5GIPA

Crystal structure of box c/d rnp with 13 nt guide regions and 11 nt substrates
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 138
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5gipA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gipA01
3T7ZA 3ICXA 3NVIA 5GINA 2OZBB 3PLAA 3NVKA 3SIUB 3SIVB 2NNWA 4BY9C 3GQUA 3NMUA 5GIPA 1NT2B 5GIOA 3NVMA 3ID6A 3GQXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WSFA 3V9ZA 3LP0A 3T7ZA 4FZXC 3D2FA 5C24A 3TAEA 1VRUA 1RDCA 3F5TA 1BO5O 1FXXA 1EO1A 4BQZA 3SMPA 3CXCM 2BXDA 2VQFK 3SV3A 1NK5A 2NRTA 1SKWA 4BR4A 4N5SA 2KLAA 4H0YB 2RN2A 4B9VA 4ZBQA 2BE2A 4CJLA 4JKDA 4FK0A 3FFIA 3MXJA 1YUWA 4BACA 4I9QA 4N0UD 4I9OA 2P9UA 3OHRA 1EKEA 4OTUA 3BPJA 2VG7A 4ZUXV 3OS2A 4ELTA 1RTIA 2EFCA 1BCMA 1HK2A 4GY2B 1S22A 5HROA 1HMVA 1TKTA 4KB1A 2HSTA 3CCRN 3NF8A 3I33A 3GA9L 1FKOA 3SAHA 5AQLA 3FGUA 5KTQA 3H1QA 4DV3K 1Q86O 3LWMA 1SZ2A 2ETJA 1TAQA 3EO3A 4CFDA 1LOTB 4K43A 1ZXOA 3QEVA 4OPJA 4GDKB 3L3VA 1HJRA 1QE1A 4Y1DA 3WQUA 4KHYA 1TXUA 5KRTA 3RR7A 1HNXK 1TAUA 3TPQA 3TU5A 3MX5A 2CH5A 4CHYA 4JD2A 3DRSA 1XQSC 5AQTA 1KQSM 4IFYA 4HVJA 1LCUA 4BRFA 4DTMA 2I30A 1IO2A 5M1NA 3CHWA 3SJJA 1JLQA 2Q36A 5LMNK 3AVNA 4V19S 1HK4A 2ZQBA 3TSQA 5HOOA 4YFUA 3AA4A 4N76A 1QQMA 4CZKA 4GVEA 2RPIA 3W1SA 3SAGA 5BRDA 3C95A 4IW1A 4DV4K 3G0ZA 5KPRA 5BPNA 4K2CA 2F96A 4CHNA 5J2PA 1BWFO 4GNIA 3IS9A 2X74A 1E7CA 3GOIA 2ZM6K 5DQFA 2HB5A 4EHUA 4ILGB 3ICXA 4JK7A 3ZSZA 4A59A 2HBJA 1SQKA 3MDQA 2BXQA 1IKYA 1HYVA 3D7EO 5M1QA 3EE9A 1LOTA 3ZLJA 4PQUA 5HBMA 2IIRA 4OPKA 3PSIA 1VQ6N 3CJCA 2F7TA 4FWMA 4BVPA 3CC2N 3S3OA 5M1FA 1N5UA 4CEOA 4OPHA 2F8SA 5AQQA 1QTMA 3GG4A 3EN9A 2UXCK 1RDDA 4GKKK 1J5OA 4FIPB 4M41A 5ID7A 2DYMA 3SIUB 4WA6B 3JAMO 5F1XA 4HUGA 2P5GA 2XY7A 3LU8A 4KH4A 1RT6A 3AGKA 1H1VA 3WNFA 1BIUA 4ICLA 5IFOA 1C0MA 3OYKA 3THXB 1T03A 3CJBA 1X9SA 4FXDA 1BQNA 5CZ2A 5C15A 2E88A 3VGLA 2OCEA 4DV6K 3HPGA 3KK7A 1KVBA 3M8QA 2KZMA 4BR7A 5TKWA 3OS1A 3LAMA 3H37A 2H3GX 2Z1HA 4I2QA 4MO5A 1VQ4N 4DTJA 5EXWA 2DBWA 3HOSA 4CD1A 4WYBA 3N4PA 5CYQA 4OKEA 4E1NA 2D0AA 1RT3A 4BVOA 1EQYA 1S5JA 1L3TA 5AQUA 4OLAA 4CECA 2F9TA 3SQ0A 2VQEK 4ID5A 1ZBLA 2HBLA 3E1YA 2NRRA 2HHTA 1N8RO 4OPAA 4I9LA 4C8LA 4AH9A 3LDLA 3RVCA 1N5YA 3B6PA 5C10A 1NMNA 3SYZA 2F4VK 2KTQA 5AQGA 1MIVA 3L2QA 2V51B 1IBLK 1YTAA 3KLHA 3SJHA 4QS9A 3ZETB 4E0DA 2QKKA 1NGHA 3T1YK 4YOUA 1R59O 4ELUA 3I0RA 1U48A 3AVMA 3O3HA 3AVGA 4DTNA 3THXA 3LDPA 4H0PA 3RMAA 3R8EA 4CGJA 3H45C 4F5UA 4JI2K 4AM6A 5J2NA 4DWIA 2IVNA 1HQEA 4CJRA 1OH5A 3J8AA 3DRRA 1WUAA 4C1NK 3G10A 3BZKA 3O1BA 3RMBA 3WXMB 4DU1A 3ULDA 3V81A 4DSLA 4A57A 3E66A 2VYPA 5EOYA 1BOTO 1I39A 3G25A 4Z4HA 3A0IX 4CF9A 4C8NA 4LH4A 4FCYA 4QCLA 1BM0A 1YTUA 4CZLA 3KTQA 1JLBA 1KVAA 3O80A 1NGAA 3IAYA 3OBWA 4CJQA 4KHUA 1LV5A 4FLWA 4WFAL 5AZIB 1BKEA 4NYNA 1C0TA 4IOXA 4BC5A 3ZSXA 3P1GA 2Q97A 4BG8A 3WXIA 3TI0A 3B9LA 3CYMA 5JVGL 3HSTB 1S3XA 4CGGA 3RRGA 3HJFA 1SKRA 4DTRA 1HX1A 1UWBA 5CHIA 1TGOA 1GLJO 5DM6L 1B92A 3ZETA 3NDKA 2GWJA 1JCEA 3T1AA 1X3MA 1QVFM 2W41A 3V1OA 4CIGA 5J2MA 1KSPA 1LW2A 3OJSA 4KRFA 3KKSA 1GOCA 4FOIA 2OZBB 2OANA 4KHWA 3T69A 3ENOA 4FJ7A 2BUPA 4KBOA 3LAKA 3JQZA 5FDLA 1HA2A 1YIJN 3ZYYX 4B9UA 4H5RA 1U45A 1RBVA 2OYQA 3J7AP 3F9KA 2I5JA 2A3ZA 5BR9A 3K0SA 3NE6A 1GLEG 3DAWA 2IVPA 5AQZA 2VUEA 5IIUA 2E2PA 2P9SB 3OTOK 4QS7A 4KHNA 1UOCA 4W5TA 3SBGA 2QXFA 1IBKK 1D9FA 3CQXA 1YI2N 4O8UA 3SUQA 1Q7YO 4FWNA 2UUCK 3BF1A 2WOMA 3WNGA 2J4RA 5AZIA 3SUPA 1S9GA 2QWNA 3Q7BA 1NK8A 2YKNA 3AO3A 4OJRA 2WFBA 2UYTA 1WAFA 3V1QA 1N34K 1X1PA 2D0OA 3VF4A 4E3SA 4FJCB 3LZIA 2E2NA 1NKBA 2NZTA 4BWMA 3ZEUB 4Z4EA 3ZSVA 2G8UA 4KFBA 3AA3A 1SV5A 1Q81O 1NWKA 4JI8K 2YNHA 1JJ2M 3EKUA 4JI0K 4DLEA 4OT2A 2UUBK 2XVUA 1BIZA 2CGJA 2P9PB 3H08A 1KDXA 2P51A 4LA0A 4EP5A 1C1BA 3I55N 4HWIA 3OYCA 2NNWA 2OPSA 2D4WA 1A5XA 2UU9K 4DTSA 1YJ9N 4J2AA 3RRHA 5LL6Z 3VEWA 4X66K 2P9SA 2O8DA 2ZD1A 3JXUA 1SKSA 3K5NA 4FJIA 3VQ4A 1IJJA 3EY1A 4W5OA 2B4JA 1VSFA 5M1OA 4RW7A 1T7PA 1P90A 4K71A 4LFBK 2VGMA 2BXEA 1Q18A 4DTXA 3MEGA 1BI4A 3TANA 1XHZA 3SBTA 1XNRK 4M3RA 1DTQA 4CFAA 3GDQA 4N41A 4W4UB 4JI3K 3TAMA 3QO9A 1N36K 3ZT4A 2JUHA 4M42A 1L3VA 2FF3B 4FLYA 4L8UA 3IG1A 1NJXA 3CX9A 3TSPA 2D5RA 3VEZA 5AJ3K 1JCFA 4LFAK 3C6TA 3BF3A 2BDPA 2YNFA 2F9WA 3MHHB 1HNVA 1KD1O 2YHYA 2DBXA 2E20A 3AV9A 2P9PA 4BRAA 3TTFA 3CJ1A 2XSIA 4GVMA 2E5LK 3AA5X 1EP4A 1G99A 2A42A 1IJGA 1J53A 1IV0A 3NVMA 4DV2K 4DQQA 3QMLA 1DTTA 3EZWA 4WFBL 4IOCL 3DWLA 3VTHA 4FJXA 4IFEA 2EHGA 1IG8A 1BQMA 4PHTX 2HBKA 4CZHA 1CZAN 4CBWA 3U3GA 4NO7A 4BROA 3FWCC 2P9IB 3LDSA 1VSIA 2VUFA 1NKEA 3FE1A 4DB3A 4S1YA 4M3UA 3CCMN 3CCSN 4ZTFA 1QSSA 1YVUA 2E1YA 3DRPA 4IG3A 3K9KA 4IW2A 3MXMA 2E1ZA 4I7FA 3AO2A 3M1FA 5KRSA 3GQXA 2BXFA 4NCGA 4GV9A 3EEQA 3VOVA 4H4OA 1X9JA 5KGWA 4PO0A 1CXUA 4OX9K 1BGXT 2Y1IA 4NB4A 5FPNA 4DM0A 4ELVA 3QFPA 3F9MA 2BXGA 1FOUA 4WCEL 4BDYA 1E7IA 4BDZA 2DY4A 3MEDA 4K41A 1IBMK 3HP9A 5JS1A 3MX2A 4FPBA 2DPNA 3AVIA 4G01A 3VF6A 4FJJA 4JLHA 1JXBA 3DOKA 3HI0A 2QI2A 1LWCA 4LF8K 1E7BA 4WE1A 1E4FT 3EKSA 3O6WA 4NAWB 3IRXA 4LH5A 2OA8A 5GINA 4CF8A 1RT5A 1JNBA 4TQ0A 2HW3A 2WONA 2BXAA 1HQUA 3VQ8A 4LUHA 1W0HA 5C2DA 1RT7A 2IAJA 3O9TA 4PWDA 3ITHA 4HUFA 4M7XA 4B3TK 3KLFA 2P9IA 3A8YA 3HXMA 2BXMA 3L6QA 2HVIA 2B6AA 3ISNC 4CK2A 3FZHA 4CEAA 4B1WB 4BRIA 3Q7CA 3TTCA 4PKGA 2ZJRL 3K5OA 2V52B 3QEIA 2NRZA 3HM8A 2YHBA 2W40A 1J78A 4AILC 1RTJA 4CJSA 3VQEA 4FM0A 1TKZA 4KPYA 3J81O 1TV6A 3HP6A 2O8CB 4BE1A 2E0YA 2P9LB 3THYA 1T6DA 3I8BA 1YVNA 3M8RA 2XHBA 1NK6A 3ZSRA 5H1SQ 2LQHA 3QFUA 2X6NA 4JNEA 1VSEA 3HT3A 2GX9A 2I7NA 3TABA 1BA1A 4CBXA 2DG5A 3OW2M 4G9ZA 3SZ2A 3VPZA 4FLVA 5JVHL 1TKXA 3SAFA 4LUFA 3S3MA 3MECA 5IJ5A 2X6SA 4B3RK 1WBDA 4BQLA 3K57A 4B3SK 5C2FA 1W7AA 4CGIA 4LF6K 4DF8A 1HLUA 2BTFA 3RWUA 3AVLA 3TDLA 1OH8A 3OYNA 1HKCA 2XVQA 3WEEB 5I3UA 4B3OA 3H46O 4OO1J 5AQSA 2HMIA 3OY9A 4JRQA 4DMNA 3SPYA 1ZYQA 3VERA 4DFMA 3OS0A 4CE9A 4NLBA 2OPRA 2HHWA 3SNNA 1RDAA 4I6MA 3LU6A 5IWAK 4QAGA 3HK2A 2KW4A 4DSKA 1GLLO 3M99C 2W6KA 5B5TA 4FK4A 2ZGYA 2Q1NA 2O8CA 4F5TA 3KK1A 4PUOA 2P9LA 2GUTA 4L9QA 4YOWA 2YHWA 5MLCQ 4KAZA 2JGUA 1JCGA 2FF6A 4DU4A 1T05A 5C0YA 3WHQA 3IDHA 3DJCA 4JKGB 2V7ZA 1SL0A 4AM7A 4MBEC 2PYJA 1CXQA 5AQNA 4KTQA 3TWHA 2YNIA 2V7YA 5F2RA 1IG9A 4B9TA 3NFAA 4K25A 3P31A 4JRPA 3KKRA 1NT2B 4CFCA 3DLHA 1MM8A 3DLRA 1UORA 4CZJA 2EFEA 5J1EA 1QS4A 5KQDA 3FZLA 4CF1A 4JKBA 2AGHB 1LWFA 2GTDA 2VCPA 4LSNA 4XIUA 3QERA 3PX0A 4ZC6A 2BXPA 5FRMA 1QQNA 2ZE2A 3WEEA 4CZMA 4M7YA 2OTLN 2O8BB 3SV4A 1RTHA 3MMVA 4CEQA 1Q9YA 3T1HK 1BG3A 4JKAA 3WQTA 3RMDA 4FWQA 3HTVA 3K58A 2G8WA 1P8ZA 3TAGA 1JKHA 1LAWA 1ATRA 1U04A 3N4QA 4FM1A 1KAXA 1E7EA 3OYDA 3NH2A 3DLEA 4M3ZA 4DUZK 1LWEA 3AO1A 2HHUA 4IEIA 3OBYA 1A5WA 4E19A 2P1JA 4FJNA 3VQIA 1RBSA 3R3LA 1Z26A 4EZ9A 4C1NI 2BGGA 1VSJA 1S72N 3B9MA 4JKGA 1EWQA 1MIWA 1F21A 4CJ5A 1HK5A 3NGIA 3DYAA 3BZCA 2YNGA 4DQ8A 1VQNN 3LPTA 4DR5K 2JWKA 4JS4A 1Q82O 3CC7N 1TL1A 2ASPA 4H03B 4MO4A 1C6VA 4EZ6A 3NVIA 4ZCGA 3U4LA 4KHQA 3J80O 3H6EA 4G03A 4BR2A 1HPZA 1NMDA 1NGBA 4CK1A 3U3YA 2KWFA 3KHYA 4BE0A 4BRLA 2A5XA 1BL3A 5BRHA 2A1SA 3RMCA 1L3UA 1OVYA 1MUHA 4CBUA 5HP1A 4KH6A 4Z4GA 4KO0A 4IEEA 1QZ6A 3VEXA 3QEXA 3LP2A 3JSMA 3CETA 2O8BA 5ID9A 4FK2A 4JI7K 3LANA 2YCHA 2NRXA 2E4LA 4OR0A 4CJKA 1GLBG 5AR0A 3WNHA 4W5RA 3EE8A 5LJWA 2PAVA 4B1YB 3SIVB 4F9OA 1UA0A 1HNZK 4Z94A 1VQ8N 1HK3A 1NOZA 4HTLA 2HBMA 3O9QA 5JLFA 4J2EA 4L3QA 4DTUA 5FUOA 2IVOA 1NGEA 4E7IA 4JKHA 2Z1IA 4CZGA 2DFFA 4U7BA 3ZSOA 2W6LA 3MWPA 2D0PA 4JHDB 4DSIA 1KLMA 1WOQA 2VWBA 4ZHRA 3ZX3A 3K9JA 4KTZA 1S1VA 4B9SA 3VMFB 2Q31A 4MFBA 2R7YA 3VQCA 3A5NC 3JS6A 1HNWK 1VQON 3UIVA 4O4GA 2ZGZA 4TQ1A 3WHRA 3DMJA 5FROA 2OZMA 3K2PA 2O8FB 4LSLA 5LJVA 2PFUA 2LOQA 4HGKA 1BHLA 1XI1A 3T19A 1D4XA 4LF4K 4B8AB 1ITGA 4CJFA 1B9DA 2RKIA 5JLHA 2HHQA 3VQBA 3U8XA 3W0LA 3NGZA 3MAQA 1NNEA 4JI5K 4OLBA 4E7KA 1BISA 2ITGA 4FJKA 4RW6A 3KJVA 4ISEA 4JKEA 4CJWA 1GLAG 3CI5A 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3R9PA 2BANA 4C23A 1BU6O 2EX3A 3SQ4A 1SUQA 3NGYA 3MCAB 5AFUH 2FSNA 4YOXA 3KLEA 1ZBUA 2FBTA 4YNQA 3CG7A 4KI4A 4B9LA 1ASWA 3KWIA 4EP4A 5AFUA 3AVAA 3FLCO 3IFRA 4AHTA 3UIQA 1FW6A 1RDUA 1E7GA 3UKUA 4CJEA 3RSEB 3SQ1A 4FVUA 2HVHA 4OVLA 3PX6A 1MDUB 2FBXA 3MXIA 2ASMA 1N33K 2YV0X 3S9HA 2Z8JA 2HHVA 4O55A 2DFEA 1XUPO 3ID6A 2VG5A 1MIYA 2Q3SA 2XRIA 3O4QA 2FSKA 1XHXA 1MU2A 3ZEUA 5GAHP 4Z9OA 3FZMA 4FWSA 3L2VA 2CKXA 2O8EB 2BXKA 1NG9A 2XVWA 3NMUA 2BXBA 3ENHA 4ZBKA 2FXUA 4BKEA 4IXCA 5AQYA 4BRCA 3O5BA 1TL3A 1GLCG 3SPZA 1KTQA 1O13A 3VEVA 4BRGA 4CJPA 3K5MA 4NXNK 4H5TA 1ZBSA 1ZBFA 3CFPA 4B3MK 4DV7K 5TKYA 3I8DA 2YI1A 1LW0A 5BPMA 1RTDA 1SL2A 1KXPA 4ZBRA 4FJHA 4GMJB 3NVKA 2QW9A 3QB0A 3GQUA 4H0XB 2NLXA 1VQ7N 4KTWA 5J2QA 3M5RA 3ZT0A 3EL2A 4DR3K 4JK9A 5D3GA 4IO9L 3WXKA 1I3AA 1VAZA 2PY5A 1C0FA 4CEZA 4FW2A 1VQLN 3A75A 1X9MA 3OA9A 1WLJA 1WSHA 3C7NB 1TK8A 1AO6A 5M1PA 4F8RA 4FSVA 4JYAK 4E1MA 2YHXA 3PIPL 1IKVA 3V9UA 2QM6A 3WXJA 1E78A 3A73A 4PKHA 4YDUA 3CMEN 1S6PA 3QBXA 4KHSA 3AY9A 4HTUA 4OKJA 3ULEB 1FJGK 3WT0A 3CPWM 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3T7Z A;  3ICX A;  3NVI A;  5GIN A;  2OZB B;  3PLA A;  3NVK A;  3SIU B;  3SIV B;  2NNW A;  4BY9 C;  3GQU A;  3NMU A;  5GIP A;  1NT2 B;  5GIO A;  3NVM A;  3ID6 A;  3GQX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WSF A;  3V9Z A;  3LP0 A;  3T7Z A;  4FZX C;  3D2F A;  5C24 A;  3TAE A;  1VRU A;  1RDC A;  3F5T A;  1BO5 O;  1FXX A;  1EO1 A;  4BQZ A;  3SMP A;  3CXC M;  2BXD A;  2VQF K;  3SV3 A;  1NK5 A;  2NRT A;  1SKW A;  4BR4 A;  4N5S A;  2KLA A;  4H0Y B;  2RN2 A;  4B9V A;  4ZBQ A;  2BE2 A;  4CJL A;  4JKD A;  4FK0 A;  3FFI A;  3MXJ A;  1YUW A;  4BAC A;  4I9Q A;  4N0U D;  4I9O A;  2P9U A;  3OHR A;  1EKE A;  4OTU A;  3BPJ A;  2VG7 A;  4ZUX V;  3OS2 A;  4ELT A;  1RTI A;  2EFC A;  1BCM A;  1HK2 A;  4GY2 B;  1S22 A;  5HRO A;  1HMV A;  1TKT A;  4KB1 A;  2HST A;  3CCR N;  3NF8 A;  3I33 A;  3GA9 L;  1FKO A;  3SAH A;  5AQL A;  3FGU A;  5KTQ A;  3H1Q A;  4DV3 K;  1Q86 O;  3LWM A;  1SZ2 A;  2ETJ A;  1TAQ A;  3EO3 A;  4CFD A;  1LOT B;  4K43 A;  1ZXO A;  3QEV A;  4OPJ A;  4GDK B;  3L3V A;  1HJR A;  1QE1 A;  4Y1D A;  3WQU A;  4KHY A;  1TXU A;  5KRT A;  3RR7 A;  1HNX K;  1TAU A;  3TPQ A;  3TU5 A;  3MX5 A;  2CH5 A;  4CHY A;  4JD2 A;  3DRS A;  1XQS C;  5AQT A;  1KQS M;  4IFY A;  4HVJ A;  1LCU A;  4BRF A;  4DTM A;  2I30 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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