3UIQA

Rb69 dna polymerase ternary complex containing dupnpp
Total Genus 318
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
318
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Bidentate and tridentate metal-ion coordination states within ternary complexes of RB69 DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 318
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3uiqA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3uiqA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3uiqA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3uiqA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3uiqA03
1U48A 1F21A 3NDKA 3I0SA 4PQUA 2QKBA 2BDPA 4CJTA 4CF0A 3HP9A 4ICLA 4RW7A 4O4GA 1NK7A 2PY5A 5JS1A 1RBSA 1NK6A 3SV3A 4DTSA 4KAZA 4FM1A 2HB5A 4JS5A 3V9WA 5FRMA 4C8MA 3QIOA 1XHZA 3RMAA 4Z4CA 1RTJA 4C8NA 1S1TA 1TKDA 4EP5A 4RW8A 3KKSA 4FK4A 4CGGA 2KZZA 2HNDA 1B92A 1I39A 3L8BA 4IDKA 4LSLA 4BACA 4I2QA 1BQNA 3C6UA 2EX3A 2NUBA 4OGEA 5C42A 2F8SA 3IAYA 4KKOA 5T7BA 4Z4GA 3DRRA 1HJRA 4M3ZA 5J2NA 1X9SA 2D0BA 1Q9XA 1RT7A 4E7JA 4K8XA 2YNIA 2G8UA 3RR7A 4KHUA 4CJKA 1WSJA 3LPUA 3LAKA 4FJ9A 3AVHA 4YNQA 3LWLA 3SJJA 4DU3A 1QE1A 5CYQA 4CJPA 1KSPA 4N76A 3VQ9A 2B4JA 3K2PA 3MXMA 4CFCA 4DQQA 1KFSA 1J54A 3ALYA 3ZT0A 5C25A 3K57A 4MQ3A 4KV8A 1UA1A 1DLOA 1TVRA 3DLKA 3AO4A 1EX4A 1CZBA 4FW2A 1TAQA 1UWBA 2OYQA 2VG5A 4E7LA 3SQ1A 4M41A 1WSIA 1XC9A 3KIOA 2Z1GA 2YKMA 3ZSZA 4E7KA 4IBNA 4CJVA 1S6QA 3S3MA 4KTQA 2OPPA 2Z1JA 3AVJA 4I2PA 2IC3A 4RW6A 4DQRA 2XY6A 2RF2A 3KKRA 4M42A 1EKEA 1JLEA 4BDYA 1RT5A 5FROA 5CZ1A 1VSHA 2BANA 3BDPA 3B6PA 5SZTA 1CLQA 1FXXA 1NJZA 4BE2A 3RRHA 3L2RA 5KGWA 4YFUA 1VRUA 3CFOA 4CIGA 4GW6A 2YKNA 3DRSA 3K5MA 1SKRA 2VWKA 1RILA 4LY7A 3C6TA 4CIFA 1D9FA 4W5RA 3SV4A 4DFKA 3TANA 4CJQA 4FJHA 1RT4A 3OYFA 3NGIA 3KK2A 4KFBA 1RT1A 4H4MA 4FJNA 4CF8A 1WAFA 3VA3A 3CFRA 1FKPA 3NBPA 1RBRA 4M45A 3SQ2A 3O3HA 1T03A 3PUFA 4B9LA 3PY8A 4AHUA 4BDZA 2HW3A 3V4IA 2F8TA 3NCIA 3ZSVA 3EYZA 1QSYA 2PZSA 1RDDA 4IFYA 2XY8A 4FLUA 1YT3A 3EZ5A 1O1WA 3VQQA 3RMCA 4CGDA 4ID5A 3K5NA 1RTIA 2G8KA 1QTMA 2HHSA 1HNIA 2YNFA 2G8HA 3WNHA 2HHWA 4I9QA 4CJEA 3D0PA 2X6SA 1N5YA 1ZBUA 3CM6A 4KI6A 3I0RA 1G15A 1YTAA 2G8VA 3LZJA 2ZE2A 4FW1A 4O5BA 4FLZA 3IRXA 4NCAA 1X1PA 2D0CA 3KLHA 1ZBFA 2Z1IA 1LAVA 4OKKA 5HRSA 3L3UA 4DFJA 2A1RA 2B6AA 4CGIA 3NH2A 4N41A 3TR8A 1ASUA 3V9XA 3OYIA 4C8OA 1JLCA 4AHRA 4FLTA 4DTNA 2ZQBA 1JLAA 3AO5A 3QEIA 1EP4A 5CYMA 3SPYA 3AVKA 3ZSWA 2XY5A 3B6OA 4JRPA 4CERA 1SL2A 1HYSA 4KRFA 1KRPA 1S1UA 2FBTA 4CF1A 2KFNA 3QINA 4KB0A 3M8RA 1QSSA 2O4IA 2PYJA 2GV9A 2JLEA 3P83D 1JL1A 4CFDA 3VN5A 3OYEA 4FJ5A 4EZ9A 1VSDA 5D3GA 3VQ4A 3SUPA 2XHBA 4B08A 3NF9A 3VQ8A 4C8KA 4CJWA 2ZD1A 3AA5X 1Q8IA 3VQDA 1UA0A 3HXMA 4OKJA 2E6MA 2A1SA 3LP1A 3WNEA 4FYDA 3L2VA 3S9HA 1VK0A 2IOCA 1EETA 5E41A 3V9UA 4DU1A 2OA8A 1I3AA 3FFIA 4KTWA 4KHSA 4KHNA 4FJLA 4Y1DA 1N6QA 3DLHA 2KTQA 4QOZB 3KLFA 1RTHA 4HVJA 4DFMA 1FKOA 3NFAA 4NYNA 3AO2A 1LWCA 1TKTA 1REVA 5SWMA 5I3UA 4CF2A 1BL3A 1BHLA 1QHTA 4Z0UA 3HSTB 3VQAA 1FK9A 3QLHA 3OYJA 1A5XA 3RTVA 3ZT4A 4M3UA 1RCHA 3NGYA 3OYAA 4DF8A 1TK0A 3TI0A 3DI6A 5J2QA 1TK8A 4N47A 3HO1A 4EP4A 4NCGA 4DTXA 2XY7A 1RDAA 1C1CA 4ELUA 4O0JA 4IG0A 3PO4A 3SPZA 3LWMA 3HPGA 2G8IA 2BGGA 4M3TA 1GOAA 1U47A 1HPZA 2HHQA 2YHAA 3NE6A 1L5UA 4N5SA 3TAMA 1LW0A 4ZHRA 2IS3A 4BWJA 3ZSYA 3TABA 2ITGA 3I8DA 3V1OA 1TGOA 1IKYA 2GUIA 5FDLA 4B8CA 3L2QA 4FJIA 1WLJA 4W5NA 4DSIA 3KK3A 2QXFA 2OZSA 1WNSA 1JKHA 3TAFA 3QO9A 4WE1A 4E1MA 4HHTA 3U3YA 2FBYA 4DQIA 3C95A 3AVMA 1IKXA 3CG7A 3O3FA 3V9ZA 2G8WA 4DTOA 3SUOA 5CY4A 1HYVA 1IKWA 2RKIA 3AA2A 5DK5A 1J9AA 1TKZA 4CEZA 4CJFA 3K58A 1SV5A 4LD0A 3ZT1A 3V1QA 1RTDA 3LPTA 1NK0A 4MFBA 3OS0A 1L3SA 4FXDA 1VRTA 1D5AA 4OGCA 4CE9A 1KLMA 5HRRA 3AVIA 4LSNA 1TV6A 2RPIA 4I7FA 4FJ8A 1NK5A 4OPJA 3OJUA 4J2EA 2WOMA 5KTQA 4CHOA 3SNNA 3JYTA 3U6FA 3AV9A 2ETJA 3U3GA 1HMVA 2HVHA 4DLEA 1TKXA 2BE2A 4Z4FA 1UOCA 1KVCA 1C1BA 4DLGA 2HHUA 4OJRA 4J2AA 4PUOA 3VQBA 1GOCA 4CGFA 3DMJA 4CJUA 4E3SA 3AVNA 4HUEA 4F4KA 1KTQA 4FK0A 3L2UA 3DLRA 3ZSXA 4CHPA 3AVCA 1BI4A 4OLBA 3NH0A 4PA1A 1SKWA 4EZ6A 1NK9A 2X6NA 3ITHA 3OJSA 4Z4HA 4PWDA 4DTMA 3ZSRA 5CZ2A 4CFBA 1DTTA 4E0DA 3RMBA 4HUGA 2IDOA 4CIEA 4M3XA 5KRTA 4HUFA 2F96A 4B9NA 4IKFA 3MAQA 3DYAA 3P5JA 1RT3A 4ELTA 3SUQA 4CHNA 2I5JA 2VWJA 4DG1A 1ZBIA 2D5RA 3VQ6A 1IKVA 4FM2A 2P5OA 3ZSOA 1SUQA 4W5TA 3OVNA 3KLIA 1JXEA 4KPYA 3KTQA 3HVRA 4HCCA 1CXUA 3PX4A 2R7YA 3TAQA 5JS2A 1T8EA 3HK2A 3VA0A 1WSHA 1NKCA 3F9KA 3O4QA 1SL0A 1LWEA 3HYFA 1WSFA 1S6PA 3VQ5A 4Z4IA 4J2DA 2E6LA 4CCHA 1IO2A 3LP3A 4CGHA 4B9TA 4CEBA 1GOBA 3RRGA 3RMDA 3M8QA 3M8SA 1XHXA 2RN2A 3T19A 1ZYQA 3VQ7A 4CEOA 1C0TA 3QERA 2X78A 3NF6A 3OYNA 1BIZA 3H08A 1YVUA 3KLGA 3OYHA 4K8ZA 2W42A 5HROA 5J2PA 2Q3SA 4CJRA 4G1QA 3SI6A 2PYLA 2DY4A 1TL1A 4CK3A 1IG9A 1W0HA 3S3OA 3LANA 3HP6A 1D9DA 4DS5A 4OVLA 4CHZA 3QEXA 3SYZA 3V9SA 1ZBHA 2HHVA 2JGUA 4E1NA 1WAJA 4DQPA 1YTUA 4FM0A 3OYCA 1L3UA 1C0UA 2EHGA 4O44A 4Z4EA 4CEAA 4DTJA 4IFVA 3NGZA 3RR8A 2AJQA 3CM5A 1BQMA 4FJKA 1WSGA 1VSLA 4HTUA 2E4LA 4E89A 3MXIA 1W9HA 4DFPA 1C0MA 3E01A 2X74A 2ATQA 4DTRA 1JLGA 1JLBA 3G0ZA 1VSIA 2DFFA 3QNNA 4Q5VA 2B5JA 3DLGA 4DTPA 1RT2A 4AHVA 4CK2A 1R0AA 4GMJB 1TK5A 3OS2A 4BDPA 4HCBA 4CEFA 1S9GA 2QK9A 3AA4A 3SCXA 4CGJA 4DSFA 3MEGA 1MU2A 4E19A 1BGXT 3KK1A 4DSLA 3JSMA 3TAEA 3EY1A 3ZT2A 4AHSA 4H8KA 4DSEA 4CJLA 4FJJA 1X9MA 5KGXA 2P51A 3AVLA 3SZ2A 3V81A 4FZYA 5C24A 4AH9A 4NCBA 4FJXA 1VSJA 1ASVA 1X9WA 2KZMA 3ISNC 3HT3A 1NOZA 1U49A 1KVAA 4M3RA 3PO5A 1C1AA 4PY5A 4OKEA 2OPSA 1Q9YA 4FLXA 3QEWA 2YNHA 3BGRA 3OYMA 3SUNA 4KHWA 4IG3A 3OYBA 3OYKA 1T7PA 3LP0A 1TAUA 3IG1A 2P5GA 3CFPA 1L3VA 2YHBA 4DMNA 1JLFA 4DTUA 4KHYA 3AA3A 4N56A 3V6DA 4F2RA 2FBVA 2HMIA 1NKBA 4B9VA 4KHQA 4CESA 4CHYA 5DMRA 4FJGA 3LP2A 4B8AB 3NH1A 4ZTFA 1ZBLA 4DQSA 1VSFA 1BISA 3AVFA 3HVTA 1BCMA 3M8PA 4FCYA 4ZTJA 4FLWA 4FZZA 3OYGA 5I42A 4QCLA 4JRQA 4DS4A 1A5VA 3D45A 1KLNA 4F8RA 3KLEA 3THVA 3MEEA 3KJVA 1HRHA 4AHTA 3F73A 1Z26A 4O0IA 3CQ8A 1U4BA 1B9FA 3LALA 1T05A 4M3YA 1J53A 5K14A 3DLEA 2LSNA 3MECA 4KO0A 3PX0A 3TARA 3ZCMA 1LWFA 4Q0BA 1KFDA 2VG7A 3HM9A 2OZMA 1XI1A 1S5JA 4UQGA 4DWIA 3WNGA 4RW9A 4M3WA 4FJ7A 1LW2A 4CHQA 2Y1JA 1U04A 4NYFA 1QSLA 3DOLA 3SQ4A 1IH7A 4H4OA 2DFHA 1NKEA 1UAXA 4LH5A 5HP1A 2HNZA 1NOYA 1CXQA 1K6YA 3T1AA 2OPRA 4JLHA 2XO7A 3HJFA 3K5OA 1JXBA 3DM2A 1LV5A 3WNFA 4BE1A 2Z1HA 3KD1E 1VSEA 1WSEA 4DU4A 1CZ9A 2HNYA 1LAWA 3QEPA 3AO3A 3O4NA 5HRPA 3LZIA 2YNGA 4CFAA 1QS4A 1HYZA 1BI4B 3SQ0A 4W5QA 3O3GA 3K5LA 1SL1A 2G8FA 1JL2A 4ID1A 1NJXA 4CK1A 1B9DA 1ASWA 4LH4A 3ZT3A 2Y1IA 4BE0A 3AO1A 3VQEA 1S9EA 3HL8A 4CF9A 3QNOA 3AVGA 1TL3A 4CJ4A 4Y1CA 2FC0A 3OYDA 1BCOA 1HNVA 3G10A 4CEEA 1VSKA 3HPOA 4FJMA 1NK4A 4L8RB 4FK2A 1DTQA 1RNHA 5FRNA 5KI6A 3TAPA 3MXJA 4RW4A 3NAEA 1JLQA 3PV8A 1KCFA 5J1EA 4AHCA 1ITGA 3AVAA 3S3NA 2HHXA 4KI4A 2KQ2A 5J2MA 1HQEA 4XIUA 2YV0X 3TAGA 3IS9A 4KB1A 4J2BA 3V1RA 2HVIA 3LAMA 3OY9A 4CEDA 4CJ3A 4R5PA 2GBZA 4BWMA 2WONA 3QIPA 4W5OA 4F3TA 3RWUA 1EXQA 5HRNA 3LDSA 2IGIA 1RDCA 2FBXA 3ULDA 1RT6A 3MEDA 2VG6A 5HBMA 2KFZA 4GVMA 4FZXC 4FLYA 4E7HA 3PX6A 3P1GA 5EU7A 1BIUA 3QEVA 4ELVA 3DOKA 4F3OA 3CYMA 4B9SA 1WN7A 3NF8A 4B9MA 4I9LA 4JS4A 3K59A 2XRIA 4DSKA 1VSMA 1J5OA 4F2SA 3AVBA 3QETA 4TSXA 3VQCA 4OPKA 1NJYA 3NF7A 1Z25A 4CJ5A 1Y97A 4B3OA 1S1WA 4QAGA 3A2FA 1SKSA 1D8YA 1RBUA 4CJSA 3KD5E 4E7IA 3NHGA 4B9UA 1S1XA 4CECA 3L2WA 1S1VA 3ZSQA 1NK8A 4FLVA 2OPQA 4C8LA 4KREA 1HQUA 4CEQA 2O4GA 2DFEA 1C6VA 3HPHA 4FVMA 1A5WA 2P1JA 1XWLA 4OLAA 5HLFA 1L3TA 1RBVA 2IAJA 4O55A 3DRPA 2HHTA 3T3FA 2KW4A 3ASMA 4AILC 3DLBA 3UIQA 5KRSA 1QQCA 3VQPA 1NJWA 4DF4A 2QKKA 2D0AA 1U45A 4KTZA 4DSJA 2DTUA 3QESA 1KVBA 4RG8A 3L3VA 3OS1A 3C94A 3OYLA 3TWHA 1RBTA 1RDBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5EU7 A;  1BIU A;  3QEV A;  4ELV A;  3DOK A;  4F3O A;  3CYM A;  4B9S A;  1WN7 A;  3NF8 A;  4B9M A;  4I9L A;  4JS4 A;  3K59 A;  2XRI A;  4DSK A;  1VSM A;  1J5O A;  4F2S A;  3AVB A;  3QET A;  4TSX A;  3VQC A;  4OPK A;  1NJY A;  3NF7 A;  1Z25 A;  4CJ5 A;  1Y97 A;  4B3O A;  1S1W A;  4QAG A;  3A2F A;  1SKS A;  1D8Y A;  1RBU A;  4CJS A;  3KD5 E;  4E7I A;  3NHG A;  4B9U A;  1S1X A;  4CEC A;  3L2W A;  1S1V A;  3ZSQ A;  1NK8 A;  4FLV A;  2OPQ A;  4C8L A;  4KRE A;  1HQU A;  4CEQ A;  2O4G A;  2DFE A;  1C6V A;  3HPH A;  4FVM A;  1A5W A;  2P1J A;  1XWL A;  4OLA A;  5HLF A;  1L3T A;  1RBV A;  2IAJ A;  4O55 A;  3DRP A;  2HHT A;  3T3F A;  2KW4 A;  3ASM A;  4AIL C;  3DLB A;  3UIQ A;  5KRS A;  1QQC A;  3VQP A;  1NJW A;  4DF4 A;  2QKK A;  2D0A A;  1U45 A;  4KTZ A;  4DSJ A;  2DTU A;  3QES A;  1KVB A;  4RG8 A;  3L3V A;  3OS1 A;  3C94 A;  3OYL A;  3TWH A;  1RBT A;  1RDB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1F21 A;  3OGM B;  4ICL A;  4RW7 A;  3BF1 A;  1RBS A;  4H0X B;  3SV3 A;  4FM1 A;  3CCU N;  3OBY A;  5FRM A;  5AQF A;  1RTJ A;  3C6P B;  1OVQ A;  1YI2 N;  4DCH A;  3J27 A;  3A5L C;  2UXB K;  4JD2 A;  4X64 K;  3VF2 A;  1DT9 A;  1XU3 E;  4YOR A;  1BQN A;  1VQO N;  1FZI E;  4OGE A;  5C42 A;  4AF1 A;  4OPA A;  1HJR A;  5J2N A;  1X9S A;  4KBO A;  1Q9X A;  4E7J A;  4KH4 A;  3LPU A;  5AZJ B;  2MMB A;  3HI0 A;  3LWL A;  4CJP A;  3F2K A;  5HOO A;  3WXM B;  5C15 A;  3V7D B;  2ZWH A;  2B4J A;  5GIO A;  4DQQ A;  1KFS A;  4GNI A;  1QQO A;  3K57 A;  3HM8 A;  4CZL A;  1EX4 A;  1CZB A;  3VOV A;  2GX9 A;  1I94 K;  1S6Q A;  4RW6 A;  2XY6 A;  5IWA K;  3KKR A;  4M42 A;  1EKE A;  3VEY A;  2GEL A;  1FZ8 E;  5FRO A;  5CZ1 A;  3BDP A;  1XMG E;  3B6P A;  3U4L A;  5SZT A;  1FXX A;  5BRH A;  1K8K A;  1P90 A;  3RRH A;  4CZG A;  5KGW A;  3CFO A;  4JKC A;  1SKR A;  3C6T A;  4DV4 K;  1RDW X;  4YDU C;  4FJH A;  3KK2 A;  2CGL A;  4H0P A;  1RBR A;  4M45 A;  2CH6 A;  5BR8 K;  4O8K A;  1XMH E;  3PY8 A;  4AHU A;  1VQP N;  4BDZ A; 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