5ADXA

Cryoem structure of dynactin complex at 4.0 angstrom resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
IANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHVRVMAGALEGDIFIGPKAEEHRGLLSIRYPMEHGIVKDWNDMERIWQYVYSKEQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPRKNRERAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSIMRIDIAGRDVSRFLRLYLRKEGYDFHSSSEFEIVKAIKERACYLSINPQKDETLETEKAQYYLPDGSTIEIGPSRFRAPELLFRPDLIGEESEGIHEVLVFAIQKSDMDLRRTLFSNIVLSGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDVKIRISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKMWVSKKEYEEDGARSIHRKTF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN RELATED PROTEIN 1
publication title The Structure of the Dynactin Complex and its Interaction with Dynein.
pubmed doi rcsb
total genus 85
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5adxA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5adxA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5adxA03
2ASMA 4CI6A 4Y0WA 3CJBA 4A61A 4H5WA 3A5LC 5AQKA 2A41A 1NM1A 2QM1A 3CETA 4BGBA 3J8AA 3QB0A 4BR0A 3SK3A 1WOQA 1LOTB 5BREA 3VERA 5AQFA 3SLCA 3GDQA 2P9UA 3QICA 1EQYA 3UKRB 3UKUB 4M63C 1U2VB 1Z05A 2QWPA 4JHDA 3AARA 4B1WB 3EZWA 2Q1NA 4FO0A 4H5VA 4PL8A 3GE1A 4WQ5C 3VF4A 3LM9A 4J8FA 5AQYA 3RSEA 1GLBG 1C0FA 3HSCA 4H03B 5AQGA 1RFQA 2D4WA 3C7NA 2GUPA 3GG4A 4K43A 1BA1A 3W3DA 5AQTA 4BRKA 3LDQA 1NGAA 3H3OB 3HI0A 2V7YA 3A8YA 4FOEA 2E2QA 2E8AA 2P9UB 1KAYA 2Q2RA 3ZETB 1NGGA 2J4RA 4BQLA 4PKHA 2ASOA 3DWLA 1JCGA 3VF2A 1X3NA 4XH5A 5AQRA 4FOIA 1GLEG 3U4LA 1DEJA 4A2BA 2A6AA 4IXCA 3BUZB 2UYTA 5EVZA 4B1UB 3ZX0A 1QHAA 3JXUA 4BRMA 1K8KA 1QZ5A 5EXWA 3O1BA 4FWQA 3BF3A 1HKGA 1GLLO 4BRLA 5JICA 4BC3A 3A0IX 2GTDA 3B8AX 3FZKA 1BU6O 4JD2A 2YCHA 3U9ZA 1ATNA 1IG8A 5EY4A 5BPNA 1X3MA 2P9NA 2QXLA 3LM2A 4WQ5A 2I7PA 1HJOA 3DXMB 2ASPA 3VOVA 4WQ4C 1HKCA 4IZ9A 3AY9A 3VGKA 3ZEUA 5BRDA 1YAGA 1Z6RA 2GWJA 4IJAA 2BUPA 1RDWX 3QFPA 5AQOA 2ZWHA 3DAWA 2FSNA 1ZBSA 4A62A 3FLCO 4BR2A 4BVPA 1BDGA 1NBWA 1S22A 5F1XA 2HF3A 5AQMA 5KPZA 4BQZA 2GEMA 1T6DA 3G25A 4A2AA 2HF4A 4FWOA 2D0PA 4JAXA 1C0GA 2E20A 4H5NA 1ATSA 3VGMA 5AQSA 2IVOA 4H0PA 4XH1A 1QQMA 3JS6A 1Q18A 2CGJA 2NRHA 4E1JA 5KQ8A 2Q36A 3A5OC 2GELA 3EKUA 1XUPO 3H45C 1X9JA 2QWLA 3UKRA 1QZ6A 1V4TA 3UKUA 1NGDA 4PL7A 4FPAA 2AA4A 3QBWA 3ATVA 3M1FA 2YHYA 4CBUA 4F9OA 1TUYA 3U9DA 4BC2A 5FPEA 3KHYA 4FPBA 3CQXA 5JLFA 2E2OA 4O5FA 1D4XA 4FWNA 3VEVA 3DXKB 3CI5A 3A5NC 4I6MB 3FFKB 3KZBA 1YUWA 1HKBA 3OHRA 4BRHA 3QBXA 2P9KB 1NGIA 4H0OA 4PKIA 2HOEA 4GNIA 4K42A 5BPMA 4FSVA 4WQ4A 4B1ZA 3R9PA 1NGJA 3VGLA 4CZIA 3LDOA 3ZETA 4PKGA 3VENA 3GOIA 2P9LA 2VYPA 1DGKN 4BRDA 1NGHA 4AM6A 4K25A 5AQUA 3WXKA 1T6CA 2BTFA 4RCHA 4YDUC 4EFHA 4H5RA 3EO3A 4LC9B 3IUCA 5ADXA 3D2FA 4EIAA 4BC5A 1E4FT 2V52B 3FZMA 2CGLA 3HZ6A 4ISEA 5BRHA 3MK6A 3ULEA 3ENHA 3FZHA 1RGIA 2YJEA 4BG8A 3S41A 2A40A 2PBDA 4DHYA 1V4SA 1WUAA 1SAZA 4MLEA 2QWMA 4BRPA 5KPRA 1MWKA 1SZ2A 3LDLA 4EAHD 2P9LB 4BRGA 3WXIA 3M6GA 4BREA 2E1ZA 3L0QA 3CHWA 2V51B 3VEZA 1R59O 4FWKA 3D2EB 3DXMA 2CGKA 2CH5A 3D2FB 1QQOA 5E26A 5AQLA 3C0BA 3AAQA 3FZFA 5E84A 2FSKA 4QS8A 3ULEB 2A3ZA 4KBOA 5ADXH 1T44A 2D1KA 3F9MA 2FF6A 3WEEB 4NB4A 2P9PB 5EOYA 3HTVA 2ZGZA 2VCPA 4GY2B 4CD1A 1NGBA 1U6ZA 5AZIB 3DJCA 3O8MA 4QS9A 2HMPA 5AR0A 3LDNA 3WXJA 2EWSA 4BC4A 2A5XA 2A42A 1CZAN 2FLOA 4K41A 3ZX3A 4CZJA 3KVGA 1GLCG 3IFRA 4Z94A 4YDUA 3VEYA 3FE1A 1MDUB 4H0TB 2Q0UA 3L4IA 4JN4A 1HLUA 4ISGA 3VESA 4CZGA 4WYBA 1BOTO 3VEOA 1GLDG 1MWMA 3H3NO 1NGCA 4CZMA 5AQPA 5AQJA 5CE3A 3O6WA 4BR4A 1H1VA 1XQSC 3QDKA 5AQIA 2P9IA 1GLJO 4CBWA 3SJHA 3DXKA 3AAPA 1NGEA 1S3XA 4I6MA 3UB5A 3O5BA 4AM7A 1YXQA 2FSJA 2P9KA 3QMLA 1ESVA 5FPDA 1HX1A 2QWOA 2E2PA 4HTLA 4CZKA 5ELZA 3GBTA 3TU5A 3CJ7A 3CJ1A 4DQ8A 1JCEA 5KPTA 2FXUA 2NLXA 2YJFA 4BRCA 3R8EA 5FPNA 1HPMA 2ZF5O 2YHWA 2P9IB 2Q97A 1IJJA 5BPLA 2OANA 4HWIA 3FGUA 2IVNA 5AFUA 4MO5A 1KAXA 3QFUA 4IWVA 4FWPA 3CQYA 1G99A 2ITMA 3HM8A 3ENOA 4FWSA 4BRFA 1GLAG 3CJCA 3O08A 5AQWA 3LDPA 3SMSA 3O4WA 5TKYA 5B8HA 5JLHA 3WQUA 3IDHA 3H1QA 1BWFO 1GLFO 1QQNA 3EL2A 3BF1A 2H3GX 4NO7A 3WT0A 3L6QA 3D2EA 3MN6A 3CIPA 3MDQA 3HBTA 5BN9A 1LCUA 1XC3A 4C23A 4H0YB 4RTFD 4CZHA 4FL9A 5BR9A 3MN7A 4DB3A 2Q31A 4L3QA 4B1VA 4QS7A 4RWTA 4CZFA 1ATRA 3U8XA 1TUUA 2P9SB 3ID8A 2QW9A 3EN9A 4O8KA 4CJ7A 2DPNA 2CH6A 4CZEA 3WEEA 2P9PA 1NMDA 5AFUH 5AZIA 2W40A 1TYQA 3VF6A 5F0XA 1HUXA 4BVOA 5FPMA 3WQTA 4B9QA 3ZX2A 4EHTA 2WUSA 2AP1A 2F9TA 5EX5A 4CBXA 2E1YA 2QWQA 3TPQA 4H0VB 4XH4A 4M7XA 4MLHA 1ZXOA 2D0OA 3BEXA 4B1YB 2VWBA 4BR5A 4JHDB 4XEIA 3I8BA 5AQZA 3BP8A 2V7ZA 1NWKA 5JMVA 4H0XB 5BN8A 2GWKA 1TYQB 5AQNA 5AZJA 5I9EB 3RSEB 5LJVA 3WUHA 4BGAA 3FZLA 1MA9B 1E4GT 3SMPA 3C7NB 3MN5A 3H1VX 4BROA 4CZLA 2FF3B 4IO8A 5AQXA 4B1XB 1KXPA 2IVPA 3GL1A 1J6ZA 2E88A 3MMVA 3WXLA 3LL3A 3A5MC 3H6EA 1NGFA 1DKGD 2NZTA 5LY3A 4FWLA 5AQQA 3VETA 1BA0A 3P4IA 1BO5O 2KHOA 1P8ZA 1OKJA 2PAVA 4DCHA 3MCPA 2I7NA 5AZJB 5F2RA 5KQDA 1NLVA 4BR7A 3IMXA 3I33A 3VEWA 2IIRA 4H5TA 4ISFA 5AQHA 2F9WA 1K8KB 5BRFA 3UE5A 3VPZA 1KAZA 1YVNA 3CERA 1SQKA 3FR0A 3O1WA 4EHUA 3O80A 2Q0RA 1ZC6A 2E2NA 3MN9A 4BRQA 3CJ9A 4BR9A 3ATUA 2YHXA 4JD2B 3CJAA 2W41A 3W0LA 1BUPA 4JNEA 5AQVA 4MO4A 4CD3A 4BRIA 3R6MA 3M3ZA 2ZGYA 2P9NB 2QWRA 2QWNA 4FWRA 4FWMA 3EKSA 3VEXA 3D7EO 2YI1A 3ZEUB 4BG9A 3H46O 5LJWA 4BRAA 2P9SA 1U2VA 4IJNA 1BG3A 4M7YA 1Y64A 4BRNA 1JCFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BIUA 2G8HA 3CJBA 1QE1A 1FKPA 5C15A 3CETA 4JLHA 2YHAA 4BR0A 1D9DA 3V9WA 1KVCA 2WTUA 1TK5A 3NHGA 4E7JA 1VK0A 5LL6Z 2P9UA 3CCJN 5BR8K 3G0ZA 5C10A 4BWMA 4CEFA 4W5OA 3I0RA 4M3UA 3ASMA 1U2VB 4CHQA 1Z05A 2QWPA 3AARA 4B1WB 2GV9A 4O4GA 4PL8A 2XY7A 4BWJA 1HYVA 3P31A 1GLBG 3HSCA 4H03B 4OPJA 3RRHA 1N8RO 1LW2A 4FZXC 3EE8A 4HCCA 1Q9YA 1HQUA 3H08A 3HI0A 3A8YA 2E8AA 2R7YA 5JS1A 1KAYA 2G8KA 4KI6A 1ZBLA 2ASOA 5AJ3K 2Q3SA 4FZZA 1RNHA 3VF2A 4XH5A 4N47A 5AQRA 4FOIA 1XC9A 2KW4A 3MCAB 4A2BA 1BIZA 2A6AA 3VQAA 1ZBFA 3BUZB 4N41A 1JLGA 2QXFA 1K73O 3T19A 4OPKA 2C1IA 3O1BA 3P83D 1XI1A 4FWQA 2QI2A 4Z4GA 5HOOA 1GLLO 3QETA 4JKGB 1L3TA 2GTDA 4DTRA 4AHRA 3SAFA 1I39A 4FK4A 2YCHA 3DLBA 4IBNA 4AHCA 4DV7K 2OYQA 2WC9A 2RKIA 4KB0A 4M45A 2P9NA 2OZMA 4DR6K 5HL7L 3NF9A 3S9HA 3DXMB 2ASPA 4B3OA 3C6UA 3L4QA 3VGKA 3C6HA 5BRDA 3E9OA 1RDWX 3QFPA 3AO4A 1J54A 3FLCO 3K9JA 1BDGA 3CMEN 1S22A 1OH8A 2GEMA 3OYHA 2KZMA 1C0GA 3VTIA 5AQSA 4JKFA 2XY5A 4EZ9A 5FRMA 3CCSN 4LFBK 5KGWA 4KTZA 2CGJA 5KQ8A 4GKKK 4JI2K 1JLEA 2GELA 1XUPO 1Z26A 3UKUA 1VSJA 2E5LK 3QBWA 3ATVA 3M1FA 3O3FA 4L8RB 1ASUA 5JLFA 2DFHA 4O5FA 1BQMA 3HM9A 4FWNA 3DXKB 2O4IA 3A5NC 4R5PA 3L8BA 3PSFA 3LPUA 4DTNA 2HHVA 3WNEA 2P9KB 3ZYYX 4K42A 3R9PA 3KLEA 4FJGA 3VGLA 3ZETA 3NBPA 4PKGA 3AA5X 4CW7B 4CJEA 1NGHA 2O8EA 4IG0A 3RR7A 5K14A 2OA8A 5AQUA 3WXKA 2BTFA 2B6AA 4YDUC 4YORA 4CJWA 2OPRA 4B9MA 4KHYA 5ADXA 4DV1K 1NKEA 4EIAA 4FLTA 3NH2A 3MAQA 1EWRA 1E4FT 1CLQA 4CIGA 2JLEA 3OTOK 3HJFA 2NRRA 1RDAA 2QA4N 2QWMA 4BRPA 3LDLA 1KVBA 4CGJA 4EAHD 3L2WA 3M6GA 3VMFB 4CF1A 2E1ZA 3THXA 3L0QA 4W5TA 3NH0A 2V51B 4MQ3A 3VEZA 1I3AA 3D2EB 1XNQK 4CFAA 1TGOA 1KTQA 2PZSA 3D2FB 1YITN 1IKXA 4CJKA 4M3TA 1YJ9N 5AQLA 3TTCA 4QS8A 1RT2A 3DOKA 4NCGA 3ULEB 3HT3A 3WEEB 4NB4A 2ZGZA 3C6TA 3NF8A 5CR4A 1U6ZA 5AZIB 2HMPA 1GOCA 3ZSZA 2A5XA 4K8ZA 2FLOA 3K0SA 1Q7YO 1RILA 5HRSA 1NK6A 1WSHA 2Q0UA 1HLUA 1BL3A 3O3GA 2NRTA 3H3NO 1NGCA 4RW6A 2WBNA 1H1VA 4BR4A 1I94K 4CF9A 1GLJO 1A5VA 3RMAA 3S5TA 3LP0A 5KRSA 2WONA 3UB5A 2G8FA 3L2VA 5J1EA 3SV4A 5KTQA 4CHPA 3RWUA 2UUCK 2C1GA 4NXNK 1ESVA 3PIOL 2E2PA 3CCEN 5D3GA 1VQ7N 3CJ1A 4BE1A 3SAHA 4KTWA 2ZF5O 2YHWA 1LWEA 1IJJA 3QNNA 4Z4CA 4ILGB 3K5OA 5DM7L 2ETJA 5AFUA 4N76A 1TL1A 1KCFA 3V1OA 3CM6A 4H4OA 3OS1A 3K5NA 5B8HA 1RT1A 4GVEA 3V1RA 1WB9A 3H1QA 2QK9A 1GLFO 2HHSA 4NCBA 3EL2A 2H3GX 4OVLA 1SKSA 1KFSA 3CIPA 1RT4A 3HBTA 2O8DA 4C8KA 1YT3A 1JLCA 1VHXA 4CK1A 3SQ1A 4CGFA 4O8UA 5BR9A 4JEPA 4QS7A 4RWTA 4A59A 4WE1A 1VAZA 2YNHA 4E89A 2UXDK 3ID8A 3EN9A 1FXXA 4O8KA 4CJ7A 4EP4A 2P9PA 1F21A 1NMDA 4NXMK 3TAPA 2IDOA 4LSNA 1ASWA 3VF6A 3VQPA 1NK7A 3VA3A 1EP4A 5FPMA 2W6LA 3WQTA 2AP1A 2RF2A 1W0HA 2E1YA 1YF5L 4DV4K 1HPZA 5J2PA 4MLHA 4WFBL 3HOTA 3CQ8A 4RG8A 1N34K 1LWCA 4YOUA 4YOYA 3DM2A 1L3UA 2VWBA 3SCXA 5C42A 2JGUA 4XEIA 1NJWA 5AQZA 4KHPK 2V7ZA 2ZJRL 3AVGA 3S3OA 3CCQN 4K0KK 5JMVA 4H0XB 5J2NA 5BN8A 4NCAA 3NVKA 3M8RA 3WUHA 4BGAA 3MN5A 4CZLA 1BISA 1J53A 1KXPA 4B1XB 3AVJA 1SS6A 1J6ZA 4FLXA 1J9AA 3LP1A 3LL3A 3SBTA 3F2KA 1YTAA 1BGXT 3TSUA 3SZ2A 1NGFA 5FLXO 3OYJA 1T03A 5LY3A 4GV6A 4KHNA 4Q0BA 3LDSA 3L2QA 3TI0A 1WSIA 1OKJA 2PAVA 2XY8A 3MCPA 4HUGA 3NGIA 5F2RA 3CG7A 4BR7A 1TKDA 4WF9L 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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