4M3WA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dt/dg at position n-4 of primer/template duplex
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 323
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3wA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3wA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3wA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3wA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3wA03
3T1AA 1JLFA 4DTSA 4FJ5A 3P5JA 4Z4CA 3HJFA 2FC0A 3VQEA 4N47A 3PV8A 1RBUA 3VQ4A 4OKEA 2YHBA 4RW8A 3BDPA 1HPZA 1SL0A 5CZ1A 4KB1A 1N5YA 4UQGA 4QOZB 1O1WA 3ZT0A 4E0DA 1TV6A 4CJFA 4XIUA 4KHYA 3LAMA 5KI6A 5HLFA 4KPYA 4Z4IA 2XY7A 1NK0A 1VSJA 2BDPA 2Z1HA 5HRRA 2YNFA 4CJPA 1JLCA 2VG6A 3DRRA 3NF9A 4B9NA 3MEDA 3V9WA 3C95A 4H4OA 2G8IA 4FZYA 3L2RA 4OKJA 3NE6A 4M45A 4KHNA 5KRTA 4CJKA 1JLEA 2KTQA 4ID5A 4BACA 1KLMA 2O4GA 1JXEA 4O5BA 4NCAA 1U49A 1KVCA 3I0SA 4FLVA 3QINA 4DTNA 4F4KA 4DS5A 4PUOA 3LP2A 4CGGA 2HHXA 1RCHA 4Z4EA 1FKOA 1W9HA 4J2AA 1CLQA 3KLIA 4DU4A 3NAEA 5C24A 3RRGA 4DTXA 3RMBA 2QK9A 5KGWA 3CM5A 1RT6A 4LSNA 3HPGA 4FCYA 3MXJA 4FXDA 3CFOA 1RDBA 3SUQA 4M3WA 3NF8A 5HBMA 4CK2A 2P51A 2HNDA 2X74A 4FJJA 3B6PA 3S3OA 1KSPA 4CIFA 3AA5X 1U45A 3D0PA 3VQDA 3OS0A 4E7JA 3K2PA 4E7IA 1IKYA 4E19A 4LH5A 2PYLA 3PO4A 3TAGA 1SUQA 3TANA 3O3GA 1JLGA 3ZSZA 2IS3A 3KLEA 4JRQA 3SZ2A 4DQSA 1VRUA 4I9LA 4Y1DA 4O0IA 1C0MA 3AO3A 4M3RA 3AVFA 4C8LA 3VQ7A 5SWMA 4CGFA 3VQ5A 1KFDA 1RT4A 2OA8A 1ZBUA 4HTUA 3TWHA 2RKIA 3C6UA 3F9KA 1UAXA 1VSIA 4CEFA 1TK0A 2F96A 4JS5A 3DLEA 4OLAA 3SQ2A 2VWJA 3I0RA 3U6FA 4PWDA 3HXMA 4PQUA 4FJGA 4CIEA 3NHGA 3AVIA 3ZSXA 4FJIA 3HP9A 1TKDA 1Y97A 4KAZA 2QKBA 2JLEA 4FVMA 5CZ2A 4CGJA 4CK1A 3V1OA 3KKSA 3WNFA 4B3OA 3PO5A 2KZZA 1TKZA 1A5VA 3IAYA 4BE1A 3ZSVA 2XRIA 4BWJA 1QHTA 3H08A 4JRPA 4J2EA 4DTPA 4DTRA 3IG1A 4RW9A 1S9EA 3VQ9A 3CQ8A 3RMAA 1XWLA 3AVBA 4Q0BA 3K58A 1G15A 1IKXA 1KVBA 2IC3A 4H8KA 4W5RA 4W5NA 3B6OA 3ITHA 1HQEA 3KIOA 1C0UA 1VSFA 4MQ3A 4HVJA 4DQQA 1VSMA 5J2QA 5HP1A 1T05A 1L3TA 1VSHA 1BISA 2LSNA 4DFPA 1L3UA 1IO2A 4NYFA 4DTMA 3HM9A 3V6DA 3DOLA 1BQMA 1BI4A 4CJ5A 4E1MA 3OY9A 3TAPA 1RDAA 3LPTA 1IKVA 3ZSWA 4B9MA 1L3VA 3LP3A 4BWMA 4FJKA 4K8XA 4CEDA 4CHQA 3U3YA 3AV9A 3CM6A 3OYLA 1X9MA 2FBYA 5CYMA 5K14A 3SJJA 1J54A 4DSFA 3K5LA 4CECA 3L3VA 3RR8A 4KB0A 3LALA 4FLYA 3AO4A 1XHZA 4ZTJA 2OYQA 4FJ9A 1BI4B 4DMNA 1C6VA 3IS9A 1RTHA 1S1WA 1IKWA 1TAQA 4OKKA 3VN5A 3HL8A 1U4BA 5FRMA 4MFBA 1MU2A 4M3XA 1I39A 3AVGA 4B8AB 3KK2A 3K5MA 2PYJA 2KFNA 1RBSA 3F73A 4E7LA 4I2QA 3V4IA 4OGCA 4B9TA 1YVUA 3VQAA 2YHAA 2OPPA 3M8QA 2R7YA 4FYDA 2FBTA 3OJUA 4DSIA 2HMIA 4TSXA 2VWKA 1BQNA 2YNGA 1UA0A 3DLGA 1J5OA 1ITGA 4Z4GA 4I2PA 5C25A 4Q5VA 2G8WA 1VSEA 3MXIA 4F3TA 4R5PA 1RTJA 4ELVA 1C1BA 4FJHA 3L3UA 4C8MA 4KV8A 1WSJA 1S6QA 2Y1JA 4OPJA 3BGRA 1A5WA 1S1UA 4JS4A 3LZIA 1JL1A 1NK6A 4CCHA 3QEWA 1SKWA 3KTQA 3VQBA 3M8PA 3M8RA 4DLGA 1KCFA 3QIPA 2IOCA 4W5OA 2WONA 2P5OA 1NJWA 1IG9A 4EZ9A 1XHXA 3KKRA 3CFPA 3ZT3A 3SI6A 2GV9A 1RT5A 4EP5A 4CE9A 1U48A 1D5AA 3I8DA 3SPYA 3OJSA 2KZMA 4B8CA 5C42A 3MEEA 3NGZA 3SQ1A 3TAEA 3QO9A 4F2SA 1ZBFA 4CJEA 2ZE2A 4RG8A 3ZT1A 4N5SA 3KK3A 1NOYA 3L2UA 1LWFA 3KLFA 3PX6A 4BE2A 3NF6A 3QLHA 1DTQA 1LW2A 3ULDA 4CF0A 4FM0A 2FBVA 1B9FA 4AHSA 4BE0A 1K6YA 2HW3A 1XI1A 1RT2A 4B9LA 3ISNC 3TARA 1JLAA 3V9UA 1Q9XA 1XC9A 2HNZA 4AHTA 3AA3A 1Q9YA 4KO0A 3RRHA 4NCBA 3VQPA 1VSLA 4KKOA 3DLHA 3LWLA 1RNHA 1RDCA 3VQQA 3JYTA 1ZBIA 4DQRA 5J2MA 3AVMA 3VA0A 4KTQA 1GOBA 4PA1A 2B4JA 4GMJB 4BDPA 1NK8A 4RW7A 2G8HA 3QNOA 4KTZA 5J2NA 3AA2A 3ZSQA 4OVLA 3OYFA 3V1RA 2P1JA 4AHCA 4G1QA 3OYJA 1KLNA 4LH4A 1DTTA 3SV3A 1HYSA 3VQCA 4FLTA 2OPQA 5I42A 1WSGA 3AVHA 1WAJA 4KI4A 3SNNA 2KQ2A 1VK0A 1RBTA 1RT1A 3AVJA 3DRSA 4DF4A 1CXUA 2GBZA 1IH7A 4KHWA 4B08A 4BDYA 2BGGA 4AHVA 3OYIA 4O0JA 5SZTA 2G8UA 4CEBA 1RDDA 3VQ8A 4CFDA 4Z4HA 1WAFA 3HP6A 2G8FA 4FK4A 4DSLA 4F2RA 3ZSOA 4AH9A 2D0AA 1JLQA 3EY1A 2X6NA 1J53A 1SV5A 1WSIA 4CERA 4ELTA 1DLOA 4E7KA 2QKKA 3SUOA 1GOAA 3IRXA 3QERA 1NJXA 3DM2A 3KD5E 3ZSYA 4OJRA 2HVIA 4GVMA 3NF7A 3OYEA 5J2PA 3WNEA 5T7BA 3P83D 2DY4A 1NJYA 2G8VA 4ZTFA 5FROA 4CF9A 3S9HA 3AVKA 1RBVA 4IG3A 2E6MA 3K57A 2XY8A 1LWCA 3C94A 4K8ZA 4BDZA 4CEZA 4KREA 4H4MA 2YNHA 1NK4A 3LDSA 4QCLA 3LP1A 2YV0X 1UOCA 3UIQA 3SQ0A 1VRTA 1R0AA 3AVCA 4M41A 3NFAA 1JLBA 1JXBA 4M3YA 4GW6A 1NOZA 4CJVA 4IKFA 2VG7A 5FRNA 2AJQA 2RN2A 4KI6A 5JS1A 1U04A 2A1SA 4FLXA 5EU7A 3RMCA 2F8SA 3ZCMA 2HHUA 3MAQA 3L2WA 4N41A 2ATQA 4FJLA 3KD1E 1X9SA 1RT3A 3ZT4A 1T7PA 1RILA 3K5OA 3L2QA 4B9UA 2ETJA 4CJLA 4Z4FA 3K59A 3HSTB 5DK5A 1LAWA 2IGIA 3D45A 3G0ZA 3PY8A 4M3TA 1TL1A 2B6AA 4E89A 1U47A 2Y1IA 4CHZA 3EYZA 3DLBA 2KFZA 4FJ7A 3NGYA 4ICLA 4KHUA 3WNGA 3ASMA 3E01A 4KHSA 1ZBLA 1CXQA 1RT7A 3NCIA 3S3MA 2XY6A 2D5RA 4IDKA 5HROA 4RW6A 2Z1IA 2OZMA 3AVAA 3AVLA 3CG7A 1HMVA 1F21A 2OPRA 2Z1GA 5J1EA 3O4NA 1UWBA 1RTIA 1SKRA 1N6QA 4CFAA 1QE1A 4DTOA 4CF8A 5KGXA 3OYGA 4CHNA 2Z1JA 4E7HA 2PY5A 3LAKA 2YNIA 3KLHA 4CF1A 3AVNA 3VA3A 5DMRA 2ZQBA 4N56A 1BCOA 1QSYA 1D8YA 4OGEA 4CEOA 2X78A 1RBRA 2A1RA 4LD0A 4CJUA 2D0CA 3FFIA 4HCCA 1NKCA 3SUPA 3MEGA 1CZBA 4FZZA 3OYDA 2I5JA 3NDKA 1S9GA 2DFHA 1ASWA 1SL2A 3THVA 4FLUA 3LZJA 4CJ3A 1T8EA 1HQUA 4O4GA 4FJXA 1HRHA 2E6LA 4CJTA 3SV4A 3RTVA 1HJRA 1SL1A 1JKHA 1Z26A 4KTWA 1KVAA 4M3UA 4HUFA 1BIUA 4HUGA 3AO1A 4CGHA 3LWMA 3PX0A 5CY4A 4C8OA 4FM2A 2ZD1A 3TAMA 4B9SA 4F8RA 3DI6A 3V9ZA 4W5QA 1NJZA 1BCMA 4DTUA 3V9SA 3QESA 1REVA 3ALYA 1TK8A 2NUBA 2HHSA 3SPZA 1TVRA 4FJMA 1C0TA 4IBNA 4E3SA 4C8KA 3SUNA 4CJQA 4CHOA 3LPUA 4CGIA 4AHUA 5JS2A 2G8KA 4CJSA 1S5JA 4DQIA 4ID1A 3QEPA 3TR8A 3AA4A 1QTMA 4FM1A 1B9DA 1ASUA 2YKMA 2HHVA 2RF2A 4DTJA 3NH0A 3QEVA 1SKSA 4RW4A 3T19A 4O44A 2EHGA 1GOCA 1YT3A 4FW1A 4NYNA 3O3HA 4YFUA 2OPSA 5HRSA 1J9AA 4EP4A 1HNIA 4C8NA 1NK9A 1D9DA 3SQ4A 1T03A 2EX3A 2FBXA 1LWEA 2IDOA 2VG5A 1L3SA 1TGOA 4W5TA 1EXQA 2D0BA 2IAJA 2HB5A 1NKBA 5E41A 4CEAA 3NH1A 1CZ9A 1FKPA 3DLKA 5CYQA 3OYKA 4DSEA 2XHBA 1WLJA 1C1CA 4HHTA 4IG0A 3S3NA 3OYHA 4FLWA 4KRFA 4I7FA 1RTDA 2WOMA 3A2FA 3HPHA 1X1PA 4DU1A 3OYCA 2HVHA 1C1AA 1Q8IA 3PX4A 3DRPA 4NCGA 1LV5A 4DFKA 1A5XA 1NK5A 2DFFA 3HVTA 1VSKA 3SCXA 3SYZA 2P5GA 3V81A 1X9WA 2F8TA 4FK0A 4O55A 3LANA 2DFEA 2QXFA 4IFVA 4B9VA 1KFSA 3C6TA 3O3FA 4DFMA 4M42A 2HHWA 1JL2A 1WSHA 1TAUA 1D9FA 4ELUA 4CGDA 1Z25A 5HRNA 3HVRA 4LY7A 2ITGA 1TK5A 2HHQA 3HYFA 1FXXA 4AILC 3OVNA 3TAQA 1QS4A 1LAVA 1UA1A 3KK1A 4KHQA 3U3GA 4OLBA 4DS4A 1FK9A 4CIGA 1WSEA 3QEXA 4M3ZA 4DLEA 2X6SA 3G10A 4FK2A 3DOKA 5FDLA 1WNSA 3DMJA 3OYMA 1ASVA 3QETA 4IFYA 4EZ6A 1W0HA 3LP0A 1NK7A 3L2VA 1YTUA 3MXMA 4AHRA 4L8RB 1HYZA 1QSSA 5D3GA 3QEIA 2RPIA 2Q3SA 4F3OA 1BL3A 3PUFA 3O4QA 2XY5A 4HCBA 3TAFA 1BIZA 1TL3A 2GUIA 3AO2A 1EKEA 5HRPA 2YKNA 1L5UA 3EZ5A 4QAGA 1EX4A 1ZYQA 2HHTA 1KRPA 4CJ4A 4JLHA 4FJNA 4FLZA 3DYAA 3RMDA 3ZT2A 4CEQA 3MECA 1EP4A 1YTAA 3M8SA 5KTQA 2DTUA 1S6PA 3RR7A 4J2BA 3OS1A 1KTQA 4KFBA 1NKEA 3L8BA 1EETA 4PY5A 4CEEA 3OYAA 4Z0UA 3OYNA 4J2DA 1QQCA 3P1GA 4LSLA 2BE2A 4CHPA 4DFJA 3JSMA 1QSLA 4ZHRA 4CHYA 4DQPA 3QNNA 3K5NA 3HK2A 3V9XA 4CJWA 2KW4A 4E1NA 3TI0A 4DG1A 2B5JA 3NBPA 4YNQA 3T3FA 4N76A 3VQ6A 1LW0A 4WE1A 3KJVA 3HO1A 2PZSA 4CF2A 2OZSA 2BANA 4CK3A 4CJRA 4Y1CA 3CYMA 4CFBA 3OS2A 1WN7A 4FZXC 1S1VA 2JGUA 4OPKA 1ZBHA 3OYBA 4DSKA 1TKTA 1BGXT 3DLRA 4CESA 4HUEA 3HPOA 4DSJA 4DWIA 1HNVA 1S1XA 4FW2A 4DF8A 3AO5A 1WSFA 3TABA 1VSDA 3QIOA 3V1QA 1HYVA 4CFCA 3WNHA 3HT3A 4I9QA 2HNYA 3NGIA 3CFRA 4FJ8A 3KLGA 1BHLA 3NH2A 5KRSA 5I3UA 3RWUA 2W42A 1S1TA 4DU3A 2O4IA 2E4LA 1B92A 1I3AA 3ZSRA 1TKXA 2XO7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4BR9A 1FZ5E 3OBWA 4IZ9A 4QS7A 1TAQA 5AQHA 1MU2A 1YUWA 1CZAN 4IO8A 3WXIA 4I2QA 4CZMA 4FYDA 4B1ZA 2WC9A 4I6MB 4ILGB 1VQNN 2YNGA 4YHHK 4Q5VA 3CMEN 1OVQA 4CBWA 3NVKA 1NU0A 1C1BA 1S6QA 4OPJA 3BGRA 1A5WA 2HF3A 3QEWA 3KTQA 3M8PA 4B9QA 3M8RA 3CC2N 3QIPA 2H3GX 2YI1A 2VGNA 4JV5K 1YI2N 4EZ9A 3ZX3A 3ZT3A 4JN4A 1TYQB 1RT5A 1N36K 4CE9A 3LDLA 1TUYA 3SPYA 5AZIA 3NGZA 3SQ1A 4DV4K 3H1VX 3KZBA 1VQON 1XC3A 3FFKB 1JCEA 4WQ5C 3VENA 1DTQA 3G6EN 1JCFA 2E2PA 5AZIB 5C15A 4FM0A 3THWB 4BE0A 4IO9L 2ZJPL 1FZ4E 4DQ8A 3TARA 3V9UA 2YHYA 4AHTA 4AI6A 3AA3A 4BR7A 3RRHA 3VQPA 1VSLA 4B3MK 1RNHA 1T3VA 5J2MA 4AM7A 4PA1A 2B4JA 1HJOA 1NK8A 2KHOA 1KAYA 3QNOA 2ASPA 1TUUA 4AHCA 4G1QA 3T1YK 3SV3A 2OPQA 1WSGA 1WAJA 4KI4A 2KQ2A 4DF4A 1RBTA 3AVJA 3DRSA 1CXUA 2GBZA 5JICA 4KHWA 4AHVA 5SZTA 4CFDA 4Z4HA 2G8FA 4AH9A 2D0AA 1JLQA 3O1WA 3MX2A 1SV5A 1WSIA 4CERA 4ELTA 1DLOA 1KXPA 3SUOA 4NB4A 2IVOA 3NF7A 4WQ5A 3OYEA 3WNEA 4XH4A 4JD2B 3P83D 1NJYA 1BUPA 3AVKA 4IG3A 1BA1A 3HTVA 1NK4A 1DKGD 3UIQA 1VRTA 4IEEA 1R0AA 3NFAA 4CJVA 2V52B 4KI6A 3P4IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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