4FJXA

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp/dg
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjxA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjxA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjxA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjxA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjxA03
4CF1A 1Q9YA 1HYZA 2IOCA 5JS1A 4O55A 2A1RA 4FM0A 3KJVA 5K14A 3VQ4A 1D9FA 3HPOA 1WN7A 4DFJA 1KVAA 1DTTA 4KTWA 4CHPA 1RT5A 1QS4A 4MFBA 4M42A 4FCYA 4J2BA 1C1BA 4E7KA 4C8KA 4FLYA 1TKXA 3KD1E 2Z1JA 4DS4A 4KB0A 5KGWA 4O44A 1FKOA 4B08A 3MAQA 4CJ3A 4DSFA 4E0DA 3RMBA 4CGDA 2DFEA 4FK0A 1VSJA 4R5PA 1RBUA 1RT4A 4CJKA 3OYLA 3ULDA 3VQBA 4CJPA 4B9TA 4Z4IA 4K8XA 1Z25A 2BANA 1D5AA 2D0AA 1J53A 1WSJA 1KRPA 2KTQA 1GOCA 1LV5A 1RDCA 3OYMA 1T8EA 1TK8A 3VA0A 3RMDA 1S9EA 1RT3A 3HPGA 3NFAA 3TAGA 3OVNA 4NCGA 4N5SA 2XY5A 4DTMA 4EZ9A 3HP6A 1GOAA 1N6QA 3VN5A 4CJWA 3CFRA 4DQQA 3K5NA 5I3UA 3HL8A 4CJUA 4FJIA 1DLOA 2FC0A 3DRSA 3DM2A 3T1AA 3AV9A 1NOZA 3S3NA 4QOZB 3I8DA 1XC9A 2Y1IA 1L3UA 4EZ6A 3DRRA 3C95A 1R0AA 4M3RA 1WAFA 4J2DA 4JLHA 2G8IA 3KLGA 4FLXA 1VRTA 3S3OA 1CZ9A 4CJ4A 1X9SA 1J5OA 1ZBLA 1JXEA 4DS5A 3U3YA 4DTSA 3LP0A 2Q3SA 2Z1GA 3VQ5A 3ZT2A 3SCXA 1IKYA 3KLEA 4GVMA 3ZSYA 4CF2A 1JLAA 4DTNA 4CHQA 1LWEA 4O0JA 3DLBA 1C0TA 3QESA 1U04A 4CEOA 2FBTA 4Y1CA 2Z1IA 4C8MA 4OLAA 3K59A 3V1QA 1NK5A 4CFDA 4DTUA 3B6PA 4KI4A 4IG3A 4CF8A 1UA1A 1NK7A 4Z4EA 1RDAA 2OZMA 2HHUA 4B8CA 1EX4A 1NK8A 3RRGA 5FRMA 4IFYA 1BQMA 3K5MA 3HO1A 3SQ2A 2YNHA 4DSLA 1S1TA 2G8KA 1BI4B 2BE2A 1T03A 4FZYA 4CJFA 4I2QA 1SUQA 3TANA 3C6UA 1ZBHA 4M3YA 1G15A 4BDYA 3OY9A 3V1RA 4KO0A 4RW7A 4CFCA 3C94A 4DQIA 1W0HA 2G8FA 2YHAA 2DY4A 3LP2A 2GBZA 3MXJA 3SQ4A 1IKXA 1JKHA 1HQEA 1WLJA 3MEDA 3ZT4A 3V4IA 2Y1JA 1K6YA 1F21A 4RW4A 4E7LA 1KFSA 4LH5A 1ZBIA 3DLEA 5KRTA 3QIOA 2VWKA 2KFZA 1L3SA 2BGGA 4OLBA 1RILA 1NK9A 4N41A 4KREA 3KLHA 4J2AA 1IKWA 1LW0A 3AVAA 4CEAA 1CLQA 2HB5A 1NKBA 4C8LA 2HHSA 3AO1A 2ZE2A 1S6PA 4DF8A 1REVA 4CJSA 4CIEA 5J1EA 4F4KA 1TKZA 2IS3A 3O3HA 4M3WA 1NJZA 3RR7A 2F8SA 3CM6A 2O4IA 4RW8A 3K57A 1QE1A 3MEEA 3RTVA 4YFUA 3LDSA 4GMJB 5HBMA 1D8YA 4H4MA 1ASVA 3TAFA 4CEDA 3O3FA 1XI1A 1CXQA 4NCAA 5CY4A 1VK0A 5C24A 4F3TA 4YNQA 1SL0A 4MQ3A 1NK0A 1NK4A 2QK9A 3AVBA 2E6MA 3V9XA 4FW2A 5J2NA 2YNGA 3QNNA 2JLEA 3NH0A 3L2RA 4O4GA 2YKMA 1QSSA 5FRNA 3ITHA 1LW2A 3TABA 1KSPA 4AHTA 2OPSA 2FBVA 4LSLA 4RW6A 4W5TA 2EX3A 2OPRA 4B9NA 4ID1A 1FKPA 3SV4A 3CFOA 3ZSVA 4KFBA 5I42A 3PY8A 3OYBA 2OPPA 3NH1A 3OYJA 4BWMA 2HW3A 3VQ7A 3OYHA 3IS9A 2RPIA 3AVFA 3M8RA 2ITGA 3NDKA 4DU3A 3LZJA 3NE6A 4FJHA 3AVLA 3AVKA 3IG1A 5KGXA 3RMCA 4EP5A 4PQUA 3OYNA 2KZMA 1TV6A 3IRXA 5HP1A 4M3ZA 2OYQA 1S1XA 4FLWA 2YNIA 3NF6A 1TK5A 1WNSA 4CK2A 4KV8A 1VSIA 3TARA 3PV8A 4OKEA 3QNOA 1SKRA 3SNNA 4F2SA 4M3XA 1ASWA 1ITGA 1S6QA 4M3TA 2E6LA 2YHBA 4CGJA 5T7BA 1LWCA 2P5GA 4DSJA 2WONA 4HCBA 2KZZA 1VSLA 1ASUA 1XHZA 4KRFA 3V9UA 4CE9A 3KIOA 1RT1A 3OYDA 4W5QA 3QERA 4I7FA 2X6NA 1LWFA 3S9HA 4Z4FA 4AH9A 3TAQA 1HYVA 3C6TA 3MXIA 3TR8A 1RTDA 1T7PA 1BCOA 5CZ1A 4CHZA 3KKRA 3QINA 3EY1A 1RBVA 3VQQA 4HUGA 1ZYQA 1MU2A 1ZBUA 3AVNA 3CYMA 4OKJA 1U48A 1TVRA 3NF9A 4FJ9A 3SQ0A 1YTAA 1RBRA 3MECA 4LSNA 4CEZA 1RDBA 2ETJA 2XY6A 4BWJA 3BDPA 3OS0A 3AVCA 4KKOA 3EZ5A 1L5UA 4QCLA 4CFBA 5D3GA 1W9HA 2QKBA 4DTRA 4IBNA 3M8QA 3KKSA 4I2PA 1KVBA 3AO5A 3HSTB 1BIZA 1KFDA 1QTMA 4AHSA 2VG7A 1RNHA 1BIUA 3LANA 1SL2A 2PZSA 1LAVA 3L3VA 5HRNA 4EP4A 3RWUA 2RKIA 4DU4A 3ISNC 4FJKA 5FROA 4KHNA 4ZTFA 5KI6A 4DSKA 2NUBA 1BQNA 2A1SA 3HXMA 2YKNA 4KTQA 3ASMA 3OS2A 4UQGA 4BE2A 2PY5A 5J2PA 1YT3A 1EETA 1A5XA 4BACA 1B9FA 1YTUA 3I0RA 2X6SA 1VSEA 4CK1A 4DQSA 2G8WA 4OKKA 3HVRA 3V1OA 1S1WA 3QETA 4FJNA 2E4LA 3WNEA 3NGYA 1HPZA 4CHOA 3PX6A 4OGCA 4PWDA 4AHCA 2VG6A 3F9KA 2HHXA 3DMJA 3LWLA 1BCMA 2DFHA 2PYLA 4CHNA 3I0SA 2X74A 1L3VA 3ZT3A 4M41A 2KQ2A 4KHYA 3ALYA 3K58A 3ZCMA 1Q8IA 3OYGA 3D45A 2D0BA 5EU7A 3OYKA 1U45A 1Y97A 4CFAA 3QEXA 4DSIA 3AVMA 1NJYA 1KVCA 1UA0A 4Y1DA 4ZHRA 1S9GA 3D0PA 3AVIA 3SPZA 3DYAA 1TL3A 3KD5E 4KI6A 2DTUA 3HVTA 2IDOA 4NYFA 4NYNA 4Z0UA 4E19A 4B9UA 4FJJA 4W5OA 1RT6A 2G8UA 2ZQBA 4CHYA 1U49A 4CJRA 4N76A 1A5VA 1C0MA 3LP3A 2HNDA 3SI6A 1XHXA 3QEVA 2KFNA 4J2EA 1IO2A 3AVGA 2OA8A 3JSMA 4DLEA 4HUEA 3SPYA 3WNFA 4CESA 1EXQA 4HTUA 4B9MA 4Z4GA 2RF2A 2VWJA 3AO2A 4FJMA 3KK1A 4DQRA 2D5RA 3PUFA 1KLMA 3SUNA 4E3SA 2Z1HA 4CIGA 4H8KA 4KB1A 4DF4A 1RTIA 1WSGA 5HRPA 4FJXA 4K8ZA 2BDPA 1S1VA 4OPJA 4FLVA 2IGIA 1SKWA 3L2UA 3E01A 3RMAA 1NKCA 2G8VA 4Z4CA 4CERA 3TAPA 3ZT1A 4OGEA 3NGZA 3HYFA 3O4NA 3U3GA 4FJGA 2XO7A 4RG8A 3DI6A 1GOBA 1JLBA 4CJQA 1U4BA 1QSLA 2YV0X 3NH2A 2XY8A 2G8HA 1RCHA 1JL1A 2I5JA 1YVUA 4CJTA 4DFKA 1SV5A 1RT2A 4IFVA 1UAXA 4Q5VA 2XY7A 4F8RA 3SUOA 1HQUA 4E7HA 1JXBA 4I9LA 1U47A 3ZSZA 5HROA 4DQPA 4CF9A 1Z26A 3DRPA 5FDLA 4JRPA 4ELVA 4CCHA 3BGRA 3TWHA 4W5RA 3LP1A 3RR8A 2HVIA 4DTPA 4E1NA 4JRQA 1JL2A 3HM9A 4B9LA 3HJFA 4W5NA 3LPTA 3AVHA 1NJWA 4FLTA 3LWMA 3QO9A 3G0ZA 4BE0A 1BISA 4O5BA 3AVJA 1S5JA 3VQAA 4CEBA 1NKEA 1QSYA 2FBXA 4FVMA 1WSEA 1J9AA 2O4GA 4CGGA 1VSFA 4DWIA 2JGUA 1J54A 4HCCA 2DFFA 3OYFA 2FBYA 3KLFA 3L2VA 3DLRA 1I3AA 1EKEA 1BL3A 1C0UA 4AILC 4IDKA 3FFIA 4CEEA 4DFMA 4F3OA 1BGXT 3AO3A 3HPHA 4BE1A 1FK9A 5CYMA 2HMIA 3QIPA 1WSHA 5DK5A 4HHTA 3P1GA 4DTXA 1IG9A 3F73A 5SWMA 3SUQA 4M45A 4Q0BA 4FLUA 4C8NA 3SZ2A 4KTZA 5JS2A 3ZT0A 4DMNA 3CG7A 2HNZA 3OJSA 1NJXA 2B4JA 2B5JA 3NBPA 4DTJA 3SQ1A 4I9QA 1TL1A 5J2MA 1CXUA 2ATQA 3MXMA 3P83D 1TAUA 1KLNA 1SL1A 1JLFA 3OJUA 2HHTA 2OZSA 1Q9XA 4ICLA 4FW1A 4Z4HA 3NAEA 3DOLA 4E7JA 1UOCA 2HNYA 1VRUA 5C42A 5SZTA 3AA5X 4OPKA 4C8OA 3PO4A 3AO4A 1O1WA 3L8BA 4CJEA 1DTQA 1LAWA 5C25A 3L3UA 1C1CA 3O4QA 2D0CA 3AA4A 1TKDA 1L3TA 3DLKA 4KHQA 2GUIA 4QAGA 3VQ9A 1HRHA 3QEWA 4KHSA 4CGHA 3MEGA 3NF8A 3A2FA 1HNIA 1X9MA 3JYTA 1VSMA 5CYQA 3SYZA 3CFPA 1NOYA 3L2WA 4B9VA 1HNVA 5HRRA 4DSEA 4CIFA 2QXFA 4CGFA 3V6DA 3V9ZA 1UWBA 2EHGA 4AHUA 1BHLA 4XIUA 3L2QA 4KHWA 4FZXC 4DU1A 3SUPA 1HYSA 1BI4A 4IG0A 4LH4A 1JLCA 3NF7A 1KTQA 2RN2A 3QLHA 3VQCA 4B3OA 1D9DA 4ELTA 3IAYA 3LALA 3M8PA 3LAMA 4N56A 3OYCA 4ID5A 1SKSA 3OYAA 3LZIA 1KCFA 2P5OA 3CM5A 1B92A 3HP9A 4JS5A 4BDPA 1NK6A 2P51A 3RRHA 4H4OA 3AA2A 1RBTA 1WSIA 4KAZA 1XWLA 3HT3A 3NHGA 5KRSA 4HVJA 3OYIA 1VSDA 4OVLA 4E89A 4JS4A 1HJRA 4NCBA 1JLQA 3PO5A 2B6AA 4DFPA 3G10A 4PA1A 4PY5A 2AJQA 1A5WA 2VG5A 3CQ8A 2HVHA 1CZBA 1VSKA 4WE1A 4O0IA 3DLHA 4B8AB 1RTJA 3VQ6A 4CEFA 4FJ5A 3VQDA 2HHWA 1TGOA 1RBSA 3KTQA 4OJRA 4B9SA 4CGIA 3SV3A 1RDDA 3ZSXA 2IAJA 2W42A 1IKVA 3QEPA 3KLIA 3OS1A 1I39A 4FZZA 3LAKA 2F8TA 3LPUA 4AHVA 3K2PA 3ZSOA 1N5YA 5J2QA 2F96A 3EYZA 2QKKA 1S1UA 3KK3A 3VQPA 3WNHA 4FM1A 3KK2A 4CJ5A 2ZD1A 1QQCA 2HHQA 5HLFA 3UIQA 3P5JA 2IC3A 1RT7A 4CJLA 4CJVA 4E1MA 4DTOA 4FM2A 2KW4A 2LSNA 5CZ2A 1JLEA 4AHRA 3T3FA 4LY7A 4FJ8A 2X78A 4FJLA 2XHBA 4RW9A 3ZSWA 4FK2A 1FXXA 3QEIA 3THVA 4FXDA 1QHTA 4ZTJA 1TKTA 3DLGA 1ZBFA 1C6VA 3U6FA 3B6OA 3NGIA 4FYDA 1HMVA 3TAMA 1RTHA 5HRSA 3ZSRA 3K5LA 1X1PA 2YNFA 3O3GA 4DG1A 3ZSQA 2OPQA 3M8SA 1IH7A 4N47A 4PUOA 4IKFA 4BDZA 5E41A 4TSXA 4DLGA 3NCIA 1JLGA 5DMRA 3H08A 4E7IA 3SJJA 1WAJA 3K5OA 2P1JA 3T19A 3V9SA 4GW6A 1VSHA 4L8RB 2PYJA 1T05A 4LD0A 4CEQA 2WOMA 1EP4A 3DOKA 2HHVA 1TK0A 2XRIA 2R7YA 4CECA 4FLZA 3WNGA 3PX0A 3HK2A 1B9DA 3VA3A 2GV9A 4HUFA 4F2RA 4KPYA 3S3MA 4M3UA 4CK3A 3V9WA 1TAQA 3V81A 3TAEA 3AA3A 1WSFA 4FK4A 4G1QA 3VQ8A 4ELUA 4FJ7A 5KTQA 3PX4A 1X9WA 3VQEA 4KHUA 4CF0A 1C1AA 3OYEA 3TI0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1YUWA 4M7XA 1YXQA 4JI8K 3CFOA 3ZSVA 5I42A 3PY8A 4OX9K 5EX5A 5BRDA 4EHUA 2ITGA 4FJHA 2VJ4A 3NE6A 3GBTA 4MDBA 5KGXA 3RMCA 4EYWA 3CQYA 2KZMA 2PFUA 4JI3K 4KHPK 1WNSA 1LOTB 3TARA 3G71N 3QNOA 4GVEA 3SNNA 1ITGA 1LWCA 2OVPB 1ASUA 1XHZA 4KRFA 3KIOA 3OYDA 3MN5A 1C0FA 4W5QA 5AR0A 1LWFA 4AH9A 2QWPA 3C6TA 3MXIA 4AKIA 4CHZA 4CZLA 4WYBA 3VEXA 4FWKA 1MU2A 3CYMA 4OKJA 3ATUA 4FJ9A 1YTAA 3H3NO 2ETJA 2XY6A 3BDPA 2V7ZA 3FZFA 1XL3C 4DTRA 5AQQA 3M8QA 3KKSA 4I2PA 3AO5A 1BIZA 1KFDA 1RNHA 4H0YB 3L3VA 3HZ6A 4FJKA 4KHNA 4DSKA 3MWTA 3ASMA 4UQGA 4BE2A 4CD1A 1YT3A 1A5XA 3VTIA 1B9FA 2X6SA 1VSEA 2ZJRL 4CK1A 4DQSA 4OO1J 2LF6A 3V1OA 1S1WA 3QETA 4FJNA 1GLFO 4CHOA 1HPZA 2IVOA 1SAZA 5AZIB 3I56N 1WB9A 1YJWN 3Q7CA 3I0SA 2X74A 3UKUA 1L3VA 3ZT3A 3OYGA 5EU7A 3OYKA 3QEXA 1NJYA 5M1QA 4A57A 3C0BA 3DYAA 4H5NA 3VN5A 4NYFA 4DR4K 4E19A 4KBOA 4FJJA 4W5OA 1RT6A 1KC8O 1VQNN 1A5VA 2P9KA 3AAPA 3VGMA 2KFNA 3H45C 1NGIA 4GKJK 2BH1A 4BRMA 3CCEN 1CZAN 4E1JA 4HTUA 1GLLO 5AQHA 3VEVA 4FJMA 3QDKA 3QFUA 4I6JB 3PUFA 4CZIA 2Z1HA 4CIGA 4K8ZA 4OPJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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