5GINA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 9 nt substrates
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 129
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5ginA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ginA01
3T7ZA 2NNWA 3SIUB 3ID6A 3PLAA 3SIVB 3NVIA 3GQXA 3NVKA 5GIOA 2OZBB 3GQUA 3NVMA 3ICXA 3NMUA 1NT2B 5GINA 4BY9C 5GIPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NJXA 1NJWA 3DAWA 3V1RA 2QM6A 1HLUA 1O1WA 4BR7A 4A2BA 3AVGA 1RILA 3VOVA 4LB2A 3AVCA 3KD1E 4LFCK 1RDBA 1T03A 4FJ9A 4FZYA 4E7HA 4K8XA 1RBUA 3O9UA 1RT2A 2OA8A 5J2QA 2O8EA 3V9UA 1J78A 2JGUA 5AQGA 4JI8K 4F3OA 3I0RA 3ZSZA 5DMRA 3PY8A 1U2VB 2RN2A 2EFHA 3B6PA 1ZBLA 3VEVA 3MX5A 3F2KA 2XY5A 3V03A 5C15A 3OYNA 4DU4A 3AAQA 3U3GA 3TWHA 1H1VA 2CGJA 3MN7A 4FOEA 2E2OA 3AV9A 1KVBA 3HOTA 5TKWA 3E9PA 1SZ2A 4LF9K 1N33K 5ID7A 2F96A 3AGRA 2BXCA 1EKEA 5I9EB 4JKDA 4W5OA 1N6QA 1BO5O 5CZ2A 4CJ4A 5AR0A 1FOUA 3THXB 3J7AP 1E7HA 4K8ZA 2VUEA 3V9ZA 1NK6A 1JXBA 4M41A 3A5NC 4Z4HA 3KTQA 1NK9A 4CZJA 1WBDA 5BPLA 4N76A 4IDKA 2BANA 2FBVA 4LF7K 5CR4A 1NG9A 2HHVA 5IJFA 2F8TA 4E89A 1NGJA 1Z26A 3CMAN 4DTMA 2FBYA 4CEFA 3WNGA 2BXPA 3VA3A 1TL1A 3HM9A 4JI7K 2Q2RA 3R6MA 5KTQA 3C94A 3BUZB 3OYMA 3PX6A 3MAQA 1IV0A 1RBRA 4CGHA 3VQDA 3G25A 1J6ZA 2DPNA 4F5VA 4MO5A 4CF9A 3LDNA 4YDUA 3TTDA 1I39A 2EHGA 2OCEA 4DR3K 5SWMA 4CJUA 3L2WA 1HKCA 5JVHL 4RW9A 4M3ZA 1JLGA 3CCUN 3LU7A 3LALA 2E2NA 4KHNA 1ASWA 4K25A 4CBUA 1KVAA 3TAQA 3O4QA 4MQ3A 3VERA 2HBLA 4I6MA 1C0FA 1IO2A 1TK0A 4B3SK 5AQJA 1CZBA 4Z9OA 4BGBA 1GOAA 2IS3A 2EX3A 2NRXA 4LSLA 4G9ZA 4DR7K 3M99C 1S1WA 3AAPA 4A57A 2Z1IA 3TI0A 5CHIA 1RT7A 1G15A 1U6ZA 2EWSA 4EHUA 4RW8A 5GADP 3CETA 4Z4EA 4DU3A 1ILYA 4IJNA 4CJFA 1NGBA 1BHLA 3AGKA 4O44A 3TR8A 4IWVA 1AO6A 4CFAA 4X64K 4H0TB 1HKGA 4E7JA 2UUCK 4IFEA 1LNSA 3NAEA 2WTUA 1SQKA 1ZBIA 3NVIA 1BQMA 1BUPA 1OVQA 2F8SA 2BDPA 1VQPN 4YOYA 2OPRA 4KTQA 3ZSOA 4D7XA 3KVGA 2QXLA 3EEQA 1MDUB 3O4NA 3BGRA 4IFVA 2A3ZA 2QI2A 1QQMA 1KQSM 4G03A 4BGAA 2HVIA 1VSHA 3WNFA 1HNWK 4E3SA 2LSNA 3AO2A 4CJQA 4IOCL 4B3RK 2ASPA 3V1QA 4LH4A 1KAXA 1DLOA 3CC4N 2E6LA 5DK5A 3O3GA 3AA2A 1T3VA 4G01A 4CIGA 4M3RA 1LWFA 4N41A 4HTUA 4PWDA 4KHUA 1HA2A 2CH5A 3PIOL 3KLGA 4BY9C 3C7NB 3HT3A 3DLHA 4CF8A 3CC2N 4CI6A 3T7ZA 5KGXA 1ZC6A 1CZAN 1RDWX 1NKEA 3EYZA 5F2RA 3SIVB 4DG1A 3MN6A 4B9NA 1TUUA 3T1HK 3DRRA 3AO3A 4CESA 1QQNA 1REVA 1WLJA 3AVFA 4H0PA 2KBZA 4AHRA 2F7TA 3P39A 4E1JA 1L3SA 3DLKA 5IJEA 5FUOA 3GL1A 1HQEA 4BRNA 3DMJA 2P9IA 2Z1JA 4KB0A 3HXMA 4KFBA 4DMNA 4FO0A 2O8CA 3E9LA 3AARA 1C6VA 4XH1A 3KK7A 4U7BA 4Z0UA 5CY4A 5J2NA 4Z4FA 5AQLA 4FJGA 4CZIA 3ZT3A 3ULEA 3FWCC 3E01A 4M3UA 4Z4GA 4FWQA 4BACA 4FK0A 3ZSYA 1IJGA 2XW1A 4GKJK 1MM8A 3ZETA 2G8HA 3H1VX 2P9NA 3SNNA 3CX9A 4KBOA 4K43A 1BM0A 3ZSVA 3CJBA 4AM6A 2IC3A 4CHPA 3AA3A 3I56N 5EU7A 4XH4A 3OYIA 1VFIA 4M70B 3HL8A 2E5LK 4CECA 2WONA 1VZSA 2WC9A 3V1OA 4NYNA 4CCHA 5E41A 4OGCA 4PKGA 3VEXA 4B3OA 1VQ9N 3K9JA 4CEQA 1BI4A 3ZT1A 4PL8A 2P9SA 2YX6A 1E3MA 4OLAA 1K8KA 3A5LC 5LMUK 2DBWA 5FPMA 3SUQA 4B08A 2GELA 4C31B 4UQGA 3CQXA 3MWPA 4FK4A 2A6AA 1N36K 1S5JA 2XSIA 4KAZA 1RTJA 3LP2A 3G6EN 4E19A 3QDKA 1VHXA 4GDKB 2P51A 3QEIA 2X6NA 4CGDA 3VQQA 2V7YA 3K5NA 1W9HA 2JWKA 4M3TA 5JMVA 3V9XA 5AQYA 3O80A 4EAHD 3VENA 3CPWM 2KFNA 3ENHA 1BL3A 3WNEA 4C8NA 3LZIA 3ISNC 4CBWA 3JS6A 1ITGA 1EWRA 4J2VA 1E7BA 2Q31A 1F21A 4J2EA 1MWKA 4M7XA 3V09A 4MFBA 4BRDA 4CERA 3F9MA 3HTVA 3MWTA 3VF2A 1IG8A 4BR0A 1UWBA 5HBMA 1XNRK 3KWIA 3A75A 1TV6A 2Z8IA 2OPQA 1KLNA 4JRPA 1VQ6N 2XW0A 3SPYA 1DTTA 1KFSA 4ID5A 3RR7A 1HK3A 4KHWA 4H03B 2ASMA 4JV5K 1MIVA 1Q82O 3B9LA 2BTFA 3HO1A 4CHZA 4GKKK 4DQPA 3DJCA 3SYZA 4I9OA 2ZD1A 3CERA 2QKBA 2UUAK 3ZLJA 3WUHA 2QEXN 4I2QA 1T05A 4CF0A 4DSIA 1FKPA 2D5RA 3RSEA 1E7CA 1I3AA 1HJRA 1JCFA 3MXJA 1WUAA 2KZZA 3D2FA 4K0KK 3ZT2A 3HSTB 4QS9A 3E9OA 2O8DA 2X6SA 1NOYA 1HX1A 5E26A 1NGCA 3AVIA 5C42A 2QTDA 3LL3A 3OBYA 4IDHA 3JYTA 3FFIA 3FE1A 2I7PA 1TVRA 4JD2A 2A41A 1HPMA 1UAXA 4ID1A 1ATNA 1NU0A 4CZLA 1BU6O 4MLHA 2Y1JA 4KTWA 3SCXA 4RG8A 4CJ5A 3G4SN 1NJZA 2PYJA 1HYVA 1D8YA 4BRKA 1XMQK 3O6WA 1K9MO 2QWOA 1NGIA 2ZM6K 3K2PA 3HI0A 3OTOK 1MA9A 4CJKA 3L2RA 4LH5A 2HHUA 1RT1A 1KC8O 5HL7L 5T7BA 3CCLN 4DSEA 1E4GT 3OS2A 4JI3K 3NFAA 4CZFA 1VQ7N 3SJHA 3UKRA 4BDZA 5LY3A 1E78A 4NXNK 1K73O 5CYMA 1VAZA 3HJFA 2E2QA 4Z69A 3MXIA 3BF1A 4Z94A 3DRPA 4ILJA 2XY6A 3SBTA 1RFQA 1KW2A 3IG1A 3O9QA 3R1XA 5TKYA 5KRTA 3GG4A 3CJAA 4YNQA 4QAGA 5BRHA 3SV4A 1X3NA 2DFEA 4XEIA 1NK0A 5AQFA 2IVNA 3MXMA 4CK1A 2CKXA 2PYLA 1S22A 4ZCGA 5E84A 4CF1A 4EIAA 3I33A 3LDOA 3QERA 5IWAK 2NRTA 3QBXA 4E7IA 4C8LA 3EE9A 3QEWA 1WSGA 2W42A 3ZX0A 5BPMA 3L3VA 2QWLA 4K71A 3WEEB 2NLXA 4CEDA 3FWBC 2B4JA 1SAZA 1X3MA 3TPQA 2QMCA 2FC0A 2VQFK 5ID9A 4LC9B 1RBVA 4BQZA 2O8FB 4FJXA 5AQRA 3OBWA 2I7NA 3KK3A 4JS4A 4JI5K 4PKHA 5LMNK 4FJMA 1BGXT 3CI5A 5EXWA 4CJTA 3CFRA 4B9QA 5D7GA 3TABA 5I3UA 1IKYA 2P9LA 5F0XA 3RTVA 3OYHA 2Q3SA 1RT4A 4KHQA 4BR9A 1YITN 1BJ5A 3IS9A 2GX9A 1K6YA 1RDAA 4GV3A 1GNJA 5JICA 1DTQA 4YHHK 1LW2A 2KWFA 3VQ9A 3D45A 3MDQA 4BR2A 1IH7A 4CFDA 4FJKA 1LCUA 1U04A 3UKUB 1ASUA 3WXLA 4CIFA 4KB1A 4IW1A 1T6DA 4HVJA 3ASMA 4BRAA 1DGKN 2G8VA 1LOTB 1SL1A 2F4VK 3NMUA 1S9EA 1JL2A 3L4QA 3DOKA 1QHAA 4M3XA 3ZX3A 1BKEA 4QS7A 3DRSA 1WSIA 4B9TA 4CF2A 4IG3A 4DTPA 4LY7A 2ZF5O 1Q86O 2HBJA 4RW4A 3AVJA 4O0JA 5GAGP 4PL7A 3AVLA 4ZUXV 3HK2A 3MECA 4H8KA 3LDSA 3NVMA 5LL6Z 4WQ5A 3SJJA 1N8RO 4J8FA 5EY4A 3NGZA 3ENBA 4HHTA 2KQ2A 1NGEA 5FPEA 4CZMA 4CEZA 3DXKB 1SKSA 3OJSA 3OYJA 3TU5A 3SPZA 4FLZA 1VSEA 3SUPA 4HCCA 2PY5A 4FJIA 1NBWA 2Q36A 2VGMA 3H3OB 4DFKA 1TKDA 2QWMA 3T3FA 4QCLA 5JS1A 3UIQA 4FLWA 4JHDB 4AH9A 5IIXA 3I0SA 4KH4A 5KQDA 2VUFA 1QZ6A 4I9QA 3GQUA 4NCGA 4IBNA 3RSEB 4OTUA 2IVPA 2Z8JA 1UORA 2NRHA 1YVNA 2Q1NA 3NGIA 4EHTA 4YDUC 2XRIA 4CGJA 3AVBA 3DLGA 1GOBA 4BC2A 5AQQA 4M42A 4L9KA 4DM0A 1IKXA 3OYFA 4FW2A 3QO9A 4DTOA 2Q97A 2YJEA 4RWTA 3RR8A 3C65A 1VSIA 4Y1DA 3HVTA 2YV0X 3VEYA 3PX0A 4O55A 3CD6N 2LXTA 2A42A 3QEVA 4GY2B 4BRCA 4L9QA 1UA0A 1BISA 3IUCA 3QNOA 1TKZA 5HP1A 1RBSA 3HM8A 4H0XB 4IOXA 3WQTA 3WHRA 4BWMA 1UA1A 2G8UA 2AGHB 4FM2A 4KHYA 1T6CA 1VSKA 4JI6K 1LAWA 2H3GX 4B3TK 3F9KA 3LANA 4WCEL 5GHKA 4EFHA 2RF2A 3AVNA 4DR6K 1EETA 3ATVA 2PBDA 1YJ9N 2A5XA 1U49A 3VTIA 2ZE2A 3SQ2A 5AZIA 4DV3K 3NF8A 4CJPA 2P9UB 1W97L 3U8XA 1XHXA 3D2EA 4I7FA 1J9AA 1HRHA 5LJVA 1EQYA 5AFUA 4DFMA 5AQVA 4HUEA 5C2FA 4ZC6A 1NGDA 3H37A 2XVUA 3M1FA 1YHQN 2XVWA 1U48A 2LQHA 3H3NO 4B1UB 2UXDK 1HNIA 3SUOA 1IBKK 3SUNA 2BXHA 1XI1A 1DT9A 1W2BM 3K5MA 2GWKA 3BY5A 4JKCA 3VQAA 1RCHA 4MLEA 3WQUA 3NE6A 1NM1A 3NH1A 1GLJO 3ZT0A 4IEEA 4NCBA 2VYPA 5IJ5A 5M1PA 3THYA 3VQIA 4WA6B 3OYAA 3MN5A 4GNIA 1YJNN 4W5NA 1J5EK 3CQYA 2P9PA 4OVLA 4PKIA 4DQRA 3OYGA 1NK7A 2WOMA 1SB0A 1QSYA 3PLAA 4DV2K 2P9KB 3AA4A 1IJJA 4ISFA 5ADXH 4CVNE 5AQUA 3E1YA 1S6PA 4J2DA 1JLQA 4PHTX 2GTDA 2KLAA 4FCYA 2V7ZA 5AQHA 4J2BA 4LF4K 2Z1HA 3M8PA 2D0BA 1VSDA 3VGKA 4O8KA 4BRMA 1RDCA 3RRHA 2XY7A 4JNEA 1TGOA 5KPRA 1NKBA 4MDBA 3BPJA 4E1MA 1GLCG 2BXQA 4H5TA 4JKGB 2FSNA 5I42A 4MO4A 1L3UA 4CBXA 3CXCM 2CGLA 1CLQA 3KIOA 2Z1GA 4K41A 2OTLN 3VPZA 3P1GA 1NKCA 3V08A 4DQQA 4OPKA 3IRXA 4WFAL 3KD5E 1KTQA 3B9MA 3RMCA 3S9HA 4O8UA 3UIVA 3IMXA 3SZ2A 1Q81O 3SK3A 5ELZA 2EFDA 3S3MA 2P1JA 2HB5A 4N0FD 2AJEA 4U67L 2OTJN 3THWB 1MWMA 2O4IA 3WHQA 3LPUA 3WT0A 5C25A 2G8WA 3F5TA 1U47A 3SI6A 2HHXA 3VGLA 2X78A 3SQ0A 1D5AA 1HNVA 1BCOA 4H0OA 1EP4A 2ZGZA 4FJNA 3TANA 2F9TA 4BR4A 5B5TA 4FW1A 1JLEA 3TSPA 4ILGB 3T19A 5FRNA 3VN5A 1LWCA 3L2QA 2NRVA 2NQOA 1QVGM 3A5OC 4CZKA 1EX4A 5AQZA 4OPAA 2JUHA 1MUSA 1X1PA 4DV4K 3ID6A 1TYQA 3KIKA 1J5OA 3P31A 1X9MA 4DF8A 1KD1O 4LD0A 4DTJA 2IAJA 2O8EB 2XMOA 5F1XA 3G9KD 3NCIA 3L6QA 2ZJRL 4GW6A 4CJLA 1OH5A 5HRPA 3EO3A 3H3AA 4X66K 2ASOA 4DTNA 3ZT4A 3ZEUA 1JNBA 3CG7A 1S72N 4B1VA 3KJVA 2V51B 4WQ4A 3D0PA 4CJ7A 2G8FA 4DTRA 3OY9A 3S41A 4IZ9A 1HJOA 1NWKA 3ATUA 4R5PA 4DV1K 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3T7Z A;  2NNW A;  3SIU B;  3ID6 A;  3PLA A;  3SIV B;  3NVI A;  3GQX A;  3NVK A;  5GIO A;  2OZB B;  3GQU A;  3NVM A;  3ICX A;  3NMU A;  1NT2 B;  5GIN A;  4BY9 C;  5GIP A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NJX A;  1NJW A;  3DAW A;  3V1R A;  2QM6 A;  1HLU A;  1O1W A;  4BR7 A;  4A2B A;  3AVG A;  1RIL A;  3VOV A;  4LB2 A;  3AVC A;  3KD1 E;  4LFC K;  1RDB A;  1T03 A;  4FJ9 A;  4FZY A;  4E7H A;  4K8X A;  1RBU A;  3O9U A;  1RT2 A;  2OA8 A;  5J2Q A;  2O8E A;  3V9U A;  1J78 A;  2JGU A;  5AQG A;  4JI8 K;  4F3O A;  3I0R A;  3ZSZ A;  5DMR A;  3PY8 A;  1U2V B;  2RN2 A;  2EFH A;  3B6P A;  1ZBL A;  3VEV A;  3MX5 A;  3F2K A;  2XY5 A;  3V03 A;  5C15 A;  3OYN A;  4DU4 A;  3AAQ A;  3U3G A;  3TWH A;  1H1V A;  2CGJ A;  3MN7 A;  4FOE A;  2E2O A;  3AV9 A;  1KVB A;  3HOT A;  5TKW A;  3E9P A;  1SZ2 A;  4LF9 K;  1N33 K;  5ID7 A;  2F96 A;  3AGR A;  2BXC A;  1EKE A;  5I9E B;  4JKD A;  4W5O A;  1N6Q A;  1BO5 O;  5CZ2 A;  4CJ4 A;  5AR0 A;  1FOU A;  3THX B;  3J7A P;  1E7H A;  4K8Z A;  2VUE A;  3V9Z A;  1NK6 A;  1JXB A;  4M41 A;  3A5N C;  4Z4H A;  3KTQ A;  1NK9 A;  4CZJ A;  1WBD A;  5BPL A;  4N76 A;  4IDK A;  2BAN A;  2FBV A;  4LF7 K;  5CR4 A;  1NG9 A;  2HHV A;  5IJF A;  2F8T A;  4E89 A;  1NGJ A;  1Z26 A;  3CMA N;  4DTM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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