The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
127
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structure length |
127
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Chain Sequence |
SQVFGVARIFASFNDTFVHVTDLSGRETIARVTGGMKVKADRDESSPYAAMLAAQDVAAKCKEVGITAVHIKIRATGGTRSKTPGPGGQAALRALARSGLRIGRIEDVTPVPSDSTRKKGGRRGRRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
Ribosomal protein uS2
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| publication title |
Structural characterization of ribosome recruitment and translocation by type IV IRES.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Cricket paralysis virus
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| total genus |
25
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| structure length |
127
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| sequence length |
127
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-03-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV0 K; 4CVN E; 4DR3 K; 4KHP K; 5BR8 K; 5LMU K; 1N34 K; 4B3S K; 2E5L K; 1N36 K; 4JI7 K; 1FJG K; 1N32 K; 4DR7 K; 5LMN K; 4JI3 K; 1HNW K; 4B3R K; 4DV6 K; 5A2Q O; 5IT9 O; 4DV4 K; 4CW7 B; 4DV5 K; 4DR4 K; 4GKJ K; 4LFA K; 1IBM K; 4V19 S; 1XNQ K; 4GKK K; 4JI2 K; 2UUC K; 3J81 O; 4JI1 K; 4LF4 K; 3T1Y K; 1HNX K; 4JI4 K; 1XMO K; 4X62 K; 4LF7 K; 1XNR K; 4DR6 K; 4LF9 K; 4JI6 K; 4JYA K; 4JI5 K; 4NXN K; 1I94 K; 4LFC K; 3JAM O; 4X64 K; 3T1H K; 4B3T K; 1N33 K; 4LFB K; 2ZM6 K; 4YHH K; 2UUB K; 4YY3 K; 5FLX O; 4DR2 K; 3J80 O; 1HNZ K; 4DV7 K; 5IWA K; 4X66 K; 1XMQ K; 4DUY K; 4JI8 K; 3OTO K; 2F4V K; 4DUZ K; 4AQY K; 4NXM K; 4DV3 K; 2UXC K; 4DR5 K; 1HR0 K; 2HHH K; 4JV5 K; 1J5E K; 3J7Y P; 1IBL K; 3J7A P; 4LF5 K; 4DV1 K; 2UXD K; 4K0K K; 4JI0 K; 2UUA K; 4LF6 K; 4DV2 K; 4LF8 K; 2UXB K; 5AJ3 K; 2VQF K; 2VQE K; 4OX9 K; 4B3M K; 1IBK K; 4X65 K; 2UU9 K; 4DR1 K; 5LL6 Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZBU A; 3H08 A; 1TK8 A; 4RG8 A; 2IAJ A; 3OYA A; 4JI7 K; 4MQ3 A; 3HZ6 A; 1J53 A; 2A42 A; 2P9I B; 4CGD A; 1YIT N; 3ZYY X; 4JD2 A; 1U2V B; 4KI4 A; 3HPG A; 3AVM A; 2QXL A; 4M7X A; 4FZX C; 3NF6 A; 2QW9 A; 1E3M A; 3C7N B; 4LFA K; 3MN6 A; 1HYZ A; 1JLA A; 3WEE B; 3CFO A; 5J1E A; 2GWJ A; 4MFB A; 2P9U B; 4WFB L; 1NGJ A; 1QZ5 A; 1KVC A; 3CI5 A; 2NRR A; 1JLG A; 2P9P A; 4GV9 A; 2E8A A; 3CQ8 A; 1XMO K; 4B9S A; 1WOQ A; 2IVO A; 4C8K A; 4JYA K; 3DLL L; 4FM1 A; 3BGR A; 3VQ4 A; 1VQP N; 4XH5 A; 3VGK A; 4CCH A; 3KKS A; 1L3S A; 3BDP A; 1EXQ A; 2YNH A; 4IOX A; 1MU2 A; 2YNI A; 1L3U A; 2BUP A; 1TL3 A; 5FLX O; 4JAX A; 3A2F A; 5AQY A; 4DSL A; 2RN2 A; 4OKE A; 2VCP A; 1D5A A; 3AVN A; 1XMQ K; 3KD5 E; 4GY2 B; 4M42 A; 3LAK A; 5CZ2 A; 4IEE A; 4DUZ K; 1BIZ A; 1HKG A; 3MX2 A; 2UXC K; 4ILH A; 3KZB A; 2JWL A; 3UB5 A; 2P1J A; 4CJ5 A; 2XY5 A; 3ZSR A; 3SYZ A; 3IUC A; 1NOY A; 2HBM A; 3WXK A; 2YKM A; 4PL8 A; 1I39 A; 1NK6 A; 1RFQ A; 2ITM A; 5HRR A; 4B8C A; 4JI0 K; 2UUA K; 1SL0 A; 1KFS A; 2HNZ A; 3W3D A; 3QIP A; 4IOC L; 3O3G A; 5CY4 A; 2QK9 A; 3ENH A; 4BR4 A; 3AO4 A; 1UWB A; 2CGL A; 3G0Z A; 3ZET B; 4O0J A; 2OAN A; 5KRS A; 1HNI A; 2P9K B; 4QAG A; 3H3N O; 4CZI A; 3SI6 A; 3FZL A; 2P9S A; 4IG0 A; 2YJE A; 3TAP A; 5DM6 L; 3ZT4 A; 1RTJ A; 2Z1J A; 3CCQ N; 4B9V A; 3MN9 A; 2P9I A; 1U2V A; 1W9H A; 3VEX A; 1VK0 A; 3ZSX A; 4HTU A; 1ZBF A; 1ASW A; 3F5T A; 3OJU A; 3VF4 A; 4M3Z A; 4FJ8 A; 1BDG A; 3A5N C; 3C7N A; 4CEO A; 2KFN A; 3K5O A; 4NLC A; 3V6D A; 2A1R A; 2XRI A; 3LDS A; 3GE1 A; 3WEE A; 4IFE A; 1C0M A; 3WXI A; 2P9U A; 3IKM A; 3ISN C; 3RVC A; 1Q81 O; 2HVH A; 1X9S A; 3NH0 A; 4NYN A; 1GOB A; 3H6E A; 4FVU A; 3SCX A; 2E2P A; 4H5T A; 4E7H A; 4HTL A; 3VQ5 A; 4MDB A; 2FC0 A; 4AHV A; 2Z1G A; 3DLH A; 1BI4 B; 4F4K A; 5GIP A; 1G99 A; 4QCL A; 3S3O A; 1UA1 A; 4CJT A; 3TTD A; 3K58 A; 4X66 K; 3EEQ A; 4DUY K; 2G8V A; 2XY8 A; 1BOT O; 5JIC A; 3HRG A; 3NVM A; 5C2F A; 2V52 B; 3IRX A; 3LAN A; 4FJG A; 5DM7 L; 2IOC A; 4Q0B A; 5FRN A; 3PY8 A; 2P9L B; 3R1X A; 3CC7 N; 1C6V A; 3AVA A; 4DF8 A; 2EHG A; 1NK9 A; 5HRP A; 4BE2 A; 4CHZ A; 3ALY A; 3VQP A; 3QIN A; 3HK2 A; 2Y1I A; 4JKE A; 2QI2 A; 5C0Y A; 3VET A; 4FLX A; 3TPQ A; 2UXB K; 2JWK A; 2WUS A; 4I6M B; 2VQE K; 3LDQ A; 2F8T A; 1XQS C; 1WSE A; 5AQP A; 4HUE A; 2FBY A; 3NGZ A; 1KAY A; 3EKU A; 3OYB A; 1R59 O; 3ZET A; 4FJJ A; 3C6T A; 5CHI A; 3LDP A; 4OKK A; 5HOO A; 3NHG A; 4BRH A; 2Q0R A; 3CCR N; 3CPW M; 1X3M A; 3T69 A; 4IO8 A; 5SZT A; 1WSI A; 3CFR A; 4DV4 K; 1E4G T; 1NLV A; 2OTJ N; 3IMX A; 3ZT3 A; 4DWI A; 5AQV A; 3QEV A; 2BE2 A; 3VEY A; 4O8U A; 2BGG A; 4Y1D A; 4W5T A; 3LAM A; 4L8R B; 1DGK N; 4CER A; 4WCE L; 1J54 A; 3VQE A; 5T7B A; 2FXU A; 4BRF A; 1NJX A; 5GAG P; 1NK5 A; 2X6N A; 4GV3 A; 4LF7 K; 5C10 A; 4UQG A; 5C12 A; 3DRR A; 2KZZ A; 4E89 A; 4GVM A; 4X64 K; 1N33 K; 3OVN A; 3H46 O; 2ZM6 K; 4DU1 A; 4B9T A; 3FFI A; 4YHH K; 3FZF A; 5TKW A; 4CEB A; 1NJY A; 3J80 O; 1BI4 A; 1JCE A; 3HP6 A; 2DFE A; 5FPN A; 1DT9 A; 4PKH A; 1WN7 A; 3SQ2 A; 4N76 A; 3ASM A; 3CC2 N; 3ZEU B; 4CJE A; 4CHQ A; 1VQL N; 4M3X A; 3TAF A; 3VOV A; 4C1N I; 4NXM K; 1H1V A; 4AF1 A; 3L8B A; 4DR5 K; 2I5J A; 3G10 A; 2HHH K; 4ZHR A; 1SAZ A; 4XEI A; 5ADX A; 1WNS A; 3A5M C; 3R8E A; 2DY4 A; 2P9L A; 3V9Z A; 2F8S A; 4G1Q A; 4KRF A; 2JGU A; 1EKE A; 4DV1 K; 1BIS A; 3RSE B; 1QHA A; 3S41 A; 3CQX A; 4H4O A; 4LC9 B; 3SMS A; 2FF6 A; 2Q3S A; 4YOT A; 3SBG A; 1HYS A; 2PFU A; 5E26 A; 4HCB A; 3CCV N; 3HST B; 4FLZ A; 4DFM A; 1QQC A; 5DMR A; 4DTS A; 2YJF A; 4CF1 A; 1FKP A; 3SUQ A; 4I6M A; 4CFB A; 3F9K A; 3W0L A; 4WQ5 A; 4PKG A; 3MN5 A; 2O8E B; 5BR8 K; 3MAQ A; 4CIF A; 1MWK A; 2ITG A; 3WQT A; 3TAE A; 5LY3 A; 1EQY A; 1T44 A; 2O4G A; 5BPL A; 5BPM A; 2HOE A; 3U3G A; 3E9P A; 4KB1 A; 1EP4 A; 4F9O A; 3Q7B A; 4CW7 B; 1K9M O; 2A6A A; 1ZC6 A; 3RWU A; 4F2S A; 4WF9 L; 4QS7 A; 4IJA A; 4HUF A; 3QNN A; 4Z0U A; 1IH7 A; 4CGI A; 3MEC A; 1T7P A; 4PQU A; 4FL9 A; 1HNV A; 5AZJ B; 3WNE A; 4A62 A; 5AQR A; 1SV5 A; 4ELT A; 3AY9 A; 2GEM A; 4DHY A; 4LH4 A; 2Q1N A; 3AAP A; 3ZSZ A; 4OLA A; 2OPP A; 3DOK A; 1TGO A; 4DU3 A; 3EE9 A; 4BR7 A; 4DB3 A; 3V1O A; 1YJ9 N; 3M1F A; 5E84 A; 2A3Z A; 3M8S A; 4DTO A; 3I8D A; 4KHQ A; 1S1T A; 3C6H A; 4AHT A; 1MWM A; 4DR2 K; 4CZG A; 1XUP O; 4O8K A; 4A2B A; 4CF0 A; 3OW2 M; 3T3F A; 3RMC A; 3QDK A; 1QQN A; 4KTZ A; 3S3M A; 2E1Z A; 4NCB A; 5FPD A; 3ZSW A; 4K41 A; 1CXQ A; 2G8U A; 4B1U B; 4BG9 A; 1RBR A; 3VGL A; 3P38 A; 1VQ6 N; 1ZBI A; 1Z6R A; 2ETJ A; 3P1G A; 2NRT A; 4B9N A; 4LF6 K; 3RSE A; 4BRD A; 2IDO A; 1QVF M; 1RDW X; 4CFA A; 2VQF K; 4BE1 A; 4B3M K; 4H5R A; 2H3G X; 2FBT A; 3MEE A; 1S6Q A; 1XI1 A; 3TAR A; 3K0S A; 3EO3 A; 3A0I X; 4KHP K; 4FK4 A; 4DTU A; 3EL2 A; 3CME N; 4B9U A; 3CJA A; 4CF8 A; 2O8E A; 3O4W A; 1HKC A; 4A59 A; 4U7B A; 2QKK A; 1YVU A; 5CYM A; 3K5N A; 2VWJ A; 3HVT A; 3C0B A; 3GBT A; 1CZ9 A; 2Z1I A; 4DFJ A; 2YV0 X; 4FSV A; 4KO0 A; 2UUC K; 1YIJ N; 3HI0 A; 3KJV A; 4IJN A; 2EX3 A; 4JI1 K; 4BC4 A; 4YOY A; 3O3F A; 4BC2 A; 1JKH A; 1X9J A; 3T1Y K; 3DAW A; 1VQN N; 4JS5 A; 3PLA A; 5AZJ A; 4EHT A; 3SJJ A; 1VSM A; 4O55 A; 1X9M A; 3KVG A; 2Y1J A; 3T1H K; 4DS4 A; 2CGJ A; 3NF9 A; 2NRX A; 3OYM A; 3CCJ N; 3MCP A; 3KLE A; 1NKC A; 4H0P A; 2GV9 A; 3LAL A; 1C0U A; 2HHQ A; 1QSS A; 1VQ7 N; 1Z26 A; 3T1A A; 1IKX A; 3AV9 A; 3CJ1 A; 4CEC A; 3RMD A; 2P5O A; 4FK2 A; 3NVK A; 2F9W A; 3UIQ A; 2HHT A; 4KHU A; 1K6Y A; 1HJR A; 1RT1 A; 3UE5 A; 2VWK A; 3J7Z O; 3DRP A; 3I55 N; 1KD1 O; 4DSI A; 3NGY A; 3SV4 A; 5KRT A; 3J7Y P; 3KK7 A; 1Q8I A; 4M45 A; 1ZXO A; 4G9Z A; 1TL1 A; 4EHU A; 5HLF A; 1QSL A; 4RW7 A; 3QML A; 3HOS A; 3VF6 A; 3K5M A; 5HP1 A; 4B08 A; 3OYE A; 1FK9 A; 4XH1 A; 2QTD A; 3U3Y A; 3CIP A; 2NLX A; 4FPB A; 4CF2 A; 3TAM A; 3OYH A; 1RTH A; 1RT6 A; 3RR8 A; 2O8F B; 3BEX A; 3O4Q A; 3T19 A; 4NYF A; 1HQE A; 1DLO A; 5GIO A; 1KC8 O; 1IG8 A; 4Z94 A; 4R5P A; 1NGC A; 3HSC A; 4DFK A; 5AQM A; 3ZT0 A; 2VG6 A; 3ID8 A; 3RMA A; 1SKW A; 4B3R K; 2VGN A; 4O44 A; 3MX5 A; 4DLG A; 3O6W A; 1NJI O; 2ASP A; 4CHY A; 4E7L A; 5C2D A; 1WLJ A; 1Z25 A; 1N6Q A; 4B9M A; 1S1W A; 1WAJ A; 2P9S B; 1RCH A; 4CJU A; 2WFB A; 2IGI A; 3UKU A; 4AIL C; 4L3Q A; 3SZ2 A; 3CHW A; 2Q36 A; 3VTI A; 1VQK N; 4BGB A; 1NGA A; 3SQ1 A; 1TUY A; 1CLQ A; 3CET A; 2GTD A; 3KIO A; 2OZM A; 3C65 A; 3WNG A; 3AGK A; 3RR7 A; 5J2N A; 4BRP A; 1SKR A; 1JL1 A; 5AR0 A; 4PY5 A; 3ITH A; 2QWO A; 2UUB K; 4YY3 K; 4DTN A; 1NMN A; 1W0H A; 3HBT A; 1HNZ K; 4CJW A; 3SAF A; 3THV A; 4B3O A; 4ICL A; 5EOY A; 4IFV A; 4CGF A; 4FWO A; 3A5O C; 2NZT A; 1O1W A; 4HWI A; 3KLH A; 1JJ2 M; 5BRH A; 1HQU A; 3CJC A; 1VSF A; 4AHS A; 4K42 A; 3V9U A; 1XC9 A; 2PAV A; 4CGH A; 4JKD A; 4AQY K; 3D7E O; 1VSH A; 3KLI A; 4FK0 A; 1NMD A; 3O3H A; 2NUB A; 4OGE A; 2KFZ A; 5FRO A; 4JKF A; 3FR0 A; 2OZS A; 2YI1 A; 2J4R A; 3DMJ A; 1J9A A; 3CCM N; 4FJX A; 4M3Y A; 3OYN A; 4N56 A; 4TSX A; 1U47 A; 1VQ8 N; 4EP4 A; 3SBT A; 1TKT A; 4CEE A; 3O4N A; 2HMP A; 3OYI A; 3AAR A; 1DEJ A; 3GG4 A; 4O4G A; 1NK4 A; 3LWL A; 3EZW A; 5KQ8 A; 2WTU A; 3DWL A; 4ISG A; 4MO4 A; 1K8A O; 2FBX A; 3H3O B; 3HJF A; 2O8F A; 3DLB A; 2HHV A; 1LCU A; 5ELZ A; 4DR3 K; 4CD1 A; 4DS5 A; 3MWT A; 4BR2 A; 3BF3 A; 4FJ9 A; 4U67 L; 3QB0 A; 2P51 A; 3V4I A; 3HXM A; 3D45 A; 4Z4C A; 4FJI A; 3AVG A; 3LP1 A; 1J6Z A; 1ILY A; 4KKO A; 3IG1 A; 3KLF A; 3L2Q A; 3UKR B; 1NGH A; 2PYJ A; 3ULD A; 3OJS A; 1S1U A; 2XY6 A; 5AQQ A; 1RDC A; 4CBX A; 4KTW A; 3CM5 A; 2FSN A; 3QNO A; 3OS1 A; 1DKG D; 1U04 A; 1W2B M; 2NRW A; 4BRL A; 4AH9 A; 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1VAZ A; 2I7P A; 5KQD A; 3RTV A; 3ULE B; 2FF3 B; 2ZJQ L; 2V7Y A; 1BL3 A; 3UKR A; 1QE1 A; 4V19 S; 3CCL N; 4JI2 K; 3AO1 A; 4C1N K; 1QZ6 A; 3NH2 A; 1RIL A; 3MEG A; 4IDH A; 3HPO A; 4CEQ A; 2ZGY A; 5KPZ A; 3SQ4 A; 1VSI A; 3AVK A; 2VG7 A; 3KHY A; 5C15 A; 1UA0 A; 2FLO A; 3H1V X; 5F2R A; 5BPN A; 4KPY A; 4B1X B; 3AA2 A; 3A5L C; 3FZK A; 1YXQ A; 4ILJ A; 3O8M A; 3M5R A; 1YAG A; 3ZSQ A; 3THX B; 4RW9 A; 4OPA A; 1L3T A; 4FVM A; 3O9Q A; 4LFB K; 3CXC M; 5M1F A; 1S9G A; 1JLQ A; 3EN9 A; 3PSF A; 1ATN A; 4XIU A; 3AVF A; 1W7A A; 3AA5 X; 4Z4G A; 5AQH A; 4DV7 K; 4A61 A; 4OLB A; 1BHL A; 2YHB A; 5BR9 A; 4PWD A; 3CD6 N; 4DTM A; 1KAX A; 3SUN A; 5I42 A; 2G8I A; 5KTQ A; 4N47 A; 5M1K A; 4DV3 K; 4BC3 A; 1VQ4 N; 3ENB A; 2HHS A; 3DLR A; 3IDH A; 3ZX2 A; 1LV5 A; 5CR4 A; 2E6L A; 2E2O A; 3NFA A; 5J2Q A; 5EX5 A; 3ZSO A; 3E66 A; 1UAX A; 1JXE A; 2WOM A; 1VQO N; 3ID6 A; 3MXI A; 3BY5 A; 3K59 A; 3IAY A; 3O9S A; 1BA1 A; 3U6F A; 4FWP A; 4DFP A; 4QOZ B; 5JVH L; 4H0V B; 3MWP A; 4A5A A; 2E2Q A; 3DXK A; 4DR1 K; 1KLM A; 4BVP A; 4DQR A; 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