4QOZB

Crystal structure of the histone mrna stem-loop, stem-loop binding protein (phosphorylated), and 3'hexo ternary complex
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
288
structure length
277
Chain Sequence
FSDPVYKEIAITNGCINRMSKEELRAKLSEFKLETRGVKDVLKKRLKNYYKKQKLMSYYDYICIIDFEATCEEGNPPEFVHEIIEFPVVLLNTHTLEIEDTFQQYVRPEINTQLSDFCISLTGITQDQVDRADTFPQVLKKVIDWMKLKELGTKYKYSLLTDGSWDMSKFLNIQCQLSRLKYPPFAKKWINIRKSYGNFYKVQTKLTIMLEKLGMDYDGRPHCGLDDSKNIARIAVRMLQDGCELRINEKMHAGQLMSVSSSLPIEGTPPPQMPHFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Rna/hydrolase/rna binding protein
molecule keywords histone mRNA stem-loop
publication title Molecular mechanisms for the regulation of histone mRNA stem-loop-binding protein by phosphorylation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 277
sequence length 288
chains with identical sequence E
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2014-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00929 RNase_T Exonuclease
B PF02037 SAP SAP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4qozB02
1IKYA 4CFAA 3KKRA 2X78A 2Z1GA 4F2RA 1WSJA 1SKRA 2YV0X 3SUPA 4I9QA 3HXMA 4FJMA 5HP1A 3ZSZA 4KV8A 4E7IA 1B92A 4OKJA 3SCXA 4B9MA 5HRNA 2XO7A 4FLXA 1Z25A 1CXUA 4KHNA 1O1WA 4GMJB 3TWHA 3LAMA 1VSKA 1J53A 4I7FA 4KTZA 2PYLA 2E6LA 4LH4A 1HQEA 3OYIA 1KVBA 4Z4EA 3O3HA 4DTJA 3KIOA 4OKKA 3TR8A 3OYHA 5FDLA 3SPYA 1KLNA 1HNIA 3BGRA 1D9FA 4EP5A 1VSLA 3SV4A 4FJKA 4CHNA 4B9VA 3M8QA 1CZ9A 3HP9A 1L3TA 4ELUA 2YKNA 3HT3A 2IAJA 4C8LA 4E89A 1C1BA 3NHGA 1L3UA 3HL8A 1QSLA 3QNOA 1HQUA 1RDAA 1W9HA 5CY4A 3K58A 4AILC 2OZMA 2QKKA 3SQ0A 2HVIA 5I3UA 4B9SA 4H4MA 1KTQA 4J2DA 3WNEA 1RDBA 3SUOA 2RF2A 3VQQA 3ZSOA 3O3FA 1ASWA 3LZJA 2G8HA 2B6AA 3L2VA 4NCAA 3C95A 4CF1A 4IBNA 2ZE2A 5K14A 1IKXA 1HYZA 1LWCA 3M8SA 3NF6A 2KFNA 4CGFA 4K8XA 2YNFA 3OS1A 3NE6A 4KAZA 1BISA 3TANA 3DI6A 4FXDA 3QESA 3V9XA 1VRUA 4CK1A 4DFKA 1U04A 2R7YA 1LWEA 2KZMA 1GOBA 2VG7A 4E7HA 2G8VA 1QE1A 4CCHA 4L8RB 2OPSA 4N47A 3M8RA 1YT3A 1DLOA 1RDCA 3OJUA 3U6FA 4FJIA 3LP1A 3LZIA 1NKCA 4DTOA 5HROA 1RBSA 1J54A 4DTRA 1BI4A 3CFOA 4LD0A 2HHUA 4CJQA 3P5JA 2ATQA 3LANA 3U3YA 2Y1JA 3AVCA 3ZSVA 3VQ4A 1TKXA 4M3XA 4DF8A 2P5OA 4W5RA 1NJZA 1RT1A 3VQ8A 4W5OA 2KQ2A 1YTUA 3OYKA 1W0HA 4EZ9A 4EP4A 4DSKA 2QK9A 4CEEA 3CQ8A 4KTQA 2G8UA 3KK2A 3VQAA 1U48A 2YNIA 3VQ7A 4CIGA 2W42A 2BE2A 1TVRA 2D0CA 3OYGA 3C94A 3WNGA 4CEFA 4M3UA 2F8SA 3SZ2A 3HSTB 3G0ZA 4FJ7A 3QERA 1WNSA 2DY4A 1WAJA 3CG7A 1VSEA 4DWIA 1XC9A 1L5UA 1UA1A 3DLGA 4LSNA 2F96A 1VSIA 3ZSYA 1SKSA 3NF7A 4GVMA 1BGXT 2BDPA 1IKWA 3OVNA 1S1UA 1TV6A 1JKHA 3WNHA 2A1SA 4E7KA 2PY5A 4BWJA 5KGWA 5J2PA 2RKIA 4FJJA 3RMBA 4CHOA 3OYJA 1TKTA 4MFBA 4B9LA 3V9ZA 1C0MA 1JL1A 3VA3A 1TL3A 1X9MA 3TABA 1KLMA 3ALYA 3L3UA 3AO4A 4Z4FA 3V81A 4CFDA 3EZ5A 2DFHA 4ELVA 3MEDA 2IGIA 4CHYA 4DS4A 4ICLA 4C8KA 1ASUA 4JS4A 3RMAA 3L2RA 3SNNA 1WSGA 1R0AA 1X9SA 4BACA 3D0PA 3TAEA 1KVCA 1FK9A 3THVA 3D45A 2XY7A 1U45A 3QEWA 1QS4A 4DSFA 5KRSA 3AO2A 4FK0A 1WSFA 2VWKA 4W5TA 1J5OA 2HHVA 4O0IA 4AHTA 3ITHA 4Y1DA 3MECA 4CF0A 1D5AA 2O4GA 4FJXA 5HRRA 3K5NA 2IOCA 3L2QA 4I2PA 2FBTA 4RW6A 2B5JA 1IG9A 3BDPA 4KB0A 3AVIA 3ASMA 4CJUA 1RT5A 2D0BA 3TAPA 4FW2A 5J2QA 3MAQA 1XI1A 4AHSA 1G15A 2P1JA 4IDKA 1NOZA 5KTQA 5CYQA 4FM1A 3NF9A 2EHGA 1FXXA 3OYLA 3KLEA 2P51A 4ZTJA 2E6MA 1SUQA 4JLHA 1QTMA 3H08A 4O0JA 1YVUA 4FM0A 1VK0A 1MU2A 1QHTA 1VRTA 1CXQA 3AVKA 1SKWA 4OKEA 4KPYA 4FYDA 3K5LA 1BQMA 1L3SA 3NGYA 5CZ2A 4FVMA 3EY1A 3AVBA 3DOKA 4KKOA 3LWMA 3V6DA 2KZZA 4PA1A 4E3SA 3ULDA 4IFYA 3QEVA 3PX0A 4FZYA 1NKEA 4LY7A 1N6QA 3SQ4A 4AHCA 3P1GA 4E7JA 4OPKA 5HRPA 3SYZA 1L3VA 3PO5A 1TK0A 1T03A 4FZZA 3IS9A 4YFUA 4M3WA 1TAUA 2VG6A 4TSXA 1D8YA 5J2MA 3HVRA 4FLZA 3K59A 1ASVA 3DLKA 1WSEA 3MEEA 4YNQA 4HTUA 2ZD1A 1JLAA 1JLBA 1XWLA 1NK4A 4OJRA 4PY5A 1EP4A 1DTTA 3MEGA 3CM6A 4E1MA 5HBMA 3LPUA 1JXBA 4DTNA 1T05A 2KW4A 4N76A 2OYQA 4KREA 4KRFA 1BIUA 3OYDA 1UWBA 5C25A 3ZT1A 1HJRA 1ZBFA 4M42A 1C1CA 3I8DA 1S9GA 1S5JA 1WN7A 2DFEA 2ZQBA 2RPIA 2XY5A 4FJ9A 4Q0BA 3LAKA 1DTQA 4E7LA 4KHYA 2X74A 1NJWA 4LSLA 4CJVA 5J2NA 4KI4A 2IDOA 4F3TA 3HM9A 4JS5A 3KLIA 3A2FA 4DTUA 2EX3A 1VSFA 4ZHRA 3NGIA 4FLUA 5HLFA 3ISNC 4CJEA 3KLGA 4I9LA 4Z4HA 3RR7A 2VG5A 1TGOA 2YHAA 1QSSA 3QETA 4N5SA 2OPQA 2HHWA 4RW8A 3PX4A 3ZSXA 4CJPA 3OYNA 4KB1A 3AO5A 5FRMA 3NH1A 1HMVA 1TK8A 1C6VA 3HPHA 3F73A 1ZBIA 3KLHA 2OPPA 1CZBA 1NK9A 4Y1CA 1Q9XA 1TL1A 1RTDA 4FJGA 2HMIA 4KO0A 4DLEA 3S3OA 4CJTA 1BCMA 3KKSA 4CK2A 1LWFA 3V1QA 1NKBA 1FKPA 2OZSA 2ETJA 3NGZA 3PO4A 4ID5A 1S6PA 4OLBA 2Z1HA 4OGCA 4CIEA 4CJ5A 1B9FA 3KJVA 2Y1IA 3LDSA 1JLQA 5FROA 4CE9A 1RT2A 3OYBA 1NK0A 4FJLA 4HCBA 4J2EA 1ZBUA 4RW4A 4CJ4A 4B3OA 2QXFA 3DRRA 3SQ2A 4CERA 1HYSA 3AVJA 3AA3A 3OJSA 2FC0A 4I2QA 4CK3A 4DFMA 4R5PA 5KI6A 4CEDA 2YNGA 3DLHA 4CF2A 1RT6A 2BGGA 2Z1IA 4O5BA 5JS1A 4IFVA 2XHBA 4FLVA 4ID1A 4CECA 3OY9A 4BE0A 1FKOA 1RNHA 2D5RA 4KHUA 4CESA 1VSMA 2FBYA 4CEAA 5DK5A 3B6OA 3I0SA 5C42A 4FJHA 1BIZA 3HP6A 3DLBA 3NH2A 4FZXC 4M3YA 1KRPA 4DG1A 4QCLA 5SZTA 2G8KA 4IG0A 1ZBHA 3QEIA 1IKVA 3AA4A 1TKZA 4F2SA 4CEOA 4HCCA 1JXEA 4CJSA 4BDZA 5JS2A 1WLJA 4FLYA 2HHSA 3DYAA 2FBXA 2Z1JA 3RTVA 1RT4A 3HO1A 3C6UA 4DU4A 1ITGA 2GBZA 1BCOA 4Z4GA 3VN5A 3OYMA 3RWUA 4PUOA 4W5QA 4Z4IA 4FCYA 3MXIA 1U47A 1WSHA 4XIUA 1S1VA 1REVA 3ZT3A 3VQ5A 3HK2A 3L8BA 4M3RA 5CZ1A 2RN2A 3PY8A 2XY8A 3HVTA 1VSJA 3I0RA 4CGJA 4ELTA 4CEZA 3DM2A 3LWLA 1JL2A 3FFIA 3RMDA 3SUQA 1J9AA 1RTJA 4DQSA 1U4BA 1GOCA 4DTPA 4N56A 4Q5VA 4OGEA 3AVLA 1NJYA 3NCIA 1NK6A 4B8CA 3AA2A 3CM5A 4ZTFA 3LP3A 4E1NA 4DS5A 1KFDA 3KD1E 2HVHA 3LALA 1C0UA 4O44A 2GV9A 3KTQA 1KVAA 4O4GA 3KK3A 2YNHA 3PUFA 1WAFA 2E4LA 4M41A 4BDYA 4EZ6A 2HNZA 1RBRA 5E41A 1SL2A 3L2WA 1LW0A 3NH0A 1JLFA 2ITGA 3DRSA 3TAMA 1X9WA 4QAGA 4CHQA 4KFBA 4CJWA 2A1RA 4PWDA 3QIOA 4G1QA 1SL1A 4BDPA 4CF9A 1U49A 1KSPA 3KK1A 3VQCA 2HHQA 3CFPA 3S3NA 1ZBLA 4AHUA 3WNFA 1LW2A 2JLEA 3HPGA 2DTUA 1T8EA 1A5VA 2WONA 4FJ5A 3DMJA 1RCHA 4DTMA 1Q9YA 2P5GA 4NCBA 3AO1A 3SPZA 3QO9A 3LP2A 4Z0UA 3ZSRA 1LV5A 3TAQA 4H4OA 3DLRA 4CFBA 3V4IA 3SJJA 3VQ6A 3KLFA 3SV3A 4J2AA 1VSDA 2VWJA 3QIPA 3HJFA 3QEXA 1WSIA 1KFSA 4CGIA 3AO3A 2HB5A 2GUIA 1Z26A 4JRPA 4HUEA 3OS2A 3UIQA 4DLGA 2AJQA 4GW6A 3VQDA 1RILA 1S6QA 1RBVA 5CYMA 2PYJA 3V1OA 4DQQA 3K57A 4CHZA 1HYVA 3RMCA 3TARA 4DQIA 1TAQA 4MQ3A 4CJLA 4O55A 3QNNA 5DMRA 1B9DA 3AA5X 3PX6A 1SV5A 4B9UA 1RTHA 3QINA 3V9SA 1QQCA 2D0AA 3T19A 1I39A 3ZSQA 5KRTA 4CJRA 3S3MA 4WE1A 1HNVA 3G10A 4H8KA 4AHRA 4DSIA 3AVGA 4F8RA 4NYNA 1F21A 3U3GA 3HPOA 4BE1A 1JLCA 4BE2A 1K6YA 5KGXA 4FW1A 1LAWA 3CFRA 3KD5E 3ZT2A 3K5OA 4OLAA 1ZYQA 1EETA 5D3GA 1A5XA 3AVAA 1C0TA 1Y97A 1BHLA 3VA0A 4W5NA 3LPTA 2QKBA 4OPJA 2HHTA 3VQEA 5EU7A 3LP0A 4JRQA 1XHXA 1EXQA 1CLQA 3DOLA 4CFCA 4B9TA 3QLHA 4CIFA 3ZT4A 4DSLA 4CHPA 1TKDA 4LH5A 3SUNA 1BI4B 1NJXA 3K5MA 2B4JA 3C6TA 4DTXA 1UA0A 3VQ9A 1RBUA 2X6SA 5FRNA 4FK2A 4QOZB 2KTQA 3DLEA 4AHVA 1HPZA 2PZSA 1NK5A 4OVLA 4E0DA 3V9UA 4M3TA 3AV9A 3OS0A 4CGGA 3TAGA 1QSYA 4KHQA 3E01A 3NF8A 1TK5A 2HNYA 3ZSWA 3AVNA 4KTWA 1NOYA 3IAYA 4PQUA 3JSMA 2O4IA 4CJ3A 1RTIA 2X6NA 4FLTA 4K8ZA 1RDDA 4NYFA 1XHZA 1LAVA 2G8IA 4CJKA 4DTSA 4FJ8A 3TI0A 1N5YA 4Z4CA 4C8MA 4HVJA 3CYMA 4C8NA 3O4NA 5SWMA 4CEQA 5T7BA 3OYEA 4J2BA 4DU1A 4M45A 3VQPA 2G8WA 2FBVA 3AVFA 4DFJA 3MXMA 4KI6A 1S9EA 3EYZA 4IG3A 2YHBA 3NBPA 1NK8A 2HHXA 3OYAA 1JLEA 4FLWA 1GOAA 1VSHA 3QEPA 3SI6A 3AVMA 4NCGA 2HNDA 3T3FA 3T1AA 4DF4A 1T7PA 2I5JA 1Q8IA 4DSJA 4HUGA 3IG1A 3NDKA 4RW9A 4DQPA 3NFAA 3SQ1A 4F4KA 2IS3A 1IH7A 3AVHA 1BL3A 1EKEA 3VQBA 2IC3A 4CF8A 3RR8A 4F3OA 2G8FA 3ZCMA 4B08A 4UQGA 3K2PA 3L2UA 1S1TA 3L3VA 1RT7A 3F9KA 1SL0A 3P83D 3OYCA 2XRIA 1S1XA 3V9WA 4RW7A 2F8TA 1C1AA 1UOCA 2BANA 1RBTA 4FM2A 3RRHA 4M3ZA 4DFPA 1HRHA 4CJFA 5J1EA 2KFZA 3MXJA 4DQRA 4CGDA 3PV8A 1KCFA 4KHWA 2XY6A 5HRSA 4BWMA 1D9DA 1X1PA 2JGUA 3IRXA 4DSEA 4E19A 3B6PA 1IO2A 1S1WA 1UAXA 1YTAA 2YKMA 4CGHA 2OA8A 3RRGA 4FK4A 1JLGA 3O4QA 4FJNA 5C24A 4C8OA 2NUBA 4KHSA 1EX4A 2LSNA 5I42A 1A5WA 2WOMA 4HUFA 3TAFA 4CEBA 4RG8A 4DMNA 3JYTA 2OPRA 1I3AA 3M8PA 3S9HA 4IKFA 4AH9A 1NK7A 3NAEA 2HW3A 4N41A 1BQNA 1RT3A 4DU3A 4B9NA 4B8AB 3OYFA 2DFFA 3HYFA 3O3GA 3DRPA 4HHTA 3ZT0A 2Q3SA 3V1RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KKRA 2X78A 4YOVA 4FJMA 3KWIA 3QFPA 4FLXA 4MLEA 1O1WA 4KH4A 2E2OA 3LAMA 4GV3A 3OYIA 5AQSA 5EOYA 3O3HA 4JV5K 4NCAA 4C1NK 4BC5A 4CZHA 2ZGZA 1VSLA 3SV4A 3M1FA 2NLXA 4FJKA 2AP1A 2D1KA 4FL9A 5AZIB 5DM6L 1L3TA 2YKNA 1T6CA 3MWTA 2A41A 1E4GT 4C8LA 4LC9B 4AILC 3NMUA 1K9MO 2QKKA 3SQ0A 2HVIA 4I6MB 4B9SA 4H4MA 4DUZK 3SUOA 4IBNA 2ZE2A 5K14A 1IKXA 3FZLA 3M8SA 3BUZB 2YHYA 2P9IB 2YNFA 4KAZA 3V9XA 2P9SA 3WXKA 1QE1A 2OPSA 3M8RA 2HF4A 3U6FA 3CQXA 1NKCA 1DKGD 2GWKA 3CCSN 3A5LC 1SS6A 3FLCO 4BRGA 4CJQA 3U3YA 2ATQA 4BRMA 2Y1JA 3ZSVA 2WC9A 1TKXA 3T1YK 3SBTA 4BRQA 4W5RA 1KAZA 1BA1A 3CCRN 4EP4A 1NG9A 4FWNA 4KTQA 3KK2A 4B1VA 4WQ5C 3VQ7A 4B1XB 2VQEK 2F8SA 3JAMO 5KPZA 3HSTB 3G0ZA 4FJ7A 5AQRA 3QERA 1WNSA 1XC9A 4LSNA 1VSIA 4GVMA 2A1SA 5KGWA 3OBWA 2O8FA 2D0PA 4WYBA 4CHOA 3RMBA 3OA9A 4AQYK 1NGEA 4FWRA 1NGCA 3ZETB 3E9LA 3V81A 4CFDA 4Z4FA 1MWKA 3O9UA 5KPRA 2IGIA 4JK7A 4CHYA 1ASUA 2JWKA 3DXMB 3VETA 3THXA 5ADXH 2UUCK 3QEWA 1QS4A 5KRSA 1WSFA 2VWKA 1M90O 2ZJQL 1J5OA 3IUCA 3MECA 4CF0A 2QWMA 4I2PA 4JI4K 4RW6A 3BDPA 3ASMA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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