4FJKA

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp/da
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjkA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjkA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjkA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjkA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjkA03
4FK2A 4CGGA 2PZSA 3TR8A 3VQ4A 3S3OA 4B9UA 1JLEA 1IKWA 3AVBA 3T19A 1EKEA 3LDSA 1RDCA 3V4IA 4PUOA 3RMBA 4EZ9A 3DRRA 4HCCA 1C0UA 1JL1A 1VSKA 3KKRA 1BCOA 3U3GA 4OKKA 4ZHRA 4DTMA 4FZYA 1U49A 1JXBA 2P51A 4DU3A 3O4NA 3S3NA 4CEBA 4Y1CA 4F3TA 4FM2A 3HT3A 3C6UA 4IFVA 3PX0A 3QETA 4OPKA 4KFBA 3LALA 4CGJA 3LWMA 3KK2A 1KFSA 3RMDA 3OS1A 4O5BA 4WE1A 4Z0UA 1KVBA 3DMJA 1RCHA 1VSDA 3CYMA 3LP1A 1ASUA 4CJ4A 2G8IA 4N5SA 4B3OA 1TKDA 3V1RA 3L3UA 3LANA 4HVJA 4E3SA 3G10A 4CF1A 3HK2A 4OGCA 4Y1DA 1RTHA 5KGWA 3M8PA 3SQ1A 4FLYA 1ZBHA 2IS3A 4DTOA 1HRHA 2RKIA 1U45A 2IOCA 1WAJA 1NK9A 4CHPA 1T03A 2I5JA 1K6YA 1IKYA 4CJSA 1CXQA 4KTZA 4CF9A 4OVLA 2YKNA 3RWUA 3ASMA 1KFDA 2G8UA 5CZ1A 1BL3A 2LSNA 3KD1E 4FJ7A 1JL2A 3TAMA 2YHBA 4ZTJA 2IC3A 2HVIA 4GMJB 1J53A 3DM2A 4O0IA 3QO9A 4FXDA 3O3FA 3OYNA 3PO4A 2DFFA 2E6MA 3OJSA 3KK3A 1NK8A 1L3TA 3VQCA 4DTPA 3H08A 4ICLA 1SV5A 1RDAA 3NF9A 4ELVA 2ZQBA 3PX6A 1JLAA 5JS1A 1QS4A 3V9UA 3CFPA 4CF0A 4EP5A 4LH5A 4KI6A 4IG0A 2X6NA 3VQQA 1YTAA 4KB1A 3MXJA 3M8SA 4DSLA 3RTVA 3T1AA 1HNIA 4O55A 4DG1A 1KLMA 1RDBA 1XWLA 4AHTA 3V1QA 1F21A 2D5RA 3AA3A 4QAGA 4CJLA 3KTQA 1JLBA 1S1WA 3NF6A 5I3UA 4FJJA 1SKRA 1UOCA 4J2BA 2G8FA 3MEEA 5KRSA 1A5WA 4HUEA 3LP2A 1X9SA 3B6PA 3ZSOA 3AVMA 4CFBA 4E19A 3V9SA 4DQPA 3KIOA 1R0AA 4BE1A 3RMCA 4DSKA 2BGGA 1BIZA 1RT5A 1CZ9A 3NCIA 2OPQA 3I0RA 4QOZB 2HVHA 2D0BA 2ATQA 4J2AA 1EX4A 1RT3A 3MEGA 4GW6A 4CJFA 4HTUA 3NDKA 1SL1A 1KCFA 1MU2A 2OZMA 1RBRA 4E7LA 2B5JA 4IG3A 3NBPA 1BISA 2HHVA 4CHNA 4CHYA 1RBTA 2HHUA 4KKOA 4I2QA 1WAFA 3AVLA 1ZBUA 1RTDA 5DK5A 3P5JA 3KJVA 4NCBA 4CF2A 4FJMA 4FJLA 3K5LA 4JRPA 3U6FA 3AVFA 3TARA 4PWDA 1HJRA 1UA1A 3TWHA 3OYHA 2X74A 4DLEA 3RRGA 1WSHA 4CJ5A 3PY8A 3O3GA 4KAZA 3TAFA 1L3SA 3RR7A 2Q3SA 1ZBIA 4L8RB 5EU7A 3OS2A 2XHBA 2QXFA 1QSYA 4FYDA 5KGXA 4CEQA 2VWJA 1WSIA 4K8ZA 5C24A 3LZJA 3ZT2A 3SYZA 3TAQA 1U48A 4F3OA 3VA3A 1Q9YA 3E01A 4FZXC 2JLEA 4FJIA 4B9NA 3RR8A 1LW0A 3ISNC 2GBZA 4KHWA 5CYMA 3THVA 1HQEA 1RNHA 4E7IA 2R7YA 3K5OA 3OYGA 4DFKA 4B8AB 4KHSA 2PYJA 1BIUA 1NKCA 4C8KA 1VSIA 1GOAA 4CEEA 2B4JA 3D45A 1EETA 3L3VA 4LH4A 4E89A 2E4LA 1TK0A 4HUFA 3AVJA 1KVCA 4KHUA 4CIGA 3ZSQA 3K5NA 3RMAA 3L2WA 3G0ZA 4UQGA 1HMVA 1C1CA 1L3VA 1BI4A 2VG5A 3AVAA 4CF8A 3ULDA 4RW4A 3KLEA 3VQEA 2FBXA 4FLWA 3C6TA 1TL1A 3SPYA 4RW9A 4AHCA 3DOKA 4CEZA 1YVUA 3DI6A 4KHYA 1UWBA 4AHUA 2ZD1A 1SKWA 3OY9A 4DQRA 3KLFA 5K14A 3DLEA 4FCYA 4CGFA 3K58A 3NFAA 4OJRA 4F4KA 2KZMA 4RG8A 3LP3A 1HNVA 1C1AA 2OZSA 3KLGA 2XY5A 3LP0A 3DLBA 3OYLA 3NGYA 4Z4CA 2HMIA 2ETJA 2O4GA 2ZE2A 4EZ6A 4DSJA 2E6LA 3OYBA 2W42A 1TL3A 5SZTA 3NH2A 3OYAA 3AVHA 3ZT0A 1B9DA 1RTJA 4CGHA 3ZT1A 4I9QA 4RW6A 3HYFA 1X9MA 1ZBLA 4CK1A 2YKMA 3IRXA 4B9VA 3DRSA 4CJQA 1RDDA 3K59A 1KLNA 2KFZA 1S1UA 4M3XA 4DMNA 3QLHA 3SQ0A 3L8BA 3CM5A 1NK0A 3KD5E 2HHTA 4FK0A 4FJNA 4BWMA 4DWIA 5C25A 1VRTA 4R5PA 1TVRA 2RF2A 5J2NA 2QKKA 4GVMA 1GOCA 1XHXA 3O4QA 1BGXT 3K5MA 5HRPA 1HYVA 2Y1IA 4FLVA 2DTUA 3AA5X 4I2PA 4W5NA 5HRRA 3SQ2A 2PYLA 1W9HA 1RBSA 1NKEA 3QEIA 1WNSA 4CIEA 2YNIA 4W5QA 2EX3A 3AVKA 4FJ5A 2OPRA 3HJFA 1Y97A 1QSLA 1XI1A 1A5VA 3NF8A 1J54A 4BDPA 4FLUA 1BQNA 3ALYA 1SL0A 5FRMA 3AV9A 4C8NA 3P83D 4NCGA 3SPZA 1C1BA 3HPOA 1TKXA 1YT3A 4CEFA 2OPSA 1U04A 2G8VA 2YHAA 1WN7A 3LAMA 1NK5A 4FJ8A 4KRFA 3SV4A 3IG1A 4B9MA 4J2EA 3ZSWA 4B9SA 2QK9A 3OYEA 4DFJA 2HHQA 1A5XA 3TABA 3EYZA 3KKSA 4H4OA 4PQUA 1EP4A 3ZSYA 4CERA 4Z4HA 2KTQA 4Z4IA 4AILC 4IKFA 3NGIA 3AVIA 5FDLA 1D9DA 2Z1IA 1BI4B 4LY7A 4CFDA 3ZSRA 1J9AA 4IDKA 5HROA 4CJ3A 3A2FA 1Q9XA 4DS4A 4FJGA 1ASWA 3MEDA 3B6OA 3SUQA 1O1WA 3JYTA 1C0TA 2VG6A 2GUIA 2RN2A 3PUFA 4K8XA 4B08A 5T7BA 4NYFA 4DSEA 4FK4A 3MXIA 4HCBA 3HO1A 1VSHA 1HYZA 5E41A 3M8QA 3HPHA 3LPTA 4CFCA 1NKBA 5KRTA 3S9HA 2WOMA 3IS9A 4TSXA 1QSSA 2HNZA 2HHSA 1WLJA 4DF4A 1KTQA 1TAQA 3AVNA 4LSNA 3NE6A 3QESA 5JS2A 4CHZA 4CGIA 5CZ2A 3OYKA 4M3ZA 3VQPA 1RT7A 4BACA 1FKPA 4CJWA 5CY4A 3V81A 3S3MA 3V6DA 4OKEA 4YFUA 3PO5A 1NOYA 4B8CA 1HPZA 3QEVA 3VQBA 3EY1A 4DQQA 4OKJA 4N56A 4HHTA 4Z4FA 3TAEA 4KREA 4DF8A 4FLXA 2HB5A 4CE9A 4DLGA 1NK7A 1Z25A 3HVRA 3OYIA 3NH1A 4F2RA 1S5JA 4ELUA 3HL8A 4M3YA 4M45A 1N5YA 3I0SA 4DU4A 4E1NA 4N41A 4CJKA 4ZTFA 2IDOA 1TK5A 3MECA 2FBYA 2F96A 4RW7A 3O3HA 2Z1GA 2X78A 4BE0A 1SKSA 1IKVA 1LWCA 4N47A 4DFMA 3CG7A 5FRNA 2XY7A 3F73A 1NJZA 4CEDA 4YNQA 1X9WA 2AJQA 1UAXA 1GOBA 4NYNA 2OPPA 3CM6A 2DFHA 3LAKA 1SL2A 2P5GA 1ZYQA 1QHTA 1JKHA 4DU1A 3AA2A 3MXMA 1KRPA 2PY5A 1TK8A 3AVCA 3DOLA 3T3FA 3QIOA 1L5UA 1NJYA 4DQIA 1FXXA 3WNEA 2ITGA 1WSFA 4M3RA 2Z1JA 3HSTB 5KI6A 2FBVA 3OYMA 1J5OA 3DRPA 1DTQA 3ZSXA 4KHQA 3NAEA 1TV6A 1S1XA 4FW2A 4M3TA 1BHLA 1FK9A 3AA4A 3ITHA 3VQ6A 3VN5A 3SI6A 4EP4A 4OPJA 4DTJA 3OYFA 1NOZA 3PX4A 3M8RA 1S6PA 4CECA 5HRNA 3DLRA 4CEAA 3L2QA 1B9FA 1VSMA 4E0DA 4FM0A 3L2UA 4IFYA 5SWMA 3U3YA 3QEXA 1IH7A 1I39A 3AO2A 1Q8IA 2RPIA 2F8TA 4Q0BA 1TAUA 2HNYA 4DSFA 3TAGA 2Z1HA 4C8LA 4W5TA 2O4IA 3OYJA 2VWKA 1X1PA 3QEWA 4KTQA 1LV5A 4M42A 4FJHA 1SUQA 2DFEA 3WNHA 4BDYA 4BDZA 3VQ7A 4B9LA 2D0CA 1KVAA 2YNHA 3ZCMA 3MAQA 4OLBA 2HHWA 3QINA 4PA1A 4CESA 2Y1JA 3SQ4A 1B92A 4HUGA 3QNOA 4FVMA 4CGDA 3L2VA 4H8KA 3V9XA 5HP1A 3TI0A 2XRIA 5HLFA 4CJEA 4LD0A 1ZBFA 4O4GA 2OYQA 1L3UA 4W5OA 2G8HA 5FROA 4DSIA 4NCAA 1BQMA 4E1MA 4JLHA 3VQAA 5D3GA 4O0JA 1D5AA 3LZIA 4DTXA 1WSJA 4DTRA 4C8MA 3HXMA 4BE2A 3PV8A 5HBMA 3ZSVA 4DTNA 4LSLA 1JLCA 2D0AA 3VQDA 1KSPA 3CFRA 1RTIA 4CHQA 1VSEA 2NUBA 4QCLA 1VK0A 4KHNA 4OLAA 3CQ8A 3AVGA 1N6QA 2OA8A 3CFOA 3DYAA 4CIFA 2XY6A 2XY8A 4CEOA 4FM1A 2YNGA 2EHGA 1LAVA 3DLKA 1HYSA 3SUPA 3HP9A 3QEPA 4JRQA 4CK2A 3OVNA 3WNFA 4M41A 1C6VA 2BE2A 1LAWA 4CHOA 1XC9A 1T8EA 4KI4A 2IGIA 1RBVA 3TAPA 4CK3A 4AHVA 3KK1A 3ZSZA 5I42A 1DLOA 4ID1A 3ZT3A 1LWEA 5DMRA 1VRUA 3V9ZA 5J2MA 1T05A 4DTSA 3EZ5A 4KPYA 1RBUA 1S1TA 4ELTA 4OGEA 3ZT4A 3FFIA 3C95A 2WONA 3LPUA 1TKTA 2BANA 1LWFA 4CCHA 1NK6A 4F2SA 2P5OA 1ITGA 3LWLA 3SJJA 1WSEA 4IBNA 2YV0X 1LW2A 3OYCA 3OJUA 3SV3A 1RT4A 4CJTA 1IG9A 2HHXA 5CYQA 3C94A 2JGUA 5C42A 2KW4A 4N76A 1BCMA 1RT1A 3HVTA 3IAYA 4JS4A 1NJXA 3AO3A 3BGRA 4F8RA 3SUOA 3DLHA 3BDPA 1Z26A 4ID5A 3L2RA 4E7JA 5HRSA 3V9WA 1FKOA 3K2PA 1RT6A 1S6QA 1G15A 3AO1A 4H4MA 4KB0A 3SUNA 3WNGA 4XIUA 4FZZA 3I8DA 2F8SA 1XHZA 2HW3A 4AHRA 1QQCA 4MFBA 4CJRA 3VQ9A 3NHGA 4CJUA 1QE1A 4DQSA 1UA0A 1S1VA 3VQ8A 2B6AA 2HNDA 4CJVA 4M3UA 3DLGA 4BWJA 4E7HA 1IO2A 3RRHA 1ASVA 4KV8A 5J2QA 5J2PA 4DTUA 1RT2A 1S9EA 2G8KA 3SNNA 1JXEA 4J2DA 4G1QA 4FJ9A 1C0MA 1JLGA 3NH0A 4FJKA 1JLFA 1DTTA 4C8OA 3NF7A 4W5RA 1CZBA 4MQ3A 3HP6A 4FW1A 1D9FA 1CLQA 3VA0A 2VG7A 3OYDA 4DS5A 1QTMA 3AO5A 4FLZA 3P1GA 3JSMA 4CFAA 5J1EA 2G8WA 2X6SA 3HM9A 2QKBA 2KQ2A 1TKZA 3HPGA 4E7KA 5KTQA 1W0HA 3AO4A 3NGZA 2IAJA 3KLHA 4FLTA 2FBTA 2YNFA 2A1RA 4I9LA 1NK4A 1NJWA 1HQUA 4Z4EA 1IKXA 1TGOA 4KO0A 1U4BA 4B9TA 3TANA 3QIPA 3QERA 3K57A 2KZZA 3KLIA 4CJPA 1U47A 4RW8A 4AH9A 1REVA 4Z4GA 1VSLA 3SCXA 1T7PA 3UIQA 2P1JA 3SZ2A 4M3WA 1WSGA 4PY5A 1EXQA 3D0PA 3QNNA 2DY4A 1VSJA 1JLQA 4O44A 4FJXA 2A1SA 1CXUA 1D8YA 3F9KA 4DFPA 4Q5VA 2KFNA 3VQ5A 3V1OA 2FC0A 4JS5A 1YTUA 1S9GA 4AHSA 1RILA 1I3AA 2GV9A 2XO7A 4I7FA 3OS0A 2BDPA 4KTWA 1VSFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4FZXC 3C7NB 2UUAK 3L0MA 4CD3A 3ISNC 3THVA 1NEXB 3QMLA 2R7YA 1GLLO 5C2FA 3K5OA 5BRDA 4KHSA 3J80O 2HF3A 3J7AP 3UKUB 1TK0A 4IT5A 3AVJA 1FZ3E 4UQGA 1HMVA 2ITMA 1BI4A 4CF8A 3C6TA 3JXUA 4RW9A 3DOKA 2QEXN 5LJWA 3P38A 4RG8A 1HNVA 2JHAA 1X3MA 3DLBA 1HUXA 4Z4CA 3OYLA 1NG9A 2HMIA 5EVZA 2O4GA 1VHXA 1RTJA 3EE9A 3ZT1A 4I9QA 4RW6A 3HYFA 4BRDA 1ZBLA 1KD1O 4KH6A 1KQSM 3QLHA 1LDKE 3SQ0A 3CM5A 1YHQN 1XVEE 1IBKK 1RDWX 1GOCA 4H5TA 4JK7A 1V4TA 3MX2A 2Y1IA 3THXB 4YHHK 2WFBA 4IOAL 1WNSA 2OPRA 4BDPA 2MW2A 3GL1A 2OTLN 2IVPA 1NWKA 3LM9A 1YT3A 1VQ5N 4JK9A 4BR2A 4KRFA 4B9MA 4J2EA 3ZSWA 2DPNA 2HHQA 1A5XA 3D2EB 4M7YA 5AQJA 4H4OA 4PQUA 4CERA 2F9TA 3O1WA 4Z4HA 5C2DA 3AVIA 4H03B 2FSJA 4FWRA 1Q9XA 4A5AA 2KLAA 3B6OA 1K8AO 3PUFA 1KAXA 4NXMK 5T7BA 4NYFA 1W97L 4FK4A 1TYQB 4DSEA 3M8QA 1NKBA 1FZ6E 2WOMA 2AA4A 2P9LB 4TSXA 4XEIA 2ZJPL 4JKDA 1T44A 4DF4A 2H3GX 1KTQA 1TAQA 4CHZA 3QESA 3K0SA 1YF5L 1MWMA 5CY4A 4YFUA 3EY1A 4OKJA 1K73O 4HHTA 4A61A 4B1YB 3DXMB 1GLAG 4B3TK 2JHPA 4K42A 1FZ5E 3OYIA 2NRVA 5AQNA 4BG9A 3HL8A 2VJ5A 4CJKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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