4RTFD

Crystal structure of molecular chaperone dnak from mycobacterium tuberculosis h37rv
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
355
structure length
349
Chain Sequence
RAVGIDLGTTNSVVSVLEGGDPVVVANSEGSRTTPSIVAFARNGEVLVGQPAKNQAVTNVDRTVRSVKRHMGSDWSIEIDGKKYTAPEISARILMKLKRDAEAYLGEDITDAVITTPAYFNDAQRQATKDAGQIAGLNVLRIVNEPTAAALAYGLDKKEQRILVFDLGGGTFDVSLLEIGGVVEVRATSGDNHLGGDDWDQRVVDWLVDKFKGTSGIDLTKDKMAMQRLREAAEKAKIELSSSQSTSINLPYITVDNPLFLDEQLTRAEFQRITQDLLDRTRKPFQSVIADTGISVSEIDHVVLVGGSTRMPAVTDLVKELTGGKEPNKGVNPDEVVAVGAALQAGVLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords Chaperone protein DnaK
publication title Crystal structure of molecular chaperone DnaK from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis h37rv
total genus 99
structure length 349
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-11-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4rtfD03
5JICA 3VGMA 4CZJA 3AAQA 1ZXOA 2E20A 5AFUH 2IVOA 4IJNA 3ZETB 4FWKA 1ATSA 2IVPA 3F9MA 1CZAN 2CGLA 5BPNA 4BR5A 3C0BA 4WQ4A 4BRLA 3DJCA 5BR9A 4RTFD 5EOYA 5JLFA 1V4TA 3CJBA 3FGUA 4BGBA 4CZKA 1YAGA 1TUYA 4FO0A 4JD2B 4M63C 3KZBA 1ZBSA 5BRHA 2BUPA 4O5FA 4I6MA 4QS9A 3G25A 2A42A 3A5OC 5AQZA 2A6AA 4JN4A 4CD3A 1E4GT 5AZJA 3CQYA 4CZMA 3VEZA 2YCHA 2BTFA 2CGKA 4FWSA 2E88A 2HF4A 3H6EA 1TUUA 3QFPA 2CH5A 5KPRA 2FSJA 4IWVA 1OKJA 4CZHA 3MDQA 3JXUA 4DHYA 1GLCG 3W0LA 2Q0RA 3ZETA 2J4RA 4Z94A 3HBTA 4BGAA 4QS8A 5AQTA 3ZEUA 1T6CA 4YDUA 3CQXA 1Q18A 3D2EB 1C0GA 3O80A 1HLUA 4C23A 4RWTA 1SAZA 2V7ZA 3UKRB 3A8YA 5FPEA 3MCPA 3LDLA 3MMVA 1NGIA 3EO3A 4JD2A 3LDQA 4K25A 2E1ZA 3VPZA 5AQHA 2NZTA 5KPZA 1QZ6A 2ASPA 1P8ZA 2YHYA 3ATUA 4ISFA 5I9EB 4LC9B 1JCFA 4BRKA 3WXKA 1QQMA 1X9JA 2Q36A 1Z6RA 3FZLA 3LL3A 2E2OA 5F1XA 2P9UB 4BVOA 3BP8A 1ZC6A 4Y0WA 3MN5A 3GDQA 4H0PA 1XC3A 2QWOA 3U4LA 5B8HA 3VEYA 2Q0UA 5FPDA 2P9IA 4ISGA 4QS7A 3AY9A 5TKYA 4IZ9A 2E2NA 2QWNA 2DPNA 2H3GX 3H46O 3ULEB 2Q1NA 3H1VX 3M6GA 3LM2A 5AQSA 4M7XA 5AQXA 3FE1A 4FWRA 4H5TA 3GG4A 4WQ5C 4BC4A 2ITMA 5KQDA 1WOQA 1HUXA 2GWKA 3UE5A 3WXJA 5JLHA 3VGKA 4BRFA 2D1KA 3ZX3A 1U6ZA 3FZMA 1D4XA 1QQOA 4MLEA 4GNIA 3UKRA 1BDGA 4H5RA 1NM1A 2P9SB 4BVPA 4EAHD 1T44A 5BRFA 3W3DA 4A2BA 2GEMA 4CZEA 5AFUA 4PKIA 3P4IA 2P9UA 3C7NB 3M3ZA 3VEOA 1U2VB 3QB0A 4WQ4C 1MWKA 3O6WA 4IXCA 2D0PA 5AQRA 3QBWA 3D2FB 1H1VA 4BRQA 1YXQA 3R8EA 3ULEA 1GLFO 1SZ2A 1TYQB 4EHTA 2E8AA 3DAWA 2F9TA 4PL8A 1BO5O 2V52B 3UKUA 3WXLA 4NB4A 1KAYA 4F9OA 1BUPA 1C0FA 3EZWA 3IDHA 4ISEA 5LJWA 1ATRA 3KHYA 2FLOA 1BA1A 1KAXA 1HX1A 2P9NB 3A5NC 3H3NO 2FSKA 4BRPA 2QWMA 5EY4A 3VOVA 1NGCA 1BA0A 5F0XA 1IJJA 2QWLA 3CIPA 5AQLA 1R59O 2CGJA 2P9PB 5EX5A 4FWMA 1RGIA 5AQGA 3S41A 2I7NA 3QMLA 1MWMA 3L6QA 5BPLA 3C7NA 4B1ZA 2KHOA 4B1YB 1U2VA 3O5BA 3EKUA 3MN7A 4YDUC 3U9ZA 4BRCA 2AP1A 3CERA 3D2FA 2VWBA 3H45C 4PKHA 2GWJA 1TYQA 4BRIA 1KAZA 1G99A 3O1WA 4FPAA 5AZIB 3LDOA 1S3XA 2NLXA 4B1UB 3ID8A 3LDPA 3M1FA 2GTDA 2ZGYA 2CH6A 2W40A 4K42A 3FR0A 3FLCO 5FPNA 3IFRA 4BG8A 4H0TB 4NO7A 5FPMA 3LM9A 3SK3A 4CZGA 4BR4A 2QWRA 1NGBA 2P9NA 4HWIA 2V7YA 3A5LC 2QM1A 3WEEB 3BF1A 3QDKA 1V4SA 1JCGA 2ASMA 4PL7A 1NGGA 5AQMA 3WXIA 4H0OA 2P9KB 2P9PA 4IO8A 5KQ8A 1YUWA 1GLBG 4B1XB 1NWKA 3VENA 1HJOA 2A41A 2GUPA 4H5VA 3MK6A 5AR0A 4BQLA 4CZIA 2EWSA 1QQNA 3BUZB 1NMDA 4EIAA 5JMVA 4BRNA 3SMSA 4KBOA 3CETA 1MA9B 5AZIA 4H0YB 1LOTB 3DXKB 3J8AA 4FPBA 5BPMA 5BN8A 4H03B 5AQWA 4CI6A 1DEJA 1SQKA 4JAXA 2W41A 3BEXA 1QHAA 1E4FT 1ESVA 3WQUA 4FWQA 3VEVA 3L4IA 3D2EA 3WEEA 1NGJA 1ATNA 3CJ1A 5LY3A 2P9LB 3CJ9A 2P9KA 4J8FA 1HKGA 3CHWA 2D0OA 5AQIA 2FSNA 1BWFO 2YHXA 4CD1A 4DCHA 1HPMA 1RFQA 4BR2A 1YVNA 1QZ5A 2V51B 5AQVA 2F9WA 5EXWA 3UB5A 3MN6A 2QWQA 1K8KB 1NLVA 3IMXA 3VF4A 3DXKA 3GE1A 3SJHA 2GELA 2ASOA 4GY2B 1NGDA 3QFUA 1GLAG 3WT0A 2IVNA 3U8XA 4BREA 1LCUA 4XH1A 5AQYA 4A61A 5AQOA 3U9DA 4FWNA 2YI1A 4B1VA 1BU6O 5AQQA 2NRHA 3VETA 4BRDA 1HKBA 1MDUB 3FZKA 5BN9A 2E2PA 5AQFA 4BC2A 2FF3B 3VESA 2ZGZA 4WQ5A 2YHWA 1RDWX 3O1BA 1DKGD 3GOIA 2P9LA 1IG8A 3L0QA 3EL2A 2P9SA 3B8AX 3VF2A 2Q97A 1HKCA 1BOTO 3BF3A 4MLHA 4CBUA 1J6ZA 2QWPA 3CJ7A 4MO4A 3JS6A 5AQKA 4BR0A 3HI0A 2YJFA 1Z05A 5F2RA 1T6DA 2Q31A 4RCHA 4FWOA 2IIRA 4IJAA 4PKGA 4XH4A 1K8KA 5AQNA 4E1JA 1Y64A 1BG3A 3VEWA 4JNEA 2HOEA 4JHDB 3ZEUB 4K41A 1GLJO 2UYTA 3D7EO 3WQTA 4B9QA 5ADXH 2QW9A 3R6MA 4H0VB 1GLDG 4BC5A 4BG9A 1GLEG 2HMPA 3H3OB 4H5WA 5E26A 3FZFA 5LJVA 2Q2RA 3EN9A 1NGHA 5KPTA 3KVGA 3VEXA 3H1QA 3CI5A 3O08A 3RSEB 4FWLA 3O4WA 5E84A 4EHUA 5BREA 3TPQA 2YJEA 5EVZA 4DB3A 3IUCA 4BRMA 4CBWA 1DGKN 2P9IB 1GLLO 5AQUA 3VGLA 4WYBA 4AM7A 1JCEA 3QBXA 4EFHA 1EQYA 1KXPA 3DWLA 3VF6A 1XQSC 4JHDA 4XH5A 3ZX2A 4A2AA 3QICA 4O8KA 2FF6A 3OHRA 3HTVA 4BR7A 4BR9A 2HF3A 2PAVA 2A40A 3FFKB 4CJ7A 4M7YA 3ENHA 2E2QA 4XEIA 3EKSA 3O8MA 2I7PA 4FOEA 3GBTA 3HSCA 2AA4A 2E1YA 1NBWA 3AAPA 3AARA 4K43A 5AQPA 3RSEA 4BRHA 2A3ZA 4CBXA 3SMPA 3I8BA 2WUSA 3DXMB 4FOIA 1X3MA 4MO5A 3ATVA 2PBDA 4BRGA 4BROA 4BRAA 4FSVA 3UKUB 3VERA 4AM6A 3CJCA 3MN9A 3A5MC 5BRDA 1WUAA 3A0IX 3TU5A 5ELZA 4CZLA 4CZFA 3GL1A 4L3QA 2QXLA 2VYPA 2VCPA 1NGFA 1NGAA 3FZHA 4A62A 4BQZA 2ZF5O 3LDNA 3CJAA 2A5XA 4DQ8A 2FXUA 4H5NA 2D4WA 4I6MB 4FL9A 3ENOA 3SLCA 1XUPO 3DXMA 3ZX0A 1S22A 1NGEA 5CE3A 4H0XB 5AZJB 3R9PA 5ADXA 4B1WB 1X3NA 4FWPA 5AQJA 2ZWHA 3WUHA 3I33A 4BC3A 3HM8A 2OANA 4HTLA 3HZ6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IO9L 2IDOA 3F5TA 4CZJA 2OZMA 2B5JA 1SL0A 1WSFA 3LP0A 3L2RA 4DKWA 5JVHL 1EWRA 1C0UA 3CF5L 3ZETB 2HHUA 1EX4A 3F9MA 1CZAN 2CGLA 4KTQA 3EE8A 3CC7N 4RTFD 5KTQA 3CJBA 2G8VA 4YHHK 5M1OA 4BGBA 5BRHA 1N33K 4C8LA 3T1YK 4PWDA 3G25A 5GINA 1A5WA 3P83D 4K8XA 4V19S 1E4GT 4KI6A 4GV6A 1RT6A 5AZJA 4CZMA 2YNHA 3VEZA 4JKCA 1RBVA 4J2DA 2CGKA 4FWSA 4CEAA 4FM1A 5KPRA 3M5RA 3S9HA 4GV9A 3O3FA 3O4QA 5HRPA 1VSJA 3NF9A 4DUZK 4GMJB 4CZHA 3V9XA 1GLCG 4M3XA 2Q0RA 2J4RA 1HQUA 1KCFA 4OKKA 4CHYA 3AO1A 3AVKA 1T6CA 4YDUA 3OBWA 3RRGA 3AVGA 3D2EB 4DFPA 3UKRB 4IOAL 4CK3A 2P51A 4JD2A 3VPZA 4DSJA 3KLFA 4JK8A 1JXEA 1P8ZA 2WONA 2YHYA 4LC9B 3AO2A 4NXMK 4FXDA 4E1MA 4Z4FA 1X9JA 1CZBA 3LL3A 3K2PA 4MDAA 3ZSRA 3BP8A 3OJSA 3VQAA 5B8HA 3VEYA 2Q0UA 1RNHA 4IDKA 3TTDA 5FPDA 3AY9A 4B9NA 2H3GX 4DTUA 2Q1NA 2KFZA 5AQSA 5AQXA 4AHUA 4DU4A 2IAJA 3GG4A 4BC4A 3THYB 1L5UA 3L3UA 1IKWA 1WOQA 3F2KA 1M90O 4WFNL 2D1KA 3LZIA 4H4OA 1QSSA 4GNIA 2UXCK 2YKMA 1BDGA 3AGRA 1N5YA 2P9SB 2X78A 1TAUA 1QE1A 4B3SK 4FCYA 4IBNA 5BR8K 3ZSVA 3TAEA 2P9UA 3PV8A 3C7NB 4E7IA 3MX5A 4IFYA 4ELVA 1OVYA 3QB0A 2Z1HA 4CEZA 4IXCA 4FLWA 3HVTA 1RBRA 3QBWA 4BRQA 4DU1A 4EHTA 1TYQB 3E9PA 2E8AA 1SV5A 3UIQA 1WBDA 3DAWA 2G8IA 4YFUA 1C6VA 3CG7A 3ZSQA 1RBSA 1S6PA 2O8CB 3WXLA 2O8EA 4NB4A 4BY9C 1MU2A 4CW7B 4F9OA 1WSGA 3EZWA 5LJWA 3QNOA 3HYFA 3H3NO 2FSKA 2QWMA 2W6LA 2WBNA 1IKVA 2BGGA 1NGCA 3V9ZA 3DMJA 2OCEA 5F0XA 3KLIA 5EX5A 1RGIA 1YF5L 1HPZA 3Q7BA 5BPLA 1HR0K 4FJGA 3VMFB 3BGRA 1EETA 4DFKA 5M1KA 1U2VA 3O5BA 3TSUA 3MN7A 2BH1A 3O9SA 1NOYA 4W5NA 1I94K 3L3VA 3D2FA 3TAPA 1B92A 2YV0X 2ATQA 4OPHA 5HBMA 4CJPA 2FBXA 4LSLA 4M3TA 1G99A 3WXMB 3PX4A 4OPKA 3LDOA 4F3OA 5CYMA 3M1FA 2GTDA 1KC8O 3DM2A 2Z1IA 5FPNA 3IFRA 4LFAK 4H0TB 2PZSA 4CEEA 4BR4A 1OH7A 3LP1A 2P9NA 1IV0A 3A5LC 4N47A 1IG9A 1JCGA 3CPEA 5AQMA 3WXIA 1HYSA 1YUWA 3OA9A 4B1XB 2GX9A 5C42A 4WFAL 5KGXA 3MK6A 1HRHA 3CPWM 2JWLA 4G1QA 2C1GA 4KHPK 1BCMA 1N32K 4KAZA 4BRNA 1KTQA 4YY3K 4KBOA 3CETA 4Z0UA 4CEOA 3J8AA 1ZYQA 1NKEA 4H03B 4CI6A 4I2QA 2I5JA 1TGOA 4F2RA 5FRNA 1A5XA 1E4FT 4KH6A 4AF1A 4NYNA 3L4IA 4DTPA 3WEEA 2ZJQL 1UA1A 3IAYA 1VSFA 1BI4A 2VG5A 4JS4A 4E3SA 1HNWK 2D0OA 3CCMN 4KHSA 2NRXA 1Y97A 2YHXA 4CD1A 1J53A 1RFQA 4E7KA 5E41A 2V51B 5KGWA 4CFDA 5EXWA 3J7YP 3ZLJA 3MN6A 3C6UA 3KTQA 1JLAA 1BL3A 4CJFA 3IMXA 3DXKA 2EX3A 3M8RA 3RMBA 3QFUA 2IVNA 1YI2N 3EE9A 5AQYA 4A61A 5C12A 4FWNA 1BU6O 5AQQA 1VQ4N 3VQDA 3J7AP 3O3GA 3VETA 1RBTA 1JLFA 1ILYA 1JL2A 4KKOA 4ELUA 2FF3B 3VESA 5LMUK 4WQ5A 3L2UA 1S9GA 4KHYA 3VQCA 1DTTA 2F4VK 4JI0K 3B8AX 3VF2A 4M3RA 4LFBK 1LW0A 3CJ7A 3P38A 4JKEA 1BQNA 3OYDA 5AQKA 2YJFA 4DF4A 2ZD1A 5F2RA 1IO2A 1BHLA 4FLTA 4IJAA 4PKGA 4W5OA 5AQNA 4DR7K 4PA1A 1BIZA 5J2NA 4FW2A 4JHDB 1VRUA 4GKKK 4B9QA 5ADXH 3I56N 4H0VB 4RW7A 1GLDG 2RE2A 3LAMA 2D0AA 2HMPA 4H5WA 1LWEA 4AILC 3QIOA 2OPQA 4ID5A 5LJVA 1NGHA 5KPTA 3KVGA 4JKDA 3V1QA 4CFCA 3C6HA 3O08A 4CJTA 4LF7K 3K5MA 3TSQA 5EVZA 1IH7A 5H1SQ 2JGUA 4DTRA 1NK6A 2P9IB 3DLRA 1K8AO 4Z4IA 3PX6A 1U48A 4WYBA 4KI4A 1VSMA 4NLBA 4IDHA 1SUQA 4FJIA 1EQYA 3AV9A 3CCLN 4FLUA 5KRTA 4XH5A 4A2AA 3OYIA 4O8KA 1XHXA 3HTVA 1ASVA 4BR9A 2HF3A 2HVHA 4M7YA 3ENHA 3SNNA 3LP2A 2O8DB 4BE2A 1LWFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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