5CE3A

The yersinia yopo - actin complex with mgadp
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNSPAMHVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAAASTSLEKSYELPDGQVIAIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETVYNSIMKCDVDIRKDLYANTVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKTKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPGIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein/transferase
molecule keywords Actin
publication title The Yersinia YopO - actin complex with MgADP
rcsb
source organism Yersinia enterocolitica
total genus 122
structure length 358
sequence length 370
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ce3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ce3A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5ce3A03
1E4GT 4EAHD 2YHWA 5EY4A 3WT0A 1XC3A 1K8KA 2A3ZA 3WQUA 4B1WB 4CBXA 4DCHA 1NGHA 1KXPA 4FWQA 1GLCG 3A5OC 4CZKA 3O80A 3DXMA 5ADXH 3IUCA 3QBXA 1BDGA 4CBUA 1R59O 2V7ZA 5F0XA 3JXUA 2GWJA 4CD3A 3BF1A 3ENHA 1MWKA 4BG9A 4IXCA 5AQYA 2W41A 1YAGA 2E20A 2P9PA 2Q0RA 2Q97A 3ZETB 3O1BA 3M6GA 2A41A 3LDOA 5F1XA 3MN5A 3H6EA 4MO5A 3CJCA 5AZJA 3C7NA 4BRHA 4XH1A 1D4XA 4HTLA 2IVNA 3TPQA 1BA1A 4JD2B 4IO8A 3I33A 3ZX3A 1YXQA 2FSJA 2VWBA 3GE1A 2YCHA 4BRLA 4QS7A 5AQVA 5BRFA 3BEXA 4FWOA 4JNEA 2ASPA 4F9OA 2E8AA 1JCEA 2QWRA 3VENA 4ISFA 1BO5O 3CERA 3O8MA 4BRGA 4IWVA 1X3MA 2D0OA 4Y0WA 3CJ9A 2E88A 3VEZA 4FWPA 3MMVA 1NGFA 4AM6A 1GLLO 2QW9A 3CQXA 4H5NA 2YI1A 3L6QA 1EQYA 2BTFA 3CJAA 5BR9A 2F9TA 3G25A 3VEOA 3DXKA 1U2VB 5AQGA 3QBWA 2IVOA 2QWOA 4Z94A 4WYBA 4M7YA 1DGKN 4WQ5A 3ZX2A 1GLDG 3AARA 2E1YA 2J4RA 4NB4A 2HOEA 3R9PA 2PBDA 5AQOA 5AQRA 3GOIA 3IDHA 5E84A 4M63C 4C23A 3DXMB 4EHTA 4RTFD 3ENOA 5EOYA 3LDPA 3FZFA 5KPTA 3FZLA 4RCHA 3WXLA 4IZ9A 2P9LA 4L3QA 3ATVA 2D0PA 4B1VA 2FSNA 4B9QA 2P9PB 3QB0A 4CJ7A 2ZWHA 5AQUA 2I7PA 3UKUB 3A5NC 4DQ8A 1GLJO 2GEMA 3A5MC 2IIRA 4DB3A 2P9SA 3BF3A 5AFUH 3AAPA 3EN9A 3QICA 5AZJB 3C7NB 1GLEG 2CH5A 4H0XB 2GTDA 4RWTA 5JMVA 5EXWA 2D4WA 3DAWA 1JCFA 1TUYA 3RSEA 4BQZA 3ZEUA 5KQDA 4BGBA 5AQHA 2ITMA 4GY2B 1NBWA 3VEYA 1IJJA 4K43A 2KHOA 4WQ5C 2FF6A 2Q31A 3VEVA 1ATNA 1T44A 4FL9A 4O8KA 1C0GA 3H46O 2CGKA 3J8AA 4JN4A 1TYQA 3R6MA 2AA4A 1ZXOA 2QM1A 1BA0A 1T6CA 2YJFA 3AY9A 4I6MA 5E26A 4ISEA 5AQXA 4JHDA 5EVZA 4BR4A 5F2RA 2NRHA 3DXKB 3H1VX 4H0YB 4MO4A 2E2QA 3I8BA 3ULEB 3H1QA 5LJVA 3UKRA 2QWPA 4CZFA 1ATRA 2GWKA 5AQIA 1NMDA 1WUAA 4PL7A 4QS9A 1S22A 2VCPA 4BRCA 3M1FA 4CZGA 3LDQA 2FF3B 3LDNA 3VEXA 3ATUA 1NGIA 4CBWA 4BC3A 4DHYA 3L0QA 3H45C 4HWIA 3JS6A 1GLBG 2P9LB 4FSVA 2F9WA 5KPZA 4WQ4A 2OANA 1KAXA 2A42A 3GBTA 4BROA 4FOIA 1QQMA 1ESVA 3C0BA 1MWMA 3LDLA 3VESA 2QWMA 4A2BA 2P9SB 2YJEA 5FPEA 2NZTA 2Q2RA 4KBOA 2HF3A 5AQTA 1BOTO 3H3OB 1KAYA 4ISGA 5EX5A 2NLXA 3VEWA 3U8XA 4BVPA 3A0IX 5TKYA 4B1ZA 4E1JA 3RSEB 5ELZA 3WEEA 3GG4A 4K42A 3VPZA 5AZIA 2AP1A 2E2OA 3ID8A 1MA9B 1ZC6A 2H3GX 5I9EB 4EHUA 2YHXA 3A5LC 2ZF5O 5KQ8A 4H5TA 3O6WA 4BRAA 3BP8A 1RDWX 3GL1A 1TYQB 4FO0A 3CJ7A 4B1YB 1BUPA 1K8KB 2Q0UA 3WQTA 2GUPA 5CE3A 4WQ4C 1LCUA 4NO7A 1G99A 1XUPO 5KPRA 4BG8A 4CZLA 1YVNA 4H03B 2FLOA 4B1UB 4A2AA 5FPNA 2A6AA 3UKRB 3O5BA 1Q18A 5AQNA 1JCGA 1QQNA 1QHAA 3OHRA 5BPLA 2P9UA 3WXJA 4CZMA 5BREA 1DKGD 4BRDA 1QZ6A 1HKCA 2QXLA 3EKUA 3WUHA 2A5XA 5ADXA 2HMPA 1NGJA 3MK6A 2WUSA 3D2EA 3VERA 3FGUA 4FWRA 3ZETA 3LL3A 3KZBA 3HBTA 4CZJA 4CI6A 1Y64A 3A8YA 4BRNA 3O08A 2VYPA 3CHWA 4CZHA 2BUPA 2V7YA 2PAVA 2ZGYA 1NGEA 4IJAA 3FR0A 1MDUB 1NLVA 1IG8A 2EWSA 4H0OA 4GNIA 4H5VA 4JD2A 1ATSA 1E4FT 3CETA 4BVOA 2IVPA 3VGKA 3DWLA 1ZBSA 1BG3A 3WEEB 3VF2A 1WOQA 4CD1A 1Z05A 2CGLA 2P9NA 5AZIB 5BRHA 3SMPA 1NGCA 3CJBA 4CZEA 4PKHA 4H5RA 1SAZA 5AQQA 3WXIA 4PKGA 2QWQA 4YDUA 1BWFO 5JLHA 3DJCA 3FFKB 5BRDA 4H0VB 1HPMA 3ZX0A 4BRFA 2E1ZA 5JICA 2CH6A 2Q36A 3SK3A 3D7EO 4BRQA 4EFHA 4BRKA 1QZ5A 4BR5A 1XQSC 5AQZA 1NGDA 3GDQA 4BR0A 3FE1A 3IFRA 3FZKA 2ASOA 3HZ6A 3U4LA 1LOTB 5AQKA 3SJHA 1OKJA 1NGAA 2QWNA 1TUUA 2QWLA 5AQWA 2P9UB 2ZGZA 4BRMA 5BN8A 4BR9A 3UE5A 4MLHA 2E2NA 3D2EB 3UB5A 3CIPA 2V51B 1HX1A 3UKUA 4BQLA 4EIAA 1NGGA 1NGBA 3VGMA 1X9JA 2I7NA 4BC5A 3CJ1A 3FZMA 4YDUC 2P9IA 3O1WA 3EKSA 3ZEUB 5BPMA 2FSKA 1H1VA 3VF4A 4MLEA 1Z6RA 1HUXA 3VGLA 1P8ZA 2HF4A 1HLUA 5AFUA 1GLFO 2GELA 4O5FA 1GLAG 2P9KA 3EL2A 3HSCA 1S3XA 1T6DA 1HJOA 4BR2A 2A40A 1J6ZA 4H0TB 3D2FA 3EO3A 3P4IA 3U9DA 3HI0A 1RFQA 2P9NB 1V4TA 2Q1NA 3F9MA 3CI5A 3QFPA 4FWMA 3HTVA 2DPNA 4I6MB 3SLCA 1C0FA 1V4SA 4JHDB 4FOEA 5BN9A 1CZAN 4BGAA 3B8AX 4M7XA 3FLCO 1BU6O 3M3ZA 3ULEA 3LM2A 5JLFA 2UYTA 4H5WA 3W0LA 1KAZA 4BRPA 5B8HA 4QS8A 3H3NO 3SMSA 3WXKA 5BPNA 3KVGA 1RGIA 3EZWA 4A61A 5LY3A 4PL8A 5LJWA 4BR7A 1SQKA 4FWKA 5AQPA 4XH5A 3R8EA 3QDKA 4AM7A 3FZHA 2D1KA 3L4IA 1X3NA 1NWKA 3O4WA 1U6ZA 4BRIA 1HKGA 1YUWA 3QMLA 4A62A 4B1XB 4BC4A 3MN7A 2E2PA 3CQYA 4XEIA 5AQLA 2W40A 3BUZB 3S41A 5FPMA 3VETA 4BC2A 3AAQA 4IJNA 4JAXA 2P9IB 5AQSA 3TU5A 4FWSA 1NM1A 4FWLA 4K25A 1QQOA 3LM9A 3QFUA 3VOVA 1DEJA 2YHYA 5FPDA 3IMXA 4H0PA 4CZIA 4LC9B 1HKBA 4FPAA 1SZ2A 3MDQA 4FPBA 5AQJA 2FXUA 3MN6A 3MN9A 4FWNA 2P9KB 4K41A 4PKIA 3KHYA 2V52B 2CGJA 5AQFA 5AR0A 4BREA 4J8FA 3U9ZA 3MCPA 3D2FB 3HM8A 3W3DA 1U2VA 4XH4A 2ASMA 5AQMA 3VF6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5TKWA 1HYVA 4EAHD 4JYAK 1ILYA 3TAFA 2YHWA 3OY9A 4CGGA 3DLKA 3DM2A 4CJ3A 4LSNA 1XWLA 4CBXA 4F3TA 2QA4N 1NGHA 1KXPA 1T03A 3A5OC 3HL8A 4Y1DA 5ADXH 3V9ZA 2V7ZA 3JXUA 4CEDA 3QEVA 4PQUA 3BF1A 4NLCA 4IXCA 4DFKA 4GV9A 2E20A 2P9PA 1ASVA 2Q97A 3CCEN 2RF2A 3ZSYA 1J9AA 5F1XA 2ZQBA 3LP3A 4HUEA 1U48A 1VSDA 2GV9A 4KV8A 3C7NA 2KKZA 4ILJA 1OH7A 1TK0A 3T7ZA 2IVNA 3QEWA 3ZX3A 2FSJA 4ZTJA 1SV5A 2ETJA 5C25A 4BWJA 2YCHA 1B9DA 1K9MO 2ASPA 2HB5A 3DOLA 1EETA 4OPAA 1JCEA 5HRPA 2DFHA 1BO5O 2BH1A 1LW2A 3TTCA 3UIQA 4CHZA 2D0OA 4Y0WA 4W5OA 3CJ9A 3K0SA 3C6TA 3RMAA 1D5AA 3MXMA 4RW9A 4H5NA 1EQYA 2F9TA 3G25A 4LH4A 1HRHA 2JWLA 2RKIA 3QBWA 4PA1A 1D9FA 3L2RA 3LAKA 2QWOA 3KLFA 3SV4A 3TARA 1DGKN 1I94K 2WTUA 4WCEL 4FJIA 2HOEA 3K59A 1Y97A 1U45A 5AQRA 2O8FB 2IAJA 5E84A 2O8BB 4C23A 4E7JA 2E4LA 5EOYA 3SUOA 3FZFA 4X64K 3HSTB 1YTUA 3PX6A 2Z1IA 4R5PA 3PX0A 3A2FA 2D0PA 1RBTA 3AGRA 1NOZA 1RTHA 1WSEA 4DQ8A 1GLJO 4O4GA 3A5MC 5JENA 1NG9A 5C24A 2P9SA 3EN9A 3O9UA 2F8SA 1WNSA 4PUOA 1GLEG 4RWTA 3AO2A 3DLGA 5JMVA 3RSEA 3O4QA 3ZEUA 1QTMA 4LF7K 4H4MA 1C0UA 1VAZA 4GY2B 4BDZA 1WN7A 2NRVA 1HMVA 2FF6A 3V6DA 3H46O 4RW4A 4B3MK 4IOCL 3CC4N 1OVQA 1BA0A 3K5NA 1T6CA 4ZTFA 1BI4B 1S72N 4ISEA 4JHDA 4ID1A 2WFBA 3AVKA 4H0YB 4MO4A 2E2QA 1XI1A 1TV6A 3H1QA 4CZFA 1OH6A 1C0TA 1C1BA 4FLUA 1NMDA 3AO3A 2VCPA 2VG7A 4ID5A 2FF3B 4IFEA 3KK7A 3DLLL 4BDYA 4B9SA 4CBWA 1RDUA 4DLGA 4Z0UA 4YOYA 4CVNE 3CYMA 1VQ6N 1QSLA 4KI6A 2F9WA 1HJRA 5GADP 4BEBA 3K5MA 3SCXA 4FOIA 1QQMA 1MWMA 3QNNA 1IBLK 2NZTA 2Q2RA 1BOTO 3MXJA 1TL1A 4DU3A 2P51A 4LFAK 3VQ6A 2OTLN 4KHSA 5EX5A 3F73A 3PSFA 4FK2A 4B1ZA 3WEEA 3G71N 3QIOA 5AZIA 2O8CB 3I0RA 1X9MA 2AP1A 1S1UA 2BANA 3NF9A 4O0JA 1LWEA 1RT6A 1JJ2M 3TAPA 3IKMA 3O6WA 3K5LA 4W5QA 3AVJA 4DR5K 3HOSA 3EE8A 1WSHA 3JYTA 2YNFA 3O9SA 4CJ4A 3GL1A 1TYQB 4CJRA 3SZ2A 4FJXA 1X1PA 4LF8K 1U4BA 5CE3A 4NO7A 1XUPO 4I2QA 1YVNA 3RR7A 3SYZA 2YNIA 4DQQA 2FLOA 3NH0A 5FPNA 3UKRB 3NMUA 5AQNA 1JCGA 3SQ0A 2HHTA 3T19A 1QHAA 1JL2A 3OHRA 5BPLA 4Z4GA 4JKFA 1U49A 2P9UA 1N32K 3I55N 3WUHA 4JKGA 2HMPA 1FK9A 4JI2K 1VQ4N 1WB9A 3U3GA 3HBTA 1EKEA 1XHXA 2YKMA 4CI6A 3AO4A 2V7YA 1NGEA 3VQ8A 3OYDA 1KFDA 3FR0A 3V4IA 3J7ZO 3T69A 4DTOA 1VRUA 4H5VA 4GNIA 1QSSA 4A57A 4CJKA 3PUFA 3OS0A 1I39A 1LWFA 1Z05A 1KD1O 3V9WA 3OYMA 3CJBA 4CZEA 4H5RA 5C15A 4PKGA 4YDUA 2O8EA 4KB1A 1BWFO 1W7AA 1VQLN 1KLNA 3FFKB 3P39A 3SI6A 4AQYK 2E1ZA 3QEPA 2ZJQL 1IKXA 1RT1A 4AHSA 3D7EO 3WXMB 3PIPL 1X9SA 2F7TA 4JI3K 2ASOA 3U4LA 1LOTB 3SJHA 1RTIA 5GAGP 1K73O 1TUUA 2BE2A 5AQWA 1KC8O 4MLHA 2W6KA 4LSLA 2V51B 1QS4A 4O5BA 4N56A 4BQLA 1BQMA 3EYZA 1VQMN 1X9JA 3FZMA 3V9XA 2QKBA 3ZLJA 4F2RA 5D3GA 4FLTA 1H1VA 3LDSA 1VQKN 4MLEA 3THXB 3VGLA 4JK9A 4AHCA 3OYKA 4DS5A 1HLUA 2GELA 1JLCA 4ELUA 1M90O 4BACA 1W97L 4BR2A 4ZHRA 3N4QA 2OA8A 1J6ZA 1NK7A 4GV6A 4CHQA 5KRTA 3E66A 1YITN 2Q1NA 4DV2K 4PY5A 3QFPA 4CIEA 4FWMA 2OZMA 3SV3A 4KHQA 4CEFA 1VQ5N 2F96A 4NYNA 1IG9A 4CFAA 2FBTA 3ULEA 1N5YA 5SZTA 3BZCA 4H5WA 1LAVA 1C0MA 3W0LA 3TI0A 3R1XA 4I7FA 4IFYA 3PY8A 1FJGK 3WXKA 5BPNA 2KFZA 2JWKA 3N4PA 3AA2A 3SBTA 1S1WA 4A61A 3IG1A 4DV3K 3RTVA 1LAWA 4HCBA 4FWKA 2P1JA 2X6SA 5DM6L 4O44A 1L3VA 4NCGA 2AJQA 4QOZB 4E0DA 4FJHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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