4M42 A;  2FC0 A;  3RSE A;  1OH8 A;  3CQX A;  4AHC A;  5J2P A;  3W3D A;  1NG9 A;  4FPB A;  2D5R A;  3K57 A;  3LWM A;  2QKB A;  3SUQ A;  2HBK A;  4CCH A;  3WXL A;  3UKR B;  3HZ6 A;  2HND A;  3ZSV A;  4MO5 A;  4B08 A;  2G8F A;  3OS1 A;  1S1U A;  4H4O A;  3ENH A;  3R1X A;  3EZ5 A;  5JLH A;  1J9A A;  1TGO A;  1HRH A;  3T69 A;  5MLC Q;  1D8Y A;  4LH5 A;  3WXM B;  2FSJ A;  4JHD A;  4RW7 A;  1JLQ A;  1WOQ A;  2O8F A;  1U4B A;  1WBD A;  4AIL C;  4DV6 K;  2QWP A;  3NGY A;  4CEC A;  3Q7B A;  4ILG B;  4H0V B;  1W9H A;  4HCB A;  4FK4 A;  1CLQ A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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