5CZ2A

Crystal structure of a two-domain fragment of mmtv integrase
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
159
structure length
151
Chain Sequence
VNPRGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Pol polyprotein
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
source organism Mouse mammary tumor virus (strain br6)
total genus 46
structure length 151
sequence length 159
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz2A00
4BE2A 3ITHA 3K2PA 4CJLA 4IDKA 4CJQA 3T1AA 4HTUA 3VA3A 2D0CA 2XHBA 4E7HA 4DFKA 3L3UA 4FJNA 4O44A 3KKSA 4MQ3A 3SCXA 4B9TA 1UOCA 4CJPA 3AVFA 1EKEA 4E7IA 3VQ8A 4KHNA 5E41A 4K8XA 4PWDA 3KLIA 4CGDA 3K5LA 1JLBA 4RW4A 5T7BA 4ID1A 2HHTA 3NF6A 3D45A 4FM0A 1LW2A 1NK4A 4NCAA 5C42A 3OYHA 1Q9XA 1J9AA 1QS4A 4DQIA 4K8ZA 1JLEA 1Y97A 3P1GA 5CZ2A 3HSTB 4JRPA 2G8VA 2FBVA 1K6YA 1BI4A 1SL1A 2IGIA 3HO1A 5KTQA 1KSPA 2WOMA 3B6PA 3CM5A 3SNNA 4RG8A 3OYNA 4FK0A 2YNFA 3M8RA 2KZZA 1VRTA 4LY7A 4BWMA 1EXQA 1QTMA 1TKZA 4CFBA 4I9QA 1BL3A 2HHSA 3TANA 2G8FA 2VG7A 4DTSA 1FKPA 3DI6A 2D0AA 4B8CA 3E01A 4OGEA 3F73A 3QESA 4QOZB 1S1WA 3NBPA 3O3GA 4CF9A 3DMJA 5C25A 1KTQA 4I9LA 2QXFA 5CZ1A 5K14A 4FLTA 4C8KA 4Z4GA 3OYBA 1TV6A 1VSEA 2FBYA 4KTZA 4BE0A 1YT3A 4E89A 3LWMA 1I39A 3SQ4A 3SV4A 1U4BA 1D9FA 1KFSA 1KRPA 4B9MA 3ZCMA 4FCYA 4C8MA 1NJYA 4O0JA 4L8RB 1CXUA 2XY8A 4BDYA 4DLGA 4I7FA 5KRSA 4CF0A 1KVAA 1VSHA 4HHTA 4CHOA 2G8HA 4F4KA 1TAUA 4J2BA 1JXEA 2ZE2A 3P5JA 3L3VA 4W5QA 3NGZA 3KLFA 3KK1A 1WN7A 1N5YA 3HVTA 5EU7A 3NGYA 4Q0BA 3BGRA 4B9UA 4BDZA 2E4LA 3KKRA 1LWEA 3LZJA 3DM2A 1XHXA 4CEBA 4Z4FA 2KQ2A 4CHPA 4CF8A 4RW7A 2Z1HA 4CGJA 2OPSA 3S3OA 3L2QA 2P5GA 3I0SA 3OYKA 3S3NA 1XC9A 1BCMA 1NOYA 1KCFA 2XO7A 2HHQA 3KJVA 3C6TA 5CY4A 1U45A 2F8SA 3O3FA 2RKIA 2IC3A 1NK6A 4DTUA 2NUBA 1IKXA 3SJJA 4DTXA 1C0TA 5SZTA 3EZ5A 1HYZA 2JLEA 1UA0A 4CEDA 3EY1A 3QEIA 1KLMA 4KREA 3NH0A 1CLQA 3HT3A 4CJSA 1SKRA 3ZT1A 2GV9A 4ICLA 3SUQA 5HROA 1KLNA 4B08A 3T3FA 3NF8A 4CJ3A 3OYFA 1NKBA 3IRXA 1ASVA 3RR7A 4FJJA 3IAYA 4IKFA 3DRSA 1SKWA 3AVIA 3AVLA 3QINA 3PX4A 4DSFA 1TK5A 4AHUA 3AV9A 3TAPA 2QK9A 3OY9A 3C6UA 1VSFA 4M42A 4DQPA 4FJ5A 1IKVA 2BANA 2Q3SA 4M3XA 4LH5A 1WLJA 2EX3A 1UAXA 3KK3A 4BWJA 4QCLA 3MECA 2DY4A 4QAGA 1QQCA 3NCIA 3S9HA 3ZSYA 4M3UA 3VQ7A 4FJ8A 5FRNA 3DLBA 4KAZA 4FZZA 3AVJA 3TWHA 1HYVA 4FJ7A 1T8EA 4O0IA 3M8QA 2VG6A 4OKKA 3U3YA 2Z1IA 4J2AA 2I5JA 4FK4A 3DRPA 3DLKA 4CHNA 1L5UA 3MXIA 4CJ4A 3H08A 1L3UA 3AVNA 3TAMA 2E6MA 4HUEA 4NYFA 3PX0A 4NCGA 4TSXA 4FM2A 4CJUA 3M8PA 4DLEA 1C1AA 3LP3A 3VQPA 3OYAA 3THVA 1S1UA 5CYMA 3VQDA 4DTPA 4PA1A 1EP4A 4UQGA 4KHYA 1ZBIA 4PY5A 1NJZA 1NK0A 1B9DA 1TKTA 3WNFA 3VQEA 1S5JA 4Y1DA 1YTAA 1IO2A 3OYJA 3LPTA 1XWLA 2OA8A 4IG3A 4DF8A 5HLFA 1U47A 3OYEA 2G8KA 3VQCA 1GOBA 1L3TA 1NJXA 5J2PA 4XIUA 1Q8IA 1VSIA 1HNVA 4F2RA 4FLZA 3LAMA 3K59A 3I0RA 3LALA 2YNGA 1C0UA 3AVAA 3OVNA 1HRHA 1RDCA 2QKKA 3ASMA 2O4IA 1RBSA 4KFBA 4CF1A 3IG1A 1IH7A 1X9MA 1JXBA 4DSIA 3WNEA 1SL2A 4DWIA 1IKYA 1U49A 1F21A 1TL3A 3KIOA 3CFOA 4CGHA 4FJMA 4HCCA 4O55A 4NYNA 4FJXA 4W5RA 3VQAA 1DTQA 1T7PA 4KTQA 3LPUA 3DLEA 3IS9A 3NDKA 4DS4A 4E3SA 3O4QA 2BGGA 3AA5X 4KB1A 4RW6A 1VSKA 3RMBA 3KD5E 2ITGA 5FDLA 1KVBA 2YNIA 3K5MA 2P5OA 3D0PA 2BE2A 1IKWA 1NKCA 2BDPA 3KTQA 3AO3A 4YNQA 1J53A 4KHWA 3ZT4A 3KD1E 3ALYA 2XY5A 3C94A 3VQQA 1Q9YA 3ZSRA 4CIEA 4CJEA 3MEDA 2D0BA 1R0AA 2KFNA 2VWKA 5KI6A 3RWUA 1HQUA 3KLGA 1EETA 4EZ6A 1S6PA 1WSJA 1B9FA 1ASUA 3AO1A 3AVMA 4FM1A 3TAFA 2G8WA 1RTIA 3NF7A 2OPRA 4M3RA 4FW1A 3HVRA 5J2MA 3PV8A 1RT6A 2DFEA 3QETA 4DFPA 1RBVA 1RDDA 1SUQA 3SPZA 2PZSA 4OLAA 1HQEA 1HYSA 4CJVA 1RCHA 3NAEA 4FLUA 2RPIA 1L3VA 5HRSA 2DTUA 2A1SA 4DQQA 4CESA 4FJKA 3PO5A 3VQ5A 2GUIA 4N76A 5FROA 3DOLA 3ZSOA 1RBTA 5J2NA 4HUGA 3SUOA 4KI4A 2KFZA 2X74A 2F96A 1JLFA 4EZ9A 3TAGA 3VQ6A 4F8RA 4I2QA 1VSJA 5HP1A 3RTVA 4CCHA 4DQSA 1C1BA 3MEGA 2EHGA 2HNYA 4EP5A 1A5XA 1JLAA 4DS5A 5HRRA 2F8TA 1RT4A 1TL1A 3DYAA 4YFUA 4KKOA 3ZSWA 3MEEA 2YKMA 4OLBA 1KVCA 5KGWA 1CZBA 3NH2A 2ZQBA 2P1JA 2Y1IA 5SWMA 1WSIA 1UWBA 2IOCA 4CK2A 4CEZA 4JRQA 2XY6A 4B9VA 1JLQA 2HHWA 3SUPA 3UIQA 4KHSA 5JS2A 4H8KA 1SKSA 4OKEA 4C8LA 3M8SA 4C8OA 3OYMA 4CEEA 4M41A 3RMDA 2G8UA 5D3GA 1RDAA 1VSDA 4H4OA 3HP9A 1NJWA 4E0DA 3HPHA 4B8AB 4CJRA 2FC0A 3QO9A 4ELVA 1J54A 3L2WA 3RR8A 3FFIA 3V81A 4DSJA 3HL8A 5KRTA 4Z0UA 4DG1A 3VA0A 1DLOA 3QEVA 4FJGA 2XY7A 1C1CA 1GOCA 3NF9A 4CFCA 3OJSA 1J5OA 4KI6A 3SUNA 3QEPA 1SV5A 3O4NA 4CEOA 3A2FA 3TAQA 4MFBA 2X6NA 1JL2A 1WAJA 4E19A 4O5BA 3G10A 4OPJA 4DU1A 4DF4A 2X78A 3AO4A 2VWJA 4BE1A 4F3OA 1RTJA 3HYFA 4IFVA 3ZT3A 3PUFA 4DU3A 4DTMA 2KZMA 3V1RA 1TKDA 1G15A 4W5NA 3CYMA 4RW9A 3I8DA 4ZTJA 1NK5A 1JL1A 4AILC 4CGGA 1Z25A 2OYQA 3SQ2A 4GMJB 4AHRA 4Y1CA 1Z26A 4E7KA 3DOKA 4ID5A 4FLXA 4CGFA 3HPGA 3EYZA 3K5NA 1U48A 5JS1A 4EP4A 3F9KA 4WE1A 4ELTA 5DK5A 4H4MA 4KB0A 2HNDA 4I2PA 3ZT2A 4FJ9A 4OKJA 4FLVA 3VQ9A 4CJFA 4M3YA 4M45A 1UA1A 1HPZA 5FRMA 4LD0A 3NFAA 4M3WA 4CJTA 1T05A 2HMIA 3JYTA 4CECA 2DFFA 3OS1A 1QHTA 1TKXA 2HNZA 3ISNC 3AVBA 3LAKA 4CIFA 4AHSA 1S1TA 3V9ZA 3RMCA 1SL0A 1LV5A 1BIUA 3V1QA 1S1VA 3PY8A 5J1EA 1WAFA 2HB5A 2OPPA 3P83D 2YHAA 4DU4A 1RT7A 3DRRA 3V6DA 3S3MA 1HMVA 4CFAA 4JS4A 4FLWA 3JSMA 4FK2A 4CHZA 3AVKA 3K5OA 3VQBA 3L2UA 1IG9A 3K57A 4B3OA 4FYDA 1ASWA 1I3AA 1YVUA 4DSKA 3PX6A 2W42A 4AH9A 3TI0A 4IBNA 4KO0A 4KRFA 1BQMA 4OGCA 3SZ2A 4F2SA 3WNGA 4LH4A 1NK7A 1RT3A 3NHGA 1W9HA 3CFRA 4NCBA 1VSLA 3PO4A 1ZBFA 4Q5VA 3V9WA 2ATQA 1W0HA 3OYCA 2Z1GA 2P51A 1XHZA 4CHYA 1X1PA 3DLHA 4N41A 1LWFA 2HHUA 2YKNA 1KFDA 2B4JA 4CGIA 3ZSVA 4ZHRA 3OS2A 3OYDA 2KTQA 2JGUA 4N47A 3U3GA 2XRIA 3LWLA 5HRNA 4DFMA 2IAJA 3QIOA 3L2RA 4DFJA 4BDPA 4CEAA 4E1NA 2YNHA 1RT1A 4CE9A 3LP0A 1BQNA 2Y1JA 1NK8A 4KV8A 3QNNA 3SYZA 1QSSA 2GBZA 4DMNA 3AO5A 3QEWA 2PYLA 1LAWA 1X9WA 4BACA 4FJHA 4E1MA 1BCOA 1S1XA 4KPYA 1DTTA 4OVLA 2DFHA 4CFDA 2R7YA 2A1RA 1X9SA 1RDBA 3RRGA 4FJIA 3KK2A 4M3ZA 2VG5A 1WSGA 2FBTA 2HHXA 2OPQA 3AVGA 3T19A 3HP6A 3ZSZA 2HVHA 5HRPA 2X6SA 4W5OA 4AHVA 2B5JA 2QKBA 2OZMA 4W5TA 4G1QA 3WNHA 4B9NA 4DTJA 4PUOA 1QSLA 4CJKA 1RILA 1JKHA 1MU2A 3MAQA 3V4IA 1FXXA 3NE6A 3BDPA 1WNSA 3SV3A 1TK8A 2Z1JA 2HW3A 3RMAA 3B6OA 5CYQA 4CJ5A 3MXJA 3U6FA 4B9SA 3LZIA 3ZSXA 3DLGA 4HUFA 3AA2A 3OJUA 1CZ9A 2ZD1A 2IS3A 4E7LA 4CERA 1YTUA 4HCBA 5DMRA 4AHCA 1RT2A 3HXMA 3CM6A 1ZBLA 1LAVA 3AA4A 3AO2A 1NK9A 1BIZA 2ETJA 2B6AA 1RBRA 3RRHA 3SPYA 1JLGA 4ELUA 1A5WA 3HJFA 4FXDA 3CQ8A 3DLRA 4OJRA 5I3UA 3SQ0A 4FLYA 3AVCA 1TK0A 4Z4EA 1RT5A 4CK1A 1D9DA 3HPOA 4DTRA 1XI1A 1RTDA 3L2VA 4DSEA 1T03A 3QERA 1VRUA 3TR8A 2IDOA 1ITGA 4HVJA 1C0MA 4FW2A 3V9XA 4AHTA 3HK2A 1GOAA 4Z4HA 1BISA 1LW0A 3QEXA 2PYJA 4CK3A 2G8IA 1QSYA 3NGIA 1FKOA 2YV0X 1VSMA 1HJRA 3ZSQA 3L8BA 4GVMA 1A5VA 4PQUA 4N5SA 1D8YA 4JLHA 3O3HA 1RNHA 4IFYA 1N6QA 3AVHA 2RN2A 3NH1A 4J2DA 1BGXT 1FK9A 3CG7A 1B92A 2HHVA 2KW4A 4KHQA 1BHLA 3TABA 4O4GA 4RW8A 4C8NA 2RF2A 4KHUA 1TAQA 1QE1A 3QLHA 3ZT0A 1RTHA 5HBMA 3VQ4A 2PY5A 2HVIA 4N56A 3KLEA 1WSHA 3SI6A 5I42A 4FJLA 3LANA 1TGOA 4KTWA 2WONA 1JLCA 4DTOA 4CEQA 3KLHA 4ZTFA 4LSNA 4B9LA 4DSLA 4FZYA 1ZBHA 3VN5A 3HM9A 4E7JA 1NOZA 2LSNA 1WSEA 3AA3A 1D5AA 3QIPA 3MXMA 1RBUA 1S9GA 4JS5A 3CFPA 3ULDA 1ZBUA 1BI4B 5J2QA 4DTNA 4DQRA 4J2EA 1VK0A 3OYLA 4Z4IA 3V1OA 5C24A 1L3SA 3V9SA 4CF2A 4OPKA 1EX4A 1C6VA 2E6LA 4GW6A 4CEFA 3OYGA 1CXQA 1S9EA 4FVMA 4CIGA 3C95A 2FBXA 3TAEA 3V9UA 4M3TA 5KGXA 4Z4CA 3OS0A 1WSFA 1NKEA 1S6QA 4FZXC 2D5RA 1ZYQA 1O1WA 3QNOA 3K58A 1REVA 3TARA 1U04A 4R5PA 4IG0A 1HNIA 4CJWA 2YHBA 3SQ1A 4LSLA 3G0ZA 1TVRA 3LDSA 1LWCA 3LP1A 2AJQA 4F3TA 3OYIA 2OZSA 3LP2A 4CHQA 2O4GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K2PA 3LDLA 3CCSN 4WYBA 4E7HA 1UOCA 1EKEA 3AAPA 1IBMK 4FOIA 4E7IA 5E41A 4K8XA 3KLIA 4RW4A 2FXUA 1IV0A 5T7BA 2QWRA 2HHTA 3NF6A 3D45A 4H0TB 4DUZK 3OYHA 4DQIA 3P1GA 5AQXA 3HSTB 1WBDA 2WOMA 3B6PA 2O8BA 3MN6A 4RG8A 1M1KO 2KKZA 2YJFA 2Q31A 4M7XA 3M8RA 4BWMA 1EXQA 4KH4A 4CFBA 2Q0UA 3TANA 2G8FA 2VG7A 3L0QA 3ZETA 2P9PA 4OGEA 3BP8A 3SBGA 3F5TA 4FLTA 1NGDA 4I9LA 5CZ1A 3I56N 3ZEUA 3OYBA 4KTZA 4BE0A 1YT3A 4E89A 1D9FA 4IOAL 1ILYA 1C0FA 2ZGYA 2E2PA 4O0JA 1XQSC 4L8RB 1CXUA 1NGEA 1DEJA 1EQYA 4DLGA 5KRSA 3E9OA 4F4KA 1TAUA 1JXEA 2ZE2A 3D2EA 4BRNA 4B9QA 4BRMA 3NGYA 1QZ5A 3C65A 4YOTA 4Z4FA 1XHXA 3SBTA 4CHPA 4AF1A 4DR3K 4CBUA 4RW7A 3WEEB 1NOYA 1BCMA 3CQXA 1VQ6N 4KH5A 4IJAA 3U8XA 3C6TA 5CY4A 1NWKA 4YOYA 1RGIA 3HBTA 1ZXOA 2RKIA 4DTUA 1NGAA 4CEDA 4KREA 4CI6A 1KLMA 3RSEB 3ZT1A 2UUAK 1W2BM 4WQ5C 1KLNA 3H46O 4B08A 5BREA 3T3FA 3NF8A 4CJ3A 2QI2A 3OYFA 3RR7A 5I9EB 4IXCA 1BO5O 3QINA 3L4QA 2QK9A 3TAPA 4M42A 2Q3SA 2EX3A 4BRKA 4M3UA 3QICA 5JLFA 1NGBA 3AVJA 4DCHA 1DKGD 2VG6A 3SMPA 4I6MB 2YX6A 3DXMA 1L5UA 1YIJN 4HUEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3K2P A;  3LDL A;  3CCS N;  4WYB A;  4E7H A;  1UOC A;  1EKE A;  3AAP A;  1IBM K;  4FOI A;  4E7I A;  5E41 A;  4K8X A;  3KLI A;  4RW4 A;  2FXU A;  1IV0 A;  5T7B A;  2QWR A;  2HHT A;  3NF6 A;  3D45 A;  4H0T B;  4DUZ K;  3OYH A;  4DQI A;  3P1G A;  5AQX A;  3HST B;  1WBD A;  2WOM A;  3B6P A;  2O8B A;  3MN6 A;  4RG8 A;  1M1K O;  2KKZ A;  2YJF A;  2Q31 A;  4M7X A;  3M8R A;  4BWM A;  1EXQ A;  4KH4 A;  4CFB A;  2Q0U A;  3TAN A;  2G8F A;  2VG7 A;  3L0Q A;  3ZET A;  2P9P A;  4OGE A;  3BP8 A;  3SBG A;  3F5T A;  4FLT A;  1NGD A;  4I9L A;  5CZ1 A;  3I56 N;  3ZEU A;  3OYB A;  4KTZ A;  4BE0 A;  1YT3 A;  4E89 A;  1D9F A;  4IOA L;  1ILY A;  1C0F A;  2ZGY A;  2E2P A;  4O0J A;  1XQS C;  4L8R B;  1CXU A;  1NGE A;  1DEJ A;  1EQY A;  4DLG A;  5KRS A;  3E9O A;  4F4K A;  1TAU A;  1JXE A;  2ZE2 A;  3D2E A;  4BRN A;  4B9Q A;  4BRM A;  3NGY A;  1QZ5 A;  3C65 A;  4YOT A;  4Z4F A;  1XHX A;  3SBT A;  4CHP A;  4AF1 A;  4DR3 K;  4CBU A;  4RW7 A;  3WEE B;  1NOY A;  1BCM A;  3CQX A;  1VQ6 N;  4KH5 A;  4IJA A;  3U8X A;  3C6T A;  5CY4 A;  1NWK A;  4YOY A;  1RGI A;  3HBT A;  1ZXO A;  2RKI A;  4DTU A;  1NGA A;  4CED A;  4KRE A;  4CI6 A;  1KLM A;  3RSE B;  3ZT1 A;  2UUA K;  1W2B M;  4WQ5 C;  1KLN A;  3H46 O;  4B08 A;  5BRE A;  3T3F A;  3NF8 A;  4CJ3 A;  2QI2 A;  3OYF A;  3RR7 A;  5I9E B;  4IXC A;  1BO5 O;  3QIN A;  3L4Q A;  2QK9 A;  3TAP A;  4M42 A;  2Q3S A;  2EX3 A;  4BRK A;  4M3U A;  3QIC A;  5JLF A;  1NGB A;  3AVJ A;  4DCH A;  1DKG D;  2VG6 A;  3SMP A;  4I6M B;  2YX6 A;  3DXM A;  1L5U A;  1YIJ N;  4HUE A;  4NYF A;  1S22 A;  3M8P A;  1C1A A;  5CYM A;  5KPZ A;  4KHY A;  4PY5 A;  1NK0 A;  1EO1 A;  3WNF A;  1N34 K;  1S5J A;  4Y1D A;  3IUC A;  4IG3 A;  4BC4 A;  1U47 A;  2A5X A;  4DQ8 A;  4OO1 J;  1VSI A;  4FLZ A;  3D6R A;  4BC3 A;  2QKK A;  4JKA A;  5KQD A;  3EE9 A;  3P39 A;  1X9M A;  3O6W A;  1YJ9 N;  3WXI A;  1TL3 A;  3KIO A;  2AP1 A;  1JCG A;  4ILG B;  4O55 A;  2E2O A;  2I7P A;  4BC5 A;  3VEO A;  3VQA A;  3CCU N;  1MDU B;  3E9P A;  3WQU A;  2Q1N A;  1MA9 B;  1N33 K;  3ZX3 A;  3O4Q A;  3C6H A;  4KB1 A;  4RW6 A;  1KC8 O; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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