4FJIA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp/dc
Total Genus 321
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 321
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjiA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjiA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjiA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjiA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjiA03
4K8XA 2ZD1A 4B08A 4CK2A 1RBUA 3SV4A 4FK0A 5CY4A 3V9SA 4E7JA 2IS3A 4KHUA 3NF7A 3K59A 4DTJA 1J54A 3M8QA 1QHTA 4OPJA 2XHBA 3OYLA 2F96A 1NKBA 2X6SA 3PX4A 4CEOA 3HM9A 1BGXT 1TKDA 4F8RA 4ZHRA 1JLFA 3K58A 4CGFA 1NK8A 1BQMA 2KW4A 1RBRA 1QSLA 2VWJA 4PQUA 1RBSA 2DY4A 4E7HA 1MU2A 1LWFA 3LAKA 3VQ4A 4DFPA 3K5NA 2PYLA 1XHXA 3CYMA 2G8FA 4FJJA 3HP6A 3DRSA 1FK9A 3ASMA 4CJPA 4FZXC 2QK9A 1RDCA 1RT4A 1VSHA 3JSMA 1HQEA 1L3VA 4F3OA 3M8RA 3K2PA 4DTSA 5J1EA 3LP2A 1U49A 4CJ3A 3WNEA 3TAPA 4WE1A 4FM0A 4LSLA 1QS4A 5T7BA 4Q5VA 4CHQA 3HPOA 3TABA 1U47A 3ZCMA 4CCHA 4F2RA 3AVMA 3WNHA 4L8RB 5J2QA 1QSYA 4M3ZA 3VQQA 4FLYA 4DQRA 2XY7A 1BCMA 4N56A 1WSJA 4CJLA 3AO4A 3U3GA 2HHWA 2OZMA 3ZT0A 1X1PA 2B4JA 3KK1A 4Z4EA 1Q9YA 4CJRA 1IH7A 4FM1A 4DSFA 5HRRA 4E7KA 1UA1A 1RT2A 2Z1JA 5KGWA 3VQAA 4FJLA 1S1TA 3VQ8A 3LANA 3OYFA 1D8YA 1RNHA 4KTWA 1LW2A 3NFAA 3V9UA 4F4KA 3QERA 1D9DA 3T3FA 3AVJA 3TAGA 4KRFA 4E19A 2R7YA 4IFVA 4CEEA 3OYHA 3KJVA 3NGZA 2HHQA 4FK4A 1FXXA 4DTXA 4Y1DA 4EP5A 4M45A 4B8AB 1NJYA 1SKSA 4DSKA 4W5NA 3HL8A 1TKXA 5KI6A 1LV5A 3IAYA 3AV9A 3RMAA 1JL2A 2ZQBA 4J2DA 1JXEA 2HVIA 4FM2A 3SUPA 3G0ZA 3OYAA 5CZ1A 5HRSA 1ZBUA 1Q8IA 1NK0A 4HVJA 2HHVA 3B6OA 1D5AA 3SI6A 3CM5A 4FLVA 3NAEA 3U6FA 1N5YA 1A5VA 4FLWA 1X9SA 2F8TA 3ULDA 4CGGA 1REVA 4F2SA 3AVKA 4JRQA 4J2BA 2NUBA 2JGUA 3HVTA 1ZBIA 3NHGA 4LD0A 1EXQA 1JLQA 4ID1A 1J53A 1BCOA 2D0CA 5FDLA 5EU7A 1U48A 1UA0A 3ZSZA 4H4MA 4KB1A 1FKPA 4F3TA 1S1WA 3ZT1A 3NH0A 5D3GA 4RW7A 4K8ZA 2JLEA 4O0JA 3IS9A 3QEPA 3AVBA 4CHOA 4RW9A 3TANA 3PX0A 3S3MA 1CXUA 4FJXA 2GBZA 3G10A 3V6DA 4CJTA 2OPQA 1U45A 4DFMA 2FBXA 3KTQA 3ZSWA 4R5PA 4DQQA 1TK5A 4NCAA 3TAEA 4EZ9A 4N47A 3HJFA 1GOCA 4C8NA 1Q9XA 4W5OA 1S9GA 4FYDA 1C1CA 1CZBA 3T1AA 3AVLA 1DTTA 1HNVA 2D0BA 1VSDA 2Z1HA 5DMRA 4FJKA 4KHNA 4E7IA 5J2PA 3HYFA 3NGYA 1NK9A 2O4IA 1IKXA 4CEAA 4FJNA 1G15A 3MXJA 4PA1A 2KFNA 1B92A 2VG7A 2YKMA 4AHCA 3DMJA 1JLEA 3V81A 1NKCA 1L5UA 4B9MA 4AHRA 4FJMA 4JLHA 4FJGA 3LP1A 3M8SA 3PV8A 1NOYA 3F73A 4CF9A 3TWHA 3V1QA 4O0IA 1JLCA 3TAMA 3QLHA 4QAGA 4AHVA 3DM2A 3OS0A 4CERA 3DLBA 1VSIA 1T03A 1UAXA 3RR8A 3AVIA 2XY5A 4IDKA 3RMDA 1KFSA 1IKVA 1BQNA 3QEWA 2YNGA 4XIUA 3L2RA 1ASWA 1KSPA 3PO4A 4CJKA 4B9LA 4FJ5A 3OS1A 1KLMA 1RT5A 3DLRA 1T8EA 2PYJA 2P5OA 3E01A 3M8PA 4I9LA 1VSEA 3QIOA 3ZSYA 2D0AA 4Y1CA 4CJ4A 1XI1A 3QESA 3AVFA 3AVAA 3IRXA 4IG3A 3VA3A 3K5OA 4NYNA 3L2VA 2KZZA 3CFRA 2XY6A 3VQCA 3QINA 3UIQA 2OPSA 2ETJA 3ISNC 2IDOA 1RILA 2G8UA 4ID5A 3FFIA 1NJWA 2Q3SA 1ASUA 3OYCA 4KTQA 5I3UA 3PUFA 3CM6A 3LWLA 1WAFA 4BDZA 1SV5A 4M3YA 4RW8A 1X9MA 5J2MA 1S5JA 1IKYA 3MEEA 3S3NA 1LW0A 1XWLA 4Z0UA 3LAMA 4GVMA 3F9KA 5HBMA 3U3YA 3LP3A 1B9DA 2HNDA 1SL1A 2HVHA 4KO0A 2BDPA 1KFDA 4DSEA 3BDPA 3EY1A 4QCLA 3KIOA 4DSLA 4DSIA 3SQ4A 2VG5A 3EYZA 3K5MA 2BGGA 1EETA 2IAJA 3S3OA 1TGOA 2AJQA 3AO5A 1RT7A 1S6QA 4CEDA 1A5WA 3HT3A 2G8HA 3V9WA 2PY5A 3HK2A 4C8OA 4M41A 2DFFA 3AVHA 4C8LA 4FLUA 1Y97A 4OKJA 2B5JA 1A5XA 1KTQA 3TAQA 1RTJA 4FJHA 2EHGA 4ZTJA 5DK5A 4Z4GA 3DI6A 3SCXA 3WNFA 3HXMA 4ICLA 4B8CA 4I2QA 3LDSA 4E1NA 5KGXA 3OY9A 1S1UA 4LH4A 1NK6A 4PWDA 4HUEA 4M3UA 4CJWA 1TAUA 2I5JA 3PX6A 3SQ1A 1LAWA 3PY8A 1J5OA 2QKBA 1KVBA 1RTDA 3QETA 4EP4A 3RRHA 4E0DA 4ZTFA 2X78A 2RKIA 1QE1A 3KK3A 4CGJA 5FRMA 4ELTA 1VK0A 1YT3A 1TVRA 4CJSA 4Z4CA 3MAQA 3MECA 4FZZA 2BANA 4CK1A 3MXMA 4DQIA 1EP4A 1WAJA 2W42A 3TAFA 3AO3A 4CF0A 3VQ9A 1UWBA 3NH1A 4N76A 4ELVA 4O4GA 3HPGA 3O3FA 5CYMA 3NGIA 4OPKA 4B9TA 2F8SA 3CFPA 4BE1A 3B6PA 3NBPA 4OGCA 5J2NA 1RT3A 4CFAA 4O44A 3OYKA 4AHUA 3KLGA 3RMCA 3VQ6A 4DG1A 4BDYA 4IKFA 3SQ0A 2OPRA 3O3GA 4AH9A 3T19A 1SL2A 4C8MA 3DOLA 4CGHA 2A1RA 4Q0BA 3NCIA 4RW6A 1C1AA 5K14A 4CJVA 3DLGA 2D5RA 2YV0X 4W5QA 4O5BA 2HHXA 4CIGA 1VRTA 4IG0A 4B3OA 3S9HA 1T05A 3OJSA 3RR7A 4BDPA 2KZMA 3OYEA 3CFOA 1KCFA 4CFCA 3NF6A 3K5LA 3HPHA 3OJUA 1L3TA 5CZ2A 4KB0A 1ASVA 2ZE2A 4DLEA 3AVGA 4W5RA 5HROA 1VSFA 2BE2A 4O55A 3V1OA 1RDAA 2WONA 3KLEA 2DFHA 1HNIA 1Z25A 4DSJA 2DTUA 1GOBA 3LZJA 4CJUA 4CHNA 3L3VA 4FJIA 4Z4HA 1YVUA 1TV6A 4FCYA 2HHSA 4M3TA 1UOCA 2YNHA 2A1SA 1RDBA 2HB5A 4CJQA 1ZYQA 3C6TA 1ZBLA 1B9FA 4DTRA 1F21A 1HQUA 2YHAA 5FROA 4KPYA 4KKOA 4PUOA 1IO2A 2KFZA 2P1JA 4LSNA 3ZT4A 4CHYA 1S1XA 2YNIA 3JYTA 4MQ3A 5HRPA 4PY5A 3SZ2A 3OS2A 2G8IA 1NK4A 4M3RA 2QKKA 3RRGA 2B6AA 1JLAA 1TL3A 3ZSXA 3LZIA 3HVRA 1XC9A 2HHTA 1C1BA 4FK2A 4CHZA 2XO7A 1KVAA 4KHQA 2OZSA 4RW4A 3SPYA 3QNNA 1BHLA 1VRUA 1RCHA 1JLBA 1C0TA 3D0PA 2HHUA 1BI4A 4I9QA 4JRPA 4DFKA 2G8KA 4B9UA 1WN7A 3SUNA 2E6MA 5KTQA 1BL3A 4FJ8A 4FLTA 4CECA 3KLFA 3PO5A 4E1MA 2G8WA 4CFBA 2Y1JA 1NK5A 5JS2A 3ZSQA 3P83D 3V1RA 1N6QA 2PZSA 3VQBA 3AA3A 1DTQA 4KHYA 3DLKA 4W5TA 4BACA 3OYJA 1I39A 1S6PA 3QEVA 2ATQA 1WNSA 3AA2A 3VN5A 1YTAA 1TL1A 1HYVA 3VA0A 4KFBA 1QSSA 3SNNA 3SV3A 1S9EA 1TK8A 2HNYA 5C24A 3IG1A 3HSTB 1BI4B 1KVCA 3O4QA 3ALYA 1KLNA 1JKHA 1ITGA 2GV9A 1TKZA 1WLJA 4HCCA 3ITHA 2RN2A 4N41A 4AILC 1XHZA 4OLBA 1U04A 4CEQA 3DRPA 3QEXA 5E41A 4DU3A 3MEGA 3C95A 4CESA 4DFJA 1C0MA 4NYFA 3SPZA 3C94A 5HLFA 4H4OA 4KAZA 4KI6A 4OKEA 4C8KA 1IG9A 3I0SA 2IOCA 5KRTA 3L2QA 4EZ6A 4QOZB 2VG6A 4DTPA 1LWCA 3TR8A 3NE6A 4DS4A 4YNQA 3L3UA 2P51A 3VQ7A 4N5SA 2G8VA 1KRPA 4DWIA 2VWKA 4CIEA 4Z4FA 3D45A 2HNZA 4CF8A 5I42A 4CEFA 5HP1A 4J2AA 1WSIA 2XRIA 3AA5X 4MFBA 4CJEA 5KRSA 3I0RA 1EKEA 4FJ7A 2XY8A 2YKNA 3AO2A 2OPPA 1C6VA 1RT1A 3L8BA 1TK0A 3RWUA 4DTNA 2EX3A 3KLIA 4J2EA 3V9ZA 3KD5E 3P1GA 4CF2A 3AO1A 1HPZA 1WSGA 1DLOA 3OYBA 4FVMA 1R0AA 2ITGA 4B9VA 3L2UA 2IGIA 3AA4A 3WNGA 3O3HA 1SUQA 3KK2A 4E89A 4HHTA 5C25A 4B9NA 1RDDA 3DRRA 1VSMA 4KI4A 3C6UA 4BE0A 3H08A 4OLAA 4RG8A 4CIFA 3K57A 4DS5A 1SL0A 3AVCA 3MXIA 3NF9A 3LWMA 4YFUA 3OYGA 3MEDA 4OVLA 1GOAA 4FZYA 3VQDA 4CK3A 1J9AA 4HCBA 3KD1E 3DOKA 1Z26A 4IBNA 1YTUA 4FLZA 2Z1IA 4CFDA 3BGRA 1IKWA 3CG7A 2DFEA 4FJ9A 4CEBA 4DMNA 1HJRA 3RMBA 1WSFA 4FXDA 3OYDA 3OYMA 1FKOA 4NCGA 4CJFA 3EZ5A 1JXBA 1CLQA 3SUOA 1RTIA 4GMJB 1ZBHA 1NJZA 2GUIA 2RPIA 4CE9A 2P5GA 2OA8A 2FC0A 3P5JA 3I8DA 3L2WA 3DLHA 4CGIA 1K6YA 3TARA 4KHWA 1HMVA 1RBVA 3DYAA 3ZSRA 2QXFA 4KTZA 4DTUA 1EX4A 3OYIA 3QIPA 1VSJA 3RTVA 1RBTA 1HYZA 4G1QA 4DTOA 5FRNA 1C0UA 3TI0A 1BIZA 4BE2A 4DF8A 1D9FA 2HW3A 4M42A 1L3SA 3ZT3A 5CYQA 4TSXA 1JL1A 4OKKA 1BIUA 4IFYA 3ZT2A 4Z4IA 1TKTA 1NK7A 4CGDA 1SKRA 4JS5A 4B9SA 3LPTA 1W0HA 4CJ5A 1SKWA 3THVA 4DU4A 4FLXA 4OJRA 1BISA 4GW6A 1HYSA 5SZTA 4UQGA 4KHSA 4OGEA 4LH5A 1TAQA 1W9HA 2IC3A 4CHPA 2RF2A 4BWJA 4DTMA 2OYQA 1S1VA 1ZBFA 3LP0A 4LY7A 4JS4A 4KREA 2Z1GA 3V9XA 2WOMA 2LSNA 1QQCA 5C42A 2FBYA 1HRHA 1T7PA 3AVNA 4KV8A 2FBTA 4M3XA 4HUFA 3VQEA 4AHSA 2E6LA 1U4BA 1VSKA 2X74A 3VQ5A 3ZSOA 1WSHA 1JLGA 3SYZA 5JS1A 3SUQA 3OYNA 2KQ2A 3KKRA 3CQ8A 1NOZA 1I3AA 4BWMA 4DQSA 4DF4A 1CZ9A 4CEZA 3A2FA 4DLGA 1L3UA 1LWEA 3HP9A 4NCBA 3SQ2A 4I2PA 3O4NA 4DQPA 2X6NA 3LALA 1QTMA 4FW1A 3VQPA 3NH2A 1RTHA 1NKEA 3DLEA 4M3WA 3KKSA 1WSEA 3QNOA 2KTQA 2YNFA 4DU1A 4HTUA 1O1WA 1X9WA 1CXQA 3V4IA 4CF1A 1NJXA 2E4LA 3LPUA 1VSLA 4FW2A 5HRNA 1LAVA 2Y1IA 4H8KA 4ELUA 3NDKA 2HMIA 3QEIA 5SWMA 3SJJA 4E3SA 2O4GA 4E7LA 3HO1A 4HUGA 2FBVA 1RT6A 3NF8A 3KLHA 3ZSVA 3OVNA 3QO9A 4I7FA 2YHBA 4AHTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4CJKA 4B9LA 1RT5A 3E01A 3M8PA 4Y1CA 1XI1A 3H3NO 4NYNA 4FWMA 1QQMA 4GY2B 2OPSA 2ASMA 2Q3SA 5AQTA 3CM6A 3LWLA 3MWPA 2IVNA 1P90A 3UKRA 4EHTA 5J2MA 1XWLA 2PAVA 4KH4A 4Z0UA 4BRAA 4GVMA 5HBMA 3U3YA 4BQLA 2BDPA 2A41A 4DSLA 2BGGA 3AGRA 2IAJA 1S6QA 3FGUA 4M41A 3AVHA 4C8LA 1MWMA 3OGMB 4JKFA 4Z4GA 3DI6A 5BN8A 3WNFA 4ICLA 2MW2A 4I2QA 5KGXA 3OY9A 2HOEA 4WQ5C 4M3UA 3DWLA 2F9TA 3SQ1A 4C1NI 1RTDA 5E26A 1XQSC 4EP4A 2FSNA 3LM2A 2X78A 2LF3A 1TVRA 2JWKA 3KZBA 3QBWA 1LOTB 3MECA 3O4WA 4JYAK 2OVPB 4DUZK 4CK1A 1TUYA 4JEPA 2W42A 3C7NB 3VQ9A 3NH1A 3S41A 1VQ5N 4H0TB 3HPGA 3O3FA 4ELVA 2A42A 4YOYA 4OPKA 1QZ5A 1NM1A 2RHKA 4AHUA 4IKFA 5AQRA 3VQ6A 3KWGA 3O3GA 3MN9A 3SMPA 2GELA 2VYPA 4RW6A 5K14A 3EE8A 4CJVA 3ZETA 2Q31A 3RR7A 2KZMA 3PSIA 1KCFA 1GLJO 1L3TA 3TPQA 4EHUA 4DLEA 4BRDA 2W40A 4M63C 1VSFA 4W5RA 4O55A 3V1OA 4B1WB 4BC3A 3HOTA 5AQSA 1HNIA 3LZJA 2PBDA 4B1VA 3KVGA 4FJIA 2GUPA 4Z4HA 2ZWHA 3CJCA 1YVUA 1TV6A 3DLLL 2A40A 4CJQA 1ZYQA 5IWAK 4BR5A 4BR2A 3PIPL 4CW7B 4PUOA 3ZT4A 5CE3A 2YNIA 4MQ3A 3SZ2A 3OS2A 4L3QA 2G8IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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