5JLHA

Cryo-em structure of a human cytoplasmic actomyosin complex at near-atomic resolution
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
374
structure length
374
Chain Sequence
EEEIAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein
molecule keywords Actin, cytoplasmic 2
publication title Cryo-EM structure of a human cytoplasmic actomyosin complex at near-atomic resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 374
sequence length 374
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jlhA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jlhA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5jlhA03
2A40A 3SLCA 1QZ5A 3CJBA 5AQRA 5AQFA 2P9PA 1BU6O 4H0OA 4CBXA 5AFUH 2UYTA 3FZFA 4CBWA 1SAZA 4RWTA 4B1VA 4E1JA 3EZWA 4K43A 3VENA 2NZTA 2ASPA 3WQUA 2E8AA 3VEZA 1QQOA 3R8EA 1NGDA 4CZLA 2QWQA 4CJ7A 4CZKA 3MDQA 3AAQA 3FGUA 4XH5A 1RFQA 2P9KA 1HKGA 1KXPA 3DXKA 5BPMA 5BRFA 4DB3A 4FWPA 2V7YA 1GLCG 3VEXA 4BVPA 2AP1A 3HM8A 2ITMA 1LOTB 4CZIA 4AM6A 5E84A 4BRHA 1U6ZA 3O4WA 3R6MA 3BP8A 4Y0WA 3AAPA 3VF6A 4H5WA 2Q1NA 5JLHA 5BR9A 3AY9A 1HUXA 4FWMA 2QWRA 4EHUA 3UKRB 1R59O 5FPMA 1TYQB 4BC4A 3QMLA 2WUSA 3LDPA 5AR0A 4I6MB 1OKJA 1S22A 3VEVA 4L3QA 1BOTO 1NLVA 3G25A 1IG8A 3A5NC 3VGLA 1NGJA 5BRHA 4CZFA 4BRKA 1YUWA 1GLLO 1QQNA 4CZMA 3BUZB 1RGIA 5ELZA 1TUUA 5EY4A 3MCPA 5AQHA 2E2OA 3C0BA 1DEJA 4RTFD 5AQSA 4XEIA 4JD2B 2BUPA 3LDOA 1SQKA 1BA0A 2HOEA 2D4WA 5ADXH 3D2EA 4BRFA 2HF4A 3IFRA 1X3MA 1EQYA 4BR4A 4B1ZA 4CZGA 5F1XA 4BRCA 4ISGA 5BPLA 5LJWA 4F9OA 1U2VB 5AQMA 2F9WA 1HLUA 2E2PA 3HBTA 5JICA 3DXMB 1KAYA 4FO0A 4LC9B 1JCFA 3ATVA 5AQIA 3MMVA 4CBUA 1QQMA 2VYPA 3KVGA 2CGLA 2H3GX 3KHYA 2IIRA 4PL8A 1NM1A 1WUAA 2YJFA 2QXLA 4PKHA 2GEMA 3ZEUB 4WQ5C 4BRLA 3UE5A 1NGBA 4JD2A 3A0IX 3QICA 3VEOA 1JCGA 3BF1A 4ISFA 1NGIA 2ZF5O 4H0VB 3W0LA 3DJCA 5AQYA 5LJVA 3C7NB 4M7XA 3EKUA 1BUPA 5AQPA 4FWSA 4JHDB 3R9PA 4C23A 3DAWA 1U2VA 3FFKB 4EHTA 1LCUA 2Q2RA 4DCHA 2CH6A 4M63C 1H1VA 3DXMA 3HI0A 3ZETA 3O1WA 4BVOA 1RDWX 2CGKA 5I9EB 1G99A 3J8AA 4O5FA 2GELA 2F9TA 3CJ7A 2GUPA 3S41A 3ENOA 3O80A 4ISEA 2W41A 4FWQA 4NB4A 4RCHA 3ULEB 4BRMA 1C0FA 4BG9A 1JCEA 3CJ9A 3EKSA 2QWPA 3SMSA 2Q0UA 5EOYA 5AQWA 1E4FT 4M7YA 3IDHA 3H1VX 4BR7A 5JLFA 5B8HA 1X9JA 4BQLA 4BRDA 5KPTA 4MLEA 5AQOA 2E1YA 1T6CA 2NLXA 3C7NA 3AARA 4KBOA 5AQVA 2DPNA 4JN4A 3SK3A 3MK6A 1XUPO 1GLDG 3MN9A 3CHWA 4BC2A 4QS8A 1HKCA 2A42A 3JS6A 3RSEB 3UKUB 1T44A 3I8BA 4MO4A 3ZX3A 4WQ5A 4XH1A 4A61A 1XQSC 4BC3A 3H3NO 3B8AX 3VF2A 3A5OC 3ATUA 1CZAN 2FF3B 5BRDA 5BN9A 2YHWA 3CQXA 3CJ1A 5BPNA 5CE3A 3VGKA 2QWOA 5EXWA 3QB0A 3ZX0A 1ZXOA 2ZGZA 5EVZA 2FSKA 1IJJA 4BRIA 4MLHA 3GBTA 3IUCA 4XH4A 3FLCO 5AQXA 3IMXA 1YXQA 3O1BA 4A2BA 4DQ8A 2P9IB 3VOVA 2V7ZA 5FPEA 1J6ZA 2GWJA 3U4LA 1SZ2A 1Z05A 2PBDA 4IJAA 4IZ9A 1GLJO 3EO3A 3H45C 1GLEG 1T6DA 4JAXA 3FE1A 3I33A 4CZHA 1ATSA 2EWSA 3QFPA 4FWLA 4AM7A 3M6GA 3CJAA 3ENHA 3D2FB 3OHRA 3L0QA 2P9UB 3UKRA 4BR2A 2I7NA 1TYQA 2QWMA 4K42A 4BQZA 5KQDA 3CERA 4I6MA 1MDUB 1YVNA 2E20A 3WEEB 4FWOA 3CI5A 2YCHA 4BRQA 4EFHA 5KPRA 1C0GA 1DKGD 1K8KB 1P8ZA 3FR0A 4CZEA 4CI6A 5E26A 4H5VA 3P4IA 3UB5A 3HTVA 3VF4A 4BGBA 1QHAA 3KZBA 3H6EA 4IO8A 3VERA 3U9DA 4H5NA 2D0PA 2Q36A 2P9NB 5AZIB 1NGFA 3CIPA 4FWRA 2P9LB 1NGHA 5F0XA 3BF3A 2IVPA 2E1ZA 1V4TA 1Y64A 1HPMA 1HX1A 2D0OA 2KHOA 2J4RA 5AQUA 3LDNA 3D2FA 4H0YB 4DHYA 4QS7A 2QM1A 5AQJA 3QBWA 5AQKA 1NGAA 2P9PB 4EIAA 2PAVA 2IVOA 3LM9A 1XC3A 2ZWHA 1NMDA 3WEEA 4FOEA 5F2RA 2A6AA 1K8KA 3HSCA 3QFUA 3GG4A 1Z6RA 4B1UB 2P9KB 3F9MA 4NO7A 3H1QA 3FZMA 3GL1A 2VCPA 3DXKB 5KQ8A 5AZIA 4IWVA 3ZEUA 3GOIA 2P9LA 4J8FA 4YDUC 3U8XA 3QBXA 3A8YA 2P9SB 4BRPA 2FSJA 1X3NA 2FLOA 5AQQA 3WQTA 2Q97A 2V51B 2ASOA 5AQZA 3H3OB 1NWKA 5AQLA 3L6QA 3TU5A 4JHDA 1E4GT 2FXUA 4BRNA 3FZLA 2FF6A 5FPNA 2V52B 3WXJA 3L4IA 5FPDA 4MO5A 2E2QA 1Q18A 3O6WA 3A5MC 3HZ6A 3LM2A 3WXLA 4B1WB 2OANA 2CGJA 4PKGA 2FSNA 3VEWA 2E2NA 3ULEA 3MN7A 2QW9A 3CQYA 1GLFO 4BC5A 3H46O 3WXKA 3U9ZA 2YJEA 4QS9A 1ZC6A 4BG8A 2P9SA 1MA9B 4PKIA 2AA4A 3EN9A 3FZKA 3WXIA 1ATNA 2D1KA 4FWKA 4H03B 3D2EB 4Z94A 4FPBA 3W3DA 3CJCA 1YAGA 1V4SA 1DGKN 2A41A 3GE1A 5AFUA 3O08A 4FOIA 2YI1A 3RSEA 4BGAA 3WUHA 1MWKA 3UKUA 4BRGA 1ESVA 3QDKA 4YDUA 2GTDA 2YHYA 4H5TA 4FL9A 4O8KA 3O5BA 3M3ZA 3VETA 2A3ZA 5KPZA 3O8MA 5JMVA 3FZHA 4B9QA 3BEXA 1NGGA 5LY3A 3EL2A 4EAHD 4WQ4C 4GNIA 4WYBA 2GWKA 1MWMA 2I7PA 3JXUA 3MN6A 4BRAA 2QWLA 1QZ6A 2Q31A 1NBWA 3ZX2A 5AQNA 2YHXA 1HJOA 1HKBA 4FWNA 4HTLA 2A5XA 3VESA 3TPQA 2P9IA 5AQTA 5EX5A 2Q0RA 4H0TB 4K41A 3SMPA 2W40A 4CZJA 4BREA 2NRHA 2ASMA 1ZBSA 2ZGYA 5AZJB 3ZETB 5TKYA 3A5LC 4H5RA 1BWFO 1BDGA 2CH5A 3ID8A 4K25A 3VGMA 4BROA 4A2AA 4BR9A 3DWLA 2P9UA 3LDQA 4CD1A 1NGEA 4JNEA 2HMPA 5BN8A 1WOQA 2VWBA 4H0XB 3GDQA 5BREA 2BTFA 1GLAG 3VEYA 3LDLA 3D7EO 1BA1A 2E88A 4BR5A 4PL7A 2HF3A 2IVNA 1BG3A 1S3XA 1GLBG 4FSVA 4A62A 1ATRA 1NGCA 3WT0A 4H0PA 3VPZA 5ADXA 1KAXA 2P9NA 1D4XA 3M1FA 4B1XB 4FPAA 3LL3A 3SJHA 4IJNA 4BR0A 4WQ4A 4CD3A 1BO5O 5AZJA 3CETA 4HWIA 4B1YB 1KAZA 4IXCA 4GY2B 5AQGA 1TUYA 2QWNA 3MN5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A40A 3CJBA 5AQRA 2YHBA 4KH5A 2UYTA 3J7YP 1NG9A 4E1JA 3HM9A 1K8AO 4K43A 2E8AA 5M1KA 3KKRA 4CJ7A 4DUZK 3MDQA 3QNNA 3T3FA 1HKGA 4CJUA 4E7JA 4GVEA 4CFAA 3CFPA 3AV9A 3V9ZA 3V9UA 3THWA 4CERA 1WAFA 3NH0A 2QKBA 1LOTB 4AM6A 4CJSA 4ILGB 4Y0WA 3AAPA 2O8BA 4UQGA 1RTIA 3BGRA 1S1UA 1HNWK 4CIGA 3CD6N 3LDPA 5AR0A 4X64K 1OKJA 5CY4A 1S22A 4L3QA 5C25A 3WNFA 1BOTO 3G25A 1IG8A 1EWQA 3HSTB 1N33K 3LPUA 5BRHA 4BRKA 1YUWA 4U67L 1Q81O 1DT9A 5K14A 4CZMA 1Y97A 1RGIA 5ELZA 1IV0A 3F73A 1JJ2M 4BEBA 2QI2A 3LP0A 4RTFD 4DV1K 4IDKA 5AQSA 3PO5A 4JD2B 1BL3A 4MDAA 2RHKA 3J7ZO 1SQKA 2F7TA 2D4WA 4OX9K 2X74A 4E7IA 4NYNA 4FXDA 5ADXH 1IKVA 2HF4A 4W5RA 4IEIA 1DTQA 1X3MA 3G6EN 4NLCA 1EKEA 3OJUA 5E41A 2IDOA 3CCEN 4B1ZA 1D9FA 4B3SK 3SAHA 3VQ7A 3AO5A 1YITN 4DSEA 3HBTA 4O44A 1W97L 1KAYA 2NRRA 4FO0A 1XC9A 3DRRA 1JCFA 2YKMA 4H8KA 3AVJA 3MMVA 3VQAA 3CCQN 1QQMA 3KVGA 2OZMA 2CGLA 4PL8A 4W5NA 3AVNA 1ZBHA 1VSHA 2QXLA 4PKHA 4GVMA 4JD2A 3VQCA 4X66K 3BF1A 3PIPL 4EZ9A 2ZF5O 4HTUA 4GV6A 2W6LA 2BDPA 4K8ZA 5LJVA 4M7XA 4DFPA 2HHXA 3AVFA 1BUPA 3V1RA 3ZT3A 2E5LK 4JHDB 3R9PA 4CGIA 4FJHA 3FFKB 3U3YA 1S1VA 4EHTA 1LCUA 1RBSA 2CH6A 3NGYA 4J2DA 3MEEA 3ZETA 3HI0A 2VQFK 1NK8A 2D0AA 2YNGA 4KH4A 2RE2A 3KKSA 3L3VA 4DTPA 2OZSA 3O80A 4CCHA 4FWQA 3ULEB 3O9SA 4DQSA 2VQEK 4E19A 5MLCQ 1LWEA 3AVMA 1UA0A 1NMNA 2QWPA 2DY4A 3SUQA 4X62K 2D5RA 5AQWA 1LW2A 3CC7N 2PY5A 5KPTA 1QHTA 3LP3A 1T6CA 3S3NA 3PX0A 4JN4A 3SK3A 4ELVA 1TK8A 4CEQA 1GLDG 3MN9A 2BE2A 2O8EB 1ILYA 1T44A 3AVHA 3ZX3A 4XH1A 5HBMA 4E89A 4BC3A 1KCFA 4F2SA 4C8KA 3ATUA 2FF3B 1KVAA 4CJVA 3CJ1A 5CE3A 3ZX0A 3QB0A 2WC9A 1QSSA 4MLHA 2ITGA 2O8DB 3CCVN 5JS1A 3LALA 2HNZA 1YXQA 4OKKA 3CFRA 4A2BA 2P9IB 3VOVA 3C6TA 2V7ZA 1J6ZA 3KWGA 3SUNA 2O8EA 1Z05A 2I5JA 1T8EA 2FBTA 2F4VK 3C95A 1Z25A 5DMRA 4NLBA 1GLEG 1U48A 1T6DA 1E3MA 3C6AA 4JAXA 4CZHA 3OYNA 3QFPA 4FWLA 4E7LA 4Z4CA 1NNEA 3CJAA 1OVYA 1EWRA 5C10A 2R7YA 4JKBA 3UKRA 2I7NA 1TYQA 5KQDA 5C42A 4DFJA 4KRFA 2RPIA 2E20A 2KTQA 2X6NA 1K8KB 1P8ZA 1T03A 5E26A 1A5WA 4M45A 4DKWA 3HTVA 3F2KA 4LH5A 2OPRA 3DLGA 3L2UA 3MWTA 1J54A 2Q36A 3TSUA 3SBGA 3T7ZA 1NGFA 3CIPA 1EX4A 3THXB 5F0XA 1NJYA 5AJ3K 3K5NA 4FM2A 4CFBA 1BIZA 1Y64A 3AO4A 2W00A 4DHYA 4KHYA 2QM1A 3QBWA 4B8AB 1NGAA 2P9PB 3TANA 3LANA 4KV8A 2WONA 4FZXC 2P5GA 3O9RA 5J1EA 5F2RA 1U04A 4CIFA 3MX5A 3L2QA 1K8KA 3NH2A 1JL2A 4DR5K 2W42A 4R5PA 3GG4A 5JVGL 3FZMA 4W5OA 2G8KA 3DLHA 3QIOA 4G9ZA 4NCGA 3ZEUA 4UY8O 2A1SA 4J8FA 4YDUC 4TSXA 3HPOA 3QBXA 4JI4K 1YTAA 1BGXT 2FLOA 3WQTA 3ASMA 2ZJQL 3SQ2A 3AGRA 1NWKA 4F4KA 4B8CA 3QETA 4Q0BA 2KFZA 3E01A 3L6QA 3TU5A 1MU2A 4YOUA 3R3LA 3I8DA 4YY3K 1W0HA 3JSMA 4CJEA 5FPDA 3OTOK 4MO5A 2E2QA 4LFAK 1JLBA 3LM2A 1XWLA 5HLFA 3VQQA 4PKGA 3VEWA 2B5JA 3MN7A 4CEAA 4M3UA 4CK1A 4FM1A 2HBJA 2VG5A 4B9NA 4FLYA 4CEFA 4CF8A 2PYLA 2OPPA 3EN9A 4FVMA 4YHHK 1ATNA 4B9VA 4FPBA 1IH7A 2O8CB 4JLHA 1DGKN 1HYSA 3GE1A 3TAEA 4FOIA 1XHXA 3RSEA 3VA0A 1ESVA 2P1JA 4FK4A 5C0YA 2YHYA 2C1GA 4O8KA 1B9FA 5BR8K 3O5BA 1QVFM 4FW1A 2A3ZA 3MX2A 3O8MA 5KPZA 4CESA 3EEQA 3FZHA 1LW0A 4B9QA 3PY8A 4WQ4C 2GWKA 3THYA 4BRAA 1QZ6A 1NBWA 5KI6A 4WF9L 3OJSA 5C15A 1UAXA 3ZX2A 4CK3A 5J2QA 4FJGA 1HJOA 4CK2A 1OH5A 4CGFA 3CG7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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