5JLFA

Structure of the f-actin-tropomyosin complex (reprocessed)
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
367
structure length
366
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Contractile protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Cryo-EM structure of a human cytoplasmic actomyosin complex at near-atomic resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 94
structure length 366
sequence length 367
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 5jlfA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jlfA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jlfA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5jlfA04
2PBDA 2E1ZA 2ASMA 2V52B 1EQYA 4BRMA 3DWLA 3VF2A 3LDPA 4B1WB 1BA0A 1NGJA 2Q0RA 1P8ZA 2Q2RA 1IJJA 2A3ZA 1SAZA 5AQTA 3GDQA 2GUPA 3FGUA 5E84A 4MLEA 3UKUB 2A6AA 3BP8A 3H3OB 3QFPA 1BU6O 2YI1A 3VOVA 3WEEA 2W41A 1ATNA 4O8KA 3ID8A 5F0XA 3KHYA 1GLDG 3QBXA 2NZTA 3M6GA 1D4XA 3GOIA 3LDOA 3ZX3A 3U9ZA 2FLOA 4ISFA 1BUPA 1U6ZA 3UKRB 5AQYA 4JD2A 4XH1A 1V4TA 4CZLA 3CJCA 1U2VA 1ATSA 3A5MC 4ISGA 4FSVA 1RDWX 4EAHD 3TU5A 5EXWA 3DXKB 1TYQA 1ESVA 4EIAA 3U4LA 3R8EA 3FZKA 5AQJA 1R59O 2E2QA 4JN4A 2Q36A 4EHUA 1GLEG 4B9QA 3ATVA 5AFUH 2FXUA 1HJOA 1KAZA 4IJAA 3WXKA 2ITMA 5AZIB 1MWKA 3U9DA 2OANA 3DJCA 4BR4A 1NMDA 1SQKA 2A40A 4J8FA 4WQ5C 3WXLA 2GEMA 4BR5A 2P9NB 4BQZA 3LDNA 5EY4A 2QWLA 3QMLA 3WT0A 3EKUA 2P9KB 3CJ9A 2VCPA 1OKJA 2YCHA 1YVNA 3BF1A 5JMVA 2HMPA 3DXMB 3CHWA 4K43A 1Y64A 1CZAN 3EKSA 4RCHA 2QWMA 2P9SA 1HKGA 4JHDB 3VENA 3KZBA 1QZ5A 1K8KA 2P9IA 4BR7A 1BA1A 3L6QA 4FWSA 4CZIA 1DEJA 3H1VX 4BG8A 5KPRA 2UYTA 3IMXA 3VGLA 2CH5A 5BN9A 3A8YA 4BGBA 3C7NA 2Q97A 5F1XA 4I6MB 2IIRA 1U2VB 2GWKA 3ATUA 3CJ1A 3LL3A 5AZJB 5BN8A 3D2FB 2QWPA 4B1YB 5ELZA 3FZHA 4ISEA 3O1WA 4H0OA 4RWTA 3SMSA 5BRHA 1QQMA 1TUUA 2Q31A 5FPMA 5BPNA 3WXJA 4BRDA 3O5BA 1MA9B 1BG3A 3LDLA 1T6CA 1HKBA 1T6DA 1YAGA 2H3GX 2J4RA 3D2EA 4BC2A 3O4WA 5FPDA 3ZX2A 1E4GT 1NGCA 4YDUA 3FZLA 3A5LC 1HX1A 3ENHA 4BRLA 5JLFA 3GG4A 1MDUB 2NLXA 4WQ4C 1X9JA 1HUXA 2CGKA 4C23A 3P4IA 4A2BA 2WUSA 4CZJA 1S22A 1WOQA 5AQNA 3RSEB 1Z6RA 5KQ8A 3H45C 4EFHA 5JLHA 3FZMA 3VEXA 4BRIA 2HOEA 3R9PA 2F9TA 3CJAA 4FOIA 3W0LA 2P9IB 4QS7A 1Z05A 3ZX0A 4H5TA 3CQYA 4BROA 2Q1NA 4H0VB 1NLVA 2F9WA 3GE1A 2YHWA 3C7NB 3O8MA 3WXIA 4E1JA 5EX5A 1NWKA 3C0BA 5AQXA 2GELA 4BR0A 4A62A 4A2AA 3GBTA 1QQOA 2CGJA 3MK6A 3HM8A 4FO0A 3BUZB 2IVOA 2ZF5O 1NGIA 3CERA 4BR2A 3VERA 4B1ZA 3WQUA 3ZETA 2IVNA 2P9PA 4FPAA 1G99A 3AAPA 2A5XA 3O08A 4K25A 1GLAG 3O1BA 3LM2A 5JICA 1NGBA 3H1QA 4BRCA 5FPNA 3UB5A 2D0PA 3ULEB 1GLFO 4FWPA 4Z94A 3MCPA 4BQLA 3BF3A 4QS9A 2QM1A 1Q18A 5AQHA 4BRHA 4H0TB 2P9LA 5ADXA 4CD1A 3ENOA 3HBTA 3M3ZA 4BREA 1JCFA 1BWFO 3L0QA 3DAWA 3ZEUA 2ZGZA 1C0FA 1J6ZA 1NGEA 2QWOA 4A61A 4B1UB 4H03B 2E20A 1C0GA 4AM6A 3FZFA 3A0IX 1IG8A 5AQUA 3WEEB 3A5NC 2QWNA 3HI0A 3WQTA 3U8XA 5AQWA 5LJVA 2Q0UA 2FSJA 5E26A 1YUWA 4CBXA 4XH5A 4JD2B 4FWNA 1E4FT 4CBUA 2PAVA 1GLBG 2YJFA 1SZ2A 3FLCO 1KAXA 4CZKA 3CI5A 3FFKB 1TYQB 3EO3A 4KBOA 3B8AX 2A41A 4AM7A 3ZETB 3UKUA 2E2PA 4H0YB 2D1KA 3VEYA 2NRHA 1WUAA 3I33A 4JNEA 5BRFA 2QWRA 4CJ7A 3D7EO 4O5FA 5CE3A 4GY2B 5KQDA 1S3XA 3UKRA 2FSKA 4CBWA 3W3DA 3L4IA 1BDGA 4JAXA 4PL7A 4MLHA 2QWQA 2HF3A 3QFUA 3MDQA 2V7ZA 4GNIA 1NM1A 3FR0A 4YDUC 4CZFA 4RTFD 1NGHA 3R6MA 2ASOA 2GWJA 2QXLA 3HSCA 3G25A 2DPNA 5ADXH 3SK3A 4CZHA 4BVPA 3QICA 3VEZA 3KVGA 1YXQA 1HKCA 1ATRA 2GTDA 1KAYA 3S41A 5AR0A 1JCGA 2FF6A 2P9SB 3I8BA 4K41A 4DQ8A 1XC3A 2YHXA 1K8KB 2FF3B 3MN6A 4DB3A 5AQGA 3EN9A 2P9NA 5LJWA 3CJ7A 3H46O 3VEOA 5B8HA 3CJBA 3AY9A 3VETA 3O6WA 2P9KA 4L3QA 5AQIA 4CZMA 1HLUA 2BUPA 4HTLA 4XH4A 3DXMA 4XEIA 4PKHA 4BRQA 4CI6A 4M7YA 1BOTO 3J8AA 1NGDA 1ZBSA 1ZXOA 2YHYA 3VF4A 4JHDA 4F9OA 5AQLA 3F9MA 4FWMA 4FWQA 3CETA 1X3NA 3O80A 4PL8A 1DKGD 2CGLA 2A42A 5AQSA 3CQXA 4BC4A 4B1VA 1KXPA 4BGAA 5KPTA 1LOTB 3EZWA 1HPMA 3D2EB 4PKIA 4DHYA 3BEXA 4CZEA 3WUHA 4BRAA 2YJEA 5AQFA 4I6MA 5AZJA 2AA4A 2HF4A 4IXCA 3D2FA 1TUYA 1BO5O 1QHAA 4B1XB 4H0PA 3HZ6A 4M63C 2V51B 3JS6A 2P9UA 2CH6A 4FWRA 5BREA 3SJHA 4HWIA 1GLLO 2D4WA 2E88A 3CIPA 3H3NO 3OHRA 3QB0A 5TKYA 2E2NA 1RGIA 3VGMA 3VESA 3VEWA 3IFRA 1ZC6A 4IZ9A 5LY3A 4WQ5A 3VEVA 4IWVA 2E8AA 4Y0WA 2I7NA 4BRFA 4FWLA 3H6EA 1NGAA 2I7PA 2VYPA 2ZGYA 1XUPO 3EL2A 4FWOA 4H5VA 4K42A 3TPQA 4BRKA 2QW9A 1DGKN 3VF6A 4IJNA 2D0OA 4H5WA 5EVZA 1LCUA 3MN9A 4H5RA 4IO8A 3RSEA 4EHTA 3UE5A 3SMPA 5AQQA 1NGGA 2E1YA 2W40A 1GLJO 2KHOA 1JCEA 5FPEA 1H1VA 5BPLA 4CD3A 4PKGA 3VGKA 1QQNA 1XQSC 5AQMA 5BRDA 4FL9A 4H5NA 1GLCG 1NGFA 4LC9B 3IDHA 5AQOA 1MWMA 3HTVA 3VPZA 2P9PB 4BRNA 3QBWA 2EWSA 3SLCA 4NB4A 4CZGA 5AQRA 4BVOA 4BRGA 1V4SA 4NO7A 4DCHA 2BTFA 3AAQA 4BC5A 3MMVA 3GL1A 4BR9A 2ASPA 5AQVA 1NBWA 5AQZA 3FE1A 4WYBA 4MO4A 4QS8A 5KPZA 4FWKA 1X3MA 2P9UB 2E2OA 3DXKA 5BPMA 2V7YA 2ZWHA 4BRPA 2VWBA 4FPBA 5BR9A 2AP1A 3AARA 4BC3A 3JXUA 2P9LB 4H0XB 5EOYA 4WQ4A 3MN5A 4FOEA 4M7XA 5AFUA 2IVPA 3M1FA 5AQPA 5I9EB 3ZEUB 4MO5A 5AZIA 3QDKA 1RFQA 3ULEA 3IUCA 3LM9A 5AQKA 5F2RA 2FSNA 3A5OC 1T44A 4BG9A 3LDQA 1QZ6A 3MN7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Y97A 4DR6K 2V52B 2OCEA 3DWLA 3VF2A 4NXMK 3BY5A 3OYIA 1BA0A 3BGRA 2Q0RA 1P8ZA 1NK7A 1WBBA 2A3ZA 3QNOA 2F96A 4FLZA 1N36K 1ASVA 3OYNA 4KTQA 3OVNA 4MLEA 3UKUB 3CYGA 3QFPA 2IS3A 1BU6O 3KD1E 1RBSA 3EE9A 2W41A 3CYMA 4ILGB 1VQMN 3KIOA 1GLDG 3LDOA 4ISFA 5AQYA 4CZLA 2HHSA 1N32K 4JKAA 4WE1A 4FSVA 4W5OA 3TU5A 2QKKA 1DLOA 1RT2A 4JRQA 3TAQA 4CK1A 1TYQA 2OZSA 5C15A 1P90A 4KPYA 4FLTA 1VSHA 4AF1A 3OYBA 3U4LA 2E6MA 3E9OA 2Q36A 2B4JA 1HYSA 3SV4A 3T69A 1KAZA 1XHXA 4I9LA 3WXKA 2ITMA 4CHPA 3I0RA 3HK2A 4BDZA 3F5TA 4KHQA 2O8EB 1KFDA 4J8FA 4BQZA 1KRPA 4DTNA 4CJPA 1NKCA 4PWDA 1YI2N 3C6TA 4B08A 4ZTFA 2P9KB 4CEDA 2VCPA 4Z4IA 4DS4A 3AVLA 4E7HA 4CJFA 3MXMA 4EP4A 1EO1A 2VWJA 1SL0A 3TARA 1QVGM 2QWMA 3KD5E 4C8MA 3TAEA 1RTIA 2D0AA 1QZ5A 1K8KA 2P9IA 5DK5A 4CZIA 4FWSA 2FBVA 2R7YA 4BE2A 2KTQA 4DV7K 4AHVA 2CH5A 3A8YA 2VQFK 4K8XA 3K0SA 3C7NA 2Q97A 3V6DA 3RRGA 1NK6A 3CJ1A 3ATUA 3LL3A 4IFYA 2Z1JA 3SNNA 1KD1O 2ZJRL 4ISEA 4YORA 2OTLN 4N41A 4CEOA 1QQMA 1TUUA 2Q31A 4GVEA 3K5MA 4DV0K 1BG3A 1HKBA 4GV9A 4A57A 5GIPA 2HNDA 5I3UA 4CJ5A 4BC2A 1HNXK 3K59A 4DG1A 4OPAA 3AA3A 3ZX2A 4CEZA 4YOYA 1VSIA 2W6KA 4FJ5A 3FZLA 3DYAA 1VQPN 4A5AA 2HHWA 1HX1A 2F7TA 4BRLA 4AH9A 3TI0A 3DLHA 4Y1DA 3E66A 1HUXA 2X6NA 4WFBL 2G8IA 2HHHK 4QAGA 3SAHA 4G1QA 4EFHA 5JLHA 4DUZK 1IG9A 3SZ2A 4JKGA 5GAEP 4DV4K 4FOIA 2P9IB 1S1TA 1KLMA 4H5TA 1HJRA 3CQYA 3CC4N 4DR5K 4H0VB 1NOZA 4OPHA 4F3OA 3O9QA 3PIOL 3C7NB 1NNEA 1HQUA 2QKBA 3DOLA 3AO5A 4DWIA 4KB1A 3C0BA 4F2RA 1W2BM 1ZBHA 4I2QA 4CHZA 3BUZB 2IVOA 1MU2A 4JRPA 4DQRA 3VERA 2IVNA 2Z1HA 4B8CA 4FJMA 2P9PA 3MX5A 4FPAA 3OTOK 4IDKA 4KHWA 3PO4A 4YHHK 1HYZA 3O1BA 4E0DA 3MECA 1BIZA 5JICA 4YNQA 3EYZA 5FPNA 4XJXA 1GLFO 3SQ0A 4RW4A 4FWPA 3NGZA 3ID6A 3MCPA 4NLCA 5FROA 1A5VA 4QS9A 2QM1A 4M3WA 5T7BA 1IKVA 1Q18A 4FW1A 4AQYK 1BI4A 1KLNA 4IFEA 2P9LA 1JJ2M 1WLJA 2YNFA 2ZJPL 3CCRN 4YOXA 3NHGA 2X74A 3DAWA 5K14A 4CIGA 3SJJA 4DSJA 3OYDA 4QCLA 2W00A 1NGEA 1TVRA 1RCHA 3ZT3A 2PYJA 1ZBUA 3HOTA 2QWNA 3CMEN 4R5PA 1X9MA 4B9MA 4JD2B 4CJRA 4FWNA 4CBUA 4DTJA 4JS5A 2YJFA 1T03A 3C65A 4KBOA 2NRTA 4M41A 2BH1A 3Q7BA 3THXA 1M90O 1NJXA 4CEQA 2QWRA 2X78A 1T8EA 4OO1J 4B9NA 5CE3A 5KQDA 4ICLA 1VK0A 4LFCK 1BDGA 4JAXA 4JKDA 4PL7A 2E4LA 4MLHA 4OJRA 3WXMB 3QFUA 1IO2A 1JLBA 1YJNN 4AILC 1NOYA 3MDQA 5JS1A 4KHUA 1NGHA 5CHIA 2XY8A 2XRIA 4I2PA 4J2AA 3G25A 3QETA 2DPNA 2VG6A 2NRZA 1WAFA 3LWMA 3RMAA 4CFBA 3QICA 4C8LA 3KVGA 1A5WA 1YXQA 2GTDA 4FK0A 3S41A 1KSPA 2XO7A 4JK9A 2Z1IA 1RT7A 3VQPA 3CJ7A 4A59A 1NKBA 1TAUA 3HRGA 3NH0A 4L3QA 4JI8K 1BQNA 3DXMA 4KKOA 1ZBSA 2O8DB 4JHDA 1HYVA 4CF2A 1EWRA 3O80A 1O1WA 1DKGD 2YNGA 1LAWA 1LOTB 3N4QA 3RR8A 3M5RA 4ILJA 3WUHA 2G8HA 3CCLN 2GV9A 1XI1A 3U3GA 2HF4A 4IXCA 3SQ2A 4DTSA 1QHAA 5GAGP 4CFAA 1EP4A 4FWRA 3NF9A 3PX6A 4J2EA 4O4GA 3SJHA 3J80O 1GLLO 2E88A 3IG1A 1WNSA 4JK8A 5TKYA 1RGIA 2BE2A 2D0CA 3VGMA 4FJNA 3H08A 4FJ7A 4IWVA 5HRPA 1X1PA 3O3HA 3PX4A 4FLYA 1NU0A 5KGXA 4E1NA 1ASUA 4BY9C 1N6QA 4H5VA 4K42A 2KZZA 4BRKA 1UA1A 4DTUA 2D0OA 4H5WA 1XMQK 3RSEA 3LP2A 3V4IA 3L2QA 4EHTA 1SL2A 1RBRA 4Y1CA 1RTHA 3AO4A 1TK0A 4B3SK 4M3XA 5FPEA 4DF8A 3QO9A 3MX2A 5BPLA 1NK8A 4CD3A 3TTFA 4PKGA 3V9XA 1XQSC 4FL9A 4CJWA 1WSIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1IKW A;  3FFK B;  3EO3 A;  2VWK A;  3L2W A;  4AM7 A;  3SPZ A;  1BHL A;  4E72 A;  1WUA A;  5BRF A;  1B92 A;  4RW7 A;  4FZX C;  4KHN A;  4CJ7 A;  4CJV A;  3L8B A;  1VQ5 N;  4IOC L;  4KRF A;  3E9L A;  3UKR A;  2FSK A;  4CBW A;  2OZM A;  1KVB A;  3PUF A;  4GNI A;  3ZSY A;  1OH5 A;  1NM1 A;  3DI6 A;  4YDU C;  4CZF A;  4JKF A;  2GWJ A;  4B9L A;  5KRT A;  5ADX H;  3SK3 A;  3QEX A;  1ATR A;  1ILY A;  1KAY A;  1QS4 A;  1JCG A;  1YIJ N;  2P9S B;  5LL6 Z;  3OY9 A;  3I8B A;  4K41 A;  4CF0 A;  2FF3 B;  3MN6 A;  4DFM A;  3BZC A;  2P9N A;  4O0J A;  2YKN A;  1D9F A;  3IKM A;  2KLA A;  4CFD A;  4G9Z A;  4DSL A;  4CW7 B;  3KTQ A;  5AQI A;  4DUY K;  4CZM A;  2F8T A;  1HLU A;  2ZD1 A;  2QK9 A;  4C8N A;  2NNW A;  4HTL A;  4M7Y A;  2HST A;  4H4M A;  1ZXO A;  4QOZ B;  4JI6 K;  5AQL A;  3F9M A;  3I8D A;  2A42 A;  5AQS A;  3NF7 A;  2D0B A;  3P5J A;  4BGA A;  4E7K A;  3D2E B;  1X9W A;  1NK0 A;  4PKI A;  4N5S A;  2P5O A;  3BEX A;  4CZE A;  1HNI A;  5AQF A;  1OH7 A;  2AA4 A;  1ITG A;  5C12 A;  3D2F A;  3OYJ A;  3TTD A;  2GX9 A;  3R1X A;  3SCX A;  4H0P A;  4N76 A;  3JS6 A;  2CH6 A;  4JKE A;  4DU3 A;  5BRE A;  4HWI A;  1S6Q A;  2D4W A;  3H3N O;  2HHI A;  3THY B;  1S5J A;  2XY7 A;  1ZC6 A;  4WQ5 A;  1FKP A;  4E19 A;  2IDO A;  5M1K A;  4KAZ A;  4WCE L;  4DR3 K;  3RWU A;  2QW9 A;  1DGK N;  5JS2 A;  2O8F A;  5EVZ A;  3MN9 A;  4H5R A;  4IO8 A;  3CC7 N;  1EKE A;  3AA2 A;  3HST B;  1FW6 A;  4JI2 K;  1JLE A;  1JCE A;  3E01 A;  4LFB K;  4E3S A;  3S3M A;  2XY6 A;  4DFP A;  2HBJ A;  3ISN C;  3HVT A;  3ULD A;  4ELV A;  5AQO A;  4BRN A;  3QBW A;  4NB4 A;  5AQR A;  1FKO A;  2HBK A;  4BRG A;  4FM1 A;  3ZSR A;  2BTF A;  3MMV A;  3GL1 A;  3VQD A;  2ASP A;  5AQV A;  4BEC A;  1JL1 A;  5AQZ A;  3FE1 A;  1XWL A;  3F73 A;  1TKD A;  1VSL A;  2ZWH A;  4O0I A;  5FRM A;  3SBT A;  4LF7 K;  3MWT A;  2UXC K;  1FK9 A;  4DLE A;  3JXU A;  4DR7 K;  4GKJ K;  1YF5 L;  5GIO A;  3K5O A;  1YHQ N;  3M1F A;  5AQP A;  4FJX A;  5I9E B;  3U6F A;  4EZ9 A;  3QDK A;  4DSK A;  2O8E A;  4LSL A;  1CZ9 A;  2FBY A;  3A5O C; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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