4KHNA

Crystal structure of the ternary complex of the d714a mutant of rb69 dna polymerase
Total Genus 314
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
314
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWAMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase, transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title A Remote Palm Domain Residue of RB69 DNA Polymerase Is Critical for Enzyme Activity and Influences the Conformation of the Active Site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 314
structure length 901
sequence length 901
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4khnA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4khnA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4khnA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4khnA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4khnA03
4B8CA 1XWLA 4Q5VA 4M3RA 1X9WA 3P1GA 3NHGA 1LW2A 3EY1A 3F73A 5J2PA 4NYFA 3I8DA 3NF8A 3OYKA 2FBXA 5J2NA 1VRUA 4RG8A 4CCHA 3VQ7A 1NK0A 1NOZA 4JS4A 4DS5A 1KSPA 3RR7A 3MAQA 3ZSXA 3S3MA 4E1MA 1RT6A 4R5PA 4FK2A 1LAVA 4TSXA 4CESA 4O44A 3V4IA 2AJQA 4FJMA 4L8RB 4B08A 2ZQBA 3ZSVA 4HCBA 1DTQA 3AO1A 4O5BA 3ZCMA 1VSIA 4CJPA 4M45A 4DMNA 3NGZA 3U6FA 1BGXT 1NJWA 4IFVA 4H4OA 1UA1A 4DTPA 1UAXA 4I7FA 1VSFA 1A5WA 3B6PA 4H8KA 4CJTA 4CK1A 3L3VA 3ZSQA 4DFKA 2DFEA 4J2EA 4JS5A 3V6DA 4QCLA 3NF6A 1XHXA 3SQ2A 4CGGA 3V1OA 3KK1A 1KFSA 3LP3A 4B9UA 3SUQA 1C1BA 4CERA 1B9DA 1XI1A 4LSNA 1EX4A 1U48A 4EZ6A 2XY6A 4CHQA 3L2WA 1TKDA 1ZBLA 1REVA 4DFJA 4FLVA 4GMJB 4CEFA 1EKEA 3PY8A 4M41A 4B9VA 3CFPA 3NFAA 2GV9A 4KHSA 3PX0A 4IFYA 3HPHA 4JRPA 5KI6A 4F4KA 4Z4CA 3QIOA 3OJSA 1VSJA 4EP5A 2OA8A 3S3OA 4NYNA 4FM1A 1HNVA 2D0BA 1U4BA 1F21A 2HHXA 3QINA 3V9UA 4FM0A 1BL3A 3VQ4A 3NAEA 1RT3A 1HPZA 1RTJA 4MQ3A 3KJVA 4DQRA 2XY7A 4NCBA 2IC3A 2HNYA 4YFUA 4HUFA 4E0DA 4ID5A 4CJUA 3AVFA 4IG0A 4KI6A 5SWMA 1QHTA 3MECA 3DRRA 3NCIA 4KTZA 4CJ3A 2X6SA 1Q8IA 3I0RA 4DTSA 1KTQA 4N76A 1NK5A 1JL2A 1T8EA 4N47A 3NH0A 4Y1CA 1HQEA 4CJFA 1W9HA 5J2MA 2Z1GA 1NKBA 1HYSA 3T3FA 3T1AA 3THVA 4Z4HA 1IKYA 1NJZA 4OLAA 2HW3A 1UWBA 3M8PA 4FK0A 2QXFA 4IDKA 3LWMA 1O1WA 1SKRA 4EP4A 1ASWA 2F96A 1SKSA 1RBUA 4KB0A 3CFRA 4AHTA 1TL1A 3AVGA 1CZ9A 4OKKA 5DK5A 3AVLA 1C0TA 4CIFA 2IOCA 3VQCA 2B5JA 1NJYA 2O4IA 1SUQA 1ASVA 3H08A 3BGRA 2FBTA 1IO2A 3CFOA 2A1RA 2XHBA 1IKWA 2YV0X 3HSTB 5I42A 4B3OA 5HRNA 2Z1IA 1RTHA 3HPGA 4KHNA 2DTUA 4RW9A 1KLMA 3O3FA 3DOLA 3SNNA 5KTQA 3OYFA 4ELTA 3MEEA 4C8LA 3RMDA 4KTWA 4DSIA 3V1RA 3KLGA 1KFDA 2Z1HA 3NF7A 4JRQA 2G8IA 4FJJA 3NGYA 3WNEA 1SL2A 4DQIA 1TKTA 3DMJA 3QESA 1VK0A 2OPSA 3KKRA 4G1QA 4CJ4A 3KLIA 4CFBA 1TKXA 3MXIA 1C0UA 1LAWA 4CGDA 1XC9A 4DTNA 1LWFA 5FDLA 4CK2A 4XIUA 5J2QA 3B6OA 4FJ9A 5EU7A 3OYBA 3FFIA 1FKOA 4Z4GA 1JLQA 5FRMA 4ZHRA 2RKIA 3KIOA 1RBVA 4DTUA 2VWKA 2XO7A 3KTQA 3TAPA 1IKVA 4GW6A 3DLBA 3JSMA 1WSHA 1VSLA 4CIEA 4FCYA 2PY5A 4KV8A 1S1UA 4LD0A 3TR8A 5KGWA 3L2RA 3EZ5A 1TVRA 1LV5A 4KKOA 2G8KA 2YHBA 1CLQA 1WSFA 3LZJA 3SJJA 3C6UA 3SUNA 2G8UA 4B9SA 2KTQA 1SV5A 3VQDA 1BCOA 4GVMA 5CYMA 3HK2A 3ZSYA 1CXQA 2HHSA 1Y97A 4M3YA 5DMRA 4CGIA 4CECA 3A2FA 1G15A 1JXBA 3SUOA 3DI6A 1KLNA 3PO5A 4ELUA 1C1AA 2RPIA 1RBTA 4CGHA 1S9EA 3OYEA 1KVCA 5CY4A 3VQ5A 4BE2A 2VG7A 3P83D 4Y1DA 3PX6A 1TL3A 2YKNA 3QNNA 1BIZA 1RT2A 3TI0A 1U45A 3CQ8A 4W5QA 3KLHA 2YNFA 3QEPA 2E4LA 3TWHA 3NBPA 3HVTA 3ZT3A 3S3NA 3AVHA 4IG3A 3RR8A 2OPRA 2HHWA 2FBYA 4J2BA 3S9HA 4FJ8A 4J2DA 4KI4A 4M3WA 3ZSZA 2HHTA 1YTAA 2QK9A 4KO0A 2OZSA 1RT1A 4FW1A 3AVMA 4KHYA 3KLEA 3PV8A 1U49A 4FZYA 2OZMA 1D5AA 2YKMA 3SQ1A 3K58A 2QKKA 4DTRA 3CM6A 1RBRA 4CEQA 4E3SA 1WSGA 1C0MA 2D0AA 4DTXA 3VQ8A 2D5RA 5E41A 3D45A 1IH7A 1MU2A 4FJIA 3TAFA 2IGIA 3TARA 3MXMA 3M8QA 4HTUA 4F8RA 2BDPA 3DLGA 4HUGA 3KLFA 4DU4A 1L3SA 4O0IA 1RDCA 4BWMA 3OS2A 3O4NA 3OYHA 4DTJA 1TAQA 4O55A 2OPPA 4CJLA 1QTMA 1HMVA 4FLUA 3RRGA 1SKWA 1ZBUA 3JYTA 4Z4EA 1S6PA 1ITGA 4I2QA 3VQEA 3K57A 3ZT0A 2E6MA 4ZTJA 1JL1A 4F3OA 2JLEA 3AO3A 1KRPA 2DFFA 3LPUA 3I0SA 3MEGA 5CZ1A 4CEOA 1QSYA 4F2SA 1YVUA 1VRTA 4DSFA 1BI4A 3RMAA 4DSEA 4DS4A 5HRRA 3VA3A 4PA1A 1A5XA 2E6LA 4I9LA 1RDBA 2KW4A 4FJLA 2HHQA 4CFDA 1LWEA 4FZXC 4E89A 2XRIA 4CGJA 1Z26A 1ASUA 3VQ9A 4HCCA 5HP1A 1UA0A 3OYMA 3ZSRA 4B9TA 1R0AA 4M3XA 4KREA 1RDDA 1S1VA 3L2QA 2PZSA 3HXMA 2OYQA 2G8WA 2XY8A 1FKPA 1ZBFA 3V9XA 2IAJA 3K5OA 1T7PA 4FXDA 1Q9XA 2P5OA 1B92A 1BQNA 1FXXA 2X6NA 2W42A 3VA0A 4B9MA 4DSJA 4KTQA 1NJXA 3O3GA 3OYDA 4OJRA 4FJHA 3SV3A 3U3YA 5HRPA 3TAQA 1TGOA 3LPTA 4K8ZA 4DG1A 1QS4A 4BWJA 2F8TA 3LANA 1RT5A 1VSMA 3HP6A 1JLEA 3K5NA 4DQQA 3TAMA 2G8FA 1I3AA 4FJXA 3DLRA 3EYZA 1WLJA 2QKBA 4Z4IA 4QAGA 4CHPA 3DOKA 1S5JA 4DSKA 3MXJA 4FLZA 3QERA 2FC0A 5HRSA 4CHZA 4BE0A 4CHNA 3DRSA 3K2PA 4QOZB 1JKHA 4CF0A 4B8AB 4FYDA 4W5TA 1QSSA 1LWCA 4PQUA 2VG5A 3LWLA 4KPYA 1RT4A 1VSKA 3ISNC 4CFCA 4FJ5A 1X9MA 4IBNA 1ZYQA 2Q3SA 1J54A 1ZBHA 3T19A 3SV4A 4KHQA 1WSJA 4BACA 4EZ9A 4B9NA 3VQPA 3QEWA 3PO4A 1U04A 2DFHA 1J53A 1U47A 1NOYA 4C8OA 3TAGA 3HPOA 2F8SA 2KFNA 3IG1A 4OKEA 4OVLA 3LP2A 2O4GA 4Z4FA 4CE9A 1NK9A 3ASMA 5CZ2A 4CK3A 3IS9A 3QIPA 3HP9A 3VQQA 1D8YA 3UIQA 3C94A 4CJSA 3OYGA 3HJFA 4RW8A 2GBZA 4ELVA 2PYLA 3SCXA 3DLHA 1B9FA 2RN2A 2FBVA 4DTOA 1BISA 1Z25A 1K6YA 3ALYA 4KB1A 5FRNA 4CEDA 4E7KA 3U3GA 1EXQA 3M8RA 3LP1A 1WAJA 3C6TA 2BANA 3TABA 4OGEA 4CJ5A 4E1NA 3SUPA 2YNIA 1L3VA 3AA2A 3L3UA 3ZT1A 3QNOA 2OPQA 3QETA 1WSEA 2IDOA 3D0PA 2KQ2A 4UQGA 4Z0UA 4KHWA 3DLEA 3NDKA 3ZSOA 4CFAA 4E7HA 1X9SA 4CJVA 4NCGA 2B6AA 3ITHA 4BDYA 2KZZA 4CEAA 4W5OA 2HHVA 4DSLA 4AILC 3G10A 5K14A 4N56A 4DQSA 2DY4A 4CF9A 1L5UA 1L3UA 4CJKA 4PY5A 4HUEA 2P5GA 1DLOA 1IKXA 3QEXA 4FK4A 1NK8A 4Q0BA 1FK9A 3TANA 3NGIA 4CF2A 1RILA 1N6QA 3VQAA 4E7IA 4CJRA 3V81A 3AVAA 4RW6A 5KGXA 1Q9YA 1NK7A 3IRXA 2R7YA 3L8BA 4CJQA 1CZBA 4OGCA 4NCAA 4FJGA 1RDAA 4M3ZA 4BDZA 1S1XA 2YHAA 2ZD1A 3RMBA 4BE1A 3OS1A 3MEDA 3RTVA 4F3TA 1NK4A 4AHRA 4FJNA 2B4JA 3SPZA 3LP0A 3AVCA 4OKJA 4OPKA 3OYLA 2Y1JA 3AVBA 4CIGA 4FLWA 2Y1IA 4KHUA 2HVIA 3P5JA 4CEZA 1JLGA 2VG6A 3L2VA 3G0ZA 4BDPA 2Z1JA 1TK5A 1A5VA 2X78A 3WNHA 1W0HA 1JLCA 2WOMA 1HQUA 4DQPA 3HO1A 3PUFA 3OYIA 3ULDA 3LAKA 3LZIA 5I3UA 3E01A 4DF8A 2VWJA 1JLBA 4E7LA 5HLFA 4ZTFA 5C42A 1D9FA 1X1PA 3NH2A 3NE6A 4DU1A 3QLHA 3KKSA 3SYZA 1KCFA 1NK6A 2ATQA 4CJEA 4FJKA 4FW2A 1BCMA 1RNHA 2BE2A 3QO9A 4AHUA 4CGFA 1RBSA 4E7JA 1YT3A 2HNDA 4I9QA 4DFMA 1TK8A 1S6QA 3AA3A 2KFZA 3RRHA 4DLEA 1NKEA 2HVHA 5FROA 4M3TA 1HYVA 3L2UA 2HMIA 5C24A 4O4GA 3WNGA 5C25A 1C1CA 4B9LA 1DTTA 4DLGA 2HHUA 4CEEA 3AA5X 3O4QA 3PX4A 4DWIA 4FLTA 4KAZA 1JLFA 4CHYA 4C8KA 2YNGA 2D0CA 3KK3A 1I39A 1EP4A 1GOCA 1L3TA 1WN7A 3SZ2A 4AHCA 3KD5E 3LDSA 5SZTA 2YNHA 3ZT2A 4CJWA 3OYCA 1BIUA 1VSDA 4DF4A 2A1SA 4N41A 4JLHA 4K8XA 1S9GA 5KRTA 2ETJA 5CYQA 5KRSA 3AO2A 1GOBA 3LALA 1WNSA 2PYJA 3SI6A 4FM2A 3AVIA 3VQ6A 3HL8A 2KZMA 1BI4B 3C95A 4KRFA 1TKZA 3OS0A 1HRHA 2X74A 1J9AA 4ID1A 3ZT4A 3AV9A 3DRPA 3ZSWA 1RT7A 3DYAA 4O0JA 4FJ7A 3VN5A 2GUIA 2JGUA 2XY5A 1KVAA 1ZBIA 1BHLA 4AH9A 3K5MA 2G8VA 3BDPA 4E19A 2BGGA 4PWDA 1TAUA 3AO5A 3V9SA 2WONA 4FLYA 4DU3A 3CM5A 3OJUA 3RMCA 1XHZA 2P51A 1T05A 3OYJA 2G8HA 5J1EA 2ZE2A 4LSLA 4FVMA 3M8SA 3K5LA 4LH4A 3WNFA 4CEBA 1WAFA 1IG9A 4C8MA 4IKFA 3IAYA 3F9KA 4I2PA 4M3UA 2ITGA 4KFBA 4CF8A 1JXEA 3OY9A 4PUOA 1KVBA 1QQCA 3LAMA 4LH5A 4YNQA 1BQMA 4FLXA 4RW7A 3K59A 1QSLA 2I5JA 5HROA 2P1JA 3OYNA 1RTDA 2RF2A 1TV6A 3AVNA 4WE1A 1LW0A 1UOCA 3HYFA 4DFPA 4AHSA 1HYZA 3SPYA 3OYAA 1NKCA 4N5SA 3KK2A 4W5NA 3DLKA 4FZZA 3RWUA 5HBMA 1SL1A 4W5RA 2NUBA 3AVJA 1VSHA 4M42A 2EX3A 3VQBA 4CF1A 1SL0A 1HNIA 1HJRA 4OPJA 1WSIA 3CG7A 3OVNA 1GOAA 4HVJA 3V9ZA 1N5YA 3O3HA 1RTIA 3AO4A 4F2RA 1EETA 4ICLA 4J2AA 4RW4A 3V9WA 3AVKA 5D3GA 5T7BA 4LY7A 1RCHA 2EHGA 3NH1A 1TK0A 3SQ4A 4OLBA 4H4MA 4AHVA 3TAEA 4C8NA 3QEVA 3CYMA 1CXUA 3V1QA 1YTUA 2HNZA 1S1WA 1J5OA 5JS1A 3HVRA 3NF9A 4HHTA 5JS2A 3SQ0A 1D9DA 3HT3A 1QE1A 2HB5A 4CHOA 1T03A 2LSNA 3HM9A 3AA4A 3KD1E 1C6VA 1JLAA 4DTMA 1VSEA 2IS3A 1S1TA 3DM2A 4MFBA 3QEIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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