5CZ1A

Crystal structure of the catalytic core domain of mmtv integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
RGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTGIPYNPQGQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWGPISLEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords integrase
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
source organism Mouse mammary tumor virus
total genus 52
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz1A00
4C8KA 4EZ9A 1ZBIA 3KTQA 4OLAA 4FLXA 3SQ2A 1TKZA 4CJVA 3AVLA 3NDKA 2HHQA 4O55A 3QEIA 1I39A 3NH2A 1NJZA 5KRSA 2W42A 4DTXA 4O0IA 3IS9A 2LSNA 3ITHA 1EP4A 3OYIA 3L2VA 1HNVA 4CGDA 3MXMA 3F73A 4Z4GA 2QK9A 3HT3A 1UWBA 1RDDA 2HNYA 3RR7A 3CFRA 4CEOA 1KCFA 3AV9A 3AVCA 1D8YA 4CJWA 3IAYA 3EYZA 4FK4A 2G8IA 2BGGA 1VRUA 4XIUA 3SUPA 3THVA 1L3TA 2HVHA 1VSEA 3QNNA 3C6UA 2DFHA 1SV5A 2O4GA 4KFBA 4CF1A 3OYCA 1B92A 4Z4FA 4DTJA 5CYQA 4HVJA 3HP6A 1RDAA 4CJ3A 2OA8A 4FJ7A 2DFFA 4RW4A 4CF9A 4FJMA 3TAPA 5D3GA 1KVBA 4CIGA 4F3OA 4B8CA 1ASUA 4FYDA 3AO2A 3WNEA 3NGIA 4F4KA 2HHVA 3BGRA 1BGXT 4EZ6A 1HQUA 3V4IA 1RBSA 3V6DA 4KHUA 3BDPA 2DY4A 3VN5A 3OYNA 3NHGA 2OPSA 4FJ8A 3I0SA 4CGJA 3SQ1A 3H08A 3HPOA 2HHWA 1NKEA 3VQ9A 3KLFA 4B9MA 1TK0A 1TAUA 4DSEA 4N76A 2KZMA 4FW1A 4W5NA 3L8BA 5FROA 4E3SA 1RTDA 2RPIA 4C8NA 2GBZA 5SWMA 1GOBA 1WSEA 1TVRA 2YNFA 4DF4A 3SUNA 3NF7A 3TANA 1WSGA 1RBRA 1REVA 2OPQA 4EP5A 3LZIA 4BE0A 3AA2A 1KFSA 3NF6A 3LPUA 3DLBA 3RMCA 2WOMA 1HMVA 4BDZA 3QESA 2P1JA 3OS2A 2G8FA 1CLQA 1RBUA 2GV9A 1D9FA 3TI0A 3O3GA 4KHYA 1BIZA 4BDYA 4DFPA 1G15A 4F3TA 3ALYA 3VQ7A 4CJRA 1TGOA 4OGCA 3QIOA 3V9XA 1LW0A 1IKWA 4KV8A 3PX0A 4FLWA 1L5UA 4OVLA 2YNIA 3ZSRA 2XHBA 2Z1IA 1TAQA 3AO1A 4JS4A 1XHZA 3O4QA 4CECA 4CFDA 5J2MA 4FCYA 2BANA 4BWJA 4CIEA 4DFKA 3KD5E 4F2SA 3K5NA 3D0PA 1R0AA 1N6QA 3NH1A 1VSFA 1BI4A 1C1BA 4CEAA 1WSFA 1X1PA 4WE1A 4E7KA 2P5GA 5FRMA 4Y1DA 4PY5A 4CHYA 3DMJA 4W5TA 5CY4A 1U48A 3SUQA 4DTMA 1J9AA 4C8LA 3MEGA 4RG8A 3I0RA 4KB0A 3AO5A 4B9LA 4KHNA 3DYAA 1ZBHA 3V1RA 1JLCA 1RILA 2IOCA 1JLAA 3LZJA 4DLGA 4CGHA 3RR8A 1S9GA 4CJQA 4HCCA 4FZZA 1W9HA 3OY9A 5SZTA 1A5VA 4CCHA 3M8SA 4CEBA 4M41A 1BQMA 3V9SA 4AHVA 3MAQA 3KLGA 4FM2A 5J2QA 3PX4A 1TV6A 3SYZA 3VQDA 4ID1A 2F96A 4Q0BA 4KRFA 1JLFA 1UA0A 4CK1A 1HYVA 1BQNA 4F2RA 4FZYA 4CJTA 4KTWA 3QERA 1ITGA 1HPZA 3VQ4A 1SKRA 3ZSOA 4DF8A 1WN7A 4AH9A 1IG9A 2ZQBA 1J54A 2RF2A 1TKDA 2E6LA 4QAGA 4CESA 3ZT1A 1KVCA 3QO9A 3TR8A 3T1AA 1XC9A 2OPRA 4Z4CA 3UIQA 2F8SA 2KZZA 4KREA 1NK4A 2HHTA 1S1XA 3NBPA 4JRQA 1FKOA 3I8DA 1DLOA 3OYKA 2F8TA 2D0BA 4DS4A 1ZBFA 2G8KA 1ASVA 4CFCA 2Z1GA 4RW8A 1U4BA 4IDKA 4B9VA 1EXQA 4FJXA 3D45A 1JXBA 3V9ZA 4O5BA 1YTAA 1WSIA 3AVAA 4LD0A 3VQCA 3ASMA 3AVMA 1YTUA 3ZSXA 3ZT0A 3RRHA 4BDPA 3AVKA 5FRNA 3DOKA 3VQQA 3SQ4A 3DRRA 1QSSA 1LWFA 3AA4A 4FLUA 4L8RB 1VSKA 2Z1HA 3DRPA 4M42A 3VQEA 4FM0A 2GUIA 1NJYA 1TL1A 2KQ2A 4O44A 4J2EA 2EX3A 4ZTJA 1D5AA 5HRPA 3ZSZA 4FVMA 4B08A 4BE1A 1W0HA 4CF8A 3JSMA 5CZ1A 3HM9A 5HROA 4ELTA 1Z25A 3PY8A 1Q8IA 3HSTB 1KLMA 2E4LA 1S1UA 1HNIA 4CJ4A 1T03A 1BL3A 1RDBA 2IAJA 3C95A 2BE2A 4GMJB 4OKKA 3OYMA 1YT3A 4CERA 3T19A 1IKVA 3ISNC 3A2FA 1QE1A 4FJGA 1ZBLA 4KTZA 4CGGA 3VA3A 4NCAA 1O1WA 2JGUA 3NGZA 2HNZA 3DLGA 4DTUA 4KI6A 1KFDA 4E7JA 3K59A 5T7BA 4M3XA 2VG6A 2E6MA 5K14A 4YNQA 3HJFA 4ZHRA 5C42A 3AVFA 3TAGA 3SUOA 4AHRA 3KIOA 4N41A 4QOZB 1RT1A 4HUEA 4O0JA 1NJWA 2G8UA 2RN2A 2YHBA 3O3HA 3O3FA 4CJPA 3L2WA 1RDCA 3PO4A 1SKWA 1LAVA 2A1SA 2P51A 4HUFA 4KI4A 1T05A 4FLYA 4IG3A 4BACA 1FXXA 2ATQA 1RCHA 4H4MA 3P5JA 1NK9A 1VK0A 3NF8A 2AJQA 1D9DA 5HRRA 4JRPA 3AVNA 5JS2A 3ZSQA 4CEZA 4DU3A 1C1AA 3HL8A 1NJXA 3V9WA 3DRSA 4OPJA 3OYBA 4DSFA 3KLEA 2HB5A 3L3VA 5CZ2A 3K58A 3U3GA 1LWEA 1WNSA 1DTQA 4CK3A 2HMIA 3OYFA 2IDOA 3HPHA 3B6OA 3HK2A 1RBTA 3QINA 4KAZA 1VSIA 1VSJA 4FJLA 1HYSA 4LSNA 3NAEA 3ZT3A 2YHAA 3SV4A 1NK0A 3B6PA 3S3OA 2PYLA 1F21A 4FJ5A 3DLKA 2HHSA 1VSMA 1UAXA 1NOZA 3VQ8A 3K5LA 4NCBA 1WAFA 4B9TA 4Z4IA 1CZBA 1WAJA 4FJ9A 1A5XA 3QETA 2Z1JA 3KLIA 1J53A 3HPGA 1YVUA 5E41A 2IC3A 2HW3A 5CYMA 3KJVA 4E89A 3CM6A 2HHUA 1IKYA 3LP1A 3U3YA 3L2UA 2HNDA 4K8XA 2DTUA 3CYMA 5HRSA 2ETJA 4B9NA 1VRTA 4PA1A 4DFJA 1QHTA 3ZT4A 3OYLA 4FK0A 2O4IA 4DTOA 4I2PA 3O4NA 3V1OA 1I3AA 4OJRA 3SPZA 4C8MA 4CJFA 4OPKA 1TL3A 3KK2A 3AO4A 4DQQA 1S9EA 4JS5A 3RMAA 4CJUA 3OS0A 3OYHA 4CF2A 4B3OA 4FM1A 1T7PA 1U45A 3C94A 3WNHA 3ZCMA 1QS4A 1VSLA 3ZSVA 3MECA 2FBTA 1RTHA 3RMDA 2X6NA 3EY1A 3V9UA 1RT6A 5DMRA 5FDLA 4MQ3A 4CHPA 3QEWA 3K5MA 3NF9A 1SL1A 4AHTA 1Z26A 3AVGA 2QKKA 3HO1A 3KKSA 1UA1A 1LV5A 3K5OA 2OZMA 4M3YA 4DSIA 4KKOA 1LWCA 4R5PA 2EHGA 1HRHA 4ICLA 2A1RA 4E1MA 4DLEA 3C6TA 4Y1CA 3TAEA 4OGEA 4FJJA 5HP1A 1QSLA 4KHWA 4FJNA 4H4OA 5DK5A 3ZSWA 3WNFA 3TAFA 4CEEA 3AA5X 1L3VA 3CM5A 4JLHA 4F8RA 3L3UA 3SCXA 1QTMA 1SUQA 2OPPA 4CJSA 3QLHA 3RTVA 3FFIA 3S3NA 3KD1E 1RT3A 3TARA 4AHSA 3LP3A 2R7YA 1RT7A 4FW2A 3M8PA 3LAMA 1XHXA 4YFUA 4GW6A 3LP2A 3ZT2A 1VSHA 5I3UA 4KHSA 2ZE2A 3PUFA 1CXUA 4CGIA 4FLZA 4FZXC 4HUGA 1Q9XA 1TKXA 4LY7A 1RT5A 2YKMA 2NUBA 4W5QA 3V1QA 3P1GA 1FKPA 2YNGA 3AVIA 1NKBA 4I7FA 1RBVA 3LPTA 4I2QA 4E7IA 4DQRA 4E1NA 2RKIA 4TSXA 4M45A 4O4GA 1Y97A 4EP4A 3DOLA 3OJSA 1HYZA 3P83D 3CQ8A 1X9WA 5J2PA 1S6QA 4NYNA 4KO0A 3SI6A 3SNNA 4B9UA 1KRPA 3HYFA 1S1WA 4DTSA 1LW2A 2VG7A 3SJJA 4M3WA 4ELVA 4Z4EA 2IS3A 4IG0A 1TK5A 1FK9A 1NK8A 2DFEA 4Z4HA 2B6AA 1NK7A 3PX6A 1WLJA 4CEQA 3HVTA 4Q5VA 3OYDA 3QNOA 2OYQA 3E01A 1GOAA 4DQIA 3LALA 2YV0X 1QQCA 4KHQA 5J2NA 3LAKA 3QEXA 3DM2A 4N47A 4DSLA 4NYFA 3HXMA 4KTQA 1JL2A 3LWLA 5KGXA 3AA3A 2VWJA 3V81A 1SL0A 1EKEA 2I5JA 3IRXA 2G8HA 4KPYA 3RMBA 2HVIA 1WSJA 1NKCA 2X74A 2PY5A 4AHCA 4K8ZA 3M8QA 5J1EA 1JLQA 1RTIA 4FJHA 3KKRA 3G0ZA 4FK2A 3T3FA 3CFPA 4M3RA 3TAMA 1HQEA 2XY8A 4E19A 3K57A 4DTRA 4DSKA 4CHQA 2VWKA 1JLEA 3LANA 4DMNA 1BI4B 3G10A 4CK2A 3VA0A 1N5YA 4ZTFA 5HBMA 3QIPA 4IFVA 5C25A 4C8OA 4E0DA 2KFZA 2IGIA 4DQPA 3CG7A 2FBYA 4FJKA 1JL1A 3VQ6A 1JLGA 3MEEA 2KFNA 1C0UA 3OJUA 1BCMA 2KW4A 4DU4A 2D0AA 2XY6A 3MXIA 1NK6A 4CJKA 1JXEA 2FBXA 4LH4A 3VQBA 1KTQA 3NGYA 4CHZA 4KB1A 3L2RA 2Q3SA 4PUOA 4I9QA 2JLEA 1U47A 2QXFA 1L3UA 1NK5A 1J5OA 1C0TA 1BIUA 3DLEA 5KRTA 4CJEA 4HHTA 4AHUA 1XI1A 1T8EA 4J2BA 4W5RA 4PQUA 4DFMA 2D5RA 5JS1A 3CFOA 3M8RA 3LDSA 1JKHA 4G1QA 1IKXA 1EETA 1DTTA 1S6PA 3AVBA 1ZYQA 1JLBA 4M3ZA 2PZSA 4QCLA 1KVAA 4CHOA 4N56A 4FLTA 1BCOA 3OYJA 3WNGA 1B9DA 3NCIA 2QKBA 3AVHA 3KK1A 2B5JA 4M3UA 1X9MA 1GOCA 4CEDA 4DWIA 1HJRA 2XY5A 4DTNA 3SQ0A 2YNHA 1RT4A 4DTPA 3SPYA 1NOYA 3HP9A 4MFBA 4ID5A 4CF0A 1BISA 1C0MA 3KLHA 3DLHA 3ZSYA 4DG1A 3HVRA 1U04A 3LP0A 1S1TA 1KLNA 1WSHA 3EZ5A 1EX4A 1ZBUA 1IO2A 1RTJA 1U49A 1RT2A 4LSLA 1A5WA 2XRIA 4CEFA 4DSJA 3IG1A 3NH0A 3KK3A 4DQSA 2G8VA 3RRGA 3MXJA 3S9HA 2G8WA 2OZSA 5KI6A 3U6FA 1XWLA 3DLRA 3JYTA 1ASWA 4B8AB 2PYJA 4W5OA 4E7HA 4CJLA 2Y1JA 1CXQA 1IH7A 4CE9A 4RW6A 4CFAA 3PV8A 2FBVA 4Z0UA 1X9SA 5EU7A 5HRNA 4ELUA 3SZ2A 1MU2A 3QEPA 1LAWA 3MEDA 2Y1IA 4FLVA 4CHNA 4HTUA 1S1VA 2KTQA 3OYGA 3LWMA 3AO3A 4CFBA 5KGWA 4H8KA 2BDPA 2HHXA 4IKFA 5C24A 4LH5A 1CZ9A 1SL2A 4RW7A 4DS5A 1B9FA 1QSYA 5HLFA 2ITGA 2X6SA 2X78A 4PWDA 2B4JA 1Q9YA 3TAQA 4GVMA 4N5SA 4IBNA 4I9LA 2XY7A 4OKJA 1UOCA 2D0CA 4BWMA 3VQPA 2FC0A 3OS1A 4OKEA 4E7LA 4J2AA 3K2PA 4CGFA 2YKNA 3QEVA 1SKSA 3L2QA 3RWUA 1RNHA 1BHLA 3VQ5A 4J2DA 3OYEA 3SV3A 2WONA 2P5OA 4NCGA 3AVJA 3TABA 3OVNA 3S3MA 3PO5A 3F9KA 3NE6A 4CJ5A 3DI6A 5KTQA 4B9SA 3ULDA 4DU1A 1S5JA 4IFYA 4M3TA 1K6YA 4FXDA 2XO7A 4HCBA 4CIFA 4AILC 1KSPA 4UQGA 4FJIA 4OLBA 1C6VA 4RW9A 1C1CA 3TWHA 1TKTA 5I42A 3VQAA 3NFAA 1TK8A 1VSDA 3OYAA 4BE2A 2VG5A 1L3SA 2ZD1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HR0K 4EZ9A 1T44A 4DHYA 4FLXA 3O9UA 4CJVA 3NDKA 3NH2A 1HNWK 4BREA 4M3UA 3L2VA 4BVPA 2QK9A 1UWBA 1RDDA 2HNYA 3RR7A 1KCFA 4BRDA 4MO5A 2E2OA 1J5EK 4LFCK 4IO9L 3IAYA 2G8IA 4XIUA 3THVA 1L3TA 2HVHA 3QNNA 4CF1A 4Z4FA 1B92A 2OA8A 1RDAA 4CF9A 3EKUA 4RW4A 1BA1A 5D3GA 3DXKB 4YY3K 4B8CA 3PLAA 1H1VA 4QS7A 3MMVA 3AO2A 3WNEA 3NGIA 1XMOK 2HHVA 3BGRA 1QVGM 4EZ6A 3OYNA 3D2EA 2HHWA 3O6WA 1G99A 3KLFA 3CCUN 3E1YA 1RTDA 4JI2K 1NGEA 3CJAA 5SWMA 1VQ5N 3SUNA 1YIJN 1RBRA 5GAEP 3RMCA 2WOMA 1YVNA 5AZIA 3ZEUB 3OS2A 3T1YK 4CZLA 2QWQA 3O3GA 1BIZA 3VQ7A 2P9SA 1TGOA 4KV8A 3PX0A 4FLWA 1L5UA 2YNIA 2Z1IA 3AO1A 4JS4A 3A5NC 4CFDA 2BANA 4CIEA 3ZYYX 3EE8A 1VSFA 1BI4A 4IZ9A 4CEAA 1WSFA 1X1PA 4E7KA 4CHYA 3EN9A 1NGGA 3TSPA 4DTMA 1J9AA 3FZHA 3JXUA 3THYB 1S72N 2O8CA 4JAXA 1RILA 1GLEG 1JLAA 3DXMB 4YDUC 3LZJA 2W41A 4CJQA 3TTDA 1W9HA 5LL6Z 4B1XB 4CCHA 4CEBA 3V9SA 1BQMA 5J2QA 3MX2A 2QTDA 2F96A 4KRFA 1JLFA 2E1YA 4F2RA 3UB5A 3E66A 4CZHA 1WN7A 3KWGA 3H1QA 2E6LA 4CESA 4Z4CA 2F8SA 2KZZA 4PKHA 3NBPA 3I8DA 4DS4A 4CFCA 4RW8A 1W97L 1U4BA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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