4PA1A

Crystal structure of catalytic core domain of fiv integrase
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
HMGIWQMDCTHFDGKIILVGIHVESGYIWAQIISQETADCTVKAVLQLLSAHNVTELQTDNGPNFKNQKMEGVLNYMGVKHKFGIPGNPQSQALVENVNHTLKVWIQKFLPETTSLDNALSLAVHSLNFKRRGRIGGMAPYELLAQQESLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords Integrase
publication title Identification of phe187 as a crucial dimerization determinant facilitates crystallization of a monomeric retroviral integrase core domain.
pubmed doi rcsb
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 50
structure length 151
sequence length 151
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-04-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4pa1A00
4CF8A 4ZHRA 4DS4A 3ZCMA 2X78A 3D45A 4CF0A 1RNHA 4RW8A 3HP9A 3V9ZA 3LDSA 3LWLA 5D3GA 5T7BA 3KK3A 1KCFA 3MXMA 3AV9A 2RF2A 3DMJA 3QESA 2DFFA 1SKRA 1CXQA 5KGWA 4O0IA 3O3HA 1RT1A 2HVIA 3IRXA 4EP4A 4DU3A 5J2PA 4KTQA 3AVAA 4C8NA 4Z4HA 5J2QA 5J1EA 1C0UA 2ZQBA 1TK0A 1EX4A 4DU1A 1XI1A 3HT3A 1VSHA 2Z1GA 3OYLA 3NDKA 2FBXA 1NK9A 2OZMA 2ETJA 1ZBIA 3ITHA 4CF1A 4FJXA 4CGDA 4HUFA 3K5NA 3NGYA 2KFZA 3LP0A 4EP5A 3O3GA 4DLEA 4FM1A 4Z0UA 1XWLA 4DTXA 2G8UA 4H4MA 3ZT2A 2XHBA 1NK0A 3EYZA 1B9FA 3DYAA 4O55A 4CFBA 1A5XA 4M3ZA 3HVRA 1KLMA 4NYNA 4CESA 3QERA 4CJKA 1I3AA 3I8DA 1JLAA 3K57A 1ZBHA 4B8AB 3HSTB 3AO2A 4B3OA 5JS1A 4AHUA 1VSLA 3T1AA 1LWEA 4AH9A 4FLXA 2OYQA 1RCHA 4CEZA 2ITGA 2P51A 3QIPA 4E0DA 3NF9A 3KK1A 3HPOA 4LH4A 3VQ8A 2F8SA 3SYZA 1Q8IA 3D0PA 3CG7A 2RPIA 4BWMA 2BANA 1TK5A 2HB5A 3VQPA 4CJSA 5KRTA 3LANA 1HYSA 3V9SA 1U49A 1QS4A 3OYIA 4M42A 3MEDA 3V9WA 2IAJA 4FLUA 2P5OA 3AVMA 4DMNA 3QEWA 3AVJA 4L8RB 2Z1HA 4FJHA 3CM6A 3NBPA 1YT3A 3OJUA 4DQRA 2O4GA 3TANA 3VQ7A 3S3MA 3AO3A 1HNVA 4O4GA 1Q9YA 4FJKA 3JYTA 3QO9A 4KB1A 4CERA 4ELTA 3DOLA 3U3GA 3MAQA 4FW1A 4K8ZA 5SZTA 5CYQA 4CHQA 1U04A 2FBYA 4C8LA 3OVNA 2DTUA 3DOKA 1IG9A 3IS9A 2PZSA 1KVBA 4LH5A 4YNQA 4FLYA 1IKYA 1HNIA 1XHXA 1J5OA 4FK4A 5E41A 4BE1A 4DS5A 4FJ8A 1HQUA 2GBZA 4FW2A 3TAGA 1BQMA 4FZYA 4KI4A 5I3UA 3QEXA 4N56A 3V6DA 4KHWA 3K59A 2PYLA 3HO1A 2IC3A 4FJLA 4PA1A 2G8FA 3O4QA 2KQ2A 2YV0X 4FCYA 5FROA 3CQ8A 1IH7A 3NH0A 1S6PA 3TI0A 1XC9A 1X9WA 1RT2A 3VQQA 4CEAA 4JRPA 3ALYA 1VK0A 5K14A 1RT6A 1L3UA 4KI6A 1LW2A 2A1SA 2VWKA 4BE0A 3S3NA 4M45A 1TKXA 4CFAA 1GOCA 4I7FA 3HVTA 5HBMA 4OKEA 4DU4A 1T05A 3AVKA 1JLFA 1CXUA 1S1UA 4RG8A 4BE2A 4BDPA 3TAEA 3TARA 1W9HA 2F8TA 1ASUA 3HK2A 5I42A 3RR8A 4O5BA 4FJGA 1SV5A 3AVGA 4IFVA 5FRNA 2IOCA 1CLQA 2HHTA 1LAVA 2Y1JA 4CJVA 3TAMA 3DLBA 1HQEA 3F9KA 2DFEA 5CZ2A 1C1CA 4F2SA 1TAQA 4DSKA 4AHSA 4DSEA 4QAGA 1NK7A 4FJ7A 1N5YA 4FLVA 5CZ1A 3OS1A 2YHAA 3BDPA 4CJ5A 1K6YA 4E7JA 3SCXA 3VN5A 4F8RA 3KKRA 3HPHA 5HLFA 1BL3A 4CHNA 3KLIA 1ZBUA 4CJLA 1RT7A 4CGHA 3U3YA 3THVA 3SV4A 3ZSVA 3VQ5A 1NK4A 4ICLA 4DFJA 4HCCA 4Z4FA 2D0AA 1NJXA 1WLJA 3P83D 4I2PA 3M8RA 1L3TA 1KFDA 4CJUA 4N5SA 2YNHA 3LPTA 4CJPA 4DFMA 2FBTA 4RW7A 3QNNA 1IO2A 2XY7A 2D0BA 2OPPA 4KFBA 3B6PA 3SUQA 2EX3A 4E7LA 1CZBA 3HJFA 4DSJA 1QQCA 2FBVA 5HP1A 4KHSA 2NUBA 4CEQA 3PX0A 4W5QA 3KD5E 4HUEA 2HHQA 3AVLA 3HL8A 4CJTA 5DMRA 4CJ3A 3IAYA 1J54A 1UA0A 1VRUA 5KTQA 1XHZA 3KJVA 4OKJA 3TR8A 3DLKA 3VQ4A 4KHNA 4E7IA 1R0AA 2HNYA 2G8HA 1YTUA 4PWDA 4QCLA 4JS5A 3VQDA 3VQAA 2VG7A 4R5PA 1ASVA 3KKSA 2YNIA 3AVNA 1B92A 3ISNC 5CY4A 2GV9A 3T3FA 1JL1A 1ZYQA 1TAUA 4GMJB 4F4KA 5SWMA 1TKZA 5DK5A 4H4OA 3VQEA 2BE2A 3V9UA 5HRNA 1IKVA 3DM2A 1UAXA 3QEIA 3M8QA 1L3VA 5HRPA 4KAZA 4F3OA 1KTQA 3OYDA 1RDBA 4BACA 3AO1A 2HHVA 1HYZA 3ZSRA 1TL1A 2HNZA 3KLFA 3AA4A 2WONA 4FLZA 1FKPA 2KTQA 3ZT1A 1TVRA 3CM5A 2OA8A 2Y1IA 1VSKA 2YKMA 4LSLA 3RRGA 2PY5A 1LAWA 4CHOA 2OZSA 3OYJA 2YHBA 4LSNA 4FZZA 4CIEA 3NF6A 4DLGA 4W5NA 1IKXA 2I5JA 2ZE2A 4JRQA 1U4BA 2P5GA 5J2NA 4JS4A 3SNNA 1S1XA 3NHGA 3KIOA 2LSNA 5FDLA 3TAFA 2YNGA 1UWBA 1BQNA 5C24A 3VA3A 1S9EA 2E6LA 3K58A 4EZ6A 1JXEA 4BWJA 3KK2A 3TABA 1LV5A 1JLCA 3ZSQA 3SQ2A 3TAQA 4M3RA 3KLGA 1A5WA 1RTIA 4O44A 3ZSXA 1JLEA 3PUFA 4B08A 2HHWA 4KHYA 2B5JA 1ZBFA 4Q0BA 2X6SA 1RBSA 3DRSA 3HPGA 3AVIA 4DWIA 2BGGA 3V9XA 4CJFA 3L3VA 3V1RA 4Z4CA 4FJ5A 4Z4GA 4KREA 2VG5A 4OJRA 1QTMA 3PO4A 1TV6A 1RBUA 3LP2A 1YVUA 2HW3A 3AVFA 4ID1A 3U6FA 2ZD1A 1SKWA 1C0TA 1VSDA 3IG1A 3ZSOA 3PV8A 3TAPA 1NOYA 1WSJA 3QIOA 4OGEA 3QEPA 3PX6A 3UIQA 2QKKA 4NCBA 4FZXC 1BCOA 1BI4B 1FK9A 4DQQA 4CEDA 3LAKA 4DTUA 1SL2A 1KLNA 2ATQA 4OKKA 4DF4A 3C95A 4PUOA 4E1MA 3CYMA 3RTVA 3LALA 1NOZA 3DLRA 3NAEA 2G8IA 2E6MA 3V1OA 4IBNA 3OYGA 3L8BA 3ULDA 1RDCA 2B6AA 1ITGA 3DLGA 3G10A 3ZT3A 3ZSZA 3MEGA 2R7YA 4MQ3A 4B9NA 2RKIA 4G1QA 1QSYA 2Q3SA 1KFSA 3EZ5A 4CEOA 4PQUA 3V4IA 1GOAA 1NKCA 1F21A 3RWUA 4DQSA 4KV8A 1NJYA 1C1BA 1NK6A 4MFBA 1VSIA 3C6TA 5C25A 1C1AA 3MXJA 4NYFA 4RW9A 3LAMA 4C8MA 1T7PA 2BDPA 3OS0A 3OYFA 1RBTA 4HCBA 4Z4EA 1LWFA 4F2RA 2P1JA 2Z1IA 4XIUA 2WOMA 3EY1A 2F96A 4CIFA 3L2RA 2IGIA 1D5AA 1I39A 1D9DA 1SL1A 1HPZA 3RMAA 1BISA 4B9UA 3DLEA 3PY8A 1LW0A 3PX4A 4LY7A 4Q5VA 4CF9A 3ZT0A 4B9TA 4HUGA 3E01A 4AILC 1RBRA 4E1NA 2XRIA 3NFAA 4CHZA 4ELVA 2HHUA 1KRPA 3NH1A 2HNDA 1U47A 2JGUA 4OPKA 1Q9XA 3KLHA 1Y97A 3TWHA 4DSLA 3T19A 3SV3A 3SQ0A 4FK0A 4E89A 1X9SA 4FJIA 2RN2A 2DFHA 2DY4A 4CEBA 4UQGA 3ZSWA 2HHXA 5HRRA 3RMBA 4B9LA 1WSEA 3BGRA 1SUQA 1VSJA 1RDDA 3K5MA 1BCMA 3SI6A 1NJWA 4FXDA 4CK2A 2YKNA 1VRTA 3OYEA 4QOZB 3C94A 4FK2A 1O1WA 3K5OA 3LPUA 4KO0A 1WSHA 4OPJA 4BDZA 4FJNA 1JXBA 1REVA 4H8KA 4AHVA 1RTHA 4CJEA 3DLHA 4B9SA 2PYJA 1EP4A 1N6QA 3SUOA 2EHGA 4RW4A 1U45A 3RRHA 4B9VA 4GVMA 3AA3A 4ID5A 3WNHA 5KRSA 1RBVA 3LWMA 2HVHA 4Z4IA 1JKHA 4GW6A 4DG1A 1T8EA 1IKWA 1J53A 3OS2A 4FJ9A 1UOCA 1T03A 4DTJA 3AVBA 4FLTA 1D9FA 1SKSA 1L5UA 3QETA 4Y1DA 3M8SA 3H08A 4CGIA 2XY6A 1JLGA 1WNSA 3RR7A 4J2EA 4CJWA 3RMDA 4TSXA 3SPYA 4CFCA 3NH2A 3OYHA 3ZT4A 4J2BA 3OYMA 1NJZA 1YTAA 4FVMA 3SQ4A 2G8KA 5FRMA 3AO4A 1TL3A 3ASMA 3CFRA 2XY5A 2KZZA 1KSPA 1NKBA 1HMVA 1A5VA 2JLEA 1QE1A 4E19A 3AA2A 1RTDA 4CJQA 3C6UA 3ZSYA 3QNOA 1NKEA 4DF8A 4C8KA 2X6NA 4KB0A 1Z26A 4CEFA 2YNFA 1WN7A 4Y1CA 4KRFA 4ELUA 4FM0A 2QK9A 2KW4A 2W42A 4BDYA 1NK8A 2G8VA 4CCHA 4KPYA 1BIZA 2FC0A 4HTUA 4E3SA 2O4IA 4DQIA 3LZIA 1EXQA 2OPRA 3HXMA 1HRHA 2IS3A 1TKDA 3S3OA 2VWJA 2KZMA 1JLBA 1WAFA 5KGXA 4HHTA 4DFPA 4C8OA 1QHTA 3L2UA 1U48A 2D0CA 1C0MA 3WNFA 4ZTJA 4DFKA 1BIUA 4M3UA 3AA5X 3HP6A 3NE6A 1MU2A 4YFUA 4KKOA 4NCGA 3VQ6A 4AHCA 2XO7A 4OVLA 5J2MA 3KTQA 4N41A 1WSFA 2OPSA 4CHYA 1ZBLA 4AHTA 3OJSA 3B6OA 1KVCA 3CFOA 2KFNA 3NGIA 4I2QA 4CJRA 4N47A 3O4NA 2GUIA 1DTTA 1RT4A 3SZ2A 4FJMA 4CFDA 4DTSA 1DTQA 3P1GA 1GOBA 1Z25A 1D8YA 1VSEA 2IDOA 4IKFA 3K2PA 4CF2A 4OLBA 4IDKA 4M3XA 2G8WA 4FYDA 1HYVA 4O0JA 3SJJA 3G0ZA 1S5JA 4DTPA 4F3TA 3A2FA 1J9AA 3OY9A 3S9HA 3OYBA 3SPZA 4LD0A 2HHSA 3KLEA 4OGCA 3AO5A 3MEEA 3HM9A 2HMIA 1VSFA 3DI6A 1RILA 4CK3A 3OYNA 3FFIA 3OYCA 4W5OA 4CHPA 4J2DA 1W0HA 1JL2A 3QINA 1NK5A 4CEEA 1WAJA 1L3SA 1KVAA 3L2WA 1X9MA 4DQPA 1DLOA 5JS2A 4FJJA 1FXXA 4J2AA 1S6QA 1X1PA 4E7KA 1QSLA 1LWCA 4I9QA 4IG0A 4IFYA 4DSFA 1CZ9A 2B4JA 3M8PA 1RTJA 1SL0A 1VSMA 3PO5A 4M3WA 1JLQA 4PY5A 4M3TA 2X74A 3CFPA 5EU7A 4OLAA 3V1QA 4CGFA 4RW6A 3VQ9A 4DTOA 1EKEA 4I9LA 3SQ1A 1RT5A 3AVHA 1WSIA 2XY8A 3LP1A 1EETA 4CK1A 3L2QA 1TKTA 1G15A 3DRRA 4IG3A 1B9DA 5CYMA 3MXIA 5HRSA 3NGZA 4CGGA 2VG6A 4N76A 3F73A 2QKBA 4CECA 2A1RA 4NCAA 4DSIA 3VQBA 3WNGA 1S1TA 1UA1A 4DTNA 4M41A 3OYAA 1S9GA 3JSMA 3RMCA 3I0SA 1TK8A 3NCIA 3LZJA 3AVCA 4FLWA 4K8XA 4JLHA 4EZ9A 3OYKA 3V81A 3SUNA 3P5JA 4ZTFA 1C6VA 5HROA 4WE1A 4CGJA 1RT3A 1FKOA 2OPQA 4DTRA 2QXFA 1BGXT 1BI4A 3KD1E 3L3UA 1QSSA 1S1VA 3NF8A 3K5LA 3SUPA 4W5TA 3QEVA 4KHQA 1WSGA 3DRPA 4B8CA 4W5RA 1BHLA 2D5RA 4KTZA 3WNEA 3L2VA 2AJQA 1HJRA 4CJ4A 2E4LA 3VQCA 4AHRA 3MECA 4E7HA 4FM2A 3HYFA 4CIGA 5C42A 3LP3A 3O3FA 4CE9A 4M3YA 4B9MA 1RDAA 4KTWA 5KI6A 1S1WA 4KHUA 2Z1JA 3NF7A 1TGOA 3I0RA 1ASWA 3QLHA 4HVJA 4DTMA 3VA0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MO4A 5HOOA 2X78A 3D45A 4CF0A 2W40A 2NRXA 3CJ9A 1RNHA 4RW8A 3HP9A 4X64K 3LDSA 1N36K 4M7YA 3QESA 1SKRA 4JAXA 4O0IA 3GOIA 1RT1A 5J2PA 4KTQA 4C8NA 4OPAA 2AA4A 3G25A 4CF1A 1NGCA 4FJXA 4CGDA 4H0XB 4HUFA 4BC4A 4BR0A 4LF6K 5FPMA 2DPNA 3EYZA 1B9FA 4M3ZA 4XH1A 3HVRA 3QERA 4NYNA 1IBLK 1ZBHA 4B8AB 3ZLJA 4B3OA 4AHUA 5KPRA 1VSLA 4CEZA 5EX5A 2P51A 3NF9A 3KK1A 1GLEG 1HYSA 1BUPA 2HF3A 4JN4A 3V9WA 1FW6A 3C6HA 4FLUA 2GWJA 4IJNA 3ZX3A 2P9SA 2Z1HA 4FJHA 3CM6A 3OJUA 1XMOK 3TANA 2FXUA 3AO3A 3ENOA 3JYTA 3A8YA 1VAZA 4KB1A 4FW1A 2NRTA 4FWQA 2YHXA 2VQFK 3DOKA 3WXLA 5JLFA 2P9PB 4B3TK 1KVBA 2OTLN 2F9WA 4FK4A 4X66K 4BE1A 1QZ6A 3LM9A 4KI4A 4N56A 3HO1A 1J6ZA 1NMDA 1IH7A 3NH0A 4CEAA 1NGFA 4JHDA 3BY5A 4DR2K 1L3UA 4HTLA 1BU6O 4EHTA 4JV5K 4BE0A 1GOCA 3HVTA 4DU4A 1T05A 4RG8A 3TAEA 1WBBA 3D2FA 5I42A 3HK2A 3O6WA 4FJGA 1SV5A 3HTVA 1CLQA 2Y1JA 3THYB 3MDQA 3F9KA 3LDLA 5CZ2A 4AHSA 4BC3A 5I9EB 1NK7A 4FLVA 5CZ1A 3OS1A 3VN5A 2A5XA 3KKRA 3HPHA 4CZKA 3O5BA 4IFEA 1RT7A 4CGHA 3CCJN 3U3YA 1NK4A 3ZSVA 3VQ5A 4FO0A 4ICLA 4DFJA 3P83D 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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