3RWUA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with datp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 328
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
328
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Hydrogen-Bonding Capability of a Templating Difluorotoluene Nucleotide Residue in an RB69 DNA Polymerase Ternary Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 328
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3rwuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3rwuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3rwuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3rwuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3rwuA03
3SUQA 4E7JA 3H08A 1A5WA 2OPSA 4CEDA 1IKVA 2QKBA 1WSJA 4OLBA 2W42A 1NOYA 4FZZA 1RDDA 4CCHA 4RW8A 3CQ8A 3NH2A 3MEEA 3NCIA 3QESA 2HHWA 3LP2A 4ID5A 1BL3A 3LAKA 4RW4A 4FLTA 1X1PA 2EX3A 4ZTFA 2HHQA 3DLEA 4DQIA 4FYDA 4NCGA 1XC9A 1LAWA 3OVNA 4Y1DA 3OS0A 4B3OA 1ASVA 3SPYA 1C0TA 4Q0BA 1WSGA 3QEXA 1RT1A 3G0ZA 3KLIA 1A5VA 3M8RA 1N5YA 4CK2A 1TGOA 2WOMA 4E7IA 2GUIA 4B9SA 4DSJA 1BCMA 1VSJA 3RMCA 3OYIA 1BGXT 3K5LA 3AVIA 4CHNA 4AHSA 1T8EA 1HQEA 3NDKA 2HVIA 3MECA 1GOBA 2Q3SA 4CGGA 3SQ4A 1C1BA 3OY9A 2G8KA 1D9DA 4CJRA 1R0AA 2D0CA 1WNSA 2WONA 5FDLA 4CF9A 3TI0A 1S6PA 4W5RA 2AJQA 5I3UA 2HVHA 3S9HA 4FJMA 5HROA 4O44A 4XIUA 3PX6A 3V1QA 4QCLA 4RW9A 2GV9A 1S1WA 4ELVA 2G8IA 2FBXA 1VSHA 1WSHA 4KKOA 2F96A 3VQ8A 3UIQA 4CF8A 3L2UA 1D9FA 4FK2A 2PY5A 4B08A 3NHGA 4CJVA 3U6FA 3AV9A 5KTQA 4PQUA 1HNVA 2LSNA 4I9QA 2HHVA 3PO4A 3HK2A 4FJLA 3O3HA 4LSNA 3VA0A 4C8LA 1BCOA 4HVJA 3EY1A 3F73A 3KJVA 3QETA 3SQ0A 4J2DA 1KFDA 1YTUA 4NCBA 3I0RA 4N5SA 3AVJA 3OJSA 1Q9XA 4ZTJA 4CIEA 3VQCA 3BDPA 1XI1A 3HJFA 1FXXA 1HPZA 3KLEA 1S6QA 5KGWA 3HL8A 3QEWA 3ZSWA 3KLGA 3AVGA 4DTPA 3PV8A 2HMIA 2QKKA 4J2BA 4IFVA 3SZ2A 3DLGA 2DTUA 1JXBA 1U47A 1NK4A 1TK8A 2KZMA 1WAFA 4DTUA 4BE2A 3OJUA 1J5OA 1JLBA 1RT3A 1TVRA 3ALYA 3RWUA 1SUQA 1LAVA 3HPHA 3NF8A 5KRTA 4CECA 3K5MA 4Z4EA 4DFKA 3L3VA 1NK6A 4F2SA 3QEPA 4KHYA 4BE1A 1JLQA 4DTNA 2HHSA 2XY6A 1QSSA 1EP4A 1I39A 3NFAA 1DLOA 4FJXA 3ZSQA 1UA1A 3WNGA 4HCBA 4JLHA 4KB1A 2VWJA 1QTMA 4B9UA 3C6TA 4B8CA 1QE1A 1U45A 5FROA 4QOZB 3L8BA 1HRHA 4DSIA 3HM9A 1JKHA 2OPRA 1O1WA 1KRPA 4FLZA 1VSIA 5CY4A 4FLWA 4BDYA 3IRXA 1RT7A 4CFDA 1NJXA 1LV5A 4Z4GA 2HHTA 1SL1A 4FLVA 4OGCA 2EHGA 3HVTA 4F8RA 4CJEA 1BHLA 4C8OA 4NYFA 3ZT0A 3QNOA 4DFMA 2XY5A 3JSMA 3DLRA 3AVHA 3LP1A 4F4KA 2E6LA 3SPZA 4M3WA 4OLAA 2KFNA 1IG9A 2VG6A 4GW6A 4E7HA 4EP5A 1HMVA 1NK9A 1U04A 4DTRA 3T1AA 3HP6A 3AA5X 4FLUA 3D0PA 1TL1A 1WN7A 1NOZA 4B9VA 4LH5A 4K8XA 1QSLA 1S1VA 4M3YA 1IH7A 3RMAA 5J2PA 4CGJA 1QHTA 1HJRA 3OYEA 2HW3A 3SV3A 1EXQA 4FM0A 4CJSA 1Z25A 4ZHRA 4UQGA 3JYTA 1X9MA 4J2EA 4L8RB 1JLAA 3FFIA 5SWMA 2B6AA 3DI6A 3DRSA 4N41A 4F3OA 4AHTA 2JGUA 4W5NA 1VRTA 3P5JA 4Z0UA 1WSFA 4FJNA 4CERA 4CF0A 3CG7A 3F9KA 4KI4A 2X6NA 3HVRA 3LP0A 4DSFA 4BDZA 3DLHA 3AA4A 1K6YA 4CFBA 2HNZA 4B9TA 2IS3A 2ZQBA 4MFBA 1LW0A 4N47A 1NK8A 4DLGA 1NKCA 3SI6A 1L5UA 1KVBA 1KVAA 3V9UA 4HHTA 4CJWA 4I7FA 1S1TA 3HP9A 4Q5VA 4YNQA 1QSYA 3SV4A 4DU3A 2Z1HA 3VQ5A 4FJ9A 2R7YA 4KTQA 2OPPA 3L2VA 4PY5A 2D5RA 3HPOA 4LSLA 3ZT1A 2X74A 1Q8IA 2Z1IA 3QEVA 3KKSA 1J54A 3B6PA 3CYMA 1KFSA 1VSFA 1YTAA 3VQ6A 1TK0A 1HNIA 1L3SA 2HNYA 2FC0A 5T7BA 3M8PA 4FJGA 3SUPA 1EKEA 3LPTA 4OJRA 1CXUA 1JL2A 3K59A 4CJ3A 3VQ7A 4CHQA 1SKSA 3NH1A 3KKRA 3DMJA 4CJ4A 4HTUA 4CE9A 4IG0A 4M42A 4CEAA 4E19A 3VA3A 5J2NA 1EX4A 2ITGA 1KLNA 5DK5A 4W5QA 3DYAA 4OKKA 4AH9A 3QIPA 4CHOA 2YV0X 1RT5A 4FK4A 4RG8A 4E1NA 3LWLA 3ULDA 1T03A 5CYQA 4FZXC 3NAEA 4CEEA 4DTSA 1JLEA 1I3AA 3G10A 3M8SA 2XY7A 2HHXA 1RCHA 3WNFA 4FVMA 4BWJA 3ZCMA 4DQPA 4HCCA 3DRPA 4DTJA 5HBMA 4PUOA 1S1XA 3VQBA 3LALA 4CGIA 2BDPA 4FW2A 4KO0A 4CGHA 4E7LA 3ZSXA 2G8FA 1TKZA 2IOCA 4DTOA 3MAQA 4ELUA 4CEFA 1BIUA 1RBTA 3E01A 4PWDA 1C6VA 1ASUA 3OYLA 3S3NA 3VQPA 3QERA 4E1MA 4LY7A 1RBVA 1NJYA 1VSDA 1CLQA 2ETJA 2BE2A 1RT4A 1Z26A 4NCAA 4KRFA 3OYKA 4CGDA 3SNNA 3TARA 4KPYA 3AVFA 3NH0A 4FM2A 2YNGA 1TKXA 1LWFA 3HSTB 3SYZA 3TAFA 4LH4A 2OYQA 4RW6A 4DMNA 2PYLA 4FJ5A 2X6SA 4CJLA 2XRIA 3L3UA 1F21A 2FBTA 4G1QA 3LDSA 3U3GA 4DQRA 4DTXA 4CGFA 3HO1A 3AVKA 3VQQA 4E3SA 4H4OA 4CESA 2FBVA 4CEOA 1HYZA 1JLFA 3OYAA 3OYHA 1XHZA 2O4IA 3THVA 2KTQA 4Z4FA 4KI6A 3QIOA 1Q9YA 3O4QA 4OKEA 4KHUA 3KIOA 1QS4A 3C94A 2OA8A 4B9MA 4OVLA 1YT3A 3K5OA 4CEBA 3DLBA 3VQEA 5J2MA 4DQQA 4DSKA 1C1AA 2D0AA 2VG7A 1S5JA 5JS2A 4CFCA 4AHUA 4FJ8A 3PUFA 4MQ3A 3V9ZA 5C25A 4AHCA 3CFOA 2YHBA 3ZT4A 3VQ4A 1L3UA 3HPGA 3VQAA 2Z1JA 4IDKA 4H8KA 3TWHA 3V9WA 3V81A 4I9LA 3U3YA 1D8YA 2G8HA 3OYCA 3MEDA 4JRPA 5CZ2A 5JS1A 4CJKA 1D5AA 1GOCA 3CFRA 4F3TA 4M3UA 4CJPA 4M3TA 4NYNA 4KHNA 3K2PA 3LZJA 5FRMA 4FZYA 4DSEA 1UOCA 3TANA 4EZ9A 4CJTA 1TKDA 4FLYA 1ZBFA 1B92A 1FKPA 3I0SA 1LWCA 4GMJB 4CIFA 5HRPA 4OPKA 2D0BA 4W5TA 4BACA 4J2AA 1WLJA 4DLEA 5K14A 1NKBA 1ZBIA 4CHZA 1J9AA 3ISNC 1SKWA 1RILA 4N76A 4M41A 3SUNA 3TAGA 2BGGA 3K57A 3DLKA 1VSEA 1DTTA 4RW7A 5D3GA 2KQ2A 1SKRA 4KAZA 4ID1A 4O4GA 3O3FA 1X9WA 4KREA 2P5OA 4E7KA 1B9FA 4CJQA 1NKEA 4H4MA 4KFBA 2F8TA 1BQNA 1IO2A 3OYBA 3OYGA 1KSPA 1RBRA 2P51A 2IC3A 1TAUA 1S1UA 3T3FA 2I5JA 3RRHA 2OZMA 1EETA 3LZIA 1XWLA 1WSEA 4DSLA 3ZSZA 3QEIA 5CZ1A 2G8VA 3QO9A 5HP1A 3TAEA 1RDAA 5J2QA 1T05A 1IKWA 1BISA 4ELTA 2OZSA 3TAMA 5HLFA 1REVA 3OYNA 1N6QA 4C8KA 1B9DA 4IBNA 3S3OA 3AO3A 1ASWA 3RMDA 4BDPA 3C95A 4O55A 1BI4A 3SJJA 4DF8A 1NK7A 3LPUA 3KK3A 4AHVA 3QINA 2XY8A 4IFYA 3L2RA 1SV5A 4CFAA 4FXDA 4FJIA 1RBSA 4HUGA 3S3MA 1TK5A 3BGRA 3IS9A 1JXEA 2PYJA 3A2FA 4CEQA 3NGIA 3VN5A 2Y1IA 3AVNA 4LD0A 5KI6A 2RKIA 4PA1A 3K58A 3MXIA 2KW4A 3L2WA 2IAJA 3QNNA 4DFPA 4Z4CA 3LANA 3SUOA 4CJFA 2XO7A 2B4JA 1RDCA 4M45A 1RTDA 3PO5A 3AO1A 1CZ9A 3VQ9A 4WE1A 1RTIA 1JLGA 1HQUA 4M3ZA 2ATQA 3HYFA 3MEGA 3NF7A 1NJWA 2NUBA 1WAJA 3LP3A 4CK1A 4YFUA 2YNIA 4BE0A 4JRQA 3RR7A 3M8QA 4CEZA 4O5BA 4DTMA 3ZSYA 4GVMA 3PX0A 1S9GA 1VSMA 1NJZA 3KD5E 2JLEA 1RT2A 4IKFA 3P83D 2RF2A 1T7PA 2DFEA 1G15A 1UAXA 4TSXA 1SL0A 4B9LA 4DU1A 5FRNA 3MXMA 2X78A 1HYVA 5HRNA 3PY8A 3NBPA 3V1OA 1RDBA 1TKTA 3B6OA 2E4LA 4E89A 1MU2A 3RR8A 1YVUA 1U4BA 2IDOA 3SCXA 4FW1A 1VK0A 4OPJA 4QAGA 4K8ZA 1W0HA 1U49A 4DWIA 3T19A 2DY4A 4FJKA 3OYJA 1LWEA 1LW2A 3V9SA 2FBYA 2F8SA 1JLCA 3OS1A 4C8MA 3OYDA 1KCFA 2KZZA 4O0JA 2XHBA 4JS4A 4DG1A 1VSKA 2OPQA 4HUEA 3RMBA 3SQ1A 4F2RA 2YKNA 3TABA 2VG5A 1KTQA 2RPIA 4KHWA 3NE6A 1FK9A 4Y1CA 5EU7A 4EZ6A 4CF1A 5HRSA 5C24A 3ZT2A 4HUFA 2QK9A 4CHYA 3KK2A 4ICLA 1FKOA 3AO2A 1ZYQA 3AVLA 1ZBUA 1DTQA 5DMRA 5I42A 2QXFA 3EZ5A 3LAMA 2PZSA 1A5XA 4AHRA 1Y97A 2RN2A 4DS5A 4FJ7A 3ZSVA 3HT3A 2YHAA 3CM5A 1UA0A 3MXJA 4CHPA 3V6DA 3OYMA 5HRRA 4JS5A 3LWMA 3RRGA 3O3GA 5E41A 3KLHA 4I2QA 4CK3A 1ITGA 4AILC 1BIZA 4EP4A 5KRSA 2Y1JA 1KLMA 3IG1A 3HXMA 3DOLA 4N56A 4CJ5A 4FM1A 3AA3A 1RTJA 3DRRA 3TAQA 1XHXA 4C8NA 3V9XA 2G8WA 5SZTA 4KB0A 1CXQA 5C42A 2ZD1A 4BWMA 3EYZA 1UWBA 2O4GA 3ASMA 5KGXA 1ZBLA 2A1SA 1ZBHA 4R5PA 3ZSRA 1WSIA 1IKYA 3ITHA 4DQSA 3WNEA 2HB5A 1TL3A 2HNDA 2G8UA 3AVCA 4W5OA 1L3TA 4OKJA 1SL2A 1S9EA 4FJHA 3AVAA 3TR8A 4DU4A 3L2QA 4FLXA 1JL1A 5CYMA 2HHUA 1QQCA 2BANA 4CJUA 4IG3A 4KTWA 2DFHA 3NF6A 4Z4IA 1VRUA 2Z1GA 4KTZA 2DFFA 4CIGA 4KHQA 2P1JA 4M3RA 3I8DA 5J1EA 4FJJA 1BQMA 1RTHA 3AVBA 3V4IA 2ZE2A 3IAYA 2GBZA 4E0DA 2A1RA 3OS2A 3NF9A 3AO5A 3AA2A 1W9HA 4OGEA 4Z4HA 3CM6A 3DOKA 1C0MA 4I2PA 3RTVA 3DM2A 4B8AB 2IGIA 3D45A 3ZSOA 4O0IA 3VQDA 1KVCA 1L3VA 2B5JA 3CFPA 3PX4A 1RNHA 1IKXA 1RT6A 3KLFA 4DF4A 3C6UA 4DS4A 3AO4A 3TAPA 3KTQA 4CF2A 1X9SA 1BI4B 1NK0A 1HYSA 1TV6A 2VWKA 1J53A 3O4NA 2KFZA 3KD1E 1CZBA 2YKMA 2YNHA 3NGZA 2P5GA 3P1GA 2YNFA 1C1CA 1GOAA 3V1RA 1NK5A 1C0UA 3KK1A 4FCYA 1U48A 4KV8A 3SQ2A 4KHSA 3AVMA 1VSLA 4M3XA 3NGYA 4FK0A 3OYFA 3ZT3A 4DFJA 4B9NA 2E6MA 3WNHA 3QLHA 3K5NA 1RBUA 1TAQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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