4DTXA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp opposite an abasic site and ddc/dg as the penultimate base-pair
Total Genus 328
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
328
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 328
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtxA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtxA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtxA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtxA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtxA03
3LWLA 1F21A 4CJ5A 2E6LA 3ISNC 2LSNA 3FFIA 3AA5X 4DTRA 2YHBA 1KSPA 1WAJA 5J2NA 5J2PA 3RRGA 2OPSA 3ZSVA 2IS3A 1QTMA 4FJJA 1KFSA 4OLAA 3NF8A 2NUBA 4RW4A 4B3OA 3U6FA 4ELVA 2HMIA 1BHLA 3ASMA 4E7JA 1IKVA 1HYVA 4DSIA 4CJ3A 1TKXA 3F9KA 2FC0A 1WSIA 2RN2A 2ZD1A 3VQBA 1FKPA 4W5QA 4M45A 4AILC 1IKXA 4KHSA 3QERA 3G0ZA 2OZSA 4HCCA 3NF7A 5C25A 3AVIA 3KK3A 4ZTJA 4PY5A 4CCHA 1ITGA 3VA3A 2XY7A 1DLOA 2Z1HA 5HLFA 1C0MA 5DMRA 3ZCMA 3AVNA 4CEEA 3TAPA 4EZ6A 3AA2A 3ZT3A 1IG9A 1J54A 3MEGA 5KGWA 3LPUA 3DRPA 3I0RA 5T7BA 1XI1A 4DS4A 2F8SA 4M3YA 1JLFA 3CFRA 3K5LA 4BACA 2KQ2A 3QNNA 3AVBA 3PY8A 1D8YA 4DU4A 3OVNA 4DTXA 5C24A 2IAJA 4JS5A 3DM2A 1S6PA 3VQCA 4M3XA 3NF9A 1S1TA 1KVCA 4LSNA 4W5RA 2RKIA 1RCHA 1T03A 1LW2A 1KLMA 1WSFA 4Z0UA 3OYAA 1KVBA 4CGJA 3VQ8A 4CJQA 5HP1A 3CQ8A 4M3TA 4CGDA 1KLNA 3V6DA 4DLEA 4C8KA 4DSEA 1S6QA 3L2UA 4DTPA 3V4IA 4FJGA 2VG5A 1BIUA 4H4OA 3NH1A 1DTQA 1W0HA 1RNHA 5CYQA 1L5UA 4BDPA 3S9HA 4FJXA 1J9AA 4ID1A 4UQGA 4FLUA 1RTIA 4IBNA 4CJUA 3VQEA 1BQMA 3V9UA 3QLHA 3L2VA 3E01A 4LH5A 2BGGA 3NH2A 2FBXA 3ZSZA 3SQ0A 3LPTA 4LY7A 4CF2A 4HUFA 1EP4A 3SUOA 1GOAA 4FJ9A 2ZE2A 4RG8A 3VQ7A 4AHSA 3LP1A 1BL3A 1RILA 2OPRA 4DS5A 1NK6A 2OA8A 4KHYA 3AO2A 1LWFA 4IDKA 3ITHA 4K8ZA 3TR8A 3VQDA 4OJRA 3NE6A 3HSTB 3DLBA 1WSJA 3WNGA 4WE1A 1IKYA 3HP6A 4N76A 2X6NA 3ULDA 3KD5E 4FJ8A 1UWBA 5J2MA 4I7FA 4CF8A 3RRHA 2F8TA 1WAFA 2X74A 2B5JA 2X78A 3LP2A 4CEBA 2HHVA 1TKTA 1RT2A 2D0CA 3MEDA 4CJVA 4CF9A 5CZ2A 4CIEA 1TV6A 4W5OA 3VA0A 1NK5A 1LV5A 1VSFA 4CJEA 3DLHA 1QQCA 3D0PA 1VSEA 3M8RA 4Z4HA 2QK9A 4B9VA 4DTNA 3DOKA 3KK2A 4O0IA 2G8HA 4PUOA 3SI6A 4BE1A 4NCGA 2Z1JA 3KIOA 4CEOA 4DFMA 4DFPA 2F96A 2KW4A 1XC9A 3S3NA 4B9TA 2Z1IA 3SV4A 3SYZA 2HHUA 1C1BA 1B9DA 4BDYA 1NKBA 1NKCA 2KZMA 4J2EA 1UA0A 5EU7A 3BGRA 4FK4A 3HVTA 5K14A 4CJRA 1YVUA 1Z26A 1JXBA 4I9LA 2KFNA 3RMAA 1LW0A 3AVKA 5J1EA 4B9LA 3CFOA 1NKEA 3WNEA 4E7HA 4FLXA 1LAWA 4FLWA 3TAQA 1SKRA 4J2BA 3AVHA 3TI0A 1A5VA 2D0AA 1NJXA 4CHPA 2HB5A 3THVA 1X1PA 3SUQA 3TAGA 1HYZA 4DTSA 4KI4A 4GVMA 4IFVA 4E7IA 1VRTA 4O44A 1X9WA 4KTQA 1JL2A 3OYJA 4FJMA 4FJ7A 3TAFA 4B8CA 3WNHA 5KTQA 1TK8A 3SQ4A 3KLIA 1VSIA 3AVFA 4CE9A 2OPQA 1NK4A 1U47A 4Z4IA 4FJKA 4K8XA 3AO4A 3P5JA 4OPJA 2B6AA 1RT5A 2EX3A 2G8UA 3V9WA 1RTHA 3TWHA 1NOYA 3MXMA 1KCFA 1XHXA 4CGIA 2O4IA 3O3FA 4KTWA 3MECA 4PQUA 1T05A 2PZSA 4MQ3A 2A1SA 4M41A 4EZ9A 3VQ4A 4H4MA 3G10A 3LALA 1JLBA 3M8QA 3DYAA 2A1RA 4DFKA 1SV5A 4AHUA 4N5SA 4O0JA 1N5YA 4ELTA 4DF4A 1WN7A 3O3HA 4FK0A 1RTJA 2Q3SA 3V1OA 3NH0A 4DU1A 4FZXC 3MEEA 4YNQA 4DSJA 2QKKA 1WSGA 2YKMA 2ZQBA 4E3SA 1S5JA 3DLEA 4AHVA 1BCOA 4ZTFA 4QCLA 5JS1A 3QINA 4CK1A 2XO7A 1YTUA 1J5OA 1QE1A 2X6SA 4CJTA 1XHZA 4DTMA 1GOCA 1MU2A 4B9UA 2GBZA 4EP4A 1A5XA 3RR7A 3O4NA 1U4BA 3I8DA 3NBPA 3NDKA 1RT7A 3DLKA 1JL1A 1EXQA 4AH9A 1LAVA 4KPYA 4E7LA 4DTJA 2IC3A 1RBVA 4OGEA 3K5OA 3SV3A 3U3YA 4Y1CA 4KB1A 3L3UA 2G8VA 3HT3A 3QEWA 1QS4A 3RR8A 1RDBA 4C8MA 1GOBA 3CG7A 3AA3A 2AJQA 3QO9A 4H8KA 3O3GA 3EZ5A 3OS0A 3L2WA 4HHTA 4CHNA 3OYCA 3C6UA 2D5RA 4FYDA 4C8OA 3HJFA 4HTUA 1TVRA 1K6YA 1NK7A 1I3AA 3I0SA 5FROA 5KGXA 4OPKA 3HL8A 1TAUA 1KVAA 3V81A 3ZSXA 1D9DA 2IDOA 5HBMA 5E41A 2OZMA 5CY4A 3NF6A 1Y97A 3LZIA 2E4LA 1TK5A 4B9NA 2Y1JA 4QOZB 3VQ6A 2ETJA 2G8KA 1NJWA 3DRSA 3DLRA 3QIOA 4FW2A 4ICLA 3OJUA 3KLGA 3KD1E 2PYJA 4B9SA 1JLGA 4CJ4A 3IS9A 2GV9A 1IH7A 4DTOA 4M3WA 4OGCA 4KAZA 3D45A 1TGOA 1KFDA 4CK3A 1HNIA 1D9FA 3OYIA 3KLEA 4KKOA 3M8SA 1S1WA 2OYQA 3HPHA 1ASVA 3PO4A 3SQ1A 3C95A 1ASUA 4OKEA 1BISA 5CYMA 1S1XA 1S9EA 1B92A 3M8PA 4CHZA 1HRHA 1Q8IA 3NGYA 3LWMA 2YHAA 3ZSOA 1X9SA 1HJRA 1QSYA 4KI6A 4OKKA 5FRNA 2RPIA 4CEQA 1LWCA 5D3GA 4I2QA 4CGFA 4JRPA 1FKOA 2DFEA 3S3OA 3HP9A 3DRRA 3EYZA 1NJZA 3HM9A 3JYTA 1C0UA 4Y1DA 4KHUA 3EY1A 3PO5A 3IAYA 2DY4A 3OYBA 3TANA 3HPGA 2QKBA 5KRSA 2P5OA 3ZT0A 1KTQA 4HVJA 2IOCA 3KLFA 4N47A 4CHQA 4CJFA 4DSKA 4KB0A 4FJ5A 3HVRA 5HRSA 1UA1A 3ZSRA 2DFHA 4B9MA 4FJNA 2XY8A 2HVIA 3LAMA 2P1JA 2HNDA 1ZBUA 4G1QA 3RMBA 3L8BA 1BI4A 2FBTA 3AVLA 3SJJA 4RW9A 3ZT1A 4EP5A 4CEZA 4BE2A 3AA4A 4CF1A 1U48A 1EETA 4M3ZA 1L3TA 2W42A 1WNSA 4J2DA 1WSEA 3VQPA 1QSSA 2HHXA 2JGUA 1JLAA 1RDAA 1TAQA 3OYNA 1NK8A 3L2RA 1C1CA 4BWMA 1ZBFA 4FJHA 5KI6A 4CEFA 2VG7A 3HXMA 3AO1A 4B8AB 3SZ2A 1XWLA 1JXEA 1TKZA 3KKSA 1NK0A 2FBVA 1RTDA 1ZBLA 2XHBA 4FK2A 3KJVA 4IFYA 3HO1A 3NAEA 4O4GA 3K57A 4FVMA 1R0AA 1HNVA 1WLJA 4DWIA 4N56A 4NYFA 2VWJA 4CFDA 2HHSA 4TSXA 1CZ9A 4IKFA 3DLGA 4DTUA 2HNYA 2HHTA 2XY5A 4XIUA 3BDPA 2ATQA 3VQ9A 2R7YA 3JSMA 1KRPA 3LP0A 4PWDA 3H08A 3V1QA 1J53A 3SCXA 4ZHRA 4DQPA 1T7PA 4KFBA 3QNOA 1C1AA 3AO5A 2P5GA 3OYGA 1UAXA 4F2RA 2OPPA 3QETA 4AHCA 3QESA 3ALYA 3K2PA 4LD0A 5HRPA 3KLHA 4CJLA 1BGXT 4OLBA 1VSKA 3PV8A 2YNGA 1C6VA 3RWUA 1IKWA 3ZT2A 2DTUA 5DK5A 4O55A 2YKNA 3CFPA 4IG3A 3SUNA 4MFBA 4E89A 2HW3A 1CXQA 1SKSA 3PX4A 4FLTA 3UIQA 4CECA 4Q0BA 4KV8A 1RT6A 1JLEA 4E0DA 1RDDA 4E1NA 4L8RB 2P51A 1L3SA 3TARA 1RDCA 3LAKA 3AVGA 1VSHA 1Z25A 4CF0A 4DQQA 3AO3A 1SKWA 3L2QA 4CJWA 1JLQA 3PX0A 1DTTA 4Q5VA 1BI4B 2G8FA 3U3GA 4W5TA 4NCBA 4NYNA 1D5AA 4KHNA 3V1RA 3NHGA 3A2FA 4CIFA 2B4JA 4N41A 1QSLA 4GMJB 3V9XA 2E6MA 3OYLA 3HK2A 4ELUA 2WOMA 1LWEA 4OKJA 1BIZA 3L3VA 3DMJA 4CHOA 2PY5A 4CJSA 1UOCA 1TL1A 2ITGA 3LANA 1YTAA 1L3VA 4CEAA 4CESA 3K5MA 2VG6A 1RT4A 4KTZA 4AHRA 4C8LA 1NOZA 2HNZA 2Z1GA 1O1WA 1ZBHA 2KTQA 3CM5A 4KO0A 4BWJA 3MAQA 2HVHA 1QHTA 2O4GA 1RT3A 1ASWA 3AVAA 4I2PA 4FM1A 4O5BA 4OVLA 4RW7A 3OY9A 3LP3A 4JS4A 3O4QA 4CJPA 4FJLA 4I9QA 3TABA 1BCMA 1CXUA 3DOLA 4FM0A 1HPZA 1JLCA 4LSLA 4Z4CA 5SWMA 3OS1A 1ZYQA 2EHGA 4KHWA 1WSHA 2I5JA 3PX6A 4F4KA 3TAEA 1TL3A 3T1AA 3OYDA 4BDZA 4HCBA 3CM6A 4Z4EA 1B9FA 3B6PA 5JS2A 1S9GA 1G15A 1TK0A 3NGZA 4Z4GA 1W9HA 3VQQA 3KKRA 3OYEA 2KFZA 4C8NA 3NGIA 4CGGA 3QEXA 3DI6A 4CERA 1VRUA 4GW6A 1Q9YA 3VQ5A 2G8IA 3NFAA 1EX4A 3LDSA 4FZZA 5HRRA 4IG0A 1SUQA 3AVCA 1U49A 3T3FA 5FRMA 3HPOA 1JKHA 5HRNA 4HUGA 4F3TA 2WONA 3F73A 4CGHA 1U45A 4CEDA 1X9MA 4FZYA 3ZSWA 4AHTA 1SL0A 3C6TA 5CZ1A 4E1MA 4YFUA 4DQSA 3C94A 5SZTA 3OS2A 4DQRA 1SL2A 4FCYA 2FBYA 4RW8A 1RBTA 1IO2A 3SPYA 3OYHA 3K59A 3V9SA 4FLYA 3AVMA 4FLZA 4CHYA 3K5NA 5I42A 4KRFA 1L3UA 3QEIA 4JRQA 4Z4FA 4PA1A 1Q9XA 4LH4A 1N6QA 3VN5A 4F8RA 3NCIA 3MXJA 4FXDA 3P1GA 3LZJA 1YT3A 3B6OA 2QXFA 4CFBA 3OJSA 5J2QA 1HYSA 3OYKA 1EKEA 1S1VA 4DMNA 3SPZA 3K58A 3MXIA 4DSFA 3OYFA 4BE0A 2JLEA 4E7KA 1BQNA 4DG1A 4CJKA 4HUEA 2YNFA 3TAMA 1C0TA 3IRXA 4RW6A 2DFFA 3QEPA 4DF8A 3SUPA 5HROA 1NJYA 1RBUA 2BANA 4KREA 1RBSA 1VSMA 1CZBA 2PYLA 1HQEA 4CIGA 5C42A 4DQIA 3SNNA 4FJIA 1VSDA 4R5PA 1SL1A 1TKDA 4FM2A 3QIPA 1VSJA 3ZSYA 1HQUA 2YNIA 3KK1A 2KZZA 3SQ2A 1RT1A 3ZSQA 3S3MA 3RMCA 3RTVA 2HHQA 4M3UA 3AV9A 2VWKA 3WNFA 3KTQA 2IGIA 4FLVA 2G8WA 4J2AA 4FW1A 4JLHA 3ZT4A 4CFAA 2BDPA 1CLQA 2YV0X 4B08A 3QEVA 4DLGA 1A5WA 1I39A 4DU3A 4F3OA 4W5NA 5FDLA 4M42A 3CYMA 3P83D 1RBRA 3T19A 2XRIA 4ID5A 3AVJA 3VQAA 1VK0A 1VSLA 4E19A 3V9ZA 1U04A 2HHWA 5KRTA 3RMDA 4CFCA 1REVA 3PUFA 1S1UA 2YNHA 2D0BA 4CK2A 4F2SA 2BE2A 2XY6A 3HYFA 4NCAA 1T8EA 1ZBIA 1FK9A 1FXXA 2GUIA 2RF2A 3OYMA 1NK9A 1HMVA 5I3UA 3IG1A 4DSLA 2Y1IA 4QAGA 4KHQA 4DFJA 4M3RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1HQE A;  4CIG A;  5C42 A;  4DQI A;  3SNN A;  4FJI A;  1VSD A;  4R5P A;  1SL1 A;  1TKD A;  4FM2 A;  3QIP A;  1VSJ A;  3ZSY A;  1HQU A;  2YNI A;  3KK1 A;  2KZZ A;  3SQ2 A;  1RT1 A;  3ZSQ A;  3S3M A;  3RMC A;  3RTV A;  2HHQ A;  4M3U A;  3AV9 A;  2VWK A;  3WNF A;  3KTQ A;  2IGI A;  4FLV A;  2G8W A;  4J2A A;  4FW1 A;  4JLH A;  3ZT4 A;  4CFA A;  2BDP A;  1CLQ A;  2YV0 X;  4B08 A;  3QEV A;  4DLG A;  1A5W A;  1I39 A;  4DU3 A;  4F3O A;  4W5N A;  5FDL A;  4M42 A;  3CYM A;  3P83 D;  1RBR A;  3T19 A;  2XRI A;  4ID5 A;  3AVJ A;  3VQA A;  1VK0 A;  1VSL A;  4E19 A;  3V9Z A;  1U04 A;  2HHW A;  5KRT A;  3RMD A;  4CFC A;  1REV A;  3PUF A;  1S1U A;  2YNH A;  2D0B A;  4CK2 A;  4F2S A;  2BE2 A;  2XY6 A;  3HYF A;  4NCA A;  1T8E A;  1ZBI A;  1FK9 A;  1FXX A;  2GUI A;  2RF2 A;  3OYM A;  1NK9 A;  1HMV A;  5I3U A;  3IG1 A;  4DSL A;  2Y1I A;  4QAG A;  4KHQ A;  4DFJ A;  4M3R A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LWL A;  2P9P A;  2E6L A;  3ISN C;  3SMS A;  4BRD A;  4DTR A;  4LF9 K;  2CH5 A;  2YX6 A;  1VQ5 N;  3NF8 A;  3U6F A;  3ASM A;  1IKV A;  1HYV A;  5AQS A;  2FC0 A;  1WSI A;  1FKP A;  4DQ8 A;  2O8F B;  4KHS A;  1BWF O;  5IRE A;  5C25 A;  2Q31 A;  3AVI A;  1FZ6 E;  1HNW K;  4CCH A;  5HLF A;  3ZCM A;  3TAP A;  4EZ6 A;  3H3O B;  4BRC A;  1HNX K;  2VWB A;  3MEG A;  5KGW A;  1XI1 A;  3DRP A;  2F8S A;  3THX A;  5AQH A;  4IEI A;  3PY8 A;  5LMN K;  2IAJ A;  5EY4 A;  3NF9 A;  4LF5 K;  3QB0 A;  2ZGZ A;  4YY3 K;  1T03 A;  1KLM A;  5EVZ A;  3OYA A;  4YDU A;  2HD0 A;  3VQ8 A;  4M3T A;  4DSE A;  4DTP A;  1GLE G;  2VG5 A;  1BIU A;  4H4O A;  4LF4 K;  3LDP A;  5CYQ A;  4ID1 A;  1RTI A;  4IOX A;  4CJU A;  3FR0 A;  5ADX H;  3EZW A;  4LH5 A;  4BC2 A;  3LPT A;  4HUF A;  1NGB A;  4RG8 A;  3VQ7 A;  3SLC A;  3P39 A;  3LP1 A;  4IOA L;  5LMU K;  2VQF K;  2OA8 A;  4ISF A;  3VGM A;  1TUY A;  3ITH A;  5F0X A;  4JI7 K;  4OJR A;  5AZJ B;  1IKY A;  3HP6 A;  3I55 N;  3RRH A;  2F8T A;  2BUP A;  1RFQ A;  3MX5 A;  1BA1 A;  3LP2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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