4FK2A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp/dg
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fk2A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fk2A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fk2A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fk2A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fk2A03
2YV0X 1TKXA 3DM2A 3MEEA 1GOAA 2QXFA 1C1AA 1RT6A 3HM9A 3SUOA 4CF1A 2ZD1A 2Z1GA 4O0JA 2RN2A 4FZXC 1KCFA 1KFSA 3SUPA 1WSIA 3HVTA 4IG3A 3V1OA 3RR7A 1X9SA 1NKCA 3AVFA 3VN5A 3D45A 3MEDA 3NH0A 4F4KA 1RBUA 3LP2A 1QTMA 5J2QA 1NK0A 4CK1A 4M3RA 3LANA 2G8HA 4KPYA 4B9NA 3CYMA 2PYJA 2G8IA 2HHQA 4BWMA 3QEIA 4PQUA 3QO9A 2HNYA 4FZYA 4KB0A 1SV5A 2Y1JA 4CEEA 3DLRA 4KHQA 1JXBA 1RT7A 3HVRA 4DSIA 4L8RB 4OKEA 2OZSA 3OYEA 4HUGA 4J2EA 1J5OA 3V1RA 3HPGA 3THVA 1TL3A 3VQDA 3RRGA 1NKBA 3RMAA 4Y1DA 3DLKA 5E41A 4AHCA 3OYAA 4E7KA 4FLXA 2YNIA 2XY8A 3DRRA 1L3UA 3PY8A 4MFBA 3H08A 2JGUA 4DFKA 4FW2A 4QOZB 4E89A 3NH2A 4E7JA 4UQGA 1HNIA 4W5TA 4RW6A 3PO5A 3QNNA 3NFAA 3NF6A 3SQ2A 4I9QA 3C6TA 2DFFA 3QIOA 4OJRA 2P1JA 4CF8A 1LW0A 3ZT2A 1BHLA 1QE1A 4Z4IA 2G8VA 4IG0A 1VSFA 4KRFA 3ZSQA 3V9XA 3KLIA 1ZBFA 4BACA 1ASUA 1HYVA 2IDOA 4DTOA 3G10A 3AA4A 1D8YA 2X6SA 3RMCA 3PV8A 1A5WA 4EP5A 4DF8A 4B3OA 4DU1A 1C1CA 1QHTA 2HB5A 1RBVA 2KZMA 4KHUA 2B4JA 4OPKA 4KTQA 3ITHA 3DLGA 3O4NA 4CFBA 1HYZA 2DTUA 3NCIA 3V9SA 4CHYA 4KI6A 3CG7A 4FJLA 3AO1A 4DSEA 5KGWA 4CEFA 1JXEA 4DMNA 5T7BA 4O0IA 3HP6A 3M8SA 1XWLA 1X9MA 4AILC 1UA1A 1EXQA 1HQEA 1S5JA 1TL1A 2JLEA 5C24A 3AO5A 1XC9A 1JLFA 1S1VA 4JRQA 4Z4FA 4PY5A 3QIPA 3K5OA 4Z0UA 3V9ZA 1D5AA 4CHNA 2F96A 1EP4A 4FM2A 1TK5A 3VQCA 4DG1A 1TKDA 4J2BA 2IC3A 4ELVA 3HYFA 4DTJA 3SQ1A 3OS2A 3QNOA 1CLQA 4KB1A 4RW8A 3NE6A 3M8PA 3AO2A 2IGIA 3NGYA 3P5JA 3VQ4A 4CEAA 1WSJA 2HHWA 3SPYA 1HPZA 4FW1A 4CEBA 1DTTA 2DFHA 1RT2A 5JS1A 4PUOA 1W0HA 1YVUA 5CZ1A 4Q0BA 3KK2A 1X1PA 4Z4HA 1NKEA 5CY4A 1REVA 1T03A 2QK9A 2O4IA 2AJQA 1CZBA 5FRNA 4CGHA 4N41A 1ZBIA 1BISA 5SZTA 3RMDA 1KVAA 1WSGA 3K5MA 3SZ2A 3AO3A 3ZT3A 3LWMA 4M45A 1GOCA 4IFVA 4C8KA 3LAMA 4CHPA 4O55A 2BANA 1NK9A 4DSFA 4F3OA 3LZIA 1MU2A 1D9FA 3LALA 1QSLA 2LSNA 1HQUA 1RILA 3CFRA 5JS2A 3L3VA 3L8BA 4KHSA 1ZBLA 1VSKA 4HCBA 1S1WA 2NUBA 3S9HA 1C0MA 1F21A 3DRSA 4CEOA 2Z1JA 4BWJA 1VSIA 3ALYA 4KAZA 1BCOA 1RT5A 1VSLA 4DU3A 1T05A 3BDPA 2ATQA 4I9LA 4E7HA 1L5UA 3NF8A 4DS4A 4B9TA 4CERA 1LW2A 4C8OA 3QETA 1KLMA 4FJXA 2VG6A 4FZZA 5I42A 3SUQA 1W9HA 1NJYA 4OGEA 3HP9A 2HVIA 3AVLA 1TKZA 4PA1A 3VQ9A 4DLGA 3K5LA 1JLQA 3KLFA 3MXIA 3AA2A 3TAFA 3SQ4A 3DLHA 1WNSA 4DFJA 1JLCA 1A5XA 4BE2A 4QAGA 2HMIA 2PY5A 4FJ5A 3VQAA 5HRNA 4CGGA 4FK0A 4DTUA 3I0RA 3L2QA 1VSMA 1BQNA 1GOBA 1UOCA 4Z4EA 1ZBUA 1NK6A 3VA0A 3DI6A 4ICLA 4LY7A 3ZSVA 1SKWA 1I39A 4FJIA 3ZSWA 4CECA 4BDZA 3S3NA 2HHUA 1IKWA 1RBRA 3AVHA 3HO1A 1JLAA 3OJUA 1RDBA 5J2MA 2OPRA 2VG7A 3C6UA 3I8DA 4E0DA 2KW4A 4CEZA 4O4GA 2HVHA 4FJ8A 2XY7A 2X74A 1S9EA 3IS9A 4EP4A 4CJTA 3A2FA 3L2WA 3AO4A 3AVNA 4KFBA 3TABA 4XIUA 4N47A 4DQIA 4ELTA 3AVBA 1S1UA 4DWIA 1BL3A 1L3TA 4M3YA 5D3GA 4OLAA 3QINA 4CEDA 3NDKA 3LPTA 3T19A 1RDAA 4B8CA 5KRSA 1IKYA 4W5RA 3DLBA 3ULDA 4C8NA 5HLFA 1TK8A 3I0SA 4FLWA 4TSXA 1L3SA 4FJ9A 3U3GA 3OYLA 2KFNA 4DTXA 1WAFA 3B6OA 2GUIA 1RNHA 4FJMA 4NYNA 3V81A 4GMJB 1RT4A 1ASVA 1WAJA 3HPOA 3ZCMA 3WNGA 1CZ9A 4M42A 3DLEA 1HMVA 4KTZA 4LSLA 1WSHA 5C25A 3DRPA 1TK0A 3SJJA 2ETJA 4FLYA 3AVAA 3KIOA 1NK7A 1KSPA 1S9GA 4FXDA 4CJPA 4FLZA 2HNDA 4CK2A 4CJVA 3K5NA 4Z4GA 3CFPA 4IBNA 2RF2A 4IDKA 2FBVA 4Z4CA 3LPUA 3V9WA 3LP3A 5HRSA 2YNHA 3SUNA 3AVJA 5FDLA 4B9SA 3ZSYA 4OKJA 4AHRA 3OYNA 1Y97A 1VSHA 1RT1A 4CE9A 2XY6A 3M8QA 3AA3A 1RDCA 2D5RA 3KJVA 4KHNA 2KTQA 3T3FA 4BE1A 1U47A 3VQ7A 4GW6A 1U04A 2GV9A 4FLUA 1UAXA 3DYAA 4RW9A 5EU7A 3RRHA 2BDPA 1NK8A 4OVLA 4DTRA 3SV4A 4FJHA 3CM5A 3O3GA 3SCXA 3ZSXA 3PX4A 4M41A 4H4MA 3OYMA 1WN7A 2XY5A 1L3VA 1LV5A 5SWMA 4CCHA 4K8XA 4AHSA 2OPQA 2YHBA 3QLHA 4C8LA 4FYDA 3AVKA 4N56A 4H4OA 2FBYA 3O3FA 4ZTFA 1TAQA 3AA5X 3IAYA 4ELUA 3TARA 2IS3A 3UIQA 2RKIA 5CZ2A 3AVGA 4CJWA 3L2UA 2D0AA 4BE0A 3U3YA 3OYCA 3V4IA 3NF9A 4K8ZA 2QKKA 3F73A 2BGGA 3ASMA 4I2PA 4CHQA 1Z26A 5CYQA 4LSNA 4DLEA 1T8EA 2I5JA 3VQQA 4CIGA 5KGXA 1SL0A 4M3UA 3SV3A 3VA3A 3K2PA 3BGRA 4E1MA 3KK1A 3QEWA 3EY1A 3DOLA 3KLEA 4DF4A 3SNNA 3AVMA 1U45A 4AH9A 3NGIA 2YNGA 3OY9A 1J9AA 4CESA 2ZQBA 1RTDA 3MXMA 4GVMA 3OYKA 4FCYA 4H8KA 3E01A 1LWCA 3OJSA 4CGJA 5FRMA 4G1QA 3L3UA 5J1EA 4B9MA 2OPSA 4OPJA 2D0CA 1S1XA 3KD1E 1FK9A 4KO0A 4DTPA 4DQPA 2VWJA 2VWKA 1EKEA 3SQ0A 2XRIA 2GBZA 5CYMA 1B92A 4C8MA 4CJUA 2PYLA 4HCCA 4DFPA 4DSLA 1LAWA 4F3TA 2B5JA 2Q3SA 4DTMA 1C0UA 1DTQA 4E7LA 1JLGA 4KKOA 3TR8A 1QSSA 3KKRA 4DFMA 2DFEA 4CIEA 3TAGA 1BIZA 1VK0A 4M3TA 4O5BA 3ZSRA 4RW4A 2OYQA 1VSJA 1TKTA 5FROA 4CFCA 3TANA 2P5OA 4FM1A 1ASWA 1CXUA 1YT3A 4LH5A 3TI0A 4BDPA 4F2SA 4BDYA 3LP1A 4CF2A 1U49A 2HHTA 4WE1A 5HROA 1T7PA 1JKHA 4CJQA 1A5VA 3CM6A 1EETA 3ZT0A 4YNQA 4I7FA 3V9UA 2A1RA 1SL1A 3JYTA 4E7IA 4DQRA 5KTQA 4CJ4A 1JLBA 3EYZA 4ID1A 3LAKA 4CJ5A 4LD0A 2WONA 1FKOA 4CF0A 3OYDA 4QCLA 3P1GA 4DTNA 1JL2A 3TAEA 1VRUA 3HPHA 3NH1A 3OS1A 3IRXA 4CJRA 3EZ5A 5I3UA 3MXJA 1Q9XA 4W5OA 4CHZA 1RTJA 4F2RA 1YTAA 3VQEA 3LZJA 1RT3A 1D9DA 2HHSA 2X6NA 2KQ2A 1U48A 4N5SA 3KK3A 1IH7A 2G8UA 1XHXA 2IOCA 1WLJA 1KRPA 4LH4A 4FK2A 3LWLA 4HHTA 1EX4A 1SKRA 1N5YA 1NK5A 4NCAA 4N76A 1N6QA 2OPPA 2HHXA 3CFOA 4J2DA 1TVRA 1VRTA 2OA8A 1KVCA 1HYSA 3L2VA 1LWFA 2P51A 1UWBA 4DQSA 3PO4A 3RMBA 4FJNA 3O4QA 2G8WA 4EZ6A 3U6FA 2DY4A 4R5PA 2HW3A 1RDDA 3LDSA 2OZMA 1C6VA 4O44A 4CGDA 1CXQA 1QS4A 3KLGA 1ZYQA 3KD5E 1VSEA 3MAQA 3AVIA 3RWUA 1IKXA 4ID5A 3ISNC 3WNHA 4HTUA 1RTIA 3D0PA 3S3OA 3O3HA 4AHVA 2R7YA 4FM0A 2WOMA 3VQBA 3CQ8A 3SI6A 2XHBA 4CF9A 1K6YA 1B9DA 4CJKA 1YTUA 3HJFA 4FLTA 4CGIA 4YFUA 3TAQA 4MQ3A 1NOYA 5C42A 2D0BA 3VQ6A 3NHGA 1RTHA 3QERA 4HVJA 4RW7A 3OS0A 1IKVA 4CFAA 4B9LA 4M3ZA 4CJLA 3NGZA 3ZSOA 1O1WA 3MECA 1UA0A 1U4BA 3S3MA 4HUFA 2W42A 1ZBHA 3K57A 3RTVA 4B9VA 1G15A 1RCHA 4FLVA 5HBMA 4AHUA 2IAJA 3MEGA 4KTWA 1XHZA 4OLBA 5HRPA 3OYIA 3V1QA 2P5GA 4KHYA 1S6PA 3PX6A 4B8AB 4W5QA 1BGXT 4AHTA 4KREA 3HL8A 4ZHRA 2EX3A 4B08A 3KLHA 1BIUA 1NJWA 3HK2A 1DLOA 2G8FA 2YKNA 2O4GA 3L2RA 4B9UA 4J2AA 1TV6A 1Q9YA 4NYFA 4CJEA 1TGOA 5HP1A 1KLNA 3IG1A 2A1SA 4CHOA 3HT3A 2G8KA 2E6LA 4NCBA 4DSJA 4DQQA 1KVBA 3C95A 2Y1IA 1NJZA 4CFDA 4W5NA 4M3WA 1C0TA 1TAUA 4EZ9A 2BE2A 2YKMA 4M3XA 5DMRA 1B9FA 5K14A 5HRRA 4CEQA 5J2PA 1SL2A 2PZSA 4PWDA 2E6MA 4OKKA 4FJ7A 3K59A 1BI4A 2X78A 1BI4B 3DOKA 1C1BA 1BCMA 2QKBA 5DK5A 3HXMA 4FJGA 4OGCA 3QEXA 4CGFA 3NF7A 4FJJA 1IO2A 2FC0A 1JL1A 2Z1HA 3T1AA 1KTQA 3OYJA 1QSYA 1WSFA 4DTSA 3VQPA 4JS5A 1S6QA 2VG5A 3PX0A 2ZE2A 1XI1A 4I2QA 3SYZA 2FBTA 3P83D 1NK4A 2KZZA 3FFIA 1NJXA 3NBPA 4ZTJA 1BQMA 3AV9A 1X9WA 3RR8A 3ZSZA 3ZT1A 4DS5A 1S1TA 1KFDA 4JS4A 3OYHA 2RPIA 4DU4A 3WNFA 3TAMA 1Z25A 3KTQA 3LP0A 4FJKA 3QEVA 3G0ZA 3ZT4A 2XO7A 4NCGA 3M8RA 3JSMA 1SKSA 3F9KA 1JLEA 2EHGA 2FBXA 1WSEA 3B6PA 2Z1IA 2ITGA 4FVMA 1HNVA 1J53A 4E19A 1J54A 3OYFA 4KI4A 2HHVA 1HJRA 3DMJA 1IG9A 1VSDA 2YHAA 4JLHA 1FXXA 4E3SA 3OYGA 4CIFA 1FKPA 4E1NA 1LWEA 3QESA 1RBSA 4CK3A 2HNZA 4DSKA 4Q5VA 5KI6A 2B6AA 4HUEA 1NOZA 3WNEA 1HRHA 5J2NA 4F8RA 3NAEA 4CJSA 3HSTB 5KRTA 2E4LA 1R0AA 3OYBA 2F8TA 3KKSA 3TWHA 2F8SA 3QEPA 1I3AA 1Q8IA 2KFZA 3K58A 3VQ8A 1SUQA 4RG8A 4Y1CA 1LAVA 3TAPA 4JRPA 1RBTA 3SPZA 4IKFA 1QQCA 3V6DA 3OVNA 1ITGA 4KHWA 4CJFA 4CJ3A 4KV8A 4IFYA 3VQ5A 3AVCA 3C94A 3PUFA 4FK4A 2YNFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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